单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 861 - 880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2025-10-05 |
Mechanical confinement governs phenotypic plasticity in melanoma
2025-Aug-27, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09445-6
PMID:40866703
|
研究论文 | 本研究揭示了机械限制通过染色质重塑介导黑色素瘤表型可塑性的机制 | 首次证明机械限制通过HMGB2蛋白调控染色质构象，驱动黑色素瘤细胞在增殖与侵袭状态间的表型转换 | 研究主要基于斑马鱼模型，人类样本验证相对有限 | 探究黑色素瘤表型可塑性的外部触发机制 | 黑色素瘤细胞与肿瘤微环境界面区域 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 空间转录组学，单细胞转录组学，定量建模 | 斑马鱼黑色素瘤模型 | 转录组数据，形态学数据 | 斑马鱼模型和人类样本 | NA | 空间转录组学，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 862 | 2025-10-05 |
A basophil-fibroblast pro-inflammatory axis fuels type 2 skin inflammation
2025-Aug-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116114
PMID:40782349
|
研究论文 | 本研究通过单细胞时空图谱揭示了嗜碱性粒细胞与成纤维细胞之间的促炎轴在2型皮肤炎症中的关键调控作用 | 首次发现嗜碱性粒细胞通过分泌OSM和IL-4协同激活促炎性成纤维细胞，形成正向反馈环路驱动皮肤炎症 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步开展 | 阐明2型皮肤炎症的细胞分子机制 | 小鼠皮肤炎症模型中的细胞相互作用 | 单细胞生物学 | 特应性皮炎 | MERFISH, scRNA-seq | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | 约430,000个细胞 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 863 | 2025-10-05 |
TissueFormer: a neural network for labeling tissue from grouped single-cell RNA profiles
2025-Aug-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.17.670735
PMID:40894666
|
研究论文 | 提出一种基于Transformer的神经网络TissueFormer，用于从单细胞RNA测序数据中推断群体水平标签 | 首次将Transformer架构应用于分析单细胞RNA谱组，同时保留单细胞分辨率并利用细胞组成信息 | 仅在小鼠大脑空间转录组数据上验证，尚未在其他组织或疾病类型中测试 | 开发能够利用细胞组成信息预测群体水平表型的计算方法 | 小鼠大脑皮层区域的空间转录组数据 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | Transformer | 单细胞RNA表达谱 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 864 | 2025-10-05 |
A spatiotemporal atlas of orchiectomy-induced androgen deprivation-mediated modulation of cellular composition and gene expression in the mouse prostate
2025-Jul-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.07.11.664414
PMID:40791419
|
研究论文 | 通过整合空间转录组学和单细胞分析，构建了小鼠前列腺在阉割诱导雄激素剥夺后的细胞组成和基因表达时空图谱 | 发现了一种新的成纤维细胞亚型（OIF），并揭示了前列腺不同叶在雄激素剥夺后的特异性时空基因表达变化和细胞间通讯动态 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 解析雄激素剥夺治疗对前列腺细胞组成和基因表达的影响 | 小鼠前列腺组织 | 空间转录组学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据, 空间定位数据 | 小鼠前列腺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 865 | 2025-10-05 |
A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments
2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.03.646654
PMID:40236139
|
研究论文 | 开发了两种软件工具Hooke和Platt，用于从胚胎尺度单细胞测序数据推断基因需求和细胞谱系关系 | 利用单细胞数据中的细胞类型协变模式来推断基因需求和细胞间依赖关系 | NA | 建立统计框架来识别遗传、化学或环境扰动直接影响的基因和细胞类型 | 斑马鱼胚胎单细胞图谱 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 统计框架 | 单细胞测序数据 | 数千个扰动斑马鱼胚胎的百万级细胞 | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
| 866 | 2025-10-05 |
Single-cell resolution uncovers neighboring cell subtypes that share steroidogenic capacity during fetal testis development
2025-Jun-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2501392122
PMID:40460128
|
研究论文 | 通过单细胞技术揭示胎儿睾丸发育过程中类固醇生成细胞亚型的空间分布和基因表达异质性 | 发现胎儿睾丸中间质细胞亚型共享类固醇生成能力，提出类固醇生成需要邻近细胞协同合作的新机制 | 研究仅针对小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探究胎儿睾丸发育过程中单个和集体Leydig细胞对雄激素产生的贡献 | 小鼠胎儿睾丸发育过程中的类固醇生成细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单分子荧光原位杂交, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据, 空间分布数据 | 胚胎期13天至围产期小鼠睾丸 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 867 | 2025-10-05 |
Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders
2025-Jun-06, Journal of the American Statistical Association
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/01621459.2025.2485379
PMID:40964623
|
研究论文 | 提出一种在存在未测量混杂因素的情况下进行广义线性模型大规模假设检验的统一框架 | 利用正交结构和线性投影开发了三阶段估计与推断框架，能够在任意混杂机制下有效控制错误发现率 | 需要样本量和响应尺寸趋于无穷大才能保证渐近检验的有效性 | 解决基因组研究中存在未测量混杂因素时的大规模假设检验问题 | 广义线性模型中的多元假设检验 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型, Lasso | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 868 | 2025-10-05 |
Rare Subset of T Cells Form Heterotypic Clusters with Circulating Tumor Cells to Foster Cancer Metastasis
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.01.646421
PMID:40236049
|
研究论文 | 本研究揭示了一种罕见的CD4和CD8双阳性T细胞通过与循环肿瘤细胞形成异质性簇促进癌症转移的新机制 | 首次发现罕见的CD4/CD8双阳性T细胞在CTC-WBC簇中显著富集，并鉴定VLA4-VCAM1相互作用是簇形成的关键介质 | 研究主要基于晚期乳腺癌患者样本，需要验证是否适用于其他癌症类型和早期患者 | 探索外周血免疫细胞与循环肿瘤细胞的相互作用机制及其在癌症转移中的作用 | 晚期乳腺癌患者的血液样本和临床前小鼠模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | 流式细胞术, ImageStream分析, 单细胞RNA测序, 基因扰动研究 | NA | 血液样本, 测序数据, 图像数据 | 1,529例乳腺癌患者血液标本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 869 | 2025-10-05 |
Simultaneous inference for generalized linear models with unmeasured confounders
2025-Mar-15, ArXiv
PMID:37744467
|
研究论文 | 提出一种在存在未测量混杂因素情况下进行广义线性模型大规模假设检验的统一框架 | 利用正交结构和线性投影，通过三阶段方法在任意混杂机制下解耦边际和无关混杂效应 | 需要样本量和响应尺寸趋于无穷大才能保证渐近z检验的有效性 | 解决基因组研究中存在未测量混杂因素时的大规模假设检验问题 | 广义线性模型中的多元假设检验 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义线性模型, Lasso | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 870 | 2025-10-05 |
Scaling up spatial transcriptomics for large-sized tissues: uncovering cellular-level tissue architecture beyond conventional platforms with iSCALE
2025-Mar-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.25.640190
PMID:40060412
|
研究论文 | 开发了一种名为iSCALE的空间转录组学方法，用于分析超出标准平台捕获区域的大尺寸组织 | 能够预测超分辨率基因表达并自动注释大尺寸组织的细胞级组织结构，突破了现有空间转录组学平台的组织捕获区域限制 | NA | 解决现有空间转录组学技术在大尺寸组织分析中的限制 | 多发性硬化症人脑样本 | 空间转录组学 | 多发性硬化症 | 空间转录组学，免疫组织化学染色 | NA | 基因表达数据，空间位置数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 871 | 2025-10-05 |
DUX4-stimulated genes define the antiviral response to herpesviruses in human trophoblasts
2025-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.22.634317
PMID:39896594
|
研究论文 | 本研究通过人类滋养细胞类器官揭示了DUX4及其刺激基因在抗疱疹病毒防御中的关键作用 | 发现疱疹病毒在滋养细胞中不触发干扰素反应，而是特异性诱导DUX4及其下游基因表达，这代表了一种新型抗病毒防御机制 | 研究仅限于七种致畸病毒，且主要关注疱疹病毒亚群 | 探索滋养细胞对致畸病毒的转录反应机制 | 人类滋养细胞类器官 | 转录组学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类滋养细胞类器官暴露于七种致畸病毒 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 872 | 2025-10-05 |
Multiscale Cell-Cell Interactive Spatial Transcriptomics Analysis
2025-Jan-03, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5743704/v1
PMID:39801521
|
研究论文 | 提出了一种多尺度细胞间交互空间转录组学分析方法，用于提升空间域检测性能 | 首次将多尺度细胞间交互作用与空间深度学习技术相结合，填补了当前空间转录组分析忽略多尺度细胞交互的空白 | NA | 开发更准确的空间转录组数据分析方法，以识别空间域和解析细胞间相互作用 | 空间转录组数据中的细胞间相互作用和基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 空间深度学习 | 空间转录组数据 | 37个基准空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 873 | 2025-10-05 |
DWI-based Biologically Interpretable Radiomic Nomogram for Predicting 1-year Biochemical Recurrence after Radical Prostatectomy: A Deep Learning, Multicenter Study
2025, Current medical imaging
IF:1.1Q3
|
研究论文 | 开发基于DWI的深度学习放射组学列线图预测前列腺癌根治术后1年生化复发 | 首次将深度学习提取的放射组学特征与临床参数结合构建预测模型，并探索放射组学评分与肿瘤微环境的关联 | 回顾性研究设计，样本量有限（n=349），单细胞RNA测序数据仅来自4名患者 | 预测前列腺癌根治术后1年生化复发风险 | 接受前列腺癌根治术的患者 | 医学影像分析 | 前列腺癌 | 扩散加权成像，单细胞RNA测序，深度学习 | 3D U-Net, Cox比例风险回归 | 医学影像，临床数据，基因表达数据 | 349名患者（两个独立队列），4名患者单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序，多参数磁共振成像 | NA | NA |
| 874 | 2025-10-05 |
Single-cell analysis defines LGALS1+ fibroblasts that promote proliferation and migration of intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-11-25, Journal of molecular cell biology
IF:5.3Q2
DOI:10.1093/jmcb/mjae023
PMID:38862197
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析肝内胆管癌肿瘤微环境，鉴定出促进肿瘤恶性表型的LGALS1+成纤维细胞亚群 | 首次在肝内胆管癌中鉴定出特异性表达LGALS1的成纤维细胞亚群，并阐明其通过调控CCR2、ADAM15和β-整合素促进肿瘤进展的机制 | 样本量较小（14例患者），需更大规模研究验证 | 探究肝内胆管癌肿瘤异质性及成纤维细胞在肿瘤微环境中的作用 | 14例初治肝内胆管癌患者的肿瘤组织和癌旁正常组织 | 单细胞测序分析 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 14例患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 875 | 2025-10-05 |
Decoding Functional and Developmental Trajectories of Tissue-Resident Uterine Dendritic Cells Through Integrative Omics
2024-Nov-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5424920/v1
PMID:39606471
|
研究论文 | 通过整合多组学方法解析子宫驻留树突状细胞的功能和发育轨迹 | 首次系统鉴定人类子宫内膜中子宫树突状细胞的亚型及其发育轨迹，并揭示不同亚型在胚胎植入前后的特异性功能 | 研究样本数量有限，且主要关注早期妊娠阶段 | 阐明子宫树突状细胞的起源、分子特征及其在子宫内膜功能和胚胎植入过程中的作用 | 人类子宫内膜组织中的子宫树突状细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据,表面蛋白表达数据 | 不同月经周期和早期妊娠阶段的子宫组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
| 876 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing reveals the impact of endothelial cell PIEZO1 expression on thoracic aortic aneurysm
2024-06, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.04.015
PMID:38718563
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示内皮细胞PIEZO1表达对胸主动脉瘤的影响 | 首次发现PIEZO1在胸主动脉瘤中表达降低，并证实其激动剂Yoda1可通过干预巨噬细胞浸润、细胞外基质降解和新血管形成抑制动脉瘤形成 | 研究主要基于小鼠模型，临床转化价值需进一步验证 | 探究PIEZO1在胸主动脉瘤发病机制中的作用 | 胸主动脉瘤患者样本和基因工程小鼠模型 | 单细胞生物学 | 胸主动脉瘤 | 单细胞测序，基因敲除模型，体内外药理学干预 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据，蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 877 | 2025-10-05 |
Syngeneic murine models with distinct immune microenvironments represent subsets of human intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-06, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.008
PMID:38458319
|
研究论文 | 本研究开发并表征了具有不同遗传驱动因素的免疫活性小鼠肝内胆管癌模型，揭示了肿瘤基因型与免疫微环境表型之间的相关性 | 首次开发了Fbxw7ΔF/Akt驱动的肝内胆管癌遗传小鼠模型，并系统比较了三种不同基因型模型的肿瘤免疫微环境特征和免疫治疗反应差异 | 研究基于小鼠模型，其临床转化价值需要进一步验证；样本规模相对有限 | 阐明胆管癌肿瘤免疫微环境特征，测试新型免疫治疗策略 | 肝内胆管癌小鼠模型和人类胆管癌患者队列 | 肿瘤免疫学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,CITE-seq,全外显子测序,批量RNA测序 | 小鼠遗传模型 | 基因组数据,转录组数据,单细胞数据 | 三种不同基因型的小鼠胆管癌模型 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | NA |
| 878 | 2025-10-05 |
Digital pathology and spatial omics in steatohepatitis: Clinical applications and discovery potentials
2024-Mar-22, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000866
PMID:38517078
|
综述 | 本文综述了数字病理学和空间组学在脂肪性肝炎中的临床应用与发现潜力 | 整合数字病理学与空间生物学，强调机器学习算法增强的多模态整合方法在脂肪性肝炎研究中的应用 | 讨论了现有工具的局限性、知识空白以及技术前提条件 | 提高脂肪性肝炎组织学解读准确性，探索疾病异质性及分子变化与组织形态的关系 | 脂肪性肝炎患者的肝脏组织样本 | 数字病理学 | 脂肪性肝炎 | 线性与非线性显微镜，空间转录组学，空间蛋白质组学 | 机器学习，人工智能算法 | 全切片图像，基因表达数据，蛋白质表达数据 | NA | NA | 空间转录组学，空间蛋白质组学 | NA | NA |
| 879 | 2025-10-05 |
A call for a unified and multimodal definition of cellular identity in the enteric nervous system
2024-Feb-05, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.15.575794
PMID:38293133
|
评论 | 本文呼吁建立统一的多模态细胞身份定义方法以研究肠神经系统 | 提出整合多组学技术和计算方法的统一框架来定义肠神经系统细胞身份 | 主要依赖现有数据集的分析，缺乏实验验证 | 推动肠神经系统细胞身份定义的标准化和统一化 | 小鼠和人类肠神经系统数据集 | 单细胞生物学 | 肠神经病变 | 单细胞转录组学，多重成像，电生理学，空间转录组学，表观基因组学，蛋白质组学，代谢组学 | 差异基因表达分析，模块评分，共表达分析，相关性分析，层次聚类，数据整合，标签转移 | 转录组数据 | 多个独立报告的ENS数据集 | NA | 单细胞RNA-seq，空间转录组学 | NA | NA |
| 880 | 2024-08-07 |
Correction to 'Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno'
2024-Jan-25, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1229
PMID:38109292
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |