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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2025-11-27 |
From Single-Cell Atlas to Functional Validation: Critical Next Steps for Understanding Tip Cell-Mediated Communication in the Injured Spinal Cord
2025-Nov, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70117
PMID:41288006
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评论 | 对Zeng等人单细胞RNA测序研究的批判性展望,强调内皮尖端细胞在脊髓损伤中介导通讯的功能验证需求 | 提出单细胞图谱向功能验证转化的关键挑战,特别关注尖端细胞靶向治疗的两难困境 | 当前数据缺乏时空分辨率来解析相互作用的动态过程,计算预测的旁分泌网络需要体内功能验证 | 探讨脊髓损伤研究中单细胞数据向机制理解和治疗策略转化的关键步骤 | 内皮尖端细胞与星形胶质细胞、巨噬细胞的通讯网络 | 单细胞生物学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 862 | 2025-11-27 |
iPSC-derived macrophages: An in vitro model to study human disease-relevant macrophage biology
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf184
PMID:40795241
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研究论文 | 本研究探索使用诱导多能干细胞衍生的巨噬细胞作为研究人类疾病相关巨噬细胞生物学的体外模型 | 建立了基于iPSC的巨噬细胞模型,克服了传统单核细胞来源巨噬细胞的局限性,能够更好地模拟体内疾病相关表型 | 研究主要基于体外实验,需要进一步验证与体内真实情况的对应关系 | 开发更优的人类巨噬细胞体外研究模型 | 诱导多能干细胞衍生的巨噬细胞、脐带血来源巨噬细胞、骨髓来源巨噬细胞和单核细胞来源巨噬细胞 | 细胞生物学 | 炎症性疾病 | RNA测序、细胞表型分析 | 体外细胞模型 | 基因表达数据、细胞表型数据 | 多种来源的巨噬细胞比较研究 | NA | RNA测序 | NA | NA |
| 863 | 2025-11-27 |
Optimized detection and inference of immune cell type names in single-cell RNA sequencing data
2025-Nov-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.1093/jimmun/vkaf183
PMID:40839860
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研究论文 | 开发了一种名为scODIN的计算方法,用于优化单细胞RNA测序数据中免疫细胞类型的检测和推断 | 采用结合专家知识与机器学习的整体两步法,能够检测传统分析中常被忽视的双重和过渡表型 | 未在摘要中明确说明具体局限性 | 提高单细胞RNA测序数据中免疫细胞亚群识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的免疫细胞 | 生物信息学 | 自身免疫疾病、感染性疾病、癌症 | 单细胞RNA测序 | k-近邻算法 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 864 | 2025-11-27 |
Isolation and Flow Cytometric Analysis of Natural Killer Cells from Human Glioblastoma Multiforme (GBM) Tissues
2025-Nov, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70259
PMID:41288119
|
研究方法论文 | 本文提出了一种从人胶质母细胞瘤组织中分离和分析自然杀伤细胞的可重复流程 | 开发了专门针对胶质母细胞瘤组织的自然杀伤细胞分离和分析标准化流程,包括酶解和机械分离两种方法 | NA | 建立胶质母细胞瘤组织中自然杀伤细胞的分离和分析方法 | 人胶质母细胞瘤组织中的自然杀伤细胞 | 细胞生物学 | 胶质母细胞瘤 | 流式细胞术,单细胞RNA测序 | NA | 细胞悬浮液,流式细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 865 | 2025-11-27 |
Identity, Functions, and the Spatiotemporal Maturation of Type 1 Conventional Dendritic Cells
2025-Nov, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.70079
PMID:41290543
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综述 | 本文综述了1型常规树突状细胞的身份、功能及时空成熟过程 | 揭示了树突状细胞在免疫原性和耐受性成熟过程中均经历广泛且趋同的重编程过程 | NA | 阐明树突状细胞特别是cDC1亚群的异质性、功能特性和成熟机制 | 1型常规树突状细胞(cDC1s) | 免疫学 | 癌症、传染病、自身免疫性疾病 | 单细胞转录组学、本体遗传学研究 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 866 | 2025-11-27 |
Cross-expression meta-analysis of mouse brain slices reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells
2025-Oct-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03747-8
PMID:41163012
|
研究论文 | 本研究提出“交叉表达”概念,通过整合多个小鼠大脑数据集构建元分析网络,揭示相邻细胞间基因表达的协调模式 | 引入“交叉表达”新概念,无需细胞类型标签或预定义数据库即可分析相邻细胞间基因表达协调性 | 方法依赖于基因表达和细胞位置矩阵的准确性,未考虑细胞间直接通讯机制 | 研究空间相邻细胞间基因表达的协调机制 | 小鼠大脑切片中的细胞 | 空间转录组学 | 帕金森病 | 空间转录组学,元分析 | 交叉表达网络 | 基因表达数据,空间位置数据 | 约2500万个细胞,695个切片,52个大脑 | 多种技术平台 | 空间转录组学 | 多种技术 | 8种不同技术平台的数据集 |
| 867 | 2025-11-27 |
Spatial transcriptomics of glioblastoma defines biologically and clinically significant reprogramming patterns across unique spatial microenvironments
2025-Oct-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683110
PMID:41279756
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术分析胶质母细胞瘤的空间微环境,揭示其生物学重编程模式和细胞间相互作用 | 开发了空间信息整合方法,将基因共表达网络模块与细胞通讯变化相结合,提供了首个包含14个样本的Visium空间转录组数据集 | 样本量相对有限(14个样本),研究聚焦于特定空间区域(Ivy GBM Atlas Project区域) | 解析胶质母细胞瘤的空间异质性及其对肿瘤行为和治疗反应的影响 | 胶质母细胞瘤组织样本及其空间微环境 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤 | 空间转录组学 | 基因共表达网络分析 | 空间转录组数据 | 14个胶质母细胞瘤样本 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | Visium空间转录组技术 |
| 868 | 2025-11-27 |
Gsx2 Regulates Oligodendrocyte Precursor Formation in the Zebrafish Spinal Cord
2025-Oct-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.18.683250
PMID:41279990
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术发现Gsx2基因在斑马鱼脊髓中调控少突胶质前体细胞形成的机制 | 首次在斑马鱼脊髓中发现pre-OPCs亚群,并证实Gsx2基因通过调控基因网络影响OPC形成时机 | 研究仅限于斑马鱼模型,尚未在哺乳动物中验证 | 探究Gsx2基因在少突胶质前体细胞形成过程中的调控机制 | 斑马鱼脊髓神经前体细胞和少突胶质前体细胞 | 发育生物学 | 神经系统发育疾病 | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞转录组数据, 表观基因组数据 | 斑马鱼胚胎 | NA | 单细胞RNA测序, 单核ATAC测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 869 | 2025-11-27 |
Clinical Interventions and Inflammatory Signaling Shape the Transcriptional and Cellular Architecture of the Early Postnatal Lung
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.683116
PMID:41278997
|
研究论文 | 通过单细胞测序构建早期出生后人类肺部细胞图谱,揭示肺泡2型细胞的两种新转录状态及其与炎症信号和临床干预的关联 | 首次发现肺泡2型细胞存在两种互斥的转录状态,并证明炎症信号和抗炎药物可调控这些状态的平衡 | 样本量相对有限(23例),仅涵盖0-2岁年龄段 | 解析早期出生后人类肺部的细胞结构和转录调控机制 | 人类早期出生后肺部组织(0-2岁) | 单细胞生物学 | 肺部疾病 | 单核RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 23例组织学正常样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 870 | 2025-11-27 |
C. elegans astrocytes mature in two phases from lineally distinct progenitors through CEH-43/DLX-mediated convergent transcription
2025-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.17.682973
PMID:41279325
|
研究论文 | 本研究通过谱系限制性单细胞RNA测序揭示了线虫CEPsh星形胶质细胞的两阶段发育程序 | 发现星形胶质细胞从谱系和转录不同的祖细胞通过CEH-43介导的趋同转录分化为相同类型 | 研究仅限于线虫模型,哺乳动物中的直接验证尚不充分 | 揭示星形胶质细胞分化的基因调控程序 | 秀丽隐杆线虫CEPsh星形胶质细胞及其祖细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 871 | 2025-11-27 |
Sclerotic GVHD and Scleroderma Share Dysregulated Gene Expression that is Ameliorated by EREG Therapeutic Antibody
2025-Sep-17, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2025029836
PMID:40961242
|
研究论文 | 本研究开发了一种全人源抗EREG中和抗体,用于治疗硬皮病和硬化性移植物抗宿主病等纤维化皮肤疾病 | 首次发现EREG在多种纤维化皮肤病中表达升高,并开发了高亲和力特异性抗EREG治疗抗体 | 样本量较小(仅4例患者),需要更大规模研究验证疗效 | 研究EREG在纤维化皮肤病中的作用机制及开发靶向治疗策略 | 硬皮病/系统性硬化症、局限性硬皮病和硬化性移植物抗宿主病患者 | 数字病理学 | 皮肤纤维化疾病 | 单细胞转录组测序,空间转录组学 | NA | 转录组数据,蛋白质数据 | 人类EREG敲入小鼠模型和4例SclGvHD患者皮肤组织 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 872 | 2025-11-27 |
Gene editing and multi-omics approaches to study early embryogenesis in cattle
2025-Aug-29, Reproduction, fertility, and development
DOI:10.1071/RD25167
PMID:41292010
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综述 | 本文综述了多组学分析和基因编辑技术在牛早期胚胎发育研究中的应用与进展 | 整合单细胞多组学技术与多种功能工具(CRISPR/Cas9、RNA编辑、碱基编辑等)研究牛早期胚胎发育机制 | NA | 通过多组学与功能工具研究牛早期胚胎发育机制,提高牛生育能力 | 牛早期胚胎(第一周发育阶段) | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 代谢组学, 蛋白质组学, CRISPR/Cas9, RNA编辑, 碱基编辑, Trim-Away | NA | 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 代谢组学, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 873 | 2025-11-27 |
Large-scale single-cell profiling of stem cells identifies redundant regulators of shoot development and yield trait variation
2025-Aug-25, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2025.07.024
PMID:40865519
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研究论文 | 通过大规模单细胞分析鉴定植物茎尖分生组织中调控器官发育和产量性状的关键基因 | 首次在玉米和拟南芥中成功捕获大量CLAVATA3和WUSCHEL表达细胞,并通过跨物种比较发现保守的干细胞调控因子 | NA | 鉴定植物茎尖干细胞调控因子及其与产量性状的关联 | 玉米和拟南芥的茎尖分生组织干细胞 | 植物生物学 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | 数千个CLAVATA3和WUSCHEL表达细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 874 | 2025-11-27 |
Heterochronic parabiosis uncovers AdipoR1 as a critical player in retinal rejuvenation
2025-Jul-18, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adv6642
PMID:40668916
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研究论文 | 本研究通过异时共生模型结合单细胞RNA测序技术,揭示AdipoR1在视网膜年轻化过程中的关键作用 | 首次通过异时共生模型系统分析视网膜衰老的转录组变化,并鉴定AdipoR1-AMPK信号通路作为视网膜年轻化的核心机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类视网膜中验证 | 探索视网膜衰老的分子驱动因素并鉴定抗衰老靶点 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠的视网膜组织 | 单细胞转录组学 | 视网膜衰老 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 年轻、年老及异时共生配对小鼠视网膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 875 | 2025-11-27 |
The endothelial growth factor Angiopoietin-2 is an accurate prognostic biomarker in patients with acetaminophen-induced acute liver failure
2025-Feb-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.02.19.25322567
PMID:40034764
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研究论文 | 本研究评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的价值 | 首次发现血管生成素-2在急性肝衰竭患者中具有优越的预后预测价值,特别是在早期就诊患者中优于MELD评分 | 样本量相对有限(总样本量110例),需要在更大规模研究中进一步验证 | 评估血管生成素-2作为对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭预后生物标志物的有效性 | 对乙酰氨基酚诱导的急性肝衰竭患者 | 生物标志物研究 | 急性肝衰竭 | 单细胞RNA测序, ELISA | NA | 基因表达数据, 临床数据 | 两个独立队列共123例患者(凤凰队列43例,ALFSG队列80例),合并分析110例 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 876 | 2025-11-27 |
VARGG: a deep learning framework advancing precise spatial domain identification and cellular heterogeneity analysis in spatial transcriptomics
2025-Jan-15, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elaf018
PMID:41275376
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研究论文 | 提出VARGG深度学习框架,通过结合视觉Transformer和图神经网络提升空间转录组学中空间域识别精度和细胞异质性分析能力 | 首次将预训练视觉Transformer与图神经网络自编码器结合,利用自注意力机制捕获全局上下文信息,并通过多层门控残差图神经网络和高斯噪声增强特征表示和模型泛化能力 | NA | 开发能够准确识别空间域并分析细胞异质性的深度学习框架 | 人类胶质母细胞瘤、小鼠胚胎、乳腺癌等组织样本 | 空间转录组学 | 胶质母细胞瘤,乳腺癌 | 空间转录组学 | Vision Transformer,图神经网络自编码器 | 空间基因表达数据 | 多个不同规模数据集 | 10x Genomics,其他 | 空间转录组学 | 10x Visium, Slide-seqV2, Stereo-seq, MERFISH | 10x Visium空间转录组平台 |
| 877 | 2025-11-27 |
Characterization of Ferroptosis-Related Genes in Aplastic Anaemia: An Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2025, Acta haematologica
IF:1.7Q3
DOI:10.1159/000543656
PMID:39938486
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研究论文 | 通过整合分析批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,研究铁死亡相关基因在再生障碍性贫血中的作用 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据系统分析AA中铁死亡相关基因,并在单细胞水平揭示关键基因DDIT4和NCF2的作用 | 研究基于公共数据库数据,缺乏实验验证;样本来源和数量未明确说明 | 探索再生障碍性贫血中铁死亡相关基因的作用机制 | 再生障碍性贫血患者样本和对照样本 | 生物信息学 | 再生障碍性贫血 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 878 | 2025-11-27 |
Dermal fibroblast cultures recapitulate differences between deermice and mice in their responses to a Toll-like receptor agonist
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1666789
PMID:41262241
|
研究论文 | 本研究通过体外培养真皮成纤维细胞,比较了白足鼠与小鼠对TLR2激动剂的免疫反应差异 | 首次在真皮成纤维细胞培养模型中揭示白足鼠与小鼠在TLR激动剂反应、内源性逆转录病毒激活和细胞自主免疫方面的种属差异 | 研究仅关注真皮成纤维细胞,未涉及其他免疫细胞类型;体外培养环境可能与体内实际情况存在差异 | 评估哺乳动物免疫反应的种属差异,建立适用于实验室和野外研究的体外模型 | 白足鼠(Peromyscus leucopus)和小鼠(Mus musculus)的原代真皮成纤维细胞 | 单细胞组学 | 传染病 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 两种啮齿类动物的原代真皮成纤维细胞培养物 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 879 | 2025-11-27 |
CDK1 may promote breast cancer progression through AKT activation and immune modulation
2025, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2025.1591706
PMID:41278293
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研究论文 | 本研究通过生物信息学和实验分析全面评估CDK1在乳腺癌中的表达、预后价值及生物学功能 | 首次系统揭示CDK1通过AKT激活和免疫调节促进乳腺癌进展的多重致癌机制 | 研究主要基于TCGA数据库和单一细胞系验证,需要更多临床样本和体内实验进一步证实 | 评估CDK1在乳腺癌中的临床意义和分子机制 | 乳腺癌组织和MDA-MB-231细胞系 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 转录组分析,单细胞RNA测序,shRNA敲低,Western blotting,CCK-8检测 | NA | 转录组数据,单细胞RNA测序数据,临床数据 | TCGA乳腺癌数据集和TISCH2单细胞数据库 | NA | 单细胞RNA测序,转录组测序 | NA | NA |
| 880 | 2025-11-27 |
T cell-driven sustained inflammation and immune dysregulation mimicking immunosenescence for up to three years post-COVID-19
2025, Immunity & inflammation
DOI:10.1007/s44466-025-00012-2
PMID:41278460
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研究论文 | 通过三年纵向研究揭示COVID-19康复者长期免疫失调特征,发现Th17细胞是慢性炎症的关键驱动因素 | 首次通过三年纵向追踪发现免疫衰老样特征持续存在,并鉴定出两种功能相反的Th17细胞亚群 | 样本量较小(47例患者),缺乏健康对照组比较 | 阐明COVID-19康复者长期免疫恢复轨迹及其与持续症状的关系 | 47名COVID-19康复患者 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序,多重细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组数据,细胞因子数据 | 47名COVID-19患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |