单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 37326 篇文献，本页显示第 861 - 880 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 861 | 2026-03-04 |
Experimental and Computational Methods for Allelic Imbalance Analysis from Single-Nucleus RNA-seq Data
2025-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607784
PMID:39185246
|
研究论文 | 本文介绍了一种从单核RNA-seq数据中进行等位基因不平衡分析的实验和计算方法 | 开发了一套新的计算工具，用于处理和分析scRNA-seq和snRNA-seq的等位基因特异性表达，并展示了如何通过实验选择（如RNA来源、读长、测序深度）来提高分析能力 | NA | 改进单细胞水平等位基因不平衡分析的方法，以更好地理解人类基因组变异对RNA表达的影响 | 单核RNA-seq数据，特别是来自94名帕金森病患者的队列 | 自然语言处理 | 帕金森病 | 单核RNA-seq，等位基因特异性表达分析 | NA | RNA-seq数据 | 94名帕金森病患者 | NA | 单核RNA-seq | NA | NA |
| 862 | 2026-03-04 |
Protocol for isolating specific C. elegans neuron types for bulk and single-cell RNA sequencing
2024-12-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2024.103439
PMID:39514392
|
研究论文 | 本文介绍了一种从秀丽隐杆线虫中分离特定神经元类型以进行批量或单细胞RNA测序的详细实验方案 | 提供了一种针对秀丽隐杆线虫特定神经元类型的标准化分离流程，适用于幼虫和成年动物，结合了荧光激活细胞分选技术 | 该方案可能依赖于特定的荧光标记或遗传工具，且未在多种神经元类型或复杂条件下进行广泛验证 | 开发一种用于分离秀丽隐杆线虫特定神经元类型以进行基因表达分析的实验方案 | 秀丽隐杆线虫的特定神经元类型 | 单细胞测序 | NA | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 863 | 2026-03-04 |
Immune responses in checkpoint myocarditis across heart, blood and tumour
2024-Dec, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08105-5
PMID:39506125
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术，揭示了免疫检查点抑制剂相关心肌炎（irMyocarditis）患者心脏、血液和肿瘤组织中的免疫反应特征 | 首次在irMyocarditis患者中同时分析心脏、血液和肿瘤组织的单细胞转录组与T细胞受体谱，揭示了心脏扩增的T细胞克隆与肿瘤组织不重叠，并发现循环血液中特定CD8 T细胞群与致命性病例相关 | 样本量相对有限（28例患者），未明确心脏自身抗原，且机制性因果关系仍需进一步验证 | 阐明免疫检查点抑制剂相关心肌炎的发病机制及其与抗肿瘤免疫的关系 | 免疫检查点抑制剂相关心肌炎患者的心脏组织、血液样本及配对肿瘤组织 | 单细胞组学与免疫学 | 心肌炎（免疫相关不良反应） | 单细胞RNA测序，T细胞受体测序，多重显微成像，蛋白质组学分析 | NA | 单细胞转录组数据，T细胞受体序列数据，显微图像，蛋白质组数据 | 28例irMyocarditis患者，41例未受影响个体；共分析84,576个心脏细胞和366,066个血液细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 864 | 2026-03-04 |
Single-Cell Transcriptomic Dataset of RPGR-associated Retinitis Pigmentosa Patient-Derived Retinal Organoids
2024-11-26, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-04124-z
PMID:39592612
|
研究论文 | 本研究利用源自正常和RPGR突变人诱导多能干细胞（hiPSC）的视网膜类器官，通过单细胞RNA测序技术，构建了RPGR相关视网膜色素变性（XLRP）的单细胞转录组数据集，旨在探索疾病机制并为靶向治疗开发提供数据支持 | 首次在RPGR相关XLRP中，利用患者来源的视网膜类器官在四个关键发育时间点（40、90、150、200天）进行大规模单细胞转录组测序，生成了高质量、可靠的细胞类型注释数据集 | 研究主要基于体外类器官模型，可能无法完全模拟体内视网膜的复杂微环境；样本数量相对有限，且仅针对RPGR一种突变类型 | 探索RPGR基因突变导致光感受器功能障碍的分子机制，并为X连锁视网膜色素变性的靶向治疗开发提供数据资源和参考 | 源自正常和RPGR突变人诱导多能干细胞（hiPSC）的视网膜类器官 | 单细胞组学 | 视网膜色素变性 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞转录组数据 | 71,096个细胞（对照组33,839个，RPGR突变组37,257个），覆盖四个发育时间点（40、90、150、200天） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 865 | 2026-03-04 |
Temporal single-cell RNA sequencing dataset of gastroesophagus development from embryonic to post-natal stages
2024-11-16, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-024-04081-7
PMID:39550363
|
研究论文 | 本文提供了一个小鼠从胚胎到出生后阶段的胃食管发育时间序列单细胞RNA测序数据集，用于研究胃食管鳞柱状交界处的转录动态 | 首次提供了覆盖胃食管发育全过程的全面单细胞RNA测序数据集，整合了外部数据集并通过类器官和动物模型验证，揭示了组织微环境中的发育模式和信号网络 | 数据集仅限于小鼠模型，可能无法完全反映人类胃食管疾病的复杂性，且未直接应用于癌症干预策略的开发 | 研究胃食管鳞柱状交界处的发育动态和稳态失调，以阐明癌症发病机制 | 小鼠的食管、胃和胃食管鳞柱状交界处在胚胎、新生儿和成年阶段的细胞 | 单细胞组学 | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠从胚胎到成年多个发育阶段的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 866 | 2026-03-04 |
Biologically informed machine learning modeling of immune cells to reveal physiological and pathological aging process
2024-Oct-24, Immunity & ageing : I & A
IF:5.2Q1
DOI:10.1186/s12979-024-00479-4
PMID:39449067
|
研究论文 | 本研究构建了涵盖人类从新生儿到超百岁老人生命周期的首个免疫细胞转录组图谱，通过生物信息学与机器学习方法揭示免疫细胞在生理和病理衰老过程中的变化 | 首次构建覆盖全生命周期的免疫细胞转录组图谱，开发了适用于单细胞和批量RNA-seq数据的生物年龄预测模型PHARE，并发现儿科COVID-19患者和冠状动脉疾病患者存在加速衰老现象 | 研究主要基于转录组数据，可能未完全涵盖蛋白质组或表观遗传层面的衰老变化；样本年龄分布可能存在不均匀性 | 探究衰老如何塑造免疫细胞功能，为不同生命阶段的精准治疗提供依据 | 人类免疫细胞（涵盖新生儿至超百岁老人） | 机器学习 | 老年疾病 | RNA-seq | 机器学习模型（PHARE） | 转录组数据 | 涵盖从新生儿到超百岁老人的多年龄段人类样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 867 | 2026-03-04 |
Sex-dependent APOE4 neutrophil-microglia interactions drive cognitive impairment in Alzheimer's disease
2024-Oct, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-024-03122-3
PMID:38961225
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学等技术，揭示了APOE4女性携带者中一种新型中性粒细胞亚群与认知障碍的关联，并提出了靶向IL-17F的治疗策略 | 首次在APOE4女性阿尔茨海默病患者中发现与认知障碍相关的特定中性粒细胞亚群，并阐明其通过IL-17F/IL-17RA轴抑制小胶质细胞功能的机制 | 研究主要基于小鼠模型和有限的人类队列，需要在更大规模人群中验证；治疗策略的临床转化效果尚待评估 | 探究APOE4基因型在阿尔茨海默病中的性别特异性免疫机制 | APOE4携带者的中性粒细胞与小胶质细胞 | 单细胞组学与神经免疫学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组测序，多重流式细胞术 | NA | 转录组数据，流式细胞数据 | 两个独立的APOE4女性AD患者队列（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 868 | 2026-03-04 |
mosna reveals different types of cellular interactions predictive of response to immunotherapies and survival in cancer
2024-Sep-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.16.532947
PMID:36993595
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为mosna的Python包，用于分析空间组学数据，以预测癌症免疫疗法反应和生存率 | 开发了一个兼容多种空间组学方法的分析工具，能整合临床数据并识别预测性细胞交互特征 | NA | 开发一个分析空间组学数据的工具，以预测免疫疗法反应和癌症生存率 | 空间组学数据，包括转录组学和蛋白质组学数据 | 数字病理学 | 癌症 | 空间组学，包括MERFISH、seqFISH、CODEX、MIBI-TOF、免疫荧光和10x Visium | 机器学习模型 | 空间组学数据 | NA | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium |
| 869 | 2026-03-04 |
Single-cell DNA methylation analysis tool Amethyst reveals distinct noncanonical methylation patterns in human glial cells
2024-Sep-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.08.13.607670
PMID:39211069
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为Amethyst的综合性R软件包，用于处理和分析图谱规模的单细胞甲基化测序数据 | 开发了首个用于图谱规模单细胞甲基化测序数据分析的综合性R软件包Amethyst，并利用该工具在人类大脑数据集中发现并描述了星形胶质细胞和少突胶质细胞中存在非典型甲基化模式，挑战了该甲基化形式主要与大脑神经元相关的传统观点 | 未明确提及具体局限性 | 开发单细胞甲基化测序数据分析工具，并探索人类胶质细胞中的甲基化模式 | 人类外周血单个核细胞（PBMC）、人类大脑皮层细胞、星形胶质细胞、少突胶质细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | 甲基化测序数据 | NA | NA | 单细胞甲基化测序 | NA | NA |
| 870 | 2026-03-04 |
Single-cell profile reveals the landscape of cardiac immunity and identifies a cardio-protective Ym-1hi neutrophil in myocardial ischemia-reperfusion injury
2024-04-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2024.02.003
PMID:38395651
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了心肌缺血再灌注损伤中免疫细胞的动态变化，并鉴定出一种具有心脏保护作用的Ym-1hi中性粒细胞亚型 | 首次在MIRI中通过单细胞测序系统描绘了心脏免疫细胞景观，并发现了一种新型的Ym-1hi中性粒细胞亚型，该亚型具有心脏保护作用 | 研究主要基于小鼠模型，临床样本验证相对有限 | 探究心肌缺血再灌注损伤中免疫细胞亚型及其动态变化，并鉴定具有保护作用的细胞亚型 | 小鼠心肌组织中的CD45阳性免疫细胞，以及临床患者样本 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠心肌组织在六个时间点采集的CD45细胞，以及临床样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 871 | 2026-03-04 |
Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors
2023-08, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-023-01379-4
PMID:37443281
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单核RNA测序数据，揭示了雌性食蟹猴在抑郁样行为中特定于小胶质细胞的反应 | 首次在雌性非人灵长类动物中结合空间转录组学和单核RNA测序，识别出与抑郁样行为相关的小胶质细胞亚群及其在皮质层中的特异性分布 | 研究仅针对雌性食蟹猴，样本可能有限，且结果可能无法直接推广到人类或其他物种 | 探究重度抑郁障碍的细胞和分子机制，特别是在小胶质细胞中的特异性反应 | 雌性食蟹猴的背外侧前额叶皮质 | 数字病理学 | 重度抑郁障碍 | 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 雌性食蟹猴样本（具体数量未在摘要中说明） | NA | 单核RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 872 | 2026-03-04 |
Atlas-scale single-cell chromatin accessibility using nanowell-based combinatorial indexing
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276655.122
PMID:36792372
|
研究论文 | 本文介绍了基于纳米孔芯片的单细胞组合索引染色质可及性测定技术的进展，实现了大规模细胞通量（>10^5个细胞）的低成本测量 | 利用5184纳米孔芯片在PCR索引阶段实现规模提升52倍并降低单细胞制备成本，优化工作流程获得高比例峰值内读数（>80%）和低细胞双联率 | NA | 开发低成本、高通量的单细胞染色质可及性测定技术 | 小鼠脑组织样本 | 表观遗传学 | NA | 单细胞组合索引ATAC-seq | NA | 染色质可及性数据 | >10^5个细胞 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 基于纳米孔芯片的sciATAC平台 |
| 873 | 2026-03-04 |
V-SVA: an R Shiny application for detecting and annotating hidden sources of variation in single-cell RNA-seq data
2020-06-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa128
PMID:32119082
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为V-SVA的R Shiny应用，用于检测和注释单细胞RNA测序数据中的隐藏变异源 | 开发了一个交互式网络浏览器界面，结合了基因关联发现、公开数据库注释和数据可视化工具，以辅助解释单细胞RNA测序中的变异源 | 未在摘要中明确提及具体限制 | 促进单细胞RNA测序数据中隐藏变异源的识别和注释，以区分技术变异和生物变异 | 单细胞RNA测序数据及其中的变异源 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | IA-SVA, SVA, ZINB-WaVE | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 874 | 2026-03-04 |
M3S: a comprehensive model selection for multi-modal single-cell RNA sequencing data
2019-Dec-20, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3243-1
PMID:31861972
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为M3S的R包，用于单细胞RNA测序数据的多模态模型选择和下游分析 | 开发了首个能针对不同实验设计和平台生成的表达数据，从11种常用统计模型中基因水平选择最合适多模态模型的工具 | NA | 为单细胞RNA测序数据提供多模态统计模型选择方法，以改进基因表达分布拟合和差异表达分析 | 单细胞RNA测序表达数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 多模态统计模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 875 | 2026-03-04 |
Insights from deconvolution of cell subtype proportions enhance the interpretation of functional genomic data
2019, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0215987
PMID:31022271
|
研究论文 | 本研究探讨了如何通过解卷积细胞亚型比例从功能基因组学数据中获取与表型相关的细胞变化信息 | 展示了细胞亚型比例变化对功能基因组学特性的贡献可能是疾病特异性的，并利用单细胞RNA-seq参考数据集成功估算了缺乏纯化样本参考数据的组织（如小鼠肾脏）中的细胞亚型比例 | 研究仅聚焦于人类血液和小鼠肾脏两种混合细胞群体，且对于大多数缺乏参考数据集的组织，细胞类型预测方法尚不成熟 | 增强功能基因组学数据的解释，通过分析细胞亚型比例变化来理解其与表型的关联 | 人类血液和小鼠肾脏组织样本 | 功能基因组学 | 哮喘和系统性红斑狼疮 | 解卷积分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达和DNA甲基化数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 876 | 2026-03-03 |
Nerandomilast, a PDE4B inhibitor, alleviates silica-induced lung inflammation and fibrosis by inhibition of NLRP3 inflammasome and TGF-β/Smad signalling
2026-Apr, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.70240
PMID:41255094
|
研究论文 | 本研究评估了PDE4B抑制剂nerandomilast在矽肺模型中的治疗效果及其机制，发现其通过抑制NLRP3炎症小体和TGF-β/Smad信号通路减轻炎症和纤维化 | 首次在矽肺模型中评估nerandomilast的疗效，并利用单细胞RNA测序识别PDE4B作为关键调控靶点 | 研究主要基于小鼠模型和细胞系，未涉及人类临床试验，且机制探索可能未覆盖所有相关通路 | 探究PDE4B抑制剂nerandomilast在矽肺中的治疗潜力及其分子机制 | 雄性C57BL/6N小鼠、THP-1巨噬细胞和MRC-5细胞 | NA | 矽肺 | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序、转录组分析 | NA | RNA测序数据 | 未明确样本数量，涉及小鼠模型和细胞系 | NA | 单细胞RNA测序、bulk RNA测序 | NA | NA |
| 877 | 2026-03-03 |
Intratumoral heterogeneity in microsatellite instability status at single-cell resolution
2026-Mar-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114860
PMID:41767255
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据，揭示了肿瘤内微卫星不稳定性状态的异质性，挑战了MSI作为二元生物标志物的传统观点 | 首次在单细胞分辨率下量化肿瘤内MSI状态的异质性，发现MSI-H和MSS亚克隆共存现象 | 样本量有限（49例），需要更大规模研究验证异质性频率及临床意义 | 探究微卫星不稳定性在肿瘤内的异质性现象及其对生物标志物应用的影响 | 癌症患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 49例个体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 878 | 2026-03-03 |
Differentiation of mesenchymal stem/stromal cells into CD45+ macrophage-like cells: expanding insights into MSC plasticity
2026-Mar-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2026.114906
PMID:41767265
|
研究论文 | 本研究探讨了间充质干细胞/基质细胞（MSCs）分化为CD45+巨噬细胞样细胞的潜力，揭示了MSCs的塑性及其在免疫调节和组织修复中的潜在作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了新鲜分离的MSCs中存在巨噬细胞样群体，证实了MSCs在体内外均可分化为M2型巨噬细胞，扩展了对MSCs塑性的理解 | 研究主要基于小鼠模型，人类MSCs的验证相对有限，且具体分化机制和体内功能影响需进一步探究 | 探究MSCs、纤维细胞和巨噬细胞之间的关系，特别是MSCs直接分化为巨噬细胞样细胞的可能性 | 小鼠PαS细胞（一种新鲜分离的MSC群体）和人类MSCs | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个小鼠品系和人类MSCs样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 879 | 2026-03-03 |
The non-metabolic role of MTHFD2 in regulating mitochondrial fission-dependent mitophagy via stabilizing TOP2A mRNA in glioblastoma
2026-Mar-16, Free radical biology & medicine
|
研究论文 | 本研究揭示了代谢酶MTHFD2在胶质母细胞瘤中通过稳定TOP2A mRNA来调控线粒体分裂依赖性线粒体自噬的非代谢功能 | 首次发现代谢酶MTHFD2具有RNA结合功能，通过稳定TOP2A mRNA调控线粒体动力学，揭示了其非经典功能 | NA | 探究MTHFD2在胶质母细胞瘤中线粒体完整性和动力学中的非代谢功能 | 胶质母细胞瘤细胞及小鼠原位模型 | 分子生物学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序、mt-Keima线粒体自噬流检测、RNA免疫沉淀测序、荧光素酶报告基因检测 | NA | RNA测序数据、荧光成像数据、报告基因数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 880 | 2026-03-03 |
Transfer of Damaged Mitochondria from Cancer Cells to Cancer-Associated Fibroblasts Promotes Tyrosine Kinase Inhibitor Tolerance in EGFR-Mutant Lung Cancer
2026-Mar-02, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-0433
PMID:41329713
|
研究论文 | 本研究揭示了EGFR突变肺癌中，癌细胞通过隧道纳米管将受损线粒体转移至癌症相关成纤维细胞，从而促进酪氨酸激酶抑制剂耐受的新机制 | 首次发现RGS5+MYL9+ CAF作为“代谢汇”通过接受肿瘤来源的受损线粒体促进DTP细胞存活，并证明靶向该过程的联合治疗策略 | 研究主要基于EGFR突变肺腺癌模型，其他肺癌亚型或癌症类型的普适性有待验证 | 阐明EGFR-TKI耐药性产生的细胞机制并探索克服耐药的治疗策略 | EGFR突变肺腺癌中的药物耐受持续细胞及癌症相关成纤维细胞 | 单细胞组学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |