单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-05-31	Deciphering Intercellular Communication of the Immune Landscape within Autosomal Dominant Polycystic Kidney Disease Microenvironment at Single-Cell Resolution 2025 Jan-Dec, Kidney diseases (Basel, Switzerland) DOI:10.1159/000545663 PMID:40421435	研究论文	本研究通过单细胞转录组数据解析了常染色体显性多囊肾病（ADPKD）微环境中免疫细胞间的复杂通讯网络	首次在单细胞分辨率下揭示了ADPKD微环境中单核吞噬细胞、T细胞和成纤维细胞的相互作用网络，并发现特定巨噬细胞亚群通过IL-10信号促进囊肿细胞增殖	样本量较小（7例ADPKD和3例健康肾脏样本），且仅基于转录组数据	解析ADPKD微环境中关键细胞类型及其相互作用机制	ADPKD患者肾脏微环境中的免疫细胞和结构细胞	单细胞组学	常染色体显性多囊肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合CellChat、VISION、pySCENIC和Monocle V3分析	NA	单细胞转录组数据	7例ADPKD患者和3例健康人的肾脏样本
862	2025-05-31	Ligand-receptor dynamics in heterophily-aware graph neural networks for enhanced cell type prediction from single-cell RNA-seq data 2025, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2025.1547231 PMID:40421418	研究论文	本文探讨了图神经网络（GNNs）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用，特别关注异质性感知的GNNs在细胞类型预测中的表现	通过从LIANA提取配体-受体（L-R）关联并构建基于L-R信息的细胞-细胞关联网络，增强了细胞通讯通路的生物相关性和准确性，同时探索了专门设计用于处理异质性数据的先进图神经网络方法	研究仅涵盖了六个不同的数据集，可能无法代表所有生物网络的异质性情况	提高从单细胞RNA测序数据中预测细胞类型的准确性和生物相关性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Graph Convolutional Networks (GCN), GraphSAGE, Graph Attention Networks (GAT), MixHop, Gated Bi-Kernel GNNs (GBK-GNN)	基因表达谱和配体-受体相互作用数据	六个不同的数据集
863	2025-05-31	Identification of PRKCQ-AS1 as a Keratinocyte-Derived Exosomal lncRNA That Promotes Th17 Differentiation and IL-17 secretion in Psoriasis Through Bioinformatics, Machine Learning Algorithms, and Cell Experiments 2025, Journal of inflammation research IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JIR.S521553 PMID:40433053	research paper	该研究通过生物信息学、机器学习算法和细胞实验，鉴定出PRKCQ-AS1作为一种角质细胞来源的外泌体lncRNA，通过STAT3激活促进Th17细胞分化和IL-17分泌，从而参与银屑病的发病机制	首次鉴定出PRKCQ-AS1作为角质细胞来源的外泌体lncRNA，通过STAT3信号通路促进Th17细胞分化和IL-17分泌的新机制	研究主要基于体外实验和生物信息学分析，缺乏动物模型验证	探究调控银屑病中Th17/IL-17轴的关键外泌体ncRNA及其机制	银屑病患者样本和细胞模型	生物信息学	银屑病	RNA测序、单细胞RNA测序、GWAS、免疫浸润分析、GSEA、共表达分析、孟德尔随机化、细胞共培养、慢病毒转染、免疫荧光、qRT-PCR、Western blot	五种机器学习算法	RNA测序数据、单细胞RNA测序数据、GWAS数据	NA
864	2025-05-31	Reversing VTN deficiency inhibits the progression of pancreatic cancer and enhances sensitivity to anti-PD1 immunotherapy 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1578870 PMID:40433359	研究论文	该研究探讨了细胞外基质蛋白玻连蛋白（VTN）在胰腺癌进展和免疫治疗反应中的双重作用	首次发现VTN在胰腺癌中具有抑制肿瘤进展和调节免疫治疗反应的双重功能，并提出了VTN作为抗PD1免疫治疗增敏剂的潜在策略	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	探索VTN在胰腺癌进展和免疫治疗中的作用机制	胰腺癌细胞系和小鼠模型	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序、公共数据库分析、功能实验	小鼠皮下肿瘤模型	基因表达数据、细胞表型数据	未明确说明样本数量，但使用了公共数据库数据和实验模型
865	2025-05-31	Glypican-3 regulated epithelial mesenchymal transformation-related genes in osteosarcoma: based on comprehensive tumor microenvironment profiling 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1566061 PMID:40433364	研究论文	本研究通过综合分析骨肉瘤肿瘤微环境，探讨了Glypican-3调控上皮间质转化相关基因的作用及其对预后的影响	首次基于EMT相关基因构建了骨肉瘤预后模型，并通过单细胞RNA测序验证了模型基因在细胞亚群中的表达	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于MG-63细胞系	探索EMT在骨肉瘤中的作用机制及其对肿瘤免疫微环境和免疫治疗反应的影响	骨肉瘤患者样本和MG-63细胞系	肿瘤生物学	骨肉瘤	转录组分析、WGCNA、LASSO算法、scRNA-Seq	预后预测模型	基因表达数据	多个骨肉瘤转录组数据集和单细胞RNA测序样本
866	2025-05-31	Investigating the molecular mechanisms associated with ulcerative colitis through the application of single-cell combined spatial transcriptome sequencing 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1534768 PMID:40433374	研究论文	通过单细胞结合空间转录组测序技术研究溃疡性结肠炎的分子机制	利用单细胞和空间转录组分析识别了与溃疡性结肠炎相关的特定单核细胞亚型及关键基因GNG5和TIMP1	研究主要基于动物模型和有限样本，临床样本验证需进一步扩大	阐明溃疡性结肠炎的细胞亚型和基因表达谱	溃疡性结肠炎患者样本和DSS诱导的结肠炎小鼠模型	数字病理	溃疡性结肠炎	单细胞测序、空间转录组测序、免疫组化、免疫荧光、Western blotting	LASSO、SVM	基因表达数据、图像数据	溃疡性结肠炎患者样本和DSS诱导的结肠炎小鼠模型
867	2025-05-31	CD4+T and CD8+T cells profile in lung inflammation and fibrosis: targets and potential therapeutic drugs 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1562892 PMID:40433386	review	本文总结了CD4+T和CD8+T细胞在肺纤维化中的作用，并探讨了通过调节T淋巴细胞亚群比例和相关信号通路延缓肺纤维化进程的潜在治疗靶点	提供了关于通过调节T淋巴细胞亚群比例和相关信号通路来延缓肺纤维化进程的新见解	未提及具体实验数据或样本量，主要基于已有研究和综述	探讨T淋巴细胞亚群在肺纤维化中的作用及潜在治疗靶点	CD4+T和CD8+T细胞	免疫学	肺纤维化	单细胞测序分析	NA	NA	NA
868	2025-05-31	CDT1 is a Potential Therapeutic Target for the Progression of NAFLD to HCC and the Exacerbation of Cancer 2025, Current genomics IF:1.8Q3 DOI:10.2174/0113892029313473240919105819 PMID:40433415	研究论文	本研究旨在识别非酒精性脂肪肝病（NAFLD）向肝细胞癌（HCC）进展过程中的潜在治疗靶点，重点关注影响疾病发展和进展的基因	通过生物信息学分析GEO和TCGA数据，结合机器学习技术，识别出CDT1等关键基因在NAFLD向HCC转化中的核心作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索NAFLD向HCC进展的分子机制，寻找早期诊断标志物和治疗靶点	NAFLD和HCC患者样本数据	生物信息学	肝细胞癌	第二代测序、单细胞测序	Cox比例风险模型、Lasso回归模型、机器学习模型	基因表达数据	来自GEO和TCGA数据库的大样本数据
869	2025-05-31	Inflammatory Monocytes Increase Prior to Detectable HIV-1 Rebound Viremia 2024-Dec-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.24.630257 PMID:39763863	research paper	该研究通过比较血浆蛋白质组学和单细胞转录组学，分析了HIV-1治疗停止前后外周血单个核细胞的免疫反应	发现了病毒反弹前CD16单核细胞的显著增加及其抗病毒基因表达的变化，以及血浆中炎症蛋白的识别	研究样本可能有限，且未涉及长期随访数据	识别治疗停止后病毒反弹的早期信号，以延长病毒反弹时间和治愈HIV-1	外周血单个核细胞（PBMCs）和血浆	免疫学	HIV-1感染	血浆蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	蛋白质组数据、转录组数据	未明确提及具体样本数量
870	2025-05-31	Reprogramming of epidermal keratinocytes by PITX1 transforms the cutaneous cellular landscape and promotes wound healing 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182844 PMID:39480496	研究论文	研究探讨了转录因子PITX1在表皮角质形成细胞中的重编程作用及其对伤口愈合的促进作用	首次揭示了PITX1通过重编程表皮角质形成细胞的身份和细胞间通讯，模拟口腔组织特性并促进伤口愈合	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类组织中进行验证	阐明PITX1在口腔角质形成细胞特性建立和伤口愈合能力中的作用机制	小鼠皮肤和口腔（颊）黏膜的表皮角质形成细胞	细胞生物学	伤口愈合障碍	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和空间转录组学	NA	基因表达数据	小鼠皮肤和口腔黏膜组织样本
871	2025-05-31	Flotillin-2 dampens T cell antigen sensitivity and functionality 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182328 PMID:39499901	研究论文	研究发现Flotillin-2（Flot2）蛋白通过调节T细胞表面TCR的聚集来调控T细胞对抗原的敏感性和功能	首次揭示Flot2通过调控TCR纳米簇的形成来调节T细胞对抗原的敏感性，从而影响T细胞的功能	研究主要关注Flot2在CD4+ T细胞中的作用，对其他T细胞亚群的影响尚不明确	探究Flot2在T细胞抗原敏感性和功能调控中的作用机制	Flot2缺陷型T细胞和野生型T细胞	免疫学	癌症和慢性感染	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、超分辨率显微镜	Flot2基因敲除小鼠模型	基因表达数据、显微镜图像数据	Flot2缺陷型和野生型CD4+ T细胞
872	2025-05-31	Interleukin-1β Drives Disease Progression in Arrhythmogenic Cardiomyopathy 2024-Dec-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.11.628020 PMID:39763850	研究论文	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学分析，揭示了心律失常性心肌病（ACM）中炎症-纤维化微环境的作用，并探索了抗IL-1β治疗的潜在益处	首次在ACM中鉴定出炎症-纤维化微环境，并证明抗IL-1β治疗可以减轻纤维化、改善心脏功能	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，需要进一步临床验证	探索ACM疾病进展的分子机制并寻找潜在治疗靶点	ACM患者心肌样本和Desmoglein-2突变小鼠模型	心血管疾病研究	心律失常性心肌病	单核RNA测序（snRNAseq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	ACM患者心肌样本和对照供体样本（具体数量未明确说明），以及Desmoglein-2突变小鼠
873	2025-05-31	Estimating and correcting index hopping misassignments in single-cell RNA-seq data 2024-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.21.619353 PMID:39484535	研究论文	本文提出了一种估计和纠正单细胞RNA测序数据中索引跳跃误分配的方法	开发了一种简单的计算方法来估计和纠正索引跳跃率，通过量化不同细胞类型中误分配的基因	该方法依赖于细胞具有不同的表达谱，可能不适用于表达谱相似的细胞群体	解决单细胞RNA测序数据中索引跳跃导致的读段误分配问题	小鼠皮肤细胞的混合群体	单细胞RNA测序	NA	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	1152个细胞
874	2025-05-31	scTrends: A living review of commercial single-cell and spatial 'omic technologies 2024-Dec-11, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2024.100723 PMID:39667347	综述	本文提供了一个关于商业单细胞和空间组学技术的动态综述，涵盖从基础技术到新兴方法的关键方法和趋势	动态更新商业单细胞和空间组学技术的最新进展，强调可能扩展药物研究数据生成范围的新兴方法	主要关注商业平台，可能未涵盖所有学术或实验性技术	理解和导航单细胞及空间组学技术在生物医学研究和药物开发中的商业化和应用	商业单细胞和空间组学技术平台	生物医学研究	NA	单细胞技术、空间转录组学、微流控技术、组合索引、下一代测序	NA	组学数据	NA
875	2025-05-31	Synovial tissue myeloid dendritic cell subsets exhibit distinct tissue-niche localization and function in health and rheumatoid arthritis 2024-12-10, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2024.11.004 PMID:39609125	research paper	该研究通过单细胞和空间转录组学分析，揭示了类风湿性关节炎（RA）患者滑膜组织中树突状细胞（DC）亚群的分布和功能差异	发现了健康与RA患者滑膜组织中DC亚群的不同分布和功能，特别是在活跃RA中发现了炎症性DC3s和CCR7 DC2s的新作用	研究未涉及如何实际恢复耐受性DC2s或靶向致病性DC3s的具体治疗方法	探索RA患者滑膜组织中DC亚群的功能和分布，以寻找恢复免疫耐受的新途径	人类滑膜组织中的树突状细胞（DC）亚群	免疫学	类风湿性关节炎	单细胞转录组学、空间转录组学、共培养系统	NA	转录组数据	NA
876	2025-05-31	Tissue-resident natural killer cells support survival in pancreatic cancer through promotion of cDC1-CD8 T activity 2024-Dec-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92672 PMID:39656086	研究论文	该研究揭示了组织驻留自然杀伤细胞（trNK）通过促进cDC1-CD8 T细胞活性在胰腺癌中支持生存的机制	发现IR联合CCR5抑制和PD1阻断能通过招募trNK样细胞群增强CD8 T细胞活性，提出了一种新的治疗策略	研究主要基于小鼠模型和人类scRNA-seq数据，需要进一步临床验证	探索胰腺癌免疫抑制微环境中增强抗肿瘤免疫应答的新方法	胰腺导管腺癌（PDAC）的免疫微环境	肿瘤免疫学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），离子辐射（IR）	小鼠原位PDAC肿瘤模型	基因表达数据	人类scRNA-seq PDAC队列数据和小鼠模型数据
877	2025-05-31	Single-cell transcriptomics of human organoid-derived enteroendocrine cell populations from the small intestine 2024-Dec-05, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287463 PMID:39639676	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，对人类小肠类器官衍生的肠内分泌细胞（EECs）进行了转录组学分析	利用CRISPR-Cas9技术对类器官进行基因修饰，首次系统地绘制了人类EECs的单细胞转录组图谱，并揭示了不同EEC亚群在营养感知机制上的差异表达	研究仅基于类器官模型，可能与体内真实情况存在差异	解析人类肠内分泌细胞的异质性及其在代谢调控中的作用	人类十二指肠和回肠类器官衍生的肠内分泌细胞	单细胞转录组学	糖尿病, 肥胖症, 肠道疾病	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9基因编辑, 流式细胞分选	NA	单细胞转录组数据	人类十二指肠和回肠活检组织衍生的类器官
878	2025-05-31	Diverse NKT cells regulate early inflammation and neurological outcomes after cardiac arrest and resuscitation 2024-Dec-04, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adq5796 PMID:39630883	研究论文	该研究探讨了多样化NKT细胞在心脏骤停和复苏后早期炎症及神经学结果中的调节作用	首次发现多样化NKT细胞与心脏骤停后良好神经学结果相关，并证实其神经保护作用	研究结果主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探索心脏骤停后神经损伤的免疫调节机制及潜在治疗靶点	心脏骤停患者和小鼠模型	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	临床样本数据和小鼠实验数据	大型OHCA患者队列和实验小鼠
879	2025-05-31	Left atrial single-cell transcriptomics reveals amphiregulin as a surrogate marker for atrial fibrillation 2024-Dec-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-07308-w PMID:39622943	研究论文	本研究通过单细胞转录组学揭示了心房颤动（AF）中单核-巨噬细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并确定了功能性生物标志物	首次在AF患者中鉴定出单核细胞和IL1B巨噬细胞中上调的基因AREG，并发现血清AREG水平可作为持续性AF的生物标志物	样本来源仅限于左心房组织，未涉及其他心脏区域	识别AF患者中单核-巨噬细胞的异质性及其与非免疫细胞的相互作用，并寻找功能性生物标志物	AF患者的左心房组织	单细胞转录组学	心血管疾病	单细胞RNA-seq和核RNA-seq	NA	RNA-seq数据	未明确提及具体样本数量，但涉及AF患者和健康对照组的左心房组织
880	2025-05-31	Mechanism of multifunctional adaptor protein SHARPIN regulating myocardial fibrosis and how SNP mutation affect the prognosis of myocardial infarction 2024-12, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167467 PMID:39159699	研究论文	本研究旨在阐明SHARPIN蛋白在心肌纤维化中的分子机制，并探讨其单核苷酸多态性（SNP）rs117299156对心肌梗死患者预后的影响	揭示了SHARPIN在心肌纤维化中的关键作用，并首次探讨了其SNP rs117299156对心肌梗死患者预后的影响	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类数据的样本量和代表性可能有限	阐明SHARPIN在心肌纤维化中的分子机制及其SNP对心肌梗死预后的影响	小鼠模型、成年小鼠心脏成纤维细胞、人类心脏组织单细胞测序数据、心肌梗死患者	心血管疾病研究	心血管疾病	腺病毒介导的shRNA感染、转录组分析、单细胞测序	小鼠模型	基因表达数据、临床数据	SHARPIN+/-和野生型小鼠、人类心脏组织单细胞测序数据、心肌梗死患者群体