单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
861	2025-04-17	Single-cell landscape of dynamic changes in CD8+ T cells, CD4+ T cells and exhausted T cells in hepatocellular carcinoma 2025-02-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88377-7 PMID:39900964	研究论文	通过单细胞测序数据研究肝细胞癌中T细胞相关基因在预后中的价值	使用hdWGCNA算法识别与CD4 T细胞、CD8 T细胞和耗竭T细胞相关的基因模块，并揭示耗竭T细胞中信号通路活性的改变	样本量较小，仅包括12例肝细胞癌单细胞测序数据	研究肝细胞癌中T细胞相关基因的预后价值及免疫治疗反应的预测	肝细胞癌患者的CD8+ T细胞、CD4+ T细胞和耗竭T细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞测序、hdWGCNA、AUCell算法、免疫细胞浸润分析、免疫组化、实时PCR	hdWGCNA	单细胞测序数据、转录组数据	12例肝细胞癌单细胞测序样本
862	2025-04-17	Exploring biomarkers and molecular mechanisms of Type 2 diabetes mellitus promotes colorectal cancer progression based on transcriptomics 2025-02-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88520-4 PMID:39901036	研究论文	本研究探讨了2型糖尿病（T2DM）促进结直肠癌（CRC）进展的潜在生物标志物和分子机制	揭示了T2DM促进CRC进展与O-连接糖基化相关的过程，构建了T2DM-CRC共病的诊断模型，并鉴定COX11为潜在的免疫相关分子标志物	研究主要基于转录组学数据，未涉及实验验证	探索T2DM促进CRC进展的分子机制和生物标志物	结直肠癌患者（伴或不伴T2DM）的肿瘤组织	生物信息学	结直肠癌	转录组学分析、基因本体分析、基因集富集分析、免疫浸润算法、单细胞转录分析、分子对接	Lasso逻辑回归模型	转录组数据	未明确说明样本数量
863	2025-04-17	Single-Cell RNA Sequencing on Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded (FFPE) Tissue Identified Multi-Ciliary Cells in Breast Cancer 2025-01-29, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030197 PMID:39936988	研究论文	评估福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)样本和新鲜固定(FF)样本在单细胞RNA测序(scRNAseq)中的适用性，并识别乳腺癌中的多纤毛细胞亚群	首次在乳腺癌中识别并验证了肿瘤性多纤毛细胞(MCCs)这一先前认知不足的亚群，并证实FFPE组织适用于scRNAseq分析	研究仅分析了两种乳腺癌亚型(IDC和ILC)的四个样本，样本量有限	评估FFPE和FF样本在scRNAseq中的适用性，并探索乳腺癌细胞异质性	乳腺癌组织样本(包括IDC和ILC亚型)	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序(scRNAseq)、免疫组化(IHC)、荧光原位杂交(FISH)、电子显微镜	NA	单细胞RNA测序数据、免疫组化图像	4个乳腺癌样本(2种亚型各1例FFPE+FF匹配样本)，外加214例ER阳性浸润性癌验证队列
864	2025-04-17	Mapping Human Uterine Disorders Through Single-Cell Transcriptomics 2025-01-21, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14030156 PMID:39936948	research paper	该论文通过单细胞转录组学技术研究人类子宫疾病的细胞异质性和分子机制	利用单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了子宫疾病中的关键细胞类型、信号通路和动态变化	存在可扩展性和可重复性方面的挑战	研究子宫疾病的分子机制及其对健康和生育的影响	子宫内膜异位症、腺肌症、子宫内膜癌和子宫肌瘤等子宫疾病	digital pathology	gynecological disease	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics	NA	RNA-seq data	NA
865	2025-04-17	Multidimensional transcriptomics based to illuminate the mechanisms of taurine metabolism in immune resistance of pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1567805 PMID:40230840	研究论文	本研究通过多维转录组学技术探讨了牛磺酸代谢在胰腺癌免疫抵抗中的作用机制	首次鉴定了四种不同的肿瘤细胞亚群，并揭示了RPS4Y1+肿瘤细胞在胰腺癌免疫抑制微环境中的重要作用，提出了'牛磺酸-免疫互作'标准	研究主要基于单细胞和空间转录组数据分析，需要进一步的体内实验验证	探索牛磺酸代谢紊乱与胰腺癌免疫治疗之间的潜在治疗关系	胰腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞和肿瘤细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序, 空间转录组测序	NA	转录组数据	NA
866	2025-04-17	CD121b-positive neutrophils predict immunosuppression in septic shock 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1565797 PMID:40230851	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，发现CD121b阳性中性粒细胞在脓毒性休克患者中的免疫抑制作用	首次识别出脓毒性休克患者外周血中的CD10-CD121b+中性粒细胞亚群，并发现其与疾病严重程度及免疫抑制状态相关	研究样本量未明确说明，且机制研究主要基于体外实验和小鼠模型	探究中性粒细胞在脓毒性休克病理生理中的具体作用机制	健康供体和脓毒性休克患者的外周血免疫细胞	免疫学	脓毒性休克	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	人源化小鼠脓毒症模型	RNA测序数据, 血清蛋白检测数据	健康供体和脓毒性休克患者（具体数量未说明）
867	2025-04-17	Discovering biomarkers associated with infiltration of CD8+ T cells and tumor-associated fibrosis in colon adenocarcinoma using single-cell RNA sequencing and gene co-expression network 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1496640 PMID:40230854	research paper	通过单细胞RNA测序和基因共表达网络分析，发现与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物	识别了三个与CD8+ T细胞和结肠腺癌预后相关的关键基因（LARS2、SEZ6L2和SOX7），为结肠腺癌的诊断和治疗提供了新的预后生物标志物	研究依赖于GEO数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	识别与结肠腺癌中CD8+ T细胞浸润和肿瘤相关纤维化相关的生物标志物，并评估其预后价值	结肠腺癌（COAD）样本	digital pathology	colon adenocarcinoma	single-cell RNA sequencing, gene co-expression network analysis, CIBERSORT, ESTIMATE, WGCNA, deconvolution algorithm, univariate Cox regression, LASSO analysis, immunohistochemistry, real-time PCR, western blot	prognostic model (LASSO and univariate COX regression)	RNA-seq data, protein-protein interaction data	COAD samples from GEO database (exact number not specified)
868	2025-04-17	The role of transketolase in the immunotherapy and prognosis of hepatocellular carcinoma: a multi-omics approach 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1529029 PMID:40230848	研究论文	探讨转酮醇酶(TKT)在肝细胞癌(HCC)免疫治疗和预后中的作用	采用多组学方法分析TKT在多种癌症中的表达及其与肿瘤免疫和预后的关联，揭示了TKT在HCC中的新作用机制	需要进一步研究以完全阐明TKT在免疫治疗中的作用	探索TKT在HCC免疫治疗和预后中的潜在作用	肝细胞癌(HCC)患者	癌症研究	肝细胞癌	RNA-seq分析、甲基化分析、单细胞分析、空间转录组学、RT-qPCR、siRNA转染、荧光素酶报告基因检测、染色质免疫沉淀	NA	多组学数据	多种癌症样本(具体数量未提及)
869	2025-04-17	A spatial portrait of the human sebaceous gland transcriptional program 2024-07, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.107442 PMID:38838779	research paper	该研究利用空间转录组学等技术，首次详细描绘了人类皮脂腺分化过程中的转录变化图谱	首次在细胞分辨率水平上揭示了皮脂腺分化过程中四个阶段的连续转录调控程序	研究主要基于皮脂腺增生样本，可能无法完全反映正常生理状态下的皮脂腺功能	解析皮脂腺细胞分化过程中的转录调控机制及其与皮肤健康的关系	人类皮脂腺细胞及其分化过程	转录组学	皮肤疾病	空间转录组学、伪时间分析、RNA速率分析	无监督聚类	转录组数据	未明确说明样本数量（使用皮脂腺增生样本）
870	2025-04-17	Stem-cell states converge in multistage cutaneous squamous cell carcinoma development 2024-05-31, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adi7453 PMID:38815020	research paper	研究通过基因表达网络、谱系追踪和单细胞RNA-seq技术，揭示了多阶段皮肤鳞状细胞癌发展中干细胞状态的趋同现象	发现了表达谱系可塑性和耐药性标志物的癌前肿瘤细胞状态的趋同，并揭示了两种细胞状态（多谱系可塑性与增殖）之间的互斥关系	研究主要基于小鼠组织样本，尚未在人类样本中验证	探索干细胞状态在皮肤鳞状细胞癌发展中的作用及其潜在治疗靶点	小鼠正常和肿瘤组织样本	癌症生物学	皮肤鳞状细胞癌	基因表达网络分析、谱系追踪、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	数百个小鼠组织样本（正常与肿瘤）
871	2025-04-17	Molecular cascades and cell type-specific signatures in ASD revealed by single-cell genomics 2024-05-24, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adh2602 PMID:38781372	研究论文	通过单细胞基因组学揭示了自闭症谱系障碍(ASD)中的分子级联和细胞类型特异性特征	利用深度单核RNA测序(snRNA-seq)和单核转座酶可及染色质测序(snATAC-seq)及空间转录组学，鉴定了ASD中细胞类型特异性基因调控网络(GRNs)的失调	研究基于死后脑组织，可能无法完全反映活体状态下的分子变化	理解自闭症谱系障碍的分子机制及其与遗传易感性的关系	自闭症个体的死后脑组织	基因组学	自闭症谱系障碍	snRNA-seq, snATAC-seq, 空间转录组学	NA	单细胞基因组数据	未明确提及样本数量
872	2025-04-17	A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers 2024-05-03, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adj4857 PMID:38696569	研究论文	该研究通过单细胞转录组、B细胞受体库和染色质可及性数据，解码了20种不同癌症类型中肿瘤浸润B细胞的功能	揭示了B细胞的异质性，识别出15个亚群，并分为两条独立的发育路径（滤泡外与生发中心），发现滤泡外路径与较差的临床结果和免疫治疗抵抗相关	研究样本量相对有限（477个样本，269名患者），且未涵盖所有癌症类型	解码肿瘤浸润B细胞的功能，探索其在癌症中的作用	肿瘤浸润B细胞	肿瘤免疫学	癌症	单细胞转录组测序、B细胞受体库分析、染色质可及性分析	NA	单细胞转录组数据、B细胞受体库数据、染色质可及性数据	477个样本，来自269名患者，涵盖20种癌症类型
873	2025-04-17	Preparation of a Single-Cell Suspension from Mouse Carotid Arteries for Single-Cell Sequencing 2024-01-19, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/65863 PMID:38314826	研究论文	本文提出了一种用于从小鼠颈动脉制备单细胞悬浮液的方案，以进行单细胞测序	设计了一种两步消化方法，结合胶原酶/DNase和胰蛋白酶的消化过程，以减少细胞损伤	该方案可能需要针对其他组织的血管进行适当修改	开发一种适用于单细胞测序的小鼠颈动脉单细胞悬浮液制备方案	小鼠颈动脉	单细胞测序	颈动脉粥样硬化	单细胞测序，AO/PI双荧光计数	NA	单细胞转录组数据	小鼠颈动脉细胞
874	2025-04-17	Graft dysfunction in compassionate use of genetically engineered pig-to-human cardiac xenotransplantation: a case report 2023-07-29, Lancet (London, England) DOI:10.1016/S0140-6736(23)00775-4 PMID:37393920	病例报告	报告了一例基因工程猪心脏异种移植的病例，详细分析了移植后功能障碍的原因	首次详细分析了基因工程猪心脏异种移植后的功能障碍原因，包括免疫学和组织病理学研究	仅基于单一病例，结果可能不具有普遍性	探讨异种心脏移植后功能障碍的原因及可能的改进措施	57岁男性终末期心力衰竭患者	异种移植	心力衰竭	DNA PCR、RNA转录、电子显微镜、单细胞RNA测序	NA	临床监测数据、免疫学和组织病理学数据	1例患者
875	2025-04-16	Precise measurement of CRISPR genome editing outcomes through single-cell DNA sequencing 2025-Jun-12, Molecular therapy. Methods & clinical development DOI:10.1016/j.omtm.2025.101449 PMID:40225018	research paper	该研究利用单细胞DNA测序技术精确测量CRISPR基因组编辑结果	采用Tapestri单细胞测序技术，首次在单细胞水平上同时分析超过100个位点的编辑结果，包括编辑合子性、结构变异和细胞克隆性	NA	开发更精确的基因编辑结果测量方法，以满足临床应用的安全标准	经过CRISPR编辑的细胞	基因编辑	NA	单细胞DNA测序（Tapestri）	NA	DNA序列数据	NA
876	2025-04-16	Proline mitigates antibiotic resistance evolution induced by ciprofloxacin at environmental concentrations 2025-Jun-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137561 PMID:39938368	research paper	本研究探讨了脯氨酸在环境浓度下减轻环丙沙星诱导的抗生素耐药性进化的潜力	首次发现脯氨酸能显著减轻环丙沙星诱导的耐药性进化，并揭示了其通过下调TCA循环基因表达和代谢通量的作用机制	研究主要针对土壤分离的大肠杆菌，对其他细菌和抗生素的适用性需要进一步验证	探索氨基酸特别是脯氨酸在环境抗生素耐药性进化控制中的作用	土壤分离的大肠杆菌及其他潜在细菌种群(如假单胞菌属和沙雷氏菌属)	环境微生物学	NA	转录组学、C代谢通量分析、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据、代谢通量数据	24天进化实验的土壤分离大肠杆菌种群，土壤微观实验
877	2025-04-16	Single-cell RNA sequencing reveals tissue-specific transcriptomic changes induced by perfluorooctanesulfonic acid (PFOS) in larval zebrafish (Danio rerio) 2025-Jun-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.137515 PMID:39947082	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究全氟辛烷磺酸（PFOS）对斑马鱼幼虫组织特异性转录组变化的影响	首次在单细胞水平上揭示了PFOS对斑马鱼幼虫不同组织的转录组影响，并鉴定了敏感组织和分子机制	研究仅针对斑马鱼幼虫，结果可能无法直接外推到其他物种或发育阶段	探究PFOS对斑马鱼幼虫发育毒性的组织特异性分子机制	斑马鱼（Danio rerio）幼虫	基因组学	发育毒性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	斑马鱼幼虫暴露于16μM PFOS或0.01%二甲基亚砜（DMSO）从受精后3-72小时
878	2025-04-16	Single-Cell Analyses Reveal a Functionally Heterogeneous Exhausted CD8+ T-cell Subpopulation That Is Correlated with Response to Checkpoint Therapy in Melanoma 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3918 PMID:40042995	research paper	该研究通过单细胞分析揭示了与黑色素瘤检查点治疗反应相关的功能异质性耗竭CD8+ T细胞亚群	发现PD-1和CTLA4共表达的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞（CPHi TIL）亚群与免疫治疗反应相关，并揭示该亚群由多种功能不同的T细胞亚群组成	研究主要关注黑色素瘤患者，结果在其他癌症类型中的普适性尚不明确	寻找能够预测免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物	晚期黑色素瘤患者的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞	肿瘤免疫学	黑色素瘤	单细胞RNA测序，bulk RNA测序	NA	基因表达数据	未明确说明样本量的晚期黑色素瘤患者
879	2025-04-16	Reading of Human Acute Immune Dynamics in Omicron SARS-CoV-2 Breakthrough Infection 2025-Apr-15, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2025.2494705 PMID:40231451	研究论文	本研究通过纵向前瞻性队列研究，探讨了人类对SARS-CoV-2突破性感染的急性免疫动态反应	揭示了突破性感染期间从2型细胞因子反应向1型细胞因子反应的转变，并发现S100A8/A9在轻度病例早期显著增加	样本量较小（13名参与者），可能限制结果的普遍性	阐明SARS-CoV-2突破性感染与初次感染相比的免疫反应动态差异	SARS-CoV-2突破性感染患者	免疫学	COVID-19	转录组测序、单细胞测序、TCR测序、BCR测序、Olink蛋白质组学、抗原-抗体结合实验	NA	血液样本、转录组数据、蛋白质组数据	13名参与者
880	2025-04-16	Single-Cell Sequencing-Guided Annotation of Rare Tumor Cells for Deep Learning-Based Cytopathologic Diagnosis of Early Lung Cancer 2025-Apr-15, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416921 PMID:40231585	research paper	该研究利用单细胞DNA测序技术指导罕见肿瘤细胞的标注，开发了一种基于深度学习的细胞病理学诊断方法，用于早期肺癌的诊断	使用单细胞DNA测序作为客观的肿瘤细胞标注依据，生成无偏且准确标注的数据集，并开发了深度学习模型以提高支气管肺泡灌洗细胞学的诊断敏感性	尽管模型在诊断性能上优于传统细胞学方法，但在验证队列中的敏感性仍有提升空间	提高早期肺癌的诊断准确率，特别是通过支气管肺泡灌洗细胞学方法	支气管肺泡灌洗液中的脱落肿瘤细胞和良性细胞	digital pathology	lung cancer	scDNA-Seq	DL	image	580 ETCs和1106良性细胞用于训练，发现队列(n=156)，验证队列(n=158)，外部验证队列(n=141)