单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8701	2024-09-20	A distribution-free and analytic method for power and sample size calculation in single-cell differential expression 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae540 PMID:39231036	研究论文	提出了一种基于广义估计方程的分析方法scPS，用于单细胞差异表达分析中的功效和样本量计算	scPS方法不假设数据分布，并考虑了个体样本内的细胞间相关性，避免了现有方法的局限性	未提及具体局限性	开发一种无需特定分布假设且能准确考虑细胞间相关性的方法，用于单细胞差异表达分析中的功效和样本量计算	单细胞转录组数据中的差异表达分析	生物信息学	NA	广义估计方程	NA	转录组数据	未提及具体样本量
8702	2024-09-20	ScRNA-seq reveals the spatiotemporal distribution of camptothecin pathway and transposon activity in Camptotheca acuminata shoot apexes and leaves 2024 Sep-Oct, Physiologia plantarum IF:5.4Q1 DOI:10.1111/ppl.14508 PMID:39295090	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了喜树（Camptotheca acuminata）的顶芽和叶片的细胞类型及其在喜树碱合成途径和转座子活动中的时空分布	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了喜树碱合成途径和转座子活动在喜树顶芽和叶片中的时空分布特征	NA	探讨喜树碱合成途径和转座子活动在喜树顶芽和叶片中的时空分布特征	喜树（Camptotheca acuminata）的顶芽和叶片	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	超过60,000个细胞
8703	2024-09-20	Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals hedgehog pathway-related genes as potential therapeutic targets for cervical cancer 2024-Aug-28, Cancer treatment and research communications DOI:10.1016/j.ctarc.2024.100841 PMID:39293140	研究论文	本研究结合单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了刺猬信号通路相关基因作为宫颈癌潜在治疗靶点的可能性	首次整合单细胞测序和空间转录组学数据，深入研究了刺猬信号通路在宫颈癌中的作用，并发现了MYH9在宫颈癌中的关键作用	NA	揭示刺猬信号通路相关基因在宫颈癌中的潜在治疗靶点	宫颈癌组织中的刺猬信号通路相关基因	数字病理学	宫颈癌	单细胞测序和空间转录组学	NA	转录组数据	NA
8704	2024-09-20	Single-cell transcriptomics reveal transcriptional programs underlying male and female cell fate during Plasmodium falciparum gametocytogenesis 2024-Aug-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51201-3 PMID:39187486	研究论文	本文通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫配子体发育过程中雄性和雌性细胞命运的转录程序	本文首次通过单细胞RNA测序技术，定义了恶性疟原虫配子体发育过程中雄性和雌性细胞的转录程序，并预测了潜在的驱动基因	NA	阐明在没有性染色体的情况下，恶性疟原虫雄性和雌性配子体如何分化	恶性疟原虫的配子体	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
8705	2024-09-20	aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph 2024-Aug-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03339-y PMID:39090647	研究论文	本文开发了一种优化的自适应k近邻图方法aKNNO，用于单细胞和空间转录组数据的聚类，能够同时准确识别常见和稀有细胞类型	aKNNO通过优化的自适应k近邻图，能够在单细胞和空间转录组数据中同时准确识别常见和稀有细胞类型	NA	开发一种新的聚类方法，能够在单细胞和空间转录组数据中同时准确识别常见和稀有细胞类型	单细胞和空间转录组数据中的常见和稀有细胞类型	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	自适应k近邻图	基因表达数据	38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组数据集
8706	2024-09-20	Activation of Nrf2 inhibits atherosclerosis in ApoE-/- mice through suppressing endothelial cell inflammation and lipid peroxidation 2024-08, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103229 PMID:38870781	研究论文	研究Nrf2在ApoE-/-小鼠中通过抑制内皮细胞炎症和脂质过氧化来抑制动脉粥样硬化的作用	首次探讨了内皮Nrf2在动脉粥样硬化中的作用及其激活机制，并提出了Nrf2作为治疗动脉粥样硬化的新策略	NA	探讨Nrf2在动脉粥样硬化中的作用及其作为治疗靶点的潜力	ApoE-/-小鼠和内皮细胞	NA	心血管疾病	RNA测序和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	ApoE-/-小鼠和Cdh5CreCas9floxed-stopApoE-/-小鼠
8707	2024-09-20	Therapy-induced senescence through the redox lens 2024-08, Redox biology IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.redox.2024.103228 PMID:38865902	综述	本文综述了治疗诱导的衰老肿瘤细胞通过活性氧（ROS）及其相关的氧化还原信号网络在肿瘤复发和疾病复发中的作用	本文探讨了ROS和氧化还原状态动态在微调稳态过程中驱动治疗诱导的细胞命运向衰老建立的作用，并提供了干预策略的见解，特别是利用调节氧化还原和抗氧化途径的senotherapeutics	NA	探讨治疗诱导的衰老通过氧化还原视角的作用机制，并评估其对肿瘤起始和复发的潜在影响	治疗诱导的衰老肿瘤细胞、活性氧（ROS）、氧化还原信号网络、衰老相关分泌表型（SASP）	NA	NA	NA	NA	NA	NA
8708	2024-09-20	The role of the fibroblast in Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma 2024-Jul-01, Current opinion in gastroenterology IF:2.6Q2 DOI:10.1097/MOG.0000000000001032 PMID:38626060	综述	本文综述了间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用，并探讨了针对这些细胞的转化前景	通过单细胞RNA测序研究揭示了间质在发育信号传导和癌症启动中的新兴作用，并提出了针对癌症相关成纤维细胞的潜在治疗策略	NA	探讨间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用	Barrett食管和食管腺癌中的间质和癌症相关成纤维细胞	NA	食管腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
8709	2024-09-20	6-Formylindolo[3,2-b]carbazole, a potent ligand for the aryl hydrocarbon receptor, attenuates concanavalin-induced hepatitis by limiting T-cell activation and infiltration of proinflammatory CD11b+ Kupffer cells 2024-05-29, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1093/jleuko/qiae018 PMID:38366630	研究论文	研究FICZ（6-formylindolo[3,2-b]carbazole）作为芳香烃受体激动剂在减轻由伴刀豆球蛋白A诱导的自身免疫性肝炎中的作用	首次揭示了FICZ通过限制T细胞活化和减少促炎性CD11b+库普弗细胞的浸润来减轻肝炎	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨FICZ激活芳香烃受体在自身免疫性肝炎中的作用机制	小鼠模型中的T细胞、库普弗细胞和B细胞	NA	肝炎	单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序	NA	基因表达数据	小鼠样本
8710	2024-09-20	Small nucleolar RNA host gene 18 controls vascular smooth muscle cell contractile phenotype and neointimal hyperplasia 2024-May-29, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvae055 PMID:38498586	研究论文	研究探讨了SNHG18在调节血管平滑肌细胞收缩表型和损伤诱导的新内膜增生中的作用	首次揭示了SNHG18在血管疾病中的功能，特别是其在调节血管平滑肌细胞收缩表型和预防损伤诱导的新内膜增生中的作用	NA	探索SNHG18在血管平滑肌细胞收缩表型和损伤诱导的新内膜形成中的作用	SNHG18、血管平滑肌细胞、新内膜增生	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序、转录组数据分析	NA	RNA	小鼠和人类动脉样本
8711	2024-09-20	A Large-Scale Meta-Analysis Reveals Positive Feedback between Macrophages and T Cells That Sensitizes Tumors to Immunotherapy 2024-02-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2006 PMID:38117502	研究论文	本研究通过大规模的元分析揭示了巨噬细胞和T细胞之间的正反馈机制，增强了肿瘤对免疫治疗的敏感性	本研究发现了与ICI治疗结果相关的可靠标志物，包括肿瘤突变负荷、IFNG和PDCD1表达，以及巨噬细胞和T细胞之间的相互作用	本研究依赖于大规模的多组学数据，可能存在数据异质性和样本偏倚的问题	旨在通过大规模元分析发现预测免疫检查点抑制剂治疗反应的可靠生物标志物	ICI治疗的3037名患者，涉及14种实体瘤的遗传和/或转录组学数据	数字病理学	NA	多组学分析	多变量模型	遗传和转录组学数据	3037名ICI治疗的患者
8712	2024-09-20	scKWARN: Kernel-weighted-average robust normalization for single-cell RNA-seq data 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae008 PMID:38237908	研究论文	本文介绍了一种名为scKWARN的单细胞RNA-seq数据稳健归一化方法	scKWARN通过核加权平均技术，不依赖于特定的数据分布或计数-深度关系，能够有效校正已知或隐藏的技术混杂因素	NA	开发一种新的单细胞RNA-seq数据归一化方法，以校正技术偏差并保留生物异质性	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	核加权平均	NA	RNA-seq数据	NA
8713	2024-09-20	Deciphering colorectal cancer radioresistance and immune microrenvironment: unraveling the role of EIF5A through single-cell RNA sequencing and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1466226 PMID:39290702	研究论文	研究探讨了EIF5A在结直肠癌放疗抵抗中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序和机器学习揭示了EIF5A在结直肠癌放疗抵抗中的关键作用，并验证了其在调节肿瘤免疫微环境中的功能	NA	研究EIF5A在结直肠癌放疗反应中的作用及其对肿瘤干细胞和肿瘤免疫微环境的影响	EIF5A基因在结直肠癌放疗抵抗中的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA	NA
8714	2024-09-20	Revealing spatial multimodal heterogeneity in tissues with SpaTrio 2023-12-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100446 PMID:38116121	研究论文	本文介绍了一种名为SpaTrio的计算方法，用于整合单细胞多组学和空间转录组学数据，以揭示组织中的空间多模态异质性	SpaTrio通过概率对齐技术整合单细胞多组学和空间转录组学数据，能够准确重建空间分布并分析基因调控和细胞间相互作用	NA	开发一种计算方法以解决单细胞多组学和空间转录组学技术在捕捉和描绘组织多模态信息方面的局限性	单细胞多组学和空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	概率对齐模型	多组学数据	多个实际数据集
8715	2024-09-20	Preleukemic single-cell landscapes reveal mutation-specific mechanisms and gene programs predictive of AML patient outcomes 2023-12-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100426 PMID:38116120	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了八种携带骨髓恶性肿瘤驱动突变的小鼠模型，揭示了突变特异性机制和预测AML患者预后的基因程序	首次在单细胞分辨率下解析了前白血病细胞对突变扰动的异质性适应性，并开发了一个基于前白血病转录特征的11基因评分系统（Stem11）来预测AML患者预后	研究基于小鼠模型，结果的临床转化和人类应用需进一步验证	揭示急性髓系白血病（AML）和骨髓增生性肿瘤的突变特异性机制，并开发预测患者预后的基因评分系统	八种携带骨髓恶性肿瘤驱动突变的小鼠模型中的单细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	269,048个单细胞
8716	2024-09-20	Neuroepithelial organoid patterning is mediated by a neighborhood watch mechanism 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113334 PMID:38511989	研究论文	本文研究了神经上皮类器官的图案化机制，提出了一种基于“邻里观察”（NW）机制的细胞命运决定模型	开发了一种计算方法来定义图案化的条件，并通过实验验证了模型的预测	NA	揭示神经上皮类器官图案化的机制	人类神经管类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算模型	基因表达数据	NA
8717	2024-09-20	scCURE identifies cell types responding to immunotherapy and enables outcome prediction 2023-11-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100643 PMID:37989083	研究论文	开发了一种名为scCURE的方法，用于识别免疫治疗响应和非响应的细胞类型，并预测治疗结果	提出了基于单细胞RNA测序数据的新方法scCURE，能够区分免疫治疗干预下受影响和未受影响的细胞	NA	深入理解免疫治疗响应和抵抗机制，并开发高度可靠的治疗响应预测模型	黑色素瘤和乳腺癌免疫治疗中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	高斯混合模型	单细胞RNA测序数据	涉及黑色素瘤和乳腺癌的免疫治疗单细胞RNA测序数据
8718	2024-09-20	Barcoding intracellular reverse transcription enables high-throughput phenotype-coupled T cell receptor analyses 2023-10-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100600 PMID:37776855	研究论文	本文介绍了一种名为INCERTS的新方法，通过细胞内逆转录和荧光激活细胞分选技术，实现高通量表型耦合的T细胞受体分析	提出了INCERTS方法，结合分子索引和荧光激活细胞分选技术，显著提高了样本处理量和成本效益	NA	开发一种高通量、低成本的方法来分析T细胞受体与细胞表型的关联	T细胞受体序列与细胞表型的关联，特别是从癌症患者中发现的抗原特异性TCRs	生物信息学	癌症	荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	T细胞受体序列，单细胞RNA数据	从28个患者样本中处理了数百万个外周血单核细胞（PBMC）
8719	2024-09-20	A comprehensive mouse kidney atlas enables rare cell population characterization and robust marker discovery 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106877 PMID:37275529	研究论文	本文创建了一个全面的成年小鼠肾脏图谱，整合了来自八个独立研究的140,000个细胞和细胞核的单细胞和单核RNA测序数据，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物	本文构建了一个层次模型来协调不同数据集的注释，并利用该模型预测了先前缺失的细胞注释，同时识别了难以理解的细胞类型和过渡状态的可重复标记物	NA	创建一个全面的成年小鼠肾脏图谱，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物	成年小鼠肾脏的细胞群体及其标记物	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	RNA测序数据	140,000个细胞和细胞核，来自59个公开的单细胞和单核RNA测序数据集，涉及八个独立研究
8720	2024-09-20	microRNA-132 regulates gene expression programs involved in microglial homeostasis 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106829 PMID:37250784	研究论文	研究了microRNA-132在调节小胶质细胞稳态中的基因表达程序	首次深入分析了miR-132在调节小胶质细胞稳态中的分子途径	需要进一步研究miR-132补充对阿尔茨海默病治疗的潜在影响	探讨miR-132在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞稳态的影响	miR-132及其在小胶质细胞稳态中的作用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、蛋白质组学和AGO-CLIP数据集	NA	基因表达数据	小鼠海马体和人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞