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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8601 | 2025-10-05 |
Decoding Functional and Developmental Trajectories of Tissue-Resident Uterine Dendritic Cells Through Integrative Omics
2024-Nov-14, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5424920/v1
PMID:39606471
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研究论文 | 通过整合多组学方法解析子宫驻留树突状细胞的功能和发育轨迹 | 首次系统鉴定人类子宫内膜中子宫树突状细胞的亚型及其发育轨迹,并揭示不同亚型在胚胎植入前后的特异性功能 | 研究样本数量有限,且主要关注早期妊娠阶段 | 阐明子宫树突状细胞的起源、分子特征及其在子宫内膜功能和胚胎植入过程中的作用 | 人类子宫内膜组织中的子宫树突状细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | 单细胞转录组数据,表面蛋白表达数据 | 不同月经周期和早期妊娠阶段的子宫组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq,单细胞多组学 | NA | NA |
| 8602 | 2025-10-05 |
Single-cell sequencing reveals the impact of endothelial cell PIEZO1 expression on thoracic aortic aneurysm
2024-06, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2024.04.015
PMID:38718563
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示内皮细胞PIEZO1表达对胸主动脉瘤的影响 | 首次发现PIEZO1在胸主动脉瘤中表达降低,并证实其激动剂Yoda1可通过干预巨噬细胞浸润、细胞外基质降解和新血管形成抑制动脉瘤形成 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证 | 探究PIEZO1在胸主动脉瘤发病机制中的作用 | 胸主动脉瘤患者样本和基因工程小鼠模型 | 单细胞生物学 | 胸主动脉瘤 | 单细胞测序,基因敲除模型,体内外药理学干预 | 条件性基因敲除小鼠模型 | 单细胞RNA测序数据,蛋白质表达数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8603 | 2025-10-05 |
Syngeneic murine models with distinct immune microenvironments represent subsets of human intrahepatic cholangiocarcinoma
2024-06, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2024.02.008
PMID:38458319
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研究论文 | 本研究开发并表征了具有不同遗传驱动因素的免疫活性小鼠肝内胆管癌模型,揭示了肿瘤基因型与免疫微环境表型之间的相关性 | 首次开发了Fbxw7ΔF/Akt驱动的肝内胆管癌遗传小鼠模型,并系统比较了三种不同基因型模型的肿瘤免疫微环境特征和免疫治疗反应差异 | 研究基于小鼠模型,其临床转化价值需要进一步验证;样本规模相对有限 | 阐明胆管癌肿瘤免疫微环境特征,测试新型免疫治疗策略 | 肝内胆管癌小鼠模型和人类胆管癌患者队列 | 肿瘤免疫学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,CITE-seq,全外显子测序,批量RNA测序 | 小鼠遗传模型 | 基因组数据,转录组数据,单细胞数据 | 三种不同基因型的小鼠胆管癌模型 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞多组学 | NA | NA |
| 8604 | 2024-08-07 |
Correction to 'Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno'
2024-Jan-25, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1229
PMID:38109292
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8605 | 2025-10-05 |
Predicting the Structural Impact of Human Alternative Splicing
2023-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.21.572928
PMID:38187531
|
研究论文 | 本研究使用AlphaFold2预测了超过11,000种人类剪接异构体的结构,系统分析了选择性剪接对蛋白质结构的影响 | 首次大规模预测人类剪接异构体的三维结构,并系统分析剪接变异对结构特征和功能的影响 | 仅基于计算预测,缺乏实验验证;分析范围限于已知的剪接异构体 | 探究选择性剪接对蛋白质结构的影响及其功能意义 | 人类蛋白质剪接异构体 | 计算生物学 | NA | 蛋白质结构预测,单细胞RNA测序 | AlphaFold2 | 蛋白质序列,单细胞RNA-seq数据 | 超过11,000种人类剪接异构体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Tabula Sapiens项目的单细胞RNA-seq数据 |
| 8606 | 2025-10-05 |
Probabilistic cell/domain-type assignment of spatial transcriptomics data with SpatialAnno
2023-12-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkad1023
PMID:37941153
|
研究论文 | 提出一种名为SpatialAnno的空间转录组数据注释方法,能够有效利用非标记基因和标记基因的定性信息 | 通过因子模型估计非标记基因的低维嵌入,同时利用Potts模型促进相邻点间的空间平滑性,无需参考数据集 | NA | 开发空间转录组数据的细胞/区域类型注释方法 | 空间转录组数据中的细胞/点 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组测序 | 因子模型, Potts模型 | 空间转录组数据 | 模拟数据和4个真实数据集 | 10x Genomics, ST, Slide-seq, seqFISH | 空间转录组学 | 10x Visium, ST, Slide-seqV1/2, seqFISH | 10x Visium平台, ST平台, Slide-seqV1/2平台, seqFISH平台 |
| 8607 | 2024-08-07 |
Spatial transcriptomics of the human heart
2023-08, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01918-1
PMID:37568021
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8608 | 2025-10-05 |
An atlas of healthy and injured cell states and niches in the human kidney
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05769-3
PMID:37468583
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研究论文 | 构建了人类肾脏健康和损伤状态下的高分辨率细胞图谱 | 首次通过多组学方法系统描绘了人类肾脏51种主要细胞类型,包括罕见和未描述细胞群体,并定义了28种肾脏损伤相关的细胞状态 | 样本数量相对有限(45名健康供体和48名患者),且为观察性研究 | 理解肾脏疾病的细胞类型复杂性、分子特征和组织微环境相互作用 | 人类肾脏组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞测序,单核测序,空间成像技术,空间转录组学,3D成像分析 | NA | 单细胞数据,空间转录组数据,成像数据 | 45名健康肾脏供体和48名肾脏疾病患者,超过400,000个细胞/细胞核 | NA | 单细胞RNA测序,单核RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 8609 | 2025-10-05 |
Spatially resolved multiomics of human cardiac niches
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06311-1
PMID:37438528
|
研究论文 | 本研究结合单细胞和空间转录组学数据,揭示了人类心脏八个区域的细胞生态位特征 | 首次在人类心脏中整合单细胞和空间转录组学数据,开发了drug2cell药物靶点预测工具,并发现了心脏传导系统的独特特征 | 研究仅针对人类心脏的八个特定区域,可能未涵盖所有心脏结构 | 探索人类心脏不同区域的细胞生态位和微环境特征 | 人类心脏八个区域的细胞和组织 | 空间转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据 | 人类心脏八个区域 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8610 | 2025-10-05 |
Heritable transcriptional defects from aberrations of nuclear architecture
2023-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06157-7
PMID:37286600
|
研究论文 | 本研究揭示了核结构异常(如微核和染色体桥)会导致可遗传的转录抑制 | 首次发现微核和染色体桥等核结构异常可引起可遗传的转录缺陷,并建立了核结构异常与表观遗传变化之间的直接联系 | 表观遗传变化的异质性渗透机制尚未完全阐明 | 探究癌症中表观遗传变异的机制及其与核结构异常的关系 | 癌细胞中的微核和染色体桥 | 表观遗传学 | 癌症 | 长期活细胞成像,单细胞RNA测序(Look-Seq2) | NA | 基因表达数据,染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8611 | 2025-10-05 |
Ultraviolet radiation shapes dendritic cell leukaemia transformation in the skin
2023-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-06156-8
PMID:37286599
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研究论文 | 本研究通过肿瘤系统基因组学和单细胞转录组学分析,揭示了紫外线辐射在皮肤部位塑造树突状细胞白血病转化的机制 | 首次证明紫外线辐射可在远位解剖部位影响前恶性克隆的演化,发现Tet2功能缺失突变使浆细胞样树突状细胞对UV诱导的细胞死亡产生抗性 | 研究样本量有限,主要聚焦于BPDCN这一罕见疾病,机制研究仍需进一步验证 | 探究浆细胞样树突状细胞肿瘤(BPDCN)的发病机制和进化过程 | 浆细胞样树突状细胞肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 白血病 | 肿瘤系统基因组学, 单细胞转录组学, 基因分型 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8612 | 2025-10-05 |
Protocol for multi-modal single-cell RNA sequencing on M. tuberculosis-infected mouse lungs
2023-03-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2023.102102
PMID:36853694
|
研究论文 | 开发了一种用于结核分枝杆菌感染小鼠肺组织的多模态单细胞RNA测序方案 | 同时获取每个感染细胞的转录组、表面标志物表达和细菌表型信息 | NA | 阐明不同免疫细胞在控制或促进结核分枝杆菌感染中的作用 | 结核分枝杆菌感染的肺巨噬细胞 | 单细胞测序 | 结核病 | 多模态单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,CITE-seq | NA | NA |
| 8613 | 2025-10-05 |
Guidelines for bioinformatics of single-cell sequencing data analysis in Alzheimer's disease: review, recommendation, implementation and application
2022-03-02, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-022-00517-z
PMID:35236372
|
综述 | 本文系统综述了单细胞测序数据分析的生物信息学方法及其在阿尔茨海默病研究中的应用 | 提供了14个主要分析方向的推荐工作流程并在大型单核RNA测序数据集上实施验证 | 未明确说明所用数据集的样本量限制和模型验证的局限性 | 为阿尔茨海默病单细胞测序数据分析提供生物信息学指南 | 阿尔茨海默病患者和小鼠模型的单细胞测序数据 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学 | NA | 单细胞基因表达数据, 表观基因组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学, 空间转录组学 | NA | NA |
| 8614 | 2025-10-05 |
Blood Single-Cell Transcriptomic and Proteomic Signatures of Paradoxical Eczema in Patients with Psoriasis Treated with Biologics
2025-Oct, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2025.02.153
PMID:40157420
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和质谱流式技术揭示了银屑病患者接受生物制剂治疗后出现矛盾性湿疹的分子机制 | 首次在单细胞水平揭示了矛盾性湿疹的炎症特征,并发现趋化因子和TNF通路信号传导的遗传易感性独立于已知的特应性风险位点 | 样本量相对有限,需要在更大规模的研究中验证发现 | 探究银屑病患者接受生物制剂治疗后出现矛盾性湿疹的发病机制 | 接受生物制剂治疗的银屑病患者 | 单细胞组学 | 银屑病,湿疹 | 单细胞RNA测序,质谱流式技术 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质组数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序,质谱流式细胞术 | NA | NA |
| 8615 | 2025-10-05 |
Targeting ribosomes reprograms the tumour microenvironment and augments cancer immunotherapy
2025-Oct, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-025-03109-y
PMID:40646287
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研究论文 | 本研究通过靶向核糖体生物合成重塑肿瘤微环境并增强癌症免疫治疗效果 | 首次揭示核糖体生物合成阻断对肿瘤微环境中免疫细胞的调控作用,发现对免疫治疗敏感的关键免疫细胞亚群 | 研究主要基于临床前模型,在人体中的具体效果需要进一步验证 | 探索核糖体生物合成阻断对肿瘤免疫微环境的重编程作用及其对免疫治疗的增强效应 | 免疫活性小鼠模型、人类单细胞RNA测序数据、临床样本 | 肿瘤免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据、临床样本数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8616 | 2025-10-05 |
DiSTect: a Bayesian model for disease-associated gene discovery and prediction in spatial transcriptomics
2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf530
PMID:40981505
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研究论文 | 提出一种名为DiSTect的贝叶斯收缩模型,用于空间转录组学中的疾病相关基因发现和预测 | 通过自回归项整合组织点的空间相关性,采用分层结构分析多个相关样本,并能处理组织内的缺失数据 | NA | 识别疾病指示基因并预测组织点的疾病状态 | HER2阳性乳腺癌和阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 乳腺癌,阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | 贝叶斯收缩模型 | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 8617 | 2025-10-05 |
CLUEY enables knowledge-guided clustering and cell type detection from sinlge-cell omics data
2025-Sep-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf528
PMID:40981522
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研究论文 | 提出了一种名为CLUEY的知识引导框架,用于单细胞组学数据的细胞类型检测和聚类分析 | 将先验生物学知识整合到聚类过程中,为最佳聚类数量提供指导并增强结果的可解释性 | NA | 解决单细胞组学数据聚类分析中的主观性问题,提供更可靠的细胞类型检测方法 | 单细胞组学数据,包括单模态(如scRNA-seq、scATAC-seq)和多模态数据集(如CITE-seq、SHARE-seq) | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序,多组学测序 | 知识引导聚类框架 | 单细胞组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 8618 | 2025-10-05 |
Single-cell RNA sequencing identifies CD8Teff cell activation as a predictive biomarker in triple-negative breast cancer immunotherapy
2025-Sep-19, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-025-00306-2
PMID:40971094
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析三阴性乳腺癌免疫微环境,发现CD8效应T细胞活化可作为免疫治疗疗效预测标志物 | 首次系统揭示CD8Teff细胞在三阴性乳腺癌免疫治疗中的预测价值,并发现CXCL13作为关键调节因子 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征 | 探索三阴性乳腺癌免疫治疗的疗效预测生物标志物 | 三阴性乳腺癌患者肿瘤样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 转录组分析 | 人工智能模型 | 单细胞RNA测序数据, 转录组数据, 病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8619 | 2025-10-05 |
Multi-omics Approaches to CCAAT/Enhancer-Binding Protein Beta in Oral Squamous Cell Carcinoma: Crosstalk Between Tumor Cells and Tumor-Associated Macrophages Driving Disease Progression
2025-Sep-18, Current cancer drug targets
IF:2.3Q3
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示CEBPB通过激活GAS6转录促进口腔鳞癌转移的分子机制 | 首次发现CEBPB通过调控GAS6增强子活性介导肿瘤细胞与巨噬细胞相互作用 | 研究主要基于公共数据库数据,实验验证仍需进一步扩展 | 探究CEBPB在口腔鳞癌中调控肿瘤细胞与免疫细胞相互作用的表观遗传机制 | 口腔鳞癌细胞与肿瘤相关巨噬细胞 | 生物信息学 | 口腔鳞状细胞癌 | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq, ChIP-qPCR, ELISA, Transwell实验 | HOMER算法, Seurat分析 | 基因组数据, 表观遗传数据, 单细胞数据 | 来自TCGA和GEO数据库的多组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 8620 | 2025-10-05 |
Unraveling the Role of Perivascular Macrophages in Alzheimer's Disease: Insights from the Crosstalk between Immunometabolism and Ferroptosis
2025-Sep-18, Current neuropharmacology
IF:4.8Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析,揭示了血管周巨噬细胞在阿尔茨海默病中通过免疫代谢与铁死亡相互作用发挥保护作用的分子机制 | 首次在血管周巨噬细胞中鉴定出8个与阿尔茨海默病风险呈负相关的关键基因,并揭示了这些基因通过免疫代谢与铁死亡相互作用的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析,需要进一步的实验验证来确认分子机制 | 探讨血管周巨噬细胞在阿尔茨海默病发病机制中的作用,特别关注免疫代谢与铁死亡的相互作用 | 阿尔茨海默病患者和对照组的血管周巨噬细胞 | 生物信息学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 差异表达基因分析 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 来自GEO数据库的AD患者和对照组样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |