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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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841 | 2025-10-05 |
A molecularly defined and spatially resolved cell atlas of the whole mouse brain
2023-Mar-07, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531348
PMID:36945367
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研究论文 | 通过整合MERFISH和scRNA-seq技术,构建了全小鼠大脑的高分辨率空间细胞图谱 | 首次在全脑范围内实现单细胞水平的高通量空间转录组分析,识别了5000多个转录特征不同的细胞簇 | 研究仅针对成年小鼠大脑,尚未在人类或其他物种中验证 | 解析大脑的分子和细胞结构基础 | 成年小鼠全脑约800万个细胞 | 空间转录组学 | NA | 多重误差鲁棒荧光原位杂交(MERFISH), 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 空间基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 约800万个细胞 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | MERFISH技术检测>1100个基因, 整合scRNA-seq数据进行全转录组分析 |
842 | 2025-10-05 |
A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain
2023-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.06.531121
PMID:37034735
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研究论文 | 构建了成年小鼠全脑的高分辨率转录组和空间细胞类型图谱 | 结合单细胞RNA测序和MERFISH空间转录组技术,首次在单细胞水平创建了全脑尺度的分层细胞分类系统 | 研究仅限于小鼠模型,未涉及其他物种或人类大脑 | 建立哺乳动物大脑细胞类型的完整目录,理解大脑功能和组织原理 | 成年小鼠全脑细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序, MERFISH空间转录组 | NA | 转录组数据, 空间定位数据 | 约700万单细胞RNA测序细胞, 约430万MERFISH空间转录组细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组 | NA | MERFISH空间转录组技术 |
843 | 2025-10-05 |
Single-cell profiling of long non-coding RNAs in the hematopoietic system
2025-Dec, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000240
PMID:40979441
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研究论文 | 通过整合9个单细胞RNA测序数据集,构建了包含207,113个细胞的造血系统单细胞lncRNA图谱 | 首次构建了涵盖从造血干细胞到分化血细胞的全面单细胞lncRNA图谱,鉴定出3,463个谱系特异性lncRNA | 研究主要基于已有数据集整合分析,实验验证的lncRNA数量有限 | 探索长链非编码RNA在正常和异常造血过程中的功能作用 | 造血干细胞、祖细胞及分化血细胞,包括中性粒细胞、单核细胞、B细胞、T/NK细胞 | 单细胞组学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 207,113个细胞,来自30名健康供者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
844 | 2025-10-05 |
Microfluidic chip-integrated vascularized endometrial complexes: Mitochondrial function and paracrine crosstalk enhance regenerative potential
2025-Dec, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2025.08.035
PMID:40980506
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研究论文 | 开发了一种集成微流控芯片的血管化三重细胞子宫内膜复合体,用于子宫内膜修复研究 | 首次将子宫内膜上皮类器官、基质细胞和内皮细胞整合到微流控芯片中构建血管化三重细胞复合体,揭示了细胞间旁分泌相互作用机制 | 研究使用免疫缺陷小鼠模型,可能无法完全模拟人类子宫内膜修复的免疫环境 | 开发具有生理相关性的子宫内膜修复模型并研究其再生机制 | 血管化三重细胞子宫内膜复合体(包含上皮类器官、基质细胞和内皮细胞) | 组织工程 | 子宫内膜损伤 | 单细胞RNA测序,微流控技术 | NA | 基因表达数据,功能实验数据 | 免疫缺陷小鼠子宫内膜损伤模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
845 | 2025-10-05 |
A human-mouse atlas of intrarenal myeloid cells identifies conserved disease-associated macrophages in lupus nephritis
2025-Nov-03, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20241873
PMID:40900124
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研究论文 | 通过跨物种比较研究狼疮性肾炎中肾内髓系细胞的保守特征 | 首次建立人鼠肾内髓系细胞图谱,识别出在狼疮性肾炎中保守的疾病相关巨噬细胞亚群 | 研究仅针对狼疮性肾炎,未涉及其他肾脏疾病 | 比较狼疮性肾炎患者和小鼠模型中肾内髓系细胞的异同 | 155例狼疮性肾炎患者和四种小鼠模型的肾内髓系细胞 | 数字病理学 | 狼疮性肾炎 | 单细胞分析, 空间转录组学, 功能研究 | NA | 单细胞数据, 空间转录组数据 | 155例狼疮性肾炎患者和四种小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
846 | 2025-10-05 |
Hyperactivation of the m6A demethylase FTO to down-regulate SLC7A11/xCT-mediated redox homeostasis and epigenetic remodeling in facial infiltrating lipomatosis
2025-Nov, Free radical biology & medicine
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研究论文 | 本研究揭示了m6A去甲基化酶FTO通过下调SLC7A11破坏氧化还原稳态和表观遗传重编程,从而促进面部浸润性脂肪瘤病发病的分子机制 | 首次发现FTO通过m6A依赖方式抑制SLC7A11,扰乱氧化还原平衡,并通过SIRT6-H3K9ac介导的表观遗传重编程促进脂肪生成的新机制 | 研究聚焦于罕见疾病面部浸润性脂肪瘤病,样本量可能有限,且机制研究主要在细胞和动物模型中进行 | 探究FTO介导的m6A去甲基化在面部浸润性脂肪瘤病发病机制中的作用 | 面部浸润性脂肪瘤病患者组织、脂肪干细胞和祖细胞(ASPCs)、异种移植模型 | 分子生物学 | 面部浸润性脂肪瘤病 | Western blotting, qPCR, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, MeRIP-seq, RIP-qPCR, 荧光素酶报告基因检测, ATAC-seq, ChIP-qPCR, 酶活性检测 | NA | 基因表达数据, 表观遗传数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
847 | 2025-10-05 |
Peripartum dapagliflozin improves late-life maternal cardiovascular outcomes in a murine model of superimposed preeclampsia
2025-Oct, American journal of obstetrics and gynecology
IF:8.7Q1
DOI:10.1016/j.ajog.2025.03.035
PMID:40164294
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研究论文 | 本研究在小鼠叠加先兆子痫模型中评估了围产期使用达格列净对母体心血管结局的长期影响 | 首次在叠加先兆子痫动物模型中测试围产期SGLT2抑制剂治疗对母体长期心血管功能的保护作用 | 研究基于小鼠模型,结果需在人类研究中进一步验证 | 评估SGLT2抑制剂在妊娠期和产后对母体心血管结局的影响 | BPH/2J小鼠模型(叠加先兆子痫模型) | 心血管研究 | 先兆子痫 | 连续超声心动图,空间转录组学,Masson三色染色 | BPH/2J小鼠模型 | 生理参数,组织病理学,转录组数据 | 未明确具体样本数量,使用BPH/2J怀孕小鼠 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
848 | 2025-10-05 |
Molecular Mechanisms of Human Pancreatic Islet Dysfunction Under Overnutrition Metabolic Stress
2025-Oct-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db24-1038
PMID:40773375
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示营养过剩代谢压力下人类胰岛细胞功能障碍的分子机制 | 首次在单细胞水平系统揭示不同胰岛内分泌细胞对糖脂毒性的差异敏感性及细胞间互作变化 | 研究仅基于体外培养的人类胰岛模型,未验证体内情况 | 阐明营养过剩代谢压力导致胰岛功能障碍的分子机制 | 人类胰岛细胞 | 单细胞组学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类胰岛样本(实验组vs对照组) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
849 | 2025-10-05 |
New Insights Into Diabetes-Induced Cell-Type-Specific Responses in the Neural Retina via Single-Cell Transcriptomics: A Report on Research Supported by Pathway to Stop Diabetes
2025-Oct-01, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/dbi24-0009
PMID:40794446
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综述 | 通过单细胞转录组技术探讨糖尿病诱导的神经视网膜细胞特异性反应 | 利用单细胞转录组学在单细胞分辨率水平系统分析糖尿病视网膜病变中不同细胞类型的特异性分子响应机制 | 存在未解决的问题和局限性需要进一步研究 | 阐明糖尿病视网膜病变的细胞特异性分子机制 | 神经视网膜细胞 | 单细胞转录组学 | 糖尿病视网膜病变 | 单细胞转录组测序,单核转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多种糖尿病动物模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
850 | 2025-10-05 |
Gene Therapy Targeting Pkp2 Deficiency Attenuates Cardiac Fibrosis: Insights From Single-Cell Transcriptomics in Pkp2-Knockout Rats
2025-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70392
PMID:40979216
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了PKP2基因缺陷导致心脏纤维化的机制,并开发了AAV9-PKP2基因疗法 | 首次发现PKP2是成纤维细胞活化的关键调控因子,并提出AAV9-PKP2基因疗法作为治疗心脏纤维化的新策略 | 研究主要基于动物模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探索PKP2基因缺陷在心脏纤维化中的作用机制并开发基因治疗策略 | Pkp2基因敲除大鼠、心力衰竭小鼠模型、人诱导多能干细胞来源的心脏类器官 | 单细胞转录组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,基因治疗,生物信息学分析 | 基因敲除动物模型 | 基因表达数据,单细胞转录组数据 | Pkp2敲除大鼠和心力衰竭小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
851 | 2025-10-05 |
Conjugated bile acid-driven CD14+CD16+ monocyte infiltration promotes cholestatic liver injury by enhancing hepatocyte necroptosis
2025-Oct, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2025.101517
PMID:40980164
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了CD14+CD16+单核细胞浸润通过TNFα和FASL激活RIPK1-RIPK3-MLKL轴促进肝细胞坏死性凋亡,从而加剧胆汁淤积性肝损伤的机制 | 首次发现结合胆汁酸驱动的CD14+CD16+单核细胞浸润通过TNFα/FASL-RIPK1-RIPK3-MLKL轴促进肝细胞坏死性凋亡的新机制 | 样本量相对有限(人类样本n=5-20,小鼠实验n=5),需要更大规模研究验证 | 探究单核细胞在胆汁淤积性肝病中的作用机制 | 梗阻性胆汁淤积患者肝组织非实质细胞、小鼠模型、CD14+CD16+单核细胞 | 单细胞生物学 | 胆汁淤积性肝病 | 单细胞RNA测序, 多重免疫荧光, 流式细胞术, RT-qPCR, Western blotting | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据, 蛋白质表达数据 | 人类患者5-20例,小鼠每组5只,体外实验3-20个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
852 | 2025-10-05 |
Multimodal single-cell transcriptomics with patient-specific iPSC-derived airway organoids as a drug screening approach for cystic fibrosis with nonsense mutations
2025-Oct, Biomedicine & pharmacotherapy = Biomedecine & pharmacotherapie
DOI:10.1016/j.biopha.2025.118476
PMID:40829314
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研究论文 | 本研究利用患者特异性iPSC来源的气道类器官和单细胞转录组学技术,开发了一种囊性纤维化无义突变的药物筛选方法 | 首次建立携带CFTR-S308X无义突变的患者特异性iPSC来源3D气道类器官模型,并应用多模态单细胞转录组学分析药物作用机制 | 研究仅针对特定CFTR-S308X无义突变,模型为体外系统可能无法完全模拟体内复杂环境 | 开发针对囊性纤维化无义突变的药物筛选平台并探索相关分子发病机制 | 携带CFTR-S308X无义突变的患者特异性iPSC来源气道类器官 | 单细胞生物学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序,多模态单细胞转录组学分析 | ASGARD框架,CellChat,RNA velocity | 单细胞转录组数据,bulk RNA测序数据 | 患者特异性iPSC来源气道类器官 | NA | 单细胞RNA-seq,bulk RNA-seq | NA | NA |
853 | 2025-10-05 |
Biomarkers of immune dysregulation and posttreatment inflammation in spinal muscular atrophy
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2506976122
PMID:40986347
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研究论文 | 本研究通过整合bulk和单细胞RNA测序分析脊髓性肌萎缩症(SMA)患者的免疫失调特征 | 首次在SMA中识别出6-7个月免疫激活转变点,发现基因治疗后NF-κB相关炎症基因显著上调,并揭示CD4+ T细胞早期功能障碍和G1期阻滞 | 样本量较小(共17名婴儿),仅包含25个月以下患者 | 阐明脊髓性肌萎缩症中的免疫失调机制及其对治疗反应的影响 | 脊髓性肌萎缩症婴儿患者和健康对照婴儿的外周血样本 | 生物信息学 | 脊髓性肌萎缩症 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | SMA患者11例(7例bulk RNA-seq, 4例scRNA-seq),健康对照10例(4例bulk RNA-seq, 6例scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
854 | 2025-10-05 |
ALKBH5 demethylates the m6A modification of SOCS3 in microglia/macrophages and alleviates neuroinflammation after brain injury
2025-Sep-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2504697122
PMID:40986354
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研究论文 | 本研究揭示了ALKBH5通过去甲基化SOCS3的m6A修饰缓解脑损伤后神经炎症的分子机制 | 首次发现ALKBH5-m6A-SOCS3调控轴在脑损伤后小胶质细胞/巨噬细胞驱动的神经炎症中的关键作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型,尚未在人体中验证 | 探究m6A RNA修饰在创伤性脑损伤后神经炎症中的作用机制 | 小胶质细胞/巨噬细胞 | 分子生物学 | 创伤性脑损伤 | 单细胞RNA测序, m6A RNA免疫沉淀测序, MeRIP-qPCR, RNA pull-down | NA | RNA测序数据 | 多个时间点的脑损伤模型 | NA | 单细胞RNA测序, m6A测序 | NA | NA |
855 | 2025-10-05 |
Prolonged immune activation in post-acute sequelae of SARS-CoV-2: neutrophil dynamics and therapeutic insights
2025-Sep-24, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01539-5
PMID:40987794
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研究论文 | 本研究通过仓鼠模型揭示了SARS-CoV-2感染后长期症状中中性粒细胞持续激活的机制,并验证了靶向中性粒细胞炎症的治疗策略 | 首次在小仓鼠模型中系统揭示PASC的免疫机制,发现中性粒细胞持续激活是驱动长期炎症的关键因素,并验证了Sivelestat等小分子抑制剂的治疗效果 | 研究基于动物模型,结果需要进一步在人类临床试验中验证;样本量相对有限 | 探究SARS-CoV-2感染后长期症状的免疫机制并寻找有效治疗策略 | 小仓鼠模型及感染后30天的组织样本 | 免疫学 | COVID-19后遗症 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 动物疾病模型 | 基因表达数据,组织病理图像 | SARS-CoV-2感染组46.25-47.50%存活率,其中13.75%发展为PASC表型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
856 | 2025-10-05 |
Homocysteine Exacerbates Pulmonary Fibrosis via Orchestrating Syntaxin 17 Homocysteinylation of Alveolar Type II Cells
2025-Sep-24, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202507803
PMID:40990430
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研究论文 | 本研究揭示了高同型半胱氨酸血症通过诱导STX17同型半胱氨酸化修饰加剧肺纤维化的分子机制 | 首次发现同型半胱氨酸通过STX17同型半胱氨酸化-泛素化级联反应破坏自噬流的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证仍需进一步开展 | 探究同型半胱氨酸在特发性肺纤维化发病机制中的作用 | 特发性肺纤维化患者和小鼠模型的肺泡II型上皮细胞 | 分子病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学分析 | 小鼠遗传扰动模型 | 基因表达数据,蛋白质修饰数据 | 特发性肺纤维化患者与健康对照的样本 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
857 | 2025-10-05 |
A novel ZIKV-targeted scRNA-seq method for precise quantification of ZIKV RNA
2025-Sep-24, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01114-25
PMID:40990513
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研究论文 | 开发了一种新型寨卡病毒靶向单细胞RNA测序方法,用于精确量化单个细胞中的寨卡病毒RNA | 开发了专门针对缺乏poly(A)尾的寨卡病毒RNA的靶向scRNA-seq方法,解决了传统方法检测寨卡病毒RNA的难题 | 研究仅使用免疫健全乳鼠模型,样本采集时间点有限(感染后10天) | 建立精确量化寨卡病毒RNA的单细胞测序方法并鉴定易感细胞类型 | 寨卡病毒感染的免疫健全乳鼠脑组织 | 单细胞测序 | 寨卡病毒感染 | 单细胞RNA测序,免疫荧光分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,免疫荧光图像 | 寨卡病毒感染和对照乳鼠脑组织样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
858 | 2025-10-05 |
DisConST: Distribution-aware Contrastive Learning for Spatial Domain Identification
2025-Sep-24, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf085
PMID:40990806
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研究论文 | 提出一种基于分布感知对比学习的空间转录组学空间域识别新方法 | 首次将零膨胀负二项分布与图对比学习结合,有效整合空间位置、转录组谱和细胞类型比例信息 | NA | 提高空间转录组学数据中空间域识别的准确性 | 来自不同测序平台的组织、器官和胚胎空间转录组数据 | 空间转录组学 | 肿瘤 | 空间转录组测序 | 对比学习, 图神经网络 | 空间基因表达数据 | 多种组织和胚胎样本(具体数量未明确说明) | 多种测序平台(具体公司未明确说明) | 空间转录组学 | NA | NA |
859 | 2025-10-05 |
Airway Epithelial Heterogeneity and Mucus Plugging in Asthmatic Bronchioles
2025-Sep-23, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202409-1849OC
PMID:40986379
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研究论文 | 本研究通过分析哮喘患者外周肺组织,揭示了细支气管上皮异质性与MUC5AC主导的黏液栓形成机制 | 首次发现哮喘细支气管中存在MUC5AC高表达杯状细胞生态位,并证明其与免疫细胞定位无关的异质性分布特征 | 样本来源为切除组织,无法动态观察疾病进程;免疫细胞分布与黏液栓形成相关性未明确 | 探究哮喘细支气管上皮生物学紊乱与黏液栓形成的分子病理机制 | 重度哮喘患者、致命性哮喘患者和对照者的外周肺组织 | 空间转录组学 | 哮喘 | 组织学分析、RNA原位杂交、免疫组织化学、空间转录组学、多重免疫表型分析 | NA | 组织切片图像、基因表达数据、蛋白质表达数据 | 重度哮喘患者、致命性哮喘患者和对照组的外周肺组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
860 | 2025-10-05 |
PASSpedia: A Polyadenylation Site Database Across Different Species at Single Cell Resolution
2025-Sep-23, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf089
PMID:40986375
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研究论文 | 开发了一个跨物种单细胞分辨率的多聚腺苷酸化位点数据库PASSpedia | 升级了深度学习分析流程SCAPTURE v2,首次在单细胞水平构建了跨七个物种的全面PAS图谱 | NA | 研究多聚腺苷酸化位点在不同物种中的使用模式和特征 | 七个物种的1330个已发表的3'标签scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | 3'标签测序, 单细胞RNA测序, 长读长测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | 1330个scRNA-seq数据集 | NA | single-cell RNA-seq | NA | 3'标签scRNA-seq |