单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-07-23	Integration of Clinical Trial Spatial Multiomics Analysis and Virtual Clinical Trials Enables Immunotherapy Response Prediction and Biomarker Discovery 2024-Aug-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-0943 PMID:38861365	研究论文	本文开发了一种新的计算模型，用于预测肝细胞癌（HCC）免疫治疗反应并发现生物标志物	结合数学模型、计算机模拟和高通量空间多组学数据，提出了一种新的患者结果预测和生物标志物发现方法	模型参数基于文献数据，可能需要进一步实验验证	促进免疫治疗剂量方案设计和潜在生物标志物识别	肝细胞癌（HCC）患者	数字病理学	肝癌	空间多组学分析、成像质谱流式细胞术、Visium空间转录组分析	空间定量系统药理学模型	空间多组学数据	来自新辅助HCC临床试验和独立抗PD1单药治疗研究的样本
842	2025-07-23	aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph 2024-Aug-01, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03339-y PMID:39090647	research paper	本文介绍了一种名为aKNNO的方法，用于单细胞和空间转录组学聚类，通过优化的自适应k近邻图同时识别丰富和稀有细胞类型	aKNNO方法通过优化的自适应k近邻图，能够同时准确识别丰富和稀有细胞类型，超越了现有通用和专用方法的性能	NA	开发一种能够同时识别丰富和稀有细胞类型的单细胞和空间转录组学聚类方法	单细胞和空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞和空间转录组学	自适应k近邻图	基因表达数据	38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组学数据集
843	2025-07-23	A robust model for cell type-specific interindividual variation in single-cell RNA sequencing data 2024-Jun-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-49242-9 PMID:38898015	研究论文	开发了一种名为CTMM的新模型，用于检测和量化单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性个体间变异	提出CTMM模型，首次系统地建模和量化单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性个体间变异	模型在scRNA-seq样本量较小的情况下校准测试具有挑战性	阐明细胞类型特异性生物学并识别与复杂性状相关的基因和细胞类型	人类诱导多能干细胞分化为内胚层过程中的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	CTMM (Cell Type-specific linear Mixed Model)	基因表达数据	未明确说明样本数量，但提到样本量较小
844	2025-07-23	Dysfunction of infiltrating cytotoxic CD8+ T cells within the graft promotes murine kidney allotransplant tolerance 2024-Jun-18, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI179709 PMID:38888968	研究论文	本研究探讨了小鼠肾脏同种异体移植耐受性中浸润性细胞毒性CD8+ T细胞功能失调的作用	揭示了细胞毒性CD8+ T细胞在移植肾内被重编程为耗竭/调节样表型的机制，并提出了一种称为'防御性耐受'的新概念	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索肾脏同种异体移植耐受性的机制	小鼠肾脏同种异体移植模型中的CD8+ T细胞	免疫学	肾脏移植	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 细胞过继转移	小鼠移植模型	基因表达数据	未明确说明具体样本数量，使用小鼠移植模型
845	2025-07-23	A pathologically expanded, clonal lineage of IL-21-producing CD4+ T cells drives inflammatory neuropathy 2024-Jun-11, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI178602 PMID:39087473	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和T细胞受体测序技术，研究了炎症性神经病变中IL-21产生的CD4+ T细胞的克隆扩增及其在疾病发展中的作用	发现IL-21表达的CD4+ T细胞在炎症性神经病变中克隆扩增，并揭示了IL-21信号通路、Tfh/Tph分化及CXCR6介导的细胞定位作为潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探索炎症性神经病变中致病性CD4+ T细胞的关键特性及其作用机制	炎症性神经病变小鼠模型中的CD4+ T细胞	免疫学	炎症性神经病变	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)、单细胞T细胞受体测序(scTCR-Seq)	IL-21受体敲除(IL-21R-KO)小鼠模型	单细胞转录组数据、T细胞受体序列数据	炎症性神经病变小鼠模型的周围神经组织
846	2025-07-23	Self-regulating CAR-T cells modulate cytokine release syndrome in adoptive T-cell therapy 2024-Jun-03, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20221988 PMID:38607370	研究论文	本文报道了一种自调节CAR-T细胞，通过分泌与CRS相关的细胞因子抑制剂来降低CRS的严重程度	开发了能够分泌托珠单抗衍生单链可变片段（Toci）的自调节CAR-T细胞，不仅降低了CRS相关毒性，还显示出优于传统CAR-T细胞的体内抗肿瘤效果	研究主要基于人源化NSG-SGM3小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	提高CAR-T细胞治疗的安全性和有效性	CAR-T细胞和细胞因子释放综合征（CRS）	细胞治疗	癌症	scRNA-seq分析	人源化NSG-SGM3小鼠模型	基因表达数据	人源化小鼠模型中的免疫细胞
847	2025-07-23	Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects 2024-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003 PMID:39100886	研究论文	本研究通过局部递送血管生成因子促进临界尺寸骨缺损的血管修复和骨再生	创新性地结合电纺PCL纤维与电喷雾PLGA微球递送Spp1和Cxcl12因子，首次在单细胞水平揭示临界骨缺损中血管生成障碍的核心机制	目前仅在小鼠模型中进行验证，尚未开展临床研究	解决临界尺寸骨缺损修复中的血管生成障碍问题	临界尺寸骨缺损的再生组织	组织工程	骨缺损	单细胞RNA测序、电纺/电喷雾技术	小鼠临界尺寸骨缺损模型	单细胞转录组数据	未明确说明实验动物数量
848	2025-07-23	Integrated Single-cell Multiomic Analysis of HIV Latency Reversal Reveals Novel Regulators of Viral Reactivation 2024-05-09, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzae003 PMID:38902848	研究论文	通过整合单细胞多组学分析，研究HIV潜伏期逆转的新调控因子	首次采用整合的单细胞RNA测序和单细胞染色质可及性测序方法，同时分析约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞的转录组和表观基因组特征	样本仅限于使用三种不同的潜伏逆转剂处理的CD4+ T细胞，可能无法涵盖所有HIV潜伏调控机制	理解HIV潜伏机制并识别新的病毒再激活调控因子	潜伏感染HIV的原代CD4+ T细胞	生物信息学	HIV感染	scRNA-seq, scATAC-seq	机器学习模型	单细胞转录组和表观基因组数据	约125,000个潜伏感染的CD4+ T细胞
849	2025-07-23	Young glial progenitor cells competitively replace aged and diseased human glia in the adult chimeric mouse brain 2024-May, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-023-01798-5 PMID:37460676	研究论文	研究健康胶质细胞在成年前脑中是否能竞争性替代病变的人类胶质细胞	首次证明年轻健康的胶质祖细胞可以竞争性替代成年小鼠脑中的衰老和病变胶质细胞，并揭示了YAP1/MYC/E2F定义的竞争优势表型	研究仅在嵌合小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	探索健康胶质细胞替代病变胶质细胞的潜力及其机制	人类胶质祖细胞和亨廷顿病模型小鼠	神经科学	亨廷顿病	单细胞RNA测序	嵌合小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用人类胚胎干细胞衍生的胶质祖细胞和亨廷顿病模型小鼠
850	2025-07-23	Marmosets contain multitudes 2024-Apr-25, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.97866 PMID:38661001	research paper	通过单细胞RNA测序揭示狨猴携带来自其兄弟姐妹的遗传差异细胞的程度	使用单细胞RNA测序技术首次在狨猴中揭示了其携带兄弟姐妹遗传差异细胞的情况	NA	研究狨猴细胞水平的遗传多样性	狨猴及其兄弟姐妹的细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
851	2025-07-23	Stimulator of Interferon Genes Pathway Activation through the Controlled Release of STINGel Mediates Analgesia and Anti-Cancer Effects in Oral Squamous Cell Carcinoma 2024-Apr-21, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12040920 PMID:38672274	研究论文	研究STINGel（一种缓释STING激动剂配方）在口腔鳞状细胞癌（OSCC）中的镇痛和抗癌效果及其机制	开发了STINGel缓释配方，显著增强了STING激动剂的抗肿瘤效果，并首次深入研究了其在OSCC诱导疼痛中的镇痛机制	研究仅使用了两种OSCC模型，尚未在更广泛的癌症类型或临床环境中验证	探索STINGel在OSCC治疗中的镇痛和抗癌作用机制	口腔鳞状细胞癌（OSCC）模型	癌症治疗	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	OSCC动物模型	基因表达数据、行为学数据	两种OSCC模型（口面部癌症模型和后爪模型）
852	2025-07-23	BuDDI: BulkDeconvolution withDomainInvariance to predict cell-type-specific perturbations from bulk 2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.20.549951 PMID:37503097	研究论文	提出了一种名为BuDDI的方法，通过域适应技术整合批量样本和单细胞RNA测序数据，以推断细胞类型特异性扰动效应	利用变分自编码器(VAE)学习独立的潜在空间，模拟细胞类型特异性扰动响应，无需在训练中使用单细胞扰动数据	未明确提及具体的数据规模限制或计算资源需求	开发一种方法，将批量样本和单细胞RNA测序数据结合，以研究细胞类型特异性扰动效应	批量样本和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 域适应技术	VAE (变分自编码器)	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
853	2025-07-23	Single-cell analysis of 5-aminolevulinic acid intraoperative labeling specificity for glioblastoma 2024-04-01, Journal of neurosurgery IF:3.5Q1 DOI:10.3171/2023.7.JNS23122 PMID:37773782	研究论文	本研究通过单细胞分析探讨了5-氨基乙酰丙酸（5-ALA）在胶质母细胞瘤（GBM）手术中标记的特异性	首次在单细胞水平上验证了5-ALA标记的特异性，并揭示了非肿瘤细胞也能被标记的现象	需要进一步研究系统比较5-ALA与其他潜在FGS替代物的性能	确定5-ALA在GBM手术中标记各种细胞类型的特异性	人类GBM手术标本、细胞培养和共培养模型、小鼠胶质瘤模型的急性切片培养	数字病理学	胶质母细胞瘤	SCOPE-seq2（单细胞光学表型和表达测序技术）	NA	图像、RNA测序数据	人类GBM手术标本、细胞培养模型和小鼠胶质瘤模型切片
854	2025-07-23	Uncover spatially informed variations for single-cell spatial transcriptomics with STew 2024, Bioinformatics advances IF:2.4Q2 DOI:10.1093/bioadv/vbae064 PMID:38827413	研究论文	介绍了一种名为STew的空间转录组多视图表示学习方法，用于联合分析空间信息和基因表达	STew方法能够有效利用空间信息揭示与基因表达的共同变异，并在聚类准确性和空间域连续性方面表现优异	NA	开发一种可扩展的方法来联合分析空间转录组数据中的空间信息和基因表达	人类背外侧前额叶皮层和小鼠主嗅球数据，以及来自10× Visium、Slide-seqV2和10× Xenium的空间转录组数据	空间转录组学	银屑病	空间转录组技术	多视图表示学习方法	基因表达数据和空间信息数据	包含数千个空间位置的数据集
855	2025-07-23	Genetic and Functional Analyses of Cutibacterium Acnes Isolates Reveal the Association of a Linear Plasmid with Skin Inflammation 2024-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.05.029 PMID:37478901	研究论文	研究通过遗传和功能分析揭示了Cutibacterium acnes菌株与皮肤炎症的关联，特别是线性质粒的作用	揭示了C. acnes菌株类型不足以预测炎症，携带特定质粒可能与疾病相关	研究主要基于体外和小鼠模型，人类皮肤炎症的复杂性可能未被完全捕捉	理解C. acnes不同菌株类型如何影响皮肤炎症	Cutibacterium acnes菌株	微生物学	痤疮	全基因组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、RNA测序数据	健康人群和痤疮患者的皮肤拭子样本
856	2025-07-23	Aggressive high-grade NF2 mutant meningiomas downregulate oncogenic YAP signaling via the upregulation of VGLL4 and FAT3/4 2024 Jan-Dec, Neuro-oncology advances IF:3.7Q2 DOI:10.1093/noajnl/vdae148 PMID:39380691	研究论文	本研究探讨了不同级别NF2突变脑膜瘤对YAP活性的依赖性差异及其分子机制	发现侵袭性高级别NF2突变脑膜瘤通过上调VGLL4和FAT3/4下调致癌YAP信号通路	研究主要基于体外细胞系实验，需要更多体内实验验证	探究NF2突变脑膜瘤不同级别对YAP活性的依赖性差异	人类脑膜瘤组织样本和体外培养的脑膜瘤细胞系	肿瘤生物学	脑膜瘤	RNA-Seq（包括bulk和单细胞测序）	NA	基因表达数据	大量人类脑膜瘤样本队列
857	2025-07-23	Evaluating methods for integrating single-cell data and genetics to understand inflammatory disease complexity 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1454263 PMID:39703500	研究论文	本文提出了一种三步稳健的基准分析方法，用于整合GWAS和scRNA-seq数据，以识别炎症性疾病中与遗传相关的细胞状态和基因	首次对整合GWAS和scRNA-seq数据的三种算法进行了系统比较，并评估了非编码SNP整合方法的敏感性/准确性	研究中使用的scRNA-seq图谱可能不包含疾病组织特异性转录组模式，导致误导性结果	理解免疫介导炎症性疾病的遗传基础，以改进治疗方法	类风湿性关节炎(RA)和溃疡性结肠炎(UC)患者的单细胞数据和GWAS数据	生物信息学	炎症性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 全基因组关联研究(GWAS)	scGWAS, scDRS, scPagwas, MAGMA	单细胞RNA测序数据, GWAS数据	183,742和228,211个细胞，97,173和45,975个GWAS样本
858	2025-07-23	A high-resolution transcriptomic and spatial atlas of cell types in the whole mouse brain 2023-Dec, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-023-06812-z PMID:38092916	research paper	本研究创建了一个全面且高分辨率的成年小鼠全脑细胞类型转录组和空间图谱	结合单细胞RNA测序和MERFISH空间转录组数据，构建了层次化的细胞类型分类体系，并揭示了脑区细胞类型组织的独特特征	研究仅针对成年小鼠脑部，结果可能无法直接推广到其他发育阶段或物种	建立哺乳动物大脑细胞类型的基准参考图谱	成年小鼠全脑细胞	digital pathology	NA	scRNA-seq, MERFISH	NA	转录组数据, 空间数据	约700万细胞(400万通过质控)的scRNA-seq数据, 约430万细胞的MERFISH数据
859	2025-07-23	Proteostasis governs differential temperature sensitivity across embryonic cell types 2023-11-09, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2023.10.013 PMID:37949057	研究论文	本研究利用全动物单细胞RNA测序技术，揭示了斑马鱼胚胎在不同温度压力下细胞类型和分子程序的差异，特别关注了脊索对温度的敏感性及其机制	首次在全动物水平上应用单细胞RNA测序技术，揭示了温度压力下胚胎发育的细胞类型特异性敏感性和蛋白质稳态的关键作用	研究仅针对斑马鱼胚胎，结果在其他物种中的普适性尚不明确	探究胚胎发育过程中不同细胞类型对温度压力的敏感性差异及其分子机制	斑马鱼胚胎	发育生物学	NA	单细胞RNA测序(RNA-seq)	NA	基因表达数据	数百个斑马鱼胚胎个体
860	2025-07-23	Identification of PHACTR4 as A New Biomarker for Diabetic Nephropathy and Its Correlation with Glomerular Endothelial Dysfunction and Immune Infiltration 2023-11, Iranian journal of kidney diseases.. IF:0.8Q4 DOI:10.52547/ijkd.7858 PMID:38043109	研究论文	本研究通过结合微阵列和单细胞测序数据分析，识别出与糖尿病肾病肾小球内皮细胞功能障碍相关的生物标志物PHACTR4	首次将PHACTR4鉴定为糖尿病肾病的新型生物标志物，并揭示其与肾小球内皮功能障碍及免疫浸润的关联	研究主要基于生物信息学分析，实验验证部分仅限于体外细胞模型	探索糖尿病肾病中肾小球内皮细胞功能障碍的生物标志物	糖尿病肾病患者的肾小球内皮细胞	生物信息学	糖尿病肾病	微阵列分析，单细胞测序，WGCNA，LASSO回归，RT-PCR	LASSO回归模型	基因表达数据	GSE30528和GSE131882数据集