单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-05-01	Blood DNA virome associates with autoimmune diseases and COVID-19 2025-Jan, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-02022-z PMID:39753770	研究论文	该研究通过分析日本人群的全基因组测序数据，探讨了血液DNA病毒组与自身免疫疾病及COVID-19的关联	首次在人群规模上系统量化了血液DNA病毒组的两个成分（内源性HHV-6和anellovirus），并揭示了它们与自身免疫疾病及COVID-19的关联	研究主要基于日本人群，结果在其他人群中的普适性有待验证	探索人类病毒组与自身免疫及感染性疾病的关系	6,321名日本个体，包括自身免疫疾病患者（银屑病、类风湿性关节炎、系统性红斑狼疮等）、COVID-19患者及健康对照	基因组学	自身免疫疾病, COVID-19	全基因组测序, 长读长测序, 单细胞RNA测序	GWAS	基因组数据	6,321名日本个体
842	2025-05-01	Linking tumor immune infiltration to enhanced longevity in recurrence-free breast cancer 2025-Jan, ESMO open IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.esmoop.2024.104109 PMID:39765189	研究论文	本研究探讨了B细胞/免疫球蛋白(IGG)特征与乳腺癌患者死亡率风险的关系，发现高IGG特征表达与死亡风险显著降低相关	揭示了IGG特征与乳腺癌患者长期生存的显著关联，特别是在无复发情况下，并识别出与B细胞和T细胞克隆性相关的关键基因子集	研究主要基于回顾性数据分析，需要前瞻性研究验证	探索肿瘤免疫浸润与乳腺癌患者长期生存的关系	9638名乳腺癌患者	肿瘤免疫学	乳腺癌	空间GeoMx分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9638名乳腺癌患者(来自三个数据集)
843	2025-05-01	Exploring the therapeutic potential of fibroadipogenic progenitors in muscle disease 2025 Jan-Feb, Journal of neuromuscular diseases IF:3.2Q2 DOI:10.1177/22143602241298545 PMID:39973455	review	探讨纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）在肌肉疾病中的治疗潜力	利用单细胞RNA测序等新技术深入分析FAPs的功能和特化，揭示其在健康和疾病中的作用	NA	探索FAPs在肌肉疾病中的作用及潜在治疗干预	纤维脂肪生成祖细胞（FAPs）	肌肉生物学	肌病和肌营养不良	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
844	2025-05-01	Intercellular Communication Network of CellChat Uncovers Mechanisms of Kidney Fibrosis Based on Single-Cell RNA Sequencing 2025, Kidney & blood pressure research IF:2.3Q2 DOI:10.1159/000545209 PMID:40112793	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析细胞间通讯网络，探讨了Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病模型中减缓肾纤维化的潜在机制	利用单细胞RNA测序技术揭示Empagliflozin通过调节TGF-β信号通路和MIF途径中的细胞间通讯，减少M2巨噬细胞数量，从而减缓肾纤维化的新机制	研究仅基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探究Empagliflozin在非糖尿病慢性肾病中减缓肾纤维化的作用机制	5/6肾切除大鼠模型	数字病理学	慢性肾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	三组大鼠：假手术组、5/6肾切除安慰剂组和5/6肾切除Empagliflozin治疗组
845	2025-05-01	Multi-omics Analysis of Histone-related Genes in Osteosarcoma: A Multidimensional Integrated Study Revealing Drug Sensitivity and Immune Microenvironment Characteristics 2025 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment IF:2.7Q3 DOI:10.1177/15330338251336275 PMID:40241525	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和大规模临床信息，系统分析了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义	首次系统揭示了骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，提出了'表观遗传-免疫'调控网络假说，并开发了基于组蛋白修饰的预后模型	NA	探索骨肉瘤中组蛋白修饰的空间异质性及其临床意义，开发预后模型并提出精准治疗策略	骨肉瘤微环境中的细胞类型及其组蛋白修饰特征	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	LASSO Cox回归	RNA测序数据、临床信息	NA
846	2025-05-01	A novel Wnt/β-catenin signaling gene signature for progression and metastasis of gastric cancer 2025, Oncology research IF:2.0Q3 DOI:10.32604/or.2024.054366 PMID:40296906	研究论文	本研究通过分析Wnt/β-catenin信号通路相关基因，开发了一个用于预测胃癌进展和转移的五基因特征	发现AEBP1和TCF3在细胞核内的协同作用可增强Wnt信号通路相关基因的表达，促进胃癌的侵袭、迁移和恶性转移	研究未涉及大规模临床验证，且基因特征的普适性有待进一步验证	开发预测胃癌预后的基因特征并探索其分子机制	胃癌细胞及相关基因	癌症研究	胃癌	LASSO回归、单细胞RNA测序、双荧光素酶报告基因检测	基因特征模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
847	2025-05-01	Ginkgo biloba extract EGb 761® ameliorates cognitive impairment and alleviates TNFα response in 5xFAD Alzheimer's disease model mice 2025-Jan, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2024.156327 PMID:39778487	research paper	研究银杏叶提取物EGb 761®在5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠中改善认知障碍和减轻TNFα反应的药理作用	揭示了EGb 761®通过多模式活性改善认知缺陷，包括性别特异性和非性别特异性机制，特别是对疾病相关小胶质细胞阶段2（DAM2）的影响	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探究EGb 761®在阿尔茨海默病中的药理作用及其分子机制	5xFAD阿尔茨海默病模型小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	5xFAD小鼠模型	基因表达数据、行为测试数据	8周大的5xFAD和野生型小鼠
848	2025-05-01	Computational Approaches in Spatial Transcriptomics for the Study of Mammalian Spermatogenesis 2025, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-3-031-82990-1_8 PMID:40301257	review	本文综述了用于研究哺乳动物精子发生的空间转录组学计算方法	介绍了空间转录组学技术如何将男性生育研究从单细胞水平扩展到二维空间坐标系统，并探讨了新的计算方法以提取生物学见解	NA	研究哺乳动物精子发生的转录动态及其在原生组织环境中的基因表达模式	啮齿动物和人类睾丸中的精子发生过程	computational biology	male infertility	spatial transcriptomics (ST), single-cell RNA sequencing	NA	spatial gene expression data	NA
849	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-12-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115045 PMID:39661516	研究论文	本研究探讨了过敏反应中气道伤害感受神经元的分子变化及其重编程机制	发现了一类特定的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证	探究过敏反应中伤害感受神经元获得促炎特性的机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白诱导的小鼠过敏性气道炎症模型	基因表达数据、免疫细胞数据	小鼠模型
850	2025-05-01	Cellular heterogeneity and dynamics of the human uterus in healthy premenopausal women 2024-Nov-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2404775121 PMID:39471215	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，构建了健康绝经前女性子宫的细胞图谱，揭示了子宫细胞的异质性和动态变化	首次构建了包含超过167K细胞的正常子宫细胞图谱，提出了39种子类型的共识注释系统，并鉴定了多种潜在祖细胞	样本量相对较小（5个新样本+15个已发表样本），且仅针对健康绝经前女性	研究健康绝经前女性子宫的细胞异质性和动态变化	人类子宫（子宫内膜和肌层）细胞	单细胞生物学	妇科疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	20名健康绝经前女性（5个新样本+15个已发表样本）的50,000多个子宫细胞
851	2025-05-01	Cytokines reprogram airway sensory neurons in asthma 2024-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.01.26.525731 PMID:39345572	研究论文	研究探讨了在过敏性气道炎症中，气道伤害感受神经元如何通过细胞因子重编程获得促炎表型	发现了一类独特的炎症性迷走神经伤害感受神经元，并揭示了IL-1β、IL-13和BDNF在神经元重编程中的作用	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究过敏性气道炎症中伤害感受神经元获得促炎特性的分子机制	气道伤害感受神经元	神经免疫学	哮喘	逆行追踪、谱系报告、单细胞RNA测序	卵清蛋白小鼠模型	基因表达数据	哮喘小鼠模型
852	2025-05-01	Dissecting tumor transcriptional heterogeneity from single-cell RNA-seq data by generalized binary covariance decomposition 2024-May-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.15.553436 PMID:37645713	research paper	该论文介绍了一种新的统计方法GBCD，用于从单细胞RNA测序数据中解析肿瘤转录异质性，以识别与癌症进展相关的共享转录模式	提出了一种新的统计方法GBCD，能够将转录异质性分解为可解释的组分，包括患者特异性、数据集特异性和与疾病亚型相关的共享组分	方法在存在强烈的肿瘤间异质性时表现更优，但在其他情况下可能效果有限	解析肿瘤转录异质性，识别与癌症进展相关的共享转录模式	胰腺癌腺癌（PDAC）的单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	scRNA-seq	GBCD	RNA测序数据	来自三项研究的数据
853	2025-05-01	Restoration of neuronal progenitors by partial reprogramming in the aged neurogenic niche 2024-Apr, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-024-00594-3 PMID:38553564	研究论文	本文研究了部分重编程对老年小鼠脑部神经源性生态位的影响，发现其能恢复神经母细胞比例并改善衰老相关的分子特征	首次系统性地研究了部分重编程对老年脑部神经源性生态位的影响，并发现其具有细胞自主性的抗衰老效果	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索部分重编程对老年脑部神经再生的影响	老年小鼠的脑部神经源性生态位和神经干细胞	神经生物学	衰老相关脑功能衰退	单细胞转录组学	小鼠模型	转录组数据	老年小鼠的脑组织样本和神经干细胞培养物
854	2025-05-01	Preservation of scRNA-Seq Libraries Using Existing Inactivation Protocols 2024-Feb-13, Pathogens (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/pathogens13020167 PMID:38392905	研究论文	本文探讨了在高防护级别实验室中使用现有核酸提取灭活方案保存单细胞RNA测序文库的可行性	验证了现有灭活方案（Trizol、RLT缓冲液或AVL缓冲液）不影响单细胞测序文库质量，为高防护级别实验室中的单细胞RNA测序提供了解决方案	仅测试了三种灭活方案，未涵盖所有可能的灭活方法	解决高防护级别实验室中进行单细胞RNA测序时样本灭活与保存的技术难题	单细胞RNA测序文库	基因组学	病毒性疾病（埃博拉病毒、马尔堡病毒、拉沙病毒等）	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA序列数据	未明确说明具体样本数量
855	2025-05-01	Angiogenesis-on-a-chip coupled with single-cell RNA sequencing reveals spatially differential activations of autophagy along angiogenic sprouts 2024-01-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44427-0 PMID:38172108	研究论文	通过血管生成芯片与单细胞RNA测序结合，揭示了血管生成芽中自噬的空间差异性激活	首次利用血管生成芯片重建具有清晰端点的3D血管芽，并通过单细胞RNA测序揭示了自噬在血管芽中的空间差异性激活	研究模型可能无法完全模拟体内复杂的血管生成环境	探究自噬在血管生成芽中内皮细胞的功能异质性	血管生成芽中的内皮细胞	生物医学工程	NA	单细胞RNA测序	血管生成芯片	RNA测序数据	NA
856	2025-05-01	The molecular landscape of neural differentiation in the developing Drosophila brain revealed by targeted scRNA-seq and multi-informatic analysis 2021-04-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109039 PMID:33909998	研究论文	通过靶向单细胞mRNA测序和多信息学分析揭示了果蝇大脑发育中神经分化的分子景观	结合先验知识、计算机分析和原位验证的多信息学方法，描述了单一发育快照的分子景观，并提供了用于交互分析scRNA-seq数据集的网络工具MiCV	研究仅基于第三龄幼虫大脑的单一发育快照，可能无法全面反映神经分化过程的动态变化	研究果蝇II型神经母细胞谱系中的神经发生和分化过程	果蝇III龄幼虫大脑中的II型神经母细胞谱系	分子生物学	NA	靶向单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞mRNA测序数据	NA
857	2025-05-01	Topological Methods for Visualization and Analysis of High Dimensional Single-Cell RNA Sequencing Data 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963074	research paper	本文提出了一种利用拓扑数据分析（TDA）方法Mapper来可视化和分析高维单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的新方法	该方法不仅能够捕捉细胞的聚类结构，还能保留细胞的连续基因表达拓扑结构，并通过与基因共表达网络分析结合，揭示基因共表达模块的差异表达模式	NA	开发一种新的scRNA-seq数据可视化方法，以更好地分析细胞异质性和识别细胞类型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Mapper（TDA的一种方法）	基因表达数据	NA
858	2025-05-01	Parameter tuning is a key part of dimensionality reduction via deep variational autoencoders for single cell RNA transcriptomics 2019, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing PMID:30963075	research paper	本文探讨了在单细胞RNA测序数据降维中，参数调优对深度变分自编码器（VAE）性能的关键影响	揭示了在特定参数配置下，更深的神经网络可能在包含更多观测数据的数据集上表现不佳的反直觉现象，并强调了参数调优对VAE性能的极端敏感性	研究基于模拟数据，可能无法完全反映真实scRNA-seq数据的复杂性	评估变分自编码器在单细胞RNA测序数据降维中的性能及其对参数调优的敏感性	单细胞RNA测序数据	machine learning	NA	scRNA-seq	VAE (Tybalt)	gene expression data	模拟数据集（未明确具体样本量）
859	2025-04-30	Mendelian randomization combined with single-cell sequencing data analysis of chemokines and chemokine receptors and key genes and molecular mechanisms associated with epilepsy 2025-Apr-29, Neuroreport IF:1.6Q4 DOI:10.1097/WNR.0000000000002168 PMID:40298633	研究论文	通过孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，探讨趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和潜在调控机制	结合孟德尔随机化和单细胞RNA测序技术，识别了与癫痫相关的关键基因和免疫细胞类型，并预测了潜在的治疗药物	研究依赖于已有的测序数据，未进行实验验证	探索趋化因子及其受体相关基因在癫痫中的功能和调控机制	癫痫患者中的趋化因子及其受体相关基因	生物信息学	癫痫	孟德尔随机化分析, 单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	6395个差异表达基因(DEGs)来自6个细胞簇
860	2025-04-30	Ocular immune privilege in action: the living eye imposes unique regulatory and anergic gene signatures on uveitogenic T cells 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.01.640701 PMID:40297507	research paper	该研究探讨了眼部免疫特权如何通过独特的调节和无能基因特征影响视网膜特异性T细胞，以防止自身免疫性葡萄膜炎的发生	通过单细胞转录组学和功能验证揭示了Tregs和无能T细胞的独特表型，并提出了它们共同增殖前体的平行分化路径	研究主要基于体内免疫特权模型，可能无法完全反映人类疾病的所有复杂性	揭示眼部免疫特权的分子机制，并为自身免疫、癌症和慢性感染中的T细胞调控提供新策略	视网膜特异性T细胞，特别是Foxp3+ T-regulatory cells (Tregs)和无能T细胞	免疫学	自身免疫性葡萄膜炎	单细胞转录组学	体内免疫特权模型	基因表达数据	NA