单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-06-06	Single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and its insights into cellular heterogeneity in atherosclerosis 2025-Jun, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2025.107499 PMID:40345606	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在动脉粥样硬化（AS）研究中的应用及其对细胞异质性的新见解	利用scRNA-seq技术重新定义了动脉粥样硬化斑块病理学，识别了多种细胞类型及其在斑块稳定性和炎症中的特定作用	综述性文章，未涉及具体实验数据或新发现的局限性	总结scRNA-seq在心血管疾病（CVD）特别是动脉粥样硬化（AS）研究中的应用及其对疾病机制的深入理解	非疾病和动脉粥样硬化主动脉中的主要细胞群体及其异质性	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	小鼠和人类组织样本
842	2025-06-06	scRNA-seq reveals transcriptional plasticity of var gene expression in Plasmodium falciparum for host immune avoidance 2025-Jun, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-025-02008-5 PMID:40379932	研究论文	通过单细胞转录组学技术揭示了恶性疟原虫var基因表达的可塑性及其在宿主免疫逃逸中的作用	首次在单细胞水平证实恶性疟原虫存在多var基因共表达和无var基因表达状态，揭示了转录灵活性在免疫逃逸中的新机制	研究仅使用了3D7和IT4两个克隆寄生虫株系，可能需要更多株系验证普遍性	探究恶性疟原虫var基因表达调控机制及其在免疫逃逸中的作用	恶性疟原虫克隆株系3D7和IT4	单细胞转录组学	疟疾	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	两个克隆寄生虫株系（3D7和IT4）
843	2025-06-06	Integrative transcriptomic and single-cell analysis reveals IL27RA as a key immune regulator and therapeutic indicator in breast cancer 2025-Jun-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02811-w PMID:40450602	研究论文	本文通过整合转录组和单细胞分析，揭示了IL27RA在乳腺癌中的关键免疫调节作用和治疗指示意义	首次揭示了IL27RA在乳腺癌中的免疫调节作用及其对免疫治疗和化疗反应的预测价值	研究主要基于公共数据库数据，需要进一步实验验证IL27RA的具体作用机制	探索IL27RA在乳腺癌中的表达模式及其与免疫治疗反应的关系	乳腺癌患者样本及相关免疫细胞	生物信息学	乳腺癌	RNA测序、单细胞RNA测序、Western blot	NA	转录组数据、单细胞数据	来自TCGA、GEO和scRNA-seq数据集的多组样本
844	2025-06-06	Machine Learning-Assisted Analysis of the Oral Cancer Immune Microenvironment: From Single-Cell Level to Prognostic Model Construction 2025-Jun, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70637 PMID:40457149	研究论文	本研究应用机器学习方法结合单细胞测序数据，分析口腔癌免疫微环境并构建免疫浸润预测模型，为个性化治疗和预后评估提供理论依据	结合单细胞测序和机器学习算法（如Lasso回归、随机森林和梯度提升机）构建口腔癌免疫浸润预测模型，并验证其预测性能	模型在训练集和验证集中表现良好，但未提及在更广泛人群中的适用性	分析口腔癌免疫微环境并构建预后模型，以支持个性化治疗决策和预后评估	口腔癌患者的临床基因组数据和单细胞测序数据	机器学习	口腔癌	单细胞测序	Lasso回归、随机森林、梯度提升机	基因组数据和单细胞测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及口腔癌患者的临床基因组数据和单细胞测序数据
845	2025-06-06	Integrating bulk RNA-seq and scRNA-seq analyses with machine learning to predict platinum response and prognosis in ovarian cancer 2025-May-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-99930-9 PMID:40450069	研究论文	本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据，结合机器学习方法，预测卵巢癌患者对铂类药物的反应和预后	首次结合单细胞转录组数据和机器学习模型，构建了预测铂类药物反应的基因签名（GPPS），并在独立队列中验证了其预测性能	样本量相对有限，需要在更大规模的临床队列中进行验证	开发预测卵巢癌患者铂类药物反应和预后的生物标志物	卵巢癌患者	数字病理学	卵巢癌	bulk RNA-seq, scRNA-seq	随机森林	基因表达数据	测试队列和独立验证队列GSE63885
846	2025-06-06	TSC2/mTORC1 integrates deoxynivalenol signals recognized by membrane receptors IR and EGFR to restrict intestinal stem cell function 2025-May-29, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138769 PMID:40466374	研究论文	本文研究了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）如何通过膜受体IR和EGFR整合信号，进而通过TSC2/mTORC1通路限制肠道干细胞功能	揭示了DON通过膜受体IR和EGFR调控TSC2/mTORC1活性进而影响肠道干细胞功能的新机制	研究主要基于猪肠道类器官和IPEC-J2细胞系，人体内的直接相关性尚需进一步验证	探究DON如何通过膜受体信号通路影响肠道干细胞功能	猪肠道干细胞、猪肠道类器官、IPEC-J2细胞系	细胞生物学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、等温滴定量热法（ITC）	NA	基因表达数据、热力学数据	NA
847	2025-06-06	Shared roles of immune and stromal cells in the pathogenesis of human bronchiolitis obliterans syndrome 2025-May-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176596 PMID:40232854	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了支气管闭塞综合征（BOS）患者肺组织中的细胞类型、基因和通路，揭示了免疫和基质细胞在疾病发病机制中的共同作用	首次发现CD8+组织驻留记忆T细胞（TRM）在两种BOS亚型中的扩增，并识别了与巨噬细胞趋化和增殖相关的基因通路在非免疫细胞群体中的表达	样本量较小（4例CLAD-BOS患者，3例cGVHD-BOS患者和3例对照）	阐明支气管闭塞综合征的发病机制	支气管闭塞综合征患者的肺组织	生物医学	肺疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	10例（4例CLAD-BOS，3例cGVHD-BOS，3例对照）
848	2025-06-06	Csf1r⁻ macrophages govern the second wave of neutrophils for bone repair 2025-May-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6695752/v1 PMID:40470192	研究论文	本文发现了一类独特的骨导向巨噬细胞（OdMacs），它们在骨损伤后促进骨再生微环境的形成	首次鉴定出具有特定表达谱的OdMacs，并揭示了它们通过招募表达激活素A的前中性粒细胞促进骨再生的机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探究巨噬细胞在骨再生中的作用机制	骨导向巨噬细胞（OdMacs）、前中性粒细胞（preNeu）和骨髓基质细胞（BMSCs）	再生医学	骨损伤	RNA-seq、scRNA-seq、FACS分析	小鼠基因敲除模型（Axin2-Cre; tdTomato, Inhba, Wls条件性敲除小鼠）	转录组数据、流式细胞数据	未明确说明样本数量，但使用了多种基因工程小鼠模型
849	2025-06-06	Transcriptomic Signature-Guided Depletion of Intermediate Alveolar Epithelial Cells Ameliorates Pulmonary Fibrosis in Mice 2025-May-21, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-6623390/v1 PMID:40470235	研究论文	通过转录组特征引导的中间肺泡上皮细胞耗竭改善小鼠肺纤维化	开发了一种新型RNA感知依赖的蛋白质翻译技术，用于选择性靶向和功能研究Krt8+ ADI细胞，并发现Sprr1a mRNA作为这些细胞的标记物	研究主要基于小鼠模型，人类细胞的应用和效果尚需进一步验证	探究中间肺泡上皮细胞在肺纤维化中的具体作用及其潜在治疗靶点	小鼠和人类的KRT5-/KRT17+异常基底样细胞及Krt8+ ADI细胞	分子生物学	肺纤维化	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNA感知依赖的蛋白质翻译技术	NA	转录组数据	NA
850	2025-06-06	NPAS4 Depletion in POMC Neurons Protects From Obesity and Alters the Feeding-regulated Transcriptome in Male Mice 2025-May-19, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf083 PMID:40296822	研究论文	本文研究了神经元PAS结构域蛋白4（Npas4）在POMC神经元中的作用及其对摄食行为的调控机制	首次研究了Npas4在调控摄食行为中的作用，并揭示了其在POMC神经元中的具体作用机制	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或其他动物模型	探究Npas4在POMC神经元中对摄食行为的调控作用	雄性小鼠的POMC神经元	神经科学	肥胖症	单细胞RNA测序	条件性敲除小鼠模型	基因表达数据	雄性小鼠（具体数量未提及）
851	2025-06-04	Correction to: "GnRH-Gonadotropes Interactions Revealed by Pituitary Single-cell Transcriptomics in Zebrafish" 2025-May-19, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/endocr/bqaf098 PMID:40457745	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
852	2025-06-06	Development of a machine learning-based predictive risk model combining fatty acid metabolism and ferroptosis for immunotherapy response and prognosis in prostate cancer 2025-May-13, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02484-5 PMID:40355680	research paper	本研究整合了多种RNA测序技术，构建了一个基于铁死亡和脂肪酸代谢基因的前列腺癌预后模型，用于预测免疫治疗反应和预后	结合铁死亡和脂肪酸代谢基因，利用机器学习算法构建高精度预后模型，并通过空间转录组学和单细胞RNA测序验证模型的有效性	模型仅在TCGA-PRAD和DFKZ队列中进行了验证，需要更多独立队列验证其普适性	开发前列腺癌的预后模型和个性化治疗策略	前列腺癌患者	machine learning	prostate cancer	bulk RNA sequencing, scRNA-seq, spatial transcriptomics	Lasso + Random Survival Forest (RSF)	RNA sequencing data	TCGA-PRAD数据集和DFKZ队列
853	2025-06-06	IFN-γ and donor leukocyte infusions for relapsed myeloblastic malignancies after allogeneic hematopoietic stem cell transplantation 2025-May-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.190655 PMID:40131369	research paper	该研究探讨了IFN-γ联合供体白细胞输注(DLI)在异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤中的安全性和初步疗效	首次在临床试验中评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发的髓系恶性肿瘤，并采用单细胞RNA测序技术分析IFN-γ对恶性髓系细胞的体内作用	样本量较小(n=7)，需要更大规模的研究来验证疗效	评估IFN-γ联合DLI治疗异基因造血干细胞移植后复发髓系恶性肿瘤的安全性和初步疗效	异基因造血干细胞移植后复发的急性髓系白血病或骨髓增生异常综合征患者	血液肿瘤学	急性髓系白血病,骨髓增生异常综合征	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	临床数据,基因表达数据	7名患者
854	2025-06-06	Microglia-driven inflammation induces progressive tauopathies and synucleinopathies 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01450-z PMID:40307569	研究论文	研究探讨了小胶质细胞驱动的炎症如何引发和传播神经退行性疾病中的蛋白质病变	首次证明小胶质细胞驱动的炎症可独立触发神经退行性疾病的多种病理特征，并揭示炎症诱导的局部神经病理可扩散至更广泛脑区	研究仅在小鼠模型中进行，人类相关性的验证尚需进一步研究	探究小胶质细胞驱动的炎症在神经退行性疾病中的作用机制	小胶质细胞、tau蛋白和α-突触核蛋白	神经科学	阿尔茨海默病、帕金森病	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量
855	2025-06-06	Progressive accumulation of circulating CD27-CD28- effector/memory CD8+ T cells in patients with lung cancer blunts responses to immune checkpoint inhibitor therapy 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01448-7 PMID:40307573	research paper	该研究揭示了肺癌患者外周血CD8+ T细胞亚群的改变及其对免疫检查点抑制剂治疗反应的影响	首次系统性地描述了肺癌如何通过诱导CD8+ T细胞稳态失调来对抗潜在的肿瘤反应性T细胞	研究样本量相对有限（224例患者），且机制研究有待深入	探究肺癌对全身CD8+ T细胞区室的影响及其临床意义	肺癌患者的外周血CD8+ T细胞	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	224例肺癌患者（来自四个独立队列）
856	2025-06-06	Cancer-associated fibroblast-derived fibulin-5 promotes epithelial-mesenchymal transition in diffuse-type gastric cancer via cAMP response element-binding protein pathway, showing poor prognosis 2025-May, Experimental & molecular medicine DOI:10.1038/s12276-025-01447-8 PMID:40369121	研究论文	本研究通过构建大规模信号网络和实验验证，揭示了癌症相关成纤维细胞（CAFs）分泌的fibulin-5通过CREB通路促进弥漫型胃癌（DGC）的上皮-间质转化（EMT），并与患者不良预后相关	首次发现CAFs分泌的fibulin-5通过CREB通路促进DGC的EMT，并证实其作为预后标志物的潜力	研究主要基于体外实验和回顾性数据分析，需要进一步的前瞻性临床研究验证	探索弥漫型胃癌（DGC）的特异性生物标志物及其分子机制	弥漫型胃癌（DGC）患者样本、癌症相关成纤维细胞（CAFs）和癌细胞系	肿瘤生物学	胃癌	RNA测序、免疫组织化学染色、单细胞RNA测序、原代培养、类器官培养和共培养系统	数学模型	RNA测序数据、组织微阵列数据、单细胞RNA测序数据和临床数据	三个基因组数据库（TCGA、GSE62254和GSE26253）的数据、组织微阵列块、患者血液样本
857	2025-06-06	Clofarabine Enhances the Transduction Efficiency of Recombinant AAV2 in the Retina 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.42 PMID:40434346	研究论文	研究氯法拉滨如何提高重组AAV2在视网膜中的转导效率及其机制	发现氯法拉滨能通过同步细胞周期和重编程转录景观，显著提高rAAV2在视网膜中的转导效率	研究仅限于小鼠模型和ARPE-19细胞，尚未在人类中进行验证	探索核糖核苷酸还原酶抑制剂增强rAAV2在视网膜中转导效率的机制	小鼠视网膜和ARPE-19细胞	基因治疗	眼科疾病	RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	小鼠和ARPE-19细胞
858	2025-06-06	Recent Advances in Stem Cells of Corneal Epithelia 2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.66.5.45 PMID:40440164	综述	本文综述了角膜上皮干细胞（CESCs）的最新研究进展，包括其位置、群体维持机制和异质性	通过角膜上皮谱系追踪、活体成像和单细胞RNA测序等新技术，揭示了CESCs的意外特性	讨论了当前研究的局限性，并指出CESCs领域亟待解决的关键问题	深入理解CESCs的特性以推动角膜疾病的再生医学治疗	角膜上皮干细胞（CESCs）	再生医学	角膜疾病	谱系追踪、活体成像、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
859	2025-06-06	Multi-Omic Insight Into the Molecular Networks in the Pathogenesis of Coronary Artery Disease 2025-Apr, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.037203 PMID:40135555	研究论文	通过整合多组学数据，研究冠状动脉疾病（CAD）的分子网络机制	利用基于摘要数据的孟德尔随机化和共定位分析整合多组学数据，揭示了TAGLN2、APOB、GIP等基因与CAD风险的关联	未提及具体样本量，且部分潜在因果/风险基因仍未被识别	探索冠状动脉疾病的分子机制和潜在因果基因	冠状动脉疾病（CAD）患者	生物信息学	心血管疾病	基因甲基化、表达和蛋白质水平的整合分析，单细胞RNA测序	孟德尔随机化和共定位分析	多组学数据（基因甲基化、表达、蛋白质水平）	NA
860	2025-06-06	BubR1 Controls Heart Development by Promoting Expression of Cardiogenesis Regulators 2025-Mar-18, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.038286 PMID:40055864	研究论文	该研究揭示了BubR1在心脏发育中的关键作用，通过促进心脏生成调节因子的表达来确保心脏形态发生的正确时机	首次揭示了BubR1通过调控关键心脏生成基因的表达和Wnt信号通路来影响心脏发育的分子机制	研究主要基于小鼠模型，人类心脏发育的差异可能影响结果的普适性	探究BubR1基因突变导致先天性心脏缺陷的分子机制	小鼠胚胎心脏发育过程	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序、轨迹分析、CellChat分析	条件性基因敲除小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体样本数量，使用条件性Bub1b敲除小鼠胚胎