单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-05-31	Differential regulation by CD47 and thrombospondin-1 of extramedullary erythropoiesis in mouse spleen 2024-Jul-09, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.92679 PMID:38979889	research paper	该研究探讨了CD47和thrombospondin-1在小鼠脾脏髓外造血中的差异调节作用	揭示了CD47和thrombospondin-1信号通路在调节脾脏髓外造血中的不同作用，特别是对早期和晚期红细胞生成的影响	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他动物的验证	研究CD47和thrombospondin-1在脾脏髓外造血中的调控机制	小鼠脾脏中的造血细胞	NA	NA	单细胞转录组分析和流式细胞术	NA	基因表达数据和细胞标记数据	小鼠脾脏细胞
842	2025-05-31	Single-cell analysis reveals lasting immunological consequences of influenza infection and respiratory immunization in the pig lung 2024-Jul, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1011910 PMID:39024231	研究论文	通过单细胞RNA测序和流式细胞术，研究了猪肺部在H1N1pdm09感染或呼吸道免疫后的持久免疫学变化	首次在猪模型中利用scRNA-seq和流式细胞术详细描述了流感感染和呼吸道免疫后的持久免疫学影响，特别是IL-1β对Treg细胞功能的影响以及IFI6的上调对病毒复制的抑制作用	研究仅关注了感染或免疫后21天的免疫反应，未探讨更长期的影响	探究流感感染和呼吸道免疫对猪肺部免疫细胞的持久影响	猪肺部的白细胞亚群	免疫学	流感	scRNA-seq, 流式细胞术	NA	RNA测序数据, 流式细胞数据	猪的支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞
843	2025-05-31	Network-based prioritization and validation of regulators of vascular smooth muscle cell proliferation in disease 2024-06, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-024-00474-4 PMID:39215134	research paper	通过单细胞转录组学和表观遗传分析重建基因调控网络，阐明血管平滑肌细胞增殖的分子决定因素	发现了RUNX1和TIMP1等先前未被识别的增殖调控因子，并揭示了TIMP1通过CD74介导的STAT3信号反馈促进VSMC增殖的机制	研究主要基于体外实验和计算分析，需要进一步的体内实验验证	阐明血管平滑肌细胞增殖的分子机制及其在血管疾病中的作用	血管平滑肌细胞(VSMC)	生物医学	心血管疾病	单细胞转录组学, 表观遗传分析	基因调控网络	转录组数据, 表观遗传数据	NA
844	2025-05-31	Single cell RNA sequencing of human FAPs reveals different functional stages in Duchenne muscular dystrophy 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1399319 PMID:39045456	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究人类FAPs在杜氏肌营养不良症中的不同功能状态	首次使用单细胞RNA测序技术揭示DMD患者与健康对照组FAPs的转录组差异，并识别出不同的FAPs亚群及其功能特征	样本量相对较小（n=9验证样本），且仅聚焦于FAPs细胞，未全面研究其他细胞类型在DMD中的作用	探究杜氏肌营养不良症中FAPs的分子调控机制及其在肌肉退化和再生中的作用	人类纤维脂肪前体细胞（FAPs）	单细胞组学	杜氏肌营养不良症	单细胞RNA测序（scRNAseq），10X Genomics，Illumina，qPCR	Seurat分析	单细胞转录组数据	未明确总测序样本数，验证样本n=9
845	2025-05-30	Landscape of spatial disruption of homeostasis in the middle temporal gyrus of epileptic patients 2025-Aug-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2025.149688 PMID:40350141	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）技术，探讨癫痫患者中颞回（MTG）的细胞和空间稳态破坏	结合单细胞和空间转录组数据，揭示了癫痫患者中颞回的细胞层特异性基因表达模式和空间动态变化，并识别了与空间稳态破坏相关的关键基因	NA	阐明癫痫患者中颞回的细胞和空间稳态破坏机制	癫痫患者的中颞回（MTG）组织	神经科学	癫痫	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学（ST）	空间转移张量（STT）算法	基因表达数据、空间转录组数据	NA
846	2025-05-30	Immune checkpoint inhibitor-associated pneumonitis: focus on diagnosis and underlying mechanisms 2025-Jul-01, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000001175 PMID:40265506	review	本文综述了免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎的诊断、风险因素和治疗策略，特别关注其潜在的病理生理机制	通过单细胞RNA测序和生物标志物（如自身抗体）的鉴定，增强了对ICI相关肺炎的理解，揭示了细胞介导和体液机制在病理生理中的作用	尽管皮质类固醇是治疗的一线药物，但类固醇难治性肺炎仍然常见且死亡率高	提供ICI相关肺炎的最新研究进展，以指导靶向治疗和未来研究方向	免疫检查点抑制剂（ICI）相关肺炎	NA	lung cancer	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
847	2025-05-30	BCLAF1 restrains stress responses in hematopoietic stem cells to support expansion and repopulation 2025-May-29, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014916 PMID:40435510	研究论文	本文发现BCLAF1在造血干细胞（HSC）的扩增和移植后重建中起关键调节作用	首次揭示了转录调节因子BCLAF1在限制HSC应激反应中的新功能，以维持胚胎发生期间的HSC发育和移植后的重建功能	研究主要基于小鼠模型，人类HSC中的具体机制尚需进一步验证	探究BCLAF1在造血干细胞发育和功能维持中的作用	小鼠胎儿和成年造血干细胞	造血干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	NA
848	2025-05-30	Improving predictive accuracy in multiple myeloma using a plasma cell profile derived from single-cell RNA sequencing 2025-May-29, Haematologica IF:8.2Q1 DOI:10.3324/haematol.2025.287586 PMID:40438979	研究论文	通过单细胞RNA测序分析多发性骨髓瘤患者的肿瘤细胞异质性，发现一种特别具有侵袭性的细胞亚群，并基于此开发了一个7基因标志物的风险分层模型	首次在单细胞分辨率下识别出与多发性骨髓瘤患者不良预后相关的侵袭性细胞亚群，并开发了一个新的7基因标志物风险分层模型	研究样本量较小（12名新诊断患者），需要在更大样本中验证	提高多发性骨髓瘤的风险分层准确性	多发性骨髓瘤患者（特别是超高危患者）的肿瘤细胞	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），数字PCR	Cox风险比例模型	RNA测序数据	12名新诊断多发性骨髓瘤患者，并在5个独立数据集中验证
849	2025-05-30	Lichenoid graft-versus-host disease shows a high interferon score, with IFNAR1 inhibition preventing skin inflammation 2025-May-29, Journal of the European Academy of Dermatology and Venereology : JEADV IF:8.4Q1 DOI:10.1111/jdv.20760 PMID:40439472	研究论文	本研究旨在解析苔藓样移植物抗宿主病(lGVHD)的免疫学机制，并评估在小鼠模型中阻断I型干扰素(IFN-I)通路对局部炎症的影响	揭示了lGVHD皮肤中强烈的I型和II型干扰素特征，以及T细胞和巨噬细胞中Th2/Th17和激活标志物的增加表达，提出IFNAR1可能是治疗苔藓样慢性GVHD的有希望的治疗靶点	样本量较小，人类lGVHD皮肤样本仅3例，健康对照4例，且小鼠模型的结果需要在更大规模的临床研究中验证	解析苔藓样GVHD的免疫学机制并探索其治疗靶点	人类lGVHD皮肤样本和小鼠ccGVHD模型	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞基因表达分析(scRNA-Seq)、批量RNA-Seq、定量PCR、生物信息学分析	小鼠ccGVHD模型	基因表达数据	人类lGVHD皮肤样本3例，健康对照4例；另一队列lGVHD样本8例；lGVHD病变13例，健康对照10例
850	2025-05-30	Comprehensive Characterization of Bihormonal Cells and Endocrine Cell Lineages in Mammalian Pancreatic Islets 2025-May-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416326 PMID:40439685	研究论文	该研究全面表征了哺乳动物胰腺胰岛中的双激素细胞和内分泌细胞谱系，并探讨了它们在β细胞恢复中的潜在作用	使用基因工程小鼠模型和先进的成像流式细胞术，发现双激素细胞极其罕见，并通过单细胞RNA测序和双重组酶谱系追踪技术揭示了这些细胞的特性	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类胰岛生物学的复杂性	阐明双激素细胞在胰腺胰岛中的作用及其在β细胞恢复中的潜力	哺乳动物胰腺胰岛中的双激素细胞和内分泌细胞谱系	细胞生物学	糖尿病	基因工程、成像流式细胞术、单细胞RNA测序、双重组酶谱系追踪	NA	基因表达数据、细胞图像数据	基因工程小鼠模型和人类胰岛样本
851	2025-05-30	Pan-Cancer Spatial Profiling Reveals Conserved Subtypes and Niches of Cancer-Associated Fibroblasts 2025-May-29, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-25-2181 PMID:40440095	research paper	该研究通过泛癌空间分析揭示了癌症相关成纤维细胞（CAF）的保守亚型和微环境	利用空间多组学数据首次定义了四种基于空间组织和细胞邻域的CAF亚型，为CAF分类提供了新框架	研究主要基于空间多组学数据，可能受限于样本数量和癌症类型的覆盖范围	解析肿瘤微环境中基质细胞的异质性及其对治疗反应的影响	多种癌症类型中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	digital pathology	cancer	single-cell spatial multi-omics, scRNA-Seq	NA	spatial multi-omics data	多种癌症类型的广泛单细胞空间多组学数据集
852	2025-05-30	Elevating single-particle encapsulation in droplet microfluidics by utilizing surface acoustic wave and flow control 2025-May-28, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d4lc00787e PMID:40302630	研究论文	提出了一种结合表面声波(SAW)和鞘流控制的微滴微流控系统，以提高单颗粒封装效率	通过整合SAW和鞘流控制，实现了颗粒的线性排列和顺序封装，显著提高了封装效率	未提及系统在更复杂生物样本或实际临床环境中的表现	提高微滴微流控系统中的单颗粒封装效率	聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞	微流控技术	NA	表面声波(SAW)和鞘流控制	NA	NA	使用了不同浓度的聚苯乙烯微球、磁珠和H22细胞溶液
853	2025-05-30	Exploring the Epidemiology and Molecular Mechanisms of Riboflavin Against Chronic Kidney Disease Based on Data Mining, Single-Cell RNA Sequencing and Molecular Docking 2025-May-28, Journal of the American Nutrition Association IF:6.8Q1 DOI:10.1080/27697061.2025.2509900 PMID:40435123	研究论文	本研究通过数据挖掘、单细胞RNA测序和分子对接技术，探讨了核黄素与慢性肾脏病（CKD）的流行病学关联及其分子机制	首次结合流行病学分析和分子机制研究，揭示了核黄素通过调节炎症因子和信号通路（如MAPK信号通路）降低CKD风险的潜在机制	研究主要基于公开数据库和计算分析，缺乏实验验证	探索核黄素在预防慢性肾脏病中的临床潜力及其作用机制	核黄素与慢性肾脏病的关联及分子机制	生物信息学	慢性肾脏病	数据挖掘、单细胞RNA测序、分子对接	Logistic回归模型、限制性立方样条	流行病学数据、基因表达数据	基于美国国家健康与营养调查（NHANES）数据，CKD加权患病率为14.8%
854	2025-05-30	Remodelling hypoxic TNBC microenvironment restores antitumor efficacy of Vγ9Vδ2 T cell therapy 2025-May-28, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03045-x PMID:40437021	研究论文	研究通过重塑三阴性乳腺癌（TNBC）的缺氧微环境，恢复Vγ9Vδ2 T细胞治疗的抗肿瘤效果	揭示了γδ T细胞在TNBC微环境中的功能异质性，提出通过抑制HIF-1信号通路增强Vγ9Vδ2 T细胞治疗效果的策略	研究主要基于小鼠模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	探索增强Vγ9Vδ2 T细胞治疗TNBC效果的策略	三阴性乳腺癌（TNBC）微环境中的γδ T细胞	肿瘤免疫治疗	三阴性乳腺癌	流式细胞术、原子力显微镜、共聚焦激光扫描显微镜、小鼠模型	小鼠模型	scRNA-seq数据、流式细胞数据、显微镜图像	TCGA数据、公开scRNA-seq数据集、小鼠模型实验数据
855	2025-05-30	Single-cell RNAseq of Angiotensin II-induced abdominal aortic tissue identifies aneurysm-associated cell clusters in C57BL/6J mice 2025-May-28, Bioscience reports IF:3.8Q2 DOI:10.1042/BSR20241235 PMID:40440080	研究论文	通过单细胞RNA测序技术研究血管紧张素II诱导的小鼠腹主动脉瘤（AAA）模型中与动脉瘤相关的特定细胞群	首次识别出一种由内皮细胞转化的特殊细胞群（恶性ECs），并发现Cxcl12-Cxcr4/Ackr3轴可能在AAA形成中发挥作用	研究仅在小鼠模型中进行，未在人类样本中验证	探究腹主动脉瘤形成过程中特定细胞群的作用	C57BL/6J小鼠的腹主动脉组织	单细胞测序	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	不同年龄（14周、20周、32周）和不同血管紧张素II剂量（1.44 mg/kg/day、2.16 mg/kg/day）的C57BL/6J小鼠
856	2025-05-30	Image guided construction of a common coordinate framework for spatial transcriptome data 2025-May-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-01862-x PMID:40413226	research paper	本文提出了一种名为STaCker的深度学习算法，通过图像配准过程统一转录组切片的坐标，以解决空间转录组数据缺乏共同坐标框架的问题	STaCker通过整合组织图像和基因表达数据生成复合图像表示，并利用合成数据进行训练，克服了训练数据稀缺的问题，显著提高了切片间的空间一致性	NA	构建空间转录组数据的共同坐标框架，以促进数据比较和整合	空间转录组数据	digital pathology	NA	空间转录组技术	深度学习算法	图像和基因表达数据	多种基准数据集和真实空间转录组数据集
857	2025-05-30	Progress in single-cell sequencing of retinal vein occlusion or ischemic hypoxic retinopathy 2025-May-23, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110436 PMID:40414336	review	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性低氧视网膜病变（IHR）研究中的最新进展	利用scRNA-seq技术解析RVO和IHR的细胞和分子异质性，探索潜在治疗靶点和生物标志物，并整合snRNA-seq、空间转录组学和多组学方法增强视网膜响应的时空映射	当前挑战包括样本保存、视网膜细胞类型注释和跨物种翻译	深入了解RVO和IHR的细胞和分子机制，推动精准诊断和靶向治疗	视网膜静脉阻塞（RVO）和缺血性低氧视网膜病变（IHR）	digital pathology	retinal vascular diseases	scRNA-seq, snRNA-seq, spatial transcriptomics, multi-omics	NA	RNA sequencing data	NA
858	2025-05-30	Chemotaxis overrides killing response in alloreactive cytotoxic T-cells providing vascular immune privilege during cellular rejection 2025-May-22, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI155191 PMID:40435228	研究论文	本文探讨了在细胞排斥反应中，趋化作用如何覆盖杀伤反应，从而为同种异体反应性细胞毒性T细胞提供血管免疫特权	挑战了传统的细胞内在免疫特权观点，提出了一种细胞外在机制，即趋化作用在T细胞介导的排斥反应中保护移植物血管	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，可能不适用于所有类型的移植或病理条件	揭示在T细胞介导的排斥反应中移植物血管免疫特权的机制	同种异体反应性细胞毒性T细胞（CTLs）、移植物内皮细胞（ECs）和上皮细胞	免疫学	移植排斥	转录组分析、内皮-间质转化评估、共培养实验、活体显微镜检查、单细胞RNA测序	NA	转录组数据、显微镜图像、单细胞RNA测序数据	小鼠肾移植模型和人类肾移植样本
859	2025-05-30	Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis 2025-May-21, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038 PMID:40409464	研究论文	通过多组学分析揭示急性髓系白血病（AML）细胞耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动	开发了一种新型多重scRNA-seq策略NAMUL-seq，提高了单细胞转录组研究的效率和可扩展性，并揭示了AML细胞耐药性主要由表观基因组机制而非基因突变驱动	研究仅使用了AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60），未涉及原代细胞或体内模型	阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制	AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）	多组学分析	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析（scATAC-seq）、DNA甲基化分析、全外显子测序（WES）	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、外显子数据	三种AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）
860	2025-05-30	Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood 2025-May-21, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918 PMID:40409516	research paper	该研究通过整合92,488个人类睾丸细胞，构建了从六周胚胎到老年男性的全面男性生殖细胞图谱，揭示了男性生殖细胞发育的调控网络	揭示了WNT6-FZD3/LRP6-JUN/MYC信号轴在未分化精原细胞前体调控网络重构中的作用，并发现JUN和MYC可能是抑制精原细胞分化的核心转录因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏功能验证实验	解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络	人类睾丸细胞（从六周胚胎到老年男性）	生殖生物学	男性不育症（特发性非梗阻性无精症）	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	92,488个人类睾丸细胞