单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-04-13	Local genetic covariance analysis with lipid traits identifies novel loci for early-onset Alzheimer's Disease 2025-Mar, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1011631 PMID:40096060	研究论文	本研究通过基因组多性状遗传协方差分析，探讨早发性阿尔茨海默病（EOAD）与脂质通路的共享遗传性	首次使用SUPERGNOVA方法进行局部遗传协方差分析，识别出EOAD与脂质性状之间的共享遗传架构和机制通路	样本量虽大但EOAD病例相对较少，可能影响统计功效	揭示EOAD与脂质代谢的遗传关联	早发性阿尔茨海默病患者（n=19,668）和血脂性状人群（n=1,320,016）	遗传学	阿尔茨海默病	GWAS meta分析、SUPERGNOVA协方差分析、eQTL共定位分析、单细胞RNA测序	SUPERGNOVA	基因组数据	EOAD样本19,668例，血脂样本1,320,016例
842	2025-04-13	Loss of mucin 2 and MHC II molecules causes rare resistance to murine RV infection 2025-Feb-25, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.01507-24 PMID:39727412	研究论文	研究发现MUC2和MHC II分子的缺失导致小鼠对轮状病毒感染的罕见抗性	揭示了分泌细胞产物与MHC II表达之间先前未被认识的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究分泌细胞在轮状病毒感染中的作用	Atoh1敲除小鼠和野生型小鼠	病理学	肠道感染	单细胞RNA测序	Atoh1敲除小鼠模型	基因表达数据	Atoh1敲除小鼠和野生型小鼠
843	2025-04-13	Identification of therapeutic targets for Alzheimer's Disease Treatment using bioinformatics and machine learning 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88134-w PMID:39890844	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法识别阿尔茨海默病的潜在治疗靶点	整合多种生物信息学方法和机器学习算法，识别出与阿尔茨海默病相关的五个核心基因，并筛选出潜在治疗药物	未提及实验验证结果或临床前研究数据	发现阿尔茨海默病的治疗靶点并构建诊断模型	阿尔茨海默病相关基因和潜在治疗药物	生物信息学	阿尔茨海默病	差异基因表达分析、加权基因共表达网络分析、Mfuzz聚类、单细胞RNA测序	LASSO回归、SVM-RFE、随机森林	基因表达数据	未明确说明样本数量
844	2025-04-13	GPX4 expression changes in proximal tubule cells highlight the role of ferroptosis in IgAN 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87228-9 PMID:39890853	研究论文	本研究探讨了氧化应激在IgA肾病中的作用，特别是通过单细胞RNA测序和微阵列数据分析，揭示了近端小管细胞中铁死亡的调控机制及其与GPX4表达的关系	首次通过单细胞RNA测序和微阵列数据综合分析，揭示了IgA肾病中近端小管细胞铁死亡的调控机制及GPX4的关键作用	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究氧化应激在IgA肾病中的作用及其机制	IgA肾病患者的近端小管细胞和肾组织	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 微阵列分析, 免疫组化	NA	RNA测序数据, 微阵列数据, 图像数据	未明确提及具体样本数量，但包括IgA肾病患者的scRNA-seq数据和微阵列数据
845	2025-04-13	TRα1 mutant suppresses KLF9 to cause endometrial metaplasia with ectopic IL-33 expression leading to uterine fibrosis and infertility 2025-01-31, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-86848-5 PMID:39890871	研究论文	研究甲状腺激素受体突变如何通过抑制KLF9导致子宫内膜化生和纤维化，进而引发不孕	揭示了KLF9在子宫内膜正常分化中的关键作用，以及突变TRα1通过抑制KLF9导致子宫内膜化生和纤维化的新机制	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类中验证	探究甲状腺激素受体突变导致不孕的分子机制	携带突变TRα1的小鼠子宫内膜	生殖医学	不孕症	RNA-seq分析、激光捕获显微切割、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据、组织学数据	突变TRα1小鼠的子宫内膜组织
846	2025-04-13	Repurposing large-format microarrays for scalable spatial transcriptomics 2025-Jan, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02501-5 PMID:39562752	research paper	该研究提出了一种名为Array-seq的方法，通过重新利用经典寡核苷酸微阵列进行空间转录组分析	利用经典DNA微阵列和下一代测序技术结合，创建了一个简单灵活的平台，用于从小到大的样本进行空间分子研究	NA	开发一种易于采用、低成本且可扩展的空间转录组分析工具	小鼠组织切片和人类器官	空间转录组学	NA	下一代测序	NA	空间转录组数据	小鼠组织切片和人类器官
847	2025-04-13	Characterisation of macrophages in healthy and diseased livers in mice: identification of necrotic lesion-associated macrophages 2025-Jan, eGastroenterology DOI:10.1136/egastro-2025-100189 PMID:40212045	研究论文	本研究通过多重免疫荧光染色、高级图像分析和单细胞RNA测序技术，对健康和小鼠病肝中的巨噬细胞进行了表征	识别了坏死病变相关巨噬细胞，并揭示了它们在坏死病变清除中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类肝脏中验证	研究肝脏巨噬细胞的异质性、空间分布及其与其他细胞的相互作用	健康和小鼠病肝中的巨噬细胞	免疫学	肝病	多重免疫荧光染色、高级图像分析、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	图像、基因表达数据	健康和小鼠病肝样本
848	2025-04-13	Dynamic regulation of Rgs16 and its correlation with Neuregulin1 expression in acute and chronic nerve injury 2025, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2025.1540453 PMID:40213396	研究论文	研究Rgs16在急性和慢性神经损伤中的动态调控及其与Neuregulin1表达的相关性	揭示了Rgs16在神经损伤后的动态表达模式及其与Neuregulin1的潜在反馈机制	需要进一步研究以明确Rgs16的具体功能	探究Rgs16在周围神经系统（PNS）损伤中的作用	小鼠和大鼠的坐骨神经和正中神经	神经科学	周围神经病变	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	野生型和CMT1A转基因大鼠的坐骨神经
849	2025-04-13	Pan-cancer analysis reveals MTTP as a prognostic and immunotherapeutic biomarker in human tumors 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1549965 PMID:40213543	research paper	该研究通过泛癌分析揭示了MTTP作为人类肿瘤预后和免疫治疗生物标志物的潜力	首次全面评估MTTP在多种癌症中的表达及其与免疫微环境和铁死亡的关系	研究主要基于生物信息学分析，实验验证仅限于胃癌细胞	探索MTTP在肿瘤中的预后价值和免疫治疗潜力	人类多种肿瘤类型和胃癌细胞系	肿瘤免疫学	泛癌研究（重点胃癌）	生物信息学分析（TIMER 2.0、GEPIA等）、单细胞测序、体外和体内实验	NA	RNA-seq数据、单细胞测序数据	TCGA数据库中的泛癌数据及胃癌细胞实验
850	2025-04-13	An anti-FAP-scFv-functionalized exosome-carrying hydrogel delivers SKI mRNA to fibrotic nucleus pulposus cells to alleviate intervertebral disc degeneration by regulating FOXO3 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.107776 PMID:40213661	研究论文	本研究探讨了TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用及机制，并开发了一种靶向递送SKI mRNA的Gel@EX系统以缓解椎间盘退变	开发了一种pH响应的外泌体/水凝胶系统Gel@EX，用于靶向递送SKI mRNA至表达FAP的纤维化髓核细胞，并通过调控FOXO3抑制TGF-β信号通路	研究主要基于大鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索TGF-β信号抑制因子在髓核纤维化中的作用机制，并开发新的治疗策略	纤维化髓核细胞（NPC）和椎间盘退变（IVDD）	生物医学工程	椎间盘退变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子对接、共免疫沉淀	大鼠模型	RNA测序数据、分子相互作用数据	未明确说明具体样本数量，但涉及大鼠模型和HEK-293T细胞
851	2025-04-13	Hepatic stellate cell-derived microfibrillar-associated protein 2 prevents liver fibrosis by regulating extracellular matrix and inflammation 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.109771 PMID:40213670	研究论文	研究探讨了微纤维相关蛋白2（MFAP-2）在肝纤维化中的作用及其机制	揭示了HSC来源的MFAP-2在肝纤维化中的保护作用及其通过调节ECM和炎症的机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	探究MFAP-2在肝纤维化进程和消退中的作用	肝星状细胞（HSCs）和肝纤维化小鼠模型	肝病研究	肝纤维化	组织芯片、小鼠模型、RNA测序（bulk和scRNA-seq）、蛋白质组学	小鼠肝纤维化模型（CCl4注射和胆管结扎）	基因表达数据、蛋白质数据	人类组织芯片和小鼠模型
852	2025-04-13	A distinct subgroup with Schwann-like differentiation presents immune resistance and poor prognosis in plantar melanoma 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.99526 PMID:40213656	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了足底黑色素瘤中一个具有雪旺细胞样分化的亚群，该亚群与免疫抵抗和不良预后相关	首次揭示了足底黑色素瘤向雪旺细胞样分化的独特进化轨迹，并发现该过程受特定转录因子调控，导致免疫耐受和淋巴结转移倾向增加	样本量相对有限（20例足底黑色素瘤和6例正常样本），且机制研究有待进一步深入	探究足底黑色素瘤的肿瘤异质性、细胞亚群进化及其对免疫环境和预后的影响	足底黑色素瘤患者肿瘤组织	digital pathology	melanoma	single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics, multiplex immunohistochemistry (mIHC), single-cell multiomics analysis	NA	single-cell RNA sequencing data, spatial transcriptomics data, bulk RNA sequencing data	20例足底黑色素瘤样本和6例正常样本（单细胞分析），68例黑色素瘤患者（批量RNA测序分析）
853	2025-04-13	O-GlcNAcylation of circadian clock protein Bmal1 impairs cognitive function in diabetic mice 2024-Nov, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00263-6 PMID:39375536	research paper	该研究揭示了高血糖通过增加海马神经元中Bmal1的O-GlcNAcylation修饰，进而导致认知功能障碍的分子机制	首次发现高血糖通过O-GlcNAcylation修饰Bmal1影响生物钟基因表达，进而导致线粒体钙超载和神经元损伤	研究仅在糖尿病小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究糖尿病相关认知功能障碍的分子机制	糖尿病小鼠模型中的海马神经元	分子生物学	糖尿病	单细胞RNA测序	动物模型	基因表达数据	糖尿病小鼠模型
854	2025-04-13	Changes in conjunctival mononuclear phagocytes and suppressive activity of regulatory macrophages in desiccation induced dry eye 2024-Oct, The ocular surface DOI:10.1016/j.jtos.2024.09.003 PMID:39306240	research paper	研究干燥性干眼症对结膜免疫细胞数量和转录谱的影响，特别关注单核吞噬细胞	使用单细胞RNA测序和scATAC-seq技术分析干燥应激下结膜免疫细胞的基因表达和染色质可及性变化，发现单核吞噬细胞在干燥应激下的显著变化及其调控机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	评估干眼症对结膜免疫细胞的影响	C57BL/6小鼠的结膜免疫细胞	免疫学	干眼症	单细胞RNA测序(scRNA-seq), scATAC-seq	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	非应激和干燥应激的C57BL/6小鼠
855	2025-04-13	Accurate and Flexible Single Cell to Spatial Transcriptome Mapping with Celloc 2024-Oct, Small science IF:11.1Q1 DOI:10.1002/smsc.202400139 PMID:40212250	研究论文	介绍了一种名为Celloc的新方法，用于准确灵活地将单细胞RNA测序数据与低分辨率空间转录组数据映射	Celloc结合了图注意力自编码器和全面的损失函数，实现了灵活的单细胞到点的映射，能够解析每个点内的细胞组成或为scRNA-seq数据中的每个细胞分配空间位置	NA	弥补空间转录组数据分辨率不足和单细胞RNA测序数据缺乏空间信息的缺陷	单细胞RNA测序数据和低分辨率空间转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组	图注意力自编码器	基因表达数据	模拟ST数据和真实数据集
856	2025-04-13	Single-cell sequencing reveals VEGFR as a potential target for CAR-T cell therapy in chordoma 2024-Jun, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-024-02635-5 PMID:38605247	研究论文	通过单细胞测序技术识别VEGFR作为脊索瘤CAR-T细胞治疗的潜在靶点	首次在脊索瘤中识别VEGFR作为CAR-T细胞治疗的靶点，并探索了TGF-β scFv增强CAR-T细胞疗效的潜力	样本量较小（14例脊索瘤样本），且仅在体外和器官模型中进行验证	探索脊索瘤的新型免疫治疗靶点及CAR-T细胞治疗的潜力	脊索瘤患者样本及脊索瘤细胞系	数字病理学	脊索瘤	单细胞RNA测序	CAR-T细胞	RNA-seq数据	14例脊索瘤患者样本
857	2025-04-13	Binned multinomial logistic regression for integrative cell-type annotation 2023-Dec, The annals of applied statistics DOI:10.1214/23-aoas1769 PMID:40206429	研究论文	提出一种新的多项逻辑回归估计器，用于整合具有不同分辨率标签的多个数据集，以建模细胞类型概率	提出一种新的多项逻辑回归估计器，能够整合多个具有不一致标签的数据集，解决了现有方法在统一建模方面的挑战	未明确提及具体限制，但可能涉及非凸优化问题的计算复杂性	开发一种自动化的细胞类型注释方法，以提高单细胞基因组学数据分析的效率和准确性	单细胞RNA测序数据集中的细胞类型	单细胞基因组学	NA	单细胞RNA测序	多项逻辑回归	单细胞RNA测序数据	十个单细胞RNA测序数据集
858	2025-04-13	Programs, Origins, and Niches of Immunomodulatory Myeloid Cells in Gliomas 2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.24.563466 PMID:37961527	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术分析了胶质瘤中的髓系细胞，揭示了四种免疫调节活性程序的存在及其与肿瘤微环境的关系	首次在胶质瘤中鉴定出四种免疫调节活性程序，并证明这些程序由微环境因素而非细胞类型或起源驱动	研究样本量相对有限（85例人类肿瘤），且主要关注髓系细胞	阐明胶质瘤中免疫调节髓系细胞的特性及其对免疫治疗的影响	人类胶质瘤中的髓系细胞	肿瘤免疫学	胶质瘤	scRNA-seq, 线粒体DNA谱系追踪, 空间转录组学, 类器官外植系统	NA	单细胞RNA测序数据	85例人类肿瘤中的183,062个髓系细胞
859	2024-08-07	Re: Single-cell transcriptome analysis for characterizing primary Sca-1 positive, non-endothelial cardiac cells 2023-09, Journal of molecular and cellular cardiology IF:4.9Q2 DOI:10.1016/j.yjmcc.2023.07.001 PMID:37454412	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
860	2025-04-12	Comprehensive characterization of the molecular feature of T cells in laryngeal cancer: evidence from integrated single-cell and bulk RNA sequencing data using multiple machine learning approaches 2025-Dec, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2025.2477287 PMID:40179028	研究论文	该研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，结合多种机器学习方法，全面表征了喉癌中T细胞的分子特征	首次在单细胞分辨率下阐明了喉癌中T细胞相关分子的临床相关性，并开发了TCRG分类器用于预后预测和免疫治疗反应评估	样本量较小（仅3例喉癌组织），需要更大规模的验证	探究喉癌中T细胞相关分子的特征及其临床意义	喉癌组织及匹配的邻近正常组织	数字病理学	喉癌	10X单细胞RNA测序，RNA-seq	多种机器学习方法（未具体说明）	RNA测序数据	3例喉癌组织及匹配的正常组织