单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-06-13	Primitive Hepatoblasts Driving Early Liver Development 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.08.658502 PMID:40501632	research paper	该研究识别并描述了一种在早期肝芽发育过程中源自Cdx2阳性内胚层祖细胞的原始肝母细胞群	发现了一种新的原始肝母细胞群，揭示了其在早期肝发育中的贡献以及WNT抑制和RA许可对原始肝母细胞出现的调控机制	原始肝母细胞在晚期胎儿和出生后发育中的贡献减弱，具体机制尚不明确	研究早期肝脏发育过程中的细胞谱系异质性	小鼠和人类的原始肝母细胞	发育生物学	NA	单细胞转录组学、谱系追踪、表观遗传和功能扰动研究	NA	转录组数据	小鼠和人类样本
842	2025-06-13	Evidence for Transcriptomic Conservation Between the Main Cells of the Drosophila Prostate-Like Accessory Gland and Basal Cells of the Mammalian Prostate 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.05.658085 PMID:40501690	research paper	该研究通过单细胞RNA测序数据比较了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞的转录组相似性	提供了果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间转录组相似性的新证据	不确定这些相似性是否反映共同的进化同源性，还是由于共享组织功能而独立衍生的特征	探索果蝇前列腺样附属腺体与哺乳动物前列腺基底细胞之间的转录组相似性	果蝇前列腺样附属腺体和哺乳动物前列腺基底细胞	生物信息学	前列腺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自Fly Cell Atlas和哺乳动物成人前列腺单细胞数据集的数据
843	2025-06-13	Robust self-supervised machine learning for single cell embeddings and annotations 2025-Jun-08, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.06.05.658097 PMID:40502088	研究论文	本文提出了一种名为DR-GEM的自监督元算法，用于改进单细胞和空间基因组学研究中的降维和聚类方法	DR-GEM结合了分布鲁棒优化和平衡共识机器学习的原理，通过自监督机制提高对稀有细胞类型和状态的检测能力，并减少技术噪声的影响	NA	改进单细胞基因组学中的降维和聚类方法，以更好地支持数据驱动的发现	单细胞和空间基因组学数据	机器学习	NA	单细胞分辨率空间转录组学、Perturb-seq	自监督元算法（DR-GEM）	单细胞组学数据	合成和真实世界的单细胞组学数据集
844	2025-06-13	Exploring the causal links between inflammation-related genes and atherosclerosis through Mendelian randomization analysis 2025-Jun-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000042584 PMID:40489880	研究论文	本研究通过孟德尔随机化分析探讨炎症相关基因与动脉粥样硬化之间的因果关系	利用多个数据集综合分析动脉粥样硬化斑块中的基因表达谱和分子机制，并通过单细胞RNA测序数据揭示不同细胞类型中的基因表达特征	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的质量和样本量	探讨炎症相关基因在动脉粥样硬化中的作用及其潜在治疗靶点	动脉粥样硬化斑块中的基因表达和分子机制	生物信息学	心血管疾病	RNA-seq, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析	DESeq2, clusterProfiler, Cytoscape, TwoSampleMR	基因表达数据	多个公开数据集（GSE198600, GSE120521, GSE253903, GSE224273）
845	2025-06-13	Reference Vector-guided Evolutionary Algorithm for cluster analysis of single-cell transcriptomes 2025-Jun-06, Computer methods and programs in biomedicine IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.cmpb.2025.108873 PMID:40499345	研究论文	本文提出了一种基于参考向量引导的进化算法（RVEA-CAST），用于单细胞转录组数据的聚类分析	采用多目标优化视角解决单细胞RNA测序数据的聚类问题，设计了三个问题感知的变异算子以优化聚类偏差、聚类紧凑性和Davies-Bouldin指数	NA	解决单细胞RNA测序数据聚类这一具有挑战性的任务	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	RVEA-CAST（基于参考向量引导的进化算法）	基因表达数据	十个真实的scRNA-seq数据集
846	2025-06-13	Fine particulate matter exacerbates asthma by activating STC2-mediated mitophagy through METTL3/YTHDF2-dependent m6A methylation 2025-Jun-06, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138854 PMID:40499413	研究论文	本研究探讨了细颗粒物（PM）通过激活STC2介导的线粒体自噬加剧哮喘的分子机制，重点关注m6A甲基化、线粒体自噬以及STC2和SQSTM1的调控作用	揭示了PM通过METTL3/YTHDF2依赖的m6A甲基化上调STC2表达并激活线粒体自噬的新机制	研究主要基于小鼠模型，人体样本仅检测了血清标志物水平	阐明PM加剧哮喘的分子机制	哮喘小鼠模型和哮喘患者外周血样本	分子生物学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠哮喘模型	基因表达数据、血清标志物数据	未明确说明小鼠数量，哮喘患者样本跨季节采集
847	2025-06-13	CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL axis drives NEPC transdifferentiation via induction of EMT and downregulation of REST 2025-Jun-06, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100916 PMID:40499539	研究论文	该研究通过纵向单细胞RNA测序，揭示了CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴在前列腺癌神经内分泌转化中的关键作用	首次发现CXCR4-LASP1-G9a-SNAIL轴通过诱导EMT和下调REST驱动NEPC转化，并验证了CXCR4或G9a抑制可逆转NEPC细胞表型	研究主要基于LTL331 PDX模型，需要在更广泛的临床样本中验证	探究前列腺癌神经内分泌转化的早期调控信号	LTL331前列腺腺癌患者来源的异种移植模型(PDX)	癌症生物学	前列腺癌	纵向单细胞RNA测序	PDX模型	RNA测序数据	NA
848	2025-06-13	Spatial Heterogeneity of Macrophages in the Human Lung 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.30.657106 PMID:40501812	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类肺部不同解剖结构中巨噬细胞的分布及其在吸烟状态下的变化	首次报告了人类肺部巨噬细胞亚群在不同解剖结构中的积累比例，并提出了一个新的三级层次命名法来区分转录定义的肺部巨噬细胞亚群	样本量较小，仅包括8名无肺部疾病的捐赠者（4名吸烟者和4名非吸烟者）	确定转录定义的人类巨噬细胞在主要肺部解剖结构中的分布，并识别吸烟引起的分布和编程变化	人类肺部巨噬细胞亚群	生物医学研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫荧光显微镜	NA	基因表达数据	8名人类捐赠者的肺部组织（4名吸烟者和4名非吸烟者）
849	2025-06-13	Dissecting crosstalk induced by cell-cell communication using single-cell transcriptomic data 2025-Jun-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.31.657197 PMID:40501904	research paper	该论文介绍了一种基于机器学习的SigXTalk方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯（CCC）诱导的途径间串扰	提出了一种新的机器学习方法SigXTalk，专注于量化信号保真度和特异性，以分析CCC途径间的串扰，并利用超图学习方法编码调控途径中的高阶关系	未提及具体的数据集规模或实验验证的局限性	研究细胞间通讯（CCC）诱导的调控网络，特别是途径间的串扰	单细胞RNA测序数据中的受体、转录因子和靶基因	machine learning	NA	scRNA-seq	hypergraph learning	RNA-seq data	NA
850	2025-06-13	Microglia activation orchestrates CXCL10-mediated CD8+ T cell recruitment to promote aging-related white matter degeneration 2025-Jun, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-025-01955-w PMID:40404995	研究论文	该研究探讨了衰老过程中小胶质细胞激活如何通过CXCL10介导的CD8+ T细胞招募促进白质退化	揭示了小胶质细胞功能失调通过CXCL10-CXCR3轴招募有害CD8 T细胞的机制，及其在衰老相关白质退化中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究衰老过程中白质退化的免疫机制	小鼠白质中的小胶质细胞和CD8 T细胞	神经退行性疾病研究	神经退行性疾病	单细胞转录组学、空间转录组学	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明具体样本量（小鼠模型）
851	2025-06-13	Intrathecal nivolumab and IL-2 for treatment of leptomeningeal metastases in EGFR-mutated lung adenocarcinoma 2025-Jun, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2025.108586 PMID:40412102	研究论文	本文报告了一例使用鞘内注射nivolumab和IL-2治疗EGFR突变肺腺癌软脑膜转移的病例	首次报道了鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗对标准系统性和鞘内治疗耐药的NSCLC软脑膜转移病例	仅为单病例报告，需要前瞻性临床研究进一步验证	评估鞘内联合使用nivolumab和IL-2治疗NSCLC软脑膜转移的可行性、安全性和潜在疗效	EGFR突变非小细胞肺癌(NSCLC)伴软脑膜转移患者	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	临床数据和单细胞测序数据	1例患者
852	2025-06-13	SMURF Reconstructs Single-Cells from Visium HD Data to Reveal Zonation of Transcriptional Programs in the Intestine 2025-Jun-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656357 PMID:40502153	研究论文	介绍了一种名为SMURF的计算工具，用于分析高分辨率空间转录组数据，能够准确地将mRNA分配给单个细胞并分析复杂组织亚结构中的细胞	SMURF引入了新颖的“软分割”方法，能够准确地将捕获点的mRNA分配给附近的细胞，并能将复杂组织结构中的细胞“展开”并放置在标准笛卡尔坐标上	NA	开发一种计算工具，用于高分辨率空间转录组数据的分析，以揭示组织组织和区域变异的原理	小鼠小肠	空间转录组学	NA	Visium HD	SMURF	空间转录组数据	NA
853	2025-06-13	Proliferation of Early and Mature Osteoblasts Is Required for Bone Fracture Healing in Mice 2025-May-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.27.656371 PMID:40501538	research paper	该研究探讨了成骨细胞增殖在小鼠骨折愈合中的作用	研究发现成熟成骨细胞在骨折后仍能增殖，并参与矿化骨痂的形成	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	了解细胞增殖在骨折愈合中的具体作用机制	小鼠骨折模型中的成骨细胞	骨生物学	骨折	单细胞RNA测序	转基因小鼠模型	基因表达数据	多组转基因小鼠
854	2025-06-13	Quantitative molecular cartography of emergency myelopoiesis reveals conserved modules of hematopoietic activation 2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.28.656712 PMID:40501607	research paper	该研究通过单细胞RNA测序技术，开发了一种通用的细胞注释方法和造血分化定量模型，揭示了不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的分子机制	开发了HemaScribe细胞注释方法和HemaScape造血分化定量模型，发现了多种在不同造血干细胞层级上增强骨髓生成的策略，并识别了一个跨多种炎症挑战的髓系前体细胞模块	NA	阐明不同紧急骨髓生成诱导剂调控造血干细胞和前体细胞的共享或独特分子机制	造血干细胞和前体细胞(HSPCs)	生物医学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	HemaScribe, HemaScape	基因表达数据	NA
855	2025-06-13	Peripheral blood cell-type and sex-specific signatures of alcohol misuse revealed by single-cell transcriptomics 2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.21.655347 PMID:40501697	研究论文	通过单细胞转录组学揭示酒精滥用在外周血细胞类型和性别特异性中的分子特征	使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术全面分析酒精使用障碍（AUD）患者的外周血单个核细胞（PBMCs），揭示了淋巴细胞和单核细胞比例失调及性别和剂量依赖的免疫细胞功能特征变化	研究仅关注外周血单个核细胞，未涉及其他组织或细胞类型	更好地表征AUD中的免疫失调	酒精使用障碍（AUD）患者和健康对照者的外周血单个核细胞（PBMCs）	单细胞转录组学	酒精使用障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	AUD患者和健康对照者的PBMCs样本
856	2025-06-13	Single-Cell RNA Sequencing + TCR Sequencing Reveal the Proportion and Characteristics of Dual TCR T Cells in Tertiary Lymphoid Structures in Pemphigus 2025-May-24, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.05.008 PMID:40419016	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和TCR测序分析，揭示了天疱疮三级淋巴结构中双TCR T细胞的比例和特征	首次发现天疱疮三级淋巴结构中含有较高比例的双TCR T细胞，并鉴定出克隆扩增的双TCR CXCL13+CD4+ T细胞的独特富集	研究局限于天疱疮病理皮肤组织，未涉及其他自身免疫性疾病	探索天疱疮三级淋巴结构中淋巴细胞的起源、特征及其在发病机制中的作用	天疱疮患者、慢性特发性红皮病患者和健康对照者的皮肤组织	digital pathology	pemphigus	single-cell RNA-sequencing, TCR-sequencing	NA	RNA-seq data	天疱疮、慢性特发性红皮病和健康对照者的皮肤组织样本
857	2025-06-13	Single-cell profiling demonstrates the combined effect of wheeze phenotype and infant viral infection on airway epithelial development 2025-May-23, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adr9995 PMID:40408478	research paper	研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了喘息表型和婴儿期病毒感染对2至3岁儿童鼻气道上皮细胞发育的联合影响	首次结合喘息表型和婴儿期RSV感染，通过单细胞RNA测序揭示气道上皮细胞的发育异常和免疫反应变化	研究样本仅限于2至3岁儿童，且仅关注鼻气道上皮细胞，可能无法完全代表下呼吸道情况	阐明哮喘患者气道上皮发育异常的机制	2至3岁儿童的鼻气道上皮细胞	digital pathology	asthma	single-cell RNA sequencing	NA	RNA-seq数据	来自预先设计的嵌套出生队列的四组互斥儿童（喘息/非喘息且婴儿期RSV感染/未感染）
858	2025-06-13	SCIG: Machine learning uncovers cell identity genes in single cells by genetic sequence codes 2025-May-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaf431 PMID:40433981	research paper	介绍了一种名为SCIG的机器学习方法，用于在单细胞水平上识别细胞身份基因	SCIG方法通过独特的遗传序列特征和单细胞RNA-seq数据，无需与其他细胞比较即可识别细胞身份基因	未明确提及具体局限性	识别细胞身份基因以理解细胞分化、发育和疾病相关的细胞身份失调	单细胞中的细胞身份基因	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	NA	genetic sequence, gene expression	human endothelial cell atlas
859	2025-06-13	Dissecting the immune landscape in pediatric high-grade glioma reveals cell state changes under therapeutic pressure 2025-May-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102095 PMID:40315846	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学，对儿童高级别胶质瘤（pHGG）的免疫景观进行了全面转录组分析	揭示了儿童与成人胶质瘤免疫微环境的差异，以及癌症治疗后免疫抑制环境的显著变化	研究样本可能有限，未明确提及样本数量	理解儿童高级别胶质瘤的免疫微环境变化及其对治疗反应的影响	儿童弥漫性高级别胶质瘤（HGG）或高级别室管膜瘤患者的恶性细胞、髓系细胞和T细胞	数字病理学	儿童高级别胶质瘤	单细胞RNA测序, 空间转录组学	NA	转录组数据	NA
860	2025-06-13	Taurine from tumour niche drives glycolysis to promote leukaemogenesis 2025-May-14, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09018-7 PMID:40369079	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序技术揭示了骨髓基质微环境中的牛磺酸-牛磺酸转运体（TAUT）轴在促进白血病干细胞（LSCs）生长和白血病发生中的关键作用	首次发现骨髓基质细胞中的牛磺酸生物合成是白血病干细胞生长的关键依赖，并揭示了TAUT抑制与venetoclax联合治疗急性髓系白血病（AML）的协同效应	研究主要聚焦于髓系白血病，对其他类型白血病的适用性尚不明确	探索骨髓微环境信号在白血病发生中的作用机制	白血病干细胞（LSCs）和骨髓基质细胞	肿瘤微环境研究	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CRISPR筛选、多组学分析	TAUT功能缺失小鼠模型	单细胞转录组数据、患者来源的AML细胞数据	患者来源的AML细胞和小鼠模型