单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-05-31	Dissection of Gαs and Hedgehog signaling crosstalk reveals therapeutic opportunities to target adenosine receptor 2b in Hedgehog-dependent tumors 2025-Feb-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.21.639530 PMID:40060632	research paper	该研究通过解析Gαs和Hedgehog信号通路的交互作用，揭示了在Hedgehog依赖性肿瘤中靶向腺苷受体2b的治疗机会	发现Gαs通路失活导致的肿瘤与经典Hedgehog SMO驱动的肿瘤相似，并证明激活Gαs偶联的腺苷2B受体可抑制Hedgehog信号和肿瘤形成	研究主要基于小鼠模型，人类BCC中的Gαs和PKA活性突变需要进一步验证	探索Gαs和Hedgehog信号通路的交互作用及其在基底细胞癌（BCC）治疗中的潜在应用	小鼠BCC样肿瘤和人类BCC	分子生物学	基底细胞癌	组织学、bulk RNA测序、单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
842	2025-05-31	Gene module reconstruction identifies cellular differentiation processes and the regulatory logic of specialized secretion in zebrafish 2025-02-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.10.015 PMID:39591963	research paper	该研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术重建斑马鱼分泌组织的分化过程，揭示了基因模块与细胞分化过程的关系	提出了通过多源整合识别模块的方法（MIMIR），并揭示了转录因子如何赋予细胞一般和特殊功能	研究仅基于斑马鱼的两种分泌组织，可能不适用于其他生物或组织类型	研究细胞分化过程中基因模块的重建及其调控逻辑	斑马鱼的脊索和孵化腺	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	斑马鱼胚胎
843	2025-05-31	Single Cell Spatial Transcriptomics of the Murine Embryonic Palate Links Pax9 to Patterning and Organization of Extracellular Matrix Components 2025-Feb-19, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-5969552/v1 PMID:40034445	research paper	该研究首次在小鼠腭裂模型中实施了单细胞空间RNA测序，探索了腭裂的基因组基础	首次在腭裂模型中应用单细胞空间RNA测序技术，揭示了Wnt信号效应器功能和细胞外基质基因表达的扰动	研究仅基于小鼠模型，结果在人类腭裂中的适用性需要进一步验证	探索腭裂形成的信号微环境中的精确扰动，为开发人类腭裂有效疗法奠定基础	小鼠胚胎腭部	digital pathology	腭裂	单细胞空间RNA测序(Visium HD), Xenium In Situ mRNA空间分析, RNAscope Multiplex检测	NA	空间基因表达数据	多个发育时间点的小鼠模型
844	2025-05-31	Everything everywhere all at once: Unraveling the waves of aging 2025-Feb-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.01.015 PMID:39938481	research paper	该文章通过单细胞转录组学技术研究了13个器官中多个细胞群体在衰老过程中的动态变化，并识别出四种不同的动态波动，其中免疫细胞是受影响最大的群体	利用单细胞转录组学技术在13个器官中识别衰老过程中的四种动态波动，并发现免疫细胞是受影响最大的群体	NA	研究衰老过程中多个器官细胞群体的动态变化	13个器官中的多个细胞群体	生物信息学	老年疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个细胞群体（具体数量未提及）
845	2025-05-31	Longitudinal single-cell profiles of lung regeneration after viral infection reveal persistent injury-associated cell states 2025-Feb-06, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2024.12.002 PMID:39818203	研究论文	通过单细胞转录组学和增殖祖细胞的谱系追踪，研究了流感损伤后小鼠肺的再生过程，揭示了不同细胞区室中的异步响应	发现了损伤诱导的毛细血管内皮细胞（iCAP），这种细胞在损伤后出现并长期存在，与发育中的肺内皮及人类退行性肺疾病中的内皮异常有共同特征	研究仅基于小鼠模型，人类肺再生过程的直接相关性尚需进一步验证	理解肺损伤后气体交换表面功能再生的细胞和分子机制	小鼠肺再生过程	单细胞转录组学	肺疾病	单细胞转录组学、谱系追踪	NA	转录组数据	NA
846	2025-05-31	Spatial Transcriptomics of the Respiratory System 2025-Feb, Annual review of physiology IF:15.7Q1 DOI:10.1146/annurev-physiol-022724-105144 PMID:39353142	review	本文综述了呼吸系统中空间转录组学的最常用工作流程及其优势和局限性，并概述了机器学习和人工智能在解释空间数据方面的最新进展	结合空间解析基因表达技术和计算工具，利用机器学习和深度学习来理解肺部细胞类型在三维空间中的相互作用	虽然技术发展迅速，但仍存在一些工作流程的局限性需要克服	通过空间转录组学技术提升对呼吸系统在健康和疾病状态下的理解	呼吸系统中的细胞类型及其在三维空间中的相互作用	digital pathology	lung cancer, COVID-19, fibrosis	spatially resolved gene expression technologies	machine learning, deep learning	spatial transcriptomics data	NA
847	2025-05-31	Dynamic analysis of intrahepatic T cells reveals a unique group of restorative Cxcr3+ tissue-resident CD4 T cells in acute liver injury 2025-02, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2025.154058 PMID:39828240	research paper	该研究通过整合流式细胞术和单细胞RNA测序数据，揭示了急性肝损伤中Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞的独特修复作用	发现了一群具有修复功能的Cxcr3+组织驻留CD4 T细胞，并揭示了其在APAP诱导的急性肝损伤中的保护机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究急性肝损伤中T细胞动态变化及其在肝脏修复中的作用	APAP诱导的急性肝损伤小鼠模型中的肝内T细胞	免疫学	急性肝损伤	流式细胞术, scRNA-seq	NA	流式细胞数据, 单细胞RNA测序数据	APAP中毒小鼠肝脏组织的时间序列数据
848	2025-05-31	Interaction of the endogenous antibody response with activating FcγRs enhance control of Mayaro virus through monocytes 2025-Feb, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012944 PMID:39993025	研究论文	研究揭示了内源性抗体反应与激活型FcγRs的相互作用如何通过单核细胞增强对Mayaro病毒的控制	首次评估了FcγRs在自然感染中对Mayaro病毒保护的必要性，并揭示了抗体Fc与FcγRs的相互作用在促进保护性反应中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索抗体Fc效应功能及FcγRs在Mayaro病毒感染中的保护机制	Mayaro病毒（MAYV）及小鼠模型	病毒学	病毒感染	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA序列数据	NA
849	2025-05-31	Polyamine metabolism dysregulation contributes to muscle fiber vulnerability in ALS 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115123 PMID:39932195	研究论文	该研究探讨了肌萎缩侧索硬化症（ALS）中肌肉纤维易损性与多胺代谢失调的关系	首次通过空间转录组学数据识别出多胺代谢是ALS受影响肌肉纤维中的主要改变通路，并证明恢复多胺稳态可以挽救SOD1小鼠的肌肉表型	研究仅基于SOD1小鼠模型，未在人类ALS患者中验证	理解ALS疾病进展中神经支配改变如何干扰肌肉稳态	SOD1小鼠模型的骨骼肌	神经退行性疾病研究	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	空间转录组学	SOD1小鼠模型	转录组数据	NA
850	2025-05-31	Gut bacterial L-lysine alters metabolism and histone methylation to drive dendritic cell tolerance 2025-01-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2024.115125 PMID:39932193	research paper	该研究揭示了肠道细菌代谢物L-赖氨酸通过调控树突状细胞的代谢和组蛋白甲基化，促进免疫耐受的机制	首次发现L-赖氨酸通过AMPK/AcCoA-mTOR轴激活SGOC代谢，增加SAM和DOT1L表达，从而增强H3K79me2富集，促进免疫耐受	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探究肠道细菌代谢物如何诱导树突状细胞免疫耐受的分子机制	树突状细胞(DCs)和肠道共生细菌	免疫学	免疫炎症性疾病	scRNA-seq, 条件性基因敲除小鼠模型	NA	基因表达数据	使用免疫炎症性疾病小鼠模型和Phgdh条件敲除小鼠
851	2025-05-31	Sitravatinib in combination with nivolumab plus ipilimumab in patients with advanced clear cell renal cell carcinoma: a phase 1 trial 2025-Jan-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55642-8 PMID:39794332	research paper	该研究是一项I期临床试验，旨在评估sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的安全性和有效性	首次探索sitravatinib与nivolumab和ipilimumab的三联疗法在晚期透明细胞肾细胞癌中的剂量优化和疗效	样本量较小（22例患者），且为I期试验，主要关注安全性而非疗效	确定sitravatinib联合nivolumab和ipilimumab在晚期透明细胞肾细胞癌患者中的最佳剂量和安全性	22例未经治疗的晚期透明细胞肾细胞癌患者	临床医学	肾细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	临床数据和基因表达数据	22例患者（其中12例进行了肿瘤活检的scRNA-seq分析）
852	2025-05-31	Spatial integration of multi-omics data from serial sections using the novel Multi-Omics Imaging Integration Toolset 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf035 PMID:40366868	研究论文	介绍了一种名为MIIT的Python框架，用于整合空间分辨的多组学数据	开发了非刚性配准算法GreedyFHist，用于整合来自连续切片的多种组学数据	未提及具体的技术限制或应用范围的局限性	解决异质性肿瘤在精准医学中的多组学数据整合问题	前列腺组织样本的空间转录组学(ST)和质谱成像(MSI)数据	数字病理学	前列腺癌	质谱成像(MSI)、空间转录组学(ST)	GreedyFHist	图像、代谢物数据、RNA数据	244张新鲜冷冻连续切片的图像
853	2025-05-31	Loss of PI5P4Kα Slows the Progression of a Pten Mutant Basal Cell Model of Prostate Cancer 2025-01-02, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-24-0290 PMID:39382632	研究论文	研究发现PI5P4Kα在前列腺基底细胞中富集，其缺失减缓了Pten突变小鼠前列腺上皮内瘤变的进展	首次开发了基底细胞特异性基因工程小鼠模型，研究了PI5P4Kα在前列腺癌进展中的作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类前列腺癌中验证	探究PI5P4Kα在前列腺基底细胞癌变中的作用	前列腺基底细胞和Pten突变小鼠模型	癌症研究	前列腺癌	单细胞RNA测序、基因工程小鼠模型	基因工程小鼠模型	基因表达数据	基因工程小鼠模型和LNCaP前列腺癌细胞
854	2025-05-31	Whole-exome sequencing association study reveals genetic effects on tumor microenvironment components in nasopharyngeal carcinoma 2025-Jan-02, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI182768 PMID:39744943	研究论文	通过全外显子组测序关联研究揭示鼻咽癌肿瘤微环境成分的遗传影响	发现了三个与鼻咽癌易感性相关的遗传变异，提出了改进的复合多基因风险评分（rcPRS），并揭示了多基因风险通过EBV感染状态介导的机制	NA	探索鼻咽癌的遗传基础及其与肿瘤微环境成分的相互作用	鼻咽癌患者和对照组的遗传变异	基因组学	鼻咽癌	全外显子组测序，单细胞RNA测序	复合多基因风险评分（rcPRS）	基因组数据，转录组数据	6,969例鼻咽癌患者和7,100例对照，356例批量转录组数据，56例单细胞RNA测序数据
855	2025-05-31	Further evidence of biallelic NAV3 variants associated with recessive neurodevelopmental disorder with dysmorphism, developmental delay, intellectual disability, and behavioral abnormalities 2025-Jan, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-024-02718-6 PMID:39708122	research paper	本研究进一步验证了NAV3基因的双等位蛋白截断变异与隐性神经发育障碍（NDD）的关联，扩展了该新发现NDD基因的致病变异谱	首次在三个无血缘关系的近亲家族中发现了NAV3基因的双等位蛋白截断变异与NDD的关联	样本量较小（仅5名患者），且仅通过外显子测序（ES）进行了分析	探究NAV3基因在人类疾病中的作用，特别是与神经发育障碍（NDD）的关联	三名无血缘关系的近亲家族中的五名NDD患者	遗传学	神经发育障碍	外显子测序（ES）和单细胞测序	NA	基因序列数据	5名患者（来自三个家族）
856	2025-05-31	Potential Role of CD99 Signaling Pathway in Schwann Cell Dysfunction in Diabetic Foot Ulcers Based on Single-Cell Transcriptome Analysis 2025, Journal of diabetes research IF:3.6Q2 DOI:10.1155/jdr/9935400 PMID:40420926	研究论文	通过单细胞转录组分析探讨CD99信号通路在糖尿病足溃疡中雪旺细胞功能障碍中的潜在作用	首次揭示了CD99信号通路在糖尿病足溃疡非愈合组中的上调及其在雪旺细胞功能障碍中的关键作用	研究主要基于单细胞转录组数据和小鼠伤口模型，尚未在人体中进行功能验证	探究糖尿病足溃疡中雪旺细胞功能障碍的分子机制	糖尿病足溃疡患者的足部皮肤样本和小鼠伤口模型	数字病理学	糖尿病足溃疡	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	小鼠伤口模型	基因表达数据	涵盖非糖尿病患者、无糖尿病足溃疡的糖尿病患者、糖尿病足溃疡愈合者和非愈合者的足部皮肤样本
857	2025-05-31	Exploring shared pathogenic mechanisms and biomarkers in hepatic fibrosis and inflammatory bowel disease through bioinformatics and machine learning 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1533246 PMID:40421012	研究论文	通过生物信息学和机器学习探索肝纤维化和炎症性肠病的共同致病机制和生物标志物	首次鉴定了MMP2、COL1A2、CXCL1和STAT1作为IBD和HF的共同生物标志物，并揭示了两种疾病在免疫、代谢和纤维化方面的相似性	研究依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探索肝纤维化和炎症性肠病的共同致病机制和生物标志物	肝纤维化和炎症性肠病患者	生物信息学	肝纤维化和炎症性肠病	WGCNA、PPI网络、机器学习算法、CIBERSORT算法、单细胞测序分析	逻辑回归模型	基因表达数据	NA
858	2025-05-31	Single-cell atlas of endothelial cells in atherosclerosis: identifying C1 CXCL12+ ECs as key proliferative drivers for immunological precision therapeutics in atherosclerosis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1569988 PMID:40421026	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的图谱，并确定了C1 CXCL12+ ECs作为疾病进展的关键增殖驱动因素	首次在单细胞水平上全面绘制了动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性图谱，并鉴定出C1 CXCL12+ ECs这一关键亚群及其在疾病进展中的作用	研究主要基于单细胞转录组数据，需要进一步的功能实验验证这些发现	探索动脉粥样硬化中内皮细胞的异质性及其在疾病进展中的作用	动脉粥样硬化患者的内皮细胞	单细胞组学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
859	2025-05-31	Investigation of the Significance of Blood Signatures on Sepsis-Induced Acute Lung Injury in Sepsis Within 24 Hours 2025, International journal of genomics IF:2.6Q2 DOI:10.1155/ijog/5684300 PMID:40421173	研究论文	本研究通过生物信息学和机器学习方法，探讨了脓毒症患者外周全血中生物标志物对脓毒症诱导的急性肺损伤（ALI）的影响	利用多种机器学习算法和单细胞RNA测序技术，识别了C3AR1和SLPI作为关键生物标志物，并验证了SLPI在脓毒症早期阶段的表达及其在ALI中的作用	研究主要基于GEO数据集和动物实验，临床样本的验证可能不足	探讨脓毒症诱导的急性肺损伤的生物标志物及其机制	脓毒症患者的外周全血样本和脓毒症诱导的ALI模型	生物信息学	脓毒症和急性肺损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、CIBERSORT、机器学习	多种机器学习算法	基因表达数据	GSE54514数据集中的611个差异表达基因和GSE95233数据集中的1150个差异表达基因
860	2025-05-31	Single-cell transcriptomics and machine learning unveil ferroptosis features in tumor-associated macrophages: Prognostic model and therapeutic strategies for lung adenocarcinoma 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1598756 PMID:40421217	research paper	该研究通过单细胞转录组学和机器学习揭示了肿瘤相关巨噬细胞中铁死亡的特性，并构建了肺腺癌的预后风险模型	首次基于巨噬细胞铁死亡相关基因（HLF、HPCAL1、NUPR1）构建了肺腺癌预后模型，揭示了高风险组的免疫微环境特征和药物敏感性差异	研究结果需要在更大规模的临床样本中进行验证	筛选与巨噬细胞铁死亡相关的关键基因，并基于这些基因构建肺腺癌的预后风险模型	肺腺癌（LUAD）中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	machine learning	lung cancer	单细胞转录组学、Western blot分析	LASSO、SVM、XGBoost等8种机器学习算法	基因表达数据	整合了TCGA-LUAD、GSE131907和GSE13213数据集