单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
841	2025-04-17	Transmembrane Serine Protease TMPRSS11B promotes an acidified tumor microenvironment and immune suppression in lung squamous cell carcinoma 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646727 PMID:40235980	research paper	研究揭示了跨膜丝氨酸蛋白酶TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌（LUSC）中促进酸性肿瘤微环境和免疫抑制的作用	首次发现TMPRSS11B通过促进乳酸输出和酸性微环境，增强M2样巨噬细胞的富集，从而促进免疫抑制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索TMPRSS11B在肺鳞状细胞癌肿瘤微环境和免疫调节中的作用	肺鳞状细胞癌（LUSC）细胞和小鼠模型	肿瘤生物学	肺癌	RNA FISH分析、空间转录组学、超pH敏感纳米颗粒成像和代谢物分析	同基因小鼠模型和SNL模型	基因表达数据、代谢物数据和成像数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和LUSC肿瘤样本
842	2025-04-17	Defining effective strategies to integrate multi-sample single-nucleus ATAC-seq datasets via a multimodal-guided approach 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.02.646871 PMID:40236024	研究论文	本文提出了一种多模态引导的方法，用于整合多样本单核ATAC-seq数据集，并评估了58种整合管道的性能	利用单核多模态数据集同时分析ATAC和RNA，通过比较独立整合的snRNA-seq金标准嵌入和注释，评估snATAC-seq整合方法的性能	scRNA-seq整合方法在snATAC-seq数据集上表现不一致，可能是由于数据的稀疏性和基因组特征差异	开发稳健的计算流程以整合单核ATAC-seq数据集，并纠正技术效应，同时保留潜在的生物细胞状态	单核ATAC-seq数据集	生物信息学	NA	单核ATAC-seq, 单核RNA-seq	SnapATAC2, PeakVI, ArchR's iterative LSI, Harmony	基因组数据	5个多模态数据集
843	2025-04-17	Rare Subset of T Cells Form Heterotypic Clusters with Circulating Tumor Cells to Foster Cancer Metastasis 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646421 PMID:40236049	研究论文	本文研究了外周血中免疫细胞与循环肿瘤细胞(CTCs)的相互作用，揭示了罕见的CD4和CD8双阳性T(DPT)细胞在促进癌症转移中的关键作用	发现罕见的DPT细胞在CTC-WBC异型簇中显著富集，并揭示了其通过VLA4-VCAM1相互作用促进癌症转移的机制	研究主要基于乳腺癌患者样本，结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证	探索免疫细胞与循环肿瘤细胞的相互作用机制及其在癌症转移中的作用	晚期乳腺癌患者的血液样本和其中的循环肿瘤细胞(CTCs)与白细胞(WBCs)	癌症生物学	乳腺癌	流式细胞术、ImageStream分析、单细胞RNA测序	NA	血液样本、单细胞RNA测序数据	1,529份乳腺癌患者血液样本
844	2025-04-17	EcDNA-borne PVT1 fusion stabilizes oncogenic mRNAs 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646515 PMID:40236070	research paper	该研究揭示了染色体外DNA（ecDNA）扩增通过结构变异产生致癌基因融合转录本的机制，特别是PVT1基因的5'端作为致癌基因mRNA稳定剂的作用	首次发现ecDNA通过结构变异产生lncRNA-mRNA嵌合融合，并阐明PVT1外显子1通过SRSF1蛋白相互作用稳定致癌基因mRNA的分子机制	研究主要关注PVT1-MYC融合，其他ecDNA介导的融合事件需要进一步验证	探究ecDNA结构变异如何通过基因融合驱动肿瘤发生	染色体外DNA（ecDNA）及其产生的致癌基因融合转录本	癌症基因组学	癌症	单细胞RNA测序、遗传拯救实验	MYC成瘾性癌症模型	基因组数据、RNA测序数据	未明确说明样本数量，使用癌症基因组数据和肿瘤模型
845	2025-04-17	Overcoming myeloid-driven resistance to CAR T therapy by targeting SPP1 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.01.646202 PMID:40236117	research paper	该研究探讨了SPP1+巨噬细胞在CAR T细胞疗法中对实体瘤耐药性的作用，并提出通过靶向SPP1来克服这种耐药性	通过单细胞RNA测序技术识别了SPP1+巨噬细胞在CAR T疗法耐药性中的关键作用，并验证了抗SPP1抗体在克服耐药性中的潜力	研究主要基于胶质瘤患者和小鼠模型，结果在其他实体瘤类型中的普适性尚待验证	探索CAR T细胞疗法在实体瘤治疗中的耐药机制并寻找克服策略	胶质瘤患者和小鼠模型	digital pathology	glioma	scRNA-seq	syngeneic mouse model	RNA sequencing data	41名胶质瘤患者和小鼠模型
846	2025-04-17	A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.03.646654 PMID:40236139	研究论文	本文提出了一种统计框架，用于从胚胎尺度的单细胞测序实验中推断基因需求	开发了两个软件工具'Hooke'和'Platt'，利用单细胞数据集中的丰富统计模式来表征实验扰动的直接分子和细胞后果	NA	推断基因和细胞类型在遗传、化学或环境扰动下的直接影响	斑马鱼胚胎的单细胞图谱	生物信息学	NA	单细胞测序	统计框架	单细胞测序数据	数千个斑马鱼胚胎的数百万个细胞
847	2025-04-17	Excitatory synaptic transmission is differentially modulated by opioid receptors along the claustro-cingulate pathway 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646444 PMID:40236172	研究论文	研究阿片受体如何调节前扣带回皮层（ACC）与屏状核（CLA）之间的谷氨酸能信号传递	揭示了KOR、MOR和DOR阿片受体在CLA-ACC通路中对兴奋性突触传递的不同调节作用，特别是KOR的独特作用	研究仅在小鼠中进行，尚未在人类或其他动物模型中验证	探索阿片受体对CLA-ACC神经环路中谷氨酸能信号传递的调节机制	小鼠的CLA-ACC神经环路	神经科学	疼痛感知与意识障碍	空间转录组学、切片电生理学、光遗传学、药理学方法	NA	电生理数据	小鼠样本（具体数量未提及）
848	2025-04-17	Evidence of off-target probe binding in the 10x Genomics Xenium v1 Human Breast Gene Expression Panel compromises accuracy of spatial transcriptomic profiling 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.31.646342 PMID:40236200	research paper	本文研究了10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的脱靶探针结合问题，并开发了一个软件工具OPT来识别脱靶结合	开发了Off-target Probe Tracker (OPT)工具来识别探针脱靶结合，并通过正交空间和单细胞转录组数据验证了预测结果	研究仅针对10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板，结果可能不适用于其他基因面板或技术	评估空间转录组技术中探针脱靶结合对基因表达谱准确性的影响	10x Genomics Xenium v1人类乳腺基因表达面板中的280个基因	空间转录组学	乳腺癌	空间转录组技术、单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	使用先前发表的Xenium乳腺癌数据集，并与来自同一肿瘤块的Visium CytAssist和3'单细胞RNA-seq数据进行比较
849	2025-04-17	Female-biased vascular smooth muscle cell gene regulatory networks predict MYH9 as a key regulator of fibrous plaque phenotype 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.28.645955 PMID:40236025	research paper	该研究通过性别特异性基因调控网络分析，揭示了女性血管平滑肌细胞在纤维斑块形成中的分子机制	首次构建了女性偏向的血管平滑肌细胞基因调控网络，并鉴定MYH9为纤维斑块表型的关键调控因子	样本量相对较小（119名男性和32名女性心脏移植供体），且仅分析了冠状动脉和颈动脉斑块	探究动脉粥样硬化斑块性别差异的分子机制	血管平滑肌细胞(VSMC)和动脉粥样硬化斑块	分子生物学	心血管疾病	基因调控网络分析、单细胞RNA测序、贝叶斯网络建模、蛋白质组学分析	贝叶斯网络	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质表达数据	119名男性和32名女性心脏移植供体的VSMC基因表达数据，以及颈动脉斑块单细胞RNA测序数据
850	2025-04-17	The essential role of connective-tissue cells during axolotl limb regeneration 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.30.645595 PMID:40236065	research paper	该研究探讨了结缔组织细胞在蝾螈肢体再生过程中的关键作用	通过空间转录组学技术揭示了结缔组织细胞在再生芽基中的占比及其分子特征	未详细探讨其他类型细胞在再生过程中的具体作用	研究蝾螈肢体再生的细胞机制	蝾螈及其肢体再生过程中的结缔组织细胞	发育生物学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
851	2025-04-17	Single-cell RNA sequencing reveals sex differences in the subcellular composition and associated gene-regulatory network activity of human carotid plaques 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00628-y PMID:40211055	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了人类颈动脉斑块在亚细胞组成及相关基因调控网络活性上的性别差异	首次在单细胞水平上揭示了颈动脉斑块中性别特异的亚细胞表型和基因调控网络差异	样本量相对有限(7690个细胞)，且仅针对颈动脉斑块	探究动脉粥样硬化斑块中性别差异的细胞和分子机制	人类颈动脉斑块细胞	单细胞组学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	基因调控网络(GRN)分析	单细胞转录组数据	7,690个颈动脉斑块细胞(来自男女患者)
852	2025-04-17	Predicting Prognosis and Immunotherapy Response in Glioblastoma (GBM) With a 5-Gene CAF-Risk Signature 2025-Apr, Cancer reports (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/cnr2.70158 PMID:40226936	research paper	本研究通过开发和验证一个5基因CAF风险签名，探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在胶质母细胞瘤（GBM）中的作用及其与免疫浸润和免疫治疗反应的相关性	首次构建了一个5基因CAF风险签名，用于预测GBM患者的预后和免疫治疗反应，并揭示了CAF在GBM中的潜在作用机制	研究主要基于公共数据库的回顾性分析，缺乏前瞻性临床验证	探究CAF在GBM中的作用及其与免疫治疗反应的关系	胶质母细胞瘤（GBM）患者	digital pathology	glioblastoma	WGCNA, LASSO Cox回归分析, GSEA, ssGSEA, scRNA-seq	5-gene CAF-risk signature	mRNA表达谱和临床数据	来自两个数据库的GBM样本
853	2025-04-17	Single-cell RNA Sequencing Contributes to the Treatment of Acute Myeloid Leukaemia With Hematopoietic Stem Cell Transplantation, Chemotherapy, and Immunotherapy 2025-Apr, Journal of biochemical and molecular toxicology IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jbt.70218 PMID:40233268	research paper	该文章探讨了单细胞RNA测序在急性髓系白血病治疗中的应用，特别是在造血干细胞移植、化疗和免疫治疗中的作用	利用单细胞RNA测序技术识别细胞亚克隆和肿瘤特征，为AML的诊断和治疗提供了新的靶点	未提及具体样本量或实验设计的局限性	提高急性髓系白血病的治疗效果，特别是通过造血干细胞移植、化疗和免疫治疗	急性髓系白血病（AML）患者及其造血干细胞	digital pathology	acute myeloid leukemia	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	NA
854	2025-04-17	Tracing Early Migratory Neurons in the Developing Nose Using Contactin-2 (Cntn2)CreERT2 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645843 PMID:40236046	research paper	该研究通过生成可诱导的Cntn2CreERT2小鼠系，追踪发育中嗅觉系统的早期迁移神经元	利用Cntn2作为分子标记，开发了新的小鼠系来追踪和研究早期迁移神经元	研究中可用的分子标记数量有限，可能限制了更广泛的神经元群体研究	研究发育中嗅觉系统早期迁移神经元的追踪和功能操控	啮齿动物发育中的鼻子早期迁移神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序，可诱导CreERT2系统	Cntn2CreERT2小鼠模型	基因表达数据	NA
855	2025-04-17	Expansion of OSMR expression and signaling in the human dorsal root ganglion links OSM to neuropathic pain 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.26.645611 PMID:40236060	研究论文	该研究通过RNA测序和免疫组织化学方法，揭示了OSM-OSMR信号通路在人类背根神经节中的表达及其与神经病理性疼痛的关联	首次在人类背根神经节中广泛检测到OSMR的表达，并证实OSM通过MAPK信号通路直接激活感觉神经元，与神经病理性疼痛相关	研究主要基于体外实验和RNA测序数据，缺乏在体实验验证	探究OSM-OSMR信号通路在人类感觉神经元中的表达及其在神经病理性疼痛中的作用	人类背根神经节(hDRG)及感觉神经元	神经科学	神经病理性疼痛	RNA测序、免疫组织化学、膜片钳电生理、CRISPR编辑	NA	RNA-seq数据、电生理数据	未明确说明样本数量，使用人类背根神经节组织及培养的感觉神经元
856	2025-04-17	Loss of Kmt2c / d promotes gastric cancer initiation and confers vulnerability to mTORC1 inhibition and anti-PD1 immunotherapy 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645747 PMID:40236091	研究论文	本研究探讨了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的作用及其对mTORC1抑制和抗PD1免疫治疗的敏感性	揭示了Kmt2c/d缺失在胃癌起始中的关键作用，并提出了针对Kmt2c/d缺失胃癌的潜在治疗策略	研究主要基于小鼠模型，结果在人类胃癌中的适用性需要进一步验证	探究Kmt2c/d在胃癌起始中的作用及其治疗潜力	胃癌上皮细胞	癌症研究	胃癌	基因敲除小鼠模型、单细胞RNA测序	基因工程小鼠模型	基因表达数据、组织学图像	基因敲除小鼠模型中的胃癌组织
857	2025-04-17	mcDETECT: Decoding 3D Spatial Synaptic Transcriptomes with Subcellular-Resolution Spatial Transcriptomics 2025-Apr-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.27.645744 PMID:40236251	研究论文	介绍了一种名为mcDETECT的新框架，用于解码3D空间突触转录组	整合机器学习算法和空间转录组学（iST）与靶向基因面板，研究突触	NA	揭示神经退行性疾病的分子机制	突触	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学（iST）	机器学习算法	3D空间转录组数据	多平台数据（Xenium, Xenium 5K, MERSCOPE, CosMx）
858	2025-04-17	The tectum transversum(TTR) maintains patency of the developing coronal suture 2025-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.30.646197 PMID:40236170	研究论文	本研究探讨了横跨顶骨（TTR）在维持冠状缝开放中的关键作用及其潜在的分子机制	首次证实TTR通过抑制BMP信号通路维持冠状缝开放，并揭示其与硬脑膜的潜在相互作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明冠状缝发育的调控机制及冠状缝早闭的病因学	小鼠模型的横跨顶骨（TTR）及冠状缝组织	发育生物学	颅缝早闭症	基因敲除技术、空间转录组学	小鼠疾病模型	基因表达数据、组织形态学数据	未明确说明实验用小鼠数量
859	2025-04-17	Identification of maize genes that condition early systemic infection of sugarcane mosaic virus through single-cell transcriptomics 2025-Mar-04, Plant communications IF:9.4Q1 DOI:10.1016/j.xplc.2025.101297 PMID:40045576	研究论文	通过单细胞转录组学识别玉米中影响甘蔗花叶病毒早期系统性感染的基因	首次利用单细胞RNA测序技术研究甘蔗花叶病毒在玉米早期系统性感染中的基因表达变化	研究仅关注早期感染阶段，未涉及症状表现后的过程	探究植物病毒早期系统性感染过程中宿主基因表达与病毒积累的关系	甘蔗花叶病毒(SCMV)感染的玉米叶片细胞	植物病理学	植物病毒感染	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA-seq数据	未明确说明样本数量，研究对象为SCMV感染的玉米叶片细胞
860	2025-04-17	Deep learning powered single-cell clustering framework with enhanced accuracy and stability 2025-02-03, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-87672-7 PMID:39900656	研究论文	提出了一种名为scG-cluster的深度结构聚类方法，用于提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和稳定性	1) 双拓扑邻接图：将节点分布信息整合到传统邻接图中，丰富了图的表示；2) 双拓扑自适应图卷积网络(TAGCN)：采用注意力机制动态加权图内特征，并通过残差连接防止过平滑	未明确提及具体局限性，但暗示传统GCN方法存在过平滑问题	提高单细胞RNA测序数据的聚类准确性和稳定性	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	TAGCN（双拓扑自适应图卷积网络）	基因表达数据	六个不同的scRNA-seq数据集