单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8561	2024-09-17	A tumor microenvironment-based prognostic index for osteosarcoma 2023-Apr-13, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-023-00917-3 PMID:37055822	研究论文	本研究基于肿瘤微环境（TME）构建了一个针对骨肉瘤的预后指数（TMEindex），并验证了其在预测患者生存和免疫检查点抑制剂（ICI）治疗反应中的作用	首次基于肿瘤微环境构建了骨肉瘤的预后指数，并探讨了其与免疫治疗反应的关系	NA	建立一个基于肿瘤微环境的预后指数，用于预测骨肉瘤患者的生存和免疫检查点抑制剂治疗反应	骨肉瘤患者的肿瘤微环境及其与预后和免疫治疗反应的关系	数字病理学	骨肉瘤	scRNA-Seq分析	NA	基因表达数据	基于TARGET数据库的骨肉瘤样本，并在三个独立数据集中验证
8562	2024-09-17	TREM2+ and interstitial-like macrophages orchestrate airway inflammation in SARS-CoV-2 infection in rhesus macaques 2023-04-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37425-9 PMID:37024448	研究论文	研究利用恒河猴模型探讨SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中免疫细胞的作用	首次在恒河猴模型中详细描述了SARS-CoV-2感染引起的气道炎症中巨噬细胞亚群的作用，并评估了JAK1/2抑制剂baricitinib的治疗效果	研究仅限于恒河猴模型，结果的普适性有待进一步验证	探讨SARS-CoV-2感染引起的严重COVID-19的免疫病理机制	SARS-CoV-2感染的恒河猴模型中的气道炎症和巨噬细胞亚群	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	恒河猴模型中的气道细胞
8563	2024-09-17	Differentiation trajectories of the Hydra nervous system reveal transcriptional regulators of neuronal fate 2023-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.15.531610 PMID:36993575	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和轨迹推断，全面描述了水螅神经系统在成年期的分子特征，包括神经元亚型的转录变化和基因调控网络的构建	首次详细描述了水螅成年神经系统中的神经元亚型及其转录变化，并发现了新的神经元特异性基因调控区域和神经元亚型间的转分化途径	NA	研究水螅神经系统发育和再生的分子机制	水螅的神经系统及其神经元亚型	NA	NA	单细胞RNA测序、ATAC-seq	NA	基因表达数据	NA
8564	2024-09-17	Cellcano: supervised cell type identification for single cell ATAC-seq data 2023-04-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-37439-3 PMID:37012226	研究论文	开发了一种名为Cellcano的计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的细胞类型识别	提出了基于两轮监督学习算法的Cellcano方法，解决了参考数据与目标数据之间的分布偏移问题，提高了预测性能	未提及	开发适用于单细胞ATAC-seq数据的监督细胞类型识别方法	单细胞ATAC-seq数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	监督学习算法	单细胞ATAC-seq数据	50个精心设计的细胞类型识别任务
8565	2024-09-17	STGRNS: an interpretable transformer-based method for inferring gene regulatory networks from single-cell transcriptomic data 2023-04-03, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad165 PMID:37004161	研究论文	本文介绍了一种基于Transformer的可解释方法STGRNS，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络	提出了基因表达基序技术，将基因对转换为连续子向量，作为Transformer编码器的输入，避免了网络中缺失的相位特异性调控，提高了不同类型单细胞转录组数据中基因调控网络推断的准确性	NA	解决从单细胞转录组数据中推断基因调控网络时面临的细胞异质性问题	单细胞转录组数据中的基因调控网络	机器学习	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	21个静态和27个时间序列单细胞转录组数据集
8566	2024-09-17	Single-cell RNA-seq reveals intratumoral heterogeneity in osteosarcoma patients: A review 2023-Apr, Journal of bone oncology IF:3.1Q2 DOI:10.1016/j.jbo.2023.100475 PMID:37034356	综述	本文综述了单细胞RNA测序在揭示骨肉瘤患者肿瘤内异质性方面的应用	利用单细胞RNA测序技术分析了18个不同阶段的骨肉瘤病变，揭示了肿瘤内存在的不同细胞群和基因特征	NA	探讨单细胞RNA测序在骨肉瘤治疗中的潜在应用	骨肉瘤患者的肿瘤内异质性	数字病理学	骨癌	单细胞RNA测序	NA	基因数据	150,000个细胞，来自18个病变
8567	2024-09-17	Machine Learning for Uncovering Biological Insights in Spatial Transcriptomics Data 2023-Mar-29, ArXiv PMID:37033464	研究论文	本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具	本文总结了空间转录组学数据分析中机器学习的主要目标和当前趋势，并介绍了四个数据科学概念和相关启发式方法，以帮助从业者选择合适的工具	本文未具体提及研究中的局限性	探讨机器学习在空间转录组学数据中揭示生物学见解的应用	空间转录组学数据	机器学习	NA	机器学习	深度学习	空间转录组学数据	NA
8568	2024-09-17	Cultured Mesenchymal Cells from Nasal Turbinate as a Cellular Model of the Neurodevelopmental Component of Schizophrenia Etiology 2023-Mar-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.28.534295 PMID:37034711	研究论文	研究使用从鼻甲中培养的间充质细胞作为精神分裂症神经发育病因学的细胞模型	首次比较了从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系与中鼻甲活检样本的单细胞RNA测序数据，并将其与嗅觉神经上皮的数据进行了比较	研究仅限于特定的细胞系和样本，可能无法完全代表精神分裂症的复杂性	探讨精神分裂症神经发育分子机制的生物模型	从精神分裂症患者和对照组中提取的CNON细胞系和中鼻甲活检样本	细胞生物学	精神分裂症	单细胞RNA测序	NA	RNA	两个CNON细胞系和两个中鼻甲活检样本
8569	2024-09-17	Gene panel selection for targeted spatial transcriptomics 2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.02.03.527053 PMID:36993340	研究论文	本文介绍了一种名为gpsFISH的计算方法，用于优化已知细胞类型的基因选择，以实现目标空间转录组学	提出了一种新的计算方法gpsFISH，通过建模和调整平台效应来优化基因选择，超越了现有方法	现有基因选择方法依赖于scRNA-seq数据，忽略了技术之间的平台效应	开发一种新的基因选择方法，以优化目标空间转录组学中的基因检测	基因面板的选择，以优化已知细胞类型的检测	空间转录组学	NA	计算方法	NA	转录组数据	NA
8570	2024-09-17	Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification 2023-Mar-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.21.533713 PMID:36993544	研究论文	本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因	BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够处理二维和三维空间转录组数据，具有更高的准确性、鲁棒性和效率	NA	开发一种新的计算方法，用于在空间转录组数据中识别空间变异基因	二维和三维空间转录组数据中的空间变异基因	生物信息学	NA	空间转录组学	非参数模型	基因表达数据	NA
8571	2024-09-17	Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification 2023-Mar-22, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-2687726/v1 PMID:36993309	研究论文	本文介绍了一种名为BSP的新方法，用于从二维和三维空间转录组数据中识别空间变异基因	BSP方法是一种空间粒度引导的非参数模型，能够在二维和三维空间转录组数据中快速且稳健地识别空间变异基因	NA	开发一种新的计算方法，用于从二维和三维空间转录组数据中有效识别空间变异基因	空间变异基因	数字病理学	NA	空间转录组学	非参数模型	转录组数据	多种类型的空间转录组技术在癌症、神经科学、类风湿性关节炎和肾脏研究中的应用
8572	2024-09-17	Pioneer factor ASCL1 cooperates with the mSWI/SNF complex at distal regulatory elements to regulate human neural differentiation 2023-03-01, Genes & development IF:7.5Q1 DOI:10.1101/gad.350269.122 PMID:36931659	研究论文	研究了先驱转录因子ASCL1与mSWI/SNF复合物在远端调控元件上的相互作用，以调节人类神经分化	揭示了ASCL1在人类神经发生中激活长程调控元件的新机制，并发现了其染色质重塑功能依赖于合作伙伴ATPase活性	NA	探讨先驱转录因子ASCL1在人类神经分化中的作用及其与mSWI/SNF复合物的相互作用	ASCL1在人类神经分化中的功能及其与mSWI/SNF复合物的相互作用	基因表达调控	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
8573	2024-09-17	Diabetes mellitus induces a novel inflammatory network involving cancer progression: Insights from bioinformatic analysis and in vitro validation 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1149810 PMID:37033970	研究论文	研究探讨了糖尿病与癌症之间的关联，构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，并通过生物信息学分析和体外实验验证了其机制	首次构建了一个基于糖尿病的癌症相关炎症网络，揭示了糖尿病如何增加肿瘤发生和发展的机制	需要进一步的研究来验证和扩展这些发现	探讨糖尿病与癌症之间的分子机制	糖尿病相关基因与癌症相关基因的关联	生物信息学	糖尿病	生物信息学分析、单细胞测序、体外实验	NA	基因表达数据、单细胞测序数据	包括结肠腺癌在内的多种肿瘤样本
8574	2024-09-17	Monoacylglycerol lipase regulates macrophage polarization and cancer progression in uveal melanoma and pan-cancer 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1161960 PMID:37033945	研究论文	研究探讨了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤和泛癌中的作用及其对巨噬细胞极化和癌症进展的影响	首次揭示了单酰甘油脂肪酶在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并提出了基于脂质代谢的风险模型	研究主要基于数据库分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨脂质代谢在葡萄膜黑色素瘤中的作用，并开发基于脂质代谢的风险模型	葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	共识聚类分析、ESTIMATE分析、TIMER分析、ssGSEA分析、Cox回归分析、Lasso回归分析、单细胞测序分析	风险模型	基因表达数据	80名葡萄膜黑色素瘤患者和泛癌患者的数据
8575	2024-09-17	Single-cell and long-read sequencing to enhance modelling of splicing and cell-fate determination 2023, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2023.03.023 PMID:37066125	综述	本文综述了单细胞和长读长测序技术在剪接和细胞命运决定建模中的最新进展	结合单细胞和长读长测序技术，提供了新的机会来建模细胞命运决定	NA	探讨单细胞和长读长测序技术在细胞命运决定和剪接建模中的应用	单细胞和长读长测序数据，以及相关的计算算法和数学模型	生物信息学	NA	单细胞测序，长读长测序	NA	基因组数据	NA
8576	2024-09-17	Identification of visual cortex cell types and species differences using single-cell RNA sequencing 2022-11-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-34590-1 PMID:36371428	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了133,454个猕猴视觉皮层细胞，识别了多种细胞类型及其在不同物种间的基因表达差异	本文首次建立了大规模的猕猴视觉皮层单细胞RNA测序数据集，并发现了两种新的细胞类型，以及不同物种间在突触可塑性和神经调节相关基因表达上的差异	本文仅分析了猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞，未涉及其他物种	研究灵长类视觉皮层的细胞类型及其在不同物种间的差异	猕猴、人类和小鼠的视觉皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	133,454个猕猴视觉皮层细胞
8577	2024-09-17	Single-cell multi-omics of human clonal hematopoiesis reveals that DNMT3A R882 mutations perturb early progenitor states through selective hypomethylation 2022-10, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-022-01179-9 PMID:36138229	研究论文	本文利用单细胞多组学技术研究了DNMT3A R882突变在人类克隆造血中的影响	首次通过单细胞多组学技术捕获了DNMT3A R882突变个体的基因型、转录组和甲基化组，揭示了突变通过选择性低甲基化影响早期祖细胞状态的机制	研究仅限于DNMT3A R882突变个体，且样本量较小	探讨DNMT3A R882突变在克隆造血中的下游效应	DNMT3A R882突变个体的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	单细胞多组学测序	NA	基因型、转录组、甲基化组	少量DNMT3A R882突变个体
8578	2024-09-17	Self-supervised learning of cell type specificity from immunohistochemical images 2022-06-24, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac263 PMID:35758799	研究论文	本文开发了一种从无标签的免疫组化图像中预测蛋白质标记物细胞类型特异性的方法	利用自监督学习目标训练卷积神经网络生成图像嵌入，并通过非线性降维观察模型根据细胞类型和解剖区域对图像进行聚类，无需人工标注图像	NA	改进蛋白质标记物的细胞类型特异性识别	免疫组化图像中的细胞类型特异性	计算机视觉	NA	免疫组化	卷积神经网络	图像	数千个抗体在人体组织中的数据
8579	2024-09-17	Salivary gland organoid culture maintains distinct glandular properties of murine and human major salivary glands 2022-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30934-z PMID:35672412	研究论文	本文介绍了在小鼠和人唾液腺类器官培养中维持特定腺体特性的方法	首次建立了长期的小鼠和人类唾液腺类器官培养，并展示了这些类器官在神经递质刺激下保持腺体功能的能力	未提及具体限制	开发一种实验平台，用于探索组织再生和抗癌治疗时代的精准医学	小鼠和人类唾液腺类器官	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因和蛋白质表达数据	小鼠和人类唾液腺细胞
8580	2024-09-16	Reconstitution of the Multiple Myeloma Microenvironment Following Lymphodepletion with BCMA CAR-T Therapy 2024-Sep-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-0352 PMID:39024031	研究论文	研究了BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	揭示了BCMA CAR-T疗法后多发性骨髓瘤微环境的动态变化，并提供了预测治疗反应性的线索	样本量较小，仅涉及七名患者	研究BCMA CAR-T细胞疗法后多发性骨髓瘤微环境的重组	多发性骨髓瘤患者的骨髓样本	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	14个骨髓样本，来自7名患者