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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8561 | 2025-10-07 |
Heterogeneity analysis and prognostic model construction of HPV negative oral squamous cell carcinoma T cells using ScRNA-seq and bulk-RNA analysis
2025-Jan-23, Functional & integrative genomics
IF:3.9Q1
DOI:10.1007/s10142-024-01525-6
PMID:39849233
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和bulk-RNA分析,构建了HPV阴性口腔鳞状细胞癌T细胞的异质性分析及预后模型 | 首次在HPV阴性OSCC中系统分析T细胞异质性并建立基于T细胞相关基因的预后风险模型 | 样本量相对有限(14个肿瘤样本和6个正常样本) | 评估HPV阴性口腔鳞状细胞癌中T细胞标记基因表达谱,构建预后风险模型并分析其与免疫治疗反应的相关性 | HPV阴性口腔鳞状细胞癌患者 | 单细胞基因组学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, qRT-PCR | 预后风险模型 | 单细胞RNA测序数据, bulk RNA测序数据 | 14个HPV阴性OSCC样本和6个正常样本,共28,000个细胞,其中4,635个T细胞 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
8562 | 2025-10-07 |
Consensus representation of multiple cell-cell graphs from gene signaling pathways for cell type annotation
2025-Jan-23, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02128-8
PMID:39849579
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研究论文 | 提出scMCGraph计算框架,通过整合基因表达和通路活性来准确注释单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 构建基于多个通路数据库的路径特异性视图,并将其整合为共识图用于细胞类型注释 | NA | 开发稳健准确的计算方法用于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 共识图模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8563 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing highlights the role of distinct natural killer subsets in sporadic amyotrophic lateral sclerosis
2025-Jan-23, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03347-0
PMID:39849490
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了散发性肌萎缩侧索硬化症患者外周血免疫细胞的特征性变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究ALS患者外周血免疫细胞在疾病病理生理中的作用 | 样本量相对较小(14例ALS患者和14例健康对照) | 表征ALS患者外周血免疫细胞特征并鉴定与疾病相关的免疫改变 | 14例散发性ALS患者和14例年龄性别匹配的健康对照者的外周血单个核细胞 | 单细胞测序分析 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据 | 28例样本(14例ALS患者,14例健康对照) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8564 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA-seq data augmentation using generative Fourier transformer
2025-Jan-22, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07552-8
PMID:39843603
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研究论文 | 提出一种无需训练的生成式傅里叶变换器scGFT,用于单细胞RNA测序数据增强 | 开发了首个无需训练、以细胞为中心的生成模型,通过解析机制合成具有天然基因表达谱的单细胞数据 | 未提及具体的数据集规模限制或计算资源需求 | 解决单细胞RNA测序数据稀缺问题,提高统计可靠性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | 罕见疾病 | 单细胞RNA测序 | 生成式傅里叶变换器 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8565 | 2025-10-07 |
Neutrophil extracellular traps (NETs) are increased in rheumatoid arthritis-associated interstitial lung disease
2025-Jan-22, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-025-03111-1
PMID:39844268
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研究论文 | 本研究探讨中性粒细胞胞外诱捕网在类风湿关节炎相关间质性肺病中的作用机制 | 首次揭示NR4A3调控NETs形成及其促进肺成纤维细胞分化的机制,并建立基于血浆生物标志物的RA-ILD亚型诊断模型 | 动物模型与人类疾病存在差异,临床样本量有限,未涉及长期干预研究 | 阐明NETs在RA-ILD发病机制中的作用及潜在治疗靶点 | ZYM诱导的SKG小鼠模型、HL-60细胞、MRC-5细胞、RA-ILD患者血浆样本 | 单细胞测序 | 类风湿关节炎相关间质性肺病 | 单细胞测序, ELISA, ROC曲线分析 | 动物疾病模型 | 单细胞测序数据, 血浆生物标志物数据 | RA-ILD患者分组(RA-NSIP和RA-UIP)及健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8566 | 2025-10-07 |
Identification of glutamine as a potential therapeutic target in dry eye disease
2025-Jan-22, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-024-02119-1
PMID:39837870
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研究论文 | 本研究通过代谢重塑策略识别谷氨酰胺作为干眼病的潜在治疗靶点 | 首次发现谷氨酰胺在干眼病治疗中的关键作用,并提出通过抑制GLS1酶增强谷氨酰胺代谢的新策略 | NA | 探索干眼病的代谢治疗新靶点 | 干眼病临床病例和啮齿类动物模型 | NA | 干眼病 | 基质辅助激光解吸/电离质谱成像(MALDI-MSI), 单细胞测序 | NA | 代谢组学数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间代谢组学 | NA | NA |
8567 | 2025-10-07 |
Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients
2025-Jan-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-56212-2
PMID:39837850
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了溃疡性结肠炎患者回肠储袋的细胞、转录组和表观遗传变化 | 首次构建了回肠储袋的细胞类型解析转录组和表观遗传图谱,发现了储袋特异性上皮细胞群 | 样本量较小(6名患者和6名健康对照),且为观察性研究 | 研究溃疡性结肠炎患者回肠储袋的细胞组成和分子特征变化 | 溃疡性结肠炎患者的回肠储袋组织和健康对照的末端回肠及升结肠组织 | 单细胞组学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观遗传数据 | 6名溃疡性结肠炎患者(4男2女)和6名健康个体(3男3女)的配对活检样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
8568 | 2025-10-07 |
TGF-β signaling orchestrates cancer-associated fibroblasts in the tumor microenvironment of human hepatocellular carcinoma: unveiling insights and clinical significance
2025-Jan-21, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-13435-2
PMID:39838288
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肝细胞癌肿瘤微环境中癌症相关成纤维细胞亚型及其与TGF-β信号的相互作用 | 首次在肝细胞癌中鉴定出两种成纤维细胞亚型,并揭示TGF-β信号在肿瘤细胞与CAFs相互作用中的关键角色 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证;样本量有限 | 探索肝细胞癌肿瘤微环境中TGF-β信号与癌症相关成纤维细胞的相互作用机制 | 肝细胞癌组织样本和肿瘤微环境中的细胞组分 | 肿瘤微环境研究 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 多重免疫组织化学 | NA | 基因表达数据, 组织图像数据 | 组织微阵列中的肝细胞癌组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
8569 | 2025-10-07 |
Transcriptomic dynamics and cell-to-cell communication during the transition of prospermatogonia to spermatogonia revealed at single-cell resolution
2025-Jan-21, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11244-2
PMID:39838296
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示前精原细胞向精原细胞转变过程中的转录组动态和细胞间通讯 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了前精原细胞向精原细胞转变过程中的基因表达动态,并发现bHLH转录因子在此过程中的关键调控作用 | 研究仅聚焦于小鼠胚胎期和新生期的特定发育阶段,未涵盖整个精子发生过程 | 解析前精原细胞向精原细胞转变的分子调控机制 | 小鼠前精原细胞、精原细胞和睾丸体细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4个发育阶段(E12.5、E17.5、P1、P6)的小鼠睾丸细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8570 | 2025-10-07 |
Single-cell atlas reveals multi-faced responses of losartan on tubular mitochondria in diabetic kidney disease
2025-Jan-21, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06074-5
PMID:39838394
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研究论文 | 通过单细胞测序技术揭示氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体的多层面保护作用 | 首次利用单细胞测序技术系统描绘氯沙坦治疗对糖尿病肾病肾小管线粒体多维度稳态的调控网络 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,临床样本验证尚属初步阶段 | 探究氯沙坦对糖尿病肾病肾小管线粒体功能的保护机制 | 糖尿病肾病小鼠模型和HK-2人肾小管上皮细胞系 | 单细胞生物学 | 糖尿病肾病 | 单核RNA测序, 基因富集分析, 免疫荧光, 蛋白质印迹, 电子显微镜 | NA | 单细胞转录组数据, 显微镜图像, 蛋白质表达数据 | 小鼠肾脏组织样本和HK-2细胞系 | NA | 单核RNA测序 | NA | NA |
8571 | 2025-10-07 |
Uncovering glycolysis-driven molecular subtypes in diabetic nephropathy: a WGCNA and machine learning approach for diagnostic precision
2025-Jan-21, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-025-00601-6
PMID:39838413
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研究论文 | 本研究通过WGCNA和机器学习方法揭示了糖尿病肾病中糖酵解驱动的分子亚型及其诊断价值 | 首次基于糖酵解相关基因对糖尿病肾病进行分子分型,并鉴定出关键诊断标志物 | 研究主要基于公共数据集,需要更多独立队列验证 | 探索糖酵解相关基因在糖尿病肾病中的作用机制和诊断价值 | 糖尿病肾病样本和糖酵解相关基因 | 机器学习 | 糖尿病肾病 | WGCNA, 机器学习, 单细胞测序, qRT-PCR | XGBoost | 基因表达数据 | 多个GSE数据集(GSE30122, GSE30528, GSE96804, GSE142153) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
8572 | 2025-10-07 |
Comprehensive single-cell atlas of colorectal neuroendocrine tumors with liver metastases: unraveling tumor microenvironment heterogeneity between primary lesions and metastases
2025-Jan-21, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02231-y
PMID:39838423
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的原发灶和转移灶,揭示肿瘤微环境异质性 | 首次对结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的原发灶和转移灶进行单细胞分析,发现COLEC11+基质癌相关成纤维细胞与转移灶癌细胞的特异性相互作用 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 阐明结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者原发灶和转移灶之间肿瘤微环境的异质性 | 结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的原发灶和转移灶组织样本 | 数字病理学 | 结直肠神经内分泌肿瘤 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序, 多重免疫组织化学/免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 批量转录组数据, 蛋白质表达数据 | 结直肠神经内分泌肿瘤肝转移患者的新鲜组织样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 批量RNA测序 | NA | NA |
8573 | 2025-10-07 |
Unveiling cell-type-specific microRNA networks through alternative polyadenylation in glioblastoma
2025-Jan-21, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-024-02104-8
PMID:39838429
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据揭示胶质母细胞瘤中替代性多聚腺苷化调控microRNA网络和细胞状态转换的机制 | 首次在胶质母细胞瘤中发现替代性多聚腺苷化作为独立于基因表达变化的调控机制,并构建了细胞类型特异的microRNA-转录因子-靶基因网络 | 研究基于单细胞RNA测序数据的分析,需要进一步实验验证APA调控功能 | 探索胶质母细胞瘤中替代性多聚腺苷化在细胞状态转换和microRNA结合调控中的作用 | 胶质母细胞瘤中的少突胶质前体细胞和CD133+放射状胶质样肿瘤细胞 | 生物信息学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8574 | 2025-10-07 |
Orchestrated response from heterogenous fibroblast subsets contributes to repair from surgery-induced stress after airway reconstruction
2025-Jan-21, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.186263
PMID:39836476
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了气管重建术后异质性成纤维细胞亚群在手术应激反应中的协调作用机制 | 首次在气道重建模型中识别了5种功能特异的成纤维细胞亚群及其空间分布特征,揭示了CTHRC1+成纤维细胞在纤维化瘢痕形成中的关键作用 | 研究主要基于动物模型,人类组织的验证仍需进一步研究;单细胞测序技术本身存在技术偏差 | 探究气道重建术后手术应激反应中成纤维细胞的细胞和分子机制 | 气管支气管组织中的成纤维细胞亚群 | 单细胞生物学 | 气道疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8575 | 2025-10-07 |
Ribosome profiling and single-cell RNA sequencing identify the unfolded protein response as a key regulator of pigeon lactation
2025-Jan-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 通过核糖体分析和单细胞RNA测序技术,揭示未折叠蛋白反应在鸽子泌乳过程中的关键调控作用 | 首次在鸽子泌乳研究中结合核糖体分析、RNA测序和单细胞转录组测序技术,发现成纤维细胞来源的BAFF信号通过激活未折叠蛋白反应促进分泌上皮细胞的蛋白质生产 | 研究样本仅包含雄性鸽子,未探讨雌性个体的泌乳机制;研究时间点较为有限 | 阐明鸽子泌乳过程的分子机制和细胞动态 | 225日龄未配对非泌乳雄性鸽子(MN)和孵化后第一天开始泌乳的雄性鸽子(ML)的嗉囊组织 | 单细胞生物学 | NA | RNA测序, 核糖体分析, 单细胞转录组测序, RNA荧光原位杂交 | NA | 转录组数据, 单细胞基因表达数据 | 两组雄性鸽子嗉囊组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序, 核糖体分析, 批量RNA测序 | NA | NA |
8576 | 2025-10-07 |
Cross-species single-cell transcriptomics reveals neuronal similarities and heterogeneity in amniote pallium
2025-Jan-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 通过跨物种单细胞转录组学分析羊膜动物大脑皮层的神经元相似性和异质性 | 首次在羊膜动物范围内进行跨物种单细胞转录组比较,揭示了抑制性神经元的保守性和兴奋性神经元的区域分化 | 研究主要基于转录组数据,缺乏功能验证实验 | 探究不同羊膜动物大脑皮层神经元的转录组保守性和物种特异性差异 | 猕猴、人类、小鼠、斑胸草雀、龟类和蜥蜴的大脑皮层组织 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞核RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 超过130,000个细胞核 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8577 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis and experimental verification reveal testicular fatty acid metabolism disorder in non-obstructive azoospermia
2025-Jan-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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研究论文 | 通过多组学分析和实验验证揭示非梗阻性无精子症中睾丸脂肪酸代谢紊乱的机制 | 首次通过多组学方法系统揭示PPARG作为关键转录因子通过调控脂肪酸代谢影响血睾屏障完整性和精子发生 | 基于公共数据库数据,需要进一步实验验证具体分子机制 | 阐明脂肪酸代谢紊乱在非梗阻性无精子症发病机制中的作用 | 非梗阻性无精子症患者的睾丸组织和细胞 | 生物信息学 | 男性不育症 | 微阵列分析,单细胞RNA测序,代谢组学 | NA | 基因表达数据,代谢物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,代谢组学 | NA | NA |
8578 | 2025-10-07 |
Multiomic analysis reveals cellular, transcriptomic and epigenetic changes in intestinal pouches of ulcerative colitis patients
2025-Jan-09, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.11.11.23298309
PMID:38014192
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研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示溃疡性结肠炎患者肠道储袋的细胞、转录组和表观遗传变化 | 首次构建了回肠储袋的细胞类型解析的转录组和表观遗传图谱,发现了储袋特异性上皮细胞群体 | 样本量较小(6名患者,6名健康对照),仅包含配对活检样本 | 研究溃疡性结肠炎患者回肠储袋的细胞和分子特征 | 溃疡性结肠炎患者的回肠储袋组织和健康个体的末端回肠及升结肠组织 | 单细胞多组学 | 溃疡性结肠炎 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观遗传数据 | 6名溃疡性结肠炎患者(4男2女),6名健康个体(3男3女) | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
8579 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals LEF1-Driven Wnt Pathway Activation as a Shared Oncogenic Program in Hepatoblastoma and Medulloblastoma
2025-Jan-09, Current oncology (Toronto, Ont.)
DOI:10.3390/curroncol32010035
PMID:39851951
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示LEF1驱动的Wnt通路激活是肝母细胞瘤和髓母细胞瘤共有的致癌程序 | 发现LEF1依赖的胚胎程序在两种不同儿科肿瘤中的共同转录激活机制 | NA | 研究肝母细胞瘤和髓母细胞瘤中共享的致癌程序 | 肝母细胞瘤和髓母细胞瘤肿瘤细胞 | 生物信息学 | 儿科肿瘤 | 单细胞RNA测序,多组学数据分析 | ROC曲线分析 | 转录组数据,单细胞数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8580 | 2025-10-07 |
Single-Cell Insights Into Cellular Response in Abdominal Aortic Occlusion-Induced Hippocampal Injury
2025-Jan, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70154
PMID:39834143
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究腹主动脉闭塞诱导的海马损伤中的细胞反应 | 首次在单细胞水平揭示腹主动脉闭塞模型中海马区的转录组变化,识别出五种不同的星形胶质细胞亚型 | 研究仅使用雄性C57BL/6小鼠,样本来源单一 | 探究腹主动脉闭塞诱导的缺血再灌注损伤对海马区细胞的分子病理影响 | 雄性C57BL/6小鼠海马组织细胞 | 单细胞转录组学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序,组织学分析,行为学测试 | NA | 单细胞转录组数据,行为学数据 | 62,624个细胞,对应7种细胞类型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |