单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27773 篇文献，本页显示第 8561 - 8580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8561 | 2024-09-23 |
Efficient and accurate KIR and HLA genotyping with massively parallel sequencing data
2023-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277585.122
PMID:37169596
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研究论文 | 本文介绍了一种名为T1K的新型计算方法，用于从RNA-seq、全基因组测序或全外显子测序数据中高效准确地推断KIR和HLA等位基因 | T1K方法能够联合考虑所有基因型的等位基因，可靠地识别存在的基因并区分同源基因，包括具有挑战性的基因。此外，T1K还能调用新的单核苷酸变异并处理单细胞数据 | NA | 开发一种高效准确的计算方法，用于从大规模并行测序数据中进行KIR和HLA基因分型 | KIR基因和HLA基因 | 基因组学 | NA | 大规模并行测序 | T1K | RNA-seq、全基因组测序、全外显子测序 | NA |
| 8562 | 2024-09-23 |
The expanding vistas of spatial transcriptomics
2023-06, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01448-2
PMID:36192637
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学技术的发展及其在组织细胞类型结构、细胞间相互作用和组织成分间分子相互作用研究中的应用 | 介绍了空间转录组学技术的新进展，包括其在敏感性、多重性和通量方面的快速提升 | NA | 探讨空间转录组学技术的发展及其在生物学研究中的应用 | 组织中的基因表达及其在细胞类型结构、细胞间相互作用和分子相互作用中的作用 | 基因组学 | NA | 空间转录组学技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8563 | 2024-09-23 |
Neuraminidase is a host-directed approach to regulate neutrophil responses in sepsis and COVID-19
2023-06, British journal of pharmacology
IF:6.8Q1
DOI:10.1111/bph.16013
PMID:36526272
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研究论文 | 研究探讨了神经氨酸酶作为宿主导向方法在调节脓毒症和COVID-19中中性粒细胞反应的作用 | 首次提出神经氨酸酶1（NEU1）与基质金属蛋白酶9（MMP-9）的相互作用在脓毒症和COVID-19中引发中性粒细胞过度激活 | 研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在人体中进行验证 | 研究神经氨酸酶在严重感染中调节中性粒细胞反应的作用 | 健康捐赠者和COVID-19患者的中性粒细胞，以及感染了MHV-3的小鼠 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康捐赠者和COVID-19患者的呼吸道样本，以及感染了MHV-3的小鼠 |
| 8564 | 2024-09-23 |
Cell type deconvolution of bulk blood RNA-Seq to reveal biological insights of neuropsychiatric disorders
2023-May-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.05.24.542156
PMID:37293101
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研究论文 | 本研究通过计算方法从大量血液RNA-Seq数据中推断细胞类型比例，揭示神经精神疾病的生物学机制 | 本研究首次在非脑组织的大规模RNA-Seq数据中应用计算方法，识别与精神疾病和药物相关的细胞类型特异性生物学机制 | 本研究主要依赖于计算推断的细胞类型比例，可能存在一定的误差 | 揭示神经精神疾病的遗传变异与疾病风险之间的因果机制 | 双相情感障碍和精神分裂症患者的血液样本 | 基因组学 | 神经精神疾病 | RNA-Seq | NA | RNA序列 | 1730个样本 |
| 8565 | 2024-09-23 |
The role of CD8+ T-cell clones in immune thrombocytopenia
2023-05-18, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022018380
PMID:36749920
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研究论文 | 研究探讨了细胞毒性CD8+ T细胞在免疫性血小板减少症（ITP）中的作用 | 发现了CD8+ T细胞克隆在ITP患者中的扩展，并提出了抗体非依赖性的血小板破坏机制 | NA | 探索CD8+ T细胞在ITP中的作用机制 | ITP患者和年龄匹配的对照组 | 免疫学 | 血液疾病 | 下一代测序（NGS）、单细胞RNA测序 | NA | 基因序列、RNA序列 | ITP患者和年龄匹配的对照组 |
| 8566 | 2024-09-23 |
Single-cell RNA sequencing data reveals rewiring of transcriptional relationships in Alzheimer's Disease associated with risk variants
2023-May-16, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.05.15.23289992
PMID:37292975
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序数据揭示了阿尔茨海默病相关风险变异对转录关系的影响 | 提出了通过单细胞RNA测序数据分析基因表达差异相关性来识别潜在因果基因的方法 | NA | 理解遗传风险变异如何影响阿尔茨海默病的病因 | 阿尔茨海默病患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过130万个细胞 |
| 8567 | 2024-09-23 |
Single-cell transcriptomics of a dynamic cell behavior in murine airways
2023-04-21, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.76645
PMID:37083555
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研究论文 | 本文介绍了一种将小鼠组织中细胞的生理行为与其深度分子分析相结合的方法 | 本文建立了一种新的分子特征，用于描述小鼠气道损伤后显著的细胞迁移行为 | NA | 研究细胞在其自然环境中的动态行为分子特征 | 小鼠气道中的细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠样本 |
| 8568 | 2024-09-23 |
CORE CONSERVED TRANSCRIPTIONAL REGULATORY NETWORKS DEFINE THE INVASIVE TROPHOBLAST CELL LINEAGE
2023-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.30.534962
PMID:37066272
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研究论文 | 研究比较了鼠和人类侵袭性滋养层细胞系的保守转录调控网络 | 首次生成了鼠妊娠期15.5天和19.5天的单核ATAC-seq数据，并将其与单细胞RNA-seq数据整合，确定了侵袭性滋养层细胞的染色质可及性特征，并发现了保守的基因调控网络 | 对鼠和人类侵袭性滋养层细胞调控机制的相似性和差异性理解有限 | 研究鼠和人类侵袭性滋养层细胞系的保守转录调控网络 | 鼠和人类侵袭性滋养层细胞系 | NA | NA | 单核ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据 | 鼠妊娠期15.5天和19.5天的子宫-胎盘界面组织 |
| 8569 | 2024-09-23 |
SARS-CoV-2 leverages airway epithelial protective mechanism for viral infection
2023-Mar-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106175
PMID:36788793
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研究论文 | 研究分析了SARS-CoV-2在人源化模型中早期感染的单细胞RNA测序数据，揭示了病毒在支气管上皮中触发的细胞系统级响应的关键机制 | 发现了SARS-CoV-2病毒通过纤毛细胞前体优先进入组织，并引发感染的正反馈循环，这一过程被细胞间通信缓解，为理解病毒与屏障组织之间的相互作用提供了新视角 | 研究主要集中在早期感染阶段，对于病毒感染的长期动态和影响需要进一步研究 | 揭示SARS-CoV-2在支气管上皮中早期感染的机制，并探讨可能的治疗策略 | SARS-CoV-2病毒在人源化模型中的早期感染机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 8570 | 2024-09-23 |
Microbial stimulation of oxytocin release from the intestinal epithelium via secretin signaling
2023-Mar-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.09.531917
PMID:36945649
|
研究论文 | 研究揭示了肠道微生物通过分泌素信号刺激肠道上皮释放催产素 | 首次发现肠道上皮细胞能够产生和分泌催产素，并揭示了肠道微生物通过分泌素信号途径促进催产素释放的机制 | NA | 探讨肠道微生物如何通过分泌素信号刺激肠道上皮释放催产素，从而促进宿主健康 | 肠道微生物、催产素、分泌素、肠道上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序、组织成像 | NA | RNA序列、组织图像 | 人类和小鼠的肠道组织及肠道类器官 |
| 8571 | 2024-09-23 |
Transcriptomic changes in single yeast cells under various stress conditions
2023-Feb-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09184-w
PMID:36829151
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研究论文 | 研究了在不同胁迫条件下单个酵母细胞的转录组变化 | 利用全长的单细胞RNA测序技术，提供了比传统群体细胞方法更精细的酵母胁迫响应图谱 | 单细胞间的技术噪声和批次效应可能会显著影响结果 | 探讨酵母在胁迫条件下的转录组变化 | 酵母细胞在不同胁迫条件下的转录组 | 基因组学 | NA | 全长单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 117个酵母细胞，分别在三种胁迫条件下（低渗条件、葡萄糖饥饿和氨基酸饥饿）进行测序 |
| 8572 | 2024-09-23 |
Progress in Discovering Transcriptional Noise in Aging
2023-Feb-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043701
PMID:36835113
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综述 | 本文综述了衰老过程中转录噪音的发现进展 | 提出了基于网络分析的基因间协调水平分析等新方法来定义转录噪音 | 实验观察数量有限，单细胞RNA测序存在技术噪音，缺乏标准或最佳的数据分析测量方法 | 回顾近期技术进展、当前知识和挑战，以更好地理解衰老中的转录噪音 | 衰老过程中的转录噪音 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8573 | 2024-09-23 |
STAT3 protects HSCs from intrinsic interferon signaling and loss of long-term blood-forming activity
2023-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.10.528069
PMID:36798265
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研究论文 | 研究探讨了STAT3在造血干细胞和祖细胞中的功能及其对长期造血活性的保护作用 | 首次通过混合骨髓嵌合小鼠模型，揭示了STAT3在造血干细胞和祖细胞中的关键作用，并提出了使用靶向合成致死方法与STAT3抑制剂结合来清除缺陷或疾病造血干细胞和祖细胞的潜力 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证STAT3功能的直接相关性 | 探讨STAT3在造血干细胞和祖细胞中的功能及其对长期造血活性的影响 | 造血干细胞和祖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 20%的造血系统中使用CreER介导的删除方法建立了混合骨髓嵌合小鼠模型 |
| 8574 | 2024-09-23 |
Using single-cell RNA sequencing to generate cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development
2023-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527019
PMID:36778312
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据生成基于基因特异性调控元件的细胞类型特异性split-GAL4工具，用于果蝇发育过程中的细胞类型研究 | 本文提出了一种基于单细胞RNA测序数据的高效流程，用于生成细胞类型特异性的split-GAL4工具，解决了现有增强子驱动的GAL4工具在表达模式预测上的不足 | NA | 开发新的细胞类型特异性工具，用于果蝇发育过程中特定细胞类型的靶向操作 | 果蝇的神经发育和视觉系统 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNAseq) | NA | 基因表达数据 | 大量编码内含子MiMIC/CRIMIC线 |
| 8575 | 2024-09-23 |
Ligament injury in adult zebrafish triggers ECM remodeling and cell dedifferentiation for scar-free regeneration
2023-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527039
PMID:36778403
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研究论文 | 研究了成年斑马鱼颌关节韧带损伤后的无瘢痕再生过程 | 首次展示了成年斑马鱼颌关节韧带能够进行快速且完全的无瘢痕愈合，并揭示了免疫-间充质相互作用在ECM重塑中的作用 | NA | 探讨成年斑马鱼韧带损伤后的无瘢痕再生机制 | 成年斑马鱼的颌关节韧带 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及成年斑马鱼的颌关节韧带样本 |
| 8576 | 2024-09-23 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.01.526609
PMID:36778447
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研究论文 | 本文评估了七种现有单细胞多组学数据整合方法的性能，特别是它们在整合未配对和配对的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据方面的能力 | 本文首次系统性地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并探讨了配对数据在整合未配对数据中的作用 | 研究结果表明，多组学数据的数量对细胞类型注释至关重要，但未探讨其他可能影响整合效果的因素 | 评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，探讨配对数据在整合未配对数据中的作用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 未具体说明样本数量 |
| 8577 | 2024-09-23 |
Aortic Stress Activates an Adaptive Program in Thoracic Aortic Smooth Muscle Cells That Maintains Aortic Strength and Protects Against Aneurysm and Dissection in Mice
2023-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318135
PMID:36579645
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研究论文 | 研究了主动脉平滑肌细胞在应激下的适应性反应及其对主动脉瘤和夹层的影响 | 揭示了YAP信号在主动脉平滑肌细胞适应性反应中的关键作用，并证明了其在预防主动脉瘤和夹层中的重要性 | NA | 探讨主动脉平滑肌细胞在应激下的转录和表观遗传调控机制及其对主动脉瘤和夹层的保护作用 | 小鼠模型中的主动脉平滑肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序 | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | NA |
| 8578 | 2024-09-23 |
Computational Approaches and Challenges in Spatial Transcriptomics
2023-02, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.10.001
PMID:36252814
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术中的计算方法及其面临的挑战 | 本文提出了对空间转录组学技术中算法开发的展望 | 针对空间转录组学技术的算法设计仍处于初级阶段 | 探讨空间转录组学技术中的计算方法及其挑战 | 空间转录组学技术中的数据处理和分析方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8579 | 2024-09-23 |
A chromosome-scale epigenetic map of the Hydra genome reveals conserved regulators of cell state
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277040.122
PMID:36639202
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研究论文 | 本文生成了一个新的染色体规模表观遗传图谱，揭示了水螅基因组中细胞状态的保守调控因子 | 本文首次揭示了水螅基因组中大范围的染色质相互作用域，并发现了两种先前未被分子表征的细胞类型的转录组特征 | NA | 研究水螅中上皮和间质干细胞的转录调控机制 | 水螅的基因组、单细胞RNA测序图谱、染色质相互作用、染色质可及性、序列保守性和组蛋白修饰 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序、染色质相互作用图谱、组蛋白修饰分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 水螅及其AEP品系 |
| 8580 | 2024-09-23 |
Single-cell analysis of acute lymphoblastic and lineage-ambiguous leukemia: approaches and molecular insights
2023-01-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022016954
PMID:35926109
|
综述 | 本文综述了单细胞分析在急性淋巴细胞白血病和模糊谱系白血病中的应用及其分子洞察 | 本文介绍了多种单细胞测序技术在探索白血病生物学中的应用，包括RNA、DNA、染色质可及性和甲基化的单模态分析，以及多模态分析的扩展方法 | 本文讨论了单细胞测序在研究白血病生物学和治疗反应性方面的潜在机会和局限性 | 探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病和模糊谱系白血病中的应用及其分子机制 | 急性淋巴细胞白血病和模糊谱系白血病的细胞起源、发育层次和起源，以及驱动发病、进展和治疗反应的分子异质性 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞测序 | NA | RNA、DNA、染色质可及性和甲基化 | NA |