单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8541	2024-09-17	FateNet: an integration of dynamical systems and deep learning for cell fate prediction 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae525 PMID:39177093	研究论文	本文介绍了一种名为FateNet的计算方法，结合动力系统理论和深度学习，用于预测细胞命运	FateNet通过整合动力系统理论和深度学习，提高了细胞命运决策点的预测精度，并提供了对生物系统新状态的定性见解	NA	理解细胞决策过程及其对生物系统（如组织健康和功能）的影响	细胞命运决策和细胞状态动态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度学习	基因表达数据	使用不同的scRNA-seq数据进行验证
8542	2024-09-17	Systematic comparison of sequencing-based spatial transcriptomic methods 2024-Sep, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-024-02325-3 PMID:38965443	研究论文	本文系统比较了11种基于测序的空间转录组学方法	首次全面基准测试不同的空间转录组学平台，并强调了分子扩散作为不同方法和组织中的变量参数	现有技术之间的变异性和数据集的多样性使得制定标准化的评估指标具有挑战性	帮助生物学家选择空间转录组学平台，并促进评估标准的共识	11种空间转录组学方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	多个参考组织和区域
8543	2024-09-17	Unlocking reproducible transcriptomic signatures for acute myeloid leukaemia: Integration, classification and drug repurposing 2024-Sep, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.70085 PMID:39267259	研究论文	本研究通过整合34个数据集，识别出10,000个与急性髓系白血病（AML）相关的基因，并利用机器学习技术发现191个AML特征，同时开发了一个用户友好的数据库平台CSAMLdb，以促进研究结果的复用和个性化分析	本研究通过整合多源数据集和使用机器学习技术，成功识别出AML相关的基因和特征，并开发了一个用户友好的数据库平台，以增强研究的复现性和可定制性	NA	解决急性髓系白血病（AML）转录组研究中的异质性问题，并发现新的治疗策略	急性髓系白血病（AML）及其亚型	机器学习	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	XGBoost	转录组数据	34个数据集，包括26个对照组、6个预后数据集和2个单细胞RNA测序数据集
8544	2024-09-17	Single-Cell RNA-Sequencing: Opening New Horizons for Breast Cancer Research 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179482 PMID:39273429	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对理解乳腺癌生物学和个性化治疗策略的潜在影响	单细胞RNA测序技术为乳腺癌研究提供了前所未有的细胞异质性和复杂性洞察	NA	探讨单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用及其对个性化治疗策略的潜在影响	乳腺癌细胞及其微环境中的细胞类型和状态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
8545	2024-09-17	Deciphering Dormant Cells of Lung Adenocarcinoma: Prognostic Insights from O-glycosylation-Related Tumor Dormancy Genes Using Machine Learning 2024-Aug-31, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179502 PMID:39273449	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和机器学习技术，揭示了肺腺癌中休眠细胞与O-糖基化相关基因的关系，并开发了一个预测肺腺癌预后的风险评分模型	首次揭示了O-糖基化在肺腺癌休眠细胞中的关键作用，并开发了一个基于机器学习的高精度预后预测模型	研究主要基于单细胞RNA测序数据，未涉及临床样本的验证	揭示肺腺癌中休眠细胞的分子机制，并开发一个预测肺腺癌预后的模型	肺腺癌中的休眠细胞及其与O-糖基化相关基因的关系	数字病理	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	机器学习	基因表达数据	来自肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据
8546	2024-09-17	Potential molecular metabolic mechanisms underlying the effects of cimifugin in gastric cancer through single-cell and bulk RNA sequencing combined with network pharmacology 2024-Aug-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-413 PMID:39279957	研究论文	研究了传统中药刺五加素在胃癌中的潜在分子代谢机制，通过单细胞和批量RNA测序结合网络药理学的方法	首次通过单细胞RNA测序和网络药理学方法，揭示了刺五加素在胃癌微环境和代谢途径中的潜在作用机制	研究主要基于体外实验和数据库分析，缺乏体内实验验证	探讨刺五加素在胃癌中的分子机制，为胃癌治疗提供新的策略	胃癌细胞、胃癌微环境细胞类型及其代谢途径	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、网络药理学	NA	RNA	使用了GSE134520数据库中的单细胞RNA测序数据和TCGA数据库中的胃腺癌数据集
8547	2024-09-17	Proteome-wide Mendelian randomization and single-cell sequencing analysis identify the association between plasma proteins and gastric cancer 2024-Aug-31, Journal of gastrointestinal oncology IF:2.0Q3 DOI:10.21037/jgo-24-200 PMID:39279974	研究论文	本研究通过蛋白质组范围的孟德尔随机化分析和单细胞测序分析，识别了与胃癌相关的血浆蛋白质	首次通过孟德尔随机化分析和单细胞测序技术，系统地识别了与胃癌因果相关的血浆蛋白质	研究仅基于现有数据进行分析，未进行实验验证	识别与胃癌因果相关的血浆蛋白质，探索新的遗传靶点	胃癌及其相关血浆蛋白质	数字病理学	胃癌	孟德尔随机化分析、单细胞测序	NA	蛋白质数据、基因表达数据	4907个血浆蛋白质样本、基因表达数据库中的单细胞测序数据
8548	2024-09-17	Single-Cell Transcriptomics Reveals Early Effects of Ionizing Radiation on Bone Marrow Mononuclear Cells in Mice 2024-Aug-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179287 PMID:39273235	研究论文	研究通过单细胞转录组测序揭示电离辐射对小鼠骨髓单核细胞的早期影响	首次通过单细胞转录组测序技术研究电离辐射对骨髓中不同造血细胞群体的早期响应基因，揭示了放射敏感性和放射抗性细胞之间的基因表达差异	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类样本	探讨电离辐射对骨髓中不同造血细胞群体的放射敏感性和抗性的分子机制	小鼠骨髓中的单核细胞，包括粒细胞-巨噬细胞祖细胞、造血干细胞/祖细胞、B细胞、中性粒细胞、自然杀伤细胞、T细胞和树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	多种骨髓造血细胞群体
8549	2024-09-17	Integrating Bulk and Single-Cell RNA-Seq Data to Identify Prognostic Features Related to Activated Dendritic Cells in Clear-Cell Renal-Cell Carcinoma 2024-Aug-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179235 PMID:39273185	研究论文	本研究整合了批量和单细胞RNA测序数据，识别了与激活树突状细胞相关的预后特征，用于透明细胞肾细胞癌	首次从免疫激活的角度研究树突状细胞与透明细胞肾细胞癌的关系，并构建了一个包含五个基因的预后模型	需要进一步的实验验证和临床试验来确认模型的临床应用价值	研究激活树突状细胞在透明细胞肾细胞癌中的作用，并构建预后模型	透明细胞肾细胞癌患者的预后特征和免疫治疗效果	数字病理学	肾细胞癌	RNA测序	LASSO回归	基因表达数据	多个验证集（GSE167573, ICGC, E-MTAB-1980）和组织样本
8550	2024-09-17	Spatial Transcriptomics Identifies Cellular and Molecular Characteristics of Scleroderma Skin Lesions: Pilot Study in Juvenile Scleroderma 2024-Aug-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25179182 PMID:39273131	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析了青少年硬皮病皮肤病变中的细胞和分子特征	首次利用空间转录组学技术研究青少年硬皮病患者的皮肤病变	研究样本量较小，仅为青少年患者	探究青少年硬皮病的发病机制	青少年硬皮病患者的皮肤病变	数字病理学	硬皮病	空间转录组学	NA	转录组数据	青少年硬皮病患者皮肤病变的病理切片
8551	2024-09-17	Interleukin-7 expression by CAR-T cells improves CAR-T cell survival and efficacy in chordoma 2024-Aug-02, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-024-03756-9 PMID:39093440	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了14个脊索瘤样本，识别出B7-H3和IL-7作为潜在的靶点和增强因子，并评估了B7-H3 CAR-T细胞和表达IL-7的B7-H3 CAR-T细胞的抗肿瘤活性	首次将IL-7表达引入CAR-T细胞，增强了CAR-T细胞的存活和疗效，提供了一种新的双重治疗策略	NA	识别脊索瘤的潜在新型免疫治疗靶点，并通过肿瘤微环境因素增强疗效	脊索瘤样本和CAR-T细胞	NA	脊索瘤	单细胞RNA测序	CAR-T细胞	RNA	14个脊索瘤样本
8552	2024-09-17	Kidney Organoid Modeling of WT1 Mutations Reveals Key Regulatory Paths Underlying Podocyte Development 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202308556 PMID:38810140	研究论文	研究通过肾脏类器官模型揭示WT1突变对足细胞发育的关键调控路径	首次通过单细胞染色质可及性和基因表达图谱，结合CRISPR-Cas9基因编辑技术，揭示了WT1突变对足细胞发育的影响	研究主要集中在WT1突变的影响，未涉及其他可能影响足细胞发育的因素	揭示WT1突变对足细胞发育的表观基因组机制	胎儿肾脏和肾脏类器官中的足细胞发育	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	包括胎儿肾脏和肾脏类器官的单细胞样本，以及来自WT1突变患者的诱导多能干细胞 (iPSCs) 衍生的肾脏类器官
8553	2024-09-17	Podocyte Pathogenic Bone Morphogenetic Protein-2 Pathway and Immune Cell Behaviors in Primary Membranous Nephropathy 2024-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202404151 PMID:38785168	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了11名原发性膜性肾病（PMN）患者和7名健康个体的肾活检样本，揭示了PMN中足细胞的致病性骨形态发生蛋白-2（BMP2）通路以及免疫细胞的行为	首次通过单细胞RNA测序揭示了PMN中足细胞的BMP2/pSMAD1/COL4通路，并发现了免疫细胞的增强浸润和激活	样本量较小，仅包括11名PMN患者和7名健康个体	揭示原发性膜性肾病（PMN）的病理机制	足细胞和免疫细胞在PMN中的作用	NA	肾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	11名PMN患者和7名健康个体的肾活检样本
8554	2024-09-17	Deep learning approaches for non-coding genetic variant effect prediction: current progress and future prospects 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae446 PMID:39276327	综述	本文综述了基于批量和单细胞测序数据的非编码变异模型的发展及其模型解释和下游任务	本文提供了对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述，并指出了改进的机会	当前方法在变异效应预测研究中存在局限性	探讨基因变异影响和调控机制，提供对非编码变异效应预测的深度学习方法的全面概述	非编码变异及其对基因调控的影响	机器学习	NA	测序技术	深度学习模型	基因数据	NA
8555	2024-09-17	scHyper: reconstructing cell-cell communication through hypergraph neural networks 2024-Jul-25, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbae436 PMID:39276328	研究论文	提出了一种名为scHyper的新方法，通过超图神经网络从全局网络视角推断细胞间通信	scHyper通过超图表示学习，能够重建细胞间通信得分，并识别所有细胞、配体和受体表达对通信得分的影响	NA	推断细胞间通信并识别其潜在影响	细胞间通信网络	机器学习	NA	超图神经网络	超图神经网络	单细胞RNA测序数据	人类肿瘤微环境和免疫细胞数据
8556	2024-09-17	Cancer-Associated Endocrine Cells Participate in Pancreatic Carcinogenesis 2024-Jul-22, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.07.016 PMID:39048054	研究论文	研究探讨了胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌（PDAC）癌变过程中的作用及其与外分泌部分的相互作用	首次系统地描绘了PDAC中胰腺内分泌细胞的改变，并阐明了内分泌-外分泌相互作用的潜在机制	NA	探讨胰腺内分泌细胞在胰腺导管腺癌癌变过程中的作用及其机制	胰腺内分泌细胞及其在胰腺导管腺癌中的变化	数字病理学	胰腺癌	单细胞转录组测序、空间转录组测序、多重免疫组化	NA	转录组数据	涉及正位移植小鼠、KrasLSL-G12DPdx1-Cre小鼠和KrasLSL-G12Dp53LoxPPdx1-CreER小鼠
8557	2024-09-17	Metabolic targeting of cancer associated fibroblasts overcomes T-cell exclusion and chemoresistance in soft-tissue sarcomas 2024-Mar-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46504-4 PMID:38509063	研究论文	研究通过代谢靶向癌症相关成纤维细胞（CAFs）克服软组织肉瘤中的T细胞排除和化学抗性	首次识别并命名了一种依赖GLUT1表达CXCL16的糖酵解癌症相关成纤维细胞（glyCAF），并证明靶向糖酵解可以减少glyCAF在肿瘤边缘的积累，增强T细胞浸润和化疗效果	研究结果需要在进一步的临床试验中验证	探索通过靶向CAFs改善软组织肉瘤中T细胞浸润和化疗效果的策略	软组织肉瘤中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和T细胞浸润	数字病理学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用雌性小鼠模型进行研究
8558	2024-09-17	Characterization of Immunosuppressive Myeloid Cells in Merkel Cell Carcinoma: Correlation with Resistance to PD-1 Pathway Blockade 2024-Mar-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-23-1957 PMID:37851052	研究论文	研究探讨了默克尔细胞癌中的免疫抑制性髓系细胞及其与PD-1通路阻断抗性的关系	首次通过单细胞转录组学和多重免疫组化染色分析了默克尔细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞（TAM），并揭示了其免疫抑制基因特征和潜在的免疫抑制机制	研究样本量较小，且未探讨TAM与其他免疫细胞的相互作用对治疗反应的具体影响	进一步阐明默克尔细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的特征及其可能的免疫抑制机制	默克尔细胞癌中的肿瘤相关巨噬细胞及其与免疫治疗反应的关系	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组学、多重免疫组化染色	NA	基因表达数据、组织切片图像	9名默克尔细胞癌患者和54名接受免疫治疗前的肿瘤样本
8559	2024-09-17	The heterogeneity of tumour immune microenvironment revealing the CRABP2/CD69 signature discriminates distinct clinical outcomes in breast cancer 2023-11, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02432-6 PMID:37715025	研究论文	研究揭示了肿瘤免疫微环境异质性，并通过CRABP2/CD69特征区分乳腺癌的不同临床结局	首次建立了基于CRABP2和CD69表达的CRABP2/CD69特征，并验证了其在预测临床结局和辅助化疗反应中的价值	NA	识别肿瘤免疫微环境特征，指导乳腺癌的治疗和预后评估	乳腺癌的肿瘤免疫微环境及其与临床结局的关系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个队列的乳腺癌样本
8560	2024-09-17	Identification of genetic variants that impact gene co-expression relationships using large-scale single-cell data 2023-04-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-023-02897-x PMID:37072791	研究论文	本文通过大规模单细胞数据识别影响基因共表达关系的遗传变异	本文提出了一种新的过滤策略和基于排列的多重检验方法，用于跨四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集的co-eQTL元分析	本文的研究主要基于外周血单核细胞数据，可能无法完全代表所有细胞类型的共表达关系	研究遗传变异如何影响基因共表达关系，并揭示其对疾病相关变异的调控网络的影响	基因共表达关系和影响这些关系的遗传变异	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	四个scRNA-seq外周血单核细胞数据集，涉及72个独立SNP和946个基因对