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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8501 | 2025-10-07 |
Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms Reveals Divergent Indolent and Malignant States
2025-May-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1529
PMID:39969959
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研究论文 | 通过空间转录组学分析导管内乳头状黏液性肿瘤,揭示了惰性和恶性状态的不同转录组特征 | 首次使用数字空间RNA分析技术识别IPMN中三种不同的上皮转录组状态,并发现这些状态与PDAC分子亚型的关联 | 样本量较小(仅10个IPMN标本),需要更大规模研究验证 | 开发准确预测IPMN恶性风险的生物标志物 | 导管内乳头状黏液性肿瘤(IPMN)患者组织标本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 数字空间RNA分析(DSP-RNA),全转录组分析 | NA | 空间转录组数据,基因表达数据 | 10个IPMN标本,涵盖从正常导管到癌症的各级异型增生 | NA | 空间转录组学 | NA | 数字空间RNA分析(DSP-RNA) |
8502 | 2025-10-07 |
Novel CHI3L1-Associated Angiogenic Phenotypes Define Glioma Microenvironments: Insights From Multi-Omics Integration
2025-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.70028
PMID:39989140
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研究论文 | 通过多组学整合分析揭示CHI3L1相关血管表型在神经胶质瘤微环境中的作用 | 提出基于CHI3L1的新型血管表型分类系统,并构建血管相关风险评分作为预后预测工具 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征 | 探索CHI3L1信号通路在神经胶质瘤血管生成和肿瘤微环境中的作用机制 | 神经胶质瘤患者样本 | 数字病理学 | 神经胶质瘤 | 单细胞RNA测序, 基因组学, 转录组学, 数字病理 | 机器学习算法, 无监督共识聚类 | 转录组数据, 基因组数据, 临床数据, 病理图像 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8503 | 2025-10-07 |
The correlation between immune profiles and pathological changes in pulmonary tuberculosis granulomas revealed by bioinformatic analysis and experimental validation
2025-May, Tuberculosis (Edinburgh, Scotland)
DOI:10.1016/j.tube.2025.102614
PMID:39999566
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研究论文 | 通过生物信息学分析和实验验证揭示肺结核肉芽肿中免疫特征与病理变化的相关性 | 首次整合单细胞转录组、微环境空间特征和外周血转录组数据,结合机器学习方法系统分析肺结核肉芽肿的免疫机制 | 研究样本量有限,仅验证了6种细胞因子与肉芽肿大小的相关性 | 探究免疫系统在肺结核肉芽肿结构形成中的作用机制 | 肺结核肉芽肿组织和外周血免疫细胞 | 生物信息学 | 肺结核 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光, 流式细胞术, 机器学习 | 机器学习 | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 外周血转录组数据 | 本地队列和已发表数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 流式细胞术 | NA | NA |
8504 | 2025-10-07 |
Selective changes in vasopressin neurons and astrocytes in the suprachiasmatic nucleus of Prader-Willi syndrome subjects
2025-May, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.70015
PMID:40055943
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研究论文 | 本研究通过分析普瑞德-威利综合征患者下丘脑视交叉上核的细胞变化,发现该疾病选择性地影响加压素神经元和星形胶质细胞 | 首次揭示普瑞德-威利综合征患者视交叉上核中加压素神经元增加和星形胶质细胞减少的特定细胞类型变化 | 样本量有限,使用死后组织可能受死后变化影响 | 探究普瑞德-威利综合征患者视交叉上核细胞类型特异性变化与昼夜节律紊乱的关联 | 普瑞德-威利综合征患者和匹配对照的下丘脑视交叉上核组织 | 神经科学 | 普瑞德-威利综合征 | 单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因表达数据,组织图像数据 | 普瑞德-威利综合征患者和匹配对照的死后下丘脑组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8505 | 2025-10-07 |
Mitochondrial fatty acid oxidation regulates adult muscle stem cell function through modulating metabolic flux and protein acetylation
2025-May, The EMBO journal
DOI:10.1038/s44318-025-00397-1
PMID:40065099
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研究论文 | 本研究揭示了线粒体脂肪酸氧化通过调节代谢通量和蛋白质乙酰化调控成年肌肉干细胞功能的新机制 | 首次发现脂肪酸氧化通过调控乙酰辅酶A水平和选择性蛋白质乙酰化来调节卫星细胞功能 | 研究主要关注急性肌肉损伤模型,对其他生理或病理状态下卫星细胞功能的适用性有待验证 | 探究线粒体脂肪酸氧化在肌肉干细胞功能和再生中的作用机制 | 骨骼肌卫星细胞(成年肌肉干细胞) | 干细胞生物学 | 肌肉再生障碍 | 单细胞RNA测序,基因敲除,代谢分析 | NA | 基因表达数据,代谢数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8506 | 2025-10-07 |
Systemic inflammation impairs myelopoiesis and interferon type I responses in humans
2025-May, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-025-02136-4
PMID:40251340
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研究论文 | 本研究通过LPS诱导的系统性炎症模型揭示了炎症早期出现的炎性单核细胞亚群和晚期免疫抑制阶段的髓系生成受损及I型干扰素反应减弱机制 | 首次在人体内系统性炎症模型中同时研究急性和晚期免疫阶段,发现infMono单核细胞亚群并证实IFNβ治疗可恢复免疫反应 | 研究样本量有限,主要基于LPS诱导模型,临床验证需要更大规模研究 | 阐明系统性炎症过程中免疫反应动态变化的分子机制 | 人类系统性炎症模型和患者队列(细菌性脓毒症和冠状病毒疾病) | 免疫学 | 系统性炎症疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类LPS诱导炎症模型和患者队列 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8507 | 2025-10-07 |
Unveiling the immune microenvironment of complex tissues and tumors in transcriptomics through a deconvolution approach
2025-May-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14089-w
PMID:40307726
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研究论文 | 开发了一个用于从转录组数据解析免疫微环境的两步工作流程和网络应用工具 | 整合了hisat2-stringtie流程与反卷积算法,提供比现有方法更准确的免疫细胞组成分析 | 仅使用合成伪批量数据进行了验证,缺乏真实临床样本的广泛验证 | 开发解析肿瘤浸润白细胞组成的生物信息学工具 | 黑色素瘤和头颈癌患者的转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序,单细胞RNA测序 | 反卷积算法 | 基因表达数据 | NA | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | Galaxy/Docker环境 |
8508 | 2025-10-07 |
Molecular landscape of atherosclerotic plaque progression: insights from proteomics, single-cell transcriptomics and genomics
2025-May-01, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04058-2
PMID:40307879
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研究论文 | 本研究通过整合蛋白质组学、单细胞转录组学和基因组学方法,深入分析了颈动脉粥样硬化斑块的分子特征 | 首次采用数据非依赖采集蛋白质组学与单细胞RNA测序相结合的方法,系统描绘了不同阶段动脉粥样硬化斑块的分子图谱,并通过孟德尔随机化验证了关键蛋白与缺血性中风的因果关系 | 样本量相对有限(87例颈动脉斑块),且仅针对特定类型的斑块(AHA IV-VI型)进行分析 | 揭示动脉粥样硬化斑块进展的分子机制,识别潜在的生物标志物和治疗靶点 | 人类颈动脉粥样硬化斑块 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 数据非依赖采集蛋白质组学, 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化 | NA | 蛋白质组数据, 单细胞转录组数据, 基因组数据 | 87例人类颈动脉斑块 | NA | 单细胞RNA-seq, 蛋白质组学 | NA | NA |
8509 | 2025-10-07 |
Transcriptome associated with single-cell analysis reveal the role of S-palmitoylation in coronary artery disease
2025-Apr-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-99648-8
PMID:40307438
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研究论文 | 通过生物信息学方法结合单细胞测序分析,揭示S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的关键作用 | 首次通过整合差异表达基因、WGCNA分析和单细胞测序,鉴定出CXCL12、KRTAP4-7和PPP2R2B作为CAD中关键的棕榈酰化枢纽基因 | 研究主要基于生物信息学分析,需要实验验证来确认机制 | 阐明S-棕榈酰化在冠状动脉疾病中的作用机制 | 冠状动脉疾病相关的基因和细胞 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序,WGCNA,PPI网络分析,机器学习,免疫浸润分析 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 基于GSE113079和GSE121893数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8510 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing unveils the transcriptomic landscape of castration-resistant prostate cancer-associated fibroblasts and their association with prognosis and immunotherapy response
2025-Apr-30, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14212-x
PMID:40307786
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研究论文 | 通过单细胞测序揭示去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的转录组特征及其与预后和免疫治疗反应的关系 | 首次在单细胞水平揭示CRPC-CAFs的转录组特征,发现TGF-β信号通路和ECM重塑功能上调,并证实抗TGF-β治疗可增强免疫治疗效果 | 需要进一步验证CRPC-CAFs作为治疗靶点的临床可行性 | 探究去势抵抗性前列腺癌相关成纤维细胞的分子特征及其在肿瘤进展和免疫治疗中的作用 | 前列腺癌相关成纤维细胞(CAFs),特别是去势抵抗性前列腺癌(CRPC)中的CAFs | 数字病理 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),bulk RNA-seq,基因调控网络分析 | NA | 单细胞转录组数据,批量RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8511 | 2025-10-07 |
Multiple-omics analysis of aggrephagy-related cellular patterns and development of an aggrephagy-related signature for hepatocellular carcinoma
2025-Apr-30, World journal of surgical oncology
IF:2.5Q1
DOI:10.1186/s12957-025-03816-z
PMID:40307857
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研究论文 | 通过多组学分析构建了肝细胞癌中聚集自噬相关特征并评估其临床意义 | 首次在肝细胞癌中系统分析聚集自噬相关基因,结合单细胞转录组数据揭示其在肿瘤微环境中的细胞特异性表达模式 | 研究主要基于公共数据库数据,需要进一步实验验证机制 | 探索聚集自噬在肝细胞癌中的调控机制和临床意义 | 肝细胞癌患者样本和肿瘤微环境细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 免疫组织化学, 组织芯片 | Cox回归, LASSO回归, AUCell算法 | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | TCGA和GEO数据库的肝细胞癌样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
8512 | 2025-10-07 |
High-resolution single-cell RNA-seq data and heterogeneity analysis of human ESCs and ffEPSCs
2025-Apr-22, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-025-05024-6
PMID:40263373
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研究论文 | 通过对无饲养层扩展多能干细胞和人类胚胎干细胞进行单细胞转录组分析,揭示多能性异质性和早期发育机制 | 首次结合Smart-seq2单细胞RNA测序和T2T数据库的重复序列分析,揭示了从原始多能性向扩展多能状态转变的关键分子通路和阶段特异性重复元件 | NA | 理解人类早期发育和多能性细胞异质性 | 无饲养层扩展多能干细胞(ffEPSCs)和人类胚胎干细胞(ESCs) | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 重复序列分析 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | Smart-seq2 | Smart-seq2单细胞RNA测序技术 |
8513 | 2025-10-07 |
Accurate fusion transcript identification from long- and short-read isoform sequencing at bulk or single-cell resolution
2025-Apr-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279200.124
PMID:40086881
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研究论文 | 开发了新的计算工具CTAT-LR-Fusion,用于从长读长和短读长RNA测序数据中准确识别融合转录本 | 首个能够同时处理长读长和短读长RNA测序数据、适用于批量和单细胞水平的融合转录本检测工具 | 仅在有限数量的肿瘤细胞系和患者样本中进行了验证 | 开发高精度的融合转录本检测方法 | 肿瘤细胞系和肿瘤单细胞样本 | 生物信息学 | 癌症 | 长读长RNA测序,短读长RNA测序 | 计算工具CTAT-LR-Fusion | RNA测序数据 | 9个肿瘤细胞系、1个黑色素瘤样本和3个转移性高级别浆液性卵巢癌样本的单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8514 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analysis revealing mechanotransduction via the Hippo/YAP pathway in promoting fibroblast-to-myofibroblast transition and idiopathic pulmonary fibrosis development
2025-Apr-05, Gene
IF:2.6Q2
DOI:10.1016/j.gene.2025.149271
PMID:39855369
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了机械转导通过Hippo/YAP通路促进成纤维细胞向肌成纤维细胞转化及特发性肺纤维化发展的机制 | 首次结合单细胞测序和体外机械应力模型,系统阐明了机械转导通过Hippo/YAP通路在肺纤维化中的作用机制 | 研究主要基于体外细胞模型,需进一步在动物模型中验证;样本量有限 | 探索促进特发性肺纤维化发展的潜在分子机制 | IPF患者肺组织样本、健康人肺组织样本、MRC-5肺成纤维细胞系 | 单细胞生物学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序, 转录组测序, 基因本体富集分析, KEGG通路分析, 免疫荧光, 细胞增殖检测 | NA | 单细胞测序数据, 转录组数据, 图像数据 | IPF患者和健康人的肺组织样本(具体数量未明确) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8515 | 2025-10-07 |
Hypoxia Promotes Malignant Progression of Colorectal Cancer by Inducing POSTN+ Cancer-Associated Fibroblast Formation
2025-Apr, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.23882
PMID:39835715
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研究论文 | 本研究揭示了缺氧通过诱导POSTN+癌症相关成纤维细胞形成促进结直肠癌恶性进展的机制 | 首次发现POSTN+成纤维细胞是缺氧密切相关的CAF亚型,并构建了POSTNFib缺氧相关风险预测模型 | 研究主要基于生物信息学分析和体外实验,需要更多体内实验验证 | 探索缺氧调控结直肠癌免疫微环境的机制 | 结直肠癌患者和癌细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 生物信息学分析 | 机器学习模型 | 基因表达数据, 临床病理信息 | 来自TCGA和GEO数据库的结直肠癌患者数据 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
8516 | 2025-10-07 |
Spatial transcriptomics and single-cell RNA-sequencing revealed dendritic cell-mediated inflammation in keratoconus
2025-Apr, The ocular surface
DOI:10.1016/j.jtos.2025.01.008
PMID:39837422
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研究论文 | 本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了树突状细胞介导的炎症在圆锥角膜发病机制中的作用 | 首次结合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,系统揭示了圆锥角膜中炎症反应的空间异质性及树突状细胞通过IL-1β通路促进基质降解的新机制 | NA | 探究圆锥角膜的分子和细胞变异机制,特别是炎症反应在疾病发展中的作用 | 圆锥角膜组织样本 | 数字病理学 | 圆锥角膜 | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8517 | 2025-10-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the role of immune-related autophagy in aseptic loosening of biomaterials bone-implant
2025-Apr, Biomaterials advances
IF:5.5Q2
DOI:10.1016/j.bioadv.2025.214190
PMID:39842168
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了免疫相关自噬在生物材料骨植入物无菌性松动中的作用机制 | 首次在单细胞水平揭示自噬相关基因Ctsb在无菌性松动中的下调及其对巨噬细胞凋亡和成骨细胞分化的影响 | NA | 探究免疫相关自噬在生物材料骨植入物无菌性松动机制中的作用 | 无菌性松动组织中的免疫细胞亚群(巨噬细胞和中性粒细胞) | 单细胞组学 | 骨科植入物并发症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8518 | 2025-10-07 |
M2 macrophages regulate nucleus pulposus cell extracellular matrix synthesis through the OPN-CD44 axis in intervertebral disc degeneration
2025-Apr, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2024.12.007
PMID:39842659
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研究论文 | 本研究揭示了M2巨噬细胞通过OPN-CD44轴调控髓核细胞胞外基质合成的机制 | 首次发现巨噬细胞通过OPN-CD44-pSMAD2/3信号通路调控椎间盘退变中髓核细胞的胞外基质合成 | 研究主要基于动物模型和体外实验,人类样本验证有限 | 探究巨噬细胞在椎间盘退变中的作用机制 | 髓核细胞、巨噬细胞、椎间盘组织 | 细胞生物学 | 椎间盘退变 | 单细胞转录组测序、细胞共培养、基因敲低 | 动物模型、细胞模型 | 基因表达数据、组织标本 | 人类髓核标本、腰椎不稳小鼠、纤维环穿刺小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8519 | 2025-10-07 |
Deciphering chondrocyte diversity in diabetic osteoarthritis through single-cell transcriptomics
2025-Apr, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 通过单细胞转录组学解析糖尿病骨关节炎中软骨细胞的多样性 | 在糖尿病骨关节炎中发现新型'热休克'软骨细胞亚群,并揭示其特有的分子标记和信号通路激活特征 | NA | 阐明骨关节炎与糖尿病骨关节炎在细胞和分子机制上的病理生理学差异 | 软骨细胞 | 单细胞组学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8520 | 2025-10-07 |
Insulin-like growth factor 2 as a driving force for exponential expansion and differentiation of the neonatal thymus
2025-Apr-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.204347
PMID:40110795
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了胰岛素样生长因子2在新生儿胸腺扩张和分化中的关键驱动作用 | 首次发现成纤维细胞来源的IGF2是驱动新生儿胸腺皮质上皮细胞增殖和分化的关键因子,并证明这一机制在进化上具有保守性 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探究胸腺从快速发育向稳态过渡的分子机制 | 小鼠和人类胸腺组织 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |