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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8461 | 2025-10-07 |
Reverse-engineering the FLT3-PI3K/AKT axis to enhance TILs function and improve prognosis in ovarian and cervical cancers
2025-Jan-25, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-025-01592-8
PMID:39863894
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术,揭示了FLT3通过PI3K/AKT通路调控肿瘤浸润淋巴细胞功能,为卵巢癌和宫颈癌提供新的免疫治疗靶点 | 首次提供FLT3在卵巢癌和宫颈癌中免疫调节作用的空间解析证据 | 共享免疫机制仍不明确 | 探索卵巢癌和宫颈癌的免疫调控机制,寻找新的免疫治疗靶点 | 卵巢癌和宫颈癌患者样本 | 数字病理学 | 卵巢癌,宫颈癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | Seurat,Harmony | 单细胞RNA测序数据,空间转录组数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 10x Genomics平台 | 10x Genomics空间转录组技术 |
8462 | 2025-10-07 |
Integrative Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Identifies a Macrophage-Related Prognostic Signature for Predicting Prognosis and Therapy Responses in Colorectal Cancer
2025-Jan-19, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26020811
PMID:39859524
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,构建了一个巨噬细胞相关预后标志物,用于预测结直肠癌患者的预后和治疗反应 | 首次结合单细胞和bulk RNA测序数据识别巨噬细胞相关基因,并构建了包含15个基因的预后特征模型 | NA | 开发结直肠癌预后预测工具并探索巨噬细胞在肿瘤进展中的作用机制 | 结直肠癌患者 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,机器学习,伪时间轨迹分析 | 机器学习框架 | RNA测序数据 | 多个数据集的患者样本 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
8463 | 2025-10-07 |
Novel Assignment of Gene Markers to Hematological and Immune Cells Based on Single-Cell Transcriptomics
2025-Jan-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26020805
PMID:39859519
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研究论文 | 基于单细胞转录组学为血液和免疫细胞分配新型基因标记 | 开发了优化的计算工作流程,在膜蛋白编码基因和所有检测到的蛋白编码基因中发现了新的细胞类型标记基因,而不仅限于已知的CD标记 | 仅分析了三个单细胞数据集,样本来源有限 | 识别和验证血液和免疫系统中不同细胞类型的最佳基因标记 | 骨髓和外周血中的血液和免疫细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 单细胞转录组数据 | 三个单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8464 | 2025-10-07 |
Cellular Senescence in Hepatocellular Carcinoma: Immune Microenvironment Insights via Machine Learning and In Vitro Experiments
2025-Jan-17, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26020773
PMID:39859485
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研究论文 | 通过机器学习和体外实验研究肝细胞癌中细胞衰老对免疫微环境的影响 | 结合三种机器学习方法识别肝细胞癌细胞衰老标志物,并通过单细胞RNA测序数据探索免疫微环境特征 | NA | 探索细胞衰老标志物在肝细胞癌免疫微环境中的作用机制 | 肝细胞癌组织和细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, RNA干扰, 共培养实验 | KNN, SVM, 随机森林 | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8465 | 2025-10-07 |
Pro-cumulin addition in a biphasic in vitro oocyte maturation system modulates human oocyte and cumulus cell transcriptomes
2025-Jan-17, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaaf001
PMID:39862403
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研究论文 | 本研究探讨了在双相体外卵母细胞成熟系统中添加pro-cumulin对人类卵母细胞和卵丘细胞转录组的影响 | 首次揭示pro-cumulin在人类双相IVM系统中调节卵丘细胞和卵母细胞转录组的作用机制 | 未在蛋白质组学水平验证结果,且未评估胚胎学结局 | 研究卵母细胞分泌因子对体外卵母细胞成熟的影响 | 人类卵丘-卵母细胞复合体 | 生殖医学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确样本数量的人类卵丘-卵母细胞复合体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8466 | 2025-10-07 |
Investigation of Exome-Wide Tumor Heterogeneity on Colorectal Tissue-Based Single Cells
2025-Jan-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26020737
PMID:39859451
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研究论文 | 本研究通过单细胞外显子测序工作流程,探索结直肠癌组织中的肿瘤异质性模式 | 首次在单细胞水平上使用激光显微切割技术从组织切片不同位置获取样本进行外显子测序,比较了健康结肠、肿瘤相关正常组织和结直肠癌组织的异质性特征 | 研究仅基于组织来源的样本,未涉及其他样本类型;单细胞测序技术本身存在技术限制和覆盖度问题 | 研究结直肠癌在单细胞水平的肿瘤异质性模式 | 结直肠组织样本,包括健康结肠对照、肿瘤相关正常组织和结直肠癌组织 | 单细胞基因组学 | 结直肠癌 | 单细胞外显子测序,激光显微切割,全外显子组测序,cfDNA测序 | NA | 基因组测序数据 | NA | NA | 单细胞外显子测序,全外显子组测序,cfDNA测序 | NA | NA |
8467 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA-Seq Uncovers Robust Glial Cell Transcriptional Changes in Methamphetamine-Administered Mice
2025-Jan-14, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26020649
PMID:39859365
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究甲基苯丙胺对小鼠胶质细胞转录组的改变 | 首次在单细胞水平揭示甲基苯丙胺对胶质细胞转录组的全面影响,识别出关键的信号通路和转录因子失调 | 研究仅限于小鼠皮层区域,未涉及其他脑区;样本量相对有限 | 探究甲基苯丙胺如何破坏胶质细胞功能及其在神经发育和神经退行性过程中的作用 | 慢性甲基苯丙胺处理的小鼠皮层胶质细胞 | 单细胞基因组学 | 药物成瘾与神经毒性 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 4000个胶质细胞相关基因 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8468 | 2025-10-07 |
Identification of Downregulated MECR Gene in Parkinson's Disease Through Integrated Transcriptomic Analysis and Validation
2025-Jan-10, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26020550
PMID:39859268
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研究论文 | 通过整合转录组分析识别帕金森病中下调的MECR基因并验证其作用 | 首次通过整合微阵列和单细胞RNA测序数据识别脂质代谢相关基因,发现MECR在帕金森病中的显著下调 | NA | 识别与帕金森病相关的脂质代谢相关基因 | 帕金森病患者和健康对照的转录组数据 | 生物信息学 | 帕金森病 | 微阵列, 单细胞RNA测序, 加权基因共表达网络分析, 机器学习算法 | 机器学习算法 | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 微阵列 | NA | NA |
8469 | 2025-10-07 |
Evaluation of the digestion protocol of mouse neonatal epidermis for single-cell RNA sequencing
2025-01, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151159
PMID:39681052
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研究论文 | 比较三种酶消化方案对新生小鼠表皮单细胞RNA测序的影响 | 首次系统比较Trypsin、TrypLE和Liberase三种酶对新生小鼠表皮单细胞解离的效果差异 | 仅针对新生小鼠表皮组织,未验证其他发育阶段或组织类型 | 优化新生小鼠表皮单细胞RNA测序的组织解离方案 | 新生小鼠表皮组织 | 单细胞测序 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 新生小鼠表皮样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8470 | 2025-10-07 |
Extracellular Vesicles From Bone Marrow-Derived Macrophages Enriched in ARG1 Enhance Microglial Phagocytosis and Haematoma Clearance Following Intracerebral Haemorrhage
2025-Jan, Journal of extracellular vesicles
IF:15.5Q1
DOI:10.1002/jev2.70041
PMID:39868438
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研究论文 | 本研究揭示了骨髓源性巨噬细胞通过富含ARG1的细胞外囊泡增强小胶质细胞吞噬功能促进脑出血后血肿清除的新机制 | 首次发现骨髓源性巨噬细胞通过细胞外囊泡递送ARG1增强小胶质细胞吞噬能力,揭示了脑出血后新的细胞间通讯通路 | NA | 探究脑出血后骨髓源性巨噬细胞通过细胞外囊泡调控小胶质细胞吞噬功能的机制 | 骨髓源性巨噬细胞、小胶质细胞、细胞外囊泡 | 神经科学 | 脑出血 | 多组学分析、蛋白质组学、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质组数据、单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8471 | 2025-10-07 |
Integrative Machine Learning of Glioma and Coronary Artery Disease Reveals Key Tumour Immunological Links
2025-Jan, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70377
PMID:39868675
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研究论文 | 结合机器学习和单细胞RNA测序探索胶质瘤肿瘤微环境,发现与癌症和心血管疾病相关的遗传变异 | 首次整合机器学习、单细胞RNA测序和孟德尔随机化方法,揭示胶质瘤与冠状动脉疾病之间的免疫学联系 | NA | 探索胶质瘤肿瘤微环境的异质性及其对治疗反应的影响 | 胶质瘤肿瘤微环境中的细胞和分子相互作用 | 机器学习 | 胶质瘤,冠状动脉疾病 | 单细胞RNA测序,全基因组关联研究,孟德尔随机化 | 机器学习 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8472 | 2025-10-07 |
A single-cell atlas of the Culex tarsalis midgut during West Nile virus infection
2025-Jan, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1012855
PMID:39869679
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建了库蚊中肠细胞图谱,并研究了西尼罗河病毒感染动态 | 首次在库蚊中肠建立单细胞图谱,揭示了特定细胞类型对病毒感染的易感性差异 | 未检测到典型蚊虫抗病毒免疫基因在中肠整体水平的上调 | 研究西尼罗河病毒在库蚊中肠的感染动态和细胞特异性反应 | 库蚊中肠细胞 | 单细胞测序 | 西尼罗河病毒感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8473 | 2025-10-07 |
Multi-omics analysis reveals distinct gene regulatory mechanisms between primary and organoid-derived human hepatocytes
2025-Jan-01, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.050883
PMID:39878507
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组和染色质可及性分析揭示原代人类肝细胞与类器官来源肝细胞之间的基因调控机制差异 | 首次应用整合单细胞多组学分析揭示AP-1因子与肝特异性转录因子在成熟肝细胞中的协同调控机制,并发现ELF3在类器官来源肝细胞中的独特作用 | 研究主要关注转录调控机制,可能未完全涵盖其他层面的生物学差异 | 探究原代人类肝细胞与肝类器官来源肝细胞之间的基因调控差异 | 原代人类肝细胞和肝内胆管细胞类器官来源的人类肝细胞 | 单细胞多组学 | 肝脏疾病 | 单细胞转录组测序, 单细胞染色质可及性分析 | 整合分析 | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
8474 | 2025-10-07 |
Application of Spatial Transcriptomics in Digestive System Tumors
2024-Dec-27, Biomolecules
IF:4.8Q1
DOI:10.3390/biom15010021
PMID:39858416
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综述 | 介绍空间转录组学技术在消化系统肿瘤研究中的应用进展与前景 | 整合空间转录组学与单细胞RNA测序、人工智能和机器学习技术的研究策略 | 未提及具体研究数据和方法细节 | 探讨空间转录组学在消化系统肿瘤研究中的应用价值 | 消化系统肿瘤 | 空间转录组学 | 消化系统肿瘤 | 空间转录组学, scRNA-seq | 机器学习, 人工智能 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8475 | 2025-10-07 |
S100A11 is a potential prognostic biomarker and correlated with tumor immunosuppressive microenvironment in glioma
2024-Dec-20, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000040701
PMID:39705426
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研究论文 | 本研究探讨S100A11作为胶质瘤相关巨噬细胞潜在生物标志物的作用及其与胶质母细胞瘤免疫抑制微环境的关系 | 首次发现S100A11在胶质瘤相关巨噬细胞中高表达,并证实其与巨噬细胞浸润存在强相关性 | NA | 更好理解胶质瘤免疫微环境,探索S100A11作为生物标志物的潜力 | 胶质瘤相关巨噬细胞(GAMs)和胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 胶质瘤 | Western blot, 免疫组织化学, 免疫荧光分析, 单细胞测序, 免疫浸润分析 | NA | 蛋白质表达数据, 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8476 | 2025-10-07 |
Deciphering cell states and the cellular ecosystem to improve risk stratification in acute myeloid leukemia
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf028
PMID:39865982
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研究论文 | 通过构建急性髓系白血病单细胞转录组图谱和开发sciNMF工作流程,系统解析细胞异质性并建立ACE特征以改善预后预测 | 提出了sciNMF工作流程识别26种白血病和免疫细胞状态,首次定义了AML细胞生态系统(ACE)概念并开发了12基因特征(ACEsig) | 研究基于单细胞转录组数据,需要进一步验证其在更广泛临床场景中的应用效果 | 改善急性髓系白血病的风险分层策略 | 急性髓系白血病患者的白血病细胞和免疫细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解(NMF) | 单细胞转录组数据 | 未明确具体样本数量,但包含公共RNA-seq队列验证 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8477 | 2025-10-07 |
Salmonella dry surface biofilm: morphology, single-cell landscape, and sanitization
2024-Nov-20, Applied and environmental microbiology
IF:3.9Q2
DOI:10.1128/aem.01623-24
PMID:39494899
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研究论文 | 本研究比较了鼠伤寒沙门氏菌干表面生物膜和湿表面生物膜的形成特征,并通过单细胞转录组学分析其功能异质性,最后评估了黄酮类化合物与异丙醇联合使用的消毒效果 | 首次全面研究干表面生物膜的特性并探索其潜在生存机制,提出溶解于70%异丙醇的桑色素作为高效干式消毒剂 | 研究仅针对鼠伤寒沙门氏菌,未涉及其他食源性病原体 | 探究干表面生物膜的形成特征、功能异质性及消毒方法 | 鼠伤寒沙门氏菌干表面生物膜和湿表面生物膜 | 微生物学 | 食源性疾病 | 共聚焦激光扫描显微镜,电子显微镜,单细胞转录组学 | NA | 显微镜图像,转录组数据 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA |
8478 | 2025-10-07 |
Inhibition of SUMOylation Induces Adaptive Antitumor Immunity against Pancreatic Cancer through Multiple Effects on the Tumor Microenvironment
2024-Nov-04, Molecular cancer therapeutics
IF:5.3Q1
DOI:10.1158/1535-7163.MCT-23-0572
PMID:39150446
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研究论文 | 本研究通过抑制SUMOylation探索了胰腺癌治疗的新机制,发现该过程通过调节肿瘤微环境诱导适应性抗肿瘤免疫 | 首次揭示SUMOylation抑制在体内通过T细胞依赖性机制诱导适应性抗肿瘤免疫,而非直接抑制肿瘤细胞增殖 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床应用效果仍需进一步验证 | 探究SUMOylation抑制对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响及其治疗机制 | 胰腺导管腺癌(PDAC)小鼠模型及肿瘤微环境中的各类细胞 | 肿瘤免疫学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组测序,流式细胞术,免疫荧光,免疫组化,Western blot,qPCR | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质表达数据,基因表达数据 | 临床相关原位PDAC小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8479 | 2025-10-07 |
CRISPR Screening of Transcribed Super-Enhancers Identifies Drivers of Triple-Negative Breast Cancer Progression
2024-Nov-04, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3995
PMID:39186674
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研究论文 | 通过CRISPR筛选技术鉴定三阴性乳腺癌进展的关键调控元件 | 首次系统分析三阴性乳腺癌特异性超级增强子及其eRNA转录本,结合CRISPR干扰和染色质互作图谱揭示调控机制 | 研究聚焦于前30个eRNA产生的超级增强子,可能未覆盖所有相关调控元件 | 揭示三阴性乳腺癌中超级增强子驱动的基因调控网络 | 三阴性乳腺癌细胞系和动物模型 | 功能基因组学 | 三阴性乳腺癌 | CRISPR干扰筛选,RNA测序,Hi-C染色质构象捕获,单细胞RNA测序,ATAC-seq | NA | 基因组学数据,转录组数据,表观基因组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,染色质可及性测序 | NA | NA |
8480 | 2025-10-07 |
Pharmacological targets and validation of remdesivir for the treatment of COVID-19-associated pulmonary fibrosis: A network-based pharmacology and bioinformatics study
2024-Sep-27, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000039062
PMID:39331891
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研究论文 | 通过生物信息学和网络药理学方法研究瑞德西韦治疗COVID-19相关肺纤维化的靶点和分子机制 | 首次系统整合网络药理学、分子对接和单细胞测序数据验证瑞德西韦对COVID-19相关肺纤维化的多靶点作用机制 | 研究主要基于公开数据库的预测分析,需要后续实验验证 | 探究瑞德西韦治疗COVID-19相关肺纤维化的药理靶点和作用机制 | 瑞德西韦、COVID-19和肺纤维化的共同靶点 | 生物信息学 | COVID-19相关肺纤维化 | 网络药理学、生物信息学分析、分子对接、单细胞测序 | 蛋白互作网络分析、转录因子调控网络分析 | 组学数据、测序数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |