单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8421	2024-09-20	A Large-Scale Meta-Analysis Reveals Positive Feedback between Macrophages and T Cells That Sensitizes Tumors to Immunotherapy 2024-02-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2006 PMID:38117502	研究论文	本研究通过大规模的元分析揭示了巨噬细胞和T细胞之间的正反馈机制，增强了肿瘤对免疫治疗的敏感性	本研究发现了与ICI治疗结果相关的可靠标志物，包括肿瘤突变负荷、IFNG和PDCD1表达，以及巨噬细胞和T细胞之间的相互作用	本研究依赖于大规模的多组学数据，可能存在数据异质性和样本偏倚的问题	旨在通过大规模元分析发现预测免疫检查点抑制剂治疗反应的可靠生物标志物	ICI治疗的3037名患者，涉及14种实体瘤的遗传和/或转录组学数据	数字病理学	NA	多组学分析	多变量模型	遗传和转录组学数据	3037名ICI治疗的患者
8422	2024-09-20	scKWARN: Kernel-weighted-average robust normalization for single-cell RNA-seq data 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae008 PMID:38237908	研究论文	本文介绍了一种名为scKWARN的单细胞RNA-seq数据稳健归一化方法	scKWARN通过核加权平均技术，不依赖于特定的数据分布或计数-深度关系，能够有效校正已知或隐藏的技术混杂因素	NA	开发一种新的单细胞RNA-seq数据归一化方法，以校正技术偏差并保留生物异质性	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	核加权平均	NA	RNA-seq数据	NA
8423	2024-09-20	Deciphering colorectal cancer radioresistance and immune microrenvironment: unraveling the role of EIF5A through single-cell RNA sequencing and machine learning 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1466226 PMID:39290702	研究论文	研究探讨了EIF5A在结直肠癌放疗抵抗中的作用及其对肿瘤免疫微环境的影响	首次通过单细胞RNA测序和机器学习揭示了EIF5A在结直肠癌放疗抵抗中的关键作用，并验证了其在调节肿瘤免疫微环境中的功能	NA	研究EIF5A在结直肠癌放疗反应中的作用及其对肿瘤干细胞和肿瘤免疫微环境的影响	EIF5A基因在结直肠癌放疗抵抗中的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	机器学习	RNA	NA
8424	2024-09-20	Revealing spatial multimodal heterogeneity in tissues with SpaTrio 2023-12-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100446 PMID:38116121	研究论文	本文介绍了一种名为SpaTrio的计算方法，用于整合单细胞多组学和空间转录组学数据，以揭示组织中的空间多模态异质性	SpaTrio通过概率对齐技术整合单细胞多组学和空间转录组学数据，能够准确重建空间分布并分析基因调控和细胞间相互作用	NA	开发一种计算方法以解决单细胞多组学和空间转录组学技术在捕捉和描绘组织多模态信息方面的局限性	单细胞多组学和空间转录组学数据	生物信息学	NA	空间转录组学	概率对齐模型	多组学数据	多个实际数据集
8425	2024-09-20	Preleukemic single-cell landscapes reveal mutation-specific mechanisms and gene programs predictive of AML patient outcomes 2023-12-13, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100426 PMID:38116120	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了八种携带骨髓恶性肿瘤驱动突变的小鼠模型，揭示了突变特异性机制和预测AML患者预后的基因程序	首次在单细胞分辨率下解析了前白血病细胞对突变扰动的异质性适应性，并开发了一个基于前白血病转录特征的11基因评分系统（Stem11）来预测AML患者预后	研究基于小鼠模型，结果的临床转化和人类应用需进一步验证	揭示急性髓系白血病（AML）和骨髓增生性肿瘤的突变特异性机制，并开发预测患者预后的基因评分系统	八种携带骨髓恶性肿瘤驱动突变的小鼠模型中的单细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	269,048个单细胞
8426	2024-09-20	Neuroepithelial organoid patterning is mediated by a neighborhood watch mechanism 2023-11-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.113334 PMID:38511989	研究论文	本文研究了神经上皮类器官的图案化机制，提出了一种基于“邻里观察”（NW）机制的细胞命运决定模型	开发了一种计算方法来定义图案化的条件，并通过实验验证了模型的预测	NA	揭示神经上皮类器官图案化的机制	人类神经管类器官	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	计算模型	基因表达数据	NA
8427	2024-09-20	scCURE identifies cell types responding to immunotherapy and enables outcome prediction 2023-11-20, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100643 PMID:37989083	研究论文	开发了一种名为scCURE的方法，用于识别免疫治疗响应和非响应的细胞类型，并预测治疗结果	提出了基于单细胞RNA测序数据的新方法scCURE，能够区分免疫治疗干预下受影响和未受影响的细胞	NA	深入理解免疫治疗响应和抵抗机制，并开发高度可靠的治疗响应预测模型	黑色素瘤和乳腺癌免疫治疗中的单细胞RNA测序数据	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	高斯混合模型	单细胞RNA测序数据	涉及黑色素瘤和乳腺癌的免疫治疗单细胞RNA测序数据
8428	2024-09-20	Barcoding intracellular reverse transcription enables high-throughput phenotype-coupled T cell receptor analyses 2023-10-23, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100600 PMID:37776855	研究论文	本文介绍了一种名为INCERTS的新方法，通过细胞内逆转录和荧光激活细胞分选技术，实现高通量表型耦合的T细胞受体分析	提出了INCERTS方法，结合分子索引和荧光激活细胞分选技术，显著提高了样本处理量和成本效益	NA	开发一种高通量、低成本的方法来分析T细胞受体与细胞表型的关联	T细胞受体序列与细胞表型的关联，特别是从癌症患者中发现的抗原特异性TCRs	生物信息学	癌症	荧光激活细胞分选（FACS），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	T细胞受体序列，单细胞RNA数据	从28个患者样本中处理了数百万个外周血单核细胞（PBMC）
8429	2024-09-20	A comprehensive mouse kidney atlas enables rare cell population characterization and robust marker discovery 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106877 PMID:37275529	研究论文	本文创建了一个全面的成年小鼠肾脏图谱，整合了来自八个独立研究的140,000个细胞和细胞核的单细胞和单核RNA测序数据，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物	本文构建了一个层次模型来协调不同数据集的注释，并利用该模型预测了先前缺失的细胞注释，同时识别了难以理解的细胞类型和过渡状态的可重复标记物	NA	创建一个全面的成年小鼠肾脏图谱，以识别和表征罕见的细胞群体及其标记物	成年小鼠肾脏的细胞群体及其标记物	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	层次模型	RNA测序数据	140,000个细胞和细胞核，来自59个公开的单细胞和单核RNA测序数据集，涉及八个独立研究
8430	2024-09-20	microRNA-132 regulates gene expression programs involved in microglial homeostasis 2023-Jun-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.106829 PMID:37250784	研究论文	研究了microRNA-132在调节小胶质细胞稳态中的基因表达程序	首次深入分析了miR-132在调节小胶质细胞稳态中的分子途径	需要进一步研究miR-132补充对阿尔茨海默病治疗的潜在影响	探讨miR-132在阿尔茨海默病中的作用及其对小胶质细胞稳态的影响	miR-132及其在小胶质细胞稳态中的作用	NA	阿尔茨海默病	单细胞转录组学、蛋白质组学和AGO-CLIP数据集	NA	基因表达数据	小鼠海马体和人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞
8431	2024-09-20	A village in a dish model system for population-scale hiPSC studies 2023-06-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-38704-1 PMID:37296104	研究论文	本文介绍了一种名为“village in a dish”的模型系统，用于大规模hiPSC研究	提出了village cultures方法，将多个hiPSC细胞系在同一培养皿中培养和分化，以实现大规模样本量的研究	NA	研究DNA等位基因如何影响疾病风险、药物反应和其他人类表型的机制	hiPSC细胞系及其在不同条件下的基因表达变化	细胞生物学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	数百或数千个hiPSC细胞系
8432	2024-09-20	Inhibition of YAP1 activity ameliorates acute lung injury through promotion of M2 macrophage polarization 2023-Jun, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.293 PMID:37287755	研究论文	研究探讨了YAP1蛋白在急性肺损伤（ALI）中的作用及其通过促进M2巨噬细胞极化来减轻肺损伤的机制	揭示了YAP1通过调节M2巨噬细胞极化来减轻急性肺损伤的新机制	NA	研究YAP1在急性肺损伤中的作用及其对M1/M2巨噬细胞极化的调控	YAP1蛋白、M1/M2巨噬细胞极化、急性肺损伤	NA	急性肺损伤	RNA干扰、单细胞RNA测序	NA	RNA	ALI小鼠、LPS处理的骨髓来源巨噬细胞（BMMs）
8433	2024-09-20	Cultured Renal Proximal Tubular Epithelial Cells Resemble a Stressed/Damaged Kidney While Supporting BK Virus Infection 2023-05-31, Journal of virology IF:4.0Q2 DOI:10.1128/jvi.00343-23 PMID:37166336	研究论文	研究了培养的肾近端小管上皮细胞在BK病毒感染下的基因表达模式	首次比较了原代和永生化肾近端小管上皮细胞在BK病毒感染下的基因表达差异	仅限于细胞培养实验，未涉及体内实验	探讨BK病毒在肾近端小管上皮细胞中的感染机制	原代和永生化肾近端小管上皮细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因表达数据	NA
8434	2024-09-20	NPM3 as a novel oncogenic factor and poor prognostic marker contributes to cell proliferation and migration in lung adenocarcinoma 2023-May-31, Hereditas IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s41065-023-00289-6 PMID:37254219	研究论文	研究探讨了NPM3在肺腺癌中的表达及其作为致癌因子和预后不良标志物的作用	首次揭示了NPM3在肺腺癌中的高表达与不良预后和免疫抑制微环境的关联，并证明了NPM3通过促进细胞增殖和迁移促进肺腺癌进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内实验验证	探讨NPM3在肺腺癌肿瘤微环境中的表达和功能	NPM3在肺腺癌中的表达及其对细胞增殖和迁移的影响	数字病理学	肺癌	生物信息学工具、单细胞测序、siRNA敲低	NA	基因表达数据、单细胞数据	包括NCI-H1299和SPC-A1细胞在内的多个肺腺癌样本
8435	2024-09-20	Single-cell technologies in multiple myeloma: new insights into disease pathogenesis and translational implications 2023-May-31, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-023-00502-8 PMID:37259170	综述	本文综述了单细胞测序技术在多发性骨髓瘤中的应用及其对疾病发病机制和转化医学的影响	单细胞测序技术揭示了多发性骨髓瘤的细胞和分子景观，改变了我们对肿瘤间和肿瘤内异质性、肿瘤微环境和治疗抵抗机制的理解	NA	总结单细胞测序方法在多发性骨髓瘤研究中的最新进展，并讨论其在临床转化中的未来方向	多发性骨髓瘤的细胞和分子景观、肿瘤异质性、治疗反应和抵抗的机制及生物标志物	数字病理学	血液肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞数据	NA
8436	2024-09-20	Emergence of division of labor in tissues through cell interactions and spatial cues 2023-05-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112412 PMID:37086403	研究论文	本文开发了一个计算框架，研究细胞类型群体中劳动分工的机制	提出了一个方法来构建专家细胞之间的配体-受体网络，并使用单细胞RNA测序和空间转录组学数据推断劳动分工机制	NA	研究细胞类型群体中劳动分工的机制	细胞类型群体中的劳动分工	计算生物学	NA	单细胞RNA测序 (RNA-seq) 和空间转录组学	计算框架	转录组数据	NA
8437	2024-09-20	Multimodal single cell analysis infers widespread enhancer co-activity in a lymphoblastoid cell line 2023-05-26, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-023-04954-4 PMID:37237005	研究论文	本文利用单细胞技术分析了淋巴母细胞系中增强子的共活性	首次在单细胞水平上研究了增强子对同一基因的共活性，并预测了增强子之间的关联	研究仅基于单一细胞系，预测的增强子关联需要进一步的功能验证	探究增强子在基因表达调控中的共活性模式	人类淋巴母细胞系中的增强子和基因表达	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据和染色质状态数据	24,844个单细胞
8438	2024-09-20	Subcellular spatially resolved gene neighborhood networks in single cells 2023-05-22, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100476 PMID:37323566	研究论文	本文介绍了一种用于分析亚细胞基因邻近关系的空间解析基因邻域网络（spaGNN）管道	提出了一种新的空间解析基因邻域网络（spaGNN）方法，用于分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系	NA	开发一种新的方法来分析亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系，并展示其在细胞类型分类任务中的应用	亚细胞空间转录组数据中的基因邻近关系	数字病理学	NA	荧光原位杂交（FISH）	机器学习	图像	使用了成纤维细胞、U2-OS细胞和间充质干细胞（MSCs）的FISH数据
8439	2024-09-20	Deciphering tumor ecosystems at super resolution from spatial transcriptomics with TESLA 2023-05-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2023.03.008 PMID:37164011	研究论文	本文介绍了一种名为TESLA的机器学习框架，用于在空间转录组学中以像素级分辨率进行组织注释	TESLA整合了组织学信息和基因表达，直接在组织学图像上注释异质性免疫和肿瘤细胞，并检测独特的肿瘤微环境特征，如三级淋巴结构	本文主要展示了TESLA在癌症中的应用，未详细探讨其在其他疾病中的应用	开发一种能够以高分辨率解析肿瘤微环境的空间转录组学方法	肿瘤微环境中的细胞群体及其丰度、组成和空间位置	机器学习	癌症	空间转录组学	机器学习框架	图像	NA
8440	2024-09-20	Applying causal discovery to single-cell analyses using CausalCell 2023-05-02, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.81464 PMID:37129360	研究论文	本文介绍了CausalCell工作流程和平台，用于在单细胞分析中应用因果发现	开发了CausalCell平台，通过基准测试四种因果发现方法，并分析多个单细胞RNA测序数据集，提出在大多数情况下基于约束的PC算法与基于核的条件独立性测试效果最佳	评估和选择因果发现方法以及开发和执行适当的工作流程仍然存在挑战	将因果发现应用于单细胞分析，以解决科学问题中的因果关系	单细胞RNA测序数据中的因果交互	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PC算法	单细胞RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集