单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 8401 - 8420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8401 | 2024-09-21 |
The effect of background noise and its removal on the analysis of single-cell expression data
2023-06-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-023-02978-x
PMID:37337297
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研究论文 | 研究背景噪音及其去除对单细胞表达数据分析的影响 | 通过基因型估计评估了三种去除背景噪音方法的性能，发现CellBender在背景噪音水平估计和标记基因检测方面表现最佳 | 背景噪音去除可能对细胞聚类和分类的精细结构产生影响 | 探讨背景噪音在单细胞实验中的程度、来源及其影响，并提供处理背景噪音的指导 | 背景噪音在单细胞和单核RNA-seq实验中的影响 | 单细胞测序 | NA | RNA-seq | NA | 表达数据 | 三个scRNA-seq和两个snRNA-seq的小鼠肾脏重复实验，涉及两种小鼠亚种的细胞混合 |
| 8402 | 2024-09-21 |
eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio-temporal architectures of cells
2023-Jun-15, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05355-4
PMID:37322439
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研究论文 | 本文介绍了一种名为eSPRESSO的新方法，用于通过单细胞转录组数据进行拓扑聚类，以揭示细胞时空结构中的信息基因 | eSPRESSO方法通过随机自组织映射聚类和马尔可夫链蒙特卡罗计算，能够有效地从转录组数据中重建细胞的时空拓扑结构，并揭示拓扑信息基因 | NA | 研究动物发育过程中基因表达的时空动态，并开发新的计算方法来重建组织结构 | 人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞时空结构 | 生物信息学 | NA | 随机自组织映射聚类、马尔可夫链蒙特卡罗计算 | NA | 转录组数据 | 人类胚胎心脏、小鼠胚胎、大脑、胚胎心脏和肝小叶的细胞 |
| 8403 | 2024-09-21 |
Integration single-cell and bulk RNA-sequencing data to reveal senescence gene expression profiles in heart failure
2023-Jun, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e16214
PMID:37332931
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，揭示了心力衰竭中的衰老基因表达谱 | 首次整合单细胞和批量RNA测序数据来研究心力衰竭中的衰老基因表达谱 | 需要进一步研究衰老基因在心力衰竭中的表达模式和分子调控机制 | 揭示衰老在心力衰竭中的作用 | 心力衰竭心脏样本和衰老基因数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 心力衰竭心脏样本数据来自Gene Expression Omnibus数据库，衰老基因数据来自CellAge |
| 8404 | 2024-09-21 |
Single-cell RNA sequencing reveals the effects of chemotherapy on human pancreatic adenocarcinoma and its tumor microenvironment
2023-02-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36296-4
PMID:36781852
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了化疗对人类胰腺导管腺癌及其肿瘤微环境的影响 | 首次深入分析了化疗前后胰腺导管腺癌肿瘤微环境的单细胞特征，揭示了化疗对肿瘤细胞和免疫细胞的转录组影响 | 研究样本仅限于化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本，可能无法全面代表所有患者的情况 | 探讨化疗对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响及其与免疫治疗抵抗的关系 | 化疗前后的胰腺导管腺癌样本及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 化疗前后的新鲜胰腺导管腺癌样本 |
| 8405 | 2024-09-21 |
From neurodevelopment to neurodegeneration: utilizing human stem cell models to gain insight into Down syndrome
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1198129
PMID:37323671
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综述 | 本文综述了利用人类干细胞模型研究唐氏综合症（DS）的最新进展 | 本文介绍了利用人类干细胞培养方法、基因编辑技术和单细胞转录组学等新技术，为研究复杂神经系统疾病如DS提供了新的视角 | 尽管本文综述了多种新技术，但仍有许多DS的神经学特征的细胞和分子机制尚未完全理解 | 探讨如何利用人类干细胞模型深入理解唐氏综合症的神经发育和神经退行性病变 | 唐氏综合症的神经学特征及其相关器官系统 | 干细胞研究 | 唐氏综合症 | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | NA |
| 8406 | 2024-09-21 |
The current landscape of single-cell transcriptomics for cancer immunotherapy
2021-01-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20201574
PMID:33601414
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的最新进展 | 单细胞RNA测序揭示了新的关键因素和细胞亚群，这些因素和亚群要么促进肿瘤进展，要么使肿瘤对免疫治疗敏感 | NA | 探讨单细胞转录组学在癌症免疫治疗中的应用 | 肿瘤微环境和免疫系统 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 8407 | 2024-09-20 |
Hsp90aa1/JUN/Ccl2 regulatory axis mediates migration and differentiation of NSPCs, promoting the onset and progression of early post-ischemic stroke epilepsy
2024-Oct-01, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2024.106635
PMID:39128813
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研究论文 | 研究揭示了Hsp90aa1/JUN/Ccl2轴在调节神经干细胞/祖细胞迁移和分化中的作用，促进缺血性卒中后早期癫痫的发生和发展 | 首次揭示了Hsp90aa1/JUN/Ccl2轴在神经干细胞/祖细胞迁移和分化中的关键作用，并探讨了其在缺血性卒中后早期癫痫发生和发展中的潜在影响 | 研究主要集中在体外和体内实验验证，缺乏更大规模和多样化的样本验证 | 探讨缺血性卒中后早期癫痫的发病机制 | 神经干细胞/祖细胞及其相关基因Hsp90aa1、JUN和Ccl2 | 神经科学 | 癫痫 | 单细胞转录组测序和生物信息学分析 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 8408 | 2024-09-20 |
PTN from Leydig cells activates SDC2 and modulates human spermatogonial stem cell proliferation and survival via GFRA1
2024-Sep-16, Biological research
IF:4.3Q1
DOI:10.1186/s40659-024-00546-6
PMID:39285301
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研究论文 | 研究探讨了睾丸间质细胞通过PTN激活SDC2，从而调控人类精原干细胞增殖和生存的机制 | 揭示了人类精原干细胞调控的新机制，并提出了潜在的治疗男性不育的靶点 | 仅在约50%的细胞中观察到PTN和SDC2的共定位 | 探讨人类精原干细胞发育的机制及其在男性不育中的潜在作用 | 人类精原干细胞及其在男性精子发生中的作用 | 细胞生物学 | 男性不育 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GEO数据库中的GSE149512和GSE112013数据集 |
| 8409 | 2024-09-20 |
Single-cell analysis via manifold fitting: A framework for RNA clustering and beyond
2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2400002121
PMID:39226348
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scAMF的框架，通过流形拟合技术提高单细胞RNA测序数据的聚类精度和可视化效果 | 提出了scAMF框架，通过流形拟合模块有效去噪单细胞RNA测序数据，提高了聚类效率和数据可视化清晰度 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的分析精度和可靠性 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 流形拟合 | RNA数据 | 25个公开的单细胞RNA测序数据集，涵盖多种测序平台、物种和器官类型 |
| 8410 | 2024-09-20 |
Qki5 safeguards spinal motor neuron function by defining the motor neuron-specific transcriptome via pre-mRNA processing
2024-Sep-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2401531121
PMID:39226364
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研究论文 | 本文研究了RNA结合蛋白Qki5通过调节前mRNA加工过程，保护脊髓运动神经元功能并定义运动神经元特异性转录组 | 首次揭示了Qki5在运动神经元特异性转录组形成中的关键作用，并通过实验验证了其在运动神经元保护和疾病发病机制中的重要性 | NA | 探讨Qki5在运动神经元疾病中的分子机制及其对运动神经元功能的影响 | 脊髓运动神经元及其特异性转录组 | 数字病理学 | 运动神经元疾病 | RNA测序 (RNA-seq), 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 8411 | 2024-09-20 |
A distribution-free and analytic method for power and sample size calculation in single-cell differential expression
2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae540
PMID:39231036
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研究论文 | 提出了一种基于广义估计方程的分析方法scPS，用于单细胞差异表达分析中的功效和样本量计算 | scPS方法不假设数据分布，并考虑了个体样本内的细胞间相关性，避免了现有方法的局限性 | 未提及具体局限性 | 开发一种无需特定分布假设且能准确考虑细胞间相关性的方法，用于单细胞差异表达分析中的功效和样本量计算 | 单细胞转录组数据中的差异表达分析 | 生物信息学 | NA | 广义估计方程 | NA | 转录组数据 | 未提及具体样本量 |
| 8412 | 2024-09-20 |
ScRNA-seq reveals the spatiotemporal distribution of camptothecin pathway and transposon activity in Camptotheca acuminata shoot apexes and leaves
2024 Sep-Oct, Physiologia plantarum
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/ppl.14508
PMID:39295090
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序技术分析了喜树（Camptotheca acuminata）的顶芽和叶片的细胞类型及其在喜树碱合成途径和转座子活动中的时空分布 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了喜树碱合成途径和转座子活动在喜树顶芽和叶片中的时空分布特征 | NA | 探讨喜树碱合成途径和转座子活动在喜树顶芽和叶片中的时空分布特征 | 喜树（Camptotheca acuminata）的顶芽和叶片 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 超过60,000个细胞 |
| 8413 | 2024-09-20 |
Combined single cell and spatial transcriptome analysis reveals hedgehog pathway-related genes as potential therapeutic targets for cervical cancer
2024-Aug-28, Cancer treatment and research communications
DOI:10.1016/j.ctarc.2024.100841
PMID:39293140
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序和空间转录组学分析，揭示了刺猬信号通路相关基因作为宫颈癌潜在治疗靶点的可能性 | 首次整合单细胞测序和空间转录组学数据，深入研究了刺猬信号通路在宫颈癌中的作用，并发现了MYH9在宫颈癌中的关键作用 | NA | 揭示刺猬信号通路相关基因在宫颈癌中的潜在治疗靶点 | 宫颈癌组织中的刺猬信号通路相关基因 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8414 | 2024-09-20 |
Single-cell transcriptomics reveal transcriptional programs underlying male and female cell fate during Plasmodium falciparum gametocytogenesis
2024-Aug-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51201-3
PMID:39187486
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫配子体发育过程中雄性和雌性细胞命运的转录程序 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术，定义了恶性疟原虫配子体发育过程中雄性和雌性细胞的转录程序，并预测了潜在的驱动基因 | NA | 阐明在没有性染色体的情况下，恶性疟原虫雄性和雌性配子体如何分化 | 恶性疟原虫的配子体 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 8415 | 2024-09-20 |
aKNNO: single-cell and spatial transcriptomics clustering with an optimized adaptive k-nearest neighbor graph
2024-Aug-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03339-y
PMID:39090647
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研究论文 | 本文开发了一种优化的自适应k近邻图方法aKNNO，用于单细胞和空间转录组数据的聚类，能够同时准确识别常见和稀有细胞类型 | aKNNO通过优化的自适应k近邻图，能够在单细胞和空间转录组数据中同时准确识别常见和稀有细胞类型 | NA | 开发一种新的聚类方法，能够在单细胞和空间转录组数据中同时准确识别常见和稀有细胞类型 | 单细胞和空间转录组数据中的常见和稀有细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | 自适应k近邻图 | 基因表达数据 | 38个模拟数据集和20个单细胞及空间转录组数据集 |
| 8416 | 2024-09-20 |
Activation of Nrf2 inhibits atherosclerosis in ApoE-/- mice through suppressing endothelial cell inflammation and lipid peroxidation
2024-08, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2024.103229
PMID:38870781
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研究论文 | 研究Nrf2在ApoE-/-小鼠中通过抑制内皮细胞炎症和脂质过氧化来抑制动脉粥样硬化的作用 | 首次探讨了内皮Nrf2在动脉粥样硬化中的作用及其激活机制，并提出了Nrf2作为治疗动脉粥样硬化的新策略 | NA | 探讨Nrf2在动脉粥样硬化中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | ApoE-/-小鼠和内皮细胞 | NA | 心血管疾病 | RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | ApoE-/-小鼠和Cdh5CreCas9floxed-stopApoE-/-小鼠 |
| 8417 | 2024-09-20 |
Therapy-induced senescence through the redox lens
2024-08, Redox biology
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.redox.2024.103228
PMID:38865902
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综述 | 本文综述了治疗诱导的衰老肿瘤细胞通过活性氧（ROS）及其相关的氧化还原信号网络在肿瘤复发和疾病复发中的作用 | 本文探讨了ROS和氧化还原状态动态在微调稳态过程中驱动治疗诱导的细胞命运向衰老建立的作用，并提供了干预策略的见解，特别是利用调节氧化还原和抗氧化途径的senotherapeutics | NA | 探讨治疗诱导的衰老通过氧化还原视角的作用机制，并评估其对肿瘤起始和复发的潜在影响 | 治疗诱导的衰老肿瘤细胞、活性氧（ROS）、氧化还原信号网络、衰老相关分泌表型（SASP） | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8418 | 2024-09-20 |
The role of the fibroblast in Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma
2024-Jul-01, Current opinion in gastroenterology
IF:2.6Q2
DOI:10.1097/MOG.0000000000001032
PMID:38626060
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综述 | 本文综述了间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用，并探讨了针对这些细胞的转化前景 | 通过单细胞RNA测序研究揭示了间质在发育信号传导和癌症启动中的新兴作用，并提出了针对癌症相关成纤维细胞的潜在治疗策略 | NA | 探讨间质和癌症相关成纤维细胞在Barrett食管和食管腺癌中的作用 | Barrett食管和食管腺癌中的间质和癌症相关成纤维细胞 | NA | 食管腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8419 | 2024-09-20 |
6-Formylindolo[3,2-b]carbazole, a potent ligand for the aryl hydrocarbon receptor, attenuates concanavalin-induced hepatitis by limiting T-cell activation and infiltration of proinflammatory CD11b+ Kupffer cells
2024-05-29, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiae018
PMID:38366630
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研究论文 | 研究FICZ（6-formylindolo[3,2-b]carbazole）作为芳香烃受体激动剂在减轻由伴刀豆球蛋白A诱导的自身免疫性肝炎中的作用 | 首次揭示了FICZ通过限制T细胞活化和减少促炎性CD11b+库普弗细胞的浸润来减轻肝炎 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨FICZ激活芳香烃受体在自身免疫性肝炎中的作用机制 | 小鼠模型中的T细胞、库普弗细胞和B细胞 | NA | 肝炎 | 单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠样本 |
| 8420 | 2024-09-20 |
Small nucleolar RNA host gene 18 controls vascular smooth muscle cell contractile phenotype and neointimal hyperplasia
2024-May-29, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvae055
PMID:38498586
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研究论文 | 研究探讨了SNHG18在调节血管平滑肌细胞收缩表型和损伤诱导的新内膜增生中的作用 | 首次揭示了SNHG18在血管疾病中的功能，特别是其在调节血管平滑肌细胞收缩表型和预防损伤诱导的新内膜增生中的作用 | NA | 探索SNHG18在血管平滑肌细胞收缩表型和损伤诱导的新内膜形成中的作用 | SNHG18、血管平滑肌细胞、新内膜增生 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、转录组数据分析 | NA | RNA | 小鼠和人类动脉样本 |