本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
8401 | 2025-10-07 |
Construction of a Prognostic Model for Lysosome-dependent Cell Death in Gastric Cancer Based on Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Data
2025-Apr-20, Biomedical and environmental sciences : BES
IF:3.0Q2
DOI:10.3967/bes2024.159
PMID:40320925
|
研究论文 | 基于单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq数据构建胃癌中溶酶体依赖性细胞死亡的预后模型 | 首次结合单细胞和批量RNA-seq数据识别与溶酶体依赖性细胞死亡相关的胃癌预后基因 | 研究样本量有限,功能验证实验仅针对部分基因 | 识别胃癌中与溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因并构建风险模型 | 胃癌患者和胃癌细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 加权基因共表达网络分析, Cox回归分析, LASSO回归 | 风险预后模型 | 基因表达数据 | TCGA-STAD数据集和GSE183904单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8402 | 2025-10-07 |
A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells
2025-Apr-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6033583/v1
PMID:40321761
|
研究论文 | 开发人源化小鼠模型模拟产前寨卡病毒感染及其对神经干细胞的影响 | 建立首个免疫健全的人源化小鼠模型系统,能够模拟从轻度到重度的产前寨卡病毒感染表型谱 | 动物模型与人类生理存在固有差异,需进一步验证临床转化价值 | 开发可靠且具有临床转化潜力的实验系统研究产前寨卡病毒感染机制 | 人源化小鼠模型及寨卡病毒感染后的脑组织 | 传染病学 | 先天性寨卡综合征 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8403 | 2025-10-07 |
Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology
2025-Apr-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030
PMID:40112808
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于数字病理学的弥漫性大B细胞淋巴瘤微环境分类方法 | 首次使用免疫组化标记和数字病理学建立DLBCL微环境分类算法,与转录组分类具有80%以上一致性 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征 | 开发可临床应用的DLBCL微环境分类系统 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 免疫组化、数字病理、单细胞测序、反卷积分析 | 分类算法 | 病理图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
8404 | 2025-10-07 |
A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression
2025-Apr-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043
PMID:40157360
|
研究论文 | 本研究整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,描绘了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的时空动态变化 | 首次通过整合空间转录组和单细胞RNA测序揭示甲状腺癌进展中的空间动态变化,识别了三个不同的甲状腺细胞元簇和阶段特异性肿瘤边缘重塑 | NA | 探究甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的空间动态变化 | 甲状腺癌组织样本,包括癌旁甲状腺组织、甲状腺乳头状癌、局部晚期甲状腺乳头状癌和未分化甲状腺癌 | 空间转录组学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
8405 | 2025-10-07 |
Deconvoluting single-cell transcriptomics reveals cellular programs regulated by cell-cell communication in colorectal cancer
2025-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.09.648030
PMID:40321215
|
荟萃分析 | 通过单细胞转录组数据解析结直肠癌中细胞间通讯调控的细胞程序 | 开发新型分析框架,采用分层语言建模识别反映单细胞信号状态的基因表达模块,并应用因果发现方法系统揭示配体-受体信号调控机制 | NA | 解析结直肠癌肿瘤微环境中细胞间通讯网络的分子机制 | 结直肠癌患者肿瘤微环境中的各类细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 分层语言模型,因果发现方法 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 153名患者的279个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
8406 | 2025-10-07 |
De novo detection of somatic variants in high-quality long-read single-cell RNA sequencing data
2025-Apr-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279281.124
PMID:40107722
|
研究论文 | 开发了一种名为LongSom的计算工作流程,利用高质量长读长单细胞RNA测序数据检测体细胞变异 | 无需正常样本即可从头检测体细胞变异,能够同时检测遗传和转录组变异,包括线粒体SNV、拷贝数变异和基因融合 | 需要高质量的长读长单细胞RNA测序数据,方法验证仅限于卵巢癌样本 | 重建肿瘤克隆异质性,研究癌症进化、克隆异质性和治疗耐药性 | 人类卵巢癌样本 | 生物信息学 | 卵巢癌 | 长读长单细胞RNA测序 | 计算工作流程 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8407 | 2025-10-07 |
De novo antibody identification in human blood from full-length single B cell transcriptomics and matching haplotype-resolved germline assemblies
2025-Apr-14, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279392.124
PMID:40118521
|
研究论文 | 本研究通过结合全长单B细胞转录组测序和匹配的单倍型解析种系组装,从人血中鉴定新抗体 | 首次将种系IG位点基因组测序与同一供体B细胞单细胞转录组测序相结合,实现了IGH位点的完全单倍型分型组装 | 研究仅针对MMR疫苗接种后的B细胞反应,样本来源和免疫挑战类型有限 | 理解种系IG单倍型如何影响表达的抗体库 | 人类B细胞及其表达的抗体 | 免疫基因组学 | 传染病 | 单细胞全长转录组测序,基因组测序,单倍型组装 | NA | 基因组序列,转录组序列 | 来自同一供体的B细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq,基因组测序 | NA | NA |
8408 | 2025-10-07 |
Comparative spatial transcriptomics reveals root dryland adaptation mechanism in rice and HMGB1 as a key regulator
2025-Apr-06, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.04.001
PMID:40195115
|
研究论文 | 本研究通过比较空间转录组学揭示了水稻旱地适应的根发育机制,并鉴定出HMGB1作为关键调控因子 | 首次生成水稻胚芽鞘节和根尖的空间转录组图谱,揭示旱稻根伸长和增粗的分子机制 | 研究仅聚焦于根部的特定区域,未涵盖全株的适应性机制 | 探究水稻旱地适应的分子和发育机制 | 旱稻和灌溉稻的根部组织 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,表型分析,细胞学分析 | NA | 空间转录组数据,表型数据 | 旱稻和灌溉稻的胚芽鞘节和根尖样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
8409 | 2025-10-07 |
Single-cell transcriptome analyses of PBMCs reveal the immunological characteristics of individuals with phlegm-dampness constitution
2025-Apr, Frontiers of medicine
IF:3.9Q2
DOI:10.1007/s11684-024-1113-3
PMID:40126771
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究痰湿体质人群外周血单个核细胞的免疫学特征 | 首次应用单细胞RNA测序技术揭示中医痰湿体质的分子免疫学基础 | 初步研究样本量有限,需要更大规模验证 | 探索中医体质分类的分子免疫学机制 | 痰湿体质人群的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 痰湿体质人群PBMC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8410 | 2025-10-07 |
SLC27A2 marks lipid peroxidation in nasal epithelial cells driven by type 2 inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2025-Apr, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-025-01440-1
PMID:40195539
|
研究论文 | 本研究揭示了SLC27A2/FATP2通过介导脂质过氧化在慢性鼻窦炎伴鼻息肉发病机制中的关键作用 | 首次发现SLC27A2标记鼻息肉上皮细胞中的脂质过氧化,并阐明其与2型炎症的关联机制 | 研究主要聚焦于分子机制,临床转化应用仍需进一步验证 | 探究慢性鼻窦炎伴鼻息肉的发病分子机制 | 鼻息肉上皮细胞 | 分子生物学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | bulk RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8411 | 2025-10-07 |
Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data identifies BHLHE40 as a key gene in pancreatic cancer progression and gemcitabine resistance
2025-Apr, Seminars in oncology
IF:3.0Q2
DOI:10.1016/j.seminoncol.2025.152338
PMID:40250076
|
研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,鉴定BHLHE40作为胰腺癌进展和吉西他滨耐药的关键基因 | 首次发现BHLHE40通过调控SAT1促进胰腺癌化疗耐药和免疫逃逸的分子机制 | 基于公共数据库分析,需要实验验证BHLHE40靶向治疗的具体效果 | 研究胰腺导管腺癌进展和化疗耐药的分子机制,寻找新的治疗靶点 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者样本和公共数据库数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,ChIP-seq,多组学分析 | NA | 基因表达数据,表观遗传数据,临床数据 | TCGA和GEO公共数据库中的胰腺癌样本 | NA | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | NA | NA |
8412 | 2025-10-07 |
Development of a hypoxia-responsive macrophage prognostic model using single-cell and bulk RNA sequencing in pancreatic cancer
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322618
PMID:40315225
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和TCGA-PAAD数据库数据,开发了一个包含13个关键基因的缺氧反应性巨噬细胞预后模型 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据构建胰腺癌缺氧相关预后模型,并发现KRTCAP2作为关键生物标志物 | NA | 构建胰腺癌缺氧相关预后模型以预测化疗敏感性和总生存期 | 胰腺导管腺癌(PDAC)患者数据 | 生物信息学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Cox回归, Lasso回归, Kaplan-Meier生存分析 | 基因表达数据 | TCGA-PAAD数据库及单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
8413 | 2025-10-07 |
Integration of single-cell and bulk RNA sequencing identifies and validates T cell-related prognostic model in hepatocellular carcinoma
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322706
PMID:40315269
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和bulk RNA测序数据,构建并验证了肝细胞癌中T细胞相关的预后模型 | 首次结合单细胞RNA测序和bulk RNA测序数据识别T细胞相关预后基因,并构建包含PTTG1、LMNB1、SLC38A1和BATF的四基因预后模型 | 样本量相对有限,单细胞数据仅来自10名患者,验证队列规模较小 | 开发肝细胞癌的预后预测模型,改善患者风险分层和个性化治疗策略 | 肝细胞癌患者及其肿瘤组织中的T细胞 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序,免疫组化,LASSO回归,Cox回归分析 | LASSO回归模型,Cox比例风险模型,列线图 | 基因表达数据,临床预后数据,免疫组化图像 | 10例HCC患者的scRNA-seq数据(6,281个T细胞),TCGA和ICGC数据库的bulk RNA-seq数据,25例患者组织的IHC验证 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
8414 | 2025-10-07 |
Multiomics Approach Distinguishes SPTBN4 as a Key Molecule in Diagnosis, Prognosis, and Immune Suppression of Testicular Seminomas
2025, International journal of genomics
IF:2.6Q2
DOI:10.1155/ijog/3530098
PMID:40321316
|
研究论文 | 本研究通过多组学方法识别SPTBN4作为睾丸精原细胞瘤诊断、预后和免疫抑制的关键分子标志物 | 首次整合单细胞转录组测序、高维加权基因共表达网络分析和药物敏感性分析,系统揭示SPTBN4在睾丸精原细胞瘤中的核心作用 | 研究主要基于公共数据集和计算分析,需要进一步实验验证 | 探索睾丸精原细胞瘤的分子异质性并识别关键生物标志物 | 睾丸精原细胞瘤组织样本 | 生物信息学 | 睾丸精原细胞瘤 | 单细胞RNA转录组测序, 高维加权基因共表达网络分析, 药物敏感性分析 | hdWGCNA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 临床生存数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8415 | 2025-10-07 |
Inferred developmental origins of brain tumors from single-cell RNA-sequencing data
2025 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdaf016
PMID:40321621
|
研究论文 | 本研究开发了COORS计算工具,通过单细胞RNA测序数据推断脑肿瘤的发育起源 | 开发了基于发育人脑单细胞数据训练的COORS计算工具,能够注释脑肿瘤中的发育样细胞状态 | NA | 识别脑肿瘤的发育起源 | 脑肿瘤单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | 多层感知机 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8416 | 2025-10-07 |
A prognostic glycolysis-related gene signature in osteosarcoma: implications for metabolic programming, immune microenvironment, and drug response
2025, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.19369
PMID:40321814
|
研究论文 | 本研究建立了一个基于糖酵解相关基因的骨肉瘤预后风险特征模型 | 首次基于糖酵解相关基因构建骨肉瘤预后风险特征,并探索其与肿瘤微环境和药物反应的关系 | 研究基于公共数据库数据,需要进一步实验验证 | 建立骨肉瘤糖酵解相关基因风险特征并评估其预后价值 | 骨肉瘤患者 | 生物信息学 | 骨肉瘤 | mRNA表达谱分析,单细胞RNA测序,RT-PCR | 非负矩阵分解,Cox回归分析 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的三个数据集(GSE16091, GSE39058, GSE21257) | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
8417 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing of peripheral blood mononuclear cells reveals immune landscape of monkeypox patients with HIV
2025-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2025.2459136
PMID:39868995
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析猴痘患者外周血单个核细胞,揭示HIV感染者免疫景观特征 | 首次在单细胞分辨率下比较HIV感染与非感染猴痘患者的免疫反应差异,发现单核细胞和中性粒细胞介导的细胞互作异常 | 样本量较小(仅6例患者),HIV感染者病毒载量低于检测限可能影响结果代表性 | 探究HIV感染对猴痘患者免疫病理机制的影响 | 猴痘住院患者的外周血单个核细胞(PBMCs) | 单细胞组学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6例猴痘患者(3例HIV+,3例HIV-) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8418 | 2025-10-07 |
Mitigation of ischemia/reperfusion injury via selenium nanoparticles: Suppression of STAT1 to inhibit cardiomyocyte oxidative stress and inflammation
2025-Jul, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 本研究通过静脉注射模板法合成的球形硒纳米颗粒,探索其在心肌缺血/再灌注损伤中的保护作用及机制 | 首次发现球形硒纳米颗粒通过抑制STAT1信号通路,打破STAT1-ROS循环,从而减轻心肌细胞氧化应激和炎症反应 | NA | 开发新型纳米材料治疗心肌缺血/再灌注损伤 | 心肌细胞、巨噬细胞 | 纳米医学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 测序数据、功能指标 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8419 | 2025-10-07 |
Unraveling diabetic kidney disease: insights from single-cell RNA sequencing
2025-Jun, International urology and nephrology
IF:1.8Q3
DOI:10.1007/s11255-025-04362-z
PMID:39799255
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究糖尿病肾病的病理机制和临床特征 | 首次应用单细胞RNA测序技术系统分析糖尿病肾病患者的肾脏组织、血液和尿液样本,揭示组织功能、细胞相互作用和疾病进展机制 | 未提及具体样本量和实验设计的局限性 | 深入理解糖尿病肾病的病理生理机制,改善早期筛查和个性化管理 | 糖尿病肾病患者的肾脏组织、血液和尿液样本 | 单细胞组学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8420 | 2025-10-07 |
Revealing the therapeutic targets, mechanisms, and heterogeneity of Huatan Jieyu Granules for Parkinson's disease through single-cell sequencing
2025-May-15, Journal of pharmaceutical and biomedical analysis
IF:3.1Q2
DOI:10.1016/j.jpba.2025.116679
PMID:39864142
|
研究论文 | 通过单细胞测序技术研究化痰解郁颗粒对帕金森病的治疗靶点、作用机制和细胞异质性 | 首次结合单细胞测序和中药研究,系统揭示化痰解郁颗粒治疗帕金森病的关键基因和细胞类型 | 研究仅使用MPTP诱导的小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探索化痰解郁颗粒治疗帕金森病的分子机制和细胞靶点 | MPTP诱导的帕金森病小鼠模型 | 单细胞测序 | 帕金森病 | 单细胞测序,免疫荧光,行为学测试 | PPI网络拓扑分析 | 单细胞基因表达数据 | 空白组、PD模型组和药物治疗组小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |