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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8381 | 2025-10-07 |
Exploring secondary extramedullary myeloma disease: a five-predictor scoring system with spotlight on double-hit cytogenetics
2025-May-02, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-04086-y
PMID:40316968
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研究论文 | 本研究开发了一个用于预测继发性髓外骨髓瘤疾病(sEMD)的五预测因子评分系统 | 首次建立了包含双打击细胞遗传学在内的五因子评分系统来预测sEMD风险,并通过单细胞RNA测序揭示了DH骨髓瘤促进sEMD的潜在机制 | 研究为单中心回顾性分析,样本量相对有限(77例sEMD患者) | 识别继发性髓外骨髓瘤疾病的预测标志物并开发风险评估系统 | 618例新诊断多发性骨髓瘤患者,其中77例发展为继发性髓外疾病 | 血液肿瘤学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,时间-事件模型分析 | 风险评估评分系统 | 临床数据,基因表达数据 | 618例新诊断多发性骨髓瘤患者(77例sEMD) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8382 | 2025-10-07 |
Decoding per- and polyfluoroalkyl substances (PFAS) in hepatocellular carcinoma: a multi-omics and computational toxicology approach
2025-May-02, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06517-z
PMID:40317014
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研究论文 | 本研究通过多组学和计算毒理学方法揭示PFAS暴露驱动肝细胞癌的分子机制 | 首次整合网络毒理学、机器学习、单细胞测序和空间转录组学系统解析PFAS在肝癌中的作用机制 | 研究主要基于公共数据库和计算模拟,需要更多实验验证 | 揭示PFAS暴露导致肝细胞癌的分子机制并建立预后风险模型 | 肝细胞癌患者样本和PFAS化合物 | 计算毒理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,分子对接模拟,RT-qPCR,免疫组化染色 | 机器学习,蛋白质-蛋白质相互作用网络,生存风险模型 | 转录组数据,基因表达数据 | 多个肝细胞癌队列的公共转录组数据 | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,bulk RNA-seq | NA | NA |
8383 | 2025-10-07 |
PD-1 regulates the anti-tumor immune function of macrophages through JAK2-STAT3 signaling pathway in colorectal cancer tumor microenvironment
2025-May-02, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06469-4
PMID:40317043
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研究论文 | 本研究揭示了PD-1通过JAK2-STAT3信号通路调控结直肠癌肿瘤微环境中巨噬细胞功能的机制 | 首次发现肿瘤相关巨噬细胞表达PD-1并通过JAK2-STAT3通路调控其功能,揭示了PD-1在巨噬细胞中的新作用机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验,临床样本验证有限 | 探究PD-1在肿瘤相关巨噬细胞中的表达和功能调控机制 | 结直肠癌肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞 | 肿瘤免疫学 | 结直肠癌 | RNA测序,单细胞RNA测序,荧光标记小鼠模型,骨髓来源巨噬细胞培养 | 小鼠肿瘤模型 | RNA测序数据,单细胞RNA测序数据,细胞功能数据 | CT26小鼠结直肠癌细胞系,骨髓来源巨噬细胞 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
8384 | 2025-10-07 |
SlideCNA: spatial copy number alteration detection from Slide-seq-like spatial transcriptomics data
2025-May-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03573-y
PMID:40317049
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研究论文 | 开发了一种从Slide-seq类空间转录组数据中检测空间拷贝数变异(CNA)的计算工具SlideCNA | 提出表达感知的空间分箱方法,在克服数据稀疏性限制的同时保持空间信号,首次从空间转录组数据中提取CNA信号 | 仅针对Slide-seq类数据进行了测试,数据稀疏性可能仍是挑战 | 利用RNA数据识别拷贝数变异,实现空间亚克隆检测 | 乳腺癌(包括转移性乳腺癌)肿瘤组织 | 空间转录组学 | 乳腺癌 | 空间转录组测序 | 计算工具/算法 | 空间转录组数据 | 模拟数据和真实Slide-seq数据 | NA | 空间转录组学 | Slide-seq | Slide-seq类空间转录组技术 |
8385 | 2025-10-07 |
Human skeletal development and regeneration are shaped by functional diversity of stem cells across skeletal sites
2025-May-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.02.013
PMID:40118065
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研究论文 | 通过整合人类骨骼干细胞的功能分析和单细胞RNA测序,揭示不同骨骼部位干细胞的功能多样性及其在骨骼发育和再生中的作用 | 首次系统鉴定人类骨骼干细胞的功能亚型,揭示其在不同骨骼部位的组成差异和克隆动态,并发现衰老相关的成纤维化转变机制 | 研究仅涉及十个骨骼部位,可能未完全覆盖所有骨骼区域的干细胞多样性 | 探索人类骨骼干细胞的功能多样性及其在骨骼发育、再生和疾病中的作用机制 | 人类骨骼干细胞(hSSCs)及其软骨生成、骨生成、基质和成纤维生成亚型 | 单细胞生物学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),布尔算法 | NA | 单细胞转录组数据 | 十个不同骨骼部位的人类骨骼干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8386 | 2025-10-07 |
Integrated molecular-phenotypic profiling reveals metabolic control of morphological variation in a stem-cell-based embryo model
2025-May-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.03.012
PMID:40245869
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组测序与形态学分析,揭示了代谢状态对干细胞胚胎模型表型变异的调控机制 | 首次将时间分辨单细胞RNA测序与基于成像的表型分析相结合,建立了预测表型变异的机器学习框架 | 研究仅针对模拟胚胎躯干形成的结构,未涵盖其他胚胎发育阶段 | 探究干细胞胚胎模型中表型变异的生物学根源 | 模拟胚胎躯干形成的个体结构 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序, 代谢测量 | 机器学习 | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 个体结构 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8387 | 2025-10-07 |
Single-cell sequencing combined with bulk RNA seq reveals the roles of natural killer cell in prognosis and immunotherapy of hepatocellular carcinoma
2025-May-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-99638-w
PMID:40312525
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研究论文 | 本研究结合单细胞测序和bulk RNA测序构建了基于自然杀伤细胞相关基因的肝细胞癌预后预测模型 | 首次结合单细胞测序和WGCNA分析识别NK细胞相关基因,并构建能预测肝细胞癌预后和免疫治疗反应的模型 | 未明确说明样本来源和数量,模型验证可能受限于数据集的规模和多样性 | 探究自然杀伤细胞在肝细胞癌预后和免疫治疗中的作用机制 | 肝细胞癌患者样本中的自然杀伤细胞及相关基因 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, WGCNA, 基因富集分析 | LASSO, Cox回归模型, ssGSEA | 基因表达数据, 临床数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
8388 | 2025-10-07 |
Prognosis, immunological features and potential mechanisms of HKR1 in prostate cancer via single-cell and bulk RNA-sequencing
2025-May-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14230-9
PMID:40312663
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研究论文 | 通过单细胞和bulk RNA测序分析HKR1在前列腺癌中的预后价值、免疫特征及潜在机制 | 首次通过单细胞和bulk RNA测序综合分析HKR1在前列腺癌中的作用,发现两个新的lncRNA-RBP-HKR1调控轴 | 研究主要基于在线数据库分析,需要进一步实验验证 | 探索HKR1作为前列腺癌预后和免疫治疗反应的新型生物标志物 | 前列腺癌组织和细胞系 | 生物信息学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序, qPCR | Cox回归分析 | RNA测序数据, 基因表达数据 | 前列腺癌细胞系和组织样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8389 | 2025-10-07 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of tumor-associated neutrophils of head and neck squamous cell carcinoma
2025-May-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14179-9
PMID:40312694
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据,揭示了头颈鳞状细胞癌中肿瘤相关中性粒细胞的分子特征并构建了预后风险模型 | 首次在头颈鳞状细胞癌中系统鉴定肿瘤相关中性粒细胞特征基因,并开发了基于中性粒细胞的预后特征模型,发现OLR1作为新的生物标志物 | 研究主要基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步的前瞻性临床研究验证 | 探索肿瘤相关中性粒细胞在头颈鳞状细胞癌中的临床意义和分子机制 | 头颈鳞状细胞癌患者和肿瘤相关中性粒细胞 | 生物信息学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序,CCK-8检测,Transwell实验,伤口愈合实验 | 预后风险模型 | 基因表达数据,临床数据 | TCGA和GEO数据库的头颈鳞状细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,批量RNA-seq | NA | NA |
8390 | 2025-10-07 |
Habitat radiomics predicts occult lymph node metastasis and uncovers immune microenvironment of head and neck cancer
2025-May-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06474-7
PMID:40312725
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研究论文 | 本研究开发了一种基于栖息地放射组学模型来预测头颈癌隐匿性淋巴结转移并揭示其免疫微环境特征 | 首次将栖息地放射组学概念应用于头颈癌隐匿性淋巴结转移预测,并揭示了与T细胞功能障碍相关的生物学机制 | 样本量相对有限,特别是单细胞RNA测序数据集仅包含6个样本 | 建立预测头颈鳞状细胞癌隐匿性淋巴结转移的放射组学模型 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 计算机视觉 | 头颈癌 | 放射组学,bulk RNA测序,单细胞RNA测序 | 随机森林,逻辑回归,支持向量机 | 医学影像,基因组数据 | 训练集330例,内部测试集154例,外部测试集183例,TCGA基因组集50例,单细胞RNA测序集6例 | NA | bulk RNA测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
8391 | 2025-10-07 |
Therapy-induced senescence is a transient drug resistance mechanism in breast cancer
2025-May-01, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02310-0
PMID:40312750
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研究论文 | 本研究揭示了治疗诱导衰老在乳腺癌中作为一种可逆的药物抵抗机制 | 首次证明治疗诱导衰老是可逆的,并作为乳腺癌细胞的普遍药物抵抗机制 | 研究主要基于细胞系和动物模型,尚未在人体临床试验中验证 | 探究治疗诱导衰老在乳腺癌药物抵抗中的作用机制 | 乳腺癌细胞系和三阴性乳腺癌小鼠模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | RNA测序,表面蛋白质组学分析 | NA | 基因表达数据,蛋白质组数据 | 四种乳腺癌细胞系和动物模型 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | NA | NA |
8392 | 2025-10-07 |
Research on Peripheral Nerve Aging and Degeneration: Cellular Changes and Mechanism Exploration From the Perspective of Single-Cell Sequencing
2025-May, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.70129
PMID:40317786
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术分析老年大鼠背根神经节和坐骨神经,探索外周神经系统衰老和退化的细胞变化及分子机制 | 首次在单细胞水平揭示外周神经系统衰老过程中雪旺细胞的转录组特征变化,并鉴定出抗衰老蛋白PCDH9与雪旺细胞增殖分化的关联 | 研究主要基于大鼠模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探索外周神经系统衰老和退化的细胞学特征及分子机制 | 成年和老年大鼠的背根神经节(DRG)和坐骨神经(SN) | 单细胞测序 | 神经系统退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个年龄组的大鼠样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8393 | 2025-10-07 |
Organoid-Guided Precision Medicine: From Bench to Bedside
2025-May, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.70195
PMID:40321594
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综述 | 系统阐述类器官技术从基础研究到临床应用的转化路径及其在精准医学中的多维应用 | 整合类器官构建技术、多组学分析与基因编辑工具,建立患者特异性疾病模型平台 | 存在标准化不足、血管化困难及伦理问题等挑战 | 推动类器官技术在精准医学领域的临床转化 | 多种组织来源的类器官(皮肤、肠道、肺、肿瘤等) | 生物技术 | 肿瘤疾病 | 三维培养系统、CRISPR基因编辑、多组学分析 | 类器官疾病模型 | 多组学数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
8394 | 2025-10-07 |
Systematic Ocular Phenotyping of Knockout Mouse Lines Identifies Genes Associated With Age-Related Corneal Dystrophies
2025-May-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.66.5.7
PMID:40323269
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研究论文 | 通过系统分析敲除小鼠品系的眼表表型,鉴定与年龄相关性角膜营养不良相关的基因 | 在国际小鼠表型联盟数据库中筛选出14个与晚发性角膜营养不良相关的基因,其中12个为角膜生物学中的新发现 | 研究基于小鼠模型,需要进一步验证这些基因在人类角膜疾病中的具体作用机制 | 鉴定与年龄相关性角膜营养不良相关的致病基因 | 8901个敲除小鼠品系的晚成年期小鼠(49周以上) | 生物信息学 | 角膜营养不良 | 生物信息学分析,单细胞转录组学,蛋白互作分析 | NA | 基因表达数据,蛋白互作数据,表型数据 | 8901个敲除小鼠品系 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8395 | 2025-10-07 |
Tumor-infiltrating mast cells as potential chemoimmunotherapy enhancer in triple-negative breast cancer
2025-Apr-30, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011899
PMID:40306958
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研究论文 | 本研究通过整合小鼠和人类单细胞测序数据,揭示了肿瘤浸润肥大细胞在TNBC肿瘤免疫微环境中的关键调控作用 | 首次发现肿瘤浸润肥大细胞通过富集和激活多种免疫细胞群发挥抗肿瘤作用,为TNBC的化疗免疫联合治疗提供了新靶点 | NA | 探索三阴性乳腺癌肿瘤免疫微环境中细胞动态与临床反应的关系 | 三阴性乳腺癌的肿瘤免疫微环境细胞 | 单细胞分析 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8396 | 2025-10-07 |
Construction of a Prognostic Model for Lysosome-dependent Cell Death in Gastric Cancer Based on Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Data
2025-Apr-20, Biomedical and environmental sciences : BES
IF:3.0Q2
DOI:10.3967/bes2024.159
PMID:40320925
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研究论文 | 基于单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq数据构建胃癌中溶酶体依赖性细胞死亡的预后模型 | 首次结合单细胞和批量RNA-seq数据识别与溶酶体依赖性细胞死亡相关的胃癌预后基因 | 研究样本量有限,功能验证实验仅针对部分基因 | 识别胃癌中与溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因并构建风险模型 | 胃癌患者和胃癌细胞系 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq, 加权基因共表达网络分析, Cox回归分析, LASSO回归 | 风险预后模型 | 基因表达数据 | TCGA-STAD数据集和GSE183904单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8397 | 2025-10-07 |
A humanized mouse model system mimics prenatal Zika infection and reveals premature differentiation of neural stem cells
2025-Apr-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6033583/v1
PMID:40321761
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研究论文 | 开发人源化小鼠模型模拟产前寨卡病毒感染及其对神经干细胞的影响 | 建立首个免疫健全的人源化小鼠模型系统,能够模拟从轻度到重度的产前寨卡病毒感染表型谱 | 动物模型与人类生理存在固有差异,需进一步验证临床转化价值 | 开发可靠且具有临床转化潜力的实验系统研究产前寨卡病毒感染机制 | 人源化小鼠模型及寨卡病毒感染后的脑组织 | 传染病学 | 先天性寨卡综合征 | 单细胞RNA测序 | 动物模型 | 基因表达数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8398 | 2025-10-07 |
Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology
2025-Apr-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030
PMID:40112808
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研究论文 | 本研究开发了一种基于数字病理学的弥漫性大B细胞淋巴瘤微环境分类方法 | 首次使用免疫组化标记和数字病理学建立DLBCL微环境分类算法,与转录组分类具有80%以上一致性 | 未明确说明样本量大小和研究队列的具体特征 | 开发可临床应用的DLBCL微环境分类系统 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 免疫组化、数字病理、单细胞测序、反卷积分析 | 分类算法 | 病理图像、转录组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
8399 | 2025-10-07 |
A spatially resolved transcriptome landscape during thyroid cancer progression
2025-Apr-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102043
PMID:40157360
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研究论文 | 本研究整合空间转录组学和单细胞RNA测序技术,描绘了甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的时空动态变化 | 首次通过整合空间转录组和单细胞RNA测序揭示甲状腺癌进展中的空间动态变化,识别了三个不同的甲状腺细胞元簇和阶段特异性肿瘤边缘重塑 | NA | 探究甲状腺癌进展过程中肿瘤微环境的空间动态变化 | 甲状腺癌组织样本,包括癌旁甲状腺组织、甲状腺乳头状癌、局部晚期甲状腺乳头状癌和未分化甲状腺癌 | 空间转录组学 | 甲状腺癌 | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | 空间转录组数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
8400 | 2025-10-07 |
Deconvoluting single-cell transcriptomics reveals cellular programs regulated by cell-cell communication in colorectal cancer
2025-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.09.648030
PMID:40321215
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荟萃分析 | 通过单细胞转录组数据解析结直肠癌中细胞间通讯调控的细胞程序 | 开发新型分析框架,采用分层语言建模识别反映单细胞信号状态的基因表达模块,并应用因果发现方法系统揭示配体-受体信号调控机制 | NA | 解析结直肠癌肿瘤微环境中细胞间通讯网络的分子机制 | 结直肠癌患者肿瘤微环境中的各类细胞 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | 分层语言模型,因果发现方法 | 单细胞转录组数据,空间转录组数据 | 153名患者的279个样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |