单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-06-03	Characterization of the recombination activity in the pituitary and ovary of Prop1-iCre knockin mice 2025-Jun-01, American journal of physiology. Endocrinology and metabolism DOI:10.1152/ajpendo.00049.2025 PMID:40327412	研究论文	本研究描述了Prop1-iCre敲入小鼠在垂体内分泌细胞和卵巢颗粒细胞中的重组活性	通过CRISPR/Cas9系统引入IRES-Cre盒，实现了Prop1和Cre重组酶的双顺反子表达，展示了在垂体内分泌细胞和卵巢颗粒细胞中的特异性重组活性	Prop1-iCre小鼠在卵巢颗粒细胞中的重组活性可能会对数据解释造成复杂影响	研究Prop1-iCre敲入小鼠的重组活性，为垂体生物学提供基因操作工具	Prop1-iCre敲入小鼠的垂体内分泌细胞和卵巢颗粒细胞	分子生物学	NA	CRISPR/Cas9系统，单细胞RNA测序分析	NA	基因表达数据	Prop1-iCre小鼠及其与Rosa-tdTomato报告鼠的杂交后代
822	2025-06-03	Oncostatin-M: a novel leukocyte-derived factor facilitating the ovulatory process in the human ovary 2025-Jun-01, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deaf076 PMID:40327872	研究论文	研究探讨了白细胞衍生的Oncostatin-M (OSM)在人类优势卵泡排卵过程中的调控作用	首次揭示了OSM在人类排卵过程中的关键作用，特别是在激活信号通路、调节类固醇生成和前列腺素合成方面的功能	研究使用的是体外培养的人类颗粒/黄体细胞(hGLCs)，可能无法完全模拟体内排卵动态，且结果仅适用于人类样本，需要在其他哺乳动物物种中验证	探索白细胞衍生的OSM是否调控人类优势卵泡的排卵过程	人类优势卵泡和体外培养的人类颗粒/黄体细胞(hGLCs)	生殖生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、定量PCR(qPCR)、免疫组化、Western blotting、RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据	自然周期女性优势卵泡(n=19)和IVF患者卵泡抽吸物(n=12)
823	2025-06-03	Dynamics of T Cell-Mediated Immune Signaling Network During Pathogenesis of Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2025-Jun, Yonsei medical journal IF:2.6Q1 DOI:10.3349/ymj.2024.0227 PMID:40414827	研究论文	本研究通过RNA测序技术分析了慢性阻塞性肺病（COPD）从轻度到重度阶段的免疫信号网络动态，并探讨了COPD与COVID-19之间的相关性	首次通过单细胞RNA测序揭示了COPD从轻度到重度阶段的免疫反应变化，并发现中度COPD与COVID-19具有相似的生物学模式	样本量相对较小，尤其是重度COPD患者仅3例，可能影响结果的普遍性	识别COPD病情进展的特征标志物，并探索COPD与COVID-19之间的相关性	健康个体（43例）、COPD患者（39例）和COVID-19患者（20例）	生物医学	慢性阻塞性肺病（COPD）和COVID-19	Bulk RNA测序、单细胞RNA测序、单核RNA测序	NA	RNA测序数据	总计119例样本（43健康人+39 COPD+7轻度+7中度+3重度+20 COVID-19）
824	2025-06-03	Anoikis in hepatocellular carcinoma: genetic alterations and immune microenvironment insights from single-cell and computational analysis 2025-May-31, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02770-2 PMID:40447878	研究论文	本研究通过单细胞测序和计算分析探讨了肝细胞癌中失巢凋亡的遗传变异和免疫微环境特征，并构建了一个基于机器学习的预后模型	利用单细胞测序技术揭示肝细胞癌中失巢凋亡相关基因的细胞异质性，并开发了一个基于101种机器学习算法的预后模型	研究依赖于公开数据库的数据，可能受到样本来源和数量的限制	分析肝细胞癌的细胞异质性并构建失巢凋亡相关的预后模型	肝细胞癌患者和Hep-3B细胞系	数字病理学	肝癌	单细胞测序、qPCR、shRNA介导的基因敲除	机器学习算法（101种）	单细胞测序数据、临床样本数据	来自GEO、TCGA和ICGC数据库的数据集及临床样本
825	2025-06-03	GSTM1 suppresses cardiac fibrosis post-myocardial infarction through inhibiting lipid peroxidation and ferroptosis 2025-May-31, Military Medical Research IF:16.7Q1 DOI:10.1186/s40779-025-00610-6 PMID:40448227	research paper	该研究探讨了GSTM1在心肌梗死后心脏纤维化中的作用及其机制，发现GSTM1通过抑制脂质过氧化和铁死亡来减轻纤维化	首次揭示了GSTM1通过调节脂质代谢和铁死亡相关通路抑制纤维化的分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探究GSTM1在心肌梗死后心脏纤维化中的作用及其机制	心肌梗死后的小鼠心脏成纤维细胞和人类扩张型心肌病患者的心脏组织	心血管疾病	心血管疾病	蛋白质组学/scRNA-seq、Western blotting、免疫荧光、实时定量PCR、AAV9介导的基因过表达	小鼠冠状动脉结扎模型	蛋白质组学数据、单细胞RNA测序数据、分子生物学实验数据	小鼠模型和人类扩张型心肌病患者的心脏组织
826	2025-06-03	Single-cell and spatial transcriptome analyses reveal tumor heterogeneity and immune remodeling involved in pituitary neuroendocrine tumor progression 2025-May-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60028-5 PMID:40442104	研究论文	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析垂体神经内分泌肿瘤的异质性和免疫微环境重塑	整合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了垂体神经内分泌肿瘤的肿瘤异质性和免疫微环境的重塑机制，特别是SPP1+肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤侵袭中的作用	样本量相对有限（57个组织样本），且研究结果需要进一步的实验验证	探究垂体神经内分泌肿瘤的异质性和免疫微环境重塑机制	垂体神经内分泌肿瘤（PitNETs）	数字病理学	垂体神经内分泌肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据，空间转录组数据	57个组织样本，超过177,000个细胞和35,000个spots
827	2025-06-03	Identification of predictors for bacterial meningitis diagnosis based on transcriptomics and genetic analysis 2025-May-30, AMB Express IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s13568-025-01893-7 PMID:40445403	研究论文	本研究通过转录组学和遗传分析识别细菌性脑膜炎（BM）的诊断预测因子	识别了RNF144B和FYN作为BM的风险和保护基因，并探索了它们在疾病不同阶段的表达趋势及其与特定免疫细胞的关联	未提及样本量及具体实验设计的局限性	改善细菌性脑膜炎的诊断和治疗	细菌性脑膜炎患者的免疫相关基因和免疫细胞	转录组学	细菌性脑膜炎	单细胞RNA测序、基因集富集分析、伪时间分析、孟德尔随机化、差异基因表达分析、共表达网络分析	NA	转录组数据	NA
828	2025-06-03	Development of an immune scoring system based on exosome-related gene expression for prognosis and treatment response prediction in breast cancer 2025-May-30, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02702-0 PMID:40445462	研究论文	基于外泌体相关基因表达开发免疫评分系统，用于乳腺癌预后和治疗反应预测	首次利用外泌体相关基因表达构建免疫评分系统，并验证其在预测乳腺癌患者预后和治疗反应中的有效性	研究样本量未明确说明，且需要进一步临床验证	开发基于外泌体相关基因表达的免疫评分系统，用于乳腺癌预后和治疗反应预测	乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫印迹	机器学习模型	基因表达数据	多个数据集（具体数量未说明）
829	2025-06-01	Single-cell sequencing atlas construction for tracheobronchial adenoid cystic carcinoma 2025-May-30, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06622-z PMID:40448199	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
830	2025-06-03	Single-cell transcriptome analysis revealed critical causative candidates for Down syndrome-related lung diseases 2025-May-30, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.05.009 PMID:40451386	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了唐氏综合征相关肺部疾病的关键致病候选因素	使用Dp16小鼠模型和单细胞转录组分析，首次揭示了APP相关相互作用增加、MHC-II信号增强等与唐氏综合征肺部疾病相关的分子机制	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探索21号染色体三体如何导致唐氏综合征相关肺部疾病	Dp16小鼠模型（含有人类21号染色体同源区域的鼠16号染色体片段重复）	基因组学	唐氏综合征相关肺部疾病	scRNA-seq（单细胞转录组测序）、组织免疫荧光评估、经胸超声心动图	Dp16小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明具体数量，但包括雄性和雌性Dp16小鼠的肺细胞
831	2025-06-03	Preterm birth increases susceptibility to hyperglycemia induced glomerular alterations in male mice 2025-May-29, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-00103-5 PMID:40442182	research paper	该研究探讨了早产对高血糖诱导的肾小球改变的易感性增加的影响	首次研究了早产对糖尿病肾病（DKD）进展的影响，揭示了早产如何增加高血糖诱导的肾小球和肾小管损伤的易感性	研究仅针对雄性小鼠，未涉及雌性小鼠或人类样本	确定早产对高血糖暴露后肾脏健康的影响	早产和足月出生的CD-1小鼠	生物医学研究	糖尿病肾病	组织学、分子生物学、成像技术和单细胞RNA测序	NA	分子数据、图像数据和基因表达数据	早产和足月出生的CD-1小鼠
832	2025-06-03	TCF7 enhances pulmonary hypertension by boosting stressed natural killer cells and their interaction with pulmonary arterial smooth muscle cells 2025-May-29, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-025-03276-9 PMID:40442690	研究论文	本文研究了TCF7在肺动脉高压（PH）中的作用机制，特别是其对自然杀伤（NK）细胞应激状态及其与肺动脉平滑肌细胞（hPASMCs）相互作用的调控	揭示了TCF7通过上调应激NK细胞及其分泌的SPP1促进hPASMCs增殖和迁移的新机制	研究主要基于动物模型和体外实验，人类样本的验证仍需进一步研究	阐明TCF7在肺动脉高压免疫病理中的作用机制	自然杀伤细胞（NK细胞）和肺动脉平滑肌细胞（hPASMCs）	免疫病理学	肺动脉高压	单细胞RNA测序、腺相关病毒（AAV6）气管内递送	Tcf7条件性敲除小鼠、TCF7过表达大鼠模型	RNA测序数据、蛋白质水平数据	人类PAH患者和MCT诱导的PH大鼠模型的肺组织样本、NK92细胞系和原代hPASMCs
833	2025-06-03	Atherosclerosis enhances the efficacy of liposome-encapsulated bromocriptine in reducing the incidence of prolactinemia in pituitary tumors 2025-May-29, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03465-0 PMID:40442804	研究论文	本研究探讨了动脉粥样硬化如何增强脂质体包裹的溴隐亭在减少垂体肿瘤患者高泌乳素血症发生率中的疗效	首次报道了利用动脉粥样硬化小鼠模型中血脑屏障的改变来增强纳米颗粒介导的溴隐亭递送至下丘脑的策略，用于治疗高泌乳素血症的泌乳素瘤	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行广泛验证	探索动脉粥样硬化对溴隐亭治疗泌乳素瘤效果的影响	泌乳素瘤患者和动脉粥样硬化小鼠模型	数字病理学	垂体肿瘤	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
834	2025-06-03	Single-cell RNA sequencing reveals the role of GTF2F2 in ovarian cancer oncogenesis and progression 2025-May-29, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-025-01686-3 PMID:40442848	研究论文	通过单细胞RNA测序研究卵巢癌恶性上皮细胞的异质性，并探讨GTF2F2在卵巢癌发生和进展中的作用	识别了三种主要的恶性上皮细胞亚群，构建了基于UBE2C+上皮亚群的风险评分模型，并验证了GTF2F2在卵巢癌进展中的关键作用	研究仅基于单细胞RNA测序数据，未涉及其他组学数据验证	探究卵巢癌恶性上皮细胞的异质性及其对治疗和预后的影响	卵巢癌恶性上皮细胞	数字病理	卵巢癌	单细胞RNA测序	LASSO和多变量Cox回归模型	RNA测序数据	卵巢癌细胞系(ES-2)
835	2025-06-03	Single-cell and spatial transcriptomics reveal the pathogenesis of chronic granulomatous disease in a natural model 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115612 PMID:40272982	研究论文	通过单细胞和空间转录组学揭示慢性肉芽肿病在自然模型中的发病机制	建立了通过环境控制自然发生的慢性肉芽肿病模型，并揭示了肉芽肿形成的机制及潜在的治疗干预措施	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	研究慢性肉芽肿病的发病机制及治疗干预	Ncf2小鼠模型	数字病理学	慢性肉芽肿病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	Ncf2小鼠模型
836	2025-06-03	Pathological α-synuclein dysregulates epitranscriptomic writer METTL3 to drive neuroinflammation in microglia 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115618 PMID:40279247	研究论文	本文研究了m6A甲基转移酶复合物中的METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的作用	揭示了METTL3在α-突触核蛋白和锰诱导的神经炎症中的新作用机制，特别是在小胶质细胞中的亚细胞定位和功能	研究主要基于体外和动物模型，人类组织样本的验证仍需进一步扩大	探究m6A RNA修饰在神经退行性疾病中的作用机制	人类小胶质细胞、星形胶质细胞、阿尔茨海默病、帕金森病和路易体痴呆患者的死后组织	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据、组织样本	人类死后组织样本（AD、PD、DLB患者）和体外细胞模型
837	2025-06-03	Meningeal-derived retinoic acid regulates neurogenesis via suppression of Notch and Sox2 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115637 PMID:40310723	研究论文	研究脑膜来源的视黄酸（RA）如何通过抑制Notch和Sox2通路调控神经发生	揭示了脑膜来源的RA通过抑制Notch信号通路促进神经发生的新机制	研究主要基于Foxc1突变胚胎模型，可能不完全反映正常生理条件下的机制	探究脑膜来源的RA在端脑神经前体细胞中调控神经发生的分子机制	Foxc1突变胚胎的端脑神经前体细胞	神经科学	神经发育障碍	空间转录组学、RARα DNA结合分析、子宫内电穿孔	Foxc1突变胚胎模型	基因表达数据	NA
838	2025-06-03	Universal fibroblasts across tissues can differentiate into niche cells for hematopoietic stem cells 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115620 PMID:40315055	研究论文	本文证明了存在于所有组织中的通用成纤维细胞可以分化为造血干细胞（HSC）的特定微环境细胞	首次提供了直接证据，证明通用成纤维细胞可以在远距离位置分化为特定微环境细胞	NA	探索通用成纤维细胞是否具有分化为特定组织成纤维细胞的潜力	造血干细胞及其微环境细胞	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自肺、结肠和肌肉的CD248通用成纤维细胞
839	2025-06-03	A retinoic acid:YAP1 signaling axis controls atrial lineage commitment 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115687 PMID:40343798	research paper	该研究揭示了视黄酸（RA）信号通过YAP1调控心房谱系基因表达和心房细胞命运决定的机制	首次发现Hippo效应因子YAP1与TEAD4整合于心房转录因子增强子网络，并揭示YAP1在RA诱导的心房谱系决定中的关键作用	研究主要基于hESC来源的心脏祖细胞和小鼠胚胎模型，在人类原代细胞中的验证仍需进一步研究	阐明视黄酸信号调控心房谱系决定的分子机制	人类胚胎干细胞来源的心脏祖细胞（hESC-CPCs）和小鼠胚胎第二心区CPCs	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, snATAC-seq	hESC-derived patterned heart organoids	单细胞转录组数据，染色质可及性数据	未明确样本量（使用hESC-CPCs和小鼠胚胎模型）
840	2025-06-03	Multitissue single-cell analysis reveals differential cellular and molecular sensitivity between fructose and high-fat high-sucrose diets 2025-May-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115690 PMID:40349341	研究论文	通过多组织单细胞分析揭示了果糖和高脂高蔗糖饮食在细胞和分子敏感性上的差异	首次在多个组织中比较了高脂高蔗糖饮食和果糖饮食对细胞类型和分子网络的差异影响，并发现mt-Rnr2作为共同调节因子	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	阐明不同饮食诱导代谢综合征的细胞和分子机制	小鼠的下丘脑、肝脏、脂肪组织和小肠	单细胞测序	代谢综合征	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个小鼠组织的单细胞数据