单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-09-21	OPIOID-EXPRESSING B CELLS SILENCE TUMOR-INFILTRATING NOCICEPTOR NEURONS 2025-Sep-03, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-7389517/v1 PMID:40951290	研究论文	研究揭示了在头颈鳞状细胞癌和黑色素瘤中，表达阿片肽的B细胞通过调节伤害感受神经元影响抗肿瘤免疫和疼痛机制	首次发现B细胞是内源性阿片肽N/OFQ的主要来源，并阐明其通过OPRL1受体调节肿瘤免疫微环境和疼痛感知的双重作用	研究主要基于小鼠模型和回顾性临床数据分析，人类样本验证和临床转化仍需进一步研究	探究伤害感受神经元与免疫细胞在肿瘤微环境中的相互作用机制	头颈鳞状细胞癌(HNSCC)、黑色素瘤患者和小鼠模型	肿瘤免疫学	头颈癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序、药理学阻断、细胞共培养	NA	基因表达数据、临床数据、行为学数据	临床回顾性分析数据和小鼠肿瘤模型
822	2025-09-21	Integrative genomics elucidates the evolutionary, temporal, and developmental origins of a hydrocephalus risk gene 2025-Sep-02, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.09.01.25334358 PMID:40950474	研究论文	本研究通过整合基因组学方法揭示了MAEL基因在脑积水风险中的进化起源、时间表达模式和发育谱系特异性	首次在人类特异性基因层面鉴定MAEL的进化地位，并通过单细胞测序验证其在脑积水组织中的表达降低	MAEL基因在常用模式生物中序列同源性低于50%，限制了体外和体内机制研究的直接转化	阐明MAEL基因在脑积水发病机制中的进化、时间和发育表达特征	人类新生儿大脑组织，特别是皮质兴奋性神经元	基因组学	脑积水	scRNA-seq, 整合基因组学分析	NA	RNA测序数据，基因组数据	49个脑区样本（来自人类大脑发育图谱）及手术获取的原代脑积水脑组织
823	2025-09-21	Exploring mechanisms of britannin against colorectal cancer based on experimentally validated network pharmacology 2025-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-03995-2 PMID:40080155	研究论文	本研究基于实验验证的网络药理学探索了britannin抗结直肠癌的作用机制	结合网络药理学与单细胞RNA测序技术，首次系统揭示britannin通过抑制PI3K-Akt通路和调节巨噬细胞极化发挥抗CRC作用	机制研究仍处于探索阶段，需要进一步验证具体信号通路的相互作用	阐明britannin治疗结直肠癌的分子机制	结直肠癌细胞和肿瘤微环境（特别是巨噬细胞和内皮细胞）	网络药理学	结直肠癌	网络药理学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)、CIBERSORT分析、体内外实验验证	NA	基因表达数据、实验数据	涉及36个britannin相关基因，多种细胞类型（肿瘤细胞、巨噬细胞、内皮细胞）
824	2025-09-21	Mapping molecular landscapes in triple-negative breast cancer: insights from spatial transcriptomics 2025-Sep, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-04057-3 PMID:40119898	综述	本文综述了空间转录组学在三阴性乳腺癌肿瘤微环境研究中的应用与进展	利用空间转录组学技术解析TNBC的空间异质性、免疫逃逸机制和种族差异，并结合人工智能进行空间分析	需要进一步发展ST技术、计算工具和多中心合作以实现临床常规应用	探讨空间转录组学在三阴性乳腺癌研究中的应用价值	三阴性乳腺癌肿瘤微环境	数字病理学	乳腺癌	空间转录组学(ST), 蛋白质组学, 成像质谱流式细胞术	AI-based spatial analysis	空间转录组数据, 蛋白质组数据, 影像数据	NA
825	2025-09-21	Anti-Peptidylarginine Deiminase 4 Autoantibodies Derived From Patients With Rheumatoid Arthritis Exert Pathogenic Effects by Activating Monocytes and Exacerbating Inflammatory Arthritis 2025-Sep, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.43168 PMID:40176290	研究论文	本研究探讨了类风湿关节炎患者来源的抗PAD4自身抗体通过激活单核细胞和加剧炎症性关节炎的致病机制	首次揭示抗PAD4抗体通过特异性结合单核细胞触发炎症级联反应，促进T细胞活化和滑膜成纤维细胞炎症表型诱导	研究主要基于胶原诱导关节炎小鼠模型和体外实验，人类体内直接证据尚待进一步验证	阐明抗PAD4自身抗体在类风湿关节炎发病机制中的具体作用途径	类风湿关节炎患者来源的抗PAD4单克隆抗体、胶原诱导关节炎小鼠模型、人类单核细胞和滑膜成纤维细胞	免疫学	类风湿关节炎	单细胞RNA测序、体外细胞培养、单克隆抗体技术	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞实验数据	使用类风湿关节炎患者来源的抗体和小鼠模型，具体样本量未明确说明
826	2025-09-21	Single-cell epigenetics and multiomics analysis in kidney research 2025-Sep, Clinical and experimental nephrology IF:2.2Q2 DOI:10.1007/s10157-025-02679-8 PMID:40281349	综述	本文综述了单细胞表观遗传学和多组学分析在肾脏研究中的应用与进展	整合表观基因组和转录组的单细胞多组学分析，揭示驱动细胞异质性的基因调控机制	NA	概述单细胞测序技术及其在肾脏研究中的应用，促进新生物标志物和治疗靶点的发现	健康与疾病状态下的肾脏细胞	生物信息学	肾脏疾病	单细胞测序，多组学分析	NA	表观基因组数据，转录组数据	NA
827	2025-09-21	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Sep, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	评估临床来源人类组织空间转录组学的严谨性和可重复性，并比较不同平台性能	首次系统评估数字空间分析技术在真实临床样本中的技术性能，并比较多细胞与单细胞分辨率方法的优缺点	主要关注肾脏组织，可能不直接适用于其他器官或疾病类型	验证空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用可行性	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	数字病理学	肾脏疾病	空间转录组学，数字空间分析，单分子成像	NA	基因表达空间数据	临床人类肾脏组织和活检样本
828	2025-09-21	Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model: Integrating Single-Cell and Spatial Transcriptome Analysis With Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer 2025-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805 PMID:40473111	研究论文	本研究开发了一种结合单细胞转录组、空间转录组和病理图像的多组学深度学习模型，用于预测结直肠癌肝转移风险	首次发现并鉴定肝转移触发恶性细胞(LMTMCs)，建立了基于多组学细胞通讯分析和弱监督深度学习的肝转移预测模型	模型在外部验证集中的表现存在差异(AUC 0.72-0.89)，需要进一步验证和优化	提高结直肠癌肝转移风险的早期识别和预测能力	结直肠癌患者及其肝转移样本	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序、空间转录组分析、批量RNA测序	ResNet18、弱监督学习	全切片图像、转录组数据	TCGA-CRC内部测试集及两个外部独立验证队列（西南医科大学附属医院和附属中医医院队列）
829	2025-09-21	High-Dimensional Analysis of Type 2 Lymphocyte Dynamics During Mepolizumab or Dupilumab Treatment in Severe Asthma 2025-Sep, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16633 PMID:40566935	研究论文	本研究通过高维流式细胞术和单细胞RNA测序分析美泊利单抗和杜匹鲁单抗治疗对重症哮喘患者2型淋巴细胞动态的影响	首次揭示美泊利单抗治疗通过改变2型淋巴细胞的组织归巢受体表达和细胞因子产生能力，可能重新定向炎症细胞远离气道的新机制	样本量较小（特别是杜匹鲁单抗组仅7例患者），单细胞测序样本量有限（n=3）	探究2型生物制剂对重症哮喘患者循环淋巴细胞的影响机制	40例重症哮喘患者（美泊利单抗33例，杜匹鲁单抗7例）	免疫学	哮喘	高参数流式细胞术，单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞刺激实验	NA	流式细胞数据，单细胞转录组数据	40例患者（33例美泊利单抗治疗，7例杜匹鲁单抗治疗），其中3例进行单细胞测序，3例进行细胞刺激实验
830	2025-09-21	Epithelial Lining Fluid Cystatin SN is a Noninvasive Biomarker for Predicting Type 2 Chronic Rhinosinusitis 2025-Sep, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.16652 PMID:40689541	研究论文	本研究识别并验证了上皮衬液中的半胱氨酸蛋白酶抑制剂SN作为预测2型慢性鼻窦炎的非侵入性生物标志物	首次发现CST1基因在2型慢性鼻窦炎上皮细胞中特异性表达，并证实ELF中半胱氨酸蛋白酶抑制剂SN水平与T2炎症高度相关且预测准确性优于现有标志物	NA	识别用于2型慢性鼻窦炎内型分型的非侵入性生物标志物以促进个性化治疗	慢性鼻窦炎患者和对照个体的鼻组织和上皮衬液样本	生物标志物研究	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、Luminex多重检测、酶联免疫吸附测定（ELISA）、免疫荧光染色	NA	基因表达数据、蛋白质浓度数据、临床评分数据	慢性鼻窦炎患者和对照个体（具体数量未在摘要中说明）
831	2025-09-21	Dopaminergic short axon cells integrate sensory and top-down inputs to enhance discriminative learning in the mouse olfactory bulb 2025-Sep, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3003375 PMID:40956809	研究论文	研究揭示了小鼠嗅球中多巴胺能短轴突细胞通过整合感觉和自上而下输入来增强嗅觉辨别学习的神经环路机制	首次发现多巴胺能短轴突细胞作为中枢枢纽整合感觉输入和自上而下信号，通过基于奖励价态的突触可塑性增强感觉辨别能力	研究局限于小鼠模型，尚未在其它物种或更复杂行为情境中验证	探索嗅觉辨别学习中神经机制，特别是感觉输入选择性增强的细胞基础	小鼠嗅球多巴胺能短轴突细胞及其神经环路	神经科学	NA	光学成像、空间转录组学、电子显微镜	NA	神经成像数据、基因表达数据、超微结构数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
832	2025-09-21	Single-cell sequencing analysis reveals the promotion of ELR CXCL genes on angiogenesis and the influence on malignant progression in glioblastoma 2025-Sep-01, Journal of clinical biochemistry and nutrition IF:2.0Q3 DOI:10.3164/jcbn.25-26 PMID:40963732	研究论文	通过单细胞测序分析揭示ELR CXCL基因在胶质母细胞瘤中促进血管生成并影响恶性进展的作用	首次在胶质母细胞瘤的骨髓来源巨噬细胞亚群中发现ELR CXCL基因的特异性过表达，并验证CXCL3通过促进血管生成驱动肿瘤恶性进展	研究主要基于公共数据库数据和体外实验，缺乏体内模型验证和临床样本的直接证据	探究胶质母细胞瘤微环境中髓系细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用机制	胶质母细胞瘤细胞、骨髓来源巨噬细胞(BMDMs)和内皮细胞	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞测序、qRT-PCR、血管生成实验、CCK-8、集落形成实验、Transwell实验、流式细胞术	NA	单细胞基因表达数据、实验数据	来自GEO数据库的单细胞测序数据集（具体样本量未明确说明）
833	2025-09-21	Enhanced hematopoietic stem cell self-renewal and engraftment through human lung exosomal communication 2025-Aug-11, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2025.08.020 PMID:40798884	研究论文	研究发现肺细胞通过外泌体通讯显著增强造血干细胞自我更新和移植能力	首次揭示肺细胞通过外泌体调控造血干细胞稳态，突破传统骨髓微环境独占调控的认知	研究主要基于实验模型，临床转化效果仍需进一步验证	探究肺细胞外泌体对造血干细胞功能的调控机制	人造血干细胞和肺小气道上皮细胞	细胞生物学	血液系统疾病（镰状细胞病和骨髓衰竭）	单细胞外泌体追踪、单细胞RNA测序、外泌体miRNA分析、蛋白质组学	NA	单细胞测序数据、miRNA数据、蛋白质数据	NA（未明确样本数量，但涉及原代细胞和移植实验）
834	2025-09-21	Overexpression of high affinity Type I adenosine receptors promotes the growth of uterine leiomyomas 2025-Jul-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf025 PMID:40489662	研究论文	本研究探讨了子宫肌瘤中高亲和力A1型腺苷受体（ADORA1）的过表达及其通过调控AKT1信号通路促进肿瘤生长的机制	首次在组织标本和单细胞转录组数据中系统证实ADORA1在子宫肌瘤中的过表达，并揭示其通过cAMP和AKT1信号通路影响细胞增殖的新机制	NA	阐明细胞外腺苷水平改变促进子宫肌瘤生长的分子机制	子宫肌瘤和平滑肌组织的匹配标本及原代培养细胞	分子病理学	子宫肌瘤	RT-qPCR, western blot, 免疫组化, 单细胞转录组学, siRNA干扰	NA	基因表达数据, 蛋白质数据, 单细胞转录组数据	来自匹配子宫肌层和肌瘤组织的系列标本及原代培养细胞
835	2025-09-21	The immune checkpoint regulator CD40 potentiates myocardial inflammation 2025-Apr, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00633-1 PMID:40217124	研究论文	本研究揭示CD40激动剂通过激活CCR2巨噬细胞和招募CD8 T细胞促进心肌炎症的机制	首次发现CD40激动剂通过CCR2巨噬细胞与CD8 T细胞的正反馈环路驱动心肌炎症，并证明其会加速心室重构	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究CD40激动剂对心肌炎症的潜在影响及机制	遗传修饰小鼠模型的心脏免疫微环境	免疫学	心血管疾病	单细胞测序、细胞清除实验、遗传小鼠模型	NA	基因组数据、细胞表型数据	NA（未明确样本数量，但使用多组遗传小鼠模型）
836	2025-09-21	Dnmt3a-mediated hypermethylation of FoxO3 promotes redox imbalance during osteoclastogenesis 2025-Mar-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2418023122 PMID:40106360	研究论文	本研究揭示了Dnmt3a介导的FoxO3启动子高甲基化通过促进氧化还原失衡加剧破骨细胞生成和骨质疏松的机制	首次发现Dnmt3a通过调控FoxO3启动子甲基化影响氧化还原平衡，而非通过RANK-TRAF6解离途径调控破骨细胞生成	NA	探究FoxO3在破骨细胞生成和骨质疏松中的作用及表观遗传调控机制	人股骨头样本、Lysm-Cre;FoxO3 OVX小鼠模型	表观遗传学	骨质疏松症	scRNA-seq、基因敲低	NA	单细胞RNA测序数据、体内实验数据	NA
837	2025-09-21	Machine learning predictions from unpredictable chaos 2025-Mar-19, ArXiv PMID:40166748	研究论文	提出了一种名为混沌学习的新型多尺度拓扑范式，能够从混沌系统中实现准确预测	首次引入混沌学习范式，通过多尺度拓扑拉普拉斯算子将现实世界数据嵌入混沌系统并实现定量预测	NA	探索混沌系统的可预测性并开发新的预测方法	混沌动力系统（洛伦兹和罗斯勒吸引子）及多类别现实世界数据集	机器学习	NA	单细胞RNA测序	混沌学习范式	脑电波、蛋白质数据、单细胞RNA测序数据、图像数据	28个数据集（10个脑电波、4个蛋白质数据集、13个单细胞RNA测序数据集、1个图像数据集）
838	2025-09-21	scBSP: A fast and accurate tool for identifying spatially variable features from high-resolution spatial omics data 2025-Feb-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.02.636138 PMID:39974940	研究论文	介绍了一个名为scBSP的开源工具，用于高效识别高分辨率空间组学数据中的空间可变特征	利用稀疏矩阵运算显著提升计算效率，支持处理数百万细胞规模的二维和三维数据，是目前处理此类数据最快的工具	NA	开发快速准确识别空间组学数据中空间可变特征的计算方法	高分辨率空间组学数据	生物信息学	肾脏疾病	空间转录组学，10x Xenium	NA	空间组学数据	181,367个位点和19,950个基因的高清空间转录组数据
839	2025-09-21	Single Cell Transcriptome Signatures of Sarcoidosis in Lung Immune Cell Populations 2025-Jan-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.20.633917 PMID:39896662	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肺免疫细胞，揭示了结节病相关的细胞组成、基因表达模式和细胞间互作变化	首次在结节病中鉴定出五种巨噬细胞亚群并揭示其特异性基因表达谱，以及疾病进展相关的细胞互作差异	样本量相对有限（16例患者和14例对照），且仅基于BAL细胞分析	识别与结节病风险和进展相关的细胞特异性分子变化	结节病患者（进行性和非进行性）和健康对照的支气管肺泡灌洗（BAL）细胞	单细胞转录组学	结节病	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	Seurat聚类分析，CellChat细胞通讯分析	单细胞基因表达数据	16例结节病患者（8例进行性，8例非进行性）和14例健康对照
840	2025-09-21	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	研究论文	本研究探讨HBP1在急性胰腺炎和胰腺肿瘤进展中的双重作用	首次揭示HBP1在胰腺炎中具有保护作用但在致癌KRAS存在时促进肿瘤进展的双重功能	研究主要基于小鼠模型和细胞实验，人类样本验证相对有限	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的功能作用	人类胰腺炎样本、小鼠急性胰腺炎模型、胰腺特异性HBP1敲除小鼠、人胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	NA	基因表达数据、蛋白质数据、组织图像数据	人类胰腺炎样本、基因工程小鼠模型、细胞系