单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-05-30	Dynamic heterogeneity towards drug resistance in AML cells is primarily driven by epigenomic mechanism unveiled by multi-omics analysis 2025-May-21, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2025.05.038 PMID:40409464	研究论文	通过多组学分析揭示急性髓系白血病（AML）细胞耐药性的动态异质性主要由表观基因组机制驱动	开发了一种新型多重scRNA-seq策略NAMUL-seq，提高了单细胞转录组研究的效率和可扩展性，并揭示了AML细胞耐药性主要由表观基因组机制而非基因突变驱动	研究仅使用了AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60），未涉及原代细胞或体内模型	阐明AML细胞耐药性的细胞和分子机制	AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）	多组学分析	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、染色质可及性分析（scATAC-seq）、DNA甲基化分析、全外显子测序（WES）	NA	单细胞转录组数据、表观基因组数据、外显子数据	三种AML细胞系（KG-1a、Kasumi-1和HL-60）
822	2025-05-30	Deciphering the regulatory networks of human male germline development from embryo to adulthood 2025-May-21, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2025.167918 PMID:40409516	research paper	该研究通过整合92,488个人类睾丸细胞，构建了从六周胚胎到老年男性的全面男性生殖细胞图谱，揭示了男性生殖细胞发育的调控网络	揭示了WNT6-FZD3/LRP6-JUN/MYC信号轴在未分化精原细胞前体调控网络重构中的作用，并发现JUN和MYC可能是抑制精原细胞分化的核心转录因子	研究主要基于单细胞RNA测序数据，缺乏功能验证实验	解析人类男性生殖细胞从胚胎到成年的发育调控网络	人类睾丸细胞（从六周胚胎到老年男性）	生殖生物学	男性不育症（特发性非梗阻性无精症）	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	92,488个人类睾丸细胞
823	2025-05-30	Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours 2025-May-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08952-w PMID:40335695	research paper	该研究揭示了大脑蓝斑核（LC）周围异质性GABA能神经元在调节觉醒和探索行为中的作用	首次识别并描述了LC周围转录、空间和功能多样的GABA能神经元群体，这些神经元通过调节LC放电模式来控制全局觉醒水平和相关行为	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性尚需进一步验证	探索局部神经调节输入如何控制LC功能及其在觉醒和行为调节中的作用	小鼠大脑蓝斑核（LC）及其周围神经元	神经科学	神经精神疾病	病毒追踪、单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	基因表达数据、神经电生理数据	NA
824	2025-05-30	Construction of a deep learning model and identification of the pivotal characteristics of FGF7- and MGST1- positive fibroblasts in heart failure post-myocardial infarction 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143171 PMID:40258553	research paper	该研究构建了一个深度学习模型，并鉴定了心肌梗死后心力衰竭（post-MI HF）中FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞的关键特征	发现了FGF7MGST1成纤维细胞在post-MI HF中的下调，并通过机器学习算法鉴定了17个特征基因，构建了预测心力衰竭的深度学习模型	成纤维细胞在正常心脏组织和心力衰竭组织中的异质性仍需进一步研究	探究心肌梗死后心力衰竭中成纤维细胞的功能失调及其关键特征	FGF7-和MGST1-阳性成纤维细胞	digital pathology	cardiovascular disease	scRNA-seq, qRT-PCR, mendelian randomization analysis	deep learning model	single-cell RNA sequencing data, gene expression data	NA
825	2025-05-30	Neurotrophin-3/chitosan inhibits cuproptosis-related genes to enable functional recovery after spinal cord injury 2025-May, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143403 PMID:40268016	research paper	本研究探讨了铜死亡相关基因(CRGs)在脊髓损伤(SCI)中的调控机制，并探索了负载神经营养因子-3(NT3)的壳聚糖在促进功能恢复中的治疗潜力	首次发现四个关键CRGs (Atp7a, Cp, Loxl2, 和 Pde3b)和三个关键转录因子(C/EBPα, Stat6, 和 Runx1)在SCI后上调，促进铜死亡和神经炎症，并证明NT3负载壳聚糖能显著抑制CRG表达并增强功能恢复	需要在更大的队列中验证这些发现，并探索NT3负载壳聚糖调节CRG表达的详细机制	研究SCI中CRGs的调控机制及NT3负载壳聚糖的治疗潜力	小鼠脊髓组织	神经科学	脊髓损伤	bulk RNA-seq, scRNA-seq, 分子对接分析	动物模型, 机器学习	RNA-seq数据	NA
826	2025-05-30	Role of Galactosylceramide Metabolism in Satellite Glial Cell Dysfunction and Neuron-Glia Interactions in Painful Diabetic Peripheral Neuropathy 2025-03-07, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells14060393 PMID:40136642	research paper	本研究探讨了半乳糖神经酰胺（GalCer）在糖尿病周围神经病变（DPN）进展过程中卫星胶质细胞（SGCs）功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的作用	首次揭示了GalCer代谢在SGC功能障碍和神经元-胶质细胞相互作用中的核心作用，并识别出GalCer代谢作为潜在治疗靶点	研究仅基于大鼠模型，尚未在人类样本中验证	探究GalCer在糖尿病周围神经病变（DPN）进展中的作用机制	卫星胶质细胞（SGCs）和神经元-胶质细胞相互作用	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、靶向质谱分析和免疫荧光分析	大鼠模型	RNA测序数据、质谱数据和图像数据	NA
827	2025-05-30	Multihormone-producing capabilities of normal pancreatic islet cells-spatial transcriptomics analysis using Xenium 2025, Biomedical research (Tokyo, Japan) DOI:10.2220/biomedres.46.129 PMID:40436764	research paper	本研究通过空间转录组学分析探讨了成人胰岛细胞是否具有同时产生多种胰腺激素的能力	首次使用Xenium技术进行空间转录组学分析，揭示了成人胰岛细胞可能具有同时产生多种胰腺激素的基因表达能力	样本量较小，仅来自3名胰腺肿瘤患者的11个胰岛组织	阐明成人胰岛细胞是否具有同时产生多种胰腺激素的基因表达能力	成人胰岛细胞	空间转录组学	胰腺肿瘤	Xenium空间转录组学分析	NA	基因转录数据	3名患者的11个胰岛组织中的773个胰岛细胞
828	2025-05-29	Impact of HLA alloimmunization on clinical outcomes of severe aplastic anemia treated with immunosuppressive therapy 2025-Jun-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024015301 PMID:40085951	research paper	该研究探讨了HLA同种免疫对接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者临床结果的影响	首次在大型iAA患者队列中研究了HLA同种免疫的临床相关性，并发现其与疾病预后相关	研究样本量有限，且来自特定临床试验队列	评估HLA同种免疫对iAA患者临床结局的影响	444名接受免疫抑制治疗的严重再生障碍性贫血患者	血液病学	再生障碍性贫血	单细胞RNA测序	NA	临床数据和RNA测序数据	444名患者（其中99名存在HLA同种免疫）
829	2025-05-29	Decellularised Amniotic Membrane for the Neurogenic Expression of Human Mesenchymal Stem Cells 2025-Jun, Journal of biomedical materials research. Part B, Applied biomaterials DOI:10.1002/jbm.b.35588 PMID:40424302	研究论文	研究脱细胞羊膜（DAM）对人间充质干细胞（hMSCs）神经分化的诱导作用，以促进周围神经病变的神经再生	使用DAM诱导hMSCs神经分化，并通过空间转录组测序和网络药理学分析揭示其促进神经修复的机制	未提及具体样本量及实验设计的详细局限性	探究DAM在神经再生中的作用及其潜在治疗应用	人间充质干细胞（hMSCs）和脱细胞羊膜（DAM）	再生医学	周围神经病变	空间转录组测序、免疫荧光染色、网络药理学分析	NA	基因表达数据、细胞图像数据	NA
830	2025-05-29	Targeting Ferroptosis Alleviates Pulmonary Arterial Hypertension, Insights from Transcriptomic and Experimental Analyses 2025-May-28, Advanced biology IF:3.2Q3 DOI:10.1002/adbi.202500001 PMID:40432432	研究论文	本研究探讨了铁死亡在肺动脉高压（PAH）发展中的作用及其分子机制，并通过转录组和实验分析验证了靶向铁死亡对PAH的治疗潜力	首次揭示了铁死亡在PAH内皮细胞损伤和血管重塑中的关键作用，并发现HIF1α信号在铁死亡诱导中的重要性	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本验证有限	探究铁死亡在PAH发病机制中的作用并开发潜在治疗策略	肺动脉高压（PAH）患者和小鼠模型	分子病理学	肺动脉高压	转录组测序、单细胞RNA测序	PAH小鼠模型（缺氧+SU5416诱导）	基因表达数据、组织学数据	未明确说明患者样本量，使用小鼠模型进行实验
831	2025-05-29	Immunotyping the Tumor Microenvironment Reveals Molecular Heterogeneity for Personalized Immunotherapy in Cancer 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417593 PMID:40433880	research paper	开发了一种名为TMEclassifier的机器学习工具，用于将肿瘤微环境（TME）分类为三种亚型，以指导个性化免疫治疗	首次提出了一种高度可访问、高通量的方法来定义肿瘤微环境的异质性，并通过机器学习工具TMEclassifier对癌症进行分类	虽然在小鼠模型和前瞻性胃癌队列中验证了TMEclassifier的预测能力，但还需要在更广泛的癌症类型和更大样本中进行验证	研究肿瘤微环境的异质性，以指导个性化免疫治疗策略	肿瘤微环境（TME）及其在癌症免疫治疗中的作用	machine learning	cancer	bulk RNA sequencing, single-cell RNA sequencing	machine-learning tool (TMEclassifier)	RNA sequencing data	前瞻性胃癌队列（TIMES-001）及其他多样本队列
832	2025-05-29	Blood Biomarker-Based Predictive Indicator for Liver Metastasis in Alpha-Fetoprotein-Producing Gastric Cancer and Multi-Omics Tumor Microenvironment Insights 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503499 PMID:40433893	研究论文	本研究开发了一种基于血液生物标志物的预测指标（ANLiM评分），用于预测甲胎蛋白产生性胃癌（AFPGC）患者的肝转移风险，并通过多组学分析揭示了肝转移AFPGC的免疫抑制性肿瘤微环境特征	结合AFP和中性粒细胞-淋巴细胞比率（NLR）开发了新型预测指标ANLiM评分，并通过单细胞RNA测序等技术首次揭示了AFPGC肝转移的免疫微环境特征	回顾性研究设计可能引入选择偏倚，样本量相对有限（317例）	开发AFPGC肝转移预测工具并探索其肿瘤微环境特征	甲胎蛋白产生性胃癌（AFPGC）患者	肿瘤学	胃癌	全外显子组测序、蛋白质组学分析、单细胞RNA测序、多重免疫荧光	多变量逻辑回归模型、列线图	临床数据、基因组数据、蛋白质组数据、单细胞转录组数据	317例AFPGC患者
833	2025-05-29	Single-Cell Analysis Reveals that Vitamin C Inhibits Bone Metastasis of Renal Cancer via Cell Cycle Arrest and Microenvironment Remodeling 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501011 PMID:40433925	研究论文	本研究通过单细胞分析揭示了维生素C通过细胞周期阻滞和微环境重塑抑制肾癌骨转移的机制	首次使用单细胞RNA测序技术揭示了维生素C在骨转移微环境中的抗肿瘤作用，并提出了维生素C与CXCR2拮抗剂联合治疗的新策略	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体临床试验中验证	探索维生素C抑制肾癌骨转移的分子机制及其治疗潜力	肾癌细胞及其骨转移微环境	肿瘤学	肾癌	单细胞RNA测序	小鼠骨转移模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，使用纤维蛋白凝胶诱导的3D肿瘤球体来源的肾癌细胞
834	2025-05-29	PROS1-MERTK Axis Drives Tumor Microenvironment Crosstalk and Progression in Papillary Thyroid Microcarcinoma 2025-May-28, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202413474 PMID:40433916	research paper	该研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学揭示了PROS1-MERTK轴在甲状腺微小乳头状癌（PTMC）进展中的关键作用	首次揭示了PROS1-MERTK信号通路通过旁分泌和自分泌机制加速PTMC进展，并鉴定出NFYB和FOXP2作为PROS1转录的激活剂	样本量较小（19个手术组织标本），且仅针对PTMC进行研究	探索甲状腺微小乳头状癌（PTMC）进展的分子机制和生物标志物	15名患者的19个手术组织标本，包括癌旁组织、非进展性PTMC、进展性PTMC和进展性PTC	肿瘤生物学	甲状腺癌	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	19个手术组织标本（来自15名患者）
835	2025-05-29	Single-cell targeted transcriptomics reveals subset-specific immune signatures differentiating asymptomatic and cardiac patients with chronic Chagas disease 2025-May-28, The Journal of infectious diseases IF:5.0Q1 DOI:10.1093/infdis/jiaf269 PMID:40434116	研究论文	通过单细胞靶向转录组学揭示了慢性查加斯病无症状患者和心脏病患者亚群特异性免疫特征	首次应用免疫基因靶向单细胞RNA测序技术，揭示了慢性查加斯病不同临床形式患者的免疫细胞亚群特异性基因表达模式	研究仅基于外周血单个核细胞(PBMCs)，未涉及其他组织或更广泛的样本	揭示慢性查加斯病不同临床形式(无症状和心脏病)患者的免疫特征差异	慢性查加斯病患者的外周血单个核细胞(PBMCs)	单细胞转录组学	查加斯病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自无症状(IND)和心脏病(CCC)患者的外周血单个核细胞样本
836	2025-05-29	Circadian Gene BMAL1 Regulation of Cellular Senescence in Thyroid Aging 2025-May-28, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70119 PMID:40434135	研究论文	研究昼夜节律基因BMAL1在甲状腺衰老过程中对细胞衰老的调控作用	揭示了BMAL1基因下调通过抑制NFKBIA表达加速甲状腺细胞衰老和损害激素合成的新机制	NA	探究甲状腺衰老的分子和功能特征及其与甲状腺激素合成的关系	人类甲状腺组织和小鼠模型	分子生物学	甲状腺疾病	scRNA-seq, 转录组测序	甲状腺特异性Bmal1敲除小鼠模型	基因表达数据	年轻、中年和老年组的人类甲状腺组织
837	2025-05-29	Potential of SPHK1 as a prognostic marker and therapeutic target in colorectal cancer: insights from bioinformatics and experimental analysis 2025-May-28, International journal of surgery (London, England) DOI:10.1097/JS9.0000000000002506 PMID:40434736	研究论文	本研究通过生物信息学和实验分析探讨了SPHK1在结直肠癌（CRC）进展中的作用及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	首次系统评估了SPHK1在CRC中的表达模式、分子机制及其与免疫浸润和肿瘤微环境的关联	样本量相对较小（90对CRC和正常组织），且主要依赖公共数据库数据	探究SPHK1在CRC进展中的分子机制及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力	结直肠癌组织和细胞系	生物信息学与肿瘤学	结直肠癌	多组学分析、单细胞RNA测序、孟德尔随机化（MR）、多重荧光免疫组化	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质表达数据	90对CRC和正常组织样本
838	2025-05-29	Polyamine acetylation mediates crosstalk between cancer cells and myeloid cells to promote mesenchymal/plurimetabolic states in glioblastoma 2025-May-27, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf128 PMID:40424600	研究论文	本研究探讨了多胺乙酰化在胶质母细胞瘤(GBM)中介导癌细胞与髓系细胞间的代谢串扰，促进间充质/多代谢状态的作用	首次揭示了SAT1及其产物N1-乙酰精胺在连接肿瘤细胞与肿瘤相关巨噬细胞/髓系细胞(TAMs)代谢活动中的新作用	研究主要基于体外实验和动物模型，人类临床样本验证仍需进一步研究	探究多胺代谢重编程如何影响GBM亚型分类的恶性细胞内在和微环境依赖的生物学过程	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系	肿瘤代谢	胶质母细胞瘤	液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据	人类和小鼠GBM肿瘤及细胞系(具体数量未明确说明)
839	2025-05-29	Interpretable niche-based cell‒cell communication inference using multi-view graph neural networks 2025-May-27, Nature computational science IF:12.0Q1 DOI:10.1038/s43588-025-00809-6 PMID:40425827	research paper	介绍了一种基于空间转录组学的工具STCase，用于在单细胞/斑点水平推断细胞间通讯事件，并探索细胞亚型	开发了STCase工具，利用可解释的多视图图神经网络通过CCC感知注意力识别细胞类型的生态位，并揭示生态位特异性CCC事件	NA	推断细胞间通讯事件并探索细胞亚型	细胞间通讯(CCC)	生物信息学	口腔鳞状细胞癌	空间转录组学(ST)	多视图图神经网络	空间转录组数据	NA
840	2025-05-29	Integrating AI/ML and multi-omics approaches to investigate the role of TNFRSF10A/TRAILR1 and its potential targets in pancreatic cancer 2025-May-26, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110432 PMID:40424767	研究论文	该研究通过整合AI/ML和多组学方法，探讨了TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在靶点	研究创新性地结合了多组学分析和深度学习驱动的QSAR建模，预测并验证了TNFRSF10A作为胰腺癌的潜在治疗靶点，并发现了具有调节TRAILR1作用的FDA批准药物和天然化合物	研究结果需要在进一步的实验和临床研究中验证	探讨TNFRSF10A/TRAILR1在胰腺癌中的作用及其潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)及其微环境	数字病理学	胰腺癌	多组学分析、单细胞空间转录组学、蛋白质组学、ceRNA网络分析、QSAR建模	SELFormer (基于transformer的深度学习模型)	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA