单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-09-03	HMG Box-containing Protein 1 (HBP1) Protects Against Pancreatic Injury in Acute Pancreatitis but Promotes Neoplastic Progression 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101536 PMID:40404099	研究论文	本研究探讨HBP1在急性胰腺炎和胰腺癌前病变中的双重作用机制	首次揭示HBP1在胰腺炎中具有保护作用但在KRAS突变背景下促进肿瘤进展的双重功能	主要基于小鼠模型研究，人类样本验证仍需扩展	阐明HBP1在胰腺炎发生发展和胰腺肿瘤早期进展中的功能作用	人类胰腺炎样本、小鼠模型和人类胰腺导管上皮细胞	分子病理学	胰腺癌	空间转录组学、多重蛋白检测、组织学分析、免疫染色	条件性基因敲除小鼠模型	组织样本、细胞实验数据	人类胰腺炎样本、基因工程小鼠模型和诱导过表达人类细胞
822	2025-09-03	Randomized Spatial PCA (RASP): a computationally efficient method for dimensionality reduction of high-resolution spatial transcriptomics data 2024-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.12.20.629785 PMID:39763720	研究论文	提出一种名为RASP的计算高效降维方法，用于处理高分辨率空间转录组数据	利用随机化两阶段PCA框架，结合稀疏矩阵运算和可配置空间平滑，实现比现有方法快数个数量级的计算速度	NA	开发高效降维方法以解析空间转录组数据中的组织域结构	人类和小鼠组织的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学技术（10x Visium, Stereo-Seq, MERFISH, 10x Xenium）	PCA	空间基因表达数据	四个公开ST数据集（涉及人类和小鼠组织）
823	2025-09-03	PD-L2 drives resistance to EGFR-TKIs: dynamic changes of the tumor immune environment and targeted therapy 2024-Sep, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-024-01317-2 PMID:38816578	研究论文	本研究揭示PD-L2通过动态改变肿瘤免疫环境驱动EGFR-TKI耐药，并发现天然小分子抑制剂锌十一烯酸盐可逆转耐药	首次发现PD-L2/PD-1信号通路是介导EGFR-TKI耐药的关键驱动因素，并鉴定出新型天然PD-L2抑制剂	研究基于细胞系和同源肿瘤小鼠模型，临床转化效果需进一步验证	探究EGFR-TKI耐药机制并开发靶向治疗策略	EGFR突变肿瘤细胞系和同源肿瘤小鼠	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞测序、体内外功能实验	NA	测序数据、实验数据	细胞系和小鼠模型（具体数量未明确说明）
824	2025-09-03	Prominent role of gut dysbiosis in the pathogenesis of cystic fibrosis-related liver disease in mice 2024-Sep, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2024.03.041 PMID:38554847	研究论文	本研究通过小鼠模型揭示肠道菌群失调在囊性纤维化相关肝病（CFLD）发病机制中的关键作用	首次证明肠道CFTR功能缺陷通过维持病原性微生物群、增加肠道通透性和炎症环境，是CFLD样肝病发展的必要因素	研究基于小鼠模型，人类临床相关性需进一步验证	探究肠-肝轴在CFLD发病机制中的作用	野生型、全身性Cftr敲除和肠道校正CFTR小鼠	疾病机制研究	囊性纤维化相关肝病	单细胞RNA测序、16S核糖体RNA测序、蛋白质组阵列、FITC-葡聚糖检测	NA	转录组数据、微生物组数据、蛋白质数据	多组基因修饰小鼠模型（具体数量未明确说明）
825	2025-09-03	Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis 2024-Sep, Osteoarthritis and cartilage IF:7.2Q1 DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109 PMID:38527663	研究论文	本研究探讨在小鼠创伤后骨关节炎模型中，损伤和β-肾上腺素能激活对代谢及炎症介质的性别特异性影响	揭示了β-肾上腺素能受体激动剂异丙肾上腺素在雌性小鼠中特异性抑制促纤维化和促炎基因表达，并首次发现损伤后关节滑液代谢物的显著变化	研究仅使用小鼠模型，结果可能无法直接外推至人类；代谢组学变化未受异丙肾上腺素显著影响	研究β-肾上腺素能受体刺激对创伤后骨关节炎相关炎症的调控作用	12周龄雄性和雌性小鼠的膝关节组织（髌下脂肪垫和滑膜）及滑液	骨关节疾病研究	骨关节炎	组织学分析、多重基因表达检测、代谢组学分析、机械性异常性疼痛测试	NA	基因表达数据、代谢物数据、组织图像数据、行为学数据	雄性和雌性小鼠膝关节样本（具体数量未明确说明）
826	2025-09-03	Inhibition of Renin Expression Is Regulated by an Epigenetic Switch From an Active to a Poised State 2024-Sep, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.124.22886 PMID:38989586	研究论文	本研究探讨了肾素表达抑制的表观遗传调控机制，揭示了从活跃状态向预备状态转变的开关	首次发现肾素表达抑制涉及表观遗传状态切换，并关联细胞间通讯减少和上皮-间质转化	研究基于小鼠肿瘤源细胞系(As4.1)，可能不完全代表体内正常肾素细胞行为	阐明肾素表达的表观遗传调控机制及细胞表型转换的分子基础	小鼠肾小球旁细胞来源的As4.1肿瘤细胞系	表观遗传学	心血管疾病	ATAC-seq, 单细胞RNA测序, CUT&Tag, ChIP-seq	NA	基因组学数据，表观遗传学数据	经三种抑制剂处理和对照的As4.1细胞生物学重复样本
827	2025-09-03	Reversal of injury-associated retinal ganglion cell gene expression by a phosphodiesterase anchoring disruptor peptide 2024-Sep, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2024.110017 PMID:39097072	研究论文	研究通过干扰肽4D3(E)逆转损伤诱导的视网膜神经节细胞基因表达变化，探索其神经保护机制	首次利用单细胞RNA测序技术分析PDE4D3位移对损伤后RGC基因表达的影响，揭示其通过增强核周PKA信号通路实现神经保护	研究基于小鼠视神经压伤模型，结果向人类疾病的转化需进一步验证	探究PDE4D3位移促进神经保护的分子机制	小鼠视网膜神经节细胞(RGCs)	神经科学	青光眼等视神经病变	scRNA-seq（单细胞RNA测序）、腺相关病毒载体技术	NA	基因表达数据	经视神经压伤处理并注射AAV-4D3(E)-mCherry的小鼠视网膜样本
828	2025-09-03	A Comprehensive Flow Cytometry Panel for Analysis of Idiopathic Subglottic Stenosis 2024-Sep, Otolaryngology--head and neck surgery : official journal of American Academy of Otolaryngology-Head and Neck Surgery DOI:10.1002/ohn.754 PMID:38606634	研究论文	本文介绍了一种用于分析特发性声门下狭窄（iSGS）的综合流式细胞术检测方案	开发了针对iSGS的全面流式细胞术检测组合，首次系统描述了瘢痕组织与正常组织在细胞组成上的差异	样本量较小（9对样本），且为单中心研究	阐明iSGS的细胞机制并建立标准化检测平台	特发性声门下狭窄患者的成对正常和瘢痕组织样本	病理学	呼吸道疾病	流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	细胞样本	9对来自iSGS患者的正常和瘢痕组织样本
829	2025-09-03	Machine learning-based gene expression biomarkers to distinguish Zika and Dengue virus infections: implications for diagnosis 2024-Sep, Virusdisease DOI:10.1007/s13337-024-00885-8 PMID:39464736	研究论文	利用机器学习算法识别区分寨卡病毒和登革热病毒感染的基因表达生物标志物	首次结合单细胞RNA测序数据和多种机器学习分类器，筛选出10个高精度基因标志物用于两种病毒的鉴别诊断	研究仅基于体外细胞系数据（Huh7细胞），且仅分析24小时时间点，需进一步实验验证	开发基于基因表达的诊断方法以区分寨卡病毒和登革热病毒感染	人类肝癌细胞系（Huh7）感染寨卡病毒和登革热病毒后的基因表达数据	生物信息学	病毒感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq），生物信息学分析	Logistic回归，支持向量机，随机森林，决策树	基因表达矩阵	GSE110496数据集中的24小时时间点样本（具体数量未明确说明）
830	2025-09-02	Spatiotemporal R-loop accumulation orchestrates microenvironmental remodeling after spinal cord injury 2025-Oct-01, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2025.107055 PMID:40789519	研究论文	本研究首次报道脊髓损伤后R-loop积累通过神经炎症驱动神经退行性变，并揭示其与微环境重塑的关联	首次发现R-loop在神经损伤背景下的积累现象及其通过神经炎症介导神经退行性变的机制	研究基于动物模型（夹挫伤模型），结果向人类临床应用的转化需进一步验证	探究脊髓损伤后R-loop积累的时空动态及其对微环境重塑的影响	脊髓损伤模型中的新鲜脊髓组织（包括灰质和白质）	神经科学	脊髓损伤	空间转录组学、免疫荧光染色、单细胞分析、HE/LFB染色、细胞反卷积计算	NA	基因表达数据、空间转录组数据、单细胞数据、组织图像数据	损伤腔组织（50-100mg），在损伤后0、1、3、7、14天多个时间点采集
831	2025-09-02	Unveiling the role of TAM-derived extracellular vesicles in glioma progression through Treg polarization and immune suppression 2025-Sep, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03497-8 PMID:40681801	研究论文	本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAM）来源的细胞外囊泡（EVs）通过诱导调节性T细胞（Treg）分化和免疫抑制促进胶质瘤进展的机制	首次发现TAM EVs通过下调BPI蛋白诱导Treg分化，并证实其在体内促进胶质瘤生长和免疫抑制	NA	阐明TAM来源EVs在胶质瘤进展中的作用机制	胶质瘤肿瘤微环境中的TAMs和Tregs	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	小鼠胶质瘤模型
832	2025-09-02	Natural small molecule bergapten ameliorates rheumatoid arthritis by targeting STAT3 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107878 PMID:40714303	研究论文	研究发现天然小分子佛手柑素通过靶向STAT3改善类风湿性关节炎	首次报道佛手柑素作为STAT3抑制剂治疗RA，并利用scRNA-seq揭示其调控炎症细胞互作的机制	机制研究部分依赖动物模型，尚未进行临床验证	探索天然小分子治疗类风湿性关节炎的疗效与机制	胶原诱导关节炎大鼠模型及滑膜组织细胞	生物医学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	动物疾病模型	基因表达数据	胶原诱导关节炎大鼠
833	2025-09-02	From molecular chaos to precision medicine in the treatment of cardiac hypertrophy: A rational use of natural products by integrating artificial intelligence and multi-omics data 2025-Sep, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2025.107898 PMID:40754044	综述	本文综述了结合天然产物、人工智能和多组学技术治疗心脏肥大的创新策略	整合AI与多组学数据，提出天然产物在精准医疗中的理性应用新范式	NA	探索心脏肥大的精准药物治疗策略，实现从症状管理向疾病逆转的转变	心脏肥大（CH）的分子机制与治疗靶点	精准医疗	心血管疾病	多组学技术、单细胞空间转录组学、AI驱动方法	机器学习算法	多组学数据	NA
834	2025-09-02	Immunoregulatory Endothelial Cells Interact With T Cells After Myocardial Infarction 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.125.326145 PMID:40735785	研究论文	本研究揭示了心肌梗死后心脏内皮细胞的一种新型免疫调节功能，通过单细胞RNA测序和空间转录组学鉴定出一种免疫调节内皮细胞表型	首次发现并表征了心肌梗死后出现的CD45+CD11b+Cdh5+免疫调节内皮细胞表型(IMEC)，并阐明其通过IFN-γ信号通路诱导T细胞活化的机制	研究主要基于小鼠模型，人类中的相关性和临床转化价值需要进一步验证	探究心肌梗死后内皮细胞的免疫调节功能及其分子机制	小鼠心肌梗死模型中的内皮细胞和T细胞	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 骨髓移植, 谱系追踪实验	NA	基因表达数据, 空间定位数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
835	2025-09-02	Bacterial Infections Shape Cardiac Macrophages' Response to Ischemia 2025-Aug-29, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325147 PMID:40735767	研究论文	研究细菌感染如何通过改变心脏巨噬细胞特性加剧后续心肌缺血损伤	首次发现细菌感染后心脏巨噬细胞形成两个新亚群，并揭示其通过代谢活性和趋化特性放大缺血后炎症的机制	NA	探究细菌感染对心脏髓系细胞的长期影响及其在后续心肌缺血中的作用	心脏免疫细胞、外周白细胞、骨髓和脾脏中的造血干细胞与祖细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序、纳米颗粒介导的RNA干扰	NA	单细胞转录组数据、流式细胞数据	NA
836	2025-09-02	Translating the Transcriptome: A Connectomics Approach for Gene-Network Mapping and Clinical Application 2025-Aug-12, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.08.25333301 PMID:40832435	研究论文	提出一种结合空间转录组学和规范功能连接性的基因网络映射框架，用于识别与基因表达相关的脑网络	开发了基因网络映射方法，能够捕获单个基因的分布式连接模式，并聚合形成疾病网络图谱	NA	研究基因表达如何影响大脑功能连接组，并开发用于精准医学的网络信息诊断和治疗工具	基因表达、大脑功能连接组、脑部疾病相关基因	神经科学	脑部疾病	空间转录组学、规范功能连接性分析、深部脑刺激（DBS）	NA	基因表达数据、功能连接数据、临床结果数据	NA
837	2025-09-02	Leveraging RNA-seq deconvolution to improve complex in vitro model characterization 2025-Jul-21, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.110510 PMID:40701251	研究论文	本文评估RNA-seq反卷积方法在复杂体外模型细胞组成分析中的应用与优化	利用公开scRNA-seq数据集通过反卷积方法预测复杂体外模型的细胞比例，并评估不同插补方法对反卷积准确性的提升	反卷积方法的准确性存在显著差异，需依赖不断增长的单细胞数据资源	开发复杂体外模型的表征方法以支持毒理学和药物研发	基于干细胞的人肠道类器官模型和新生啮齿动物睾丸模型	计算生物学	NA	RNA-seq, scRNA-seq, 反卷积分析	NA	bulk RNA-seq数据, 单细胞RNA-seq数据	两种复杂体外模型系统
838	2025-09-02	StemDriver: a knowledgebase of gene functions for hematopoietic stem cell fate determination 2024-Jan-05, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkad1063 PMID:37953308	研究论文	介绍了一个名为StemDriver的综合性知识库，专注于造血干细胞命运决定中基因功能的注释	整合了42项研究的单细胞RNA测序数据，构建了从胚胎到成年期的造血全过程谱系图谱，并提供了标准化的数据分析流程	NA	为造血干细胞命运决定研究提供基因功能注释和数据分析支持	人类和小鼠的造血干细胞及相关基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	涵盖42项研究、14种组织类型，评估了人类23,839个基因和小鼠29,533个基因
839	2025-09-02	Amyloid-beta and tau pathologies act synergistically to induce novel disease stage-specific microglia subtypes 2022-12-17, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-022-00589-x PMID:36536457	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了Aβ和tau病理在阿尔茨海默病进展中协同诱导新型疾病阶段特异性小胶质细胞亚型	发现了由Aβ和tau病理协同诱导的疾病阶段特异性小胶质细胞新亚型EADAM和LADAM，并鉴定Siglec基因作为AD进展的生物标志物	研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需扩大样本量	探究Aβ和tau病理如何调控阿尔茨海默病进展中的小胶质细胞亚型	小鼠模型和人类脑组织（额上回和内嗅皮层）的小胶质细胞	神经科学	阿尔茨海默病	scRNA-seq, snRNA-seq	NA	单细胞转录组数据	多个疾病阶段的小鼠模型和人类脑组织样本（具体数量未明确说明）
840	2025-09-01	CD38⁺ Endothelial Remodeling Defines Spatially Diverse Vasculopathy Programs in Rapidly Advancing Oral Inflammation 2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.07.29.667333 PMID:40766487	研究论文	本研究通过微生物分析、单细胞RNA测序和空间蛋白质组学揭示了快速进展性口腔炎症中CD38⁺内皮细胞重塑的空间特异性血管病变模式	首次发现CD38⁺内皮细胞扩张是快速进展性口腔炎症的空间特异性标志，并开发了三重空间分析方法AstroSuite	样本量相对有限（总计59个样本），且主要聚焦于特定炎症类型	探究快速进展性口腔炎症（种植体周围炎和重度牙周炎）的细胞机制和空间结构特征	人类口腔黏膜组织样本，包括种植体周围炎和不同严重程度的牙周炎组织	数字病理学	口腔炎症疾病	scRNA-seq, 空间蛋白质组学, 激光捕获显微切割, 微生物组分析	NA	单细胞转录组数据, 空间蛋白质组数据, 微生物组数据	总计59个样本（36个scRNA-seq样本，15个空间蛋白质组样本，8个配对活检样本），共683,792个细胞