单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-07-20	Single-cell RNA-Seq and bulk RNA-Seq reveal reliable diagnostic and prognostic biomarkers for CRC 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04882-0 PMID:37247080	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，筛选结直肠癌(CRC)的诊断和预后生物标志物	首次结合单细胞和批量RNA测序数据，筛选出CRC的诊断和预后生物标志物，并构建风险评分模型	未提及样本来源的具体限制或潜在的偏倚问题	探索结直肠癌发展过程中上皮细胞特异性基因的作用，并筛选可靠的诊断和预后生物标志物	结直肠癌(CRC)患者样本	生物信息学	结直肠癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq), LASSO-Cox回归	LASSO-Cox回归模型	RNA测序数据, 甲基化数据	未明确提及具体样本数量，但涉及多个数据集(CRC scRNA-seq数据集、CRC meta数据集和外部验证数据集)
822	2025-07-20	A Bayesian multivariate mixture model for high throughput spatial transcriptomics 2023-09, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1111/biom.13727 PMID:35895854	研究论文	本文提出了一种基于贝叶斯多元混合模型的方法SPRUCE，用于高通量空间转录组学数据分析，以识别组织样本中的细胞亚群	SPRUCE模型结合了多元偏态正态分布和空间随机效应，能够在不依赖近似推理技术的情况下推断空间相关的混合成分成员概率	未明确提及具体局限性，但可能包括模型对数据质量和规模的敏感性	开发一种能够识别高通量空间转录组学数据中细胞亚群的统计模型	人类大脑和乳腺癌的高通量空间转录组学数据	生物信息学	乳腺癌	高通量空间转录组学(HST)	贝叶斯空间多元有限混合模型(SPRUCE)	基因表达数据	公开可用的人类大脑HST数据和人类乳腺癌HST数据
823	2025-07-20	Integrated analysis of single-cell and bulk RNA-sequencing identifies a signature based on T-cell marker genes to predict prognosis and immunotherapy response in bladder cancer 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04881-1 PMID:37244876	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，基于T细胞标记基因构建了一个预测膀胱癌预后和免疫治疗反应的签名	首次在膀胱癌中基于T细胞标记基因构建预后签名，并验证其预测免疫治疗反应的能力	研究依赖于公开数据库数据，缺乏独立的前瞻性队列验证	开发膀胱癌预后预测模型并评估其预测免疫治疗反应的能力	膀胱癌患者	生物信息学	膀胱癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	预后签名模型	基因表达数据	TCGA数据库和GEO数据库中的膀胱癌患者样本
824	2025-07-20	CD4-/CD8- double-negative tumor-infiltrating lymphocytes expanded from solid tumor tissue suppress the proliferation of tumor cells in an MHC-independent way 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04823-x PMID:37165118	研究论文	本研究探讨了从实体瘤组织中扩增的CD4-/CD8-双阴性肿瘤浸润淋巴细胞（DN-TILs）的特性及其对肿瘤细胞增殖的抑制作用	首次详细描述了DN-TILs的表型、功能及其MHC非依赖性的抗肿瘤活性	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未进行临床试验	研究DN-TILs的特性和功能，探索其作为实体瘤治疗新方法的潜力	从胃癌组织中分离的DN-TILs	肿瘤免疫学	胃癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、异种移植模型	NA	细胞表型数据、基因表达数据	从胃癌组织分离的DN-TILs，单细胞RNA测序分析了7028个细胞
825	2025-07-20	The HDAC inhibitor domatinostat induces type I interferon α in Merkel cell carcinoma by HES1 repression 2023-Sep, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-023-04733-y PMID:37071208	research paper	该研究探讨了HDAC抑制剂domatinostat通过抑制HES1诱导I型干扰素α在默克尔细胞癌中的抗肿瘤作用	揭示了domatinostat通过抑制HES1表达诱导IFNα的新机制，为默克尔细胞癌的治疗提供了新的理论依据	研究仅针对有限的细胞系进行，未涉及体内实验或临床试验	探究HDAC抑制剂domatinostat在默克尔细胞癌中的抗肿瘤机制	默克尔细胞癌细胞系（WaGa, MKL-1, UM-MCC 34）和原代成纤维细胞	肿瘤学	默克尔细胞癌	RT-qPCR, 流式细胞术, RNA干扰	NA	mRNA表达数据, 蛋白质水平数据	三种默克尔细胞癌细胞系和原代成纤维细胞
826	2025-07-20	Generative modeling of single-cell gene expression for dose-dependent chemical perturbations 2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2023.100817 PMID:37602218	研究论文	本文介绍了一种基于变分自编码器（VAE）的深度生成学习模型scVIDR，用于预测单细胞基因表达在化学扰动下的剂量依赖性反应	提出了scVIDR模型，能够比现有模型更好地预测单剂量和多剂量下的细胞反应，并能够为单个细胞分配“伪剂量”值以评估其对化学扰动的敏感性	未明确提及模型在更广泛细胞类型或化学物质中的泛化能力	开发一种能够预测单细胞基因表达在化学扰动下剂量依赖性反应的模型	小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系	机器学习	NA	单细胞测序	VAE（变分自编码器）	基因表达数据	涉及小鼠肝细胞、人类血细胞和癌细胞系，但未明确样本数量
827	2025-07-20	Tff2 defines transit-amplifying pancreatic acinar progenitors that lack regenerative potential and are protective against Kras-driven carcinogenesis 2023-08-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.002 PMID:37541213	研究论文	本研究通过长期谱系追踪和单细胞RNA测序分析，定义了胰腺中由三叶因子2（Tff2）标记的过渡扩增祖细胞（TAP）群体，并探讨其在正常稳态和致癌过程中的作用	首次定义了一个新的胰腺过渡扩增祖细胞（TAP）群体，并揭示了其在抵抗Kras驱动的致癌过程中的保护作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类胰腺中得到验证	探讨胰腺中Tff2标记的祖细胞群体在稳态维持和肿瘤发生中的作用	胰腺腺泡细胞中的Tff2表达群体	分子生物学	胰腺癌	长期谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
828	2025-07-20	Integrative analysis of transcriptome dynamics during human craniofacial development identifies candidate disease genes 2023-08-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-40363-1 PMID:37532691	研究论文	通过整合分析人类颅面发育过程中的转录组动态，识别潜在的疾病相关基因	结合bulk和单细胞RNA-seq数据，首次系统性地鉴定了239个在颅面发育过程中高表达的基因，并发现了539个可能与颅面疾病相关的基因	研究样本仅涵盖受孕后4-8周的颅面组织，未能覆盖整个发育过程	解析颅面疾病的分子机制并识别相关候选基因	人类颅面组织（受孕后4-8周）	基因组学	颅面畸形	bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	多个受孕后4-8周的人类颅面组织样本（具体数量未明确说明）
829	2025-07-20	Sub-Cluster Identification through Semi-Supervised Optimization of Rare-Cell Silhouettes (SCISSORS) in single-cell RNA-sequencing 2023-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btad449 PMID:37498558	research paper	提出了一种名为SCISSORS的半监督优化框架，用于在单细胞RNA测序数据中识别稀有细胞类型的子簇	SCISSORS通过轮廓评分和多步骤半监督重新聚类过程，准确分析广泛簇中的子簇，特别针对稀有细胞类型的识别	未明确提及具体局限性，但稀有细胞识别可能受数据质量和初始聚类结果的影响	提高单细胞RNA测序数据中稀有细胞类型的识别准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞簇	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	半监督学习框架	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本量
830	2025-07-20	Immunosuppressive role of SPP1-CD44 in the tumor microenvironment of intrahepatic cholangiocarcinoma assessed by single-cell RNA sequencing 2023-Aug, Journal of cancer research and clinical oncology IF:2.7Q3 DOI:10.1007/s00432-022-04498-w PMID:36469154	研究论文	通过单细胞RNA测序评估SPP1-CD44在肝内胆管癌肿瘤微环境中的免疫抑制作用	揭示了SPP1-CD44在肝内胆管癌中的免疫抑制功能及其与T细胞增殖的负相关性	样本量较小（仅9名患者），且未进行实验验证	探究SPP1在肝内胆管癌中的生物学功能及其免疫抑制作用	肝内胆管癌患者的肿瘤组织和邻近肝组织	肿瘤免疫学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	CellChat, CytoSig	转录组数据	9名患者的62,770个细胞
831	2025-07-20	Heterogeneity and Functional Analysis of Cardiac Fibroblasts in Heart Development 2023-Jul-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.30.551164 PMID:37577541	研究论文	本研究通过单细胞mRNA测序和生物信息学方法分析了心脏成纤维细胞的异质性及其在心脏发育中的功能	首次系统比较了心脏成纤维细胞的转录谱，揭示了其异质性，并通过条件性DTA系统消融技术明确了成纤维细胞在不同发育阶段的功能差异	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证	探究心脏成纤维细胞的异质性及其在心脏发育过程中的功能	小鼠心脏成纤维细胞	发育生物学	心血管疾病	scRNA-seq, 单分子原位杂交, DTA系统	NA	基因表达数据	两个小鼠品系在18个发育阶段的成纤维细胞
832	2025-07-20	Loss of metabolic fitness drives tumor resistance after CAR-NK cell therapy and can be overcome by cytokine engineering 2023-07-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.add6997 PMID:37494448	研究论文	研究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的代谢适应性丧失机制及通过细胞因子工程克服的方法	揭示了CAR-NK细胞在体内演化过程中的代谢适应性丧失是肿瘤抵抗的关键因素，并提出了通过IL-15工程化改造部分恢复代谢适应性的创新策略	研究主要基于临床前淋巴瘤模型和少量患者样本，需要更大规模的临床验证	探究CAR-NK细胞疗法后肿瘤抵抗的机制及改进策略	CAR-NK细胞及其与肿瘤的相互作用	细胞治疗	淋巴瘤	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	临床前淋巴瘤模型	单细胞转录组数据、蛋白质表达数据	临床前模型样本+2例患者样本(1例响应者+1例非响应者)
833	2025-07-20	Excess pancreatic elastase alters acinar-β cell communication by impairing the mechano-signaling and the PAR2 pathways 2023-07-11, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2023.05.007 PMID:37339634	研究论文	该研究探讨了胰腺弹性蛋白酶（PE）如何通过影响机械信号和PAR2通路来改变腺泡细胞与β细胞的通讯，进而影响β细胞存活	首次发现PE在2型糖尿病患者中上调，并通过高通量筛选鉴定出telaprevir作为有效的PE抑制剂，能够提高β细胞存活率并改善葡萄糖耐量	研究主要基于体外和动物模型，尚未在人类临床试验中验证telaprevir的效果	探索PE在β细胞存活中的作用，并寻找潜在的治疗糖尿病策略	人类和啮齿动物的β细胞	糖尿病研究	2型糖尿病	高通量筛选、磷酸抗体微阵列、单细胞RNA测序	NA	分子生物学数据、基因表达数据	来自T2D患者的腺泡细胞和胰岛细胞
834	2025-07-20	p38MAPKα Stromal Reprogramming Sensitizes Metastatic Breast Cancer to Immunotherapy 2023-06-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-0907 PMID:36883955	研究论文	本研究探讨了p38MAPKα抑制通过重编程转移性肿瘤微环境，增强乳腺癌对免疫疗法的敏感性	发现p38MAPKα抑制与OX40激动剂联合使用可协同减少转移性生长并提高生存率，同时揭示了该疗法在抗原性乳腺癌中的潜在效果	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索提高转移性乳腺癌免疫疗法效果的策略	转移性乳腺癌及其肿瘤微环境	肿瘤免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
835	2025-07-20	Single-cell transcriptome analysis of xenotransplanted human retinal organoids defines two migratory cell populations of nonretinal origin 2023-05-09, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.04.004 PMID:37163980	研究论文	通过单细胞转录组分析，研究异种移植的人类视网膜类器官中两种非视网膜来源的迁移细胞群	发现移植的视网膜类器官细胞中存在非视网膜来源的星形胶质细胞和脑/脊髓样神经前体细胞，这些细胞在培养的类器官中罕见或缺失	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索移植的人类视网膜类器官细胞在受体视网膜中的行为及其潜在治疗应用	人类视网膜类器官细胞和光感受器缺陷小鼠	数字病理学	视网膜退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	光感受器缺陷小鼠和人类视网膜类器官细胞
836	2025-07-20	Integrated transcriptomics contrasts fatty acid metabolism with hypoxia response in β-cell subpopulations associated with glycemic control 2023-Mar-28, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-023-09232-5 PMID:36978008	研究论文	通过整合单细胞和批量RNA测序数据，研究肥胖SM/J小鼠中β细胞亚群的基因表达及其与血糖控制相关的遗传网络	整合单细胞和批量RNA测序数据，识别与肥胖中β细胞功能相关的新亚群和遗传通路	研究仅针对肥胖SM/J小鼠，结果可能不适用于其他模型或人类	探索β细胞异质性及其对糖尿病治疗的影响	肥胖SM/J小鼠的胰腺胰岛β细胞	生物信息学	糖尿病	单细胞RNA测序, 批量RNA测序	NA	RNA测序数据	肥胖SM/J小鼠的胰腺胰岛β细胞
837	2025-07-20	Extracellular vesicle distribution and localization in skeletal muscle at rest and following disuse atrophy 2023-03-10, Skeletal muscle IF:5.3Q2 DOI:10.1186/s13395-023-00315-1 PMID:36895061	研究论文	本研究探讨了骨骼肌中细胞外囊泡（EVs）的分布和定位，以及在废用性萎缩后的变化	揭示了骨骼肌EVs的生物发生因子表达和细胞定位，并比较了废用性萎缩对EV浓度的影响	研究未明确EVs在骨骼肌适应性反应中的具体作用机制	研究骨骼肌EVs的生物发生、标记表达、细胞定位及废用性萎缩对其浓度的影响	大鼠和人类的骨骼肌及血清中的EVs	细胞生物学	骨骼肌萎缩	密度梯度超速离心、荧光相关光谱测量、qPCR、scRNA-seq、免疫组织化学、纳米颗粒追踪分析	NA	RNA测序数据、血清EV浓度数据	大鼠和人类模型
838	2025-07-20	A cellular taxonomy of the adult human spinal cord 2023-02-01, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.007 PMID:36731429	研究论文	该研究通过单核RNA测序和空间转录组学技术，构建了成人人类脊髓的细胞分类学	首次对人类脊髓细胞进行系统分类，并揭示了运动神经元在肌萎缩侧索硬化症（ALS）中的分子特征	研究样本量有限，可能无法完全代表人类脊髓细胞的多样性	揭示人类脊髓细胞的多样性和功能特征，特别是与疾病相关的分子机制	成人人类脊髓细胞	单细胞测序	肌萎缩侧索硬化症（ALS）	单核RNA测序、空间转录组学	NA	RNA测序数据	NA
839	2025-07-20	Treatment of HCC with claudin-1-specific antibodies suppresses carcinogenic signaling and reprograms the tumor microenvironment 2023-02, Journal of hepatology IF:26.8Q1 DOI:10.1016/j.jhep.2022.10.011 PMID:36309131	研究论文	本研究探讨了非连接性Claudin-1（CLDN1）作为肝细胞癌（HCC）治疗靶点的潜力，并开发了特异性单克隆抗体以抑制肿瘤生长和重塑肿瘤微环境	首次将非连接性CLDN1作为HCC的治疗靶点进行研究，并开发了特异性单克隆抗体，展示了其在抑制肿瘤生长和重塑肿瘤微环境方面的潜力	研究主要基于体外和动物模型，尚未进行临床试验验证	探索CLDN1作为HCC治疗靶点的潜力，并开发相关治疗方法	肝细胞癌（HCC）患者来源的细胞系、3D体外模型和异种移植小鼠模型	肿瘤学	肝细胞癌	单克隆抗体技术、单细胞RNA测序	患者来源的异种移植（PDX）模型	基因表达数据、肿瘤生长数据	大量患者来源的细胞系和动物模型
840	2025-07-20	Enteroendocrine Cells Protect the Stem Cell Niche by Regulating Crypt Metabolism in Response to Nutrients 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.12.016 PMID:36608902	研究论文	研究探讨了肠内分泌细胞（EECs）如何通过调节隐窝代谢来保护干细胞微环境，以响应营养变化	揭示了EECs在传递营养信息至干细胞微环境中的关键作用，以及其对隐窝代谢的调控机制	研究主要基于小鼠模型和人类肠道类器官，可能不完全反映人体内复杂生理环境	探究EECs在调节肠道干细胞微环境代谢中的作用	小鼠肠道上皮细胞和人类肠道类器官	细胞生物学	NA	间接热量测定、1H-NMR代谢组学、线粒体实时成像、Seahorse生物分析仪、10x Genomics单细胞测序	VillinCreERT2小鼠模型、NEUROG3-null人类多能干细胞衍生的肠道类器官	代谢数据、成像数据、单细胞转录组数据	NA