单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-07-21	Identification of potential biomarkers and therapeutic targets for cerebral venous thrombosis 2025-Jul-20, Neurological research IF:1.7Q4 DOI:10.1080/01616412.2025.2532039 PMID:40684330	研究论文	本研究通过孟德尔随机化方法系统识别和验证与脑静脉血栓形成(CVT)易感性相关的可药物基因	整合大规模eQTL数据集与GWAS汇总统计，采用多种MR方法识别CVT相关基因，并进行功能注释和药物预测	研究基于遗传推断，需要进一步的机制和临床验证	识别CVT的潜在生物标志物和治疗靶点	脑静脉血栓形成(CVT)患者	遗传学	脑静脉血栓形成	孟德尔随机化(MR)、表达数量性状位点(eQTL)分析、单细胞RNA测序、分子对接	两样本MR(TSMR)、基于汇总数据的MR(SMR)、贝叶斯共定位	基因组数据、表达数据	整合eQTLGen(外周血)和PsychENCODE(脑组织)两个大规模eQTL数据集，以及FinnGen的CVT GWAS汇总统计
822	2025-07-21	Single-Cell Sequencing Reveals Circadian Sensitivity of Noise-Induced Hearing Loss Mediated by Macrophage-Driven NLRP3 Inflammasome Activation 2025-Jul-20, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-025-01440-1 PMID:40684422	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序揭示了噪声性听力损失(NIHL)的昼夜节律敏感性由巨噬细胞驱动的NLRP3炎症小体激活介导的机制	首次在单细胞水平上揭示巨噬细胞和NLRP3炎症小体在噪声性听力损失昼夜节律敏感性中的关键作用	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究噪声性听力损失昼夜节律敏感性的分子机制	小鼠耳蜗细胞	听觉生物学	噪声性听力损失	单细胞RNA测序，多重免疫组化	小鼠噪声暴露模型	单细胞转录组数据	97,043个耳蜗细胞
823	2025-07-21	Expression of marker genes to assess the spermatogenic capacity in patients with idiopathic non-obstructive azoospermia 2025-Jul-19, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03584-5 PMID:40681857	研究论文	开发一种基于单细胞RNA测序的定量方法，用于评估特发性非梗阻性无精子症患者的睾丸生精能力	利用单细胞RNA测序技术开发了一个生精评分系统，并鉴定了与生精潜力相关的关键基因作为生物标志物	样本量较小（18名iNOA患者），需要进一步验证在更大样本中的适用性	评估特发性非梗阻性无精子症患者的睾丸生精能力，为个性化治疗提供依据	特发性非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	单细胞RNA测序, RT-qPCR	模糊聚类, 基因表达趋势分析	基因表达数据	18名iNOA患者（近4000个单细胞），另18名患者用于验证
824	2025-07-21	Genetic Loci Associated With Periodontitis: The FinnGen Study Based on National Health Registers 2025-Jul-19, Journal of clinical periodontology IF:5.8Q1 DOI:10.1111/jcpe.14193 PMID:40682483	research paper	该研究通过全基因组关联研究（GWAS）在FinnGen队列中探索了与牙周炎相关的遗传位点	发现了6个新的常见遗传位点与牙周炎相关，并揭示了HLA区域的遗传变异与牙周炎的独立关联	研究基于芬兰人群，可能限制了结果的普遍性	探索牙周炎的遗传因素	近25万名芬兰个体	遗传学	牙周炎	GWAS, 单细胞RNA测序	NA	遗传数据, 临床记录	近25万名芬兰个体
825	2025-07-21	IQGAP1 participates in bone marrow-derived macrophage recruitment and involves in liver inflammation/fibrosis 2025-Jul-19, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-025-02573-6 PMID:40682669	研究论文	本研究探讨了IQGAP1在骨髓源性巨噬细胞(BMDM)迁移及肝脏炎症/纤维化中的作用	揭示了IQGAP1在S1P诱导的BMDM迁移和肝脏炎症/纤维化中的关键作用，并发现S1P/S1PR通过上调HuR表达调控IQGAP1表达的新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限	阐明IQGAP1在肝脏炎症和纤维化中的作用机制	骨髓源性巨噬细胞(BMDM)和肝脏组织	分子生物学	肝脏疾病	免疫荧光、单细胞RNA测序、RT-qPCR、Western blot、Boyden chamber迁移实验	小鼠肝纤维化模型(CCl4、BDL、MCDHF饮食诱导)	基因表达数据、蛋白质表达数据、细胞迁移数据	未明确说明具体样本数量，使用多种小鼠肝纤维化模型
826	2025-07-21	scIMGCN: an Automatic Single-Cell Type Annotation Method Based on Interpretable Graph Convolutional Network 2025-Jul-19, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00738-y PMID:40682757	研究论文	提出了一种基于可解释图卷积网络的自动单细胞类型注释方法scIMGCN，用于提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释准确性和可解释性	结合网络增强技术、改进的Transformer模块和基于Kolmogorov-Arnold网络的GCN变体，显著提高了注释准确性和模型可解释性	未提及具体的数据集限制或计算资源需求	开发一种高精度、可解释的单细胞RNA测序数据细胞类型自动注释方法	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	图卷积网络(GCN), Transformer, Kolmogorov-Arnold网络(KAN)	单细胞RNA测序数据	十个真实数据集
827	2025-07-21	cDC1s Promote Atherosclerosis via Local Immunity and Are Targetable for Therapy 2025-Jul-18, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.124.325792 PMID:40444360	研究论文	本研究揭示了传统1型树突状细胞（cDC1s）通过局部免疫促进动脉粥样硬化，并可作为治疗靶点	首次明确了cDC1s在动脉粥样硬化中的促炎作用机制，并开发了靶向cDC1s的纳米颗粒免疫疗法	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中验证	阐明cDC1s在动脉粥样硬化发展中的作用机制并探索靶向治疗策略	Ldlr-/-小鼠模型和cDC1s细胞	免疫学	心血管疾病	流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、纳米颗粒靶向递送技术	小鼠疾病模型	基因表达数据、流式细胞数据	多组Ldlr-/-小鼠实验组（具体数量未明确说明）
828	2025-07-21	Integrating bulk and single cell sequencing data to identify prognostic biomarkers and drug candidates in HBV associated hepatocellular carcinoma 2025-Jul-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-10876-4 PMID:40676059	研究论文	本研究通过整合大量和单细胞测序数据，识别了HBV相关肝细胞癌的预后生物标志物和潜在药物候选	结合PPI分析和机器学习，识别了SPP1、GHR和ESR1作为潜在药物靶点，并通过scRNA-seq分析揭示了SPP1在血管相关肿瘤相关巨噬细胞中的表达及其对免疫微环境的影响	研究样本量相对较小（53个关键基因），且未进行实验验证	探索HBV相关肝细胞癌的发病机制及潜在治疗靶点	HBV相关肝细胞癌患者	生物信息学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习、分子对接	RSF（随机生存森林）、逐步Cox回归	测序数据	53个免疫相关关键基因，101个机器学习模型
829	2025-07-21	Identification of a fibroblast-derived gene signature reveals prognostic and therapeutic insights in pancreatic cancer 2025-Jul-18, Clinical and experimental medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10238-025-01801-0 PMID:40676405	研究论文	本研究基于成纤维细胞特异性基因特征开发了一个预后模型，并识别了可能作为治疗靶点的关键基因	开发了一个包含14个关键基因的成纤维细胞相关预后特征，能有效预测胰腺癌患者的预后和对治疗的响应	NA	开发胰腺导管腺癌(PDAC)的预后模型并识别潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌(PDAC)患者	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序, 高维加权基因共表达网络分析, LASSO Cox回归	预后模型	基因表达数据	多个队列的PDAC和邻近正常组织样本
830	2025-07-21	Integrated multidimensional bioinformatics analysis of the molecular mechanisms of ulcerative colitis-associated colorectal cancer and MMP1 as a potential therapeutic target 2025-Jul-18, Cancer gene therapy IF:4.8Q1 DOI:10.1038/s41417-025-00917-5 PMID:40681672	研究论文	通过整合多维生物信息学分析，研究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制，并确定MMP1作为潜在治疗靶点	首次通过整合多组学分析揭示MMP1在溃疡性结肠炎相关结直肠癌中的保护作用及其免疫调节机制，并预测ilomastat作为潜在MMP1抑制剂	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	探究溃疡性结肠炎相关结直肠癌的分子机制并寻找潜在治疗靶点	溃疡性结肠炎(UC)和结直肠癌(CRC)患者数据	生物信息学	结直肠癌	孟德尔随机化分析(MR)、差异基因表达分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、基因集富集分析、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	来自GEO、TCGA和GWAS数据库的数据
831	2025-07-21	Unveiling the role of TAM-derived extracellular vesicles in glioma progression through Treg polarization and immune suppression 2025-Jul-18, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03497-8 PMID:40681801	研究论文	本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）来源的细胞外囊泡（EVs）通过调节调节性T细胞（Tregs）分化在胶质瘤进展中的作用	首次发现TAM EVs通过下调BPI蛋白促进Treg分化，进而增强免疫抑制并促进胶质瘤生长	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床样本中验证	阐明TAM EVs在胶质瘤微环境中调节Treg分化和免疫抑制的机制	胶质瘤微环境中的TAMs、Tregs及其分泌的EVs	肿瘤免疫学	胶质瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠胶质瘤模型	RNA测序数据	未明确说明样本数量（使用小鼠模型）
832	2025-07-21	Reduced Availability of Essential Amino Acids Disrupts Differentiation of Anorexigenic POMC Neurons in the Fetal Rat Hypothalamus 2025-Jul-18, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-025-05201-z PMID:40681826	research paper	本研究探讨了妊娠期蛋白质限制对胎儿下丘脑发育的影响，特别是调节食欲和能量平衡的神经元群的形成	揭示了妊娠期蛋白质限制通过减少必需氨基酸可用性，选择性破坏ISL1前体细胞向POMC神经元的分化，同时不影响NPY前体细胞的分化	需要进一步研究其他发育窗口期以优化高风险妊娠的饮食建议	探究妊娠期蛋白质限制对胎儿下丘脑发育及代谢编程的影响	妊娠期蛋白质限制的大鼠模型及其胎儿下丘脑	developmental biology	metabolic disorders	single-cell RNA-seq, EdU-labeling, immunohistochemistry, RNAscope, methylation analysis	rat isocaloric protein restriction model	RNA-seq data, immunohistochemistry images, methylation data	妊娠15天和17天的大鼠胎儿下丘脑组织
833	2025-07-21	Disruption of E-cadherin in the airway led to dysplastic stressed cells and asthma-like phenotypes 2025-Jul-18, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.06.030 PMID:40683251	research paper	研究揭示了E-钙粘蛋白在小鼠气道中的缺失如何导致细胞增殖、杯状细胞化生和免疫浸润，模拟哮喘表型	首次展示了E-钙粘蛋白在气道上皮祖细胞中的失活如何通过细胞应激和免疫防御机制导致气道重塑	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨E-钙粘蛋白在气道细胞命运控制中的作用及其与哮喘样表型的关系	小鼠气道上皮祖细胞和终末分化纤毛细胞	细胞生物学	哮喘	单细胞RNA测序	小鼠基因敲除模型	基因表达数据	NA
834	2025-07-21	Identification of CTSK as a TLR-related critical biomarker in liver cirrhosis via integrative bioinformatics and pathological characterization 2025-Jul-17, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11606-6 PMID:40670571	研究论文	通过整合生物信息学和病理学特征，鉴定CTSK作为与TLR相关的肝硬化的关键生物标志物	鉴定出与TLR相关的关键基因（CXCL9、CXCL10、SPP1、CTSK），并验证其在肝硬化诊断和治疗中的潜在价值	研究依赖于公共数据库的数据，可能需要进一步的实验验证	探索肝硬化（LC）的诊断、发病机制和治疗新靶点	肝硬化（LC）患者及其相关基因	生物信息学	肝硬化	qRT-PCR、IHC、scRNA-seq、分子对接	机器学习	基因表达数据	NA
835	2025-07-21	Modeling tumor relapse using proliferation tracing and ablation transgenic mouse 2025-Jul-17, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-025-00792-1 PMID:40675988	研究论文	该研究利用增殖追踪和消融转基因小鼠模型模拟肿瘤复发，并通过单细胞RNA测序比较原发和复发肿瘤的生态系统	使用双重组酶介导的遗传系统追踪和消增增殖细胞，模拟化疗效果，并首次在复发肿瘤中发现癌症干细胞和促肿瘤γδ T细胞比例增加	研究仅限于PyMT诱导的自发性小鼠乳腺癌模型，未验证其他肿瘤类型	开发能准确反映患者肿瘤复发的临床前动物模型，并研究复发肿瘤的微环境特征	PyMT诱导的自发性小鼠乳腺癌模型	肿瘤生物学	乳腺癌	双重组酶介导的遗传系统, scRNA-seq	转基因小鼠模型	基因表达数据	未明确说明小鼠数量，但涉及原发和复发肿瘤的单细胞测序比较
836	2025-07-21	The role of UBR2 in triple-negative breast cancer and its implications for immune checkpoint blockade therapy 2025-Jul-17, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03153-3 PMID:40676335	研究论文	本研究探讨了UBR2在三阴性乳腺癌中的作用及其对免疫检查点阻断治疗的影响	揭示了UBR2在免疫抑制微环境中的新功能，并筛选出靶向UBR2功能域的抑制剂，为联合免疫治疗提供了新策略	研究主要基于体外和体内实验，临床样本验证仍需进一步扩大	探究UBR2在三阴性乳腺癌中的功能及其与免疫治疗的关系	三阴性乳腺癌细胞系和患者样本	肿瘤免疫学	三阴性乳腺癌	RNA测序、流式细胞术、免疫浸润分析	NA	RNA测序数据、蛋白质印迹数据	来自GEO和TCGA数据库的TNBC患者数据集
837	2025-07-21	Role of APE1 Redox Function in Chronic Rhinosinusitis Pathogenesis: Implications for Targeted Therapy 2025-Jul-17, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.07.004 PMID:40683569	research paper	本研究探讨了APE1氧化还原功能在慢性鼻窦炎（CRS）发病机制中的作用，并评估了靶向APE1氧化还原抑制剂的治疗潜力	首次揭示了APE1氧化还原功能在CRS中的关键作用，并验证了其抑制剂C10在减轻2型炎症和改善CRS病理中的效果	研究主要基于动物模型和体外细胞实验，尚未进行临床试验验证	阐明APE1氧化还原功能在CRS发病机制中的作用，并探索其作为治疗靶点的潜力	人类鼻组织、CRS小鼠模型、气液界面培养的人类鼻上皮细胞（HNECs）和Beas-2b细胞	分子病理学	慢性鼻窦炎	单细胞RNA测序、免疫组织化学、Western blot、RT-qPCR	CRS小鼠模型	基因表达数据、蛋白质数据	人类鼻组织样本、小鼠模型和体外培养细胞
838	2025-07-21	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of mental stress on mouse mammary tumors and the tumor microenvironment 2025-Jul-16, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-025-02619-1 PMID:40670350	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了精神压力对小鼠乳腺肿瘤及其微环境的影响	首次系统地阐明了精神压力在体内对乳腺肿瘤及肿瘤微环境的影响，并提供了精神压力促进乳腺癌生长和进展的机制见解	研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究精神压力对乳腺肿瘤及其微环境的影响	MMTV-PyMT转基因小鼠的乳腺肿瘤组织	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	MMTV-PyMT转基因小鼠的乳腺肿瘤组织（有/无精神压力暴露）
839	2025-07-21	Single-cell RNA sequencing reveals that a high salt diet increases IL6R-JAK1-STAT3 gene signaling pathway activity in intestinal B cells and Tfh cells of salt-sensitive hypertension animal model 2025-Jul-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-11100-z PMID:40670501	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究高盐饮食对盐敏感性高血压动物模型中肠道B细胞和Tfh细胞IL6R-JAK1-STAT3基因信号通路活性的影响	首次揭示了高盐饮食通过上调肠道B细胞和Tfh样细胞中的IL-6R-JAK-STAT信号通路，可能在盐敏感性高血压发展中起关键作用	研究仅使用Dahl SS大鼠模型，未在其他高血压模型或人类样本中验证	阐明肠道免疫在盐敏感性高血压发展中的作用	Dahl SS大鼠的肠道和血液免疫细胞	免疫学	高血压	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	Dahl SS大鼠模型	基因表达数据	6周龄Dahl SS大鼠，分为正常盐饮食组(0.4% NaCl)和高盐饮食组(4% NaCl)，每组数量未明确说明
840	2025-07-21	Single-cell sequencing combined with spatial transcriptomics reveals the characteristics of follicle-targeted inflammation patterns in primary cicatricial alopecia 2025-Jul-16, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-025-01447-1 PMID:40671126	研究论文	本研究通过单细胞测序和空间转录组学技术，揭示了原发性瘢痕性脱发（PCA）中毛囊靶向炎症的特征	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次揭示了LPP中CD8⁺效应记忆T细胞和巨噬细胞对毛囊的浸润及其导致的免疫特权破坏和瘢痕形成机制	研究样本量有限，且仅针对LPP这一PCA亚型，未涵盖其他PCA亚型	探究原发性瘢痕性脱发（PCA）中毛囊靶向炎症的特征，寻找治疗靶点	扁平苔藓性脱发（LPP）、局限性硬皮病（LS）患者及对照组的头皮样本	数字病理学	脱发症	单细胞RNA测序、空间转录组学	NA	RNA序列数据	LPP、LS患者及对照组的头皮样本（具体数量未明确说明）