单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-05-28	Exponential family measurement error models for single-cell CRISPR screens 2024-Oct-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxae010 PMID:38649751	研究论文	本文介绍了一种名为GLM-EIV的新方法，用于分析单细胞CRISPR筛选数据，解决了现有方法中的偏差和方差问题	提出了GLM-EIV方法，将经典的误差变量模型扩展到指数族分布的响应和噪声预测变量，并开发了跨数百个处理器部署的计算基础设施	未明确提及具体限制，但暗示了现有方法中存在难以选择的调谐参数问题	解决单细胞CRISPR筛选数据分析中的统计挑战	单细胞CRISPR筛选数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序, CRISPR	GLM-EIV	基因表达数据	两个大规模单细胞CRISPR筛选数据集
822	2025-05-28	Cell Simulation as Cell Segmentation 2024-Jul-09, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.25.591218 PMID:38712065	research paper	本文提出了一种基于细胞模拟的细胞分割方法，用于提高单细胞空间转录组学数据的准确性	采用从头细胞模拟方法快速推断形态学上合理的细胞边界，保持细胞类型异质性，并在性能上优于现有方法	方法仅在三种商业平台生成的数据集上进行了基准测试，可能在其他平台上的适用性未经验证	提高单细胞空间转录组学中细胞分割的准确性，以更准确地识别肿瘤浸润免疫细胞	单细胞空间转录组学数据中的细胞边界和肿瘤浸润免疫细胞	digital pathology	renal cell carcinoma	single-cell spatial transcriptomics	NA	transcriptomics data	renal cell carcinoma患者样本数据
823	2025-05-28	Biallelic variants in POPDC2 cause a novel autosomal recessive syndrome presenting with cardiac conduction defects and variable hypertrophic cardiomyopathy 2024-Jul-05, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.07.04.24309755 PMID:39006410	研究论文	研究发现POPDC2基因的双等位基因变异导致一种新型常染色体隐性遗传综合征，表现为心脏传导缺陷和可变性肥厚型心肌病	首次将POPDC2基因的双等位基因变异与人类心脏传导缺陷和肥厚型心肌病联系起来，并通过电生理研究证实了这些变异的功能影响	患者肌肉活检未显示明显的肌病，但POPDC1和POPDC2的表达显著减少，具体机制仍需进一步研究	探究POPDC2基因变异与心脏传导缺陷和肥厚型心肌病之间的关系	4个携带POPDC2双等位基因变异的家族	遗传学	心血管疾病	同源建模、电生理研究、单细胞RNA测序	NA	遗传数据、电生理数据、RNA测序数据	4个家族和超过100万人的群体遗传数据
824	2025-05-28	scAI-SNP: a method for inferring ancestry from single-cell data 2024-May-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.05.14.594208 PMID:38798590	research paper	介绍了一种名为scAI-SNP的工具，用于直接从单细胞基因组数据推断供体的祖先信息	开发了scAI-SNP工具，能够直接从单细胞数据中推断祖先信息，解决了自我报告种族和民族信息的偏差和不可用性问题	NA	确保单细胞图谱能代表人类遗传多样性，通过推断供体祖先信息	单细胞基因组数据	genomics	NA	single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq	NA	genomic data	3201名来自26个人群群体的个体
825	2025-05-28	Single-cell and Spatial Transcriptomics Identified Fatty Acid-binding Proteins Controlling Endothelial Glycolytic and Arterial Programming in Pulmonary Hypertension 2024-Apr-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579846 PMID:38370670	研究论文	本研究通过单细胞和空间转录组学技术，揭示了脂肪酸结合蛋白FABP4和FABP5在肺动脉高压（PAH）中调控内皮细胞糖酵解和动脉编程的作用	首次发现FABP4和FABP5在PAH内皮细胞中的异常表达及其通过调控糖酵解和动脉编程促进血管重塑的机制	研究主要基于动物模型和有限的患者样本，需要在更大规模的人群中进行验证	探究肺动脉高压的细胞和分子机制，寻找新的治疗靶点	肺动脉高压患者和小鼠模型的内皮细胞	生物医学	肺动脉高压	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、批量RNA测序（bulk RNA-seq）	基因敲除小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	IPAH患者样本、PH大鼠和基因敲除小鼠模型
826	2025-05-28	Expression of Key Steroidogenic Enzymes in Human Placenta and Associated Adverse Pregnancy Outcomes 2023-Jul, Maternal-fetal medicine (Wolters Kluwer Health, Inc.) DOI:10.1097/FM9.0000000000000167 PMID:40416852	综述	本文综述了人类胎盘中关键类固醇生成酶的表达及其与不良妊娠结局的关系	总结了胎盘类固醇生成酶在生理和病理状态下的上游调控机制，并探讨了单细胞测序技术在评估类固醇生成酶功能和细胞来源中的应用潜力	关于胎盘类固醇生成酶失调与不良妊娠结局之间关联的现有证据仍存在争议	探讨胎盘类固醇生成酶的表达与不良妊娠结局之间的关系	人类胎盘	生殖医学	不良妊娠结局	单细胞测序	NA	NA	NA
827	2025-05-27	Costunolide: Targeting endothelial cell PANoptosis to mitigate lung injury in acute pancreatitis mice 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156767 PMID:40318531	research paper	本研究探讨了costunolide（COS）通过抑制内皮细胞PANoptosis来减轻急性胰腺炎（AP）小鼠肺损伤的治疗效果和机制	首次发现COS可作为新型ALDH2激活剂，通过抑制ZBP1介导的内皮细胞PANoptosis来治疗AP相关急性肺损伤（ALI），为AP相关ALI治疗提供了全新靶点	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未进行人体临床试验	探究COS对AP相关ALI的治疗效果及其分子机制	急性胰腺炎小鼠模型和人脐静脉内皮细胞	生物医学	急性胰腺炎和急性肺损伤	转录组测序、单细胞RNA测序、孟德尔随机化、分子对接、分子动力学模拟、Western blot、ELISA	小鼠急性胰腺炎模型和体外内皮细胞损伤模型	基因表达数据、蛋白质数据	未明确说明具体样本数量，但涉及健康小鼠、AP模型小鼠和人脐静脉内皮细胞
828	2025-05-27	Single-cell RNA sequencing in the study of human retinal organoids 2025-Jul, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2025.110417 PMID:40320034	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类视网膜类器官研究中的应用及其在视网膜发育和疾病研究中的重要作用	scRNA-seq技术能够识别不同的细胞群体、揭示发育轨迹和视网膜疾病的分子特征，为视网膜神经发生、细胞多样性及退行性疾病的病理生理学提供了新见解	NA	探讨scRNA-seq在视网膜类器官研究中的应用及其对理解视网膜发育和疾病的贡献	人类视网膜类器官（ROs）	生物医学研究	视网膜退行性疾病	scRNA-seq, 空间转录组学, CRISPR筛选	NA	单细胞RNA测序数据	NA
829	2025-05-27	Calceolarioside B targets MMP12 in the tumor microenvironment to inhibit M2 macrophage polarization and suppress hepatocellular carcinoma progression 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156805 PMID:40347889	研究论文	本研究探讨了Calceolarioside B通过靶向肿瘤微环境中的MMP12抑制M2巨噬细胞极化，从而抑制肝细胞癌进展的机制	首次发现Calceolarioside B作为MMP12的新型抑制剂，能够调节肿瘤微环境中的TAMs，为肝细胞癌治疗提供了新的靶向策略	研究主要基于小鼠模型和体外共培养系统，尚未在人体临床试验中验证	探究Calceolarioside B对肝细胞癌中肿瘤相关巨噬细胞的影响及其潜在靶点和调控机制	肝细胞癌（HCC）及其肿瘤微环境中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肝细胞癌	细胞热转移实验、小分子下拉实验、表面等离子体共振、单细胞RNA测序、TCGA数据分析	小鼠肝内移植HCC模型、巨噬细胞-HCC细胞共培养系统	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
830	2025-05-27	Ophiopogonin C protects against acute lung injury by fatal sepsis through pyroptosis macrophage 2025-Jul, Phytomedicine : international journal of phytotherapy and phytopharmacology IF:6.7Q1 DOI:10.1016/j.phymed.2025.156698 PMID:40397999	research paper	研究揭示了麦冬皂苷C通过抑制巨噬细胞焦亡来对抗致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	发现麦冬皂苷C通过抑制DDX3X与NLRP3的相互作用来减少巨噬细胞焦亡，从而保护急性肺损伤	研究仅在小鼠模型和单细胞数据中进行，尚未进行人体临床试验	揭示麦冬皂苷C对致命性脓毒症引起的急性肺损伤的保护机制	小鼠模型和脓毒症患者的单细胞数据	医学研究	急性肺损伤	单细胞RNA测序、分子对接模型	小鼠脓毒症模型	实验数据、单细胞数据	小鼠模型及脓毒症患者的单细胞数据
831	2025-05-27	The upregulation of TNKS1 drives the phenotypic switching of vascular smooth muscle cells in aortic dissection through the activation of ferroptosis 2025-Jun-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114722 PMID:40359887	研究论文	本研究探讨了TNKS1在主动脉夹层（AD）中对人类主动脉平滑肌细胞（HASMCs）表型转换的影响，揭示了TNKS1通过激活铁死亡驱动HASMCs表型转换的机制	首次发现TNKS1通过激活铁死亡驱动HASMCs表型转换，揭示了TNKS1在AD发病中的关键作用	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	探究TNKS1在AD发病中的作用机制	人类主动脉平滑肌细胞（HASMCs）	心血管疾病研究	主动脉夹层	单细胞RNA测序、WB、免疫荧光、RT-q-PCR、划痕实验、Co-IP	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
832	2025-05-27	Bile acids produced by gut microbiota activate TGR5 to promote colorectal liver metastasis progression by inducing MDSCs infiltration in liver 2025-Jun-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114829 PMID:40367692	research paper	该研究揭示了肠道微生物产生的胆汁酸通过激活TGR5促进结直肠肝转移的机制	发现了LCA通过TGR5-CCL3轴招募MDSCs的新机制，并揭示了MDSCs在肿瘤微环境中的双重作用	研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证	探究结直肠肝转移(CRLM)的免疫抑制微环境形成机制	结直肠癌肝转移小鼠模型	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光、Luminex多重检测	小鼠疾病模型	代谢组学数据、单细胞转录组数据	四个小鼠队列(CRC、CRLM、LCA-fed CRC和LCA-fed CRLM)
833	2025-05-27	Compromised adenosine-A2AR axis contributes to recurrent spontaneous abortion by promoting proinflammatory macrophage polarization 2025-Jun-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2025.114838 PMID:40373597	研究论文	本研究探讨了复发性自然流产(RSA)与巨噬细胞极化之间的关系，发现腺苷(Ado)可能作为生物标志物和治疗靶点	揭示了腺苷-A2AR轴在RSA中的作用机制，发现HK2过表达与巨噬细胞极化相关	研究样本量未明确说明，且体外实验结果需进一步体内验证	探究RSA的发病机制并寻找潜在治疗靶点	RSA患者的蜕膜组织和正常妊娠组织	生殖医学	复发性自然流产	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
834	2025-05-27	Multidimensional bioinformatics analysis reveals the potential carcinogenic role of acrylamide in colorectal cancer 2025-Jun-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118281 PMID:40347726	研究论文	本研究通过多维生物信息学分析揭示了丙烯酰胺在结直肠癌中的潜在致癌作用	识别了四个关键的丙烯酰胺相关结直肠癌驱动基因，并揭示了它们通过PI3K-AKT通路和免疫抑制微环境的作用机制	需要在更多队列和实验模型中验证关键靶点	阐明丙烯酰胺诱导结直肠癌的分子机制，为早期诊断和预防提供理论基础	丙烯酰胺相关基因和结直肠癌差异表达基因	生物信息学	结直肠癌	双向双样本孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接	NA	基因表达数据	来自GEO和CTDbase数据库的数据，以及TCGA数据
835	2025-05-27	Network toxicological and single-cell sequencing reveals the potential mechanisms of psoriatic toxicity of polybrominated diphenyl ethers 2025-Jun-15, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118307 PMID:40367614	研究论文	本研究通过网络毒理学和单细胞测序技术探讨了多溴联苯醚（PBDEs）诱导银屑病毒性的潜在机制	结合网络毒理学和单细胞测序技术，首次在单细胞分辨率下揭示了PBDEs通过IL-24信号通路激活免疫细胞的机制，并鉴定了与银屑病发病相关的关键靶点	研究主要基于生物信息学分析和分子对接，缺乏体内或体外实验验证	探究多溴联苯醚（PBDEs）诱导银屑病毒性的分子机制	多溴联苯醚（PBDEs）与银屑病的关联机制	网络毒理学与单细胞测序	银屑病	网络毒理学分析、单细胞测序、分子对接	NA	基因表达数据、蛋白质相互作用数据	NA
836	2025-05-27	Machine Learning and Mendelian Randomization Reveal a Tumor Immune Cell Profile for Predicting Bladder Cancer Risk and Immunotherapy Outcomes 2025-Jun, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.01.016 PMID:40122457	研究论文	本研究旨在利用肿瘤浸润免疫细胞（TIIC）相关基因开发膀胱癌（BLCA）的预测模型	构建了一个新的TIIC特征评分，用于BLCA的预后和免疫治疗预测，并发现该评分与患者生存状态、肿瘤分期及PD-L1免疫治疗反应显著相关	未发现非癌性膀胱状况与BLCA之间的显著统计学关联，仅在SNP位点rs3763840上发现显著关联	开发膀胱癌的预测模型并评估其预后和免疫治疗反应	膀胱癌患者及其肿瘤浸润免疫细胞相关基因	机器学习	膀胱癌	RNA表达数据分析、scRNA-seq、孟德尔随机化	20种机器学习算法	RNA表达数据、单细胞RNA测序数据	来自TCGA和GEO数据库的多个RNA表达数据集和scRNA-seq数据
837	2025-05-27	Autophagy-related gene SQSTM1 predicts the prognosis of hepatocellular carcinoma 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110358 PMID:40378566	研究论文	本研究通过结合生物信息学和实验方法，构建了一个基于自噬相关基因的预测模型，以预测肝细胞癌（HCC）的预后，并筛选出核心基因SQSTM1作为潜在的治疗靶点	构建了一个新的基于自噬相关基因的风险预测模型，并验证了其优于现有模型的预测性能，同时发现SQSTM1在肿瘤相关巨噬细胞中显著富集，可作为独立的预后因素	研究依赖于公开数据集（TCGA、GEO、ICGC）的数据，可能受限于数据的质量和样本量	阐明自噬通路在HCC中的作用，并识别潜在的治疗靶点，以改善HCC的诊断和治疗	肝细胞癌（HCC）患者及其相关基因表达数据	生物信息学	肝细胞癌	生物信息学分析、单细胞测序、药物敏感性分析	机器学习模型	基因表达数据	TCGA、GEO和ICGC数据集中的HCC样本
838	2025-05-27	Spatiotemporal transcriptome atlas of developing mouse lung 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.03.012 PMID:40118721	research paper	该研究通过高通量空间转录组学技术，构建了小鼠肺部发育的时空转录组图谱，涵盖了从E12.5到P0的关键发育事件	首次报道了发育中肺部的全面时空转录组图谱，整合了单细胞RNA测序数据，识别了10个对功能性肺组织至关重要的空间域	研究仅限于小鼠模型，未直接验证人类肺部发育的相关性	理解哺乳动物肺部的功能发育过程及其分子机制	发育中的小鼠肺部	空间转录组学	NA	高通量空间转录组学, 单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从小鼠E12.5到P0的肺部发育阶段
839	2025-05-27	An automatic annotation tool and reference database for T cell subtypes and states at single-cell resolution 2025-May-30, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2025.02.043 PMID:40157887	research paper	该研究构建了一个包含1,348,268个T细胞的人类T细胞参考数据库，并开发了一个名为STCAT的自动注释工具，用于从单细胞RNA测序数据中自动注释T细胞亚型和状态	构建了最大的人类T细胞参考数据库，开发了STCAT自动注释工具，其准确率比现有工具高28%，并创建了TCellAtlas数据库供用户浏览和分析数据	NA	为T细胞亚型和状态提供一个参考列表和自动注释工具，以促进T细胞免疫和肿瘤免疫学研究	人类T细胞	生物信息学	lung cancer, COVID-19, ovarian cancer	scRNA-seq	hierarchical models	单细胞RNA测序数据	1,348,268个T细胞，来自35种条件和16种组织
840	2025-05-27	Integrative Analysis of Bulk Multiomics and Single-Cell Transcriptomics Elucidates Age-Related Molecular Landscape Alterations in Cervical Cancer 2025-May-26, Annals of surgical oncology IF:3.4Q1 DOI:10.1245/s10434-025-17464-w PMID:40415156	研究论文	通过整合分析批量多组学和单细胞转录组学数据，揭示了宫颈癌中与年龄相关的分子景观变化	首次对不同年龄段的宫颈癌患者进行全面的分子特征比较，包括转录组、免疫微环境、基因组和表观遗传特征，并结合单细胞RNA测序数据验证	样本量相对有限，尤其是单细胞RNA测序数据仅来自11个样本	探究不同年龄段宫颈癌患者的分子特征差异，为年龄特异性治疗策略提供依据	307名宫颈癌患者的临床和多组学数据，以及11个宫颈癌样本的单细胞RNA测序数据	数字病理学	宫颈癌	批量多组学分析、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据、基因组数据、表观遗传数据、单细胞RNA测序数据	307名患者(TCGA数据库) + 11个单细胞样本(GEO数据库)