单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-09-12	Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas 2025-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02285-0 PMID:40775269	研究论文	通过构建跨物种单细胞肾脏图谱并开发计算工具CellSpectra，分析个体患者细胞通路协调性以推动精准医疗应用	开发了能量化基因表达协调性变化的计算工具CellSpectra，并创建了包含百万细胞、涵盖70多种保守细胞状态的跨物种肾脏图谱	NA	解决单细胞RNA测序在识别个体患者细胞类型特异性分子变化和跨物种差异方面的挑战	人类和啮齿类模型的肾脏细胞及肺癌数据	生物信息学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	计算工具CellSpectra	单细胞基因表达数据	140个样本中的超过100万个细胞
822	2025-09-12	Loeys-Dietz syndrome subtypes exhibit distinct clinical behavior and aortic cellular transcriptomic profiles 2025-Aug, JTCVS open DOI:10.1016/j.xjon.2025.06.013 PMID:40923070	研究论文	本研究整合Loeys-Dietz综合征患者主动脉根部置换术后的纵向临床结果与主动脉平滑肌细胞转录组分析，探讨不同亚型特异性主动脉脆弱性的机制	首次通过单细胞RNA测序比较TGFBR1/2和SMAD3变异患者的平滑肌细胞表型，揭示亚型特异的基因调控模式	单中心研究，样本量有限（单细胞RNA测序仅n=8），随访时间中位数为6.16年	研究Loeys-Dietz综合征不同亚型的临床行为差异及主动脉细胞转录组特征	Loeys-Dietz综合征患者（n=62，其中59例基因确认）	医学遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	临床数据和转录组数据	62例患者（36例TGFBR1/2变异，16例SMAD3变异，7例TGFB2/TGFB3变异），其中8例进行单细胞RNA测序分析
823	2025-09-12	CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574376 PMID:38903082	研究论文	本研究探讨了CREB在酒精性胰腺炎背景下驱动腺泡细胞向导管重编程并促进胰腺癌进展的机制	揭示了CREB与致癌Kras在慢性炎症环境中协同促进胰腺癌进展的分子互作机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明CREB在酒精性胰腺炎相关胰腺癌发展中的作用	转基因小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）及其衍生品系	癌症生物学	胰腺癌	Western blotting、磷酸激酶阵列、qPCR、单细胞RNA测序、谱系追踪	NA	基因表达数据、组织学图像	多种遗传修饰小鼠模型（KC、KCC-/-等）
824	2025-09-12	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序分析dup15q综合征的皮质类器官和死后脑样本，揭示胎儿期和青少年-成人期的分子变化	首次在单细胞水平揭示dup15q综合征发育期和成年期的细胞类型特异性分子变化，并发现类器官与死后样本间高度保守的疾病相关模块	基于死后脑样本和类器官模型，可能无法完全反映活体大脑的动态过程	研究dup15q综合征与自闭症相关的分子机制	dup15q患者来源的iPSC皮质类器官和死后脑样本	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 基因共表达网络分析	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	dup15q患者来源的iPSC皮质类器官和死后脑样本
825	2025-09-12	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	研究论文	提出一种基于贝叶斯融合模型的空间共表达分析方法SpaceBF，用于空间组学数据中分子对的空间共表达检测	首次将贝叶斯融合建模框架应用于空间共表达分析，能够同时估计局部和全局水平的分子共表达，相比现有基于地理空间指标的方法具有更高的特异性和效力	NA	开发稳健的空间共表达分析方法，以更好地理解细胞间通讯中的配体-受体等分子相互作用	空间转录组学和蛋白质组学数据集中的分子对（基因、肽段、脂质、N-聚糖等）	空间组学数据分析	多种癌症	空间转录组学、质谱成像	Bayesian fused modeling framework	空间组学数据	NA
826	2025-09-12	A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.15.531610 PMID:36993575	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间分析构建了Hydra vulgaris神经系统的分子和空间图谱	首次全面表征了Hydra神经系统的神经元类型、空间分布和基因调控网络	NA	揭示神经系统发育、稳态和再生的分子机制	Hydra vulgaris（水螅）的神经系统	发育神经科学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 轨迹推断	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NA
827	2025-09-12	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	研究论文	研究通过工程化病毒蛋白激活STAT5以增强T细胞功能并防止抑制	利用改造的疱疹病毒TIP蛋白非经典方式招募LCK激酶直接激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	NA	增强T细胞疗法在实体瘤中的持久性和功能性	T细胞（特别是CD8+ T细胞）	生物医学工程	肿瘤	单细胞转录组学、蛋白质工程	NA	基因表达数据、功能实验数据	NA
828	2025-09-12	Stable isotope tracing in human plasma-like medium reveals metabolic and immune modulation of the glioblastoma microenvironment 2025-Apr-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.29.542774 PMID:37398280	研究论文	开发了一种使用人血浆样培养基（HPLM）的体外稳定同位素示踪方法，用于研究胶质母细胞瘤微环境中的代谢和免疫调控	整合HPLM优化了体外稳定同位素示踪方法，能够在生理营养水平和完整肿瘤微环境下研究胶质瘤代谢	NA	评估胶质瘤在生理营养水平和完整肿瘤微环境下的代谢特征	人胶质瘤外植体和胶质瘤干细胞样细胞系	肿瘤代谢研究	胶质母细胞瘤	稳定同位素示踪（15N2-谷氨酰胺）、空间转录组学	NA	代谢数据、转录组数据	人IDH野生型胶质母细胞瘤外植体和GSC单培养体系
829	2025-09-12	Large-scale single-cell profiling of stem cells uncovers redundant regulators of shoot development and yield trait variation 2025-Apr-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.04.583414 PMID:38496543	研究论文	通过大规模单细胞分析揭示植物茎尖干细胞中保守的调控因子及其与产量性状的关联	首次在玉米和拟南芥中高效捕获茎尖干细胞并进行跨物种比较，发现核糖体相关RNA结合蛋白和糖激酶基因家族等新型调控因子	NA	挖掘植物茎尖干细胞调控因子以指导作物工程化增产	玉米和拟南芥的茎尖干细胞	植物发育生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、空间转录组学	NA	单细胞转录组数据	数千个干细胞表达细胞（涵盖野生型和突变体）
830	2025-09-12	Precision and Accuracy in Quantitative Measurement of Gene Expression from Single-Cell/Nuclei RNA Sequencing Data 2025-Apr-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.12.589216 PMID:38659857	研究论文	本研究系统评估了单细胞/单核RNA测序数据中基因表达定量测量的精度和准确性，并提出了优化实验设计的实用指南	首次大规模系统评估sc/snRNA-Seq数据的定量精度和准确性，建立了基于数据的实验设计阈值，并开发了VICE工具来评估数据质量和预测差异表达结果的真实阳性率	研究主要基于技术重复和样本匹配数据评估，可能无法完全覆盖所有生物学变异来源	提高单细胞/单核RNA测序研究的可靠性和可重复性	单细胞和单核RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq, snRNA-Seq	NA	基因表达数据	23个数据集，包含3,682,576个细胞，来自339个样本
831	2025-09-12	Chronic hyperactivation of midbrain dopamine neurons causes preferential dopamine neuron degeneration 2025-Mar-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.05.588321 PMID:38645054	研究论文	通过化学遗传学小鼠模型研究慢性多巴胺神经元过度激活导致帕金森病样选择性神经元退行性变的机制	首次建立慢性多巴胺神经元过度激活模型，揭示神经活动增强导致黑质致密部多巴胺神经元选择性易损性的新机制	动物模型研究，需进一步验证人类病理生理过程的相关性	探究慢性神经活动改变在多巴胺神经元退行性变中的作用机制	中脑多巴胺神经元，特别是黑质致密部多巴胺神经元	神经科学	帕金森病	化学遗传学(DREADD)、电生理学、空间转录组学	DREADD小鼠模型	电生理数据、行为数据、分子生物学数据	DREADD转基因小鼠模型及人类患者样本对照验证
832	2025-09-12	Unveiling the mechanism of Pogostemon cablin (Blanco) Benth in treating heat illnesses via network pharmacology and molecular simulation 2025, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0331401 PMID:40920657	研究论文	本研究结合网络药理学和分子模拟技术，揭示广藿香治疗热病的分子机制	首次整合网络药理学、单细胞RNA测序和分子动力学模拟，系统阐明广藿香治疗热病的作用靶点	样本量较小（11例患者和14例健康志愿者），需要更大规模研究验证	探究广藿香治疗热病的分子作用机制	热病患者和健康志愿者的外周血样本	网络药理学	热病	RNA测序、WGCNA、分子对接、分子动力学模拟	NA	RNA测序数据	25例样本（11例患者+14例健康志愿者）
833	2025-09-12	NAD + activates renal metabolism and protects from chronic kidney disease in a model of Alport syndrome 2024-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.580911 PMID:38464264	研究论文	本研究通过Alport综合征小鼠模型，揭示了NAD+补充通过激活肾脏代谢和恢复近端肾小管脂肪酸氧化来延缓慢性肾病进展的机制	首次在Alport模型中应用单核RNA测序和空间转录组学技术，并首次报道该模型中转录水平的性别差异	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果仍需进一步验证	探究NAD+补充保护慢性肾病的分子机制和主要作用细胞类型	Alport综合征小鼠模型（两性）	肾脏病学	慢性肾病	RNA测序（bulk和单核）、空间转录组学、正交成像技术、生化检测	NA	转录组数据、图像数据、生化数据	Alport综合征小鼠模型（未明确具体数量，包含两性个体）
834	2025-09-12	Modeling Glioma Intratumoral Heterogeneity with Primary Human Neural Stem and Progenitor Cells 2024-Oct-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.10.20.619254 PMID:39484434	研究论文	利用人类神经干细胞和祖细胞建立胶质瘤模型，研究肿瘤内异质性	首次使用从胎儿脑组织纯化的同源神经干细胞和祖细胞系，结合scRNA-seq技术量化细胞起源对胶质瘤异质性的影响	研究基于免疫缺陷小鼠模型，可能无法完全模拟人体免疫环境	探究细胞起源如何塑造胶质瘤的肿瘤内异质性	人类神经干细胞(NSCs)、胶质祖细胞(GPCs)和少突胶质前体细胞(OPCs)	肿瘤生物学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq), 基因敲减, 细胞移植	NA	基因表达数据	三种同源人类神经细胞系移植到免疫缺陷小鼠大脑
835	2025-09-12	Multi-condition and multi-modal temporal profile inference during mouse embryonic development 2024-Sep-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.03.03.583179 PMID:38496477	研究论文	提出一种名为Sunbear的联合建模框架，用于整合跨时间的多条件和多模态单细胞数据	能够同时处理多条件和多模态单细胞时间序列数据，实现时间剖面推断、数据对齐和模态外推	基于破坏性单细胞测量，无法捕获特定细胞的完整时间轨迹	开发单细胞时间序列数据的整合与推断方法	小鼠胚胎发育过程中的单细胞数据	计算生物学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq	联合建模框架	单细胞时间序列数据	未明确说明样本数量
836	2025-09-12	Chronic social defeat stress induces meningeal neutrophilia via type I interferon signaling 2024-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.08.30.610447 PMID:39257811	研究论文	研究发现慢性社交挫败应激通过I型干扰素信号通路诱导小鼠脑膜中性粒细胞增多	首次揭示I型干扰素信号通路在脑膜中性粒细胞招募中的介导作用，并证明阻断该通路可缓解应激相关行为症状	研究局限于小鼠模型，人类临床相关性尚需验证	探究慢性应激诱导脑膜免疫反应的机制及其与应激相关障碍的关联	小鼠模型	神经免疫学	应激相关障碍	细胞计数术、免疫组化、全组织透明化、单细胞测序	NA	细胞图像、基因表达数据	NA
837	2025-09-12	Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data 2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.22.590194 PMID:38712147	研究论文	介绍NS-Forest v4.0算法及其Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优细胞类型分类标记基因	提出NS-Forest v4.0版本，增强了对紧密相关细胞类型中高选择性表达模式标记基因的选择能力，并引入On-Target Fraction指标量化标记特异性	NA	开发可扩展的数据驱动方法，以最小必要且充分的标记基因组合实现细胞类型分类的最大准确度	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	scRNA-seq	random forest	基因表达数据	包含数百万细胞的大规模scRNA-seq图谱数据
838	2025-09-12	Defining the T cell transcriptional landscape in pediatric liver transplant rejection at single cell resolution 2024-Feb-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.26.582173 PMID:38464256	研究论文	本研究利用单细胞测序技术描绘了儿童肝移植排斥反应中T细胞的转录组特征	首次在单细胞分辨率下定义了晚期急性细胞排斥反应中CD8+ T细胞的克隆扩增、基因表达谱及其与库普弗细胞的互作机制	样本量较小（14名患者），且为回顾性研究	探究儿童肝移植后晚期急性细胞排斥反应的免疫机制	儿童肝移植受者的肝活检组织	单细胞生物学	肝移植排斥反应	单细胞测序（10X Genomics）、免疫受体谱分析	NA	单细胞转录组数据	14名患者的30份冷冻肝活检样本（5份无排斥，9份有排斥）
839	2025-09-12	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537881 PMID:37162914	研究论文	提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM	开发了使用泊松双线性模型的快速估计算法，能扩展到百万级细胞数据集并量化潜在位置的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序数据降维中虚假异质性掩盖和计算不可行性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	广义双线性模型（GBM），泊松双线性模型	基因表达计数数据	能处理百万级细胞的大型数据集
840	2025-09-12	Single-cell transcriptome sequencing of plant leaf expressing anti-HER2 VHH-FcK cancer therapeutic protein 2023-12-19, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-023-02833-5 PMID:38114492	研究论文	利用单细胞转录组测序分析转基因烟草叶片中抗HER2 VHH-FcK癌症治疗蛋白的表达模式	首次在植物组织中应用scRNA-seq技术解析重组治疗蛋白的细胞类型特异性表达	仅针对烟草叶片进行研究，未涉及其他植物组织或物种	优化植物生物量中重组治疗蛋白的生产策略	转基因烟草（Nicotiana tabacum）叶片细胞	植物生物技术	乳腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	单细胞转录组数据	转基因烟草叶片细胞