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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 821 | 2026-05-19 |
Single-cell RNA sequencing unveils dynamic transcriptional profiles during the process of donkey spermatogenesis and maturation
2025-01, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110974
PMID:39694081
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研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示了驴精子发生和成熟过程中的动态转录谱 | 首次提供驴精子发生和成熟的单细胞分辨率转录图谱,发现CDK1、CETN3和UBE2J1等基因在特定生殖细胞中的表达模式 | NA | 解析驴精子发生和成熟的单细胞转录组特征 | 驴睾丸和附睾组织中的生殖细胞和体细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 822 | 2026-05-19 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of myofibroblasts in wound repair
2025-01, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2024.110982
PMID:39706310
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序揭示皮肤伤口愈合过程中肌成纤维细胞的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序对皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕中的肌成纤维细胞进行深入分析,发现了11个亚群,并揭示了特定亚群在慢性溃疡中的关键作用 | 研究样本主要来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕,可能无法完全代表所有伤口愈合类型;动物模型验证尚需更多临床数据支持 | 探索肌成纤维细胞在不同伤口愈合场景中的异质性及其对伤口修复的影响 | 来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕的89148个细胞 | 单细胞组学 | 皮肤溃疡, 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 89148个细胞(来自皮肤溃疡、瘢痕疙瘩和正常瘢痕) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 823 | 2026-05-19 |
Sex-specific effects of injury and beta-adrenergic activation on metabolic and inflammatory mediators in a murine model of post-traumatic osteoarthritis
2024-09, Osteoarthritis and cartilage
IF:7.2Q1
DOI:10.1016/j.joca.2024.03.109
PMID:38527663
|
研究论文 | 研究损伤和β-肾上腺素能激活对小鼠创伤后骨关节炎代谢和炎症介质的性别特异性影响 | 首次揭示β-肾上腺素受体激动剂异丙肾上腺素在雌性而非雄性小鼠中抑制创伤后骨关节炎相关炎症,表明交感神经信号通路治疗存在性别差异 | 研究仅观察急性效应,未评估长期治疗结果;仅使用单一βAR激动剂,未测试其他激动剂或拮抗剂 | 探究关节内β-肾上腺素受体刺激对创伤后骨关节炎相关炎症的抑制作用及其性别差异 | 12周龄雄性和雌性小鼠的膝部损伤模型,特别是髌下脂肪垫和滑膜组织 | NA | 创伤后骨关节炎 | 多重基因表达分析、滑液代谢组学、单细胞RNA测序分析 | NA | 基因表达数据、代谢组学数据、组织学图像 | 12周龄雄性和雌性小鼠,具体样本量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 分析已发表的单细胞RNA测序数据,未指定具体平台 |
| 824 | 2026-05-19 |
METI: deep profiling of tumor ecosystems by integrating cell morphology and spatial transcriptomics
2024-08-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51708-9
PMID:39181865
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研究论文 | METI通过整合细胞形态与空间转录组学,深度描绘肿瘤生态系统 | 提出了形态学增强空间转录组分析整合器(METI),弥补了现有工具未充分考虑组织学特征且依赖单细胞RNA测序数据的不足 | 文中未提及具体限制 | 开发一种整合细胞形态与空间转录组学的分析框架,以更深入地理解肿瘤微环境中的分子景观和细胞相互作用 | 多种肿瘤组织,包括胃癌、肺癌、膀胱癌及癌前病变组织 | 计算机视觉, 机器学习 | 肺癌, 胃癌, 膀胱癌 | 空间转录组学 | NA | 图像, 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 825 | 2026-05-19 |
Improved characterization of single-cell RNA-seq libraries with paired-end avidity sequencing
2024-Jul-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.10.602909
PMID:39026715
|
研究论文 | 评估Element Biosciences的亲和力测序技术读取单细胞RNA-seq文库中同聚物序列的能力,并分析其对read比对和多聚腺苷酸化位点定量的影响 | 首次验证亲和力测序技术能够准确读取胸腺嘧啶同聚物序列,并利用双端比对直接分配reads到多聚腺苷酸化位点,绕过传统方法的复杂性和局限性 | 双端比对在提升read比对率方面并不一致优于单端比对,且未排除其他新兴平台具有类似性能的可能性 | 评估亲和力测序技术用于单细胞RNA-seq文库表征的准确性和有效性 | 单细胞RNA-seq文库中经poly(dT)引物逆转录产生的cDNA片段 | 自然语言处理 | NA | RNA-seq | NA | 测序数据 | NA | Element Biosciences, Illumina | 单细胞RNA-seq | Element Aviti, Illumina测序平台 | Element Aviti仪器采用亲和力测序化学,Illumina平台用于对比 |
| 826 | 2026-05-19 |
A brief history of somatostatin interneuron taxonomy or: how many somatostatin subtypes are there, really?
2024, Frontiers in neural circuits
IF:3.4Q2
DOI:10.3389/fncir.2024.1436915
PMID:39091993
|
评论 | 综述了生长抑素中间神经元分类的历史,重点讨论了基于单细胞RNA-seq的现代分类方法及其对实验神经科学的影响 | 提出将生长抑素中间神经元划分为约十个“超型”作为最实用的分类层级,批评基于细微基因表达差异的精细分类缺乏表型差异,对实验研究帮助有限 | 作者承认该综述具有主观偏见,未涵盖所有相关研究,且对基因表达差异的生物学意义评估可能不全面 | 探讨生长抑素中间神经元分类的演变历史,并建议适用于实验神经科学的实用分类策略 | 生长抑素中间神经元(somatostatin interneurons) | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA(综述文章,未涉及具体样本) | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 827 | 2026-05-19 |
Histamine H4 receptor and TRPV1 mediate itch induced by cadaverine, a metabolite of the microbiome
2024 Jan-Dec, Molecular pain
IF:2.8Q2
DOI:10.1177/17448069241272149
PMID:39079948
|
研究论文 | 研究发现微生物代谢物尸胺通过组胺H4受体和TRPV1通路介导瘙痒反应 | 首次揭示尸胺作为一种新型内源性瘙痒原,通过结合H4R并激活TRPV1信号通路诱导瘙痒 | 研究仅在小鼠模型中进行,尚未在人体中验证,且未完全阐明肠道微生物产生尸胺与瘙痒之间的直接体内联系 | 探究尸胺是否调节疼痛或瘙痒及其分子机制 | 小鼠及DRG神经元 | 机器学习 | 瘙痒相关疾病 | 分子对接模拟、scRNA-Seq、钙成像、膜片钳 | NA | 序列数据、成像数据 | 实验小鼠及DRG神经元样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 828 | 2026-05-19 |
Nature and nurture in fruit fly hearing
2024, Frontiers in neural circuits
IF:3.4Q2
DOI:10.3389/fncir.2024.1503438
PMID:39568979
|
综述 | 综述了果蝇听觉感知中先天性因素和学习性因素的研究进展 | 将单细胞转录组和脑连接组学数据与传统分子遗传学结合,研究果蝇听觉感知中的“先天与后天”交互作用 | 未提供 | 概述果蝇鸣声偏好的本质及其神经机制 | 果蝇 | 机器学习 | 未提供 | 单细胞转录组 | 未提供 | 转录组数据 | 未提供 | 未提供 | 单细胞RNA测序 | 未提供 | 未提供 |
| 829 | 2026-05-18 |
CEP-IP: An explainable framework for cell subpopulation identification in single-cell transcriptomics
2026-Aug-01, Computer methods and programs in biomedicine
IF:4.9Q1
DOI:10.1016/j.cmpb.2026.109372
PMID:42070479
|
研究论文 | 提出一种名为CEP-IP的可解释机器学习框架,用于在单细胞转录组学中识别具有强单调基因模块关系的细胞亚群 | 首次引入可解释机器学习框架CEP-IP,通过单细胞解释力分类和拐点分析识别具有成对单调基因模块关系的细胞亚群,解决了现有scRNA-seq框架缺乏可解释性的问题 | 未明确说明局限性,但可能受限于仅验证了前列腺癌、Allen中间颞叶和胶质母细胞瘤数据集,泛化性需进一步研究 | 开发一种可解释框架来识别单细胞转录组中具有强单调基因模块关系的细胞亚群 | 前列腺癌scRNA-seq数据集、Allen中间颞叶数据集、Neftel胶质母细胞瘤多形性数据集 | 机器学习 | 前列腺癌、胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | 广义加性模型 | 单细胞转录组数据 | 三个独立scRNA-seq数据集,具体样本量未提及 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 830 | 2026-05-18 |
TCEP flame retardant linked to prostate cancer progression: Integrative analysis and novel biomarker discovery
2026-Jul-01, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987)
DOI:10.1016/j.envpol.2026.128248
PMID:42092422
|
研究论文 | 研究了阻燃剂TCEP对前列腺癌进展的影响,通过多组学分析发现了一种新型生物标志物 | 首次揭示了TCEP暴露可驱动前列腺癌进展与转移,并发现了四个基因的预后生物标志物组合 | 分子对接模拟需进一步实验验证,且研究仅基于细胞系和动物模型 | 探究TCEP对前列腺癌侵袭性的影响及其分子机制 | 前列腺癌细胞系DU-145和LNCaP、小鼠异种移植模型、患者转录组数据(TCGA-PRAD) | 数字病理学 | 前列腺癌 | 蛋白质组学、单细胞RNA测序、分子对接模拟 | 无特定模型 | 蛋白质组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 两种细胞系及小鼠模型,患者数据来自TCGA数据库 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 831 | 2026-05-18 |
Serum procalcitonin: A novel tumor biomarker for diagnosis and disease monitoring in fibrolamellar hepatocellular carcinoma
2026-Jun, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2026.01.015
PMID:41654224
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研究论文 | 该研究探讨血清降钙素原作为纤维板层肝细胞癌的新型肿瘤标志物,用于诊断和疾病监测 | 首次发现并验证降钙素原在纤维板层癌中显著升高,可作为特异性血清生物标志物,优于传统标志物 | 样本量较小(18例FLC患者),需在更大更多样化的队列中进行前瞻性研究以完善诊断阈值并确认特异性 | 评估血清降钙素原在纤维板层肝细胞癌诊断和监测中的价值 | 纤维板层癌、肝细胞癌、胆管癌、肝硬化患者及不同肝肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序、空间转录组学、免疫组化 | NA | 基因表达数据、组织图像 | 18例FLC患者(34份血清)、64例HCC、24例CCA、20例肝硬化;RNA测序:27例FLC、331例HCC、39例CCA、71例肝母细胞瘤、34例肝腺瘤、55份非肿瘤肝组织;空间转录组学:3例FLC肿瘤;免疫组化:13例FLC肿瘤和34例其他肝肿瘤 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 832 | 2026-05-18 |
Oscillatory gene expression in cell differentiation and tissue patterning
2026-Jun, Current opinion in genetics & development
IF:3.7Q2
DOI:10.1016/j.gde.2026.102470
PMID:41967294
|
综述 | 探讨振荡基因表达在细胞分化和组织模式形成中的功能作用 | 结合成像技术和单细胞转录组学的最新进展,揭示超日节律基因表达在细胞命运决定中的调控机制 | 振荡基因表达的生物学功能仍不完全清楚,需要进一步研究 | 总结振荡基因表达在细胞命运调控中的功能作用进展 | 振荡基因表达模式及其在细胞分化和组织模式中的作用 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 文本 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞转录组测序技术 |
| 833 | 2026-05-18 |
Single-cell profiling of T/NK cell glycosylation and interaction networks during liver cirrhosis
2026-Jun, Digestive and liver disease : official journal of the Italian Society of Gastroenterology and the Italian Association for the Study of the Liver
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.dld.2026.02.019
PMID:41991450
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研究论文 | 本研究整合单细胞转录组学和糖基化分析,探索肝硬化进展中T/NK细胞糖基化相关基因表达和细胞相互作用的改变 | 首次从单细胞水平系统分析肝硬化中T/NK细胞的糖基化变化及其在免疫失调中的作用 | 研究未提供具体样本大小和验证实验,结论基于单一技术平台 | 探究肝硬化过程中T/NK细胞糖基化模式变化及其对免疫调节的影响 | 肝硬化患者与健康对照的肝脏组织中T/NK细胞 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 834 | 2026-05-18 |
Integrative multi-omics analysis identifies a core ferroptosis signature and validates resveratrol as a novel inducer in pancreatic cancer
2026-May-16, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology
DOI:10.1007/s00210-026-05385-8
PMID:42142137
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研究论文 | 通过整合多组学数据识别胰腺导管腺癌的铁死亡核心特征,并验证白藜芦醇作为新型铁死亡诱导剂的作用 | 首次通过整合转录组学、机器学习和单细胞转录组分析,系统识别胰腺癌铁死亡核心基因网络,并揭示白藜芦醇通过HIF-1/TGF-β信号通路和巨噬细胞串扰诱导铁死亡的机制 | 主要基于公开数据集和体外实验验证,缺乏大规模临床样本和体内动物模型的进一步确认 | 探索胰腺导管腺癌中铁死亡的调控机制,并评估白藜芦醇作为新型铁死亡诱导剂的治疗潜力 | 胰腺导管腺癌患者的转录组数据和肿瘤组织样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 转录组测序, 单细胞转录组测序, 机器学习, 分子对接 | LASSO回归, SVM-RFE, WGCNA | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 整合GSE28735和GSE62452两个数据集,以及单细胞数据集GSE197177,具体样本数量未明确 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 835 | 2026-05-18 |
Whole genome methylation profiling of menstrual stem cells identifies novel biomarkers for endometriosis
2026-May-16, Communications medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1038/s43856-026-01641-3
PMID:42143138
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研究论文 | 通过月经干细胞全基因组甲基化测序,鉴定了子宫内膜异位症的新型生物标志物,并评估其诊断性能 | 首次利用月经血来源干细胞的DNA甲基化谱作为非侵入性诊断工具,结合机器学习模型实现高准确率分类,并整合单细胞RNA测序数据验证生物学相关性 | 样本量较小(42例),未提及外部独立验证队列,缺乏纵向随访数据验证早期诊断潜力 | 开发子宫内膜异位症的非侵入性诊断生物标志物,揭示疾病发病机制的表观遗传学基础 | 子宫内膜异位症患者和健康对照女性的月经血来源干细胞 | 机器学习 | 子宫内膜异位症 | 全基因组甲基化测序,单细胞RNA测序 | 机器学习模型(具体类型未指定) | 甲基化序列数据,单细胞RNA表达数据 | 42例女性(19例子宫内膜异位症,23例对照) | Illumina | 全基因组甲基化测序,单细胞RNA测序 | Illumina测序平台(具体产品未指明),单细胞RNA测序平台(未指明) | NA |
| 836 | 2026-05-18 |
EPHB2 drives EMT-linked vasculogenic mimicry and cervical cancer progression via an ERK-ETV4 transcriptional program
2026-May-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08300-0
PMID:42143313
|
研究论文 | 发现EPHB2通过ERK-ETV4转录程序驱动宫颈癌中EMT相关的血管生成拟态和癌症进展 | 首次阐明EPHB2在宫颈癌中通过ERK-ETV4信号轴协调EMT与血管生成拟态机制,并提出其作为侵袭性宫颈癌的生物标志物和治疗靶点 | 未明确EPHB2-ERK-ETV4模块在临床样本中的直接验证以及与其他信号通路的交叉调控 | 阐明EPHB2在宫颈癌血管生成拟态和上皮-间充质转化中的功能角色及分子机制 | 宫颈癌患者组织样本、HeLa细胞、SiHa细胞及异种移植小鼠模型 | 机器学习 | 宫颈癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 免疫组化, 实时定量PCR, Western blot, 功能获得和缺失实验 | NA | 转录组数据, 单细胞转录组数据, 临床病理数据 | 公共转录组队列GSE168244(肿瘤vs正常), GSE138080(癌前vs正常); TCGA-CESC队列; 单细胞RNA-seq数据GSE168652; 机构IHC队列 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | Illumina测序平台(通过公共数据来源) | NA |
| 837 | 2026-05-18 |
A multi-omics dissection of INHBA+ CAF-mediated epithelial-mesenchymal transition and immune suppression in colorectal cancer
2026-May-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08232-9
PMID:42143353
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研究论文 | 通过对结直肠癌组织的单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了INHBA+癌症相关成纤维细胞在促进上皮-间充质转化和免疫抑制中的空间功能分工 | 首次通过高分辨率Xenium原位转录组学结合单细胞测序,揭示了两种空间隔离的INHBA+ CAF亚群(肌成纤维细胞CAF和炎症CAF)在结直肠癌中分别驱动EMT和免疫抑制的分工机制 | 未在摘要中明确说明局限性 | 阐明结直肠癌中特定CAF亚群的空间功能异质性及其在肿瘤进展和免疫逃逸中的作用 | 结直肠癌组织样本中的癌症相关成纤维细胞亚群 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, Xenium原位转录组学, 空间转录组学, 免疫组化 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, 组织图像 | 结直肠癌组织样本(具体数量未在摘要中说明) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 10x Chromium, 10x Xenium | 10x Chromium Single Cell 3' 用于单细胞RNA测序, 10x Xenium 原位分析平台用于高分辨率空间转录组学 |
| 838 | 2026-05-18 |
NPC2 deficiency as a potential target drives malignancy and chemo-resistance in DLBCL
2026-May-16, Biology direct
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13062-026-00833-0
PMID:42143364
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析,发现NPC2在弥漫大B细胞淋巴瘤中低表达与不良预后和化疗耐药相关,并通过线粒体功能障碍和细胞运动增强促进肿瘤恶性进展 | 首次揭示NPC2通过调控线粒体功能和细胞运动性驱动弥漫大B细胞淋巴瘤的侵袭性和化疗耐药,并验证其作为潜在治疗靶点的价值 | 研究中未涉及NPC2的上游调控机制及下游关键信号通路的具体分子细节,且实验仅在两种细胞系和一种小鼠模型中验证 | 探索弥漫大B细胞淋巴瘤进展和化疗耐药的分子机制,寻找新的治疗靶点 | 弥漫大B细胞淋巴瘤患者样本数据、SU-DHL-4和SU-DHL-2细胞系、NOD-SCID小鼠移植瘤模型 | 机器学习 | 弥漫大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自公共数据库的弥漫大B细胞淋巴瘤单细胞RNA测序数据集 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序 |
| 839 | 2026-05-18 |
Inhibition of macrophage migration inhibitory factor attenuates bleomycin-induced murine pulmonary fibrosis via the MAPK pathway
2026-May-16, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-026-03722-2
PMID:42143357
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和体内外实验,研究巨噬细胞迁移抑制因子(MIF)通过CD74依赖的MAPK通路促进肺纤维化的分子机制 | 首次利用单细胞RNA测序揭示MIF-CD74是肺纤维化中巨噬细胞-成纤维细胞的主要通讯轴,并阐明MAPK通路是下游关键信号机制 | 未提及 | 探究MIF是否通过CD74受体激活特定下游通路,调控成纤维细胞增殖和基质产生,驱动肺纤维化 | 特发性肺纤维化患者、C57BL/6J小鼠、Mif基因敲除小鼠、巨噬细胞-成纤维细胞共培养体系 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序、ELISA、qRT-PCR、Western blotting | NA | 基因表达数据 | 特发性肺纤维化患者血清样本和小鼠肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 840 | 2026-05-18 |
The impact of hypoxia and glycolysis on liver fibrosis
2026-May-16, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-026-08147-5
PMID:42143369
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研究论文 | 系统分析缺氧、糖酵解和乳酰化相关基因在肝纤维化中的作用,并探索潜在诊断标志物和药物重利用策略 | 首次系统鉴定了HGLRGs在肝纤维化中的差异表达,并整合单细胞转录组学验证,同时筛选出FDA批准药物作为潜在靶向治疗剂 | 未提及具体局限性,可能包括样本来源有限、缺乏体外或体内验证实验 | 阐明缺氧、糖酵解和乳酰化相关基因在肝纤维化进展中的功能及诊断价值 | 肝纤维化样本的转录组数据及单细胞转录组数据 | 机器学习 | 肝纤维化 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 未明确说明样本数量 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |