单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-05-31	Scleraxis-expressing progenitor cells are critical for the maturation of the annulus fibrosus and demonstrate therapeutic potential 2025-May, Journal of orthopaedic translation IF:5.9Q1 DOI:10.1016/j.jot.2025.04.009 PMID:40421145	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序等方法，揭示了表达Scleraxis（Scx）的祖细胞在纤维环（AF）成熟和修复中的关键作用及其治疗潜力	首次发现Scx能特异性标记外层AF的祖细胞群，并证实其在AF成熟和损伤修复中的关键作用，为AF修复提供了新的细胞治疗策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证	探索纤维环（AF）祖细胞的特性及其在AF成熟和修复中的作用	小鼠椎间盘中的Scx表达祖细胞	细胞生物学	脊柱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、遗传谱系追踪、体外干细胞实验、消融模型和细胞移植	NA	RNA测序数据	小鼠椎间盘细胞
822	2025-05-31	Endothelial Changes at Different Stages After Ischemic Stroke Contribute to the Regulation of Immune Cell Infiltration 2025-May, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70456 PMID:40421577	research paper	研究探讨了缺血性中风后不同阶段内皮细胞的变化如何调节免疫细胞浸润	揭示了内皮细胞在中风后不同阶段的功能差异及其对免疫细胞浸润的调节机制	研究仅基于小鼠模型，未在人类中进行验证	探究缺血性中风后内皮细胞功能变化与免疫细胞浸润的关系	小鼠的中风模型中的内皮细胞和免疫细胞	脑血管疾病研究	缺血性中风	单细胞RNA测序、流式细胞术、免疫荧光染色	NA	RNA测序数据、流式细胞数据、免疫荧光图像	Sham和MCAO小鼠在术后3天和14天的样本
823	2025-05-31	Exploring the impact of the liver-intestine-brain axis on brain function in non-alcoholic fatty liver disease 2025-May, Journal of pharmaceutical analysis IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.jpha.2024.101077 PMID:40433559	研究论文	本研究探讨了非酒精性脂肪肝病(NAFLD)通过肝-肠-脑轴对脑功能的影响及其潜在治疗干预	揭示了NAFLD中微生物群变化、代谢物改变及关键调控分子对脑功能的影响，并发现DCA通过激活JAK2/STAT3通路导致小胶质细胞炎症激活等新机制	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证不足	阐明NAFLD通过肝-肠-脑轴影响脑功能的分子机制并探索潜在治疗靶点	NAFLD患者和小鼠模型	医学研究	非酒精性脂肪肝病	16S rRNA测序、LC-MS非靶向代谢组学、scRNA-seq	小鼠模型	微生物组数据、代谢组数据、单细胞转录组数据	NAFLD患者和健康人的粪便样本、NAFLD小鼠模型
824	2025-05-31	A tumor necrosis factor-α-responsive cryptic promoter drives overexpression of the human endogenous retrovirus ERVK-7 2025-Apr-30, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2025.108568 PMID:40316021	研究论文	该研究揭示了人类内源性逆转录病毒ERVK-7在肺腺癌中的过度表达机制及其调控网络	发现了ERVK-7的两个新转录本ERVK-7.long和ERVK-7.short，并阐明了它们在肺腺癌中的细胞谱系特异性表达和炎症信号调控机制	研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型中ERVK-7的作用	探究ERVK-7在肺腺癌中的表达调控机制及其临床意义	人类内源性逆转录病毒ERVK-7及其在肺腺癌中的表达	基因组学	肺腺癌	单细胞转录组测序、表观遗传图谱分析	NA	基因组数据、转录组数据	NA
825	2025-05-31	Suppression of NOX2-Derived Reactive Oxygen Species (ROS) Reduces Epithelial-to-MesEnchymal Transition Through Blocking SiO2-Regulated JNK Activation 2025-Apr-30, Toxics IF:3.9Q1 DOI:10.3390/toxics13050365 PMID:40423444	研究论文	研究探讨了NOX2和JNK信号通路在二氧化硅诱导的肺纤维化中的作用及其相互调控机制	揭示了JNK和NOX2信号通路之间的正反馈循环在二氧化硅诱导的上皮-间质转化(EMT)中的关键作用	研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，人类临床数据有限	阐明二氧化硅诱导肺纤维化的分子机制	人类上皮细胞和二氧化硅诱导的小鼠模型	分子病理学	肺纤维化/矽肺病	单细胞测序	NA	分子生物学数据	NA
826	2025-05-31	p63 co-opts the skin Krt8-to-Krt5 transition for enamel organ development 2025-Apr-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.11.637463 PMID:39990386	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制	发现p63在牙釉质器官发育中调控Krt8到Krt5过渡的机制，与皮肤发育中的功能相似	研究仅基于小鼠切牙，未涉及其他牙齿类型或物种	探究p63在牙釉质器官发育中的具体作用机制	小鼠切牙的牙釉质器官	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠切牙样本
827	2025-05-31	3D spatial transcriptomics reveals the molecular structure of input and output pathways in the mouse olfactory bulb 2025-Apr-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639192 PMID:40060607	研究论文	使用3D空间转录组学技术重建小鼠嗅球的解剖和分子组织，揭示其分子结构	首次全面绘制了嗅球的分子结构图，揭示了嗅球分子结构如何受上皮基因表达程序的指导	研究仅针对小鼠嗅球，未涉及其他物种或脑区	探索脊椎动物大脑对称性的分子基础	小鼠嗅球	神经科学	NA	3D空间转录组学	NA	空间转录组数据	近一千个分子上不同的肾小球
828	2025-05-31	Integrating Dynamical Systems Modeling with Spatiotemporal scRNA-Seq Data Analysis 2025-Apr-22, Entropy (Basel, Switzerland) DOI:10.3390/e27050453 PMID:40422408	综述	本文综述了如何利用动态系统建模与时空单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析相结合来研究细胞动态行为	整合了时间分辨scRNA-seq、空间转录组学和时间序列空间转录组学数据，结合计算框架如马尔可夫链、随机微分方程和生成模型，重建细胞动态轨迹和命运决定	NA	从系统角度建模和推断细胞动态行为	单细胞RNA测序数据和时空转录组数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 空间转录组学, 时间序列空间转录组学	马尔可夫链, 随机微分方程（SDEs）, 生成模型（如最优传输和薛定谔桥）	基因表达数据, 时空数据	NA
829	2025-05-31	CellSP: Module discovery and visualization for subcellular spatial transcriptomics data 2025-Apr-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.01.12.632553 PMID:39868198	research paper	介绍了一个名为CellSP的计算框架，用于识别、可视化和描述mRNA的亚细胞空间模式	提出了'基因-细胞模块'的新概念，用于描述在许多细胞中具有协调亚细胞转录分布的基因集	NA	解决亚细胞转录分布功能相关空间模式的识别和解释工具缺乏的问题	亚细胞空间转录组数据	生物信息学	阿尔茨海默病、肾癌	空间转录组学	NA	mRNA分布数据	多种组织和小鼠模型
830	2025-05-31	SMAD4 and KRAS Status Shapes Cancer Cell-Stromal Cross-Talk and Therapeutic Response in Pancreatic Cancer 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-2330 PMID:39841099	research paper	研究探讨了SMAD4和KRAS状态如何影响胰腺癌细胞与基质的相互作用及治疗反应	首次揭示了SMAD4缺失在KRASG12D和KRASG12V驱动的胰腺癌中对肿瘤微环境和治疗敏感性的不同影响	研究主要基于小鼠模型，结果在人类胰腺癌中的适用性需要进一步验证	阐明恶性细胞基因型如何影响胰腺癌细胞与基质细胞的表型及治疗效果	Trp53突变小鼠模型驱动的KRASG12D或KRASG12V胰腺癌	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及多种基因型的小鼠模型
831	2025-05-31	Lineage Tracing and Single-Cell RNA Sequencing Reveal a Common Transcriptional State in Breast Cancer Tumor-Initiating Cells Characterized by IFN/STAT1 Activity 2025-Apr-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-4022 PMID:40230213	研究论文	通过谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了乳腺癌肿瘤起始细胞中由IFN/STAT1活性调控的共同转录状态	开发了一个STAT响应谱系追踪系统，结合单细胞RNA测序技术，识别了TICs中与IFN/STAT1信号相关的转录状态，并发现了新的细胞表面标记物	STAT信号在某些基底样三阴性乳腺癌异种移植模型中无法检测到TICs，表明STAT信号具有TIC相关和TIC独立的功能	研究乳腺癌肿瘤起始细胞的分子表型及其调控机制	乳腺癌肿瘤起始细胞（TICs）	癌症研究	乳腺癌	谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	异种移植模型和临床样本
832	2025-05-31	Induction of macrophage efferocytosis in pancreatic cancer via PI3Kγ inhibition and radiotherapy promotes tumour control 2025-Apr-07, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333492 PMID:39788719	research paper	该研究探讨了通过抑制PI3Kγ和放疗联合治疗胰腺癌，促进巨噬细胞对凋亡细胞的清除（efferocytosis），从而增强抗肿瘤免疫反应	揭示了PI3Kγ信号在限制炎症性巨噬细胞中的作用，并展示了PI3Kγ抑制与靶向放疗联合如何刺激巨噬细胞从免疫耐受转变为抗原呈递	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探索胰腺导管腺癌（PDAC）中免疫抑制机制，并开发新的免疫治疗方法	胰腺导管腺癌（PDAC）小鼠模型和肿瘤相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胰腺癌	流式细胞术、多重免疫组化、RNA测序、单细胞RNA测序	LSL-KrasG12D/+;Trp53R172H/+;Pdx1-Cre基因工程小鼠模型	细胞数据、RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型和新鲜肿瘤样本
833	2025-05-31	Spatial transcriptomics of the aging mouse brain reveals origins of inflammation in the white matter 2025-Apr-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58466-2 PMID:40185750	研究论文	通过空间转录组学技术研究年轻、中年和老年小鼠大脑，揭示了白质纤维束是炎症的主要焦点	首次系统地研究了自然衰老小鼠大脑的空间转录组特征，并确定了白质纤维束在炎症中的关键作用	研究仅限于小鼠模型，结果可能需要进一步在人类样本中验证	系统理解年龄诱导的分子变化及其对大脑功能的影响	年轻、中年和老年小鼠的大脑	空间转录组学	老年疾病	空间转录组学、免疫荧光、定量MRI	NA	转录组数据、图像数据	三个年龄组的小鼠大脑（年轻、中年、老年），包括两性
834	2025-05-31	scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder 2025-Mar-13, ArXiv PMID:39606715	研究论文	本文提出了一种名为scMEDAL的框架，用于单细胞转录组数据的可解释性分析，并通过深度混合效应自编码器进行批次效应可视化	scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，结合对抗学习和贝叶斯自编码器，增强了数据的准确性和可解释性	未明确提及具体限制，但可能涉及计算复杂度或特定数据类型的适用性	解决单细胞RNA测序数据中技术和生物批次效应的混淆问题，提高数据分析和解释的准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	自闭症、白血病、心血管疾病	scRNA-seq	深度混合效应自编码器（包括对抗学习和贝叶斯自编码器）	单细胞转录组数据	涉及多种条件、细胞类型及技术和生物效应的综合评估，具体样本量未明确
835	2025-05-31	Alevin-fry-atac enables rapid and memory frugal mapping of single-cell ATAC-seq data using virtual colors for accurate genomic pseudoalignment 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.27.625771 PMID:39677745	研究论文	本文介绍了一种新的伪对齐方案，用于快速且内存高效地处理单细胞ATAC-seq数据	提出了一种改进的伪对齐方案，通过将参考基因组划分为'虚拟颜色'来优化处理大型基因组参考	未明确提及具体限制，但可能包括对特定类型基因组数据的适用性或准确性验证的局限性	开发一种快速、内存高效且准确的单细胞ATAC-seq数据处理方法	单细胞ATAC-seq数据	基因组学	NA	单细胞ATAC-seq	伪对齐算法	基因组序列数据	未明确提及具体样本数量
836	2025-05-31	Tumor cell villages define the co-dependency of tumor and microenvironment in liver cancer 2025-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.07.642107 PMID:40161587	研究论文	该研究通过空间单细胞成像和单细胞RNA测序技术，分析了50个肿瘤生物样本中的超过200万个细胞，开发了一种基于深度学习的策略来空间映射肿瘤细胞状态及其周围结构	提出了空间动态网络（SDN）概念，揭示了肿瘤细胞状态如何组织成独特的集群或'村庄'，每个村庄由独特的SDN支持，并展示了这些村庄与患者预后的关联	研究样本量相对有限（50个肿瘤生物样本），且仅针对肝癌	理解肿瘤空间景观如何形成及其对肿瘤适应性的影响	肝癌肿瘤细胞及其微环境	数字病理学	肝癌	空间单细胞成像, 单细胞RNA测序	深度学习	图像, RNA序列数据	50个肿瘤生物样本中的超过200万个细胞
837	2025-05-31	Graph neural networks for single-cell omics data: a review of approaches and applications 2025-Mar-04, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf109 PMID:40091193	综述	本文系统回顾了图神经网络（GNNs）在单细胞组学数据分析中的应用及其六种变体	首次系统总结了GNNs在单细胞组学数据中的107个成功应用案例，并整理了77个公开可用的单细胞数据集	当前研究可能存在方法学上的不足，未来需要进一步探索改进方向	探讨图神经网络在单细胞组学数据分析中的应用现状与未来发展	单细胞组学数据（包括表观基因组学、转录组学、空间转录组学、蛋白质组学和多组学数据）	机器学习	NA	单细胞测序技术	GNN及其六种变体	单细胞组学数据	涉及77个公开单细胞数据集
838	2025-05-31	Recent Innovations and Technical Advances in High-Throughput Parallel Single-Cell Whole-Genome Sequencing Methods 2025-03, Small methods IF:10.7Q1 DOI:10.1002/smtd.202400789 PMID:38979872	综述	本文综述了高通量并行单细胞全基因组测序方法的最新技术进展和应用	总结了高通量单细胞全基因组测序在策略设计、数据效率和并行处理平台等方面的技术进展	总成本较高	探讨高通量单细胞全基因组测序方法的技术进展及其应用	单细胞全基因组测序方法	基因组学	NA	单细胞全基因组测序(scWGS)	NA	基因组数据	NA
839	2025-05-31	A best practices framework for spatial biology studies in drug discovery and development: enabling successful cohort studies using digital spatial profiling 2025-Mar, Journal of histotechnology IF:0.6Q4 DOI:10.1080/01478885.2024.2391683 PMID:39225147	研究论文	本文提出了一个最佳实践框架，用于药物发现和开发中的空间生物学研究，特别是利用数字空间分析（DSP）技术进行成功的队列研究	提出了基于数字空间分析（DSP）的框架，克服了传统空间转录组学平台在通量和转录组覆盖上的限制，实现了可扩展的全转录组和超高多重蛋白分析	DSP方法不提供单细胞分辨率	提升空间生物学工具在药物发现和开发中的应用，加深对疾病生物学的理解并识别潜在的治疗靶点和生物标志物	固体组织样本	数字病理学	NA	数字空间分析（DSP）	NA	组织图像	NA
840	2025-05-31	Comprehensive Analysis of Uric Acid and Myasthenia Gravis: IGF1R as a Protective Factor and Potential Therapeutic Target 2025-Mar, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70361 PMID:40152081	research paper	该研究通过荟萃分析、孟德尔随机化和生物信息学方法，探讨了尿酸（UA）与重症肌无力（MG）的关系，并确定了IGF1R作为潜在的保护因子和治疗靶点	首次通过多方法学分析揭示了UA与MG的关联，并发现IGF1R在MG中的保护作用及潜在治疗药物	研究主要基于公共数据库和回顾性临床数据，需要进一步实验验证IGF1R的具体作用机制	探究UA与MG的关系及其分子机制，寻找潜在治疗靶点	重症肌无力患者及相关生物标志物	生物信息学	重症肌无力	荟萃分析、孟德尔随机化、生物信息学分析、虚拟筛选、分子对接	NA	基因组数据、临床数据	公共数据库（TCGA、GEO）数据及临床中心患者数据