单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
821	2025-07-05	A single-cell atlas of the murine limb skeleton integrating the developmental and adult stages 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-05277-6 PMID:40596066	research paper	该研究整合了10个小鼠单细胞RNA测序数据集，创建了一个包含133,332个细胞的肢体骨骼细胞图谱，涵盖了从肢体诱导到成年骨形成的39种细胞类型和状态	填补了当前参考图谱项目中骨骼系统的空白，提供了一个全面的肢体骨骼细胞图谱，支持更完整的细胞间通讯和计算机模拟扰动研究	仅关注小鼠肢体骨骼系统，可能无法完全代表其他物种或骨骼系统的其他部分	解决骨骼系统在生物体范围图谱中的代表性不足问题，为骨骼生物学、代谢和再生医学研究提供资源	小鼠肢体骨骼细胞及其发育前体细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	133,332个细胞
822	2025-07-05	Genotype-integrated single-cell transcriptome analysis reveals the role of DDX41 pR525H in a patient with myelodysplastic neoplasms 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06477-w PMID:40596075	研究论文	该研究通过整合基因型的单细胞转录组分析，揭示了DDX41 pR525H在骨髓增生异常肿瘤患者中的作用	首次在携带DDX41种系和体细胞变异的骨髓增生异常肿瘤患者中，结合单细胞RNA测序和基因分型技术，揭示了pR525H变异通过G2/M细胞周期阻滞和R-loop积累影响红细胞生成的分子机制	研究仅基于一个病例报告，样本量有限，且未建立能够完全模拟人类疾病表型的细胞或动物模型	阐明DDX41变异在骨髓增生异常肿瘤发病机制中的分子作用	携带DDX41种系和体细胞变异的骨髓增生异常肿瘤患者	基因组学	骨髓增生异常肿瘤	单细胞RNA测序, Terminator-Assisted Solid-phase cDNA扩增测序	NA	RNA-seq数据	1例患者
823	2025-07-05	Examination of an iPSC model of human eye development reveals progressive emergence of critical embryonic cell types 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-06602-9 PMID:40596144	研究论文	本文通过多时间点形态学和转录组学分析，研究了一种模拟人类全眼发育早期阶段的2D模型（SEAM），揭示了关键胚胎细胞类型的逐步出现	首次提出了一个模拟人类全眼发育早期阶段的2D模型（SEAM），并通过转录组学分析揭示了动态的细胞类型变化和中间分化状态	研究仅基于体外模型，可能无法完全反映体内发育的复杂性	探索人类全眼发育早期阶段的细胞类型动态变化	人类iPSC衍生的SEAM模型	发育生物学	眼部发育疾病	RNA-seq（包括bulk和single-cell）	SEAM（自形成外胚层自主多区）模型	转录组数据	多个时间点（第0、14和28天）的SEAM培养物
824	2025-07-05	Endothelial cells expressing CPE and vWF are involved in the Immunopathogenesis of primary biliary cholangitis 2025-Jul-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-07311-z PMID:40596471	研究论文	本研究探讨了表达CPE和vWF的内皮细胞在原发性胆汁性胆管炎（PBC）免疫发病机制中的作用	发现了一种新定义的CPE vWF内皮细胞亚群，并揭示了其通过APP-CD74轴与胆管细胞相互作用，以及MIF和CD74在PBC中的促炎作用	研究中存在一种未明确的内皮细胞类型，其作用机制尚未完全阐明	探究肝窦内皮细胞（LSECs）在PBC发病机制中的潜在作用	原发性胆汁性胆管炎患者的内皮细胞和胆管细胞	数字病理学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	PBC患者与对照组（CTR）的比较
825	2025-07-05	Automated integration of multi-slice spatial transcriptomics data in 2D and 3D using VR-Omics 2025-Jul-02, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03630-6 PMID:40598307	研究论文	开发了一个名为VR-Omics的平台无关软件，用于自动化处理和集成多切片空间转录组数据	VR-Omics提供了首个全面且直观的解决方案，用于自动化集成和分析2D和3D多切片数据	未提及具体的技术或应用限制	解决空间转录组学领域缺乏自动化多切片数据集成和分析工具的问题	多切片空间转录组数据	数字病理学	小儿心脏横纹肌瘤	空间转录组学	NA	空间转录组数据	未提及具体样本数量
826	2025-07-05	Ex vivo model of functioning human lymph node reveals role for innate lymphocytes and stroma in response to vaccine adjuvant 2025-Jul-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.115938 PMID:40608517	研究论文	本文描述了一种精确切割的人类淋巴结切片模型，用于研究疫苗佐剂在淋巴组织中的免疫激活过程	开发了一种保留结构完整性的全器官横截面模型系统，结合单细胞转录组学和多路成像技术，揭示了疫苗佐剂激活免疫反应的机制	模型可能无法完全模拟体内复杂环境，且仅研究了早期炎症反应	阐明人类对疫苗佐剂等治疗成分的免疫反应机制	人类淋巴结组织	免疫学	NA	单细胞转录组学、多路成像	精确切割的人类淋巴结切片模型	转录组数据、图像数据	NA
827	2025-07-05	A novel subset of inflammation-related liver NK cells modulates immune responses in a murine model of primary biliary cholangitis 2025-Jul-02, Journal of autoimmunity IF:7.9Q1 DOI:10.1016/j.jaut.2025.103454 PMID:40609234	研究论文	本文发现了一种新型炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）亚群，其在原发性胆汁性胆管炎（PBC）小鼠模型和患者肝脏中积累，并揭示了其在免疫调节中的关键作用	鉴定了一种新型CD49aCXCR6标记的炎症相关自然杀伤细胞（irNK细胞）亚群，并阐明了其从常规NK细胞（cNK细胞）分化、组织驻留特性及其通过TNF-α促进CD4 T细胞增殖的机制	研究主要基于小鼠模型，人类PBC患者中的验证数据有限	探究PBC发病机制中免疫失调的关键细胞亚群及其作用机制	原发性胆汁性胆管炎（PBC）小鼠模型（ARE-Del小鼠）和PBC患者的肝脏免疫细胞	免疫学	原发性胆汁性胆管炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序	NA	基因表达数据	PBC小鼠模型和患者样本（具体数量未明确说明）
828	2025-07-05	Diminished SUV3 expression and its functional implications in the IFN-enriched monocyte subset of childhood Sjögren's disease 2025-Jul-01, Rheumatology (Oxford, England) DOI:10.1093/rheumatology/keaf193 PMID:40268748	研究论文	本研究探讨了儿童干燥综合征(cSjD)中干扰素富集的单核细胞亚群中SUV3表达减少的分子和功能影响	揭示了SUV3通过线粒体双链RNA介导的PKR激活导致先天免疫功能缺陷的新机制	研究主要基于体外实验，需要更多体内研究验证	阐明SUV3表达减少在cSjD发病机制中的作用	儿童干燥综合征患者的干扰素富集CD14+单核细胞	分子免疫学	干燥综合征	单细胞RNA测序, fCLIP-qPCR, TEM, J2抗dsRNA抗体检测	基因敲低模型	RNA测序数据, 显微镜图像	cSjD患者单核细胞样本(具体数量未明确说明)
829	2025-07-05	Harnessing agent-based frameworks in CellAgentChat to unravel cell-cell interactions from single-cell and spatial transcriptomics 2025-Jul-01, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.279771.124 PMID:40316422	研究论文	介绍了一种基于代理的模型CellAgentChat，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中解析细胞间相互作用	采用基于代理的模型（ABM）模拟细胞间相互作用，能够捕捉个体细胞行为的细微差别，并提供动态可视化和灵活的代理行为规则修改功能	未提及具体的样本数量限制或模型在特定条件下的性能局限	深入理解细胞间相互作用，为基于细胞通讯的疗法提供计算机模拟研究支持	单细胞RNA测序和空间转录组数据中的细胞间相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序, 空间转录组学	ABM (基于代理的模型)	单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据	在八个不同的单细胞数据集上验证
830	2025-07-05	Epigenetic regulation of neural stem cell aging in the mouse hippocampus by Setd8 downregulation 2025-Jul, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-025-00455-8 PMID:40461639	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序和ATAC测序技术，探索了小鼠海马神经干细胞（NSCs）在衰老过程中的表观遗传调控机制	揭示了Setd8基因下调通过影响组蛋白H4的单甲基化（H4K20me1）导致海马神经干细胞活性下降的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	阐明表观遗传重塑与转录调控在神经干细胞衰老过程中的关系	小鼠海马神经干细胞及其新生神经元	表观遗传学	老年性疾病	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	不同发育阶段的小鼠海马神经干细胞和新生神经元
831	2025-07-05	The rules of different B cell subtypes in colorectal cancer: friends or foes? 2025-Jul, Future oncology (London, England) DOI:10.1080/14796694.2025.2511588 PMID:40491002	综述	本文总结了近年来基于单细胞RNA测序在结直肠癌中肿瘤浸润B细胞（TIBs）的研究进展，重点关注了不同B细胞亚群在结直肠癌肿瘤微环境中的特定效应或调节特性	聚焦于结直肠癌肿瘤微环境中不同B细胞亚群的特定效应或调节特性，利用单细胞RNA测序技术揭示其异质性	肿瘤浸润B细胞在肿瘤微环境中与非免疫细胞的相互作用及其影响仍不明确	探讨肿瘤浸润B细胞在结直肠癌肿瘤微环境中的作用及其与其他细胞的相互作用	结直肠癌中的肿瘤浸润B细胞（TIBs）	肿瘤免疫学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
832	2025-07-05	Triggering Mechanisms of Hepatocyte Repopulation during Liver Regeneration 2025-Jul-01, Biomolecules & therapeutics IF:3.0Q2 DOI:10.4062/biomolther.2025.035 PMID:40500106	综述	本文综述了肝再生过程中肝细胞再填充的触发机制及其分子和细胞机制	利用谱系追踪和空间转录组学等先进技术追踪细胞谱系并分析肝再生过程中的细胞组成变化	再生肝细胞的确切来源仍存在争议	阐明肝再生过程中肝细胞增殖的触发机制以及新肝细胞的来源	肝细胞、胆管上皮细胞和肝祖细胞	肝脏再生研究	肝损伤	谱系追踪、空间转录组学	NA	NA	NA
833	2025-07-05	An Efficient Organoid Cutting Method for Long-Term Culture and High-Throughput Analyses 2025-Jul, Tissue engineering and regenerative medicine IF:4.4Q2 DOI:10.1007/s13770-025-00731-y PMID:40522442	研究论文	本文介绍了一种高效的类器官切割方法，旨在改善长期培养和高通量分析	使用3D打印技术制造切割夹具，提高切割效率和一致性，同时减少培养污染	未明确说明该方法是否适用于所有类型的类器官	改善类器官长期培养的可行性和高通量分析	人类多能干细胞(hPSC)衍生的类器官	生物医学工程	NA	3D打印技术、GelMA或Geltrex包埋、OCT包埋	NA	NA	未明确说明具体样本数量
834	2025-07-05	Rhaponticin inhibits the proliferation, migration, and invasion of head and neck squamous cell carcinoma (HNSCC) cells through modulation of the IL6/STAT3 signaling pathway 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03019-8 PMID:40591033	research paper	研究探讨了Rhaponticin通过调节IL6/STAT3信号通路抑制头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞的增殖、迁移和侵袭	首次揭示了Rhaponticin在HNSCC中的抗肿瘤作用及其分子机制，特别是通过IL6/STAT3信号通路的作用	研究主要基于体外细胞实验和生物信息学分析，缺乏体内实验验证	探究Rhaponticin抑制HNSCC细胞侵袭和转移的具体分子机制	头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）细胞系CAL 27和SCC-9	肿瘤学	头颈部鳞状细胞癌	网络药理学、分子对接、生物信息学分析、细胞实验、scRNA-seq	机器学习算法（未具体说明）	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	两种HNSCC细胞系（CAL 27和SCC-9）及TCGA数据库中的样本
835	2025-07-05	Pan-cancer analysis and validation of NT5DC2: emphasizing its prognostic significance and immunological role in TNBC 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02995-1 PMID:40591089	研究论文	本研究通过泛癌分析和验证，探讨了NT5DC2在多种癌症中的预后意义及其在三阴性乳腺癌（TNBC）中的免疫学作用	首次全面评估NT5DC2在多种癌症中的表达模式及其与免疫微环境的关系，特别是在TNBC中验证了其致癌作用和免疫调节功能	研究主要基于生物信息学分析，虽然进行了体外实验验证，但缺乏体内实验和临床样本的直接验证	阐明NT5DC2在多种癌症中的预后价值和免疫学作用，特别是在TNBC中的致癌机制	多种癌症类型（重点是TNBC）和NT5DC2基因	癌症生物学	三阴性乳腺癌（TNBC）	基因表达谱分析、单细胞RNA测序、免疫浸润分析、GSEA、体外实验	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	多个公共数据库的癌症样本（具体数量未明确说明）和体外实验的TNBC细胞系
836	2025-07-05	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis establishes a cancer associated fibroblast-related signature for predicting prognosis and therapeutic responses in neuroblastoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-03023-y PMID:40591170	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序分析，建立了一个与癌症相关成纤维细胞相关的特征，用于预测神经母细胞瘤的预后和治疗反应	构建了一个八基因的CAF相关预后特征，并验证了其作为独立预后指标的潜力，为抗CAF免疫治疗策略提供了新的基因组证据	研究样本量较小，仅使用了8个神经母细胞瘤样本的单细胞RNA测序数据	预测神经母细胞瘤的预后和治疗反应	神经母细胞瘤患者	数字病理学	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（RNA-seq），免疫组织化学	LASSO回归分析	RNA测序数据	8个神经母细胞瘤样本的scRNA-seq数据，以及来自GEO、TCGA和ArrayExpress数据库的批量基因表达数据
837	2025-07-05	Integrating single-cell sequencing analysis, bioinformatics analysis, and Mendelian randomization analysis to explore FABP4 prediction of prognosis and immune microenvironment in patients with lung squamous cell carcinoma 2025-Jul-01, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02774-y PMID:40591173	研究论文	通过单细胞测序分析、生物信息学分析和孟德尔随机化分析，探索FABP4在肺鳞状细胞癌患者预后和免疫微环境中的预测作用	首次通过多种分析方法明确了FABP4在肺鳞状细胞癌发生和预后中的作用，为未来的预防和治疗提供了重要证据	未提及具体样本量或实验设计的局限性	寻找能预测肺鳞状细胞癌发病、患者预后及肿瘤微环境中巨噬细胞浸润的‘明星’分子FABP4	肺鳞状细胞癌患者	生物信息学	肺癌	单细胞测序分析、生物信息学分析、孟德尔随机化分析	NA	测序数据、生物信息数据	NA
838	2025-07-05	Cardiac fibroblasts regulate myocardium and coronary vasculature development in the murine heart via the collagen signaling pathway 2025-Jul-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.102305 PMID:40591485	研究论文	本研究探讨了心脏成纤维细胞（FBs）通过胶原信号通路在小鼠心脏中心肌和冠状血管发育中的调控作用	首次揭示了心脏成纤维细胞通过胶原信号通路调控心肌细胞和血管内皮细胞发育的分子机制	研究仅限于小鼠模型，未在人类或其他哺乳动物中进行验证	探究心脏成纤维细胞在心脏发育中的作用及其分子机制	小鼠心脏中的成纤维细胞、心肌细胞和血管内皮细胞	发育生物学	心血管疾病	RNA染色、单细胞mRNA测序（scRNA-seq）、白喉毒素A（DTA）系统	小鼠模型	基因表达数据	不同发育阶段的小鼠心脏样本
839	2025-07-05	Klf5-adjacent super-enhancer functions as a 3D genome structure-dependent transcriptional driver to safeguard ESC identity 2025-Jul-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60389-x PMID:40592854	研究论文	本研究揭示了超级增强子K5aSE通过3D基因组结构依赖的转录驱动机制，协调转录因子相互作用和多基因调控，从而维护胚胎干细胞(ESC)的身份	首次发现K5aSE超级增强子通过染色质环化激活远端基因，并阐明CTCF介导的TAD结构对维持K5aSE活性的关键作用	研究主要聚焦于K5aSE在ESC中的功能，其在其他细胞类型或发育阶段的作用尚不明确	解析超级增强子与主转录因子在胚胎干细胞命运决定中的协同调控机制	小鼠胚胎干细胞(ESC)及类胚体	表观遗传学	NA	多组学数据整合(H3K27ac、Hi-C、scRNA-seq)、CRISPRa激活、3D基因组筛选	NA	基因组学数据、单细胞转录组数据、三维基因组数据	NA
840	2025-07-05	Identification of pyroptosis related genes and subtypes in atherosclerosis using multiomic and single cell analysis 2025-Jul-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-04398-2 PMID:40592922	研究论文	通过多组学和单细胞分析识别动脉粥样硬化中与细胞焦亡相关的基因和亚型	整合转录组学、单细胞RNA测序和机器学习，识别并优先排序动脉粥样硬化中与细胞焦亡相关的基因，特别是TREM2的双重作用	分子机制和治疗潜力尚未完全理解	研究动脉粥样硬化中细胞焦亡的分子机制及其治疗潜力	动脉粥样硬化患者和模型	生物信息学	心血管疾病	转录组学、单细胞RNA测序、机器学习	NA	基因表达数据	内部和外部数据集