单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8361	2024-09-23	Metabolism drives macrophage heterogeneity in the tumor microenvironment 2022-04-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.110609 PMID:35385733	研究论文	研究探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境中的代谢驱动异质性	首次揭示了TAMs在转录、发育、代谢和功能层面的高度异质性，并发现嘌呤代谢是促进肿瘤和终末分化TAMs的特征	研究主要基于小鼠模型和人类样本，可能需要更多临床数据验证	探讨肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的代谢与表型关系	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其代谢模式	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	小鼠肝脏转移瘤和人类TAMs样本
8362	2024-09-23	Cell type and gene expression deconvolution with BayesPrism enables Bayesian integrative analysis across bulk and single-cell RNA sequencing in oncology 2022-04, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-022-00356-3 PMID:35469013	研究论文	开发了一种贝叶斯方法BayesPrism，用于从批量RNA测序数据中推断单细胞组成和基因表达，并在多种肿瘤类型中进行综合分析	引入了一种新的贝叶斯方法BayesPrism，能够准确推断大规模批量RNA测序数据中的细胞组成和表达	NA	解决从批量RNA测序数据中推断单细胞组成和基因表达的问题，并在肿瘤学中进行综合分析	主要胶质母细胞瘤、头颈鳞状细胞癌和皮肤黑色素瘤	数字病理学	肿瘤	RNA测序	贝叶斯方法	RNA测序数据	多种肿瘤类型的患者样本
8363	2024-09-23	Antigen identification and high-throughput interaction mapping by reprogramming viral entry 2022-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-022-01436-z PMID:35396484	研究论文	本文介绍了一种通过重新编程病毒进入机制来识别抗原并进行高通量相互作用映射的技术	本文提出了一种新的方法，结合病毒假型化和分子工程技术，通过在慢病毒表面展示抗原并在病毒基因组中编码其身份，实现了抗原和受体的配对	NA	解码免疫识别，以理解广泛的疾病并开发有效的疫苗和免疫疗法	抗原和免疫受体的相互作用	NA	NA	病毒假型化、分子工程	NA	单细胞测序数据	NA
8364	2024-09-23	Obesity alters pathology and treatment response in inflammatory disease 2022-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04536-0 PMID:35355021	研究论文	研究肥胖对特应性皮炎病理和治疗反应的影响	首次揭示肥胖通过改变T细胞分化和PPARγ活性，影响特应性皮炎的免疫反应和生物治疗效果	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨肥胖如何影响免疫疾病病理和治疗反应	肥胖和正常体重小鼠的特应性皮炎模型	免疫学	特应性皮炎	单细胞RNA测序和全基因组结合分析	NA	基因表达数据	两组小鼠模型，每组若干只
8365	2024-09-23	B lymphocyte-derived acetylcholine limits steady-state and emergency hematopoiesis 2022-04, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01165-7 PMID:35352063	研究论文	本文探讨了B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱如何调节骨髓中的造血功能	首次揭示了B淋巴细胞是乙酰胆碱的重要来源，并阐明了其在调节造血中的作用	仅限于小鼠和心血管疾病患者的研究，缺乏更广泛的人类样本	研究副交感神经信号如何调节造血功能	B淋巴细胞衍生的乙酰胆碱及其在骨髓造血中的作用	NA	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠和心血管疾病患者
8366	2024-09-23	Analyzing Spatial Transcriptomics Data Using Giotto 2022-Apr, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.405 PMID:35384407	研究论文	本文介绍了Giotto工具箱在空间转录组数据分析和可视化中的应用	开发了Giotto作为全面、通用且用户友好的工具箱，用于空间转录组数据分析	NA	帮助用户熟悉Giotto环境并有效应用于新数据集的分析	空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组技术	隐藏马尔可夫随机场模型	转录组数据	NA
8367	2024-09-23	Inflammatory blockade prevents injury to the developing pulmonary gas exchange surface in preterm primates 2022-03-30, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abl8574 PMID:35353543	研究论文	研究探讨了炎症阻断对早产灵长类动物发育中的肺气体交换表面的保护作用	首次使用单细胞RNA测序分析定义了多细胞肺泡信号微环境，并展示了炎症阻断对肺损伤的保护作用	研究仅限于灵长类动物模型，尚未在人类中验证	探讨炎症对早产儿肺发育的影响及炎症阻断的治疗潜力	早产灵长类动物的肺发育和炎症反应	NA	肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	早产灵长类动物模型
8368	2024-09-22	Bulk and single-cell RNA sequencing analyses coupled with multiple machine learning to develop a glycosyltransferase associated signature in colorectal cancer 2024-Nov, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102093 PMID:39217850	研究论文	本研究旨在通过批量和单细胞RNA测序分析结合多种机器学习方法，开发结直肠癌中与糖基转移酶相关的风险特征	本研究创新性地开发了一种基于糖基转移酶的预测模型，用于预测结直肠癌患者对免疫治疗的反应	NA	识别结直肠癌中的关键糖基转移酶，并建立一个基于糖基转移酶的稳健预后特征	结直肠癌患者及其糖基转移酶相关基因	机器学习	结直肠癌	RNA测序	机器学习模型	RNA数据	NA
8369	2024-09-22	New insights into allergic rhinitis treatment: MSC nanovesicles targeting dendritic cells 2024-Sep-19, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02748-2 PMID:39294599	研究论文	研究探讨了间充质干细胞（MSC）纳米囊泡作为过敏性鼻炎（AR）新型疗法的潜力，特别是通过靶向树突状细胞（DCs）的机制	首次研究了MSC纳米囊泡靶向DCs在过敏性鼻炎治疗中的应用，并揭示了其通过抑制Fut1/ICAM1/P38 MAPK信号通路重塑DC代谢和抑制Th2分化及ILC2激活的机制	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中进行验证	探索MSC纳米囊泡作为过敏性鼻炎新型疗法的潜力及其作用机制	过敏性鼻炎小鼠模型及树突状细胞（DCs）	NA	过敏性鼻炎	转录组测序、单细胞测序	NA	基因表达数据	实验涉及过敏性鼻炎小鼠及体外细胞实验
8370	2024-09-22	Characterizing m6A modification factors and their interactions in colorectal cancer: implications for tumor subtypes and clinical outcomes 2024-Sep-18, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-024-01298-1 PMID:39292326	研究论文	研究分析了m6A修饰因子及其在结直肠癌中的相互作用，探讨了其对肿瘤亚型和临床结果的影响	首次综合分析了m6A修饰因子在结直肠癌中的突变频率、表达差异、相互作用、分子聚类、预后效果及其与肿瘤特征的关联，并在单细胞水平上进行了验证	研究主要基于现有数据集，未进行体内外实验验证	探讨m6A修饰因子在结直肠癌中的作用及其对肿瘤亚型和临床结果的影响	m6A修饰因子及其在结直肠癌中的相互作用	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	NA	基因表达数据	583名结直肠癌患者
8371	2024-09-22	Transcriptional profiling in microglia across physiological and pathological states identifies a transcriptional module associated with neurodegeneration 2024-Sep-18, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06684-7 PMID:39294270	研究论文	研究通过分析跨生理和病理状态的微胶质细胞转录组数据，识别出与神经退行性疾病相关的转录模块	整合了来自阿尔茨海默病、多发性硬化症和帕金森病的多个单细胞RNA测序数据集，识别出跨疾病的微胶质细胞特异性转录特征	NA	识别与神经退行性疾病相关的微胶质细胞转录模块	微胶质细胞在不同疾病和健康状态下的转录组特征	基因组学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个公开的基因表达数据集和单细胞RNA测序数据集
8372	2024-09-22	Mouse blood cells types and aging prediction using penalized Latent Dirichlet Allocation 2024-Sep-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-10763-8 PMID:39294566	研究论文	本文提出了一种新的统计方法——惩罚性潜在狄利克雷分配（pLDA），并应用于小鼠血液单细胞RNA测序数据，用于细胞类型和衰老预测	本文引入了pLDA方法，用于处理单细胞RNA测序数据，并构建了一个用于细胞类型和衰老状态预测的管道	NA	研究衰老机制，并开发新的计算方法来分析单细胞RNA测序数据	小鼠血液细胞的单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	潜在狄利克雷分配（LDA）	基因表达数据	小鼠血液细胞的单细胞RNA测序数据集
8373	2024-09-22	Identification of the tumor metastasis-related tumor subgroups overexpressed NENF in triple-negative breast cancer by single-cell transcriptomics 2024-Sep-18, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03505-z PMID:39294690	研究论文	通过单细胞转录组学分析，识别出三阴性乳腺癌中与肿瘤转移相关的NENF高表达的肿瘤亚群	首次通过单细胞转录组学技术，识别出与三阴性乳腺癌转移相关的NENF高表达的肿瘤亚群，并验证了NENF在肿瘤转移中的作用	研究仅限于三阴性乳腺癌，未涵盖其他类型的乳腺癌	揭示三阴性乳腺癌中肿瘤转移的潜在机制	三阴性乳腺癌中的肿瘤细胞亚群及其与肿瘤转移的关系	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及原发性和转移性三阴性乳腺癌的单细胞表达谱数据
8374	2024-09-22	Deciphering breast cancer dynamics: insights from single-cell and spatial profiling in the multi-omics era 2024-Sep-18, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00654-1 PMID:39294728	研究论文	本文综述了单细胞测序和空间组学技术在乳腺癌研究中的应用及其最新进展	介绍了单细胞测序和空间组学技术在乳腺癌研究中的创新应用，提供了对恶性肿瘤生物行为的全面见解	NA	探讨乳腺癌的发病机制和肿瘤异质性，以及这些技术在临床诊断和治疗中的应用	乳腺癌的单细胞和空间组学数据	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	单细胞和空间组学数据	NA
8375	2024-09-22	Tumor endothelium-derived PODXL correlates with immunosuppressive microenvironment and poor prognosis in cervical cancer patients receiving radiotherapy or chemoradiotherapy 2024-Sep-18, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00655-0 PMID:39294825	研究论文	研究探讨了宫颈癌患者接受放疗或放化疗后，肿瘤内皮细胞来源的PODXL蛋白与免疫抑制微环境和预后的关系	首次揭示了PODXL在宫颈癌肿瘤内皮细胞中的表达，并探讨了其在放疗或放化疗后的作用及其对患者预后的影响	研究样本量有限，且仅限于接受放疗或放化疗的宫颈癌患者	探讨PODXL在宫颈癌中的表达及其对患者预后的影响	宫颈癌患者及其肿瘤内皮细胞	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	180例免疫染色数据，29,453个单细胞RNA测序数据，187例宫颈癌样本的批量RNA测序数据
8376	2024-09-22	UnTWISTing intestinal fibrosis: single-cell transcriptomics deciphers fibroblast heterogeneity, uncovers molecular pathways, and identifies therapeutic targets 2024-Sep-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184112 PMID:39286981	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术揭示了肠道纤维化过程中成纤维细胞的异质性，并发现了关键的分子通路和治疗靶点	本研究首次鉴定了TWIST1+FAP+成纤维细胞亚群及其与CXCL9+巨噬细胞的相互作用，揭示了TWIST1在纤维化微环境中的核心调控作用	NA	揭示肠道纤维化的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	肠道纤维化中的成纤维细胞和巨噬细胞	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
8377	2024-09-22	S100A9 and HMGB1 orchestrate MDSC-mediated immunosuppression in melanoma through TLR4 signaling 2024-Sep-11, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009552 PMID:39266214	研究论文	研究探讨了S100A9和HMGB1通过TLR4信号传导在黑色素瘤中调控MDSC介导的免疫抑制的作用	揭示了TLR4和RAGE信号在将单核细胞转化为MDSC样细胞中的关键作用，并提出了靶向S100A9以防止这种转化的潜力	NA	研究TLR4和RAGE信号及其配体S100A9和HMGB1在黑色素瘤中MDSC介导的免疫抑制中的作用	MDSC、单核细胞、TLR4信号、RAGE信号、S100A9、HMGB1	NA	黑色素瘤	ELISA、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA数据	来自晚期黑色素瘤患者的外周血MDSC和健康供体来源的单核细胞
8378	2024-09-22	Binomial models uncover biological variation during feature selection of droplet-based single-cell RNA sequencing 2024-Sep, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012386 PMID:39241106	研究论文	本文提出了一种名为“差异分布基因”（DDGs）的简单特征选择模型，用于区分单细胞RNA测序数据中的技术噪声和生物变异	提出的DDG模型在区分真实生物变异基因、减少邻域失真和准确划分细胞类型方面优于现有方法	NA	区分单细胞RNA测序数据中的技术噪声和生物变异	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	二项式模型	基因表达数据	NA
8379	2024-09-22	Single-cell RNA sequencing reveals melanoma cell state-dependent heterogeneity of response to MAPK inhibitors 2024-Sep, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105308 PMID:39216232	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析黑色素瘤细胞在MAPK抑制剂治疗下的状态依赖性异质性反应	引入了一种综合计算方法来识别不同转录细胞状态下的响应和非响应黑色素瘤细胞	NA	研究黑色素瘤细胞在MAPK抑制剂治疗下的反应和耐药性	免疫治疗前和免疫治疗抵抗的黑色素瘤肿瘤	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8380	2024-09-21	UBAP2 contributes to radioresistance by enhancing homologous recombination through SLC27A5 ubiquitination in hepatocellular carcinoma 2024-Dec, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease DOI:10.1016/j.bbadis.2024.167481 PMID:39186963	研究论文	研究UBAP2通过增强SLC27A5的泛素化促进同源重组，从而在肝细胞癌中导致放射抵抗的机制	首次揭示UBAP2通过泛素-蛋白酶体系统降解抗肿瘤基因SLC27A5，减少同源重组相关基因RAD51的表达，从而在肝细胞癌中产生放射抵抗	NA	探讨放射抵抗的机制，为肝细胞癌的治疗提供新的选择	肝细胞癌中的放射抵抗机制	NA	肝细胞癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA