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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8341 | 2025-05-07 |
Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study
2025-Apr-18, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67880
PMID:40323789
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研究论文 | 本文通过文献计量学方法分析了2010年至2023年间单细胞测序在癌症研究中的全球趋势、合作网络和知识传播 | 首次全面分析了单细胞测序在癌症研究中的全球趋势和合作网络,识别了关键研究领域和未来研究方向 | 研究仅基于Web of Science数据库,可能未涵盖所有相关文献 | 阐明单细胞测序在癌症研究中的发展趋势、合作模式和知识传播 | 单细胞测序在癌症研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | 5,680篇出版物,涉及34,074位作者、3,129个机构和75个国家 | NA | NA | NA | NA |
8342 | 2025-05-07 |
SLC13A5 plays an essential role in the energy shift to oxidative phosphorylation in cisplatin-resistant mesothelioma stem cells
2025-Mar, Pathology international
IF:2.5Q2
DOI:10.1111/pin.70001
PMID:39912507
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research paper | 该研究探讨了SLC13A5在顺铂耐药间皮瘤干细胞能量代谢向氧化磷酸化转变中的关键作用 | 揭示了SLC13A5通过调节代谢转变和信号通路增强间皮瘤干细胞的顺铂耐药性 | 研究主要基于体外实验和数据库分析,缺乏体内实验验证 | 探索靶向癌症干细胞的新型治疗方法 | 人类间皮瘤细胞系和间皮瘤干细胞样细胞 | 肿瘤生物学 | 间皮瘤 | 微阵列分析、scRNA-seq | 水凝胶培养模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 人类间皮瘤细胞系和临床间皮瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
8343 | 2025-05-07 |
scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation
2025-Feb-28, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.10334
PMID:39912305
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研究论文 | 介绍了一种名为scRecover的新工具,用于区分单细胞RNA-seq数据中的真实零值和假零值,并进行有效的插补 | 提出了一种统计框架,能有效区分真实零值(基因未表达)和假零值(信号丢失),并开发了新的插补工具scRecover | 需要与其他插补方法(如scImpute、SAVER和MAGIC)结合使用 | 提高单细胞RNA-seq数据中零值插补的准确性 | 单细胞RNA-seq数据中的零值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 零膨胀负二项模型,Good和Toulmin模型的改进版 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8344 | 2025-05-07 |
Immune microenvironment spatial landscapes of tertiary lymphoid structures in gastric cancer
2025-Feb-04, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-03889-3
PMID:39901202
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research paper | 该研究探讨了胃癌中三级淋巴结构(TLS)对免疫微环境空间景观的影响及其预后价值 | 首次全面分析了胃癌中TLS的免疫微环境空间特征,并开发了基于免疫细胞密度和空间特征的风险评分模型 | 样本量相对较小(单细胞测序仅12例,空间转录组仅2例) | 阐明TLS在胃癌免疫微环境中的作用机制及其预后意义 | 胃癌患者的肿瘤组织和免疫微环境 | digital pathology | gastric cancer | multispectral fluorescence imaging, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics | Density and Spatial Score risk model | image, transcriptomic data | 59例接受免疫治疗的GC患者(预后分析),110例GC患者(免疫细胞分析),12例单细胞测序样本(4例TLS阳性,8例阴性),2例空间转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
8345 | 2025-05-07 |
O-GlcNAcylation attenuates ischemia-reperfusion-induced pulmonary epithelial cell ferroptosis via the Nrf2/G6PDH pathway
2025-Feb-04, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02126-w
PMID:39901237
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research paper | 该研究探讨了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路减轻缺血再灌注诱导的肺上皮细胞铁死亡的作用 | 首次揭示了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路在肺缺血再灌注损伤中的保护机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体中进行验证 | 探究O-GlcNAcylation对肺缺血再灌注损伤中铁死亡的影响 | 肺上皮细胞和TC-1细胞 | 分子生物学 | 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征(ALI/ARDS) | 单细胞测序、蛋白质组学分析、染色质免疫沉淀(ChIP)实验、双荧光素酶报告基因检测 | Ogt1条件性敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 未明确说明样本数量,但使用了小鼠模型和TC-1细胞系 | NA | NA | NA | NA |
8346 | 2025-05-07 |
Single-cell sequencing provides clues about the developmental genetic basis of evolutionary adaptations in syngnathid fishes
2025-Feb-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97764
PMID:39898521
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术探索了海龙科鱼类进化适应的发育遗传基础 | 首次构建了海湾管鱼胚胎的单细胞RNA测序图谱,揭示了其特殊性状(如雄性怀孕、无齿等)的发育遗传机制 | 研究仅针对单一物种(海湾管鱼)的胚胎阶段,未来需要跨物种和多发育阶段的比较研究 | 探究海龙科鱼类特殊性状的发育遗传基础 | 海湾管鱼胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 海湾管鱼胚胎样本(具体数量未明确说明) | NA | NA | NA | NA |
8347 | 2025-05-07 |
Single-cell RNA sequencing of neonatal cortical astrocytes reveals versatile cell clusters during astrocyte-neuron conversion
2025-Feb-03, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-10309-5
PMID:39899158
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research paper | 通过单细胞RNA测序技术研究新生鼠皮质星形胶质细胞在向神经元转化过程中的异质性及其转化潜力 | 揭示了星形胶质细胞在神经元转化过程中的异质性,并识别出具有更高转化潜力的Astrocyte 3亚群 | 研究仅基于体外实验,未验证体内环境下的转化效果 | 探究星形胶质细胞向神经元转化的异质性及其分子机制 | 新生鼠皮质星形胶质细胞 | 生物医学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 体外培养的星形胶质细胞在Day 1和Day 9两个时间点的样本 | NA | NA | NA | NA |
8348 | 2025-05-07 |
Optimized gene transduction in human lung organoids: A high-efficiency method for advanced research applications
2025-Feb-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07461-w
PMID:39900972
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研究论文 | 本文优化了一种提高慢病毒载体在人iPSC来源肺类器官中转导效率的方法 | 通过物理破坏类器官增加表面积并结合旋转接种法,显著提高了转导效率 | 方法可能不适用于其他类型的类器官或细胞模型 | 提高基因转导效率以促进肺研究和疾病模型研究 | 人iPSC来源的肺类器官 | 生物医学工程 | 肺疾病 | 慢病毒载体转导、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8349 | 2025-05-07 |
Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70226
PMID:39902678
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术,探索了抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中单核-巨噬细胞动态在免疫失调中的关键作用 | 揭示了外周与肺部免疫景观的显著对比,以及单核-巨噬细胞系在免疫失调中的核心作用 | 样本量较小,仅涉及五名患者 | 深入了解严重抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中外周和肺部免疫失调的机制,并探索潜在的治疗靶点 | 抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病患者的外周血单核细胞和支气管肺泡灌洗液 | 免疫学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序、Luminex检测、流式细胞术 | NA | RNA序列数据 | 5名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
8350 | 2025-05-07 |
IgG Signalling Involves in Skin Inflammation of Atopic Dermatitis
2025-Feb, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.70058
PMID:39912287
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研究论文 | 本研究探讨了IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型(特别是IgG)在特应性皮炎(AD)皮肤病变中的作用 | 揭示了IgG在AD皮肤炎症中的潜在作用及其通过巨噬细胞促进Th2炎症的机制 | 未明确IgG具体通过何种机制激活巨噬细胞及促进炎症 | 研究IgE产生B细胞及其他免疫球蛋白同种型在AD皮肤病变中的作用 | 特应性皮炎患者及非过敏性健康受试者的皮肤病变和PBMCs | 免疫学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序、BCR库分析 | NA | mRNA数据、单细胞RNA测序数据 | AD患者及健康受试者的皮肤病变和PBMCs样本 | NA | NA | NA | NA |
8351 | 2025-05-07 |
Derivation of a Human Brain Organoid with Microglia Development
2025-Jan-17, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67491
PMID:39895643
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research paper | 该研究开发了一种包含小胶质细胞发育的人类大脑类器官模型,用于研究神经炎症和神经感染性疾病 | 通过将iPSC分化的造血祖细胞(HPC)整合到iPSC衍生的胚胎体(EBs)中,成功构建了同时包含小胶质细胞和神经元的大脑类器官模型 | 当前方法在技术上具有挑战性,可能导致最终类器官中小胶质细胞的数量和质量存在不一致性 | 研究小胶质细胞与神经元发育的早期相互作用,以及神经炎症和神经感染性疾病的模型建立 | 人类大脑类器官 | 神经科学 | 神经炎症和神经感染性疾病 | 免疫染色和单细胞RNA测序(sc-RNA-seq)分析 | 3D类器官模型 | 基因表达数据和图像数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8352 | 2025-05-07 |
Analysis of synthetic polymer hydrogel-based generation of leukemia stem cells
2025-01, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2024.151149
PMID:39700762
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研究论文 | 本文通过合成聚合物水凝胶培养K562白血病细胞,使其获得白血病干细胞特性,并研究了AKR1B1和TSPYL5在干细胞特性生成中的关键作用 | 首次利用合成聚合物水凝胶培养系统快速生成白血病干细胞,并鉴定出AKR1B1和TSPYL5作为潜在的干细胞治疗靶点 | 研究仅针对K562白血病细胞系,未在其他白血病模型或体内实验中验证 | 开发快速生成白血病干细胞的方法并探索其治疗靶点 | K562白血病细胞 | 癌症研究 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | K562细胞系 | NA | NA | NA | NA |
8353 | 2025-05-07 |
TBX3 shapes an immunosuppressive microenvironment and induces immunotherapy resistance
2025, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.103175
PMID:39897553
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research paper | 该研究探讨了TBX3在膀胱癌免疫抑制微环境中的作用及其对免疫治疗抵抗的影响 | 首次系统性地揭示了TBX3通过调节TGFβ1表达促进免疫抑制微环境形成的分子机制,并验证了TBX3作为免疫治疗疗效预测标志物的潜力 | 研究主要基于公共数据库和体外实验,需要更多临床样本验证TBX3的临床应用价值 | 探索膀胱癌免疫治疗抵抗的分子机制并寻找新的治疗靶点 | 膀胱癌组织和细胞 | 肿瘤免疫学 | 膀胱癌 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、高通量细胞因子阵列、ProcartaPlex多重免疫分析、TissueFAXS全景组织定量分析 | NA | RNA测序数据、组织微阵列数据 | 多个公共数据库样本和真实世界免疫治疗队列 | NA | NA | NA | NA |
8354 | 2025-05-07 |
Glycosphingolipids-Dependent Phospholipid Metabolism Enhances Cancer Initiation and Progression through SMPD1/GLTP/B3GALT4/ST8SIA6 Signaling Axis: A Novel Therapeutic Target
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.103834
PMID:39898245
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研究论文 | 通过整合单细胞测序数据和TCGA数据库,研究鞘脂代谢在结直肠癌发生发展中的关键作用 | 发现鞘脂代谢失调在结直肠癌发展中的关键作用,并确定了几个潜在的治疗靶点 | 未提及实验验证或临床前研究的具体结果 | 探索结直肠癌发生发展的分子机制,并寻找潜在的治疗靶点 | 结直肠癌细胞 | 癌症研究 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8355 | 2025-05-07 |
Comprehensive Pan-Cancer Analysis of RAC1 Decoding the Impact on Cancer Prognosis and B cell immune Regulation
2025, International journal of medical sciences
IF:3.2Q1
DOI:10.7150/ijms.104488
PMID:39898257
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研究论文 | 本文对RAC1在33种癌症类型中的表达及其对癌症预后和B细胞免疫调节的影响进行了全面分析 | 揭示了RAC1在多种癌症中的高表达及其与不良预后的关联,首次系统研究了RAC1在肿瘤免疫微环境中的作用 | 研究主要基于生物信息学分析,需要更多实验验证 | 探索RAC1在泛癌水平上的表达特征及其对肿瘤免疫微环境的调控作用 | 33种癌症类型中的RAC1表达 | 癌症基因组学 | 泛癌分析 | 基因组变异分析(CNV、TMB、MSI)、单细胞转录组分析、空间转录组分析 | 预后特征模型 | 基因组数据、转录组数据 | 33种癌症类型的多组学数据 | NA | NA | NA | NA |
8356 | 2025-05-07 |
Integrating Tissue Microarray to GeoMx® Digital Spatial Profiler : Spatial Transcriptomics Assay with Bioinformatics Analysis
2025, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-4276-4_9
PMID:39900760
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研究论文 | 本文介绍了如何将组织微阵列整合到GeoMx®数字空间分析仪中,进行空间转录组学检测及生物信息学分析 | 详细描述了数字空间分析仪(DSP)的NGS检测协议及生物信息学分析流程,特别关注组织微阵列的整合及GeoMx RNA检测的特定方法 | 依赖于NanoString公司提供的GeoMX DSP指南和GeoMx数据分析手册的当前版本,需定期检查更新 | 推动空间转录组学技术在疾病研究和治疗中的应用 | 组织微阵列和GeoMx RNA检测 | 空间转录组学 | NA | NGS, RNA-Seq, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8357 | 2025-05-07 |
Analysis of downstream targets of PAX6 and LHX2, fundamental regulators of the developing mammalian neocortex
2025, Journal of biosciences
IF:2.1Q2
PMID:39912400
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研究论文 | 分析PAX6和LHX2这两个哺乳动物大脑皮层发育中的基本调控因子的下游靶基因 | 比较了PAX6和LHX2的染色质占据情况以及各自缺失时的转录失调,识别了共同直接和间接靶基因,并分析了它们在神经发生过程中的表达模式 | 未进行实验验证所提出的假设 | 探究PAX6和LHX2在哺乳动物大脑皮层发育中的基因调控网络 | PAX6和LHX2转录因子及其下游靶基因 | 发育生物学 | NA | 染色质占据分析、单细胞RNA-seq | NA | 基因组数据、转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8358 | 2025-05-07 |
Cell-type deconvolution for bulk RNA-seq data using single-cell reference: a comparative analysis and recommendation guideline
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf031
PMID:39899596
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研究论文 | 本文通过系统评估九种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法,提出了在不同场景下选择合适方法的推荐指南 | 首次系统比较了多种基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法,并提出了实用推荐指南 | 研究仅评估了九种方法,可能未涵盖所有现有方法 | 评估和比较基于单细胞RNA测序数据的反卷积方法在组织细胞类型比例估计中的准确性和鲁棒性 | 九种反卷积方法和五组单细胞RNA测序数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术 | NA | RNA测序数据 | 五组单细胞RNA测序数据集和真实批量数据 | NA | NA | NA | NA |
8359 | 2025-05-07 |
Characterizing tumor biology and immune microenvironment in high-grade serous ovarian cancer via single-cell RNA sequencing: insights for targeted and personalized immunotherapy strategies
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1500153
PMID:39896800
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究高级别浆液性卵巢癌的肿瘤生物学特性及免疫微环境,为靶向和个性化免疫治疗策略提供见解 | 利用单细胞RNA测序技术系统研究HGSOC的肿瘤异质性和免疫微环境,发现与不良预后相关的C2 IGF2+肿瘤细胞亚型及其与肿瘤进展的关联 | 研究依赖于公开数据库的scRNA-seq数据,可能受限于样本量和数据质量 | 揭示HGSOC进展和治疗抵抗的分子机制,开发更有效的个性化治疗策略 | 高级别浆液性卵巢癌(HGSOC)的肿瘤细胞亚型及其免疫微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 预后模型 | RNA测序数据 | 从GEO数据库获取的scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
8360 | 2025-05-07 |
Elucidating the causal associations and mechanisms between circulating immune cells and idiopathic pulmonary fibrosis: new insights from Mendelian randomization and transcriptomics
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1437984
PMID:39896814
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研究论文 | 通过孟德尔随机化和转录组学分析,探讨循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及潜在生物标志物 | 结合孟德尔随机化和转录组学数据,首次系统性地研究了免疫细胞表型与IPF的因果关系,并鉴定了三个新的生物标志物 | 研究依赖于公开数据库的GWAS数据,可能存在样本选择偏倚 | 阐明循环免疫细胞与特发性肺纤维化之间的因果关系及机制 | 循环免疫细胞表型和特发性肺纤维化患者 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | 孟德尔随机化分析、转录组学分析、单细胞RNA测序 | IVW等五种孟德尔随机化方法 | 基因组关联研究数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 来自公开数据库的GWAS数据和IPF患者样本 | NA | NA | NA | NA |