单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8341	2024-10-21	Predictive biomarkers for immune checkpoint inhibitors therapy in lung cancer 2024-Dec-31, Human vaccines & immunotherapeutics IF:4.1Q2 DOI:10.1080/21645515.2024.2406063 PMID:39415535	综述	本文综述了用于预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效的生物标志物及其相关技术	本文结合单细胞测序和空间成像技术，以及深度学习和人工智能，探讨了新的预测生物标志物	PD-L1作为首个预测生物标志物，其预测价值仅限于特定人群	探讨用于预测肺癌免疫检查点抑制剂疗效的生物标志物及其相关技术	肺癌患者对免疫检查点抑制剂的反应	数字病理	肺癌	单细胞测序、空间成像技术、深度学习、人工智能	NA	NA	NA
8342	2024-10-21	Excavating regulated cell death signatures to predict prognosis, tumor microenvironment and therapeutic response in HR+/HER2- breast cancer 2024-Dec, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.102117 PMID:39241556	研究论文	研究探讨了调控性细胞死亡（RCD）在HR+/HER2-乳腺癌中的作用及其临床价值	构建了一个基于六个关键基因的RCD评分系统（CDScore），用于预测HR+/HER2-乳腺癌的预后、肿瘤微环境和治疗反应	NA	探索调控性细胞死亡在HR+/HER2-乳腺癌中的作用及其临床应用	HR+/HER2-乳腺癌患者	数字病理学	乳腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	NA
8343	2024-10-21	Single-cell RNA sequencing and immune repertoire analysis revealed dynamic immune characteristics associated with peripheral blood during sepsis 2024-Nov-19, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2024.150751 PMID:39357334	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组库分析，揭示了脓毒症期间外周血细胞的动态免疫特征	结合单细胞基因表达谱和B细胞受体组库分析，揭示了感染对B细胞抗原呈递能力和B细胞受体多样性的短期影响	研究仅在脓毒症小鼠模型中进行，结果的临床适用性需进一步验证	探索脓毒症期间免疫反应失调的机制并识别潜在的治疗靶点	脓毒症小鼠的外周血细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	脓毒症小鼠
8344	2024-10-21	Genomic insights into the contribution of de novo lipogenesis to intramuscular fat deposition in chicken 2024-Nov, Journal of advanced research IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jare.2023.12.003 PMID:38065407	研究论文	研究揭示了从头脂肪生成在鸡肌肉内脂肪沉积中的作用及其基因调控机制	首次通过全基因组重测序和单细胞RNA测序揭示了脂肪酸合酶在肌肉内脂肪沉积中的关键作用，并发现从头脂肪生成是肌肉内脂肪沉积的重要贡献者	研究样本量有限，且仅针对特定品种的鸡进行研究，结果的普适性有待进一步验证	探究肌肉内脂肪沉积的调控机制，以提高鸡肉品质	黄羽鸡的肌肉内脂肪沉积	NA	NA	全基因组重测序、单细胞RNA测序、转录组测序、13C同位素示踪技术	NA	基因组数据、转录组数据	516只黄羽鸡和3只63日龄的雌性JXY鸡
8345	2024-10-21	Impact of Curcumin on the IL-17A-Mediated p53-Fibrinolytic System: Mouse Proteomics and Integrated Human Fibrosis scRNAseq Insights 2024-Oct-19, Inflammation IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s10753-024-02167-3 PMID:39424752	研究论文	研究了姜黄素对IL-17A介导的p53-纤溶系统的影响，通过小鼠蛋白质组学和综合人类纤维化scRNA-seq数据进行分析	首次探讨了IL-17A在p53-纤溶系统中的直接作用，并评估了姜黄素在调节急性肺损伤向特发性肺纤维化进展中的潜力	研究主要基于小鼠模型和人类纤维化scRNA-seq数据，缺乏直接的人体试验数据	评估IL-17A在p53-纤溶系统中的作用机制，并探讨姜黄素在调节急性肺损伤向特发性肺纤维化进展中的潜力	C57BL/6小鼠和人类特发性肺纤维化患者	生物医学	肺损伤	蛋白质组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、分子生物学、Schroedinger方法	NA	蛋白质、RNA	20例特发性肺纤维化患者和10例对照肺样本
8346	2024-10-21	Novel combination therapy using recombinant oncolytic adenovirus silk hydrogel and PD-L1 inhibitor for bladder cancer treatment 2024-Oct-18, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-024-02903-9 PMID:39420389	研究论文	研究了一种新的联合治疗策略，通过联合使用重组溶瘤腺病毒丝素水凝胶和PD-L1抑制剂来治疗膀胱癌	开发了一种新的纳米复合水凝胶，能够有效加载和释放重组溶瘤腺病毒，并联合PD-L1抑制剂显著增强T细胞浸润和肿瘤杀伤效果	NA	探索一种新的联合治疗策略，以提高膀胱癌的治疗效果	膀胱癌组织和小鼠模型	NA	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	小鼠膀胱癌组织
8347	2024-10-21	Combined spatially resolved metabolomics and spatial transcriptomics reveal the mechanism of RACK1-mediated fatty acid synthesis 2024-Oct-18, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.13752 PMID:39425259	研究论文	结合空间分辨代谢组学和空间转录组学揭示RACK1介导的脂肪酸合成机制	首次揭示了RACK1在宫颈癌中通过AKT/mTOR/SREBP1信号通路促进脂肪酸合成的机制	NA	探讨RACK1在宫颈癌中调控脂肪酸合成的机制	宫颈癌样本和细胞	代谢组学	宫颈癌	空间分辨代谢组学、空间转录组学、染色质免疫沉淀、共免疫沉淀、蛋白质印迹	NA	代谢数据、转录数据	宫颈癌样本和细胞
8348	2024-10-21	Enhancing GFPT1 expression with glutamine protects chondrocytes in osteoarthritis 2024-Oct-18, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113427 PMID:39426230	研究论文	研究通过孟德尔随机化分析和共定位分析，发现GFPT1在骨关节炎中的表达下调，并通过体外实验验证了补充谷氨酰胺可以上调GFPT1表达，从而改善骨关节炎中软骨细胞的代谢	首次通过孟德尔随机化分析和共定位分析确定GFPT1为骨关节炎的治疗靶点，并验证了谷氨酰胺在恢复GFPT1表达和软骨代谢中的作用	研究主要基于体外实验，尚未在临床上验证其疗效	识别并验证能够减缓骨关节炎进展的潜在药物靶点	骨关节炎中的软骨细胞和GFPT1基因	生物医学	骨关节炎	孟德尔随机化分析、共定位分析、RNA测序	NA	RNA	2645个靶点，人类和小鼠的软骨样本
8349	2024-10-21	Osteopetrosis-like disorders induced by osteoblast-specific retinoic acid signaling inhibition in mice 2024-Oct-17, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00353-5 PMID:39419968	研究论文	研究构建了骨细胞特异性抑制视黄酸信号的小鼠模型，发现其表现出类似人类骨硬化症的症状，并揭示了视黄酸信号在骨细胞中的抑制作用导致骨骼、造血和免疫系统功能障碍的机制	首次揭示了骨细胞中视黄酸信号的抑制作用导致类似骨硬化症的病理机制，为骨硬化症的治疗提供了新的见解	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨骨细胞中视黄酸信号的抑制作用对骨骼、造血和免疫系统的影响	骨细胞特异性抑制视黄酸信号的小鼠模型	NA	骨硬化症	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)，RNA测序 (RNA-seq)	NA	基因表达数据	小鼠模型
8350	2024-10-21	Computational identification of surface markers for isolating distinct subpopulations from heterogeneous cancer cell populations 2024-Oct-17, NPJ systems biology and applications IF:3.5Q1 DOI:10.1038/s41540-024-00441-6 PMID:39420005	研究论文	本文介绍了一种名为clusterCleaver的计算工具，用于识别和分离异质性癌细胞群体中的不同亚群	开发了一种新的计算工具clusterCleaver，用于识别单细胞RNA测序数据中的表面标记物，以分离癌细胞亚群	NA	开发一种计算工具，用于识别和分离癌细胞群体中的不同亚群，以提高治疗效果和理解肿瘤进展	癌细胞亚群的表面标记物	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	MDA-MB-231和MDA-MB-436细胞
8351	2024-10-21	Tregs ST2 deficiency enhances the abscopal anti-tumor response induced by microwave ablation 2024-Oct-17, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.113330 PMID:39423663	研究论文	研究探讨了微波消融（MWA）对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的作用	首次研究了Treg细胞中ST2缺乏对微波消融诱导的远端抗肿瘤反应的增强作用	研究仅限于小鼠模型，尚未在临床试验中验证	探索微波消融对肿瘤微环境中Treg细胞ST2表达的影响及其在抗肿瘤反应中的机制	Treg细胞、肿瘤微环境、微波消融	数字病理学	NA	流式细胞术、单细胞转录组测序	NA	细胞	Foxp3Cre和Foxp3CreIl1rl1fl/fl小鼠的双侧背部肿瘤模型
8352	2024-10-21	Single-cell transcriptome sequencing reveals that Wolbachia induces gene expression changes in Drosophila ovary cells to favor its own maternal transmission 2024-Oct-16, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.01473-24 PMID:39194189	研究论文	本文通过单细胞转录组测序研究了Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化，揭示了Wolbachia如何通过改变宿主基因表达来促进其母系传播	首次系统地分析了Wolbachia感染对果蝇卵巢细胞基因表达的影响，揭示了Wolbachia通过调节宿主基因表达来促进其在宿主卵巢细胞中的传播	研究仅限于特定Wolbachia菌株（Mel）和果蝇卵巢细胞，未来需要进一步研究其他菌株和宿主物种	探讨Wolbachia在果蝇卵巢细胞中的基因表达变化及其对母系传播的影响	Wolbachia感染的果蝇卵巢细胞和未感染的卵巢细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	感染和未感染Wolbachia的果蝇卵巢细胞
8353	2024-10-21	DGSIST: Clustering spatial transcriptome data based on deep graph structure Infomax 2024-Oct-15, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.10.002 PMID:39413889	研究论文	提出了一种基于深度图结构互信息最大化（DGSI）模型的空间转录组数据聚类方法DGSIST	DGSIST模型结合了图卷积神经网络和无监督学习方法，能够有效捕捉节点及其邻居的局部信息，并将其整合到整体图结构中	NA	旨在充分利用空间转录组数据，提高细胞类型识别的准确性	空间转录组数据中的细胞类型	生物信息学	癌症	图卷积神经网络	DGSI	空间转录组数据	多种组织类型和技术平台的数据
8354	2024-10-21	A self-training interpretable cell type annotation framework using specific marker gene 2024-Oct-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae569 PMID:39312689	研究论文	本文介绍了一种基于自训练和伪标签技术的可解释细胞类型注释框架sICTA	结合了自训练策略和Transformer的非线性关联捕捉能力，并利用注意力机制融入基因和通路的生物学先验知识，增强了模型的透明度	未提及	开发一种新的细胞类型注释方法，以提高单细胞RNA测序分析的准确性和可解释性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Transformer	基因表达数据	11个公开的单细胞数据集
8355	2024-10-21	Comprehensive transcriptome and scRNA-seq analyses uncover the expression and underlying mechanism of SYNJ2 in papillary thyroid carcinoma 2024-Oct, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.12099 PMID:39370684	研究论文	研究探讨了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制	首次揭示了SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的高表达及其与临床特征的关联，并探讨了其在肿瘤进展中的作用	研究主要基于现有数据和分析，缺乏体内实验验证	探讨SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其潜在机制	SYNJ2在甲状腺乳头状癌中的表达及其与临床特征的关联	数字病理学	甲状腺癌	免疫组化、mRNA芯片、RNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多个甲状腺乳头状癌样本
8356	2024-10-21	Functional plasticity shapes neutrophil response to Leishmania major infection in susceptible and resistant strains of mice 2024-Oct, PLoS pathogens IF:5.5Q1 DOI:10.1371/journal.ppat.1012592 PMID:39378227	研究论文	研究了不同品系小鼠在利什曼原虫感染下中性粒细胞的功能可塑性及其对感染反应的影响	揭示了易感小鼠和抗性小鼠中性粒细胞在利什曼原虫感染下NETs形成和吞噬作用的差异，并探讨了中性粒细胞弹性蛋白酶在吞噬作用调节中的作用	研究仅限于特定品系的小鼠，未涉及其他物种或人类	探讨中性粒细胞在利什曼原虫感染中的功能可塑性及其对感染易感性和抗性的影响	BALB/c和C57BL/6小鼠的中性粒细胞	免疫学	利什曼病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	BALB/c和C57BL/6小鼠各一组
8357	2024-10-21	Single-cell characterization of differentiation trajectories and drug resistance features in gastric cancer with peritoneal metastasis 2024-Oct, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.70054 PMID:39422697	研究论文	研究胃癌腹膜转移患者的单细胞分化轨迹和药物耐药特征	揭示了MUC1+癌细胞在胃癌腹膜转移中的驱动作用，以及C1Q+巨噬细胞与GZMA+ T淋巴细胞在治疗失败中的相关性	样本量相对较小，且仅限于胃癌腹膜转移患者	阐明胃癌腹膜转移微环境中的细胞分化轨迹和关键药物耐药特征	胃癌腹膜转移患者的原发肿瘤、腹膜转移和化疗/免疫治疗前后的恶性腹水样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光和空间转录组学	NA	单细胞RNA测序数据、免疫荧光图像和空间转录组数据	48名患者，包括30个单细胞RNA测序样本、30个多重免疫荧光样本和3个空间转录组样本
8358	2024-10-21	Resilience of A Learned Motor Behavior After Chronic Disruption of Inhibitory Circuits 2024-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.05.17.541057 PMID:37292888	研究论文	研究了斑胸草雀在抑制性神经回路慢性破坏后学习到的鸣叫行为的恢复机制	发现成年斑胸草雀在抑制性神经元长期沉默后，能够恢复其鸣叫行为，尽管神经活动发生了永久性改变	研究主要集中在斑胸草雀的鸣叫行为恢复机制，未涉及其他物种或行为	探讨抑制性神经回路慢性破坏后学习行为的恢复机制	斑胸草雀的鸣叫行为及其神经回路	神经科学	NA	细胞特异性病毒载体、单细胞RNA测序、慢性及急性电生理记录	NA	RNA序列、电生理数据	成年斑胸草雀
8359	2024-10-21	Downregulation of N4-acetylcytidine modification in myeloid cells attenuates immunotherapy and exacerbates hepatocellular carcinoma progression 2024-02, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-023-02510-9 PMID:38040817	研究论文	研究了N4-乙酰胞苷修饰在髓系细胞中下调对肝细胞癌进展和免疫治疗的影响	首次探讨了N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人体中验证	探讨N4-乙酰胞苷修饰在肝细胞癌发展和免疫治疗中的作用	髓系细胞和肝细胞癌	数字病理学	肝癌	流式细胞术、单细胞RNA测序、RNA测序、RNA免疫沉淀测序、酪胺信号放大分析	NA	RNA	小鼠模型和肝细胞癌患者的组织样本
8360	2024-10-21	Modulation of canonical Wnt signaling regulates peribiliary mesenchymal identity during homeostasis and injury 2024-02-01, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1097/HC9.0000000000000368 PMID:38251878	研究论文	研究了Wnt信号通路在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的作用，特别是在稳态和损伤情况下的变化	首次采用完全体内方法结合转录组分析，揭示了Wnt4、Wnt5a和Wnt7b在调节外周胆管周围间充质细胞身份中的关键作用	研究主要集中在体内实验，未涉及体外实验验证	探讨外周胆管周围间充质细胞身份的分子驱动因素及其在损伤情况下的变化	外周胆管周围间充质细胞（PMCs）及其在损伤情况下的变化	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA