单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8341	2024-09-23	Multi-omics features of immunogenic cell death in gastric cancer identified by combining single-cell sequencing analysis and machine learning 2024-09-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-73071-x PMID:39294296	研究论文	本文通过结合单细胞测序分析和机器学习，识别了胃癌中免疫原性细胞死亡的多组学特征	本文创新性地利用机器学习框架整合101种算法，构建了与免疫原性细胞死亡相关的基因特征，并验证了这些基因与胃癌免疫微环境和侵袭转移的关系	NA	阐明免疫原性细胞死亡在胃癌中的精确作用	胃癌中的免疫原性细胞死亡相关基因及其与免疫微环境和侵袭转移的关系	机器学习	胃癌	单细胞测序分析、转录组测序分析、蛋白质组分析	机器学习算法	基因数据	大量临床样本
8342	2024-09-23	AtML: An Arabidopsis thaliana root cell identity recognition tool for medicinal ingredient accumulation 2024-Sep-16, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2024.09.010 PMID:39293728	研究论文	本文开发了一种名为AtML的机器学习系统，用于识别拟南芥根细胞阶段并识别生物标志物，以促进对药用化合物积累机制的理解	AtML系统通过完全的模型可解释性，识别了160个重要的标记基因，有助于细胞类型的注释	NA	开发一种工具，用于识别拟南芥根细胞阶段，并揭示药用化合物积累的机制	拟南芥根细胞及其药用化合物的合成与积累模式	机器学习	NA	单细胞转录组测序	机器学习系统	转录组数据	6000个细胞，来自六个细胞亚群
8343	2024-09-23	Altered Cell Clusters and Upregulated Aqp1 in Connexin 50 Knockout Lens Epithelium 2024-Sep-03, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.65.11.27 PMID:39287589	研究论文	研究了连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞的异质性和细胞簇，并探讨了其下游靶点对晶状体稳态和生长的调控作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞中差异表达基因，特别是Aqp1的上调	研究仅限于一个月大的Cx50KO和野生型小鼠，样本量较小	研究连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞的异质性和细胞簇，以及其对晶状体稳态和生长的影响	一个月大的连接蛋白50敲除和野生型小鼠的晶状体上皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	Cx50KO和野生型小鼠各一组
8344	2024-09-23	SCIntRuler: guiding the integration of multiple single-cell RNA-seq datasets with a novel statistical metric 2024-Sep-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae537 PMID:39226185	研究论文	介绍了一种名为SCIntRuler的新统计度量方法，用于指导多个单细胞RNA测序数据集的整合	提出了SCIntRuler，一种新的统计度量方法，帮助研究人员在数据整合时做出明智的决策	NA	解决在整合多个单细胞RNA测序数据集时面临的挑战，提供一个有效的决策工具	单细胞RNA测序数据集的整合方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计度量方法	单细胞RNA测序数据	NA
8345	2024-09-23	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals 2 Subtypes of Tumor Cells of Sclerosing Pneumocytoma With Distinct Molecular Features and Clinical Implications 2024-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.modpat.2024.100560 PMID:38972356	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了硬化性肺细胞瘤中两种具有不同分子特征和临床意义的肿瘤细胞亚型	首次提供了硬化性肺细胞瘤的单细胞转录组全面图谱，并鉴定出两种不同的肿瘤细胞亚型	样本量较小，仅涉及4个病例	阐明硬化性肺细胞瘤肿瘤细胞的分子特征，并加深对参与其形成和生物学行为的细胞过程的理解	硬化性肺细胞瘤及其对应的正常肺组织	数字病理学	肺部疾病	单细胞RNA测序和微阵列空间转录组分析	NA	转录组数据	4例硬化性肺细胞瘤及其对应的正常肺组织
8346	2024-09-23	Synergistic activation by Glass and Pointed promotes neuronal identity in the Drosophila eye disc 2024-Aug-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-51429-z PMID:39154080	研究论文	研究了果蝇眼盘中Glass和Pointed转录因子与EGFR信号的协同作用对神经元身份的促进作用	揭示了EGFR信号通过多层转录网络的协同激活机制诱导Glass表达细胞中神经元身份的形成	NA	探讨果蝇眼盘中外部信号与细胞内转录因子的整合如何指导前体细胞分化为特定细胞命运	果蝇眼盘中的光感受器R1-R7的分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
8347	2024-09-23	Transcription Factor Activity Regulating Macrophage Heterogeneity during Skin Wound Healing 2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2400172 PMID:38940624	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，推断转录因子在皮肤伤口愈合过程中巨噬细胞异质性中的活性	改进了贝叶斯推断转录因子活性模型，结合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据，揭示了转录因子在伤口愈合中巨噬细胞异质性中的调控作用	NA	研究转录因子在皮肤伤口愈合过程中巨噬细胞异质性中的调控作用	巨噬细胞在皮肤伤口愈合过程中的异质性	NA	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	贝叶斯推断模型	RNA、染色质可及性	NA
8348	2024-09-23	Human genetics and epigenetics of alcohol use disorder 2024-Aug-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI172885 PMID:39145449	综述	本文综述了酒精使用障碍（AUD）的遗传学和表观遗传学研究进展	本文总结了从早期候选基因研究到当前全基因组扫描的技术进步，揭示了AUD的众多遗传和表观遗传风险因素	本文讨论了当前研究的局限性，包括增加GWAS和EWAS研究的能力以及扩大分析中包含的群体多样性	探讨酒精使用障碍的遗传学和表观遗传学机制	酒精使用障碍（AUD）及其遗传和表观遗传风险因素	NA	酒精使用障碍	全基因组关联研究（GWAS）、表观基因组关联研究（EWAS）、全基因组测序、多组学、单细胞测序、空间转录组学	NA	基因组数据、表观基因组数据、转录组数据	超过一百万参与者
8349	2024-09-23	Hydrogel crosslinking modulates macrophages, fibroblasts, and their communication, during wound healing 2024-Aug-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-50072-y PMID:39122702	研究论文	研究了交联度对基于明胶的水凝胶在伤口愈合过程中对巨噬细胞和成纤维细胞行为的影响	发现轻度交联的水凝胶能促进细胞浸润并减少疤痕形成，而重度交联的水凝胶则增加炎症并导致巨噬细胞亚群的氧化活性和细胞融合	研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及其他物种或性别	探讨水凝胶交联度对伤口愈合过程中免疫和基质细胞行为的影响	基于明胶的水凝胶、巨噬细胞、成纤维细胞、伤口愈合	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	雌性小鼠
8350	2024-09-23	Integrative single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics analyses reveal diverse apoptosis-related gene expression profiles in EGFR-mutated lung cancer 2024-Aug-09, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06940-y PMID:39122703	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了EGFR突变型肺癌中与细胞凋亡相关的基因表达谱的多样性	首次综合利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统分析了EGFR突变型肺癌中细胞凋亡相关基因的表达变化	研究主要基于细胞系和转基因小鼠模型，可能与人类肺癌的实际情况存在差异	探讨EGFR突变型肺癌中细胞凋亡相关基因在EGFR-TKI耐药性发展过程中的表达变化	EGFR突变型肺癌细胞系和患者样本，以及EGFR驱动型肺癌的转基因小鼠模型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST）	NA	RNA	EGFR突变型肺癌细胞系和患者样本，以及EGFR驱动型肺癌的转基因小鼠模型
8351	2024-09-23	Benchmarking clustering, alignment, and integration methods for spatial transcriptomics 2024-Aug-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-024-03361-0 PMID:39123269	研究论文	本文系统地评估了多种最先进的算法在空间转录组学数据上的聚类、对齐和整合性能	首次对空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法进行了全面的基准测试	未提及具体限制	评估和比较不同空间转录组学数据处理方法的性能	空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法	空间转录组学	NA	空间转录组学	NA	空间转录组学数据	涉及多种真实和模拟数据集，大小、技术、物种和复杂性各异
8352	2024-09-23	Transcriptomic changes and gene fusions during the progression from Barrett's esophagus to esophageal adenocarcinoma 2024-Aug-07, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-024-00623-8 PMID:39113153	研究论文	研究了从Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	首次全面分析了Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	样本量较小，仅包括8个个体	揭示Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合	Barrett食管和食管腺癌组织	数字病理学	食管癌	RNA测序	NA	转录组数据	8个个体
8353	2024-09-23	Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension 2024-08-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202307-1310OC PMID:38568479	研究论文	研究使用数字空间转录组学技术，分析了特发性肺动脉高压（IPAH）血管病变中的独特分子特征	首次通过数字空间转录组学技术，揭示了IPAH血管病变中的独特分子特征，并发现了与转化生长因子β信号传导、细胞外基质和内皮-间充质转化相关的基因富集	研究样本量较小，且仅限于IPAH和对照组的肺动脉	验证特发性肺动脉高压（IPAH）血管病变是否具有独特的分子特征	特发性肺动脉高压（IPAH）的血管病变和对照组的肺动脉	数字病理学	肺动脉高压	数字空间转录组学	NA	转录组数据	11个IPAH肺样本和5个对照组肺动脉样本
8354	2024-09-23	Compound models and Pearson residuals for single-cell RNA-seq data without UMIs 2024-Jul-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.08.02.551637 PMID:37577688	研究论文	本文提出了一种扩展非UMI单细胞RNA-seq数据标准化方法的复合模型，使用复合Pearson残差进行基因选择和数据嵌入	本文创新性地将复合分布应用于非UMI数据的建模，提出了复合Pearson残差方法，并发现放大分布可以用破幂律描述	NA	扩展Pearson残差方法至非UMI单细胞RNA-seq数据标准化	非UMI单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	复合模型	RNA-seq数据	NA
8355	2024-09-23	Pan-cancer mapping of single CD8+ T cell profiles reveals a TCF1:CXCR6 axis regulating CD28 co-stimulation and anti-tumor immunity 2024-Jul-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101640 PMID:38959885	研究论文	本文通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD28共刺激信号和抗肿瘤免疫中的作用	本文首次揭示了TCF1与CXCR6轴在调节CD8+ T细胞功能和抗肿瘤免疫中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	揭示CD8+ T细胞在不同肿瘤微环境中的表达程序，为下一代免疫疗法提供依据	CD8+ T细胞在七种人类癌症中的表达模式	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	矩阵分解算法	基因表达数据	33,161个CD8+ T细胞样本，来自132名患有七种癌症的患者
8356	2024-09-23	A brief history of somatostatin interneuron taxonomy or: how many somatostatin subtypes are there, really? 2024, Frontiers in neural circuits IF:3.4Q2 DOI:10.3389/fncir.2024.1436915 PMID:39091993	研究论文	本文回顾了催产素中间神经元分类学的历史，并讨论了单细胞RNA测序技术在皮质神经元分类中的应用	提出了将催产素中间神经元细分为约十个“超类型”的分类方法，认为这种分类更符合传统形态学、电生理学和神经化学特征	指出基于基因表达微小差异的更细分类（如“t-类型”或“集群”）可能对研究人员不太有用，甚至可能违背分类的初衷	探讨催产素中间神经元的分类及其在实验神经科学中的应用	催产素中间神经元的分类及其在皮质网络中的作用	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大量皮质神经元样本
8357	2024-09-23	Mitophagy Promotes Hair Regeneration by Activating Glutathione Metabolism 2024, Research (Washington, D.C.) DOI:10.34133/research.0433 PMID:39091635	研究论文	本文研究了线粒体自噬通过调节谷胱甘肽代谢促进毛发生长的机制	首次揭示了线粒体自噬在毛发生长早期通过激活谷胱甘肽代谢促进毛囊干细胞增殖的作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证	探讨线粒体自噬在毛发生长中的作用及其分子机制	毛囊干细胞和线粒体自噬相关基因	NA	NA	单细胞RNA测序、透射电子显微镜、免疫荧光染色、分子对接	NA	RNA	小鼠毛囊干细胞样本
8358	2024-09-23	CD36 restricts lipid-associated macrophages accumulation in white adipose tissues during atherogenesis 2024, Frontiers in cardiovascular medicine IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fcvm.2024.1436865 PMID:39156133	研究论文	研究探讨了CD36在动脉粥样硬化过程中对白色脂肪组织中脂质相关巨噬细胞积累的调控作用	首次发现CD36缺陷通过促进脂质相关巨噬细胞的积累，减少炎症并增加脂质代谢	研究仅在饮食诱导的动脉粥样硬化小鼠模型中进行，结果的普适性有待验证	探讨CD36在白色脂肪组织中对脂质代谢和炎症的调控作用	白色脂肪组织中的巨噬细胞及其亚群	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用饮食诱导的动脉粥样硬化小鼠模型进行研究
8359	2024-09-23	Spatial transcriptomics of fetal membrane-Decidual interface reveals unique contributions by cell types in term and preterm births 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0309063 PMID:39159152	研究论文	本研究使用单细胞转录组学方法，分析了足月和早产情况下胎儿膜-蜕膜界面各层的转录组网络，揭示了不同细胞类型在妊娠结局中的独特贡献	首次在空间水平上解析了胎儿膜-蜕膜界面各层在足月和早产情况下的转录组网络，识别了不同细胞类型在早产中的关键作用	样本量较小，仅包括13名患者的数据，可能影响结果的普适性	研究胎儿膜-蜕膜界面各层在足月和早产情况下的转录组特征，揭示其在妊娠结局中的作用	胎儿膜-蜕膜界面的各层细胞，包括羊膜上皮细胞、羊膜间质细胞、绒毛膜和蜕膜	数字病理学	妊娠疾病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	13名患者，包括足月未分娩、足月分娩、早产和早产伴胎膜早破
8360	2024-09-23	Blockade of IL-6R prevents preterm birth and adverse neonatal outcomes 2023-Dec, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2023.104865 PMID:37944273	研究论文	研究探讨了IL-6R阻断剂在预防早产和不良新生儿结局中的作用	首次证明了IL-6R阻断剂可以有效预防由无菌性羊膜内炎症引起的早产和不良新生儿结局	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类临床试验中验证	探讨IL-6R阻断剂在预防早产和不良新生儿结局中的潜在治疗作用	IL-6和IL-1α在无菌性羊膜内炎症中的作用，以及IL-6R阻断剂的治疗效果	NA	早产	蛋白质组学、单细胞RNA测序、QUEST-MRI、宏基因组测序	NA	蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、MRI图像、宏基因组数据	C57BL/6小鼠模型，具体样本数量未明确提及