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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8321 | 2025-05-08 |
A review of single-cell transcriptomics and epigenomics studies in maternal and child health
2024, Epigenomics
IF:3.0Q2
DOI:10.1080/17501911.2024.2343276
PMID:38709139
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review | 本文综述了单细胞转录组学和表观基因组学在母婴健康领域的研究 | 总结了16个人类和哺乳动物胎盘的单细胞图谱以及31项关于母体暴露和并发症的单细胞研究 | NA | 综述单细胞测序技术在母婴健康领域的应用 | 人类和哺乳动物胎盘以及母体暴露和并发症 | 单细胞测序 | 母婴健康相关疾病 | 单细胞转录组学和表观基因组学 | NA | 单细胞测序数据 | 16个单细胞图谱和31项单细胞研究 | NA | NA | NA | NA |
8322 | 2025-10-07 |
SMARCB1 loss activates patient-specific distal oncogenic enhancers in malignant rhabdoid tumors
2023-12-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43498-3
PMID:38040699
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研究论文 | 本研究揭示了SMARCB1基因缺失通过激活患者特异性远端致癌增强子驱动恶性横纹肌样瘤发生的机制 | 首次发现SMARCB1缺失导致患者特异性远端增强子与MYC癌基因启动子形成染色质环,揭示了MRT肿瘤发生中的表观遗传重编程机制 | 研究主要基于患者来源的类器官模型,需要在更广泛的临床样本中验证 | 探究SMARCB1缺失在恶性横纹肌样瘤中如何改变调控景观并驱动肿瘤发生 | 恶性横纹肌样瘤患者来源的类器官组织和患者MRT组织 | 表观遗传学 | 恶性横纹肌样瘤 | 多组学分析、染色体构象捕获、单细胞RNA-seq、单细胞ATAC-seq | NA | 基因组学数据、表观遗传学数据、转录组数据 | 患者来源的MRT类器官和患者组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
8323 | 2025-10-07 |
PD-1- CD45RA+ effector-memory CD8 T cells and CXCL10+ macrophages are associated with response to atezolizumab plus bevacizumab in advanced hepatocellular carcinoma
2023-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43381-1
PMID:38030622
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的免疫反应机制 | 首次在单细胞水平揭示PD-1-CD45RA+效应记忆CD8 T细胞和CXCL10+巨噬细胞与治疗反应的相关性 | 样本量有限,需要更大规模研究验证发现 | 探索阿特珠单抗联合贝伐珠单抗治疗晚期肝细胞癌的免疫机制 | 晚期肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8324 | 2025-10-07 |
Integrating spatial and single-cell transcriptomics data using deep generative models with SpatialScope
2023-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43629-w
PMID:38030617
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研究论文 | 提出一种整合空间转录组和单细胞转录组数据的深度生成模型方法SpatialScope | 通过创新的模型和算法设计,能够同时提升测序型ST数据的单细胞分辨率并准确推断成像型ST数据的全转录组表达水平 | NA | 解决当前空间转录组技术在细胞分辨率或全转录组分析方面的局限性 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序参考数据 | 计算生物学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 深度生成模型 | 空间转录组数据,单细胞转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | NA | NA |
8325 | 2025-10-07 |
Cellular underpinnings of the selective vulnerability to tauopathic insults in Alzheimer's disease
2023-Nov-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.06.548027
PMID:38076913
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研究论文 | 本研究通过细胞类型定位技术探索阿尔茨海默病中tau病理选择性易感性的细胞基础 | 首次在全脑水平系统研究细胞类型分布与tau病理选择性易感性的关系,发现细胞类型组成比风险基因更能预测tau病理 | 研究基于小鼠模型,结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 揭示阿尔茨海默病中tau病理区域性易感性的细胞机制 | 小鼠脑组织中的神经元和非神经元细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序,细胞类型定位分析,基因本体分析 | MISS(矩阵逆和子集选择)细胞类型定位流程 | 单细胞RNA测序数据,转基因小鼠模型数据 | 12种不同的PS19小鼠模型,5项转基因小鼠研究 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8326 | 2025-10-07 |
Impact of Memory T Cells on SARS-COV-2 Vaccine Response in Hematopoietic Stem Cell Transplant
2023-Oct-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.26.564259
PMID:37961434
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研究论文 | 评估造血干细胞移植受者对SARS-CoV-2 mRNA疫苗的免疫反应特征 | 首次在HSCT受者中结合单细胞RNA测序与TCR/BCR测序分析疫苗无应答机制 | 样本量较小(仅42例患者),缺乏长期随访数据 | 探究造血干细胞移植受者对SARS-CoV-2疫苗的免疫应答机制 | 造血干细胞移植受者和健康对照者 | 免疫学 | 传染病 | 单细胞RNA测序,TCR测序,BCR测序,抗体滴度检测 | NA | 单细胞转录组数据,血清学数据 | 42例HSCT受者,5例健康对照 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8327 | 2025-10-07 |
Predicting tumor immune microenvironment and checkpoint therapy response of head & neck cancer patients from blood immune single-cell transcriptomics
2023-Jan-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.17.524455
PMID:36789425
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研究论文 | 本研究探索如何通过血液单细胞转录组数据推断头颈癌患者肿瘤免疫微环境状态并预测免疫检查点治疗反应 | 首次证明肿瘤免疫细胞比例和基因表达可从匹配的PBMC单细胞转录组数据推断,并发现肿瘤记忆B细胞与调节性T细胞比例比传统标志物更能预测免疫治疗反应 | 研究样本量有限,需要更大规模验证 | 开发基于血液单细胞转录组的肿瘤免疫微环境推断和免疫治疗反应预测方法 | 头颈鳞状细胞癌患者 | 单细胞转录组学 | 头颈癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞转录组数据 | 两个头颈癌患者数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 外周血单个核细胞单细胞RNA测序 |
8328 | 2025-05-07 |
Single-cell RNA Sequencing Identifies Prognostic Biomarkers in Extramedullary Multiple Myeloma
2025-May-05, Current medicinal chemistry
IF:3.5Q2
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术识别了髓外多发性骨髓瘤的预后生物标志物 | 利用LASSO方法开发预后特征,并通过外部MM队列验证其效能,揭示了CD4+ T细胞作为与MM进展相关的主要免疫细胞类型 | 研究依赖于公共数据库的转录组数据,可能受限于数据的质量和样本量 | 研究与髓外进展相关的多发性骨髓瘤克隆进化特征,识别新的预后生物标志物 | 多发性骨髓瘤(MM)患者 | digital pathology | multiple myeloma | scRNA-seq, LASSO | risk score model | transcriptomic profiles, scRNA-seq data | 126 DEGs identified, external MM cohorts for validation | NA | NA | NA | NA |
8329 | 2025-05-07 |
Identifying the Pattern Characteristics of Anoikis-Related Genes in Keloid
2025-May, Advances in wound care
IF:5.8Q1
DOI:10.1089/wound.2024.0027
PMID:38775414
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research paper | 该研究首次全面分析了anoikis相关基因(ARGs)在瘢痕疙瘩(KD)中的作用,并鉴定了六个核心ARGs | 首次研究ARGs在KD中的潜在价值,并鉴定了六个核心ARGs及其与KD免疫浸润的关联 | 研究仅基于三个KF RNA-seq数据集,样本量有限 | 探究ARGs在KD中的表达特征及其分子机制 | 瘢痕疙瘩(KD)和anoikis相关基因(ARGs) | 生物信息学 | 瘢痕疙瘩 | RNA-seq, 单细胞测序, LASSO-Cox回归分析 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 三个KF RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
8330 | 2025-05-07 |
Exploring genetic and immune cell dynamics in systemic lupus erythematosus patients with Epstein-Barr virus infection via machine learning
2025-May-01, Rheumatology (Oxford, England)
DOI:10.1093/rheumatology/keae537
PMID:39361430
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research paper | 本研究通过机器学习方法探索系统性红斑狼疮(SLE)患者与EB病毒感染相关的关键基因和免疫细胞动态 | 首次识别出IFI27作为SLE患者EBV感染的关键基因,并揭示了其对CD4 CTL和B细胞亚型的影响 | 研究样本量有限,且仅基于公开数据集分析 | 阐明SLE患者EBV感染的分子机制并寻找潜在诊断和治疗靶点 | 系统性红斑狼疮患者与EB病毒感染 | machine learning | systemic lupus erythematosus | RNA-seq, single-cell RNA sequencing, CIBERSORTx | machine-learning algorithms | gene expression data | 多个GEO数据集(GSE50772、GSE81622、GSE85599、GSE45918) | NA | NA | NA | NA |
8331 | 2025-05-07 |
Single-cell multiomics reveals a gene regulatory circuit driving leukemia cell differentiation
2025-May, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-025-03309-z
PMID:39984714
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学分析揭示了ATRA诱导白血病细胞分化的基因调控回路 | 整合单细胞染色质可及性和转录组分析,发现SPI1和CEBPE组成的正反馈基因调控回路驱动白血病细胞分化 | 研究主要基于NB4细胞系,在其他白血病细胞类型中的普适性需要进一步验证 | 探索ATRA诱导急性早幼粒细胞白血病细胞分化的调控机制 | PML/RARα急性早幼粒细胞白血病(APL)细胞系NB4,以及非APL白血病细胞系HL60和K562 | 单细胞多组学 | 急性早幼粒细胞白血病 | 单细胞染色质可及性分析,单细胞转录组分析 | NA | 单细胞多组学数据 | NB4、HL60和K562白血病细胞系 | NA | NA | NA | NA |
8332 | 2025-05-07 |
Global and Current Research Trends of Single-Cell Sequencing in Cancer: A Bibliometric and Visualization Study
2025-Apr-18, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/67880
PMID:40323789
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研究论文 | 本文通过文献计量学方法分析了2010年至2023年间单细胞测序在癌症研究中的全球趋势、合作网络和知识传播 | 首次全面分析了单细胞测序在癌症研究中的全球趋势和合作网络,识别了关键研究领域和未来研究方向 | 研究仅基于Web of Science数据库,可能未涵盖所有相关文献 | 阐明单细胞测序在癌症研究中的发展趋势、合作模式和知识传播 | 单细胞测序在癌症研究中的应用 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞测序 | NA | 文献数据 | 5,680篇出版物,涉及34,074位作者、3,129个机构和75个国家 | NA | NA | NA | NA |
8333 | 2025-05-07 |
SLC13A5 plays an essential role in the energy shift to oxidative phosphorylation in cisplatin-resistant mesothelioma stem cells
2025-Mar, Pathology international
IF:2.5Q2
DOI:10.1111/pin.70001
PMID:39912507
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research paper | 该研究探讨了SLC13A5在顺铂耐药间皮瘤干细胞能量代谢向氧化磷酸化转变中的关键作用 | 揭示了SLC13A5通过调节代谢转变和信号通路增强间皮瘤干细胞的顺铂耐药性 | 研究主要基于体外实验和数据库分析,缺乏体内实验验证 | 探索靶向癌症干细胞的新型治疗方法 | 人类间皮瘤细胞系和间皮瘤干细胞样细胞 | 肿瘤生物学 | 间皮瘤 | 微阵列分析、scRNA-seq | 水凝胶培养模型 | 基因表达数据、单细胞RNA测序数据 | 人类间皮瘤细胞系和临床间皮瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
8334 | 2025-05-07 |
scRecover: Discriminating True and False Zeros in Single-Cell RNA-Seq Data for Imputation
2025-Feb-28, Statistics in medicine
IF:1.8Q1
DOI:10.1002/sim.10334
PMID:39912305
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研究论文 | 介绍了一种名为scRecover的新工具,用于区分单细胞RNA-seq数据中的真实零值和假零值,并进行有效的插补 | 提出了一种统计框架,能有效区分真实零值(基因未表达)和假零值(信号丢失),并开发了新的插补工具scRecover | 需要与其他插补方法(如scImpute、SAVER和MAGIC)结合使用 | 提高单细胞RNA-seq数据中零值插补的准确性 | 单细胞RNA-seq数据中的零值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | 零膨胀负二项模型,Good和Toulmin模型的改进版 | 单细胞RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8335 | 2025-05-07 |
Immune microenvironment spatial landscapes of tertiary lymphoid structures in gastric cancer
2025-Feb-04, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-025-03889-3
PMID:39901202
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research paper | 该研究探讨了胃癌中三级淋巴结构(TLS)对免疫微环境空间景观的影响及其预后价值 | 首次全面分析了胃癌中TLS的免疫微环境空间特征,并开发了基于免疫细胞密度和空间特征的风险评分模型 | 样本量相对较小(单细胞测序仅12例,空间转录组仅2例) | 阐明TLS在胃癌免疫微环境中的作用机制及其预后意义 | 胃癌患者的肿瘤组织和免疫微环境 | digital pathology | gastric cancer | multispectral fluorescence imaging, single-cell RNA sequencing, spatial transcriptomics | Density and Spatial Score risk model | image, transcriptomic data | 59例接受免疫治疗的GC患者(预后分析),110例GC患者(免疫细胞分析),12例单细胞测序样本(4例TLS阳性,8例阴性),2例空间转录组样本 | NA | NA | NA | NA |
8336 | 2025-05-07 |
O-GlcNAcylation attenuates ischemia-reperfusion-induced pulmonary epithelial cell ferroptosis via the Nrf2/G6PDH pathway
2025-Feb-04, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-025-02126-w
PMID:39901237
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research paper | 该研究探讨了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路减轻缺血再灌注诱导的肺上皮细胞铁死亡的作用 | 首次揭示了O-GlcNAcylation通过Nrf2/G6PDH通路在肺缺血再灌注损伤中的保护机制 | 研究主要基于小鼠模型和细胞实验,尚未在人体中进行验证 | 探究O-GlcNAcylation对肺缺血再灌注损伤中铁死亡的影响 | 肺上皮细胞和TC-1细胞 | 分子生物学 | 急性肺损伤/急性呼吸窘迫综合征(ALI/ARDS) | 单细胞测序、蛋白质组学分析、染色质免疫沉淀(ChIP)实验、双荧光素酶报告基因检测 | Ogt1条件性敲除小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 未明确说明样本数量,但使用了小鼠模型和TC-1细胞系 | NA | NA | NA | NA |
8337 | 2025-05-07 |
Single-cell sequencing provides clues about the developmental genetic basis of evolutionary adaptations in syngnathid fishes
2025-Feb-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97764
PMID:39898521
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术探索了海龙科鱼类进化适应的发育遗传基础 | 首次构建了海湾管鱼胚胎的单细胞RNA测序图谱,揭示了其特殊性状(如雄性怀孕、无齿等)的发育遗传机制 | 研究仅针对单一物种(海湾管鱼)的胚胎阶段,未来需要跨物种和多发育阶段的比较研究 | 探究海龙科鱼类特殊性状的发育遗传基础 | 海湾管鱼胚胎 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 海湾管鱼胚胎样本(具体数量未明确说明) | NA | NA | NA | NA |
8338 | 2025-05-07 |
Single-cell RNA sequencing of neonatal cortical astrocytes reveals versatile cell clusters during astrocyte-neuron conversion
2025-Feb-03, Molecular biology reports
IF:2.6Q3
DOI:10.1007/s11033-025-10309-5
PMID:39899158
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research paper | 通过单细胞RNA测序技术研究新生鼠皮质星形胶质细胞在向神经元转化过程中的异质性及其转化潜力 | 揭示了星形胶质细胞在神经元转化过程中的异质性,并识别出具有更高转化潜力的Astrocyte 3亚群 | 研究仅基于体外实验,未验证体内环境下的转化效果 | 探究星形胶质细胞向神经元转化的异质性及其分子机制 | 新生鼠皮质星形胶质细胞 | 生物医学 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 体外培养的星形胶质细胞在Day 1和Day 9两个时间点的样本 | NA | NA | NA | NA |
8339 | 2025-05-07 |
Optimized gene transduction in human lung organoids: A high-efficiency method for advanced research applications
2025-Feb-03, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07461-w
PMID:39900972
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研究论文 | 本文优化了一种提高慢病毒载体在人iPSC来源肺类器官中转导效率的方法 | 通过物理破坏类器官增加表面积并结合旋转接种法,显著提高了转导效率 | 方法可能不适用于其他类型的类器官或细胞模型 | 提高基因转导效率以促进肺研究和疾病模型研究 | 人iPSC来源的肺类器官 | 生物医学工程 | 肺疾病 | 慢病毒载体转导、单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据、蛋白质数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8340 | 2025-05-07 |
Monocyte-macrophage dynamics as key in disparate lung and peripheral immune responses in severe anti-melanoma differentiation-associated gene 5-positive dermatomyositis-related interstitial lung disease
2025-Feb, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70226
PMID:39902678
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research paper | 该研究通过单细胞RNA测序技术,探索了抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中单核-巨噬细胞动态在免疫失调中的关键作用 | 揭示了外周与肺部免疫景观的显著对比,以及单核-巨噬细胞系在免疫失调中的核心作用 | 样本量较小,仅涉及五名患者 | 深入了解严重抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病中外周和肺部免疫失调的机制,并探索潜在的治疗靶点 | 抗MDA5阳性皮肌炎相关间质性肺病患者的外周血单核细胞和支气管肺泡灌洗液 | 免疫学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序、Luminex检测、流式细胞术 | NA | RNA序列数据 | 5名患者的支气管肺泡灌洗液和配对的外周血单核细胞 | NA | NA | NA | NA |