单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 8281 - 8300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8281 | 2024-09-23 |
Transcriptomic changes in single yeast cells under various stress conditions
2023-Feb-24, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09184-w
PMID:36829151
|
研究论文 | 研究了在不同胁迫条件下单个酵母细胞的转录组变化 | 利用全长的单细胞RNA测序技术，提供了比传统群体细胞方法更精细的酵母胁迫响应图谱 | 单细胞间的技术噪声和批次效应可能会显著影响结果 | 探讨酵母在胁迫条件下的转录组变化 | 酵母细胞在不同胁迫条件下的转录组 | 基因组学 | NA | 全长单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 117个酵母细胞，分别在三种胁迫条件下（低渗条件、葡萄糖饥饿和氨基酸饥饿）进行测序 |
| 8282 | 2024-09-23 |
Progress in Discovering Transcriptional Noise in Aging
2023-Feb-12, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms24043701
PMID:36835113
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综述 | 本文综述了衰老过程中转录噪音的发现进展 | 提出了基于网络分析的基因间协调水平分析等新方法来定义转录噪音 | 实验观察数量有限，单细胞RNA测序存在技术噪音，缺乏标准或最佳的数据分析测量方法 | 回顾近期技术进展、当前知识和挑战，以更好地理解衰老中的转录噪音 | 衰老过程中的转录噪音 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8283 | 2024-09-23 |
STAT3 protects HSCs from intrinsic interferon signaling and loss of long-term blood-forming activity
2023-Feb-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.10.528069
PMID:36798265
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研究论文 | 研究探讨了STAT3在造血干细胞和祖细胞中的功能及其对长期造血活性的保护作用 | 首次通过混合骨髓嵌合小鼠模型，揭示了STAT3在造血干细胞和祖细胞中的关键作用，并提出了使用靶向合成致死方法与STAT3抑制剂结合来清除缺陷或疾病造血干细胞和祖细胞的潜力 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证STAT3功能的直接相关性 | 探讨STAT3在造血干细胞和祖细胞中的功能及其对长期造血活性的影响 | 造血干细胞和祖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 20%的造血系统中使用CreER介导的删除方法建立了混合骨髓嵌合小鼠模型 |
| 8284 | 2024-09-23 |
Using single-cell RNA sequencing to generate cell-type-specific split-GAL4 reagents throughout development
2023-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527019
PMID:36778312
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序数据生成基于基因特异性调控元件的细胞类型特异性split-GAL4工具，用于果蝇发育过程中的细胞类型研究 | 本文提出了一种基于单细胞RNA测序数据的高效流程，用于生成细胞类型特异性的split-GAL4工具，解决了现有增强子驱动的GAL4工具在表达模式预测上的不足 | NA | 开发新的细胞类型特异性工具，用于果蝇发育过程中特定细胞类型的靶向操作 | 果蝇的神经发育和视觉系统 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNAseq) | NA | 基因表达数据 | 大量编码内含子MiMIC/CRIMIC线 |
| 8285 | 2024-09-23 |
Ligament injury in adult zebrafish triggers ECM remodeling and cell dedifferentiation for scar-free regeneration
2023-Feb-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.527039
PMID:36778403
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研究论文 | 研究了成年斑马鱼颌关节韧带损伤后的无瘢痕再生过程 | 首次展示了成年斑马鱼颌关节韧带能够进行快速且完全的无瘢痕愈合，并揭示了免疫-间充质相互作用在ECM重塑中的作用 | NA | 探讨成年斑马鱼韧带损伤后的无瘢痕再生机制 | 成年斑马鱼的颌关节韧带 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及成年斑马鱼的颌关节韧带样本 |
| 8286 | 2024-09-23 |
Benchmarking algorithms for joint integration of unpaired and paired single-cell RNA-seq and ATAC-seq data
2023-Feb-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.01.526609
PMID:36778447
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研究论文 | 本文评估了七种现有单细胞多组学数据整合方法的性能，特别是它们在整合未配对和配对的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据方面的能力 | 本文首次系统性地比较了多种单细胞多组学数据整合方法，并探讨了配对数据在整合未配对数据中的作用 | 研究结果表明，多组学数据的数量对细胞类型注释至关重要，但未探讨其他可能影响整合效果的因素 | 评估现有单细胞多组学数据整合方法的性能，探讨配对数据在整合未配对数据中的作用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核ATAC测序（snATAC-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核ATAC测序（snATAC-seq） | NA | 基因表达数据，染色质可及性数据 | 未具体说明样本数量 |
| 8287 | 2024-09-23 |
Aortic Stress Activates an Adaptive Program in Thoracic Aortic Smooth Muscle Cells That Maintains Aortic Strength and Protects Against Aneurysm and Dissection in Mice
2023-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.122.318135
PMID:36579645
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研究论文 | 研究了主动脉平滑肌细胞在应激下的适应性反应及其对主动脉瘤和夹层的影响 | 揭示了YAP信号在主动脉平滑肌细胞适应性反应中的关键作用，并证明了其在预防主动脉瘤和夹层中的重要性 | NA | 探讨主动脉平滑肌细胞在应激下的转录和表观遗传调控机制及其对主动脉瘤和夹层的保护作用 | 小鼠模型中的主动脉平滑肌细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序 | NA | 基因表达数据和染色质可及性数据 | NA |
| 8288 | 2024-09-23 |
Computational Approaches and Challenges in Spatial Transcriptomics
2023-02, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2022.10.001
PMID:36252814
|
综述 | 本文综述了空间转录组学技术中的计算方法及其面临的挑战 | 本文提出了对空间转录组学技术中算法开发的展望 | 针对空间转录组学技术的算法设计仍处于初级阶段 | 探讨空间转录组学技术中的计算方法及其挑战 | 空间转录组学技术中的数据处理和分析方法 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8289 | 2024-09-23 |
A chromosome-scale epigenetic map of the Hydra genome reveals conserved regulators of cell state
2023-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.277040.122
PMID:36639202
|
研究论文 | 本文生成了一个新的染色体规模表观遗传图谱，揭示了水螅基因组中细胞状态的保守调控因子 | 本文首次揭示了水螅基因组中大范围的染色质相互作用域，并发现了两种先前未被分子表征的细胞类型的转录组特征 | NA | 研究水螅中上皮和间质干细胞的转录调控机制 | 水螅的基因组、单细胞RNA测序图谱、染色质相互作用、染色质可及性、序列保守性和组蛋白修饰 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序、染色质相互作用图谱、组蛋白修饰分析 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 水螅及其AEP品系 |
| 8290 | 2024-09-23 |
Single-cell analysis of acute lymphoblastic and lineage-ambiguous leukemia: approaches and molecular insights
2023-01-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2022016954
PMID:35926109
|
综述 | 本文综述了单细胞分析在急性淋巴细胞白血病和模糊谱系白血病中的应用及其分子洞察 | 本文介绍了多种单细胞测序技术在探索白血病生物学中的应用，包括RNA、DNA、染色质可及性和甲基化的单模态分析，以及多模态分析的扩展方法 | 本文讨论了单细胞测序在研究白血病生物学和治疗反应性方面的潜在机会和局限性 | 探讨单细胞测序技术在急性淋巴细胞白血病和模糊谱系白血病中的应用及其分子机制 | 急性淋巴细胞白血病和模糊谱系白血病的细胞起源、发育层次和起源，以及驱动发病、进展和治疗反应的分子异质性 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞测序 | NA | RNA、DNA、染色质可及性和甲基化 | NA |
| 8291 | 2024-09-23 |
The end of the beginning: application of single-cell sequencing to chronic lymphocytic leukemia
2023-01-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2021014669
PMID:36095842
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在慢性淋巴细胞白血病（CLL）中的应用及其对疾病自然进展、新型疗法影响和与非恶性免疫细胞相互作用的新理解 | 单细胞分析技术的发展使得能够处理和分析数十万个体细胞，并实现多组学数据的整合，从而揭示更丰富的分子疾病亚型和细胞电路模式 | NA | 探讨单细胞测序技术在慢性淋巴细胞白血病中的应用及其对疾病研究和个性化治疗方案设计的潜在影响 | 慢性淋巴细胞白血病及其相关的免疫细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞测序 | NA | 基因组和转录组数据 | 数十万个体细胞 |
| 8292 | 2024-09-23 |
scTOP: physics-inspired order parameters for cellular identification and visualization
2023-Jan-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.25.525581
PMID:36747864
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研究论文 | 本文介绍了一种基于统计物理学的单细胞类型序参量（scTOP）方法，用于细胞识别和可视化 | scTOP方法无需特征选择、统计拟合或降维处理，能够快速准确地分类单细胞并生成可解释的发育轨迹可视化 | NA | 开发新的理论和计算框架，以理解细胞命运决定、从表达数据中准确分类细胞命运，并整合细胞图谱的知识 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类和发育轨迹可视化 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多种人类和小鼠数据集 |
| 8293 | 2024-09-23 |
Multimodal characterization of antigen-specific CD8 + T cells across SARS-CoV-2 vaccination and infection
2023-Jan-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.24.525203
PMID:36747786
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研究论文 | 本文利用多模态测序技术对BNT162b2疫苗接种前后循环人白细胞进行纵向分析，揭示了SARS-CoV-2抗原特异性CD8+ T细胞的亚群特征 | 本文首次通过多模态整合工具定义了CD8+ T细胞的转录组、可及染色质景观和免疫表型，并识别了各模态中的独特生物标志物 | NA | 研究SARS-CoV-2疫苗接种和感染后抗原特异性CD8+ T细胞的特征 | SARS-CoV-2抗原特异性CD8+ T细胞 | NA | COVID-19 | 多模态测序技术 | NA | RNA-seq | NA |
| 8294 | 2024-09-23 |
YAP and TAZ couple osteoblast precursor mobilization to angiogenesis and mechanoregulated bone development
2023-Jan-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.20.524918
PMID:36711590
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研究论文 | 本文研究了YAP和TAZ信号在胚胎发育过程中如何将成骨细胞前体与血管生成和机械调节的骨发育联系起来 | 首次揭示了YAP/TAZ信号在胚胎发育过程中调控成骨细胞前体与血管生成的关系，并发现其在机械传导和骨形成中的作用 | NA | 探讨YAP和TAZ在胚胎骨发育中的作用及其与血管生成的关系 | 成骨细胞前体、血管生成、机械刺激 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 8295 | 2024-09-23 |
Mapping transcriptional heterogeneity and metabolic networks in fatty livers at single-cell resolution
2023-Jan-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.105802
PMID:36636354
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）小鼠肝脏中肝细胞和非实质细胞的转录异质性和代谢网络 | 揭示了先前未被识别的肝细胞簇，这些细胞簇具有高或低表达特征，并发现经典脂质合成驱动因子并不预测肝脂质积累，表明存在其他脂质代谢驱动因素 | NA | 研究非酒精性脂肪肝病的分子机制和代谢网络 | 非酒精性脂肪肝病小鼠的肝细胞和非实质细胞 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NAFLD小鼠和人类肝脏样本 |
| 8296 | 2024-09-23 |
Spatial transcriptomics reveals a conserved segment polarity program that governs muscle patterning in Nematostella vectensis
2023-Jan-10, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.01.09.523347
PMID:36711919
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研究论文 | 本文通过空间转录组学揭示了Nematostella vectensis中肌肉模式化的保守段极性程序 | 首次展示了在pre-bilaterian海葵发育幼虫中段极性路径的分子基础 | NA | 揭示早期动物进化中段极性路径的起源和机制 | Nematostella vectensis的发育幼虫 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8297 | 2024-09-23 |
Activation of Hedgehog signaling by the oncogenic RELA fusion reveals a primary cilia-dependent vulnerability in supratentorial ependymoma
2023-01-05, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noac147
PMID:35640920
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研究论文 | 本研究探讨了Hedgehog信号通路在RELA融合阳性室管膜瘤中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 首次揭示了Hedgehog信号通路在RELA融合阳性室管膜瘤中的关键作用，并提出了通过恢复初级纤毛功能来克服肿瘤耐药性的新策略 | 研究主要集中在体外和异种移植模型上，尚未在临床试验中验证其有效性 | 评估RELA融合依赖的信号模块，特别是Hedgehog通路在RELA融合阳性室管膜瘤中的作用 | RELA融合阳性的室管膜瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 基因表达分析、微阵列、RNA测序、qRT-PCR、单细胞RNA测序、免疫印迹、免疫荧光、免疫组织化学 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 患者队列中的室管膜瘤样本 |
| 8298 | 2024-09-23 |
Integrating Spatial Transcriptomics and Single-nucleus RNA Sequencing Reveals the Potential Therapeutic Strategies for Uterine Leiomyoma
2023, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.83510
PMID:37215998
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研究论文 | 本研究首次通过整合空间转录组学和单核RNA测序，揭示了子宫平滑肌瘤及其周围假包膜的细胞结构和基因表达特征，并提出了潜在的治疗策略 | 首次整合空间转录组学和单核RNA测序技术，绘制了子宫平滑肌瘤及其周围假包膜的细胞结构和基因表达图谱 | NA | 揭示子宫平滑肌瘤及其周围假包膜的细胞结构和基因表达特征，并探索潜在的治疗策略 | 子宫平滑肌瘤及其周围假包膜的细胞结构和基因表达 | 数字病理学 | 妇科肿瘤 | 空间转录组学和单核RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8299 | 2024-09-23 |
Microenvironmental regulation of T-cells in pulmonary hypertension
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1223122
PMID:37497214
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研究论文 | 研究肺动脉高压中肺纤维细胞对T细胞的微环境调节作用 | 首次揭示了肺动脉高压中肺纤维细胞通过分泌细胞因子和趋化因子，激活和极化T细胞，从而促进局部炎症和血管重塑 | 研究主要基于牛和人的样本，可能不完全适用于人类肺动脉高压的病理机制 | 探讨肺动脉高压中肺纤维细胞对T细胞的微环境调节机制 | 肺动脉高压中的肺纤维细胞和T细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、mRNA表达分析、呼吸测定分析 | NA | RNA | 牛和人的肺动脉样本，以及来自肺动脉高压和对照组患者的T细胞 |
| 8300 | 2024-09-23 |
Revisiting transplant immunology through the lens of single-cell technologies
2023-01, Seminars in immunopathology
IF:7.9Q1
DOI:10.1007/s00281-022-00958-0
PMID:35980400
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综述 | 本文通过单细胞技术重新审视移植免疫学 | 利用单细胞技术（如CyTOF、成像质谱流式细胞术和单细胞RNA测序）深入表征参与同种异体移植排斥和耐受的致病性免疫群体 | 处理和分析这些大型、高维数据集需要计算生物学技术的专业知识 | 回顾现有文献中关于单细胞技术在实体器官移植中的应用 | 实体器官移植中的同种异体移植排斥和耐受 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 单细胞数据 | NA |