单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8261	2024-09-26	EDClust: an EM-MM hybrid method for cell clustering in multiple-subject single-cell RNA sequencing 2022-05-13, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btac168 PMID:35561178	研究论文	本文提出了一种新的统计方法EDClust，用于多主体单细胞RNA测序数据的细胞聚类	EDClust通过混合Dirichlet-多项分布模型处理细胞类型异质性、主体异质性和聚类不确定性，并采用EM-MM混合算法进行数据似然最大化	NA	解决多主体单细胞RNA测序数据中的细胞聚类问题	多主体单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	混合模型	RNA测序数据	涉及四个真实单细胞RNA测序数据集，包含多种组织类型和物种
8262	2024-09-25	AFSC: A self-supervised augmentation-free spatial clustering method based on contrastive learning for identifying spatial domains 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.09.005 PMID:39310278	研究论文	提出了一种基于对比学习的无数据增强自监督空间聚类方法AFSC，用于识别空间域	设计了无负样本或数据增强的对比学习模块，并结合空间信息和基因表达进行潜在表示学习	未提及	改进空间聚类方法以识别空间域	空间转录组数据中的空间域	生物信息学	NA	对比学习	自监督学习模型	基因表达数据	多个不同分辨率的空间转录组数据集
8263	2024-09-25	UQCRB and LBH are correlated with Gleason score progression in prostate cancer: Spatial transcriptomics and experimental validation 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.026 PMID:39310280	研究论文	本研究利用空间转录组学技术分析前列腺癌组织中不同病理结构与Gleason评分进展的关系，并验证了UQCRB和LBH基因在前列腺癌进展中的作用	首次通过空间转录组学技术分析前列腺癌组织中Gleason评分进展相关的分子事件，并验证了UQCRB和LBH基因在前列腺癌进展中的关键作用	研究主要基于TCGA-PRAD数据集和实验验证，未来需在更多样本和临床数据中进一步验证	探讨前列腺癌中Gleason评分进展相关的分子机制	前列腺癌组织及其Gleason评分进展相关的基因	数字病理学	前列腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	不同病理结构的前列腺癌组织样本
8264	2024-09-25	Deciphering the cellular and molecular landscapes of Wnt/β-catenin signaling in mouse embryonic kidney development 2024-Dec, Computational and structural biotechnology journal IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.csbj.2024.08.025 PMID:39310276	研究论文	研究探讨了Wnt/β-catenin信号通路在小鼠胚胎肾脏发育中的细胞和分子机制	首次详细分析了Wnt/β-catenin信号通路激活后在不同胚胎肾脏细胞类型中的基因表达变化，并鉴定了直接转录靶点	研究主要集中在体外实验，缺乏体内验证	揭示Wnt/β-catenin信号通路在胚胎肾脏发育中的具体作用	小鼠胚胎肾脏细胞和基因表达	数字病理学	NA	RNA测序、单细胞RNA测序、ChIP-seq	NA	基因表达数据	使用了来自小鼠胚胎肾脏的多个数据集，包括GSE131240、GSE20325、GSE39583和GSE39837
8265	2024-09-25	Identification of transcriptional signature change and critical transcription factors involved during the differentiation of mouse trophoblast stem cell into maternal blood vessel associated trophoblast giant cell 2024-Nov, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2024.111359 PMID:39179089	研究论文	研究了小鼠滋养层干细胞向母体血管相关滋养层巨细胞分化的转录特征变化及关键转录因子	揭示了体外分化的小鼠滋养层干细胞与体内不同类型滋养层巨细胞之间的转录特征差异，并识别了关键转录因子ZMAT1、EGR1和MITF在分化过程中的作用	研究主要集中在体外模型，对体内情况的直接比较和验证有限	探讨滋养层干细胞分化为滋养层巨细胞的转录机制及其与胎盘功能障碍相关疾病的关系	小鼠滋养层干细胞及其分化后的滋养层巨细胞	NA	NA	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠滋养层干细胞及其分化后的滋养层巨细胞
8266	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing analysis provides novel insights into the role of apoptosis-related genes in muscle aging 2024-10, Archives of gerontology and geriatrics IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.archger.2024.105499 PMID:38852373	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了细胞凋亡相关基因在肌肉衰老中的作用	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别了22个与肌肉衰老相关的凋亡相关基因，并评估了它们的诊断价值	本研究仅基于GSE143704数据集，样本量有限，可能影响结果的普适性	探讨细胞凋亡相关基因在肌肉衰老中的作用及其潜在的诊断价值	肌肉衰老患者的单细胞RNA测序数据	数字病理学	老年病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	肌肉衰老患者和年轻对照样本
8267	2024-09-25	Loss of AR-regulated AFF3 contributes to prostate cancer progression and reduces ferroptosis sensitivity by downregulating ACSL4 based on single-cell sequencing analysis 2024-Oct, Apoptosis : an international journal on programmed cell death IF:6.1Q1 DOI:10.1007/s10495-024-01941-w PMID:38478171	研究论文	本研究通过单细胞测序分析探讨了AR调控的AFF3在前列腺癌进展中的作用及其对铁死亡敏感性的影响	首次揭示了AFF3通过下调ACSL4表达影响前列腺癌细胞的铁死亡敏感性	研究主要基于细胞系，缺乏临床样本验证	探讨AR调控的AFF3在前列腺癌进展和铁死亡敏感性中的作用	前列腺癌细胞及其代谢途径	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	前列腺癌细胞系
8268	2024-09-25	Mechanisms of radiation-induced tissue damage and response 2024-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.725 PMID:39309694	综述	本文综述了辐射诱导组织损伤（RITI）的分子机制，并探讨了单细胞测序（Sc-seq）在揭示RITI分子机制和识别潜在预防靶点中的应用	利用单细胞测序技术深入解析了RITI的分子机制，并提出了基于Sc-seq的个性化治疗策略	NA	揭示辐射诱导组织损伤的分子机制，并探讨相应的预防和治疗策略	辐射诱导组织损伤及其分子机制	NA	NA	单细胞测序（Sc-seq）	NA	NA	NA
8269	2024-09-25	Investigation of the pharmacological mechanisms of Shenfu injection in acute pancreatitis through network pharmacology and experimental validation 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37491 PMID:39309824	研究论文	本研究通过网络药理学和实验验证探讨了参附注射液在急性胰腺炎治疗中的药理机制	首次通过网络药理学和实验验证揭示了参附注射液在急性胰腺炎治疗中的多成分、多靶点和多细胞特性	NA	探讨参附注射液在急性胰腺炎治疗中的潜在机制	参附注射液在急性胰腺炎中的作用机制	NA	急性胰腺炎	网络药理学、分子对接、单细胞转录组分析、HE染色、流式细胞术、Tunel染色、CCK-8检测、Western blot、ELISA	NA	基因、蛋白质、细胞	体外实验涉及多种细胞类型，体内实验涉及急性胰腺炎大鼠模型
8270	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing analysis reveals the distinct features of colorectal cancer with or without Fusobacterium nucleatum infection in PD-L1 blockade therapy 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37511 PMID:39309908	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了在PD-L1阻断疗法下，有无Fusobacterium nucleatum感染的结直肠癌的特征	首次通过单细胞RNA测序揭示了Fusobacterium nucleatum感染对PD-L1阻断疗法在结直肠癌中作用的影响	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证结果	探讨PD-L1阻断疗法在结直肠癌中的作用机制，特别是Fusobacterium nucleatum感染的影响	结直肠癌肿瘤微环境中的细胞组成和功能	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型中的结直肠癌肿瘤样本
8271	2024-09-25	Single-cell RNA sequencing reveals intratumoral heterogeneity and multicellular community in primary hepatocellular carcinoma underlying microvascular invasion 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37233 PMID:39309949	研究论文	本文通过单细胞RNA测序揭示了原发性肝细胞癌中微血管侵犯的肿瘤内异质性和多细胞社区	首次对肝细胞癌中的微血管侵犯进行了详细的单细胞分析，揭示了免疫抑制生态系统和与微血管侵犯相关的上调信号	样本量较小，仅包括3个微血管侵犯阳性样本和14个阴性样本	研究肝细胞癌中微血管侵犯的肿瘤微环境，为免疫治疗提供潜在靶点	肝细胞癌患者的肿瘤组织及其配对的非肿瘤组织	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	3个微血管侵犯阳性样本和14个阴性样本，以及它们的配对非肿瘤组织
8272	2024-09-25	Smyd3-mediated immuno-modulation in HPV-negative head and neck squamous cell carcinoma mouse models 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110854 PMID:39310755	研究论文	研究了SMYD3在HPV阴性头颈鳞状细胞癌小鼠模型中的免疫调节作用	发现SMYD3通过表观遗传抑制I型IFN反应基因，使用SMYD3 ASO和抗PD-1疗法联合治疗可以增强肿瘤对治疗的敏感性	NA	探讨SMYD3在HPV阴性头颈鳞状细胞癌中的免疫调节功能及其对治疗抵抗机制的影响	SMYD3在HPV阴性头颈鳞状细胞癌中的作用及其对免疫治疗的影响	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用了MOC1小鼠口腔癌模型
8273	2024-09-25	Single-cell transcriptome and crosstalk analysis reveals immune alterations and key pathways in the bone marrow of knee OA patients 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110827 PMID:39310769	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，研究了膝骨关节炎患者骨髓抽吸物中的免疫变化和关键通路	本文首次深入研究了骨髓在膝骨关节炎中的免疫变化，不同于以往关注损伤部位或外周血的研究	NA	揭示膝骨关节炎患者骨髓中的免疫变化和关键通路	膝骨关节炎患者的骨髓抽吸物	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自随机临床试验（MILES: NCT03818737）的骨髓抽吸物样本
8274	2024-09-25	Single-cell sequencing reveals the heterogeneity of pancreatic neuroendocrine tumors under genomic instability and histological grading 2024-Sep-20, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.110836 PMID:39310774	研究论文	本文通过单细胞测序分析了胰腺神经内分泌肿瘤在基因组不稳定性和组织学分级下的异质性	揭示了肿瘤细胞在不同组织学分级和基因组不稳定性模式下激活的核心通路存在显著差异，并发现多种细胞类型可能参与肝转移过程	NA	研究胰腺神经内分泌肿瘤在基因组不稳定性和组织学分级下的异质性	胰腺神经内分泌肿瘤细胞及其在不同分级和基因组不稳定性下的异质性	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
8275	2024-09-25	Detecting anomalous anatomic regions in spatial transcriptomics with STANDS 2024-Sep-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52445-9 PMID:39300113	研究论文	本文介绍了一种基于生成对抗网络的创新框架STANDS，用于从多样本空间转录组数据中检测和解剖异常组织域	STANDS整合了多模态学习、迁移学习和风格迁移技术，解决了多样本异常组织域检测中的主要挑战	NA	开发一种能够从多样本空间转录组数据中进行异常组织域检测和解剖的新方法	多样本空间转录组数据中的异常组织域	生物信息学	NA	生成对抗网络	生成对抗网络	空间转录组数据	多样本
8276	2024-09-25	Multiplex, single-cell CRISPRa screening for cell type specific regulatory elements 2024-Sep-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52490-4 PMID:39294132	研究论文	本文描述了一种结合高多重扰动和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）的实验框架，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	本文创新性地将高多重扰动与单细胞RNA测序结合，用于识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件	本文未提及具体的局限性	识别细胞类型特异性的CRISPRa响应顺式调控元件及其调控的基因	K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元中的候选顺式调控元件	基因组学	神经发育障碍	CRISPRa, 单细胞RNA测序	NA	RNA	493个gRNAs，K562细胞和iPSC衍生的兴奋性神经元
8277	2024-09-25	PRDM3/16 regulate chromatin accessibility required for NKX2-1 mediated alveolar epithelial differentiation and function 2024-Sep-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52154-3 PMID:39284798	研究论文	研究探讨了PRDM3/16如何通过调节染色质可及性来影响NKX2-1介导的肺泡上皮细胞分化和功能	首次揭示了PRDM3和PRDM16在调节NKX2-1转录靶点的染色质可及性中的关键作用，以及它们在肺泡上皮细胞分化和功能中的重要性	研究主要集中在早期肺内胚层和AT2细胞中，未涵盖其他细胞类型和发育阶段	探讨NKX2-1与其他共激活因子在肺泡上皮细胞分化和功能中的相互作用机制	PRDM3和PRDM16在肺泡上皮细胞分化中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序、bulk ATAC测序、CUT&RUN技术	NA	RNA、染色质可及性数据	涉及早期肺内胚层和AT2细胞的多个样本
8278	2024-09-25	Single-cell RNA-seq analysis of rat molars reveals cell identity and driver genes associated with dental mesenchymal cell differentiation 2024-Sep-11, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-024-01996-w PMID:39256700	研究论文	研究使用单细胞RNA测序分析大鼠磨牙，揭示了与牙髓间充质细胞分化相关的细胞身份和驱动基因	首次在大鼠磨牙的晚期钟形阶段使用单细胞RNA测序分析，揭示了牙髓间充质细胞的异质性和分化轨迹，并鉴定了新的细胞标记基因	研究仅限于大鼠磨牙的晚期钟形阶段，未涵盖其他物种或发育阶段	研究牙齿形态发生中的分子机制和信号通路，特别是牙髓间充质细胞的分化	大鼠下颌第一和第二磨牙的牙髓间充质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	大鼠下颌第一和第二磨牙的多个细胞样本
8279	2024-09-25	Genomic and immune heterogeneity of multiple synchronous lung adenocarcinoma at different developmental stages 2024-Sep-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-52139-2 PMID:39256403	研究论文	研究分析了不同病理阶段的多发性同步肺腺癌的基因组和免疫异质性	揭示了多发性同步肺腺癌在不同发展阶段的克隆独立性和趋同进化，以及免疫微环境的动态变化	样本量较小，仅包括8名患者的16个肿瘤样本	探讨多发性同步肺腺癌在不同病理阶段的基因组和免疫异质性	多发性同步肺腺癌及其在不同发展阶段的基因组和免疫特征	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序、单细胞TCR测序和全外显子组测序	NA	基因组数据和免疫数据	8名患者的16个肿瘤样本
8280	2024-09-25	A single-cell transcriptomic dataset of pluripotent stem cell-derived astrocytes via NFIB/SOX9 overexpression 2024-Sep-10, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-024-03823-x PMID:39256463	研究论文	本文通过NFIB/SOX9过表达诱导多能干细胞分化为星形胶质细胞，并进行了单细胞转录组测序分析	建立了NFIB/SOX9诱导的星形胶质细胞分化路径的全面图谱，揭示了分化过程中的分子变化	对诱导星形胶质细胞的精确分化路径和分子特征的理解仍不完全	研究人类神经疾病并识别治疗靶点	多能干细胞衍生的星形胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	64,736个细胞