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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8241 | 2025-10-06 |
Complex regulation of cardiac fibrosis: insights from immune cells and signaling pathways
2025-Feb-28, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06260-5
PMID:40022104
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综述 | 本文综述了免疫细胞在心脏纤维化中的复杂调控作用及其相关信号通路 | 聚焦免疫细胞在心脏纤维化中的可塑性和异质性,探讨不同免疫细胞亚群的特异性作用及相互通讯 | 免疫细胞的具体调控机制尚不明确,不同亚群在纤维化中的具体作用仍需进一步研究 | 阐明免疫细胞在心脏纤维化中的作用机制,为抗纤维化治疗策略提供见解 | 心脏纤维化过程中的免疫细胞和成纤维细胞 | 病理生理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序, 多组学分析 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞多组学 | NA | NA |
8242 | 2025-10-06 |
Reawakening inflammation in the chronically injured spinal cord using lipopolysaccharide induces diverse microglial states
2025-Feb-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03379-6
PMID:40022205
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析急性和慢性脊髓损伤中微胶质细胞对脂多糖注射的反应 | 首次揭示慢性脊髓损伤中LPS诱导的微胶质细胞状态多样性及其与神经可塑性的潜在关联 | 微胶质细胞状态在慢性损伤中的炎症刺激仅部分重现急性损伤环境 | 探究微胶质细胞和LPS诱导的神经炎症在脊髓损伤后神经可塑性中的作用机制 | 脊髓损伤模型中的微胶质细胞 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8243 | 2025-10-06 |
LETSmix: a spatially informed and learning-based domain adaptation method for cell-type deconvolution in spatial transcriptomics
2025-Feb-28, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-025-01442-8
PMID:40022231
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研究论文 | 提出一种名为LETSmix的空间感知学习方法,用于空间转录组学中的细胞类型反卷积 | 结合定制的LETS滤波器整合空间相关性,并采用混合增强的域适应策略解决ST与单细胞RNA测序数据间的差异 | NA | 解决空间转录组技术中因分辨率限制导致的细胞混合问题 | 空间转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | 域适应方法 | 基因表达数据,空间坐标数据,图像纹理特征 | NA | NA | 空间转录组学,单细胞RNA测序 | NA | NA |
8244 | 2025-10-06 |
LOX+ iCAFs in HNSCC have the potential to predict prognosis and immunotherapy responses revealed by single cell RNA sequencing analysis
2025-Feb-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-91036-6
PMID:40016474
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析发现LOX+ iCAFs在头颈鳞状细胞癌中具有预测预后和免疫治疗反应的潜力 | 首次通过单细胞RNA测序识别LOX+ iCAFs亚型,并建立其与HNSCC预后和免疫治疗反应的关联 | 研究样本量有限,验证队列仅包含102名患者 | 探索头颈鳞状细胞癌中癌相关成纤维细胞的功能作用及其临床意义 | 头颈鳞状细胞癌患者样本和CAL-27、UM-SCC-1细胞系 | 单细胞分析 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | Seurat聚类分析 | 单细胞RNA测序数据,bulk RNA测序数据 | GSE103322数据集和102名HNSCC患者验证队列 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8245 | 2025-10-06 |
Bioinformatics analysis of shared biomarkers and immune pathways of preeclampsia and periodontitis
2025-Feb-27, BMC pregnancy and childbirth
IF:2.8Q1
DOI:10.1186/s12884-025-07277-w
PMID:40016711
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研究论文 | 通过生物信息学分析发现先兆子痫和牙周炎共享的生物标志物和免疫通路 | 首次系统识别先兆子痫和牙周炎的共享枢纽基因和免疫通路,并构建诊断模型 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要实验验证 | 探索先兆子痫和牙周炎的共同发病机制 | 牙周组织和胎盘组织的基因表达数据 | 生物信息学 | 先兆子痫和牙周炎 | 转录组分析,单细胞RNA测序 | XG-Boost,机器学习 | 基因表达数据 | 来自GEO数据库的多个转录组数据集 | NA | 单细胞RNA测序,bulk RNA-seq | NA | NA |
8246 | 2025-10-06 |
Integration and functionality of human iPSC-derived microglia in a chimeric mouse retinal model
2025-Feb-27, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-025-03393-8
PMID:40016767
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研究论文 | 本研究开发了一种包含人iPSC来源小胶质细胞的嵌合体小鼠视网膜模型,用于研究人类小胶质细胞在视网膜环境中的功能 | 创建了首个包含异种移植人类小胶质细胞的离体嵌合体视网膜模型,实现了超过86%的人类小胶质细胞整合率 | 研究仅进行了14天的培养观察,长期功能维持和安全性尚未评估 | 开发能够准确模拟人类小胶质细胞功能的视网膜疾病研究模型 | 人类诱导多能干细胞来源的小胶质细胞和小鼠视网膜组织 | 神经科学 | 视网膜退行性疾病 | 单细胞RNA测序,免疫染色,抗体中和实验 | 嵌合体小鼠视网膜模型 | 基因表达数据,图像数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8247 | 2025-10-06 |
A novel stemness-related lncRNA signature predicts prognosis, immune infiltration and drug sensitivity of clear cell renal cell carcinoma
2025-Feb-27, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06251-6
PMID:40016772
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研究论文 | 本研究开发了一种基于干性相关长链非编码RNA的预后特征模型,用于预测透明细胞肾细胞癌的预后、免疫浸润和药物敏感性 | 首次将RNA干性评分与WGCNA分析相结合识别SRlncRNAs,并构建了包含6个SRlncRNAs的预后特征模型,同时开发了基于网络的临床应用计算器 | 研究主要基于公共数据库的回顾性数据,需要更多前瞻性研究验证模型的临床实用性 | 探索干性相关长链非编码RNA在透明细胞肾细胞癌预后预测中的作用并开发风险分层模型 | 透明细胞肾细胞癌患者 | 生物信息学 | 肾癌 | RNA-seq, scRNA-seq, RT-qPCR, WGCNA, LASSO回归, Cox回归 | 机器学习算法, 预后特征模型 | 基因表达数据, 临床数据 | TCGA-KIRC和GSE29609队列样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
8248 | 2025-10-06 |
Anti-inflammatory actions of ripasudil ameliorate experimental autoimmune uveoretinitis in the acute phase
2025-Feb-27, BMJ open ophthalmology
IF:2.0Q2
DOI:10.1136/bmjophth-2024-001981
PMID:40021201
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研究论文 | 研究Rho激酶抑制剂ripasudil在实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎急性期的抗炎作用机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示ripasudil通过抑制ROCK信号通路相关基因高表达的T细胞分化来缓解葡萄膜视网膜炎 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类患者中验证;药物干预时间点固定(免疫后8天开始) | 评估ripasudil对实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎的抑制作用并阐明其机制 | C57BL/6小鼠的脾脏T细胞 | 免疫学 | 葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序, 临床和组织病理学检查, T细胞活化状态分析 | 实验性自身免疫性葡萄膜视网膜炎动物模型 | 基因表达数据, 病理图像数据 | 野生型C57BL/6小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8249 | 2025-10-06 |
Application of scRNA-seq in Dental Research: Seeking Regenerative Clues From the Structure of Tooth and Periodontium in Physical or Pathological States
2025-Feb-21, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/FBL26200
PMID:40018926
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在牙齿和牙周组织研究中的应用,揭示了组织细胞组成并识别了新细胞类型 | 通过单细胞测序首次系统揭示牙齿和牙周组织的细胞组成变化及细胞间通讯模式在病理状态下的改变 | NA | 探索牙齿和牙周组织在生理和病理状态下的再生机制 | 牙齿和牙周组织 | 单细胞生物学 | 牙科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8250 | 2025-10-06 |
A novel classification method for LUAD that guides personalized immunotherapy on the basis of the cross-talk of coagulation- and macrophage-related genes
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1518102
PMID:40018029
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研究论文 | 基于凝血和巨噬细胞相关基因的交叉作用,开发了一种新的肺腺癌分类方法以指导个性化免疫治疗 | 首次整合凝血相关基因和巨噬细胞相关基因,定义了33个COMAR基因并建立了肺腺癌三种新亚型分类系统 | 需要外部数据队列和临床样本进一步验证模型的普适性 | 探索基于凝血和巨噬细胞的新型分类方法,以更好地指导肺腺癌患者的精准治疗 | 肺腺癌(LUAD)患者 | 生物信息学 | 肺腺癌 | WGCNA, scRNA-seq分析, 无监督聚类分析, 差异表达基因分析 | 预后风险评分模型 | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 未明确具体样本数量,但使用了外部数据队列和临床样本进行验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8251 | 2025-10-06 |
Modulation of double-negative T cells by Huang-Lian-Jie-Du Decoction attenuates neuroinflammation in ischemic stroke: insights from single-cell transcriptomics
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1537277
PMID:40018035
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了黄连解毒汤通过调节双阴性T细胞亚型平衡减轻缺血性脑卒中神经炎症的机制 | 首次在缺血性脑卒中中发现双阴性T细胞存在活化细胞毒性和静息免疫抑制两种功能亚型,并揭示中药复方黄连解毒汤可通过调节这两种亚型平衡发挥神经保护作用 | 双阴性T细胞介导免疫反应的具体机制尚未完全阐明,黄连解毒汤在其他神经炎症疾病中的应用需要进一步研究 | 探讨黄连解毒汤对缺血性脑卒中急性期双阴性T细胞的调节作用及其神经保护机制 | 缺血性脑卒中模型中的双阴性T细胞 | 单细胞转录组学 | 缺血性脑卒中 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8252 | 2025-10-06 |
Elevated levels of IRF1 and CASP1 as pyroptosis-related biomarkers for intestinal epithelial cells in Crohn's disease
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1551547
PMID:40018047
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析和实验验证,识别出IRF1和CASP1作为克罗恩病肠道上皮细胞焦亡相关的关键生物标志物 | 首次系统识别并验证IRF1和CASP1在克罗恩病肠道上皮细胞焦亡中的关键作用,并证明其在不同CD亚型中的诊断价值 | 研究主要聚焦于IRF1和CASP1,其他焦亡相关基因的作用仍需进一步探索 | 探索焦亡在克罗恩病肠道上皮细胞中的作用机制并识别关键生物标志物 | 克罗恩病患者肠道上皮细胞、TNBS诱导的结肠炎大鼠模型 | 生物信息学 | 克罗恩病 | 差异表达分析、机器学习算法、单细胞测序分析、RT-PCR、蛋白质印迹 | 机器学习算法 | 基因表达数据、单细胞测序数据 | GEO数据库数据集、临床样本、TNBS诱导的结肠炎大鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8253 | 2025-05-12 |
Integration of bulk RNA-seq and scRNA-seq reveals transcriptomic signatures associated with deep vein thrombosis
2025, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2025.1551879
PMID:40342960
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研究论文 | 本研究通过整合bulk RNA-seq和scRNA-seq数据,揭示了与深静脉血栓形成(DVT)相关的转录组特征,并识别了潜在的遗传标记 | 结合bulk RNA-seq和scRNA-seq技术,识别了DVT相关的8个高度特征性基因,并验证了CXCR4作为潜在遗传标记的作用 | 样本量相对较小(内部测试集11例患者+6例对照,外部测试集12例患者+6例对照),需要更大规模研究验证 | 识别和验证与深静脉血栓形成(DVT)相关的最具特征性的基因 | DVT患者和对照组的全血样本 | 生物信息学 | 心血管疾病 | bulk RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA, 机器学习算法, 免疫荧光 | WGCNA, 机器学习算法 | RNA-seq数据 | 内部测试集17例(11患者+6对照),外部测试集18例(12患者+6对照),scRNA-seq 6例(3患者+3对照) | NA | NA | NA | NA |
8254 | 2025-05-12 |
Decoding immune cell interactions during cardiac allograft vasculopathy: insights derived from bioinformatic strategies
2025, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2025.1568528
PMID:40342971
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review | 本文综述了单细胞和多组学方法在心脏同种异体移植血管病变(CAV)研究中的应用,总结了最新发现并讨论了其对理解CAV发病机制的意义 | 总结了单细胞RNA测序等先进技术在揭示CAV中免疫-内皮-基质相互作用方面的突破性发现 | 目前将这些技术应用于CAV的研究仍然较少,限制了这些发现向临床实践的转化 | 理解心脏移植后慢性同种异体移植血管病变(CAV)的发病机制 | 心脏移植受者的血管病变 | 生物信息学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、蛋白质组学、代谢组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、代谢组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8255 | 2025-05-12 |
PDGF-BB overexpressing dental pulp stem cells improve angiogenesis in dental pulp regeneration
2025, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2025.1578410
PMID:40343206
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research paper | 研究通过scRNA-seq发现PDGF(+)间充质亚群具有增强的血管生成特征,并通过过表达PDGF-BB的DPSCs改善牙髓再生中的血管生成 | 通过scRNA-seq识别PDGF(+)亚群并验证其与血管的关联,以及通过基因工程增强DPSCs的血管生成能力 | 研究主要基于体外和动物模型,尚未进行临床试验 | 改善牙髓再生中的血管生成问题 | 牙髓干细胞(DPSCs)和PDGF(+)间充质亚群 | digital pathology | dental disease | scRNA-seq, 多重免疫组化, 慢病毒载体转染 | NA | RNA-seq数据, 免疫组化图像 | 人类牙髓样本和大鼠肾囊移植模型 | NA | NA | NA | NA |
8256 | 2025-05-12 |
Leveraging transcriptome-wide association studies identifies the relationship between upper respiratory flora and cell type-specific gene expression in severe respiratory disease
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322864
PMID:40343915
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研究论文 | 本研究利用转录组范围关联研究(TWAS)探讨了上呼吸道菌群与严重流感样疾病(ILI)中免疫细胞特异性基因表达的关系 | 首次结合GWAS数据和scRNA-seq数据,通过TWAS方法揭示了上呼吸道菌群与免疫细胞基因表达的关联,并识别了影响ILI进展的关键免疫细胞类型和通路 | 研究样本量相对有限(1195例GWAS数据),且仅关注了严重ILI患者 | 探究上呼吸道菌群如何通过调节免疫细胞功能影响ILI的疾病进展 | 上呼吸道菌群和免疫细胞(如CD4+T效应记忆细胞、cDCs、NK细胞等) | 基因组学与免疫学 | 呼吸道疾病 | GWAS、scRNA-seq、LDSC、MAGMA、scDRS、FUSION | TWAS | 基因组数据和单细胞转录组数据 | 1195例严重ILI相关的GWAS数据 | NA | NA | NA | NA |
8257 | 2025-05-12 |
scRNA-seq and scATAC-seq analyses highlight the role of TNF signaling pathway in chronic obstructive pulmonary disease model mice
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0322538
PMID:40343927
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研究论文 | 通过scRNA-seq和scATAC-seq分析,研究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病模型小鼠中的作用 | 结合scRNA-seq和scATAC-seq技术,揭示了TNF信号通路在COPD模型小鼠中的重要作用 | 研究仅基于小鼠模型,尚未在人体中验证 | 探究TNF信号通路在慢性阻塞性肺疾病(COPD)发病机制中的作用 | C57BL/6小鼠的肺组织样本 | 生物信息学 | 慢性阻塞性肺疾病 | scRNA-seq, scATAC-seq | COPD小鼠模型 | 单细胞测序数据 | 未明确说明数量的小鼠肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
8258 | 2025-10-06 |
Apolipoprotein E is a novel marker for chondrocytes in the growth plate resting zone
2024-Aug-05, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4656728/v1
PMID:39149484
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现载脂蛋白E是生长板静息区软骨细胞的新型标志物 | 首次发现载脂蛋白E可作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标志物 | 研究未详细探讨载脂蛋白E在静息区软骨细胞中的具体功能机制 | 寻找生长板静息区软骨细胞的可靠分子标志物 | 小鼠和人类生长板静息区软骨细胞 | 单细胞生物学 | 骨骼发育疾病 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交, 基因敲入技术 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8259 | 2025-05-11 |
Identification of novel biomarkers and drug targets for frailty-related skeletal muscle aging: a multi-omics study
2025-May-09, QJM : monthly journal of the Association of Physicians
DOI:10.1093/qjmed/hcaf108
PMID:40343466
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研究论文 | 通过多组学研究识别与衰弱相关骨骼肌衰老的新型生物标志物和药物靶点 | 首次发现24个生物标志物基因,并构建了基于转录组特征的预测模型,揭示了内皮细胞在肌肉退化中的关键作用 | 研究结果需要在更大样本中进行验证,且药物靶点的临床转化效果尚不明确 | 识别早期检测和治疗干预衰弱相关骨骼肌衰老的生物标志物和药物靶点 | 人类骨骼肌衰老过程 | 生物信息学 | 老年疾病 | 转录组学、单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析、贝叶斯共定位分析 | 机器学习预测模型 | 转录组数据、单细胞测序数据 | 未明确说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
8260 | 2025-05-11 |
Mature tertiary lymphoid structures evoke intra-tumoral T and B cell responses via progenitor exhausted CD4+ T cells in head and neck cancer
2025-May-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-59341-w
PMID:40335494
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research paper | 研究头颈癌中成熟三级淋巴结构(mTLS)通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞促进肿瘤内T和B细胞反应的机制 | 揭示了mTLS通过祖细胞耗竭的CD4+ T细胞激活B细胞和DC-LAMP树突状细胞,从而支持CD8+ T细胞活化的新机制 | 研究仅针对头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者,未涉及其他癌症类型 | 探究mTLS在肿瘤免疫中的作用机制及其对免疫检查点阻断(ICB)治疗反应的影响 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的肿瘤组织 | 肿瘤免疫学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序、抗原受体测序和空间转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者肿瘤组织样本(具体数量未提及) | NA | NA | NA | NA |