单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27648 篇文献，本页显示第 8241 - 8260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 8241 | 2024-09-26 |
Multi-omics Analysis Identifies Hypoxia Subtypes and S100A2 as an Immunosuppressive Factor in Cervical Cancer
2024-01, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.)
DOI:10.1007/s43032-023-01304-x
PMID:37648942
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研究论文 | 本研究通过多组学分析，在宫颈癌样本中识别出三种缺氧亚型，并发现S100A2作为免疫抑制因子 | 首次在宫颈癌中研究缺氧景观，并识别出S100A2作为缺氧诱导的免疫抑制因子 | NA | 研究宫颈癌中的缺氧亚型及其对免疫治疗反应的影响 | 宫颈癌样本及其缺氧相关基因 | 数字病理学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 来自The Cancer Genome Atlas数据集的宫颈癌样本 |
| 8242 | 2024-09-26 |
Single-cell RNA sequencing reveals that MYBL2 in malignant epithelial cells is involved in the development and progression of ovarian cancer
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1438198
PMID:39136009
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研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序技术揭示了恶性上皮细胞中的MYBL2在卵巢癌发展和进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术全面研究了卵巢癌患者的细胞组成，并识别了关键的亚群和影响卵巢癌进展的转录因子 | 研究样本仅限于六名卵巢癌伴网膜转移的患者，可能影响结果的普适性 | 深入理解恶性上皮细胞在卵巢癌中的作用，并探讨卵巢癌免疫微环境和免疫耗竭的影响 | 卵巢癌患者的恶性上皮细胞及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 六名卵巢癌伴网膜转移的患者 |
| 8243 | 2024-09-26 |
γδ T-cells in human malignancies: insights from single-cell studies and analytical considerations
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1438962
PMID:39281674
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综述 | 本文综述了单细胞研究在不同恶性肿瘤中对γδ T细胞的生物学特性和调控机制的见解 | 介绍了高分辨率单细胞测序技术在γδ T细胞研究中的应用 | γδ T细胞的低丰度使得其生物学特性仍不明确 | 探讨γδ T细胞在人类恶性肿瘤中的作用及其生物学机制 | γδ T细胞及其在不同恶性肿瘤中的效应子亚群和调控机制 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 8244 | 2024-09-26 |
Platinum-based chemotherapy promotes antigen presenting potential in monocytes of patients with high-grade serous ovarian carcinoma
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1414716
PMID:39315092
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研究论文 | 研究探讨了铂类化疗对高级别浆液性卵巢癌患者单核细胞抗原呈递潜力的影响 | 首次揭示了铂类化疗通过转录上调MHC II类分子在单核细胞中诱导抗原呈递，而非通过表观遗传变化 | 研究仅限于高级别浆液性卵巢癌患者，且样本量未明确 | 揭示肿瘤特异性转录和表观遗传变化，以及化疗如何重编程单核细胞 | 高级别浆液性卵巢癌患者的单核细胞 | NA | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8245 | 2024-09-26 |
Causal effects of systemic inflammatory proteins on Guillain-Barre Syndrome: insights from genome-wide Mendelian randomization, single-cell RNA sequencing analysis, and network pharmacology
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1456663
PMID:39315093
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研究论文 | 本研究通过全基因组孟德尔随机化、单细胞RNA测序分析和网络药理学探讨了系统性炎症蛋白对吉兰-巴雷综合征的因果效应 | 首次通过孟德尔随机化分析确定了四种与吉兰-巴雷综合征因果相关的炎症蛋白，并结合单细胞RNA测序和分子对接技术预测了潜在的治疗靶点 | 研究样本仅限于欧洲血统的参与者，可能限制了结果的普适性 | 探讨系统性炎症蛋白与吉兰-巴雷综合征的因果关系，并寻找潜在的治疗靶点 | 系统性炎症蛋白与吉兰-巴雷综合征的因果关系 | 生物信息学 | 神经疾病 | 孟德尔随机化分析、单细胞RNA测序、分子对接技术 | NA | 基因组数据、RNA测序数据 | 8293名欧洲血统的参与者 |
| 8246 | 2024-09-26 |
Transcriptomes and metabolism define mouse and human MAIT cell populations
2023-11-10, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abn8531
PMID:37948512
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和代谢分析，定义了小鼠和人类黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）在不同器官中的群体，并比较了其转录组和代谢状态的差异 | 首次详细比较了小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的转录组和代谢状态，揭示了MAIT17和MAIT1细胞在代谢上的显著差异 | 研究主要集中在小鼠和人类的MAIT细胞，未涉及其他物种的MAIT细胞 | 研究小鼠和人类MAIT细胞在不同器官中的群体定义及其发育路径 | 小鼠和人类的黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞） | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类的多个器官样本 |
| 8247 | 2024-09-26 |
Metabolic diversity of tumor-infiltrating T cells as target for anti-immune therapeutics
2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03540-1
PMID:37733059
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综述 | 本文讨论了肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在精准免疫治疗中的潜在应用 | 本文强调了T细胞代谢多样性在精准免疫治疗中的重要性，并探讨了代谢靶向药物的潜在应用 | NA | 探讨肿瘤浸润性T细胞的代谢多样性及其在癌症免疫治疗中的应用 | 肿瘤浸润性T细胞及其代谢状态 | 肿瘤学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 8248 | 2024-09-26 |
Role of single-cell ferroptosis regulation in intercellular communication and skin cutaneous melanoma progression and immunotherapy
2023-Nov, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03504-5
PMID:37638981
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研究论文 | 研究了铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境的影响 | 首次使用非负矩阵分解方法分析铁死亡相关肿瘤微环境细胞簇，揭示了细胞间通信对肿瘤发展和免疫治疗的重要性 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能存在数据偏差 | 探讨铁死亡在皮肤黑色素瘤中的作用及其对肿瘤微环境和免疫治疗的影响 | 皮肤黑色素瘤患者的肿瘤微环境细胞簇 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | RNA | 多个皮肤黑色素瘤患者的样本 |
| 8249 | 2024-09-26 |
Multi-omics approach reveals dysregulated genes during hESCs neuronal differentiation exposure to paracetamol
2023-Oct-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107755
PMID:37731623
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研究论文 | 研究了扑热息痛对人类胚胎干细胞神经分化过程中基因表达和表观遗传变化的影响 | 首次通过多组学方法研究扑热息痛对早期人类神经发育模型的影响，并揭示了扑热息痛诱导的染色质开放性变化与基因表达的关联 | 研究仅限于体外模型，需要进一步验证其在体内的相关性和长期影响 | 探讨扑热息痛对早期人类神经发育的潜在影响及其因果关系 | 人类胚胎干细胞在神经分化过程中暴露于扑热息痛后的基因表达和表观遗传变化 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因表达数据和表观遗传数据 | 人类胚胎干细胞样本 |
| 8250 | 2024-09-26 |
Single-cell RNA sequencing of retina revealed novel transcriptional landscape in high myopia and underlying cell-type-specific mechanisms
2023-Oct, MedComm
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/mco2.372
PMID:37746666
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析高度近视和对照组小鼠视网膜，揭示了高度近视进展中各细胞类型的参与机制 | 发现了高度近视视网膜中一种新的杆状细胞亚群，并揭示了高度近视视网膜中神经元和胶质细胞的异常相互作用 | 研究仅限于小鼠模型，结果的临床相关性需要进一步验证 | 揭示高度近视视网膜的转录组景观及其细胞类型特异性机制 | 高度近视和对照组小鼠的视网膜 | 数字病理学 | 眼科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 高度近视和对照组小鼠的视网膜样本 |
| 8251 | 2024-09-26 |
Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs
2023-Oct, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-023-02590-w
PMID:37640912
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研究论文 | 研究探讨了基因表达与COVID-19结果共定位的罕见性及其在不同细胞状态、细胞类型和器官中的影响 | 使用孟德尔随机化（MR）方法分析单细胞和批量RNA测序数据，评估基因表达与COVID-19结果的共定位情况 | 大多数基因表达与COVID-19结果的共定位可能是由于连锁不平衡导致的假阳性，共定位在不同细胞类型、细胞刺激和器官中高度可变且有时不一致 | 确定影响COVID-19结果的基因位点，并探讨基因表达与疾病结果共定位的影响因素 | COVID-19严重性和易感性，以及基因表达与疾病结果的共定位 | 基因组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序 | 孟德尔随机化（MR） | RNA | NA |
| 8252 | 2024-09-26 |
Towards Universal Cell Embeddings: Integrating Single-cell RNA-seq Datasets across Species with SATURN
2023-Sep-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.02.03.526939
PMID:36778387
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SATURN的深度学习方法，用于学习跨物种的通用细胞嵌入，通过结合蛋白质语言模型和RNA表达来整合不同物种的单细胞RNA测序数据 | SATURN能够检测跨物种共同表达的功能相关基因，重新定义了跨物种分析的差异表达，并展示了其在跨物种注释转移和细胞类型识别中的有效性 | NA | 开发一种能够整合跨物种单细胞RNA测序数据的方法，以揭示细胞类型的进化保守性和多样性 | 跨物种的单细胞RNA测序数据，包括三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 基因表达数据 | 涉及三种物种的全器官图谱和蛙与斑马鱼的胚胎发育数据 |
| 8253 | 2024-09-26 |
Novel human pluripotent stem cell-derived hypothalamus organoids demonstrate cellular diversity
2023-Sep-15, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.107525
PMID:37646018
|
研究论文 | 本文介绍了一种从人类多能干细胞（hPSCs）衍生出的下丘脑类器官分化协议，用于模拟该脑区的细胞多样性 | 首次建立了从hPSCs衍生出的下丘脑类器官分化协议，并使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了成熟下丘脑类器官中多样化的神经元和非神经元细胞类型 | NA | 研究下丘脑的发育及其在疾病建模中的应用，以开发针对下丘脑相关疾病的新疗法 | 人类多能干细胞衍生的下丘脑类器官及其细胞多样性 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 使用了一个带有酪氨酸羟化酶（TH）-TdTomato报告基因的hPSC系，用于多巴胺能神经元（DNs）和其他TH表达细胞的研究 |
| 8254 | 2024-09-26 |
MoleculeExperiment enables consistent infrastructure for molecule-resolved spatial omics data in bioconductor
2023-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad550
PMID:37698995
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为MoleculeExperiment的R/Bioconductor包，用于处理分子级空间组学数据 | 开发了MoleculeExperiment包，标准化了不同成像技术下的分子级数据，并简化了数据转换过程 | NA | 开发一个一致的数据结构标准，用于分子级空间组学数据的分析 | 分子级空间组学数据 | 生物信息学 | NA | 成像技术 | NA | 分子级数据 | NA |
| 8255 | 2024-09-26 |
Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomes with graph autoencoder model
2023-09, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1010942
PMID:37703293
|
研究论文 | 提出了一种基于图自编码器的深度学习模型DeepRIG，用于从单细胞转录组数据中推断基因调控网络 | DeepRIG模型通过构建先验调控图并利用图自编码器嵌入全局调控信息，能够准确重建基因调控网络并超越现有方法 | NA | 推断单细胞转录组数据中的基因调控网络 | 基因调控关系和多基因协作关联 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图自编码器 | 基因表达数据 | 涉及人类外周血单核细胞和三阴性乳腺癌样本 |
| 8256 | 2024-09-26 |
Omni-Seg: A Scale-Aware Dynamic Network for Renal Pathological Image Segmentation
2023-09, IEEE transactions on bio-medical engineering
DOI:10.1109/TBME.2023.3260739
PMID:37030838
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研究论文 | 提出了一种名为Omni-Seg的尺度感知动态网络，用于肾病理图像的语义分割 | 引入了一种新颖的尺度感知控制器，将动态神经网络从单尺度扩展到多尺度；采用半监督一致性正则化方法，将未标注组织类型的跨尺度相关性建模到一个端到端的训练范式中；展示了在人类肾脏图像上训练的模型可以直接应用于小鼠肾脏图像，无需重新训练 | NA | 解决肾病理图像中由于对象尺度异质性导致的分割难题 | 肾病理图像中的六种组织类型 | 计算机视觉 | NA | NA | 动态神经网络 | 图像 | 150,000个人类病理图像块，涵盖六种组织类型，三种不同分辨率 |
| 8257 | 2024-09-26 |
Delineating mouse β-cell identity during lifetime and in diabetes with a single cell atlas
2023-09, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-023-00876-x
PMID:37697055
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研究论文 | 本文介绍了一个跨条件的小鼠胰岛单细胞RNA测序图谱（MIA），整合了来自九个scRNA-seq数据集的超过30万个细胞，用于探索和计算查询 | 揭示了疾病进展中的新细胞状态以及先前提出的标记基因之间的跨出版物差异 | NA | 确定小鼠β细胞在一生中和糖尿病中的身份 | 小鼠胰岛细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 超过30万个细胞，来自56个样本，包括不同年龄、性别和糖尿病模型 |
| 8258 | 2024-09-26 |
Reconstruction of Single-Cell Trajectories Using Stochastic Tree Search
2023-01-26, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes14020318
PMID:36833245
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机树搜索的单细胞轨迹重建方法 | 引入了一种基于惩罚似然框架的随机树搜索算法，旨在在大规模非凸树空间中寻找全局最优解 | NA | 提高单细胞轨迹重建的准确性和鲁棒性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机树搜索算法 | 基因表达数据 | NA |
| 8259 | 2024-09-26 |
A review on deep learning applications in highly multiplexed tissue imaging data analysis
2023, Frontiers in bioinformatics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fbinf.2023.1159381
PMID:37564726
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综述 | 本文综述了深度学习在高度多重组织成像数据分析中的应用及其对肿瘤学的影响 | 强调了使用高度多重图像（空间蛋白质组数据）相对于单染色传统组织病理学图像的优势，能够提供更深层次的机制性生物信息 | 未提及具体的技术局限性 | 探讨深度学习与空间组学技术结合在肿瘤学中的应用及其对临床决策和患者护理质量的影响 | 深度学习在生物医学图像分析中的应用，包括细胞分割、细胞表型识别、癌症预后和治疗预测 | 计算机视觉 | 肿瘤学 | 深度学习 | NA | 图像 | NA |
| 8260 | 2024-09-26 |
Cell type-specific interaction analysis using doublets in scRNA-seq
2023, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbad120
PMID:37745004
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研究论文 | 本文开发了一种名为CIcADA的管道，用于在scRNA-seq数据中识别和分析具有生物学意义的二聚体 | 本文提出了一种新的方法CIcADA，用于分析scRNA-seq数据中的二聚体，揭示了这些二聚体在免疫反应基因表达上调中的作用 | 目前CIcADA方法的实现仅作为一个R包提供，尚未在CRAN上发布 | 研究scRNA-seq数据中的二聚体在细胞间信号和过程中的生物学意义 | scRNA-seq数据中的二聚体及其在肿瘤微环境中免疫细胞间的相互作用 | 单细胞测序 | 肿瘤 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq肿瘤数据集 |