单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8221	2024-09-27	CellCover Captures Neural Stem Cell Progression in Mammalian Neocortical Development 2024-Aug-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.06.535943 PMID:37383947	研究论文	本文提出了一种新的方法CellCover，用于在哺乳动物新皮质发育过程中捕捉神经干细胞的进展	CellCover方法通过将基因面板选择视为组合优化中的“最小集合覆盖问题”，克服了单细胞RNA测序数据中的零膨胀问题，并能够同时分析多个基因，捕捉到细胞类别的特异性信号	NA	旨在识别能够区分细胞类别的基因面板	神经干细胞在哺乳动物新皮质发育中的进展	生物医学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	组合优化	基因表达数据	涉及小鼠、灵长类和人类的数据集
8222	2024-09-27	Dermal fibroblasts retain site-specific transcriptomic identity in keloids 2024-Aug-17, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2024.08.002 PMID:39322512	研究论文	研究探讨了瘢痕疙瘩中成纤维细胞是否保留了部位特异性的转录组身份	首次揭示了瘢痕疙瘩中不同部位的成纤维细胞保留了独特的解剖学相关的基因表达谱	研究仅限于瘢痕疙瘩中的成纤维细胞，未涉及其他皮肤细胞类型	评估不同解剖部位的瘢痕疙瘩中是否存在空间异质性和部位特异性	瘢痕疙瘩中的成纤维细胞	数字病理学	皮肤疾病	转录组测序	NA	转录组数据	139个瘢痕疙瘩皮肤组织和19个瘢痕疙瘩成纤维细胞样本
8223	2024-09-27	Early-stage lung cancer is driven by a transitional cell state dependent on a KRAS-ITGA3-SRC axis 2024-Jul, The EMBO journal DOI:10.1038/s44318-024-00113-5 PMID:38755258	研究论文	研究探讨了KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系	通过单细胞RNA测序揭示了AT2细胞在早期肺腺癌中的过渡状态，并发现KRAS突变通过ITGA3-SRC轴影响这一状态	研究主要基于AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者的样本，可能需要更多临床样本验证	探讨KRAS突变在肺腺癌早期发展中的作用及其与ITGA3-SRC轴的关系	AT2细胞、小鼠、早期肺腺癌患者	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	AT2-间充质器官共培养、小鼠和早期肺腺癌患者
8224	2024-09-27	The predictive value of E2F7 in immunotherapy efficacy for lung adenocarcinoma: An observational study 2024-Jun-21, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000038574 PMID:38905387	研究论文	研究E2F7在肺腺癌免疫治疗疗效中的预测价值	首次探讨E2F7表达与肺腺癌免疫治疗疗效之间的关系，并验证E2F7作为预测免疫治疗反应的生物标志物的潜力	研究基于现有数据库和单细胞测序数据，未进行临床试验验证	探讨E2F7在肺腺癌免疫治疗中的预测作用	E2F7表达与肺腺癌免疫治疗疗效的关系	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	基于Cancer Genome Atlas和Gene Expression Omnibus数据库的数据
8225	2024-09-27	Lysophospholipid Acyltransferase 9 Promotes Emphysema Formation via Platelet-activating Factor 2024-Jun, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2023-0253OC PMID:38377392	研究论文	研究LPLAT9通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制	首次揭示了LPLAT9在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用及其通过血小板活化因子促进肺气肿形成的机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步在人类中验证	探讨LPLAT9在COPD发病机制中的作用	LPLAT9基因表达、单细胞RNA测序数据、肺泡巨噬细胞	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	LPLAT9敲除小鼠和对照小鼠
8226	2024-09-27	Microglia and macrophages alterations in the CNS during acute SIV infection: a single-cell analysis in rhesus macaques 2024-Apr-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588047 PMID:38617282	研究论文	研究了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的单细胞RNA测序分析	首次使用单细胞RNA测序技术分析了急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的动态变化	样本量较小，仅包括三只感染SIV的猕猴和三只未感染的对照组	探讨急性SIV感染期间中枢神经系统中微胶质细胞和巨噬细胞的响应机制	急性SIV感染的猕猴中枢神经系统中的微胶质细胞和巨噬细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	三只感染SIV的猕猴和三只未感染的对照组
8227	2024-09-27	Single-cell transcriptomic landscape reveals the role of intermediate monocytes in aneurysmal subarachnoid hemorrhage 2024, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2024.1401573 PMID:39318997	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了动脉瘤性蛛网膜下腔出血后的单核细胞，揭示了中间单核细胞在神经炎症中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了动脉瘤性蛛网膜下腔出血后中间单核细胞在神经炎症中的关键作用	研究样本量较小，仅包括两名男性患者，可能影响结果的普遍性	探讨动脉瘤性蛛网膜下腔出血后神经炎症的机制	单核细胞及其亚群在动脉瘤性蛛网膜下腔出血后的表达和功能	数字病理学	脑血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共17,242个细胞，包括7,224个脑脊液细胞和10,018个外周血细胞
8228	2024-09-27	Protocol for multispectral imaging on cryosections to map myeloid cell heterogeneity in its spatial context 2023-Dec-15, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2023.102601 PMID:37742177	研究论文	本文介绍了一种用于在组织冷冻切片上进行多光谱成像以映射骨髓细胞异质性的协议	该协议结合了单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的优点，能够在保留细胞和分子背景的情况下识别细胞类型和亚型	NA	开发一种能够在组织冷冻切片上进行多光谱成像以映射骨髓细胞异质性的方法	骨髓细胞在组织冷冻切片中的异质性	数字病理学	NA	多光谱成像	NA	图像	NA
8229	2024-09-27	Comprehensive analysis of scRNA-Seq and bulk RNA-Seq data reveals dynamic changes in tumor-associated neutrophils in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma and leads to the establishment of a neutrophil-related prognostic model 2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03567-4 PMID:38006433	研究论文	研究分析了肝细胞癌中单细胞测序和批量RNA测序数据，揭示了肿瘤相关中性粒细胞在肿瘤微环境中的动态变化，并建立了一个与中性粒细胞相关的预后模型	首次通过单细胞测序数据识别出271个肿瘤相关中性粒细胞的标记基因，并基于TCGA数据建立了包含八个基因的预后模型	研究主要基于TCGA和GEO数据库的数据，可能存在数据偏差和样本量不足的问题	探索肿瘤相关中性粒细胞在肝细胞癌肿瘤微环境中的作用，并建立预后模型	肝细胞癌肿瘤微环境中的肿瘤相关中性粒细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	预后模型	RNA测序数据	12个肝细胞癌肿瘤核心和5个肝细胞癌癌旁组织
8230	2024-09-27	Unraveling intratumoral complexity in metastatic dermatofibrosarcoma protuberans through single-cell RNA sequencing analysis 2023-Dec, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03577-2 PMID:37938367	研究论文	通过单细胞RNA测序分析揭示转移性皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内复杂性	利用单细胞RNA测序技术揭示了皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性，并提供了全面的单细胞转录组图谱	NA	揭示皮肤纤维肉瘤中的肿瘤内异质性和分子机制	皮肤纤维肉瘤的原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本	数字病理学	皮肤纤维肉瘤	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入分析	RNA	原发部位、卫星灶和淋巴结转移样本
8231	2024-09-27	Defects in microvillus crosslinking sensitize to colitis and inflammatory bowel disease 2023-Oct-09, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.15252/embr.202357084 PMID:37691494	研究论文	研究探讨了微绒毛交叉连接缺陷在结肠炎和炎症性肠病中的作用	首次揭示了微绒毛交叉连接缺陷与肠道屏障功能受损及结肠炎易感性之间的关系	研究仅在动物模型和小部分患者样本中进行，需进一步验证其在人类中的普遍性	探究微绒毛交叉连接在肠道屏障功能和结肠炎中的作用	CDHR5缺陷小鼠和溃疡性结肠炎患者	NA	炎症性肠病	电子显微镜、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA序列	CDHR5缺陷小鼠、溃疡性结肠炎患者
8232	2024-09-27	Machine learning-based metabolism-related genes signature, single-cell RNA sequencing, and experimental validation in hypersensitivity pneumonitis 2023-Oct-06, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000034940 PMID:37800807	研究论文	本文通过机器学习算法筛选与代谢相关的基因特征，结合单细胞RNA测序和实验验证，研究了过敏性肺炎中代谢相关基因与M2巨噬细胞的关系	本文首次通过机器学习算法筛选出NPR3、GPX3和SULF1作为过敏性肺炎的诊断特征生物标志物，并发现SULF1表达与M2巨噬细胞比例呈正相关	本文主要依赖于基因表达数据和实验验证，未涉及临床样本的广泛验证	识别基于代谢相关基因的诊断特征生物标志物，并研究其与过敏性肺炎患者中M2巨噬细胞的相关性	过敏性肺炎患者与健康对照组的代谢相关基因表达差异及M2巨噬细胞的浸润状态	机器学习	过敏性肺炎	单细胞RNA测序、qRT-PCR、流式细胞术	机器学习算法	基因表达矩阵	健康对照组与过敏性肺炎患者
8233	2024-09-27	Single-cell RNA sequencing reveals the effects of capsaicin in the treatment of sepsis-induced liver injury 2023-Oct, MedComm IF:10.7Q1 DOI:10.1002/mco2.395 PMID:37808269	研究论文	研究通过单细胞RNA测序揭示辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了辣椒素对脓毒症诱导的肝损伤中不同细胞类型的动态响应	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证	探讨辣椒素在治疗脓毒症诱导的肝损伤中的作用及其机制	正常小鼠、盲肠结扎穿刺诱导的脓毒症模型小鼠和辣椒素处理的小鼠的肝细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA	86,830个肝细胞
8234	2024-09-27	Single-cell assignment using multiple-adversarial domain adaptation network with large-scale references 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100577 PMID:37751689	研究论文	介绍了一种名为SELINA的单细胞RNA-seq数据注释框架，利用多对抗域适应网络和预先整理的参考图谱进行细胞类型注释	提出了SELINA框架，通过多对抗域适应网络消除批次效应，并使用合成少数类过采样技术增强稀有细胞类型的注释	NA	开发一种能够准确注释单细胞RNA-seq数据的自动化框架	单细胞RNA-seq数据中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	多对抗域适应网络	单细胞RNA-seq数据	170万细胞，涵盖230种不同的人类细胞类型
8235	2024-09-27	Generation and molecular characterization of human pluripotent stem cell-derived pharyngeal foregut endoderm 2023-09-25, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2023.08.024 PMID:37751684	研究论文	本文介绍了一种从人类多能干细胞高效生成咽前肠内胚层的方法，并对其进行了分子表征	开发了一种高效的逐步分化方法，并引入了计算分类工具CellMatch，用于确认细胞成熟度	NA	研究与咽部发育和器官发生相关的人类综合征，并提供疾病相关位点和基因调控网络的研究方法	人类咽前肠内胚层及其衍生物	NA	NA	转录组分析、染色质分析	NA	单细胞RNA测序数据	NA
8236	2024-09-27	Inferring single-cell transcriptomic dynamics with structured latent gene expression dynamics 2023-09-25, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100581 PMID:37708894	研究论文	本文提出了一种名为LatentVelo的方法，利用深度学习计算单细胞RNA测序数据的基因表达动态的低维表示	LatentVelo通过变分自编码器将细胞嵌入潜在空间，并使用神经常微分方程在基于动态的潜在空间中建模分化动态，能够推断潜在的调节状态以模拟多个谱系	NA	开发一种新的方法来推断单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	单细胞RNA测序数据中的基因表达动态	机器学习	NA	深度学习	变分自编码器，神经常微分方程	单细胞RNA测序数据	NA
8237	2024-09-27	Bering: joint cell segmentation and annotation for spatial transcriptomics with transferred graph embeddings 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.19.558548 PMID:37786667	研究论文	本文提出了一种基于图深度学习模型的方法，用于联合细胞分割和分子注释，以解决空间转录组学数据中的细胞边界确定问题	本文提出的方法利用转录共定位关系进行细胞分割和分子注释，并通过转移图嵌入作为多模态输入的一部分来丰富基因关系	NA	解决空间转录组学数据中的细胞分割和注释问题	空间转录组学数据中的细胞分割和分子注释	机器学习	NA	图深度学习	图深度学习模型	空间转录组学数据	涉及多种空间技术和组织类型的数据
8238	2024-09-27	A spatially mapped gene expression signature for intestinal stem-like cells identifies high-risk precursors of gastric cancer 2023-Sep-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.20.558462 PMID:37786704	研究论文	本研究通过多组学方法识别并验证了26个基因的表达特征，这些基因在胃肠道化生（GIM）的高风险前体细胞中表达，可能预示胃癌（GC）的风险	本研究首次通过多组学整合方法识别出26个基因的表达特征，这些基因在GIM的高风险前体细胞中表达，为胃癌的预防和早期检测提供了新的分子标志物	本研究样本量较小，且仅限于特定的GIM和GC样本，未来需要更大规模的验证	识别胃肠道化生（GIM）中高风险胃癌（GC）前体的分子标志物，以改进癌症预防策略	胃肠道化生（GIM）和胃癌（GC）的临床和基因组数据	基因组学	胃癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、单分子多重荧光原位杂交（smFISH）	NA	基因表达数据	共涉及303个GIM样本、198个癌症基因组图谱样本、40个scRNA-seq数据样本和5个空间验证样本
8239	2024-09-27	Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina 2023-Sep-18, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3294233/v1 PMID:37790324	研究论文	研究斑马鱼视网膜损伤后神经再生的基因调控网络	揭示了不同视网膜神经元亚型损失后激活的基因调控网络的差异，以及视网膜再生与发育之间的差异	NA	探讨斑马鱼视网膜损伤后神经再生的机制及其与发育过程的异同	斑马鱼视网膜损伤后的神经再生过程	发育生物学	NA	单核RNA测序和单细胞RNA测序，ATAC测序	NA	基因表达数据	发育和再生视网膜样本
8240	2024-09-27	Single-cell multi-omics defines the cell-type-specific impact of splicing aberrations in human hematopoietic clonal outgrowths 2023-09-07, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2023.07.012 PMID:37582363	研究论文	本文通过整合基因型转录组学（GoT）与长读长单细胞转录组学和蛋白质组学，研究了人类造血克隆性增殖中剪接异常的细胞类型特异性影响	本文创新性地应用了GoT-Splice技术，结合单细胞多组学分析，揭示了SF3B1突变在不同造血祖细胞群体中的隐秘3'剪接位点使用情况及其在红细胞分化过程中的阶段特异性异常剪接	本文主要集中在SF3B1突变相关的骨髓增生异常综合征（MDS）患者样本，未来研究可以扩展到其他类型的血液疾病和突变	研究剪接因子突变在人类造血克隆性增殖中的细胞类型特异性影响	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞	数字病理学	血液疾病	基因型转录组学（GoT）、长读长单细胞转录组学、蛋白质组学	NA	转录组、表面蛋白、体细胞突变、RNA剪接	骨髓增生异常综合征（MDS）患者中的造血祖细胞样本