单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
8221	2024-09-27	The brain's dark transcriptome: Sequencing RNA in distal compartments of neurons and glia 2023-08, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2023.102725 PMID:37196598	综述	本文综述了单细胞数据和亚转录组数据在哺乳动物大脑中的应用，探讨了细胞和亚细胞多样性的发展	本文介绍了大脑中'暗转录组'的概念，即位于细胞体之外的亚转录组，这些转录组在脑发育和功能中起重要作用	本文主要讨论了单细胞RNA测序在捕捉远离细胞体的转录本方面的局限性	探讨大脑中细胞和亚细胞多样性的发展，并介绍新兴技术在亚转录组发现中的应用	哺乳动物大脑中的神经元和胶质细胞的亚转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8222	2024-09-27	Single-cell profiling of Arabidopsis leaves to Pseudomonas syringae infection 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112676 PMID:37342910	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析拟南芥叶片对丁香假单胞菌感染的响应	首次通过单细胞RNA测序揭示了拟南芥叶片在感染丁香假单胞菌后的细胞异质性	研究仅限于拟南芥叶片对丁香假单胞菌的响应，未涉及其他植物或病原体	探讨植物叶片在病原体感染下的细胞异质性及其响应机制	拟南芥叶片在丁香假单胞菌感染下的单细胞响应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过11,000个单细胞样本
8223	2024-09-27	Independent prognostic biomarker FERMT3 associated with immune infiltration and immunotherapy response in glioma 2023, Annals of medicine IF:4.9Q1 DOI:10.1080/07853890.2023.2264325 PMID:37795794	研究论文	研究探讨了FERMT3作为胶质瘤独立预后生物标志物及其与免疫浸润和免疫治疗反应的关系	首次揭示了FERMT3在胶质瘤中的独立预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关联	研究主要基于现有数据集和临床组织样本的分析，缺乏大规模前瞻性临床试验验证	探讨FERMT3在胶质瘤中的预后价值及其与免疫微环境和免疫治疗反应的关系	胶质瘤患者的FERMT3表达及其与免疫细胞浸润和免疫治疗反应的关系	数字病理学	脑肿瘤	免疫组化、多重免疫荧光染色、单细胞RNA测序	NA	组织样本、基因表达数据	多个数据集和临床组织样本
8224	2024-09-27	Preparing Arabidopsis thaliana root protoplasts for cryo electron tomography 2023, Frontiers in plant science IF:4.1Q1 DOI:10.3389/fpls.2023.1261180 PMID:37810374	研究论文	本文描述了一种用于冷冻电子断层扫描（cryo-ET）的拟南芥根原生质体制备工作流程	首次将原生质体用于冷冻电子显微镜（cryo-EM）和冷冻电子断层扫描（cryo-ET）研究	整个工作流程从植物生长到倾斜系列采集可能需要几个月时间	开发一种新的方法，将植物原生质体作为冷冻电子断层扫描的工具	拟南芥根原生质体	NA	NA	冷冻电子显微镜（cryo-EM）、冷冻电子断层扫描（cryo-ET）、冷冻聚焦离子束铣削（cryo-FIB）	NA	NA	NA
8225	2024-09-27	New insight into the role of fibroblasts in the epithelial immune microenvironment in the single-cell era 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1259515 PMID:37809065	综述	本文综述了单细胞时代下成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用	利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，揭示了成纤维细胞在表皮免疫微环境中的功能和空间异质性及其与其他细胞类型的相互作用	NA	总结成纤维细胞在炎症性皮肤病表皮免疫微环境中的最新进展，并讨论其在纤维化和非纤维化炎症性皮肤病中的不同功能和分子机制	成纤维细胞在表皮免疫微环境中的作用	NA	炎症性皮肤病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq) 和空间转录组学 (ST)	NA	RNA	NA
8226	2024-09-27	Spatially and temporally distinct patterns of expression for VPS10P domain receptors in human cerebral organoids 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1229584 PMID:37842085	研究论文	研究了人类大脑类器官中VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式	首次在人类大脑类器官中详细描述了VPS10P域受体在神经发育和分化过程中的时空表达模式，并揭示了其在不同细胞类型和亚细胞定位中的独特功能	研究主要基于类器官模型，可能与真实的人类大脑环境存在差异	探讨VPS10P域受体在人类大脑发育和神经退行性疾病中的作用	VPS10P域受体在人类大脑类器官中的表达模式	NA	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
8227	2024-09-27	A hub gene signature as a therapeutic target and biomarker for sepsis and geriatric sepsis-induced ARDS concomitant with COVID-19 infection 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1257834 PMID:37822934	研究论文	研究探讨了COVID-19感染与老年脓毒症诱发的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）之间的分子机制，并识别了潜在的治疗靶点和生物标志物	揭示了COVID-19与脓毒症之间的189个差异表达基因，并构建了蛋白质-蛋白质相互作用网络，识别出关键的枢纽基因和模块	研究主要基于生物信息学和系统生物学方法，缺乏临床试验验证	阐明COVID-19与脓毒症在老年患者中的相互作用，识别潜在的治疗干预措施	COVID-19感染、脓毒症及其诱发的ARDS在老年患者中的分子机制	生物信息学	脓毒症	生物信息学、系统生物学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了小鼠脓毒症-ARDS模型和老年脓毒症诱发ARDS患者的血液样本
8228	2024-09-27	An integrated analysis of hypoxic-ischemic encephalopathy-related cell sequencing outcomes via genes network construction 2022, Ibrain DOI:10.1002/ibra.12025 PMID:37786415	研究论文	本研究通过单细胞测序技术和基因网络构建，分析了缺氧缺血性脑病（HIE）相关的核心基因及其潜在作用	首次通过单细胞测序和基因网络构建，揭示了STAT家族基因在HIE中的关键作用，并发现了VIM基因与神经发育的密切关系	研究仅基于Pubmed数据库中的数据集，样本量较小，且未涉及临床验证	旨在通过单细胞测序和基因网络构建，发现HIE相关的核心基因及其在疾病中的潜在作用	缺氧缺血性脑病（HIE）相关的基因及其在疾病中的作用	生物信息学	新生儿疾病	单细胞测序（SCS）	蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络	基因表达数据	12,093个基因，其中217个共享基因，11,876个独特基因
8229	2024-09-27	Embryonic Origin and Subclonal Evolution of Tumor-Associated Macrophages Imply Preventive Care for Cancer 2021-04-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10040903 PMID:33919979	研究论文	研究肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的起源和亚克隆进化，并探讨其在癌症预防中的潜在作用	提出了TAMs的胚胎起源和亚克隆进化模型，揭示了TAMs的功能异质性与微环境提示和代谢重塑的关系	NA	探讨TAMs的起源和功能异质性，以及其在癌症发展中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在癌症中的作用	生物医学	癌症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
8230	2024-09-27	Eleven grand challenges in single-cell data science 2020-02-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1926-6 PMID:32033589	评论	本文概述了单细胞数据科学领域的十一个重大挑战	本文提出了单细胞数据科学领域的十一个关键挑战，为该领域的未来发展指明了方向	本文主要集中在挑战的提出和概述，未深入探讨每个挑战的具体解决方案	探讨单细胞数据科学领域的重大挑战，推动该领域的进一步发展	单细胞数据科学领域的挑战和未来研究方向	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	数千至数百万个细胞
8231	2024-09-26	Integrated single-cell and bulk RNA sequencing identifies POSTN as a potential biomarker and therapeutic target for rheumatoid arthritis 2024-Nov-30, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148798 PMID:39067546	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，识别出POSTN作为类风湿性关节炎的潜在生物标志物和治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，通过生物信息学分析和分子对接验证，识别出POSTN作为类风湿性关节炎的潜在生物标志物和治疗靶点	NA	识别类风湿性关节炎的潜在生物标志物和治疗靶点	类风湿性关节炎的生物标志物和治疗靶点	生物信息学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序、批量RNA测序、加权基因共表达网络分析、蛋白质-蛋白质相互作用网络构建、分子对接	NA	RNA测序数据	NA
8232	2024-09-26	Immunoinhibitory effects of hypoxia-driven reprogramming of EGR1hi and EGR3 positive B cells in the nasopharyngeal carcinoma microenvironment 2024-Nov, Oral oncology IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.oraloncology.2024.106999 PMID:39197193	研究论文	研究探讨了在鼻咽癌微环境中，缺氧条件下EGR1和EGR3阳性B细胞的免疫抑制作用及其机制	首次揭示了EGR1和EGR3在缺氧条件下对Breg细胞分化的调控作用，并阐明了其通过MAPK途径和免疫抑制因子表达影响肿瘤微环境的机制	研究主要基于单细胞转录组测序和移植实验，缺乏体内实验验证	探讨鼻咽癌微环境中Breg细胞的分化及其免疫抑制机制	鼻咽癌微环境中的Breg细胞及其在缺氧条件下的分化和调控机制	NA	鼻咽癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	涉及人类鼻咽癌样本
8233	2024-09-26	Deciphering cuproptosis-related signatures in pediatric allergic asthma using integrated scRNA-seq and bulk RNA-seq analysis 2024-Oct, The Journal of asthma : official journal of the Association for the Care of Asthma DOI:10.1080/02770903.2024.2349596 PMID:38687912	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序分析，揭示了儿童过敏性哮喘中铜死亡相关基因的特征	首次通过机器学习模型筛选出五个重要变量，用于预测儿童过敏性哮喘	研究样本量较小，需要进一步验证模型的泛化能力	探讨铜失衡是否会导致儿童过敏性哮喘中的铜死亡现象	儿童过敏性哮喘患者的铜死亡相关基因和免疫细胞浸润情况	生物信息学	过敏性哮喘	单细胞RNA测序和批量RNA测序	支持向量机	基因表达数据	涉及两个数据集（GSE40732和GSE40888）和单细胞RNA测序数据（GSE193816）
8234	2024-09-26	No Evidence for Persistent Enteroviral B Infection of Pancreatic Islets in Patients With Type 1 Diabetes and Prediabetes From RNA Sequencing Data 2024-Oct-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db24-0076 PMID:39083653	研究论文	研究利用RNA测序数据评估1型糖尿病和前驱糖尿病患者胰腺胰岛中是否存在持续的肠道病毒B感染	首次利用大量RNA测序和单细胞RNA测序数据全面评估肠道病毒B在胰腺中的存在	无法排除极低水平的持续肠道病毒B感染的可能性	评估肠道病毒B在1型糖尿病和前驱糖尿病患者胰腺中的存在	1型糖尿病和前驱糖尿病患者的胰腺胰岛	NA	糖尿病	RNA测序	NA	RNA	243个大量RNA库和79个单细胞RNA库
8235	2024-09-26	A necroptosis-regulated model from single-cell analysis that predicts survival and identifies the Pivotal role of MAGEA6 in hepatocellular carcinoma 2024-Sep-30, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e37711 PMID:39315163	研究论文	本研究开发了一种基于单细胞分析的坏死性凋亡调控模型，用于预测肝细胞癌患者的生存情况，并揭示了MAGEA6在肝细胞癌中的关键作用	本研究首次开发了一种基于坏死性凋亡相关基因的风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后，并通过实验验证了MAGEA6在肝癌中的作用	本研究的样本量较小，且仅基于TCGA和ICGC数据库进行验证，未来需要更大规模的临床验证	开发一种新的坏死性凋亡相关基因风险特征，用于预测肝细胞癌患者的预后	肝细胞癌患者的预后预测和坏死性凋亡在肝癌细胞中的作用	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	Cox回归分析	基因表达数据	25个关键坏死性凋亡调控因子和168个坏死性凋亡相关基因，TCGA-LIHC数据集作为训练集，ICGC数据集用于验证
8236	2024-09-26	Meiotic chromatin-associated HSF5 is indispensable for pachynema progression and male fertility 2024-Sep-23, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkae701 PMID:39162221	研究论文	本研究鉴定了一种新的睾丸特异性蛋白HSF5，该蛋白通过染色质结合调控雄性减数分裂中的粗线期进展	首次发现HSF5在粗线期进展中的关键作用，并揭示了其与SMARCA5、SMARCA4和SMARCE1的生物学相互作用	NA	探讨HSF5在雄性减数分裂粗线期进展中的调控作用	HSF5蛋白及其在减数分裂中的功能	NA	NA	scRNA-seq, CUT&Tag	NA	基因表达数据	Hsf5-/-个体
8237	2024-09-26	Single-cell exome sequencing reveals polyclonal seeding and TRPS1 mutations in colon cancer metastasis 2024-Sep-23, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-024-01960-8 PMID:39307879	研究论文	研究通过单细胞外显子测序揭示了结肠癌肝转移中的多克隆播种和TRPS1基因突变	首次通过单细胞外显子测序揭示了结肠癌肝转移的多克隆播种机制，并发现了TRPS1基因突变在肝转移中的重要作用	研究仅基于一个IV期结肠癌患者的样本，结果的普适性有待进一步验证	探索结肠癌肝转移的克隆进化和遗传异质性，识别驱动基因突变	结肠癌患者的原发肿瘤、肝转移和淋巴转移的单细胞	数字病理学	结肠癌	单细胞外显子测序	NA	基因组数据	150个单细胞
8238	2024-09-26	Patient-derived xenografts and single-cell sequencing identifies three subtypes of tumor-reactive lymphocytes in uveal melanoma metastases 2024-Sep-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.91705 PMID:39312285	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，识别并验证了葡萄膜黑色素瘤肝转移中的肿瘤反应性T细胞的三个亚型	首次结合单细胞测序和功能分析，揭示了葡萄膜黑色素瘤肝转移中肿瘤反应性T细胞的多样性	研究仅限于葡萄膜黑色素瘤肝转移，结果可能不适用于其他类型的黑色素瘤或其他器官的转移	通过识别和功能验证肿瘤反应性T细胞，提高葡萄膜黑色素瘤肝转移的免疫治疗效果	葡萄膜黑色素瘤肝转移中的肿瘤反应性T细胞	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自患者的生物样本和肿瘤浸润淋巴细胞
8239	2024-09-26	SPRR1B+ keratinocytes prime oral mucosa for rapid wound healing via STAT3 activation 2024-Sep-16, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-024-06864-5 PMID:39300285	研究论文	研究通过综合分析bulk-mRNA和单细胞测序数据，揭示了STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在口腔黏膜快速愈合中的关键作用	首次揭示了STAT3激活的SPRR1B+角质形成细胞在口腔黏膜快速愈合中的重要作用，并发现这些细胞在未受伤的正常黏膜中丰富，但在正常皮肤中缺失	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨口腔黏膜快速愈合的细胞机制	口腔黏膜和皮肤的伤口愈合过程	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	mRNA	小鼠模型中的口腔黏膜和皮肤样本
8240	2024-09-26	Single-Cell Sequencing: High-Resolution Analysis of Cellular Heterogeneity in Autoimmune Diseases 2024-Jun, Clinical reviews in allergy & immunology IF:8.4Q1 DOI:10.1007/s12016-024-09001-6 PMID:39186216	研究论文	本文探讨了单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的创新应用及其对疾病诊断和精准治疗的影响	单细胞测序技术能够以高分辨率分析细胞异质性，揭示驱动疾病进展的分子机制	尽管单细胞测序技术在自身免疫性疾病中有广泛应用，但仍存在一些局限性	研究单细胞测序技术在自身免疫性疾病中的应用，以揭示其发病机制和治疗靶点	自身免疫性疾病中的细胞异质性和分子机制	基因组学	自身免疫性疾病	单细胞测序技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组、表观基因组或转录组信息	NA