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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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8201 | 2025-05-12 |
Single-cell multi-omics delineates the dynamics of distinct epigenetic codes coordinating mouse gastrulation
2025-May-08, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-025-11619-5
PMID:40340740
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研究论文 | 本研究通过单细胞多组学技术描绘了小鼠原肠胚形成过程中不同表观遗传代码的动态变化 | 整合scRNA-seq和单细胞ChIP-seq分析揭示了增强子激活与基因表达之间的'时间滞后'过渡模式,并构建了以关键转录因子为中心的基因调控网络 | 研究仅关注H3K27ac和H3K4me1两种组蛋白修饰,可能忽略了其他重要的表观遗传调控机制 | 阐明表观遗传重编程在小鼠原肠胚形成过程中的分子协调机制 | 小鼠胚胎 | 表观遗传学 | 先天性疾病 | 单细胞ChIP-seq, scRNA-seq | NA | 表观遗传组数据, 转录组数据 | 六个连续时间点收集的小鼠胚胎样本 | NA | NA | NA | NA |
8202 | 2025-05-12 |
Transcriptome-wide analysis reveals potential roles of CFD and ANGPTL4 in fibroblasts regulating B cell lineage for extracellular matrix-driven clustering and novel avenues for immunotherapy in breast cancer
2025-May-08, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-025-01237-y
PMID:40340806
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研究论文 | 通过转录组和基因组数据分析乳腺癌中细胞外基质(ECM)的组成模式及其生物学功能,并探索其对免疫治疗的影响 | 首次识别了乳腺癌中三种不同的ECM簇,并发现ANGPTL4+和CFD+成纤维细胞通过不同信号通路调控B细胞谱系,为免疫治疗提供了新的生物标志物 | 研究主要依赖公共数据库数据,缺乏实验验证 | 探索乳腺癌中ECM的组成模式及其在肿瘤微环境中的作用,以及其对免疫治疗的影响 | 乳腺癌患者 | 数字病理 | 乳腺癌 | 转录组分析、单细胞RNA测序、机器学习 | 非负矩阵分解(NMF)、加权基因共表达网络分析(WGCNA) | 转录组数据、基因组数据 | TCGA数据库中的乳腺癌患者数据,以及10个独立公共队列(共6,736例样本) | NA | NA | NA | NA |
8203 | 2025-05-12 |
Identification of the "Collagen-Macrophage" sub-category of patients with colorectal cancer as an extension of the CMS4 subtype with THBS2 as a therapeutic target
2025-May-08, BMC gastroenterology
IF:2.5Q2
DOI:10.1186/s12876-025-03918-8
PMID:40340827
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research paper | 该研究通过整合结肠癌转录组和单细胞转录组数据集,识别出一类富含'胶原蛋白-TAMs'的结直肠癌患者亚群,称为CM类,并发现CAF衍生的THBS2可作为潜在生物标志物 | 提出了一种新的结直肠癌患者分类系统CM类,作为传统CMS分类系统的扩展,并发现THBS2作为新的潜在免疫治疗联合靶点 | 未提及研究样本的具体数量或研究人群的详细信息 | 提高结直肠癌的分类准确性和治疗效果 | 结直肠癌患者及其肿瘤微环境 | digital pathology | colorectal cancer | 转录组测序, 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
8204 | 2025-05-12 |
High-throughput strategies for monoclonal antibody screening: advances and challenges
2025-May-08, Journal of biological engineering
IF:5.7Q1
DOI:10.1186/s13036-025-00513-z
PMID:40340930
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综述 | 本文综述了高通量单克隆抗体筛选策略的最新进展与挑战 | 介绍了抗体库展示、单B细胞抗体技术和单细胞测序等新技术,显著降低了成本并提高了抗体开发效率 | 未具体讨论这些新技术在实际应用中可能遇到的具体技术障碍或限制条件 | 探讨高通量抗体开发的最新进展及其相对于传统方法的潜在优势 | 单克隆抗体的高通量筛选技术 | 生物医学工程 | NA | 抗体库展示、单B细胞抗体技术、单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
8205 | 2025-05-12 |
The cancer stem cells characteristics analysis of LGR5 + cells that influence lung cancer risk by using single cell RNA-seq analysis
2025-May-08, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-00585-3
PMID:40341189
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research paper | 通过单细胞RNA测序分析LGR5+细胞的癌症干细胞特性,研究其对肺癌风险的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别LGR5+干细胞在肺腺癌进展中的关键作用,并发现其hub基因如HLA-DPB1、CD74、CTSH和HLA-DRB5介导独特的转录状态 | 研究仅基于公开数据库GSE149655的数据,实验验证部分仅使用了BEAS-2B和A549细胞系,可能无法完全代表临床样本的复杂性 | 探索肺腺癌中癌症干细胞的特性及其在癌症进展中的作用 | 肺腺癌(LUAD)中的LGR5+干细胞 | digital pathology | lung cancer | single cell RNA-seq, qRT-PCR, western blotting, wound healing, trans-well assays, EdU tests, flow cytometry | NA | RNA-seq数据 | GSE149655数据集中的单细胞RNA-seq数据,以及BEAS-2B和A549细胞系 | NA | NA | NA | NA |
8206 | 2025-05-12 |
Integrated analysis of MIOX gene in prognosis of clear-cell renal cell carcinoma
2025-May-08, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-025-07698-7
PMID:40341358
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研究论文 | 本研究通过整合分析MIOX基因在透明细胞肾细胞癌(ccRCC)预后中的作用,揭示了其作为独立预后标志物的潜力 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组分析确定了MIOX在ccRCC中的特异性,并验证了其作为独立预后标志物的价值 | 研究主要基于TCGA数据库,缺乏外部验证队列 | 探索铁死亡相关基因对ccRCC患者预后的影响 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)患者 | 癌症基因组学 | 肾癌 | scRNA-seq, 空间转录组分析, Lasso回归分析, Kaplan-Meier分析 | NA | 基因表达数据 | TCGA数据库中的ccRCC样本与正常组织样本 | NA | NA | NA | NA |
8207 | 2025-10-06 |
Angiotensin-Converting Enzyme-Dependent Intrarenal Angiotensin II Contributes to CTP: Phosphoethanolamine Cytidylyltransferase Downregulation, Mitochondrial Membranous Disruption, and Reactive Oxygen Species Overgeneration in Diabetic Tubulopathy
2025-May, Antioxidants & redox signaling
IF:5.9Q1
DOI:10.1089/ars.2024.0637
PMID:39495586
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研究论文 | 本研究揭示了血管紧张素转换酶依赖的肾内血管紧张素II通过下调PCYT2导致线粒体膜破坏和活性氧过度生成,在糖尿病肾小管病变中发挥关键作用 | 首次发现ACE依赖的肾内AngII通过下调PCYT2破坏肾小管线粒体膜稳态并导致ROS过度生成的机制 | 研究主要基于小鼠模型,临床转化价值需进一步验证;ACE抑制剂仅部分改善肾小管损伤 | 探讨ACE依赖的肾内AngII在糖尿病肾小管病变中的作用机制 | 糖尿病小鼠模型和肾小管细胞 | 肾脏病学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序,肾动脉注射,生化检测 | NA | 基因表达数据,生化指标数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8208 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals an Aggressive Basal-Like Tumor Cell Subpopulation Associated With Poor Prognosis in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2025-May, Journal of gastroenterology and hepatology
IF:3.7Q2
DOI:10.1111/jgh.16915
PMID:39993788
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析发现与肝内胆管癌不良预后相关的侵袭性基底样肿瘤细胞亚群 | 首次在肝内胆管癌中鉴定出具有基底上皮特征的侵袭性肿瘤细胞亚群,并揭示其通过HGF-MET轴与炎症性癌相关成纤维细胞的相互作用机制 | 样本量相对有限(23例患者),需要更大规模研究验证发现 | 解析肝内胆管癌的肿瘤异质性并识别新的治疗靶点 | 肝内胆管癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组测序, 免疫组织化学染色, 多重免疫荧光染色 | NA | 单细胞转录组数据, 空间转录组数据, bulk RNA-seq数据, 图像数据 | 26个肿瘤样本(来自23例患者)+ 6个肿瘤切片(来自6例患者)+ 两个公共数据集 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
8209 | 2025-10-06 |
Centromere protein U mediates the ubiquitination and degradation of RPS3 to facilitate temozolomide resistance in glioblastoma
2025-May, Drug resistance updates : reviews and commentaries in antimicrobial and anticancer chemotherapy
IF:15.8Q1
DOI:10.1016/j.drup.2025.101214
PMID:40023134
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研究论文 | 本研究揭示了着丝粒蛋白U通过介导RPS3的泛素化降解促进胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的新机制 | 首次发现CENPU通过TRIM5α介导RPS3在K214位点的多聚泛素化降解,激活ERK1/2通路并上调RAD51表达,从而增强DNA损伤修复能力 | NA | 阐明胶质母细胞瘤对替莫唑胺耐药的分子机制并探索增强其敏感性的方法 | 胶质母细胞瘤类器官、胶质瘤小鼠模型、胶质母细胞瘤细胞 | 癌症生物学 | 胶质母细胞瘤 | 转录组测序、单细胞测序、免疫组织化学、免疫荧光、慢病毒转导、免疫共沉淀、质谱分析、碱性彗星实验 | NA | 基因表达数据、蛋白质相互作用数据、组织病理学图像 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |
8210 | 2025-10-06 |
Hydrogen sulfide improves depression-like behaviors in CUMS-induced mice by regulating autophagy
2025-May, Psychoneuroendocrinology
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.psyneuen.2025.107418
PMID:40023886
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研究论文 | 本研究探讨硫化氢通过调节自噬改善CUMS诱导小鼠抑郁样行为的机制 | 首次揭示硫化氢通过激活PI3K/AKT/mTOR信号通路抑制自噬,改善突触可塑性损伤,发挥抗抑郁作用 | 研究仅使用小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 探究硫化氢通过PI3K/AKT/mTOR信号通路调节自噬和突触可塑性的抗抑郁机制 | 慢性不可预见温和应激(CUMS)诱导的抑郁模型小鼠 | 神经科学 | 抑郁症 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 蛋白质印迹 | 动物行为学模型 | 基因表达数据, 蛋白质表达数据, 行为学数据 | CUMS诱导的抑郁模型小鼠 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8211 | 2025-05-12 |
Characterising Shared and Specific Cell-Cell Communication in Cardiomyopathy Subtypes From Single-Cell Transcriptomics Data
2025-May, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.70554
PMID:40344498
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研究论文 | 通过单细胞转录组数据分析心肌病亚型中细胞间通讯的共同和特异性特征 | 揭示了心肌病亚型中细胞间通讯的共同和特异性通路,为靶向治疗提供了新见解 | 研究仅基于转录组数据,未考虑蛋白质水平和功能验证 | 解析心肌病亚型中细胞间通讯的分子机制 | 心律失常性心肌病(ACM)、扩张型心肌病(DCM)、肥厚型心肌病(HCM)和缺血性心肌病(ICM)患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 来自ACM、DCM、HCM、ICM患者和健康供体的心室区域样本 | NA | NA | NA | NA |
8212 | 2025-10-06 |
Mycoplasma ovipnuemoniae impairs the immune response of sheep and suppresses neutrophil function by inhibiting S100A9
2025-Apr, Veterinary microbiology
IF:2.4Q1
DOI:10.1016/j.vetmic.2025.110446
PMID:40022823
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序系统分析了绵羊感染绵羊肺炎支原体后肺组织的免疫反应机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术系统分析绵羊肺炎支原体感染后肺组织11种细胞类型的转录组变化,并发现S100A9通过激活ERK信号通路和活性氧爆发促进中性粒细胞清除病原体的新机制 | 研究仅关注28天感染期,未探讨更长期感染效应;体外实验验证需进一步体内实验证实 | 阐明绵羊肺炎支原体感染对宿主肺部免疫系统的损伤机制 | 感染绵羊肺炎支原体的绵羊肺组织细胞 | 单细胞转录组学 | 肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 感染28天的绵羊肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8213 | 2025-10-06 |
Temporal dynamics of immune cell transcriptomics in brain metastasis progression influenced by gut microbiome dysbiosis
2025-Mar-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.115356
PMID:40023843
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研究论文 | 本研究探讨肠道微生物群失调如何通过改变免疫细胞转录组动态影响脑转移进展 | 首次揭示肠道微生物群通过调节单核细胞炎症反应时机和小胶质细胞激活特征来影响脑转移免疫动态 | 研究基于抗生素诱导的肠道菌群失调模型,可能无法完全模拟自然发生的微生物群变化 | 阐明肠道微生物群在脑转移进展过程中对免疫反应动态的调控作用 | 脑转移小鼠模型中的免疫细胞(单核细胞、T细胞、小胶质细胞) | 单细胞转录组学 | 脑转移癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 抗生素处理组和对照组的脑转移小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8214 | 2025-10-06 |
Integrated computational analysis identifies therapeutic targets with dual action in cancer cells and T cells
2025-Mar-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.007
PMID:40023158
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研究论文 | 开发了一种计算靶点发现平台ICRAFT,用于识别同时抑制肿瘤进展和增强抗肿瘤免疫的双重作用靶点 | 整合免疫相关CRISPR筛选数据集、单细胞RNA测序数据和临床试验数据,实现系统水平的治疗靶点发现 | NA | 发现具有双重作用的治疗靶点,既能增强癌细胞对免疫攻击的敏感性,又能促进T细胞活化 | 癌细胞和T细胞 | 计算生物学 | 癌症 | CRISPR筛选, 单细胞RNA测序, RNA测序 | 计算平台 | 基因组数据, 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
8215 | 2025-10-06 |
Splenic TNF-α signaling potentiates the innate-to-adaptive transition of antiviral NK cells
2025-Mar-11, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.012
PMID:40023159
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研究论文 | 本研究揭示了脾脏TNF-α信号通路在巨细胞病毒感染期间促进NK细胞从先天免疫向适应性免疫转变的机制 | 首次发现脾脏微环境中TNF-α/TNFR2信号通过经典和非经典NF-κB通路分别调控NK细胞的先天效应功能和适应性分化 | 研究主要聚焦于脾脏环境,其他组织中的类似机制尚未明确 | 探究病毒感染期间NK细胞在不同组织中的活化机制及其向适应性免疫的转变过程 | 自然杀伤细胞在巨细胞病毒感染过程中的动态变化 | 免疫学 | 病毒感染 | 单细胞RNA测序,纵向追踪 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8216 | 2025-10-06 |
[Comprehensive analysis of the structural phenotypes and functional characteristics of B cells in oral lichen planus and oral lichenoid lesions through single-cell and spatial transcriptomics]
2025-Mar-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组学综合分析口腔扁平苔藓和口腔苔藓样病变中B细胞的结构表型和功能特征 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术系统揭示OLP/OLL中B细胞表型异质性及其在三级淋巴结构形成中的空间分布特征 | 样本量较小(6例患者+3例对照),B细胞参与的具体功能机制仍需进一步研究 | 揭示B细胞在口腔扁平苔藓及相关苔藓样病变中的免疫调控机制 | 口腔扁平苔藓患者、口腔苔藓样病变患者和健康对照的口腔黏膜组织 | 数字病理学 | 口腔黏膜疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 无监督聚类, 细胞类型反卷积算法 | 单细胞转录组数据, 空间基因表达数据 | 2例糜烂型OLP、3例非糜烂型OLP、1例健康对照(单细胞数据);3例OLP/OLL患者、3例健康对照(空间转录组数据) | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | 10x Visium HD | 10x Visium HD空间转录组技术 |
8217 | 2025-10-06 |
Apolipoprotein E is a marker of all chondrocytes in the growth plate resting zone
2025-Mar-03, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-025-00407-2
PMID:40025030
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序发现载脂蛋白E是生长板静息区所有软骨细胞的标志物 | 首次发现载脂蛋白E可作为小鼠和人类生长板静息区软骨细胞的全面标志物 | NA | 寻找生长板静息区软骨细胞的全面标志物 | 小鼠和人类生长板软骨细胞 | 单细胞生物学 | 骨骼发育 | 单细胞RNA测序, 荧光原位杂交 | NA | 单细胞转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8218 | 2025-10-06 |
Integrated transcriptomic profiling reveals a STING-mediated Type II Interferon signature in SOD1-mutant amyotrophic lateral sclerosis models
2025-Mar-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-07790-w
PMID:40025162
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研究论文 | 本研究通过整合转录组分析揭示了SOD1突变型肌萎缩侧索硬化模型中STING介导的II型干扰素特征 | 首次在ALS模型和患者中发现保守的干扰素刺激基因特征,并确定血管内皮细胞是ISGs主要来源,揭示STING-TBK1轴在II型ISGs诱导中的关键作用 | 研究主要基于动物模型和有限的人类样本,需要更大规模的人类队列验证 | 探究SOD1突变型ALS中干扰素信号通路的分子机制 | SOD1突变小鼠模型、人类诱导多能干细胞、ALS患者死后脊髓组织 | 转录组学 | 肌萎缩侧索硬化 | 整合转录组学、单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠模型、hiPSCs和人类脊髓组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
8219 | 2025-10-06 |
Comprehensive biomarker profiles in hematological malignancies: improving diagnosis, prognosis, and treatment
2025-Mar, Biomarkers in medicine
IF:1.9Q3
DOI:10.1080/17520363.2025.2471745
PMID:40015744
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综述 | 本文全面概述了血液系统恶性肿瘤中生物标志物的最新进展及其在诊断、预后和治疗中的应用 | 整合了从传统形态学标记到先进分子技术(如单细胞RNA测序)的新型免疫血液学生物标志物 | NA | 提供血液系统恶性肿瘤生物标志物的全面概述及其未来发展方向 | 血液系统恶性肿瘤的生物标志物 | NA | 血液系统恶性肿瘤 | 聚合酶链反应(PCR), 二代测序(NGS), 质谱分析, 单细胞RNA测序 | NA | 分子谱数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
8220 | 2025-10-06 |
Data-Driven Molecular Typing: A New Frontier in Esophageal Cancer Management
2025-Mar, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.70730
PMID:40018789
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综述 | 本文系统回顾了基于大数据的食管鳞癌分子分型研究现状 | 整合多组学数据识别食管鳞癌的独特分子亚型,为精准治疗提供新方向 | NA | 探讨分子分型在食管鳞癌管理中的应用价值 | 食管鳞状细胞癌(ESCC) | 生物信息学 | 食管癌 | 多组学整合分析,单细胞测序 | NA | 基因组数据,转录组数据,蛋白质组数据,代谢组数据 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA |