单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28877 篇文献，本页显示第 801 - 820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 801 | 2025-06-07 |
Transcriptional analysis of metastatic hormone-naïve prostate cancer primary tumor biopsies reveals a relevant role for SOX11 in prostate cancer cell dissemination
2025-Jun-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03623-5
PMID:40462200
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research paper | 该研究首次对转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本进行了广泛的转录组学表征，揭示了SOX11在触发异型通讯中的核心作用 | 首次提供了mHNPC的广泛转录组学特征，并发现了SOX11在转移性特性获得中的关键作用 | 研究主要基于转录组学数据，可能未涵盖所有分子机制 | 深入理解mHNPC的分子特征及其对患者管理的影响 | 转移性激素初治前列腺癌（mHNPC）的原发肿瘤样本 | digital pathology | prostate cancer | bulk and single-cell RNA-seq | NA | RNA-seq data | 未明确提及具体样本数量 |
| 802 | 2025-06-07 |
Colorectal Liver Metastasis Pathomics Model (CLMPM): Integrating Single cell and Spatial Transcriptome Analysis with Pathomics for Predicting Liver Metastasis in Colorectal Cancer
2025-Jun-03, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100805
PMID:40473111
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研究论文 | 该研究整合单细胞和空间转录组分析与病理组学，开发了一个预测结直肠癌肝转移风险的深度学习模型CLMPM | 通过整合单细胞RNA测序和空间转录组分析，识别了肝转移触发恶性细胞（LMTMCs），并开发了基于ResNet18架构的深度学习模型CLMPM | 模型在外部验证集SWMU-ATCMH中的AUC为0.72，性能有所下降 | 提高结直肠癌肝转移风险的识别和预测 | 结直肠癌患者 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq, ST, 多组学细胞通讯分析, OCLR算法 | ResNet18 | 全切片图像（WSIs）, bulk RNA-seq数据 | TCGA-CRC组织学图像内部测试集，以及外部独立验证集SWMU-AH和SWMU-ATCMH队列 |
| 803 | 2025-06-07 |
Emerging technologies of single-cell multi-omics
2025-Jun-01, Haematologica
IF:8.2Q1
DOI:10.3324/haematol.2022.282557
PMID:39911109
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review | 本文概述了单细胞多组学技术的原理、历史发展及不断扩展的工具集，旨在帮助研究者选择最适合其研究需求的平台 | 强调了单细胞多组学技术在揭示遗传克隆性和转录异质性方面的创新应用 | 未具体提及技术的局限性，但暗示了技术选择的复杂性 | 概述单细胞多组学技术的原理和发展，指导研究者选择合适的技术平台 | 造血系统的正常和恶性细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞多组学技术 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 804 | 2025-06-07 |
scDMSC: Deep Multi-View Subspace Clustering for Single-Cell Multi-Omics Data
2025-Jun, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2025.3532784
PMID:40031269
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研究论文 | 提出了一种基于深度多视图子空间学习的无监督聚类算法scDMSC，用于单细胞多组学数据的聚类分析 | 通过加权重构协调组学数据的异质性，并利用深度子空间学习识别共享的潜在特征，阐明组学间的相关性 | NA | 解决单细胞多组学数据的高维度、稀疏性和异质性带来的聚类分析挑战 | 单细胞多组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞多组学测序技术 | 深度多视图子空间学习 | 单细胞多组学数据 | 多个真实和模拟数据集 |
| 805 | 2025-06-07 |
Consensus nonnegative matrix factorization reveals metastatic gene expression program and identifies E74-like ETS transcription factor 3 confers to the lymph nodes metastasis in papillary thyroid cancer
2025-Jun, Endocrine
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s12020-025-04205-y
PMID:40048012
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，利用共识非负矩阵分解方法识别甲状腺乳头状癌中的基因表达程序，并发现ELF3基因在淋巴结转移中的关键作用 | 使用共识非负矩阵分解(cNMF)方法识别与淋巴结转移相关的基因表达程序，并发现ELF3作为驱动肿瘤侵袭和血管生成的关键基因 | 研究主要基于转录组数据，未涉及蛋白质水平验证 | 探索甲状腺乳头状癌的转录异质性及其与淋巴结转移的关系 | 甲状腺乳头状癌(PTC)的恶性细胞 | 生物信息学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq), 批量RNA测序(bulk RNA-seq) | 共识非负矩阵分解(cNMF), 机器学习框架 | RNA测序数据 | 未明确说明样本数量 |
| 806 | 2025-06-07 |
Molecular Mechanisms of Intervertebral Disc Degeneration: Significance of SPARC Gene Expression
2025-Jun-01, Journal of musculoskeletal & neuronal interactions
IF:1.7Q4
PMID:40452200
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研究论文 | 探讨SPARC基因在椎间盘退变中的作用，结合生物信息学分析和体外实验 | 发现SPARC基因在退变的髓核细胞中显著上调，并与COL2A1和ACAN表达变化相关 | 未提及样本量大小或实验设计的潜在局限性 | 探索椎间盘退变的分子机制，特别是SPARC基因的作用 | 椎间盘退变（IDD）中的髓核细胞 | 生物信息学 | 椎间盘退变 | 单细胞测序、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、免疫组化 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 807 | 2025-06-07 |
CXCL10highTNFαhighKi67+ Microglia Recruit and Activate CD8+ T Cells in the Brainstem During Experimental Cerebral Malaria
2025-Jun, CNS neuroscience & therapeutics
IF:4.8Q1
DOI:10.1111/cns.70425
PMID:40457525
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研究论文 | 本研究探讨了实验性脑疟疾(ECM)中小胶质细胞的异质性及其在招募和激活CD8+ T细胞中的作用 | 发现了一种独特的ECM相关小胶质细胞亚型CXCL10highTNFαhighKi67+，并揭示了其通过持续相互作用介导CD8+ T细胞招募和持续激活的机制 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究小胶质细胞在实验性脑疟疾神经炎症发病机制中的作用 | C57BL/6J小鼠、小胶质细胞、CD8+ T细胞 | 神经免疫学 | 脑疟疾 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫荧光染色、电子显微镜、transwell实验、粘附实验、细胞毒性测试 | 小鼠脑疟疾模型 | 基因表达数据、显微镜图像 | 未明确说明小鼠数量，但使用了单细胞RNA测序等技术 |
| 808 | 2025-06-07 |
Single-cell and spatial transcriptome profiling identifies cellular heterogeneity and immunosuppressive tumor microenvironment in inflammatory breast cancer
2025-Jun-01, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.05.061
PMID:40460936
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研究论文 | 通过单细胞和空间转录组分析，揭示了炎症性乳腺癌（IBC）的细胞异质性和免疫抑制性肿瘤微环境 | 首次在单细胞和空间水平上分析IBC的免疫细胞群和信号通路，并发现CXCL13的表达与患者预后相关，同时筛选出具有免疫调节潜力的天然产物 | 研究样本量未明确说明，且体外和体内实验的转化效果需进一步验证 | 探究IBC的病理和分子基础，开发精准医疗策略 | 炎症性乳腺癌（IBC）和非IBC样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq, qRT-PCR, 荧光染色, NanoString GeoMx Digital Spatial Profiler, 肿瘤-免疫细胞共培养实验 | NA | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据 | NA |
| 809 | 2025-06-07 |
Spatial transcriptomics from pancreas and local draining lymph node tissue reveals a lymphotoxin-β signature in human type 1 diabetes
2025-May-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654940
PMID:40475580
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研究论文 | 本研究利用空间转录组学技术探索了1型糖尿病（T1D）自然病程中胰腺及胰腺引流淋巴结（pLN）的炎症反应 | 整合空间转录组学与单细胞RNA测序数据，揭示了T1D发病过程中胰腺和pLN的转录变化及潜在的炎症特征 | 样本来源有限，仅包括非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体 | 研究1型糖尿病发病机制中的炎症反应 | 胰腺和胰腺引流淋巴结（pLN）组织 | 空间转录组学 | 1型糖尿病 | 空间转录组学（ST），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 非糖尿病患者和高易感性非糖尿病自身抗体阳性个体的胰腺及pLN样本 |
| 810 | 2025-06-07 |
Evaluating the practical aspects and performance of commercial single-cell RNA sequencing technologies
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654974
PMID:40475448
|
研究论文 | 本文对商业单细胞RNA测序技术的实用性和性能进行了全面评估 | 对七种最新可用的单细胞转录组测序试剂盒和两种包含TCR分析的试剂盒进行了标准化比较，提供了性能与实用因素的平衡依据 | 研究仅基于PBMCs样本，可能不适用于其他细胞类型或组织 | 评估和比较不同商业单细胞RNA测序技术的性能和实用性 | 多种供体的标准化PBMCs样本 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个不同供体的标准化PBMCs样本 |
| 811 | 2025-06-07 |
Patient-Derived Three-Dimensional Lung Tumor Models to Evaluate Response to Immunotherapy
2025-May-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654890
PMID:40475675
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research paper | 开发了一种新型患者来源的三维肺肿瘤模型（3D-LTM），用于评估免疫检查点抑制剂（ICI）的快速反应 | 该模型保持了人类细胞外基质、细胞间相互作用和组织结构的特征，能够重现非小细胞肺癌（NSCLC）患者对免疫治疗的异质性反应 | 未明确提及具体局限性 | 评估免疫治疗反应并开发预测NSCLC患者早期反应的生物标志物 | 非小细胞肺癌（NSCLC）患者 | digital pathology | lung cancer | spatial transcriptomics | 3D-LTM | gene expression data | 未明确提及具体样本数量 |
| 812 | 2025-06-07 |
3D organoids containing endothelial and neural cells generation by serial inductions of differentiation on human iPSC-derived embryoid bodies
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.20.653559
PMID:40475416
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研究论文 | 通过在人iPSC衍生的胚胎体上连续诱导分化，生成包含内皮细胞和神经细胞的3D器官样体 | 开发了一种新型3D器官样体，同时包含神经细胞和内皮细胞，模拟了体内神经和内皮细胞的发育过程 | NA | 研究人脑发育和神经障碍中内皮细胞与神经细胞的相互作用 | 人iPSC衍生的胚胎体 | 数字病理学 | 神经障碍 | scRNA-Seq, RNA-Seq, siRNA处理 | 3D器官样体模型 | 基因表达数据 | NA |
| 813 | 2025-06-07 |
Mapping satellite glial cell heterogeneity reveals distinct spatial organization and signifies functional diversity in the dorsal root ganglion
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.19.654813
PMID:40475507
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research paper | 该研究首次全面描述了小鼠背根神经节（DRG）中卫星胶质细胞（SGCs）的异质性，并通过单细胞RNA测序、免疫组化和先进成像技术识别、验证并空间定位了不同的SGC亚群 | 首次在小鼠DRG中识别并空间定位了四种不同的SGC亚群，揭示了它们在感觉处理中的潜在功能多样性 | 研究主要基于小鼠模型，人类DRG的发现仅为初步观察，需要进一步验证 | 探索背根神经节中卫星胶质细胞的异质性及其功能意义 | 小鼠和人类背根神经节中的卫星胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序、免疫组化、杂交和先进成像技术 | NA | 基因表达数据和图像数据 | NA |
| 814 | 2025-06-07 |
Oncogenic drivers shape the tumor microenvironment in human gliomas
2025-May-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.16.654515
PMID:40475555
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研究论文 | 本文通过多组学和空间转录组学分析，研究了人类胶质瘤中致癌驱动因素对肿瘤微环境的影响 | 揭示了致癌基因扩增方式（线性染色体增益与ecDNA）如何塑造不同的肿瘤结构和转录动态，以及IDH突变型胶质瘤与胶质母细胞瘤在微环境中的差异 | 样本量相对较小（93个胶质瘤样本），且仅针对特定类型的胶质瘤进行了分析 | 探讨基因组改变如何影响胶质瘤微环境 | 人类胶质瘤（IDH突变型胶质瘤和IDH野生型胶质母细胞瘤） | 数字病理学 | 胶质瘤 | 全基因组测序、染色质构象捕获（Hi-C）、RNA-seq、单细胞空间转录组学（Xenium） | NA | 基因组数据、转录组数据、空间转录组数据 | 93个胶质瘤样本（来自69名患者，包括46个IDH突变型胶质瘤和47个IDH野生型胶质母细胞瘤） |
| 815 | 2025-06-07 |
Efficient profiling of total RNA in single cells with STORM-seq
2025-May-20, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2022.03.14.484332
PMID:40475517
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研究论文 | 介绍了一种名为STORM-seq的单细胞总RNA测序技术，能够高效检测非编码转录本和全长RNA覆盖 | STORM-seq是目前复杂度最高的单细胞RNA测序技术，能够准确测量转录异构体和临床相关基因融合，并重建转座因子的表达谱 | 需要标准实验室设备，可能对某些实验室实施存在限制 | 开发一种更高效、更全面的单细胞RNA测序技术 | 单细胞中的总RNA，包括非编码转录本和转录异构体 | 基因组学 | NA | scRNA-seq, STORM-seq | NA | RNA测序数据 | 人类输卵管上皮细胞 |
| 816 | 2025-06-07 |
Tacrolimus prolongs corneal allograft survival and prevents dendritic cell infiltration in a myeloid-derived suppressor cell-dependent manner
2025-May-19, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons
IF:8.9Q1
DOI:10.1016/j.ajt.2025.05.018
PMID:40398562
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研究论文 | 研究他克莫司（FK506）通过诱导髓源性抑制细胞（MDSC）抑制早期树突状细胞（DC）激活，从而延长角膜移植物存活的细胞机制 | 揭示了FK506通过MDSC依赖性方式抑制DC激活和免疫细胞浸润，从而延长角膜移植物存活的新机制 | 研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证 | 探究FK506在角膜移植术后免疫抑制和移植物存活延长的细胞机制 | 小鼠角膜穿透性角膜移植模型 | 免疫学 | 角膜移植排斥 | 单细胞RNA测序分析、免疫荧光染色 | 小鼠模型 | 基因表达数据、图像数据 | 未明确说明小鼠数量 |
| 817 | 2025-06-07 |
Reparative immunological consequences of stem cell transplantation as a cellular therapy for refractory Crohn's disease
2025-May-07, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2024-333558
PMID:39961646
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research paper | 该研究探讨了自体造血干细胞移植（SCT）作为难治性克罗恩病（CD）细胞疗法的免疫修复机制 | 揭示了SCT主要通过影响肠道髓系谱系，恢复支持黏膜愈合的巨噬细胞，并发现了CD患者造血干细胞（HSCs）的功能异质性 | 样本量较小（n=19），且研究结果需要进一步验证 | 理解SCT后免疫系统如何重建，以及SCT是否可作为细胞疗法恢复适当的免疫细胞群 | 难治性克罗恩病（CD）患者 | 细胞疗法 | 克罗恩病 | CyTOF, scRNA-seq, 小鼠异种移植模型 | NA | 血液和肠道样本 | 19名难治性CD患者 |
| 818 | 2025-06-07 |
Stratifin is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury
2025-Apr-23, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521
PMID:40280276
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research paper | 该研究探讨了Stratifin（SFN）在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生（SPEM）过程中的必要性 | 首次揭示了SFN通过调节EGFR/ERK信号通路在急性损伤后主细胞转分化为SPEM中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM发展中的作用机制 | 小鼠胃主细胞和SPEM细胞 | 分子生物学 | 胃疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组化 | Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型 | 基因表达数据，组织图像数据 | 使用Mist1CreERT2; LSL-tdTomato小鼠和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型进行研究 |
| 819 | 2025-06-07 |
Simultaneous CRISPR screening and spatial transcriptomics reveal intracellular, intercellular, and functional transcriptional circuits
2025-Apr-17, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.02.012
PMID:40081369
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research paper | 该研究提出了一种结合成像空间转录组学和并行光学检测引导RNA的方法（Perturb-FISH），用于在单细胞分辨率下研究空间和功能生物学的遗传和分子关联 | Perturb-FISH方法首次将高度多路复用的单细胞转录组读数与光学筛选结合，揭示了细胞内、细胞间及功能转录回路 | NA | 开发一种新方法来研究空间和功能生物学的遗传和分子关联 | 培养的单核细胞、三维异种移植模型、人类诱导多能干细胞（hIPSC）星形胶质细胞 | 分子生物学 | 自闭症谱系障碍 | Perturb-FISH, 单细胞RNA测序（Perturb-seq） | NA | 转录组数据、光学成像数据 | NA |
| 820 | 2025-06-07 |
Thymic and T-cell intrinsic critical roles associated with severe combined immunodeficiency and Omenn syndrome due to a heterozygous variant (G201R) in PSMB10
2025-Apr, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.12.1082
PMID:39734035
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research paper | 该研究对一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿进行了免疫学和分子特征分析，揭示了该变体与严重联合免疫缺陷和Omenn综合征的关联 | 首次详细描述了PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的严重影响，包括对T细胞选择和多样性的影响 | 研究仅基于一名患者的数据，样本量较小，可能限制结论的普遍性 | 探讨PSMB10杂合变体（G201R）对免疫系统发育和功能的影响 | 一名携带PSMB10杂合变体（G201R）的婴儿 | 免疫学 | 严重联合免疫缺陷和Omenn综合征 | 流式细胞术、免疫印迹、人工胸腺器官培养、单细胞RNA测序 | NA | 分子和细胞数据 | 1名患者及其父母 |