单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-09-09	A survey of biclustering and clustering methods in clustering different types of single-cell RNA sequencing data 2025-Jan-15, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elaf010 PMID:40795763	综述	本文综述了双聚类和聚类方法在单细胞RNA测序数据分析中的应用与性能评估	系统比较了5种双聚类和21种聚类方法在10个真实scRNA-seq数据集上的表现，并从六个维度量化数据集特性以推荐最佳方法	NA	评估无监督方法在scRNA-seq数据中的细胞亚型识别能力，为未来研究提供方法选择指南	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	双聚类与聚类方法	基因表达数据	10个公开真实数据集
802	2025-09-09	A framework to mine laser microdissection-based omics data and uncover regulators of pancreatic cancer heterogeneity 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf101 PMID:40910795	研究论文	提出并验证了一个用于挖掘激光显微切割组学数据的框架，以揭示胰腺癌异质性的调控因子	开发了优化的LMD-seq方法，在检测低表达基因方面优于单细胞RNA-seq，并能识别罕见肿瘤细胞群体和低表达转录程序	NA	阐明胰腺导管腺癌(PDAC)肿瘤内异质性的分子机制和调控网络	胰腺导管腺癌(PDAC)的空间分辨肿瘤区域	生物信息学	胰腺癌	RNA-seq, 激光显微切割测序(LMD-seq)	NA	组学数据	多个空间分辨的激光显微切割肿瘤区域
803	2025-09-09	Discovery of Multiple Effects of Reactive Oxygen Species on Lung Adenocarcinoma at the Single-cell and Bulk Tissue Levels 2025, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673291009240219055808 PMID:38485675	研究论文	本研究通过单细胞和批量转录组数据分析活性氧（ROS）对肺腺癌的多重影响，并开发与ROS相关的基因特征用于预后评估	首次在单细胞和批量组织水平系统揭示ROS对肺腺癌的多重影响，并构建ROS相关基因特征	NA	探究ROS在肺腺癌发展和治疗中的作用机制	肺腺癌（LUAD）患者组织样本	生物信息学	肺癌	scRNA-seq, 转录组分析, LASSO回归, 多元回归分析	NA	RNA测序数据	NA
804	2025-09-09	Enhancing Single-Cell RNA-Seq Data Completeness With a Graph Learning Framework 2025 Jan-Feb, IEEE transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2024.3492384 PMID:39504287	研究论文	提出基于变分图自编码器的单细胞RNA测序数据插补方法VAImpute，通过图学习框架提升数据完整性	利用细胞/基因间的copula相关性构建网络，通过变分图自编码器学习数据分布并预测dropout事件	NA	解决单细胞RNA测序中的dropout问题，提高数据完整性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, 图学习, 变分自编码器	变分图自编码器 (VGAE)	基因表达矩阵	模拟和真实scRNA-seq数据集
805	2025-09-09	RORα-activated mitophagy attenuating hypoxic-ischemic encephalopathy via suppression of microglial cGAS-STING axis 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1592737 PMID:40799648	研究论文	本研究揭示RORα通过激活线粒体自噬抑制小胶质细胞cGAS-STING轴，从而减轻缺氧缺血性脑病的神经炎症	首次发现RORα作为关键调控因子，通过增强线粒体自噬抑制mtDNA-cGAS-STING-NLRP3信号通路，为HIE治疗提供新靶点	研究主要基于大鼠模型，临床转化需进一步验证；使用抑制剂3-MA验证通路但可能存在脱靶效应	探究RORα如何通过调控线粒体自噬抑制小胶质细胞炎症反应，寻找HIE治疗新策略	老年小胶质细胞和HIE大鼠模型	神经免疫学	缺氧缺血性脑病	scRNA-seq, WGCNA, LASSO回归, RT-qPCR, Western Blot, ELISA	NA	基因组数据、行为学数据、分子表达数据	HIE大鼠模型（具体数量未明确说明）和体外细胞模型
806	2025-09-09	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Dec-31, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxaf024 PMID:40795862	研究论文	提出一种基于广义双线性模型的单细胞RNA测序数据降维新方法scGBM	开发了快速估计算法处理大规模数据集，并能量化低维表示中的不确定性	NA	解决单细胞RNA测序数据降维中的虚假异质性问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	Poisson bilinear model	基因表达计数数据	可扩展至数百万个细胞的数据集
807	2025-09-09	Impaired innate and adaptive immune responses to BNT162b2 SARS-CoV-2 vaccination in systemic lupus erythematosus 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.176556 PMID:38456511	研究论文	本研究全面分析了系统性红斑狼疮患者接种BNT162b2疫苗后的先天和适应性免疫应答，并与健康对照组进行比较	首次在SLE患者中同时评估疫苗诱导的先天免疫和适应性免疫应答，并发现免疫抑制治疗仅影响抗体应答而非T细胞应答	样本量较小（19例SLE患者），且未评估疫苗对临床保护效果的影响	评估SLE患者对BNT162b2疫苗的免疫应答特性	19例系统性红斑狼疮患者和56例健康对照志愿者	免疫学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），中和抗体检测，T细胞应答分析	NA	基因表达数据，免疫测定数据	19例SLE患者和56例健康对照
808	2025-09-09	A mouse model of Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2024-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.175053 PMID:38290089	研究论文	本研究开发了ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血中的关键作用	首次创建了Son单倍体不足小鼠模型，成功模拟人类ZTTK综合征表型，并通过单细胞转录组分析揭示了造血谱系发育异常的分子机制	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类细胞或临床样本中进行直接验证	探究SON基因功能缺失在器官发育和造血过程中的作用机制	Son+/-基因敲除小鼠	生物医学研究	ZTTK综合征	基因敲除、表面标志物分析、单细胞转录组测序	动物模型	基因表达数据、表型数据	未明确说明具体样本数量，使用Son+/-小鼠模型
809	2025-09-09	Comparative Methods for Demystifying Spatial Transcriptomics 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3838-5_17 PMID:38819570	研究论文	比较分析空间转录组学（ST）数据处理方法，重点关注Visium平台的分析流程	首次系统比较Visium平台分析流程中不同spot选择和基因组/转录组参考对结果的影响	仅针对制造商提供的软件套件进行分析，未涵盖其他ST平台或自定义分析方法	解析空间转录组学数据分析的关键挑战和方法比较	10x Visium技术产生的空间转录组数据	生物信息学	NA	空间转录组学（ST）、RNA-Seq、显微成像	NA	基因表达数据、显微镜图像	数千个micrometer scale spots（具体数量未明确说明）
810	2025-09-09	A mouse model of ZTTK syndrome reveals indispensable SON functions in organ development and hematopoiesis 2023-Nov-19, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.19.567732 PMID:38014320	研究论文	本研究开发了一种模拟ZTTK综合征的小鼠模型，揭示了SON基因在器官发育和造血过程中的关键作用	首次创建了ZTTK综合征的小鼠模型，并通过单细胞转录组分析揭示了SON单倍剂量不足对造血谱系分化的特异性影响	模型生物与人类疾病存在物种差异，需要进一步验证在人类中的适用性	研究SON基因在器官发育和造血过程中的功能机制	ZTTK综合征小鼠模型和造血干细胞祖细胞	疾病模型研究	ZTTK综合征	单细胞转录组分析、表面标志物分析	小鼠疾病模型	基因表达数据、表型数据	未明确说明具体样本数量，使用转基因小鼠模型进行研究
811	2025-09-09	An analysis of classical multidimensional scaling with applications to clustering 2023-Mar, Information and inference : a journal of the IMA DOI:10.1093/imaiai/iaac004 PMID:36761434	研究论文	本文提出了分析经典多维缩放嵌入样本质量的理论框架，并应用于噪声数据聚类	建立了经典多维缩放统计性能的理论分析框架，提供了信噪比缩放条件以保证聚类标签的完全恢复	NA	分析经典多维缩放技术的统计性能并应用于聚类任务	噪声数据、癌症基因表达数据、单细胞RNA测序数据和自然语言数据	机器学习	癌症	经典多维缩放、基于距离的聚类算法	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据、自然语言数据	NA
812	2025-09-09	Examining heterogeneity of stromal cells in tumor microenvironment based on pan-cancer single-cell RNA sequencing data 2021-Aug-17, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2020.0762 PMID:34398535	综述	基于泛癌单细胞RNA测序数据，分析肿瘤微环境中基质细胞的异质性	发现不同癌症类型中的内皮细胞和成纤维细胞/肌成纤维细胞可被分为共同亚型，且亚型组成与癌症特征和疗法响应相关	NA	研究肿瘤微环境中基质细胞的异质性	多种癌症类型的单细胞RNA测序数据集	生物信息学	泛癌研究	scRNAseq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
813	2025-09-09	Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer 2021-Jun-04, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2021.0158 PMID:34086429	研究论文	本研究利用空间转录组技术揭示胰腺癌缺氧微环境诱导的空间转录组变化及潜在治疗靶点	首次描述胰腺癌缺氧微环境导致的空间转录组变化，并发现侵袭性亚群在缺氧下的特异性靶点	研究基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证	探究胰腺导管腺癌中缺氧相关异质性的空间分布及其治疗意义	人源胰腺导管腺癌移植瘤模型	空间转录组学	胰腺癌	空间转录组学(STs), 差异表达基因聚类, CMAP分析	NA	空间转录组数据	裸鼠缺血后肢移植瘤模型（缺氧组与对照组）
814	2025-09-08	Decoding coal-induced pulmonary endothelial injury using single-cell omics 2025-Sep-05, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2025.118989 PMID:40914082	研究论文	利用单细胞组学技术解析煤尘暴露引起的肺内皮细胞损伤机制	首次通过单细胞RNA测序揭示煤尘暴露下肺内皮细胞亚群的异质性损伤特征及细胞间通讯机制	研究仅基于小鼠模型，人类相关性需进一步验证	探究煤工尘肺中肺内皮细胞损伤的分子机制	煤尘暴露小鼠模型的肺组织内皮细胞	单细胞组学	煤工尘肺	scRNA-seq（单细胞RNA测序），CellChat分析	NA	单细胞转录组数据	煤尘暴露组和对照组小鼠肺组织（具体数量未明确说明）
815	2025-09-08	Single-cell analysis of human fibrous dysplasia bone reveals a fibrotic transcriptome and GNAS variants in endothelial, perivascular, and stromal cells 2025-Sep-04, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2025.07.018 PMID:40848713	研究论文	通过单细胞RNA测序分析人类纤维性结构不良骨组织，揭示GNAS变异在多种非成骨细胞谱系中的存在及纤维化转录组特征	首次发现GNAS c.602G>A和c.601C>T变异不仅存在于骨骼基质细胞，还存在于内皮细胞和周细胞中，并鉴定出跨细胞谱系的共同纤维化转录特征	NA	探究体细胞嵌合现象在纤维性结构不良（FD）疾病中的细胞和分子机制	人类FD和非FD骨组织中的非造血细胞	单细胞基因组学	纤维性结构不良	单细胞RNA测序, BaseScope基因分型	NA	单细胞转录组数据	NA
816	2025-09-08	S100A12 correlates with inflammatory and pain symptoms in patients with Chronic Prostatitis/Chronic Pelvic Pain Syndrome 2025-Sep-04, The journal of pain IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jpain.2025.105536 PMID:40914239	研究论文	本研究探讨了S100A12作为慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征（CP/CPPS）炎症和疼痛相关症状的潜在生物标志物	首次发现S100A12在CP/CPPS患者精浆和血清中显著升高，并与炎症标志物、疼痛评分及精子质量参数相关，揭示了其作为诊断生物标志物和治疗靶点的潜力	回顾性病例对照研究设计，样本量较小（90例患者），需要更大规模的前瞻性研究验证	研究S100A12作为连接炎症与神经性疼痛的潜在生物标志物在CP/CPPS中的作用	90名CP/CPPS患者和90名年龄匹配的健康对照	生物标志物研究	慢性前列腺炎/慢性盆腔疼痛综合征	单细胞RNA测序分析，接收者操作特征分析	NA	生物样本数据（精浆、血清、尿液），临床评分数据	90例CP/CPPS患者和90例健康对照
817	2025-09-08	Residual disease in NPM1-mutated acute myeloid leukemia 2025-Sep-03, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry DOI:10.1016/j.cca.2025.120586 PMID:40912477	综述	本文综述了NPM1突变急性髓系白血病中微小残留病（MRD）监测的技术进展与挑战	系统评估了qPCR、NGS、ddPCR等传统技术及CRISPR-Cas9、单细胞测序、人工智能等新兴技术在MRD监测中的创新应用	人工智能工具在临床实践中的整合受限，主要由于数据质量、算法偏见、基础设施不足及缺乏配套监管框架	评估分子监测技术在NPM1突变AML微小残留病管理中的临床应用与优化策略	NPM1基因突变的急性髓系白血病患者	数字病理	白血病	qPCR, NGS, ddPCR, CRISPR-Cas9, 单细胞测序	AI/ML（人工智能/机器学习）	分子检测数据	NA
818	2025-09-08	Polymer-based chemo-immunotherapy: Combining immunogenic cell death induction and PD-L1 blockade enhances antitumor immunity in melanoma 2025-Sep-02, Journal of controlled release : official journal of the Controlled Release Society IF:10.5Q1 DOI:10.1016/j.jconrel.2025.114193 PMID:40907793	研究论文	本研究开发了一种基于聚合物的化学免疫疗法，结合免疫原性细胞死亡诱导和PD-L1阻断，用于增强黑色素瘤的抗肿瘤免疫	使用可降解HPMA共聚物载体同时递送化疗药物和PD-L1肽拮抗剂，实现了协同免疫激活且避免了传统抗体的自身免疫副作用	研究主要基于B16F10黑色素瘤模型，尚未在更广泛的肿瘤类型或临床环境中验证	开发更安全有效的黑色素瘤免疫治疗方法，克服现有免疫检查点抑制剂单药治疗的局限性	黑色素瘤细胞系B16F10和小鼠模型	癌症免疫治疗	黑色素瘤	聚合物药物递送系统、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、免疫细胞表型数据	小鼠模型实验（具体数量未明确说明）
819	2025-09-08	Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction 2025-Sep, Journal of thoracic oncology : official publication of the International Association for the Study of Lung Cancer IF:21.0Q1 DOI:10.1016/j.jtho.2024.12.020 PMID:39725169	研究论文	本研究揭示9号染色体短臂（9p）缺失通过干扰素ε（IFNϵ）缺失导致免疫冷肿瘤及免疫检查点治疗抵抗的机制	首次明确IFNϵ是9p21缺失介导免疫逃逸的关键因子，并解析其通过抑制CXCL9/10-CXCR3轴导致CD8+T细胞浸润减少的机制	IFNϵ丢失与肿瘤免疫微环境模式存在显著组织特异性（34种肿瘤类型中仅4种Z值≤1.95），普适性需进一步验证	阐明9p缺失导致免疫检查点治疗抵抗的分子机制	人类肿瘤样本、细胞系及小鼠模型（包括KPC胰腺癌模型和KPL-3M非鳞状NSCLC模型）	肿瘤免疫学	多种癌症（包括头颈鳞癌、非小细胞肺癌、黑色素瘤等）	空间单细胞RNA测序（scRNA-seq）、拷贝数分析、中介分析	NA	基因组数据、转录组数据、单细胞数据	13项研究报告（涵盖36个免疫治疗队列）及多种小鼠模型
820	2025-09-08	Resolving the spatial and cellular architecture of intra-tumor heterogeneity by multi-region dissection of lung adenocarcinoma 2025-Sep, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2025.02.006 PMID:39993622	研究论文	通过多区域肺腺癌活检的空间转录组学和单细胞RNA测序数据，解析肿瘤内异性的空间和细胞结构	揭示了两种癌细胞亚群（Cancer_c1和Cancer_c2）在肿瘤核心和边缘的不同空间分布及与免疫细胞（B细胞、巨噬细胞、CD8 T细胞）的共定位相互作用机制	NA	阐明肺腺癌肿瘤微环境中空间异质性的驱动因素及癌细胞与免疫细胞的相互作用	肺腺癌（LUAD）患者的多区域活检样本（肿瘤核心、肿瘤边缘、正常区域）	空间转录组学	肺腺癌	空间转录组学、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	空间转录组数据、单细胞RNA测序数据	多区域LUAD活检样本（具体数量未明确说明）