单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
801	2025-09-12	Gene context drift identifies drug targets to mitigate cancer treatment resistance 2025-Sep-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2025.06.005 PMID:40578362	研究论文	提出一种名为RECODR的计算流程，通过分析单细胞RNA测序数据中的基因共表达网络变化来识别癌症治疗耐药机制并发现药物靶点	首次将基因共表达背景（而非单纯表达水平）与图嵌入方法结合，揭示传统计算方法无法检测的耐药机制	NA	识别癌症治疗耐药机制并开发有效联合治疗方案	癌症细胞（脉络丛癌、髓母细胞瘤、三阴性乳腺癌）	计算生物学	癌症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、图嵌入	图网络	基因表达数据	临床前和临床试验中的肿瘤样本（具体数量未明确说明）
802	2025-09-12	Single-Cell Transcriptomic Profiling Reveals Diet-Dependent Dynamics of Glucosinolate Sulfatases Expression and Cellular Origin in the Midgut of Plutella xylostella 2025-Sep-08, Insect biochemistry and molecular biology IF:3.2Q1 DOI:10.1016/j.ibmb.2025.104399 PMID:40930467	研究论文	通过单细胞转录组分析揭示小菜蛾中肠细胞中葡萄糖硫苷硫酸酯酶的表达动态及其细胞起源受饮食调控	首次构建小菜蛾中肠单细胞图谱，揭示特定细胞类型表达GSS基因及饮食条件对细胞分化轨迹的影响	研究仅针对两种宿主植物（萝卜和豌豆），可能无法代表所有潜在宿主情况	探究小菜蛾中肠细胞类型特异性表达葡萄糖硫苷硫酸酯酶及其分化机制	小菜蛾（Plutella xylostella）幼虫中肠细胞	单细胞组学	NA	scRNA-seq, qRT-PCR, Western blot, Immunohistochemistry	伪时间轨迹分析	单细胞转录组数据	28,451个中肠细胞
803	2025-09-12	S100A4 facilitates radiation-induced tumor repopulation by driving polyploid giant cancer cells budding 2025-Sep-04, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.218017 PMID:40914345	研究论文	本研究揭示了S100A4通过驱动多倍体巨癌细胞出芽促进放疗后肿瘤再生的分子机制	首次发现S100A4-IRF3-ISG15/BST2信号轴调控PGCCs出芽过程，并提出靶向RAGE受体可抑制该过程	研究主要基于结直肠癌模型，在其他癌种中的普适性需进一步验证	探究放疗后多倍体巨癌细胞（PGCCs）出芽的分子调控机制	结直肠癌细胞及PGCCs	肿瘤生物学	结直肠癌	单细胞转录组学、功能基因组学、纵向模型	NA	基因组数据、转录组数据	NA
804	2025-09-12	Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain 2025-Sep-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09435-8 PMID:40903571	研究论文	本研究使用单细胞测序技术揭示人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人期的基因表达和基因组变化	首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术，系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化	研究主要聚焦前额叶皮层，其他脑区变化尚未涉及；样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明	探究人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制	人类前额叶皮层细胞	基因组学	老年疾病	snRNA-seq, scWGS, 空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	从婴儿到百岁老人的年龄跨度样本（具体数量未说明）
805	2025-09-12	Spatial and functional characterization of IL1RL1+ mast cells reveals immune regulatory roles in renal cancer 2025-Sep-03, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102049 PMID:40912479	研究论文	本研究通过空间和功能分析揭示IL1RL1+肥大细胞在肾透明细胞癌中的免疫调节作用	首次在ccRCC中系统表征IL1RL1+肥大细胞的空间分布和免疫调节功能，并证实其通过MHC-I通路增强CD8+ T细胞活化	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内功能验证和临床干预研究	探究IL1RL1在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的表达模式和免疫调节功能	肾透明细胞癌患者组织样本和细胞系	肿瘤免疫学	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化, 基因敲除实验	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像	TCGA和GEO数据库样本，具体数量未明确说明
806	2025-09-12	Sensitive dissection of a genomic regulatory landscape using bulk and targeted single-cell activation 2025-Sep-03, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100984 PMID:40930101	研究论文	开发TESLA-seq方法结合CRISPR激活筛选与靶向单细胞RNA测序，用于高灵敏度解析基因组调控景观	提出TESLA-seq技术，能够并行读取数百个增强子对基因座内所有基因的影响，揭示传统方法难以发现的调控关系	NA	识别和功能扰动内源性增强子，解析PHOX2B基因座周围的调控网络	神经元细胞命运主调控因子PHOX2B及其相关增强子	基因组学	神经母细胞瘤	CRISPR激活筛选(CRISPRa)，靶向单细胞RNA测序(TESLA-seq)	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	NA
807	2025-09-12	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2025-Sep-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2427116122 PMID:40854129	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统描绘小鼠前列腺叶特异性细胞类型及其对去势反应的转录和表观遗传基础，并发现与人类前列腺癌亚型对应的细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞机制和空间组织基础	小鼠前列腺细胞及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学, meta分析	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺多叶样本及人类前列腺癌meta分析数据
808	2025-09-12	Single-cell RNA Sequencing In Pediatric Sepsis: γδ T Cell Exhibits A Differentiation To γδT17 Subtype Along With Significantly Enhanced Cell Communication With Neutrophils 2025-Sep-02, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000547934 PMID:40931501	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特征，揭示其向γδT17亚型分化及与中性粒细胞增强的细胞通讯	首次在儿科脓毒症中发现γδ T细胞向促炎性γδT17亚型分化，并鉴定中性粒细胞来源的抵抗素通过CAP1受体结合驱动该过程	研究局限于外周血单核细胞分析，未涉及组织局部免疫微环境	阐明儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特性及其分化机制	儿科脓毒症患者的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	伪时序分析（Pseudotime analysis）	单细胞转录组数据	儿科脓毒症患者PBMCs样本（具体数量未明确说明）
809	2025-09-12	Spatial omics enters the microscopic realm: opportunities and challenges 2025-Sep, Trends in genetics : TIG IF:13.6Q1 DOI:10.1016/j.tig.2025.05.002 PMID:40461389	综述	本文回顾了显微分辨率空间转录组学（μST）的技术进展、当前挑战及未来发展方向	系统总结了μST在细胞和亚细胞尺度转录组映射方面的突破性进展，并首次全面梳理了该领域面临的数据稀疏性、平台碎片化等核心问题	作为综述文章，未提供原始实验数据验证所述技术方案的有效性	探讨显微分辨率空间转录组学的技术机遇与挑战，推动多组学整合和AI驱动的空间分析发展	空间转录组学技术及其在组织基因表达分析中的应用	空间组学	NA	测序和成像为基础的空间转录组学技术	NA	空间转录组数据	NA
810	2025-09-12	An Organ-on-Chip Platform for Strain-Controlled, Tissue-Specific Compression of Cartilage and Mineralized Osteochondral Interface to Study Mechanical Overloading in Osteoarthritis 2025-Sep, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202501588 PMID:40556597	研究论文	开发一种芯片上的骨软骨单元平台，用于研究机械超负荷在骨关节炎中的作用	首次在芯片上实现应变控制、组织特异性压缩的骨软骨界面模型，能够模拟体内应变梯度	模型仍需进一步验证其与完整人体关节的生物学相关性	研究异常力学与骨关节炎起始/进展之间的分子联系	人源复合透明软骨-矿化软骨下微组织	组织工程与生物力学	骨关节炎	单细胞RNA测序，芯片器官技术	芯片器官模型	基因表达数据，力学响应数据	NA
811	2025-09-12	Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1 2025-Sep, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70167 PMID:40624910	研究论文	本研究揭示了衰老小胶质细胞通过选择性清除海马CA1区兴奋性突触介导神经炎症诱导的认知功能障碍的机制	首次发现衰老小胶质细胞通过过度吞噬兴奋性突触导致认知功能障碍，并证明使用senolytic药物ABT-737可逆转这一过程	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类中进行验证；长期治疗效果和安全性需要进一步评估	探究衰老小胶质细胞在神经炎症诱导认知功能障碍中的作用机制	C57BL/6J小鼠的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、高尔基染色、全细胞膜片钳记录、Western blotting、免疫荧光	小鼠神经炎症模型（LPS诱导）	基因表达数据、电生理数据、行为学数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6J小鼠进行实验
812	2025-09-12	Roadmap for spatial transcriptomics of HIV in tissues 2025-Sep-01, Current opinion in HIV and AIDS IF:4.5Q1 DOI:10.1097/COH.0000000000000961 PMID:40626838	综述	本文概述了空间转录组学在HIV组织研究中的应用，包括平台选择、工作流程和生物信息学分析	提出了空间转录组学在HIV组织持久性机制研究中的创新应用，能够以前所未有的分辨率分析感染细胞及其微环境	目标捕获中目标数量增加常会降低灵敏度，且需要确保分析严谨性并验证发现	探讨HIV在组织中的持久性机制并为治疗策略提供信息	HIV感染细胞、周围微环境及免疫效应细胞	空间转录组学	HIV/AIDS	空间转录组分析、ATAC-seq、蛋白捕获、T细胞受体测序	NA	空间转录组数据	NA
813	2025-09-12	Integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the Glycolysis-related gene GPRC5A as a potential biomarker for gastric cancer by machine learning 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147059 PMID:40865843	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学，通过机器学习识别糖酵解相关基因GPRC5A作为胃癌潜在生物标志物	开发了基于四分位距(IQR)的新方法评估单细胞水平糖酵解活性，解决了以往评分方法分辨率不足和鲁棒性有限的问题	NA	探索胃癌中糖酵解代谢改变的生物标志物，用于早期诊断和靶向治疗	胃癌细胞和组织	数字病理	胃癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习	NA	基因表达数据	NA
814	2025-09-12	Human brain cell types shape host-rabies virus transcriptional interactions revealing a preexisting pro-viral astrocyte subpopulation 2025-Aug-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2025.116159 PMID:40864551	研究论文	通过单细胞RNA测序研究人脑细胞与狂犬病病毒的转录互作，揭示了一个预先存在的促病毒星形胶质细胞亚群	发现先天免疫信号解除抑制反而增强狂犬病病毒转录，并识别出人脑中罕见的促病毒样星形胶质细胞亚型	研究基于体外共培养模型，可能无法完全模拟体内复杂环境	探究病毒-宿主细胞互作及先天免疫抑制如何影响神经嗜性病毒感染动力学	人脑细胞共培养体系	单细胞转录组学	病毒感染	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	NA	转录组数据	人脑细胞共培养样本（具体数量未明确说明）
815	2025-09-12	A Spatially Coordinated Keratinocyte-Fibroblast Circuit Recruits MMP9+ Myeloid Cells to Drive IFN-I-Driven Inflammation in Photosensitive Autoimmunity 2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.19.670635 PMID:40894544	研究论文	本研究揭示了一种由角质形成细胞、成纤维细胞和髓系细胞组成的空间协调炎症回路，驱动IFN-I介导的光敏性自身免疫皮肤病理	首次发现MMP9+ CD14+髓系细胞作为光敏性的关键效应细胞，并阐明角质形成细胞-成纤维细胞-髓系细胞轴的空间调控机制	研究主要基于人类样本和体外模型，体内功能验证仍需进一步深入	阐明紫外线B（UVB）暴露导致皮肤特异性自身免疫的分子和细胞机制	皮肤红斑狼疮（CLE）和皮肌炎（DM）患者皮肤组织及体外细胞模型	免疫学与皮肤病学	自身免疫性皮肤病	单细胞RNA测序、空间转录组学（seqFISH+）、UVB激发试验、体外建模	NA	基因表达数据、空间定位数据、临床样本数据	人类皮肤组织样本（包括病变和非病变组织）及体外细胞模型
816	2025-09-12	High-Resolution Spatial Transcriptomics Unveils Spatially Resolved Gene Modules and Fatty Acid Metabolism Dysregulation in Human Skin Aging 2025-Aug-23, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.08.011 PMID:40850650	研究论文	利用高分辨率空间转录组技术揭示人类皮肤衰老中空间基因模块和脂肪酸代谢紊乱	首次通过高分辨率空间转录组技术构建人眼睑皮肤图谱，发现18个空间相关基因模块并揭示表皮脂肪酸合成减少等新衰老特征	研究主要聚焦眼睑皮肤，其他皮肤区域可能存在差异；功能验证仅基于体外模型	解析皮肤衰老的分子机制和空间细胞互作	人类眼睑皮肤组织、原代角质形成细胞、全层皮肤模型（T-Skin）	空间转录组学	皮肤衰老	空间增强分辨率组学测序（STeoM-seq）、多重FISH	NA	空间转录组数据、图像数据	人类眼睑皮肤样本（具体数量未明确说明）
817	2025-09-12	Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury 2025-Aug-22, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021 PMID:40850621	研究论文	本研究通过整合空间和功能代谢分析，发现肾小管厚壁升支是急性肾损伤中的线粒体脆弱性枢纽	首次结合空间转录组学、单细胞转录组学和同位素示踪成像技术，系统揭示肾外髓厚壁升支段的代谢特性及其在肾损伤中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，结果在更广泛人群中的普适性需进一步验证	探究急性肾损伤的代谢机制及其与临床麻醉药物使用的关联	小鼠模型和人类肾移植受者	代谢组学	急性肾损伤	空间转录组学、单细胞转录组学、免疫荧光、同位素示踪成像	NA	空间转录组数据、单细胞数据、成像数据	小鼠缺血再灌注模型及人类肾移植样本（具体数量未明确说明）
818	2025-09-12	FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence 2025-Aug-14, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494 PMID:40814172	研究论文	本研究通过多组学与因果遗传证据揭示FAHD1介导的丙酮酸代谢在肝细胞癌中的作用机制	首次发现丙酮酸高活性上皮亚群(PyHighEpi)，并通过因果推断鉴定FAHD1为关键驱动因子，阐明其通过ITGB2介导的细胞互作机制	NA	探究肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控因子及其空间互作机制	肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞	肿瘤代谢研究	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间图谱、孟德尔随机化分析、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	NA
819	2025-09-12	Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease 2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03523-2 PMID:40783543	研究论文	本研究探讨在高同型半胱氨酸血症诱导的脑小血管疾病模型中，星形胶质细胞信号对小鼠小胶质细胞表型的性别特异性影响	揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对小胶质细胞表型调控存在性别二态性，首次在饮食诱导模型中系统分析这种性别差异	样本量较小，需要更多生物学重复和更严格的统计分析来验证结果	研究星形胶质细胞信号在高同型半胱氨酸血症背景下对小胶质细胞表型的调控机制	7-8周龄雌雄C57BL/6J小鼠	神经科学	脑小血管疾病	免疫组化、Western blot、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、蛋白质数据	雌雄C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明，但提及样本量较小）
820	2025-09-12	Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis 2025-Aug-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09477-y PMID:40769205	研究论文	本研究揭示了一种新型的小胶质细胞-神经元交互模式，通过Hex-GM2-MGL2通路维持大脑稳态	首次发现小胶质细胞通过向神经元输送β-己糖胺酶来降解GM2神经节苷脂的双向通讯机制	研究主要基于小鼠模型，人类Sandhoff病的直接应用仍需进一步验证	探究小胶质细胞与神经元之间的新型交互机制及其在神经退行性疾病中的作用	小胶质细胞、神经元、GM2神经节苷脂、β-己糖胺酶	神经科学	神经退行性疾病	非靶向脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析、细胞类型特异性突变体	NA	脂质组数据、空间成像数据、转录组数据	小鼠模型和人类Sandhoff病患者样本